2/2 5 /2 0 1 3

N y i M e k a r S a p t a r in i

T h e a b ilit y to h a r n e s s e n e r g y & c h a n g e i t i n t o b i o l o g i c a l w o r k is a fu n d a m e n t a l p r o p e r t y o f o r g a n is m . O r g a n is m s ca r r y o u t v a r ie t y o f e n e r g y tr a n s d u c t io n s , c o n v e r s io n s o f o n e f o r m o f e n e r g y t o a n o t h e r. T h e y u s e t h e c h e m i c a l e n e r g y in fu e ls to sy n t h e s is o f c o m p le x , h ig h ly o r d e r e d m a c ro m o le c u le s fr o m s im p le p r e c u r s o r s . T h e y c o n v e r t th e c h e m ic a l e n e r g y o f f u e l s in t o c o n c e n t r a t i o n g r a d ie n t s & e le c t r ic a l g r a d ie n t s , in t o m o t i o n , h e a t , a n d li g h t ( f e w o r g a n is m s ) .

B io e n e r g e tic s an d T h e r m o d y n a m ic s

B io e n e r g e tic s an d T h e r m o d y n a m ic

B i o e n e r g e t i c s is th e q u a n t i ta t i v e s t u d y o f th e e n e r g y tr a n s d u c t i o n s in c e l l s a n d o f th e n a tu r e a n d fu n c t io n o f th e c h e m ic a l p r o c e s s e s u n d e r l y i n g th e s e tr a n s d u c ti o n s . B io e n e r g e t i c s o b e y th e L a w s o f T h e rm o d y n a m ic s

T h e r m o d y n a m ic s
1 s t la w : t h e p r i n c i p l e o f t h e c o n s e r v a t i o n o f e n e r g y : fo r a n y p h y s ic a l o r c h e m ic a l c h a n g e , th e t o t a l a m o u n t o f e n e r g y in t h e u n iv e r s e re m a in s c o n s t a n t ; e n e r g y m a y c h a n g e f o r m o r it m a y b e tr a n s p o r t e d fr o m o n e re g io n to a n o t h e r, b u t it c a n n o t b e c r e a t e d o r d e stro y e d . 2 n d la w : t h e u n i v e r s e a l w a y s t e n d s t o w a r d in c r e a s i n g d i s o r d e r : in a l l n a t u r a l p r o c e s s e s , th e e n t r o p y o f t h e u n i v e r s e in c r e a s e s .

3 th e r m o d y n a m i c q u a n titie s
1 . G ib b s fr e e e n e r g y , G en e rg y ca p a b le o f d o in g w o r k d u r in g a re a c tio n a t c o n s t a n t T & P. R e a c ti o n p r o c e e d s w i th th e re le a s e o f fr e e e n e rg y G is n e g a tiv e v a lu e (e x e rg o n ic ). R e a c ti o n m a k e th e s y s t e m g a in s fre e e n e rg y G is p o s itiv e v a lu e (e n d e rg o n ic ) . U n i t : jo u l e s / m o l e o r c a lo rie s /m o le .

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2 . E n th a lp y, H H e a t c o n t e n t o f th e r e a c t i n g sy s te m . I t r e f l e c t s th e n u m b e r a n d k i n d s o f c h e m i c a l b o n d s in th e re a c ta n ts a n d p r o d u c ts . R e a c tio n re le a s e s h e a t H is n e g a tiv e v a lu e (e x o th e rm ic ). S y s t e m s ta k e u p h e a t f r o m su rro u n d in g s H is p o s it iv e v a lu e s (e n d o th e r m ic ) . U n i t : jo u l e s / m o l e o r c a lo rie s /m o le . 1 c a l = 4 .1 8 4 J

3. E n tro p y, S e x p r e s s i o n f o r th e r a n d o m n e s s o r d i s o r d e r in a s y s t e m . P r o d u c t s o f a r e a c t i o n a r e le s s c o m p le x & m o re d is o rd e re d th a n th e r e a c t a n t s g a i n in en tro p y S is p o s i t i v e v a l u e . U n i t : jo u l e s / m o l e . K e l v i n (J /m o l.K )

G = H - T S

P e ru b a h a n e n e rg i b e b a s
G : Pe ru b a h a n en e rg i beb as E n e r g i ya n g d ig u n a k a n u n t u k m e la k u k a n ke r ja . M e n d e k a t i n ila i n o l b ila re a k s i m e n d e k a t i ke s e t im b a n g a n . M e r a m a lk a n a p a k a h re a k s i f a v o r a b le . H : P e r u b a h a n e n t a lp i K a lo r ya n g d ile p a s k a n a t a u d is e r a p se la m a re a k s i b e r la n g s u n g . Tid a k d a p a t m e r a m a lk a n a p a k a h re a k s i f a v o r a b le

P e ru b a h a n e n e rg i bebas
E n e r g i b e b a s (G )
A B A B B A
E q u ilib r iu m A k h ir Aw al Aw al G E x e r g o n ic A k h ir Aw al < 0 G = 0 A k h ir

G = H - T S
S : Pe ru b a h a n en tro p i U k u r a n k e t id a k te r a t u r a n T id a k d a p a t m e r a m a lk a n a p a k a h r e a k s i f a v o r a b l e .

G E n d e r g o n ic

> 0

K o o rd in a t re a k s i

C e lls R e q u ir e S o u r c e s o f Fr e e E n e r g y
C e l l s a r e is o t h e r m a l s y s t e m s . H e a t fl o w is n o t a s o u r c e o f e n e rg y fo r c e lls . C e l l s c a n a n d m u s t u s e is fr e e en e rg y. C e lls a c q u ir e fr e e e n e rg y fr o m n u trie n t m o le c u le s . P h o t o s y n t h e t i c c e l l s a c q u i r e it fr o m so la r ra d ia tio n . C e l l s tr a n s f o r m fr e e e n e r g y in t o A T P a n d o t h e r e n e r g y - r i c h co m p o u n d s.

S t a n d a r d Fr e e E n e rg y C h a n g e
T h e c o m p o s itio n o f a re a c tin g sy s te m (r e a c ta n ts & p r o d u c ts ) te n d s to c o n t i n u e c h a n g i n g u n t i l e q u i li b r iu m is re a c h e d . T h e c o n c e n tr a tio n s o f re a c ta n ts a n d p ro d u c ts a t e q u ilib r iu m d e f i n e th e e q u i l i b r i u m c o n s t a n t , K eq.

2/2 5 /2 0 1 3

S ta n d a r d c o n d itio n s (2 9 8 K ) : re a c ta n ts & p r o d u c ts a r e 1 M o r fo r g a s e s a r e 1 0 1 .3 k P a o r 1 a t m , th e f o r c e d r i v i n g th e s y s t e m to w a r d e q u i l i b r i u m is d e f i n e d a s th e s t a n d a r d f r e e en e rg y ch a n g e , G . C e l l s : H + is 1 0 7 M ( p H 7 ) & w a te r is 5 5 .5 M ; fo r re a c ti o n s th a t in v o l v e M g 2 + , c o n c e n t r a t i o n is 1 m M st a n d a r d tr a n s f o r m e d c o n s t a n t s ( G & K e q )

S ta rt w ith 2 0 m M G 1 P (w ith n o G 6 P ) , s o th e fi n a l e q u i l i b r i u m a t 2 5 C & p H 7 . 0 w i l l b e th e s a m e : 1 m M G 1 P & 1 9 m M G 6 P.

T h e c o n v e r s i o n o f G 1 P to G 6 P re le a s e G . T h e r e v e r s e r e a c t i o n (G 6 P to G 1 P ) G h a s th e s a m e m a g n i t u d e b u t th e o p p o s ite sig n .

A c t u a l Fr e e E n e rg y C h a n g e s
D i s t i n g u i s h : th e f r e e - e n e r g y c h a n g e ( G ) & th e s ta n d a r d fr e e - e n e rg y c h a n g e ( G ) . G is a c o n s t a n t : it h a s a c h a ra c te ris tic , u n c h a n g in g v a lu e fo r a g iv e n re a c tio n . G is a f u n c t i o n o f r e a c t a n t & p ro d u c t c o n c e n tra tio n s & te m p e r a t u r e d u r i n g th e r e a c t i o n .

I n li v i n g c e l l s , r e a c t i o n s w o u l d b e s l o w if u n c a t a l y z e d , e n z y m e lo w e r i n g th e a c t i v a t i o n e n e r g y . E n z y m e p ro v id e s a n a lte rn a tiv e re a c t io n p a t h w a y w it h a lo w e r a c tiv a tio n e n e rg y su b s tra te h a v e e n o u g h th e r m a l e n e r g y to o v e r c o m e th e a c ti v a ti o n b a r r ie r & th e r e a c t i o n r a t e in c r e a s e s . T h e fr e e - e n e r g y c h a n g e is in d e p e n d e n t o f th e p a t h w a y b y w h i c h th e re a c t i o n o c c u r s ; it d e p e n d s o n l y o n th e n a tu r e a n d c o n c e n t r a t i o n o f th e in i t i a l re a c t a n ts a n d th e fin a l p r o d u c ts .

G A r e A d d itiv e

T h e G va lu e s o f se q u e n tia l c h e m ic a l re a c tio n s a re a d d itiv e . T h is p r in c ip le e x p la in s h o w a th e r m o d y n a m i c a l l y u n f a v o r a b l e (e n d e rg o n ic ) re a c tio n c a n b e d r i v e n in th e fo r w a r d d i r e c t i o n b y c o u p l i n g it to a h i g h l y e x e r g o n i c r e a c t i o n th r o u g h a c o m m o n in t e r m e d i a t e .

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P h o s p h o ry l G ro u p Tra n s fe rs an d AT P

S p e c i a l ro l e o f A T P a s th e e n e r g y c u r r e n c y th a t li n k s c a t a b o l i s m a n d an a b o lis m . C e l l s o b t a i n fr e e e n e r g y in a c h e m i c a l fo r m b y th e c a t a b o l i s m o f n u t r i e n t m o l e c u l e s & th e y u s e th a t e n e r g y to m a k e A T P fr o m A D P an d P i. A T P d o n a t e s it s c h e m i c a l e n e r g y to e n d e r g o n i c p r o c e s s e s : sy n th e s is m a c r o m o le c u le s fr o m p r e c u r s o r s , tr a n s p o r t o f s u b s t a n c e s ac ro s s m e m b ra n e s ag a in s t co n c e n tra tio n g ra d ie n ts , an d m e c h a n ic a l m o tio n .

G fo r A T P H y d r o ly s is

T h e h y d r o l y t i c c l e a v a g e o f th e te r m i n a l p h o s p h o r i c a c i d a n h y d r i d e b o n d in A T P s e p a r a t e s o n e n e g a tiv e ly c h a rg e d p h o s p h a t e s & re l i e v e s s o m e o f th e e l e c t r o s t a t i c r e p u l s i o n in A T P ; th e P i (H P O 4 2 -) is s t a b i l i z e d b y th e fo r m a tio n o f se v e r a l re s o n a n c e fo r m s ; A D P 2 - im m e d i a t e l y io n i z e s , re l e a s i n g H in t o a m e d i u m o f v e r y lo w [H ] (~ 1 0 7 M ) . T h e a c tiv a tio n e n e rg y fo r A T P h y d r o l y s i s is r e l a t i v e l y h i g h en zy m e.

O th e r P h o s p h o r y la te d C o m p o u n d s a n d T h i o e s t e r s A l s o H a v e L a r g e Fr e e E n e r g ie s o f H y d r o ly s is

A T P P r o v id e s E n e r g y b y G ro u p Tra n s fe rs

2/2 5 /2 0 1 3

T h e p h o s p h a te c o m p o u n d s d i v i d e d in t o tw o g r o u p s , b a s e d o n G o f h y d ro ly s is 1 . H ig h -e n e rg y c o m p o u n d s : G < -2 5 k J / m o l 2 . L o w -e n e rg y co m p o u n d s : G > -2 5 k J /m o l G re s u lt s fr o m th e p r o d u c t s o f th e r e a c t i o n h a v in g a lo w e r fr e e - e n e r g y c o n te n t th a n th e re a c t a n t s .