Cycle de Krebs ou de lacide citrique

Glycogne GLUCOSE glucose

Glycolyse

Pyruvate

Le cycle de Krebs est la voie terminale doxydation du glucose et dautres molcules nergtiques (acides amins, acides gras)
Acides gras

Acides amins

Actyl-CoA

LActyl-CoA est lintermdiaire commun de dgradation de glucides, acides amins et acides gras et la molcule qui entre dans le cycle
Cycle de lacide citrique

Actyl-CoA

Localisation du Cycle de Krebs

La dcarboxylation du pyruvate pour former lActyl-CoA et toutes les ractions de la voie ont lieu dans la matrice mitochondriale. Chez les procaryotes, ce cycle se droule dans le cytoplasme (ils nont pas de mitochondries)

mitochondrie

Diffremment de la glycolyse, le cycle de Krebs n'existe que chez les organismes arobies
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Vue densemble du Cycle de Krebs

Le cycle comporte 8 ractions enzymatiques ncessaires pour la complte oxydation de lactyl-CoA (C2) et la rcupration de lnergie sous forme de NADH, FADH2 et GTP Un autre substrat, l'oxaloactate (C4) est utilis par la premire raction et entirement rgnr par la dernire.

NADH, FADH2 sont molcules rduites riches en nergie utilises en suite pour la production dATP 1 GTP = 1 ATP
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Les ractions du Cycle de Krebs

Pyruvate
NAD+

Pyruvate dshydrognase
NADH

Actyl-CoA

Oxaloactate 1-Citrate synthase

NADH

Citrate 8-Malate dshydrognase Malate 7-Fumarase 2-Aconitase

Cycle de lacide citrique

Isocitrate 3-Isocitrate dshydrognase

NADH

Fumarate

FADH2

6-Succinate dshydrognase 4- -Ctoglutarate dshydrognase 5-Succinyl-coA synthtase

CO2

CO2

-Ctoglutarate

Succinate
GTP

NADH

Succinyl-coA

Entre du pyruvate dans le mitochondrie

En prsence doxygne la chane respiratoire mitochondriale fonctionne et tablit un gradient de protons travers la membrane interne. Une protine membranaire transporteuse d'anions organiques transporte le pyruvate travers la membrane interne en mme temps qu'un ion Potassium charg positivement en utilisant lnergie de retour de cette charge positive (ion Potassium) vers la matrice (charge ngativement).

H+ H+ H+ H+

Synthse de lactyl-CoA
Aprs lentre du pyruvate dans la matrice de la mitochondrie, sa dcarboxylation oxydative est ralis par la pyruvate dshydrognase avec formation dune molcule nergtiquement active (actyl-CoA) et NADH Liaison thioester haute nergie

Pyruvate dshydrognase

Pyruvate + CoA + NAD+

actyl-CoA + CO2 + NADH

Cette raction avec G << 0 est irrversible. Chez les animaux il ny a pas des ractions qui permettent la synthse du pyruvate (ou prcurseurs) a partir de lacetyl-CoA, donc les animaux ne peut pas utiliser lacetyl-CoA pour la gluconogense.

Pyruvate dshydrognase
Complexe multienzymatique Chez E. coli, la Pyruvate dshydrognase est compose par plusieurs sous units de 3 types. MW ~ 5 millions Dalton Diamtre 30 nm
Des cofacteurs de la pyruvate dshydrognase sont: -la Thiamine (ncessaire pour la dcarboxylation). -FAD et NAD+ (oxydorduction) -Coenzyme A (transporteur dacyle) -Acide lipoque

Avantage des complexes multienzymatiques: -Une srie des ractions en squence est acclre -Minimisation des ractions collatrales -Rgulation coordonne

tape 1: la synthse du citrate par la Citrate synthase

La citrate synthase est le premier des 8 enzymes du cycle de Krebs et catalyse l'addition de l'actyl-CoA sur le groupe carbonyle de loxaloactate (un ctone). Le produit final est le citrate, un compos de 6 Carbones. La raction est trs exergonique et a lui permet de se produire facilement mme lorsque la concentration d'oxaloactate est basse dans la mitochondrie. Mais en consquence, la raction est irrversible.

G = -31.5 kJ/mol

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Citrate synthase
1) Condensation de loxaloactate et de lacetyl-CoA pour former le citryl-CoA 2) Hydrolyse en citrate et CoA
Lenzyme (deux sous-units) subit des profonds changements au cours de la catalyse qui vitent des ractions secondaires indsirables (ex. hydrolyse de lactyl-CoA)

Oxaloactate

Citryl-CoA

Acetyl-CoA

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Citrate

tape 2: Aconitase, isomrisation du citrate

Le citrate est isomris en isocitrate par lenzyme aconitase pour permettre la suivante dcarboxylation.
Deux tapes: 1) 2) Dshydratation pour former cis-Aconitate Hydratation pour former isocitrate
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La rorganisation du citrate en isocitrate est suivie de deux phases conscutives de dcarboxylation oxydative avec production de NADH

tape 3: Isocitrate dshydrognase

Isocitrate + NAD+ -Ctoglutarate + CO2 + NADH

tape 3

tape 4

Le manganse

(Mn++)

est cofacteur de la raction.

Ractions irrversibles

Isocitrate

Oxalosuccinate

-Ctoglutarate 13

tape 4: -Ctoglutarate dshydrognase

tape 3

-Ctoglutarate

Succinyl-CoA

tape 4

Ractions irrversibles

La deuxime dcarboxylation oxydative porte la formation dune autre molcule de NADH riche en nergie
-Ctoglutarate + NAD+ + CoA Succinyl-CoA + CO2 + NADH

L -Ctoglutarate dshydrognase est un complexe enzymatique trs similaire la Pyruvate dshydrognase 14

Pyruvate

actyl-CoA

-Ctoglutarate

Succinyl-CoA
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tape 5: Succinyl-CoA synthtase, phosphorylation au niveau du substrat

La Succinyl-CoA synthtase (le nom de lenzyme vient de la ractions inverse) utilise la liaison riche en nergie du succinyl-CoenzymeA pour synthtiser du GTP partir de GDP et phosphate inorganique.

Cette tape (rversible) est la seule du cycle fournire directement une liaison riche en nergie

Le GTP peut facilement transfrer son -phosphoryle lADP grce lenzyme nucloside diphosphokinase:

GTP + ADP

GDP + ATP
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tape 6: Succinate dshydrognase

Le Succinate est oxyd en fumarate par la succinate dshydrognase, une protine de la membrane interne liant le cofacteur FAD (flavine adnine dinuclotide). Le FAD est utilis dans cette raction redox, car lnergie doxydation du succinate en fumarate (alcane alcne) nest pas suffisamment exergonique pour la rduction du NAD+ en NADH.

Le FADH2 a un rle similaire celui-ci du NADH (molcule riche en nergie utilise pour la production suivant dun gradient de pH et donc dATP), mais il a un coefficient redox moins ngatif que le NADH et cde ses lectrons au complexe mitochondrial II ( lequel il est li) plutt que au complexe I Un des rares enzymes ou le cofacteur FAD est li de faon covalente lenzyme
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tape 7: Fumarase (fumarate idratase)

Intermdiaire carbanion

Fumarate

Malate

La fumarase catalyse l'addition d'une molcule d'eau sur le fumarate et produit spcifiquement le L-malate. La raction est faiblement exergonique et rversible.
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tape 8: Malate dshydrognase

malate

oxaloactate

La malate dshydrognase est le dernire enzyme du cycle. Il catalyse l'oxydation du malate en oxaloactate, couple la rduction du NAD+ en NADH et libre un proton. La raction a un G de + 29.4 kJ/mol, donc l'quilibre de la raction est dplac en faveur du malate et la concentration de loxaloactate est trs basse. Cependant, la raction du cycle, que suit (Citrate synthase) est trs fortement exergonique ( G de -31.5 kJ mole-1 ) cause de la rupture de la liaison thioester du citryl-CoA et a permet de faire marcher tout le cycle.

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Bilan du Cycle de Krebs

Actyl-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2 H2O 2 CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP + 2 H+ + CoA

Combien a ramne doxyder le glucose en CO2?

Glucose 2 NADH

3 ATP 2 ATP

La complet oxydation du glucose donne environ 30 ATP. La transformation de lnergie du NADH et FADH2 en ATP est ralise par le processus appel phosphorylation oxydative . Le NADH de la glycolyse donne moins ATP que ceux-ci du cycle de Krebs parce que son transport dans le mitochondrie demande de lnergie.

2 Pyruvate 2 NADH

5 ATP

2 Actyl-CoA

6 NADH 2 FADH2 2 GTP

15 ATP 3 ATP 2 ATP

On peut trouver diffrents valeurs pour ce bilan (entre 30 et 38 ATP). 21

Le Cycle de Krebs fournit aussi des intermdiaires pour les biosynthses

Acides Gras

Glucose

(Hem, Chlorophylle)

Lorsque un intermdiaire du cycle est utilis pour le biosynthses, il faut produire du nouveau oxaloactate pour faire continuer le cycle. Le mammifres ne sont pas capable de convertir lactyl-CoA en oxaloactate ou autres intermdiaires du cycle et cette synthse est possible grce la pyruvate carboxylase (voir gluconogense) qui carboxyle le pyruvate pour 22 obtenir oxaloactate (exemple dune raction anaplrotique).

Rgulation du cycle de Krebs: rgulation des tapes irrversibles 1 2

Inhibition par le produit (comptitive) par le acetyl-CoA, NADH; ATP est un inhibiteur allostrique. Inactivation de lenzyme par phosphorylation (voir aprs) ATP est un inhibiteur allostrique de la citrate synthase; inhibition feedback comptitive par le succinyl-CoA

, succinyl-CoA

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, NADH

ATP est un inhibiteur allostrique, tandis que lADP est un activateur; NADH inhibiteur comptitive (produit)

Inhibition comptitive par le produit succinyl-CoA et le NADH

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Rgulation de la pyruvate dshydrognase

1) NADH et actyl-CoA comptent avec NAD+ et CoA pour le site de liaison sur les composants enzymatiques de la PDH

2)
Activ par insuline
Pyruvate dshydrognase phosphatase

(actif)
Pyruvate dshydrognase kinase

Activ par NADH, actyl-CoA, ATP (et indirectement par le glucagon)

(inactif) E1 est la sous unit catalytique de la pyruvate dshydrognase

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Le Cycle du Glyoxylate permet lutilisation de lactyl-CoA pour le dveloppement

Chez les vgtaux et un grand nombre de bactries Diffremment du cycle de Krebs, il ny a pas de dcarboxylation de lisocitrate, mais son clivage in glyoxylate et succinate (par lisocitrate lyase). Aprs la malate synthase permette la synthse dun compos a 4 atomes de carbone partir du glyoxylate et lactyl-CoA (C2).
Quelques ractions du cycle chez le vgtaux se produisent dans les glyoxysomes.

Bilan: 2 Actyl-CoA + NAD+ + 2 H2O Succinate + 2 CoA + NADH + 2 H+

Chez les vgtaux et les bactries, la gluconogense est possible a partir de lactyl-CoA 25

Acides gras

Dans le cycle du Glyoxylate les ractions de dcarboxylation oxydative sont sautes, donc on a pas la perte des atomes de carbone comme CO2.

Acetyl-CoA

Chez les plantes ce cycle peut tre utile, par exemple, pendant la germination des grains, qui ne sont pas capable de synthtiser le sucres travers la photosynthse car elle ne marche encore.

Production des sucres partir de lactyl-CoA (C2). 26