1

09. PERANAN MIKROORGANISME

MIKROBIOLOGI KLINIK I. Specimens A. Mikrobiologis klinik adalah mikrobiologis yang memiliki tugas mengisolasi dan identifikasi mikroorganisme dari spesimen klinik, dan untuk melakukannya secepat mungkin B. Specimen-materi dari manusia yang diujikan, diperiksa, atau dikaji untuk mengetahui ada dan tidaknya mikroorganisme spesifik 1. Untuk kepentingan keamanan, spesimen harus ditangani secara hati-hati; peringatan keamanan secara universal telah direkomendasikan oleh CDC dalam bentuk informasi mengenai penanganan spesimen yang aman 2. Specimen harusnya dapat: a. Mewakili area yang sakit b. Cukup dalam hal jumlah supaya dapat digunakan dalam berbagai macam uji diagnosa c. Terhindar dari kontaminasi, biasanya oleh mikroorganisme indigenous pada kulit dan membran mukosa d. Dapat diuji kembali ke laboratorium klinik e. Diuji secara tepat secara lengkap dengan beberapa antimikroba C. Koleksi 1. Sterile swabs-digunakan untuk mengoleksi specimen dari kulit dan membran mukosa; dengan resiko kontaminasi lebih besar dan memiliki kapasitas volume yang terbatas, sehingga penggunaan cara ini umumnya diragukan 2. Needle aspiration-digunakan untuk koleksi darah dan cairan cerebrospinal; mikroorganisme pada permukaan kulit harus dapat dikeluarkan dengan menggunakan teknik antiseptik strigent; antikoagulan digunakan untuk mencegah blood clotting 3. Intubasi-digunakan untuk mengoleksi spesimen dari lambung 4. Catheterisasi-digunakan untuk mengoleksi dari urin 5. Penampungan urin pertengahan yang bersih-urin pertama yang dikeluarkan dibiarkan tidak dikoleksi, karena ini memungkinkan terkontaminasi dengan organisme pada permukaan 6. Sputum-sekresi mukosa yang dikeluarkan dari paru-paru, bronchi, dan/atau trachea D. Penanganan-termasuk bahan tambahan khusus (seperti, antikoagulan) dan pelabelan yang tepat E. Transport-harus tepat waktu; kontrol temperatur mungkin dibutuhkan; perlakuan khusus mungkin dibutuhkan pada anaerob II. Identifikasi mikroorganisme dari spesimen A. Mikroskopik-pemerikasaan langsung spesimen, atau pemerikasaan spesimen setelah beberapa prosedur pewarnaan B. Pertumbuhan dan karakteristik biokimia 1. Virus-diidentifikasi melalui isolasi kultur sel (jaringan), melalui immunodiagnosis, dan deteksi molekuler a. Kultivasi Viral 1) kultur sel-virus dideteksi dari efek sitopatik (terlihat perubahan morfologi pada sel inang) atau hemadsorption (pengikatan sel-sel darah merah pada sel-sel terinfeksi) 2) telur berembrio-virus dapat diinokulasi kedalam allantoic cavity, amniotic cavity, atau the chorioallantoic cavity; virus terdeteksi dengan adanya perkembangan pocks pada membran chorioallantoic, perkembangan hemagglutinins pada cairan allantoic dan amniotic, dan dari matinya embrio 3) laboratorium hewan (misalnya, menyuntik tikus)terlihat sebagai tanda penyakit atau kematian b. Tes Serologi (misalnya, antibodi monoklonal melalui immunofluorescence) dapat digunakan untuk mendeteksi virus pada kultur jaringan hidup 2. Fungi a. Pemeriksaan mikroskopik langsung dengan fluorescent dyes b. Pemeriksaan kultur c. Tes Serologi atau antibodi antifungi d. Yeast can be identified by the use of rapid ID methods 3. Parasit-diidentifikasi melalui pemeriksaan spesimen dari telur, cysts, larva, atau sel-sel vegetative; beberapa tes serologi dapat dilakukan 4. Bacteri (selain rickettsias, chlamydiae, dan mycoplasma) a. Isolasi dan menumbuhkan bakteri dapat dilakukan sebelum beberapa tes diagnosa

Identifikasi awal dapat disarankan melalui sumber spesimen; kenampakan mikroskopik dan reaksi gram; pola pertumbuhan pada media selektif, difensial, dan media lainnya; dan melalui hemolytic, metabolic, dan kelengkapan fermentasi c. Setelah kultur murni didapatkan, tes-tes biokimia khusus dapat dilakukan 5. Rickettsias-diidentifikasi melalui immunoassays atau isolasi (sesudahnya dapat lebih terlihat) 6. Chlamydiae-diidentifikasi melalui pewarnaan Giemsa, pewarnaan immunofluorescent jaringan dengan antibodi anticlamidia, DNA probes, dan PCR 7. Mycoplasma-diidentifikasi secara immunologi atau melalui penggunaan DNA probes III. Tes Kerentanan A. Terpikirkan bahwa diperlukan dilakukannya beberapa tes penting B. Digunakan untuk membantu keputusan fisik penggunaan obat apa dan dosisnya IV. Komputer pada Mikrobiologi Klinik A. Permintaan Test-permintaan khusus, data pasien, dan nomer assesi B. Pengeluaran hasil C. Pencetakan laporan-format fleksibel untuk bertemu dengan kebutuhan physician D. Managemen laboratorium E. Diinterfase dengan perlengkapan automasi MIKROBIOLOGI PANGAN I. Pertumbuhan Mikroorganisme pada Makanan A. Faktor-faktor Intrinsik 1. Kandungan Makanan a. Karbohidrat-kebanyakan tidak menyebabkan bau b. Protein dan atau lemak menyebabkan berbagai bau busuk (misalnya, putrefaksi) 2. pH-pH rendah menyebabkan yeast dan jamur menjadi dominan, pH lebih tinggi menyebabkan bakteri menjadi dominan, pH lebih tinggi lagi dapat mengakibatkan putrefaksi (pemecahan protein secara anaerob yang melepaskan komponen amine berbau) 3. Struktur fisik mempengaruhi jalannya dan meluasnya kerusakan a. Penggilingan dan pencampuran (seperti, sosis dan hamburger) meningkatkan luas permukaan, merubah struktur sel, dan mendistribusi mikroorganisme keseluruh makananan b. Sayuran dan buah-buahan memiliki kulit luar yang melindunginya dari kerusakan; kerusakan mikroorganisme karena memiliki enzim yang melemahkan dan mempenetrasi beberapa selaput pelindung 4. Adanya air dan aviabilitasnya a. Pengeringan (menghilangkan air) mengontrol atau mengeliminasi kerusakan makanan b. Penambahan garam atau gula menurunkan aviabilitas air yang membantu mengurangi kerusakan oleh mikroba c. Meskipun demikian kerusakan dapat terjadi disebabkan oleh beberapa mikroorganisme 1. Osmophilic-menyukai tekanan osmosis tinggi 2. Xerophilic-menyukai aviabilitas air rendah 3. Oksidasi-potensial reduksi dapat dipengaruhi (diturunkan) oleh pemasakan, pembuatan makanan lebih rentan terhadap kerusakan anaerob 4. Kebanyakan makanan mengandung substansi antimikroba alamiah (seperti, buahbuahan dan sayuran, susu dan telur, saus pedas, ramuan dan bumbu-bumbu, dan teh hijau dan hitam yang tidak difermentasi) B. Faktor Ekstrinsik 1. Temperatur dan kelembaban relatif-pada kelembaban relatif yang lebih tinggi, pertumbuhan mikroba terlihat lebih cepat, meski pada temperatur yang lebih rendah 2. Atmosfer-Oksigen biasanya mendukung pertumbuhan dan kerusakan saat penyusutan makanan yang diwraping sejak oksigen dapat memasuki plastik; CO2 tinggi cenderung menurunkan pH dan mengurangi kerusakan; modified atmosphere packaging (MAP)/pengemasan atmosfer modifikasi melibatkan penggunaan materi modern shrink wrap materials dan tehnologi vakum untuk pengepakan makanan pada atmosfer yang diinginkan (seperti, CO2 tinggi) II. Pertumbuhan Mikroba dan Kerusakan Makanan A. Daging dan produk dari susu merupakan lingkungan yang ideal bagi kerusakan mikroorganisme karena kandungan nutrisi berharga yang tinggi dan adanya karbohidrat, lemak dan protein yang mudah dicerna; proteolisis (aerob) dan putrefaksi (anaerob) dekomposisi protein; pada kerusakan susu yang tidak dipasteurisasi terjadi empat langkah suksesi mikroorganisme B. buah-buahan dan sayuran memiliki kandungan protein dan lemak lebih rendah dibanding daging dan produk dari susu dan mengalami kerusakan yang berbeda-beda; adanya karbohidrat yang

b.

mudah dicerna pada sayuran memudahkan terjadinya kerusakan oleh bakteri; potensial oksidasi reduksi tinggi disukai oleh bakteri aerob dan fakultatif; jamur biasanya mengawali kerusakan pada semua buah C. Produk jeruk beku adalah proses minimal dan dapat dirusak oleh lactobacilli dan yeasts D. biji-bijian, jagung, dan kacang-kacangan dapat rusak ketika berada pada kondisi lembab; ini dapat mengakibatkan produksi substansi toksik, termasuk aflatoxins dan fumonisins 1. Ergotisme disebabkan oleh alkaloid hallusinogenik yang diproduksi oleh jamur pada jagung dan biji-bijian 2. Aflatoxins-molekul planar yang intercalate ke DNA dan bertindak sebagai mutagen frameshift dan karsinogen; jika dikonsumsi oleh sapi, alflatoksin dapat muncul pada susu; juga telah ditemukan pada beer, coklat, raisin, dan makanan dari kedelai; sensitivitas aflatoxin dapat dipengaruhi oleh penyakit yang diderita sebelumnya (seperti, infeksi hepatitis B meningkatkan sensitivitas) 3. Fumonisins-fungi kontaminan pada jagung; menyebabkan penyakit pada hewan dan kanker esophageal pada manusia; mengacaukan sintesis dan metabolisme sphingolipids E. kerang-kerangan dan ikan-ikanan dapat terkontaminasi oleh toksin alga, yang menyebabkan berbagai penyakit pada manusia III. Mengontrol Kerusakan Makanan A. Penghilangan mikroorganisme melalui filtrasi pada air, anggur, jus beer, soft drinks dan cairan lain dapat menyebabkan populasi bakteri menjadi rendah atau eliminasinya seratus persen B. Temperatur rendah-refrigeration dan/atau pebekuan memperlambat pertumbuhan mikroba namun tidak dapat mencegah kerusakan C. Temperatur tinggi 1. Pengalengan a. Makanan kaleng dipanaskan pada wadah khusus disebut tabung kimia hingga 115C selama 25-100 menit untuk membunuh mikroorganisme perusak b. Makanan kaleng dapat mengalami kerusakan meskipun ada keamanan tindakan pencegahan; kerusakan dapat disebabkan kerusakan sebelum pengalengan, selama proses pengalengan, atau kebocoran karena terkontaminasi air pada seluruh lapisan kaleng saat pendinginan 2. Pasteurisasi-membunuh organisme penyebab penyakit; secara substansi mengurangi jumlah organisme perusak a. Low-temperature holding (LTH)-6/penanganan temperatur rendah b. 8C selama 30 menit c. High-temperature short-time (HTST)-71C selama 15 detik d. Ultra-high temperature (UHT)-141C selama 2 detik e. waktu pasteurisasi yang pendek meningkatkan rasa dan memperpanjang shelf life 3. Perlakuan pemanasan berdasarkan proses statistik melibatkan probabilitas yang menyebabkan jumlah mikroorganisme hidup ada di bawah level tertentu setelah waktu tertentu pada temperatur spesifik D. Aviabilitas air-prosedur dehidrasi meniadakan air dan meningkatkan konsentrasi larutan (seperti, freeze-drying) E. Pengawetan Kimiawi 1. Berdasarkan U.S. Food and Drug Administration (FDA); pengawetan tergolong sebagai "generally recognized as safe" atau GRAS/umumnya dikenal aman; termasuk asam organik sederhana, ethylene oxide sebagai gas pensteril, sodium nitrite, dan ethyl formate; mempengaruhi mikroorganisme melalui perusakan faktor kritik 2. Effektivitas tergantung pH; nitrit membasmi Clostridium botulinum, namun beberapa diketahui karena adanya potensi membentuk karsinogen nitrosamines ketika daging diawetkan dengannya saat dimasak F. Radiasi-Radiasi nonionisasi (ultraviolet atau UV) digunakan pada permukaan peralatan yang digunakan untuk mengolah makanan, namun tidak mempenetrasi makanan; penetrasi ionisasi (radiasi gamma) baik namun harus digunakan pada makanan lembab untuk memproduksi peroksida, yang sensitif oksidasi bahan sel (radappertization); radiasi ionisasi digunakan pada seafoods, buah-buahan, sayuran, dan daging G. Penghambatan menggunakan produk mikroba 1. Bacteriocins-protein bakteriosidal yang dihasilkan oleh bakteri; aktif membasmi hanya pada bakteri yang secara dekat berhubungan (seperti, nisin) 2. Bacteriocins mengacaukan perlawanan daya proton sama seperti terjadinya penghambatan sintesis murein atau pengaruh seperti deterjen pada membran sitoplasma

IV. Penyakit disebabkan oleh Makanan A. Sakit akibat makanan berpengaruh besar bagi seluruh dunia; baik itu infeksi atau intoksikasi; yang berhubungan juga dengan kurangnya perilaku hygien B. Infeksi Penyakit dari Makanan 1. Disebabkan termakannya mikroorganisme, diikuti dengan pertumbuhan, invasi jaringan, dan atau pelepasan toksin 2. Salmonellosis-disebabkan oleh bermacam-macam serovar Salmonella; biasanya ditransmisikan melalui daging, unggas, dan telur; dapat meningkat dari kontaminasi makanan oleh pekerja pemroses makanan dan pekerja restoran dan juga pada proses pengalengan 3. Campylobacter jejuni-ditransmisikan melalui produk unggas, susu murni, dan daging merah yang tidak dimasak atau kurang matang; melalui pencegahan transmisi saat memasak 4. Listeriosis-ditransmisikan melalui produk dari susu 5. Enteropathogenic, enteroinvasive, dan enterotoxigenic Escherichia coli a. Disebarkan melalui rute oral fekal; ditemukan pada produk daging, minuman buah tidak dipasteurisasi, dan pada buah-buahan dan sayuran b. Pencegahan melalui pencegahan kontaminasi makanan pada semua tingkat yaitu produksi, penanganan, dan pemasakan; irradiasi gamma mungkin dapat digunakan dikemudian hari sebagai tindakan pencegahan dan pengukuran kontrol 6. Penyakit Variant Creutzfeld-Jakob-ditransmisikan dari konsumsi daging dari ternak yang terinfeksi; transmisi antara hewan disebabkan penggunaan jaringan mammalia pada makanan hewan ruminansia; pencegahan dan kontrol susah dilakukan 7. Makanan ditransport dan dikonsumsi saat belum dimasak dapat meningkatkan sumber infeksi dari makanan, khususnya saat perpindahan manusia dan produk meningkat cepat seluruh dunia a. kecambah dapat menjadi masalah jika berkecambah pada air yang terkontaminasi; sehingga sebagai benih yang terkontaminasi, mereka melepaskan molekul yang mendukung pertumbuhan bakteri b. Kerang-kerangan dan ikan-ikanan dapat terkontaminasi oleh patogen (seperti, vibrio dan virus) ditemukan pada materi buangan c. Raspberries sering ditranport oleh angin menuju kedaerah yang sangat jauh; jika terkontaminasi, penyebaran terjadi jauh dari sumber patogen C. Intoksikasi Makanan 1. Termakannya toksin mikroba dari makanan 2. Keracunan makanan karena Staphylococcal disebabkan oleh exotoxins yang dilepaskan oleh Staphylococcus aureus, yang secara teratur ditransmisikan dari habitat normal (rongga nasal) ke makanan oleh tangan orang; refrigeration yang tidak benar menyebabkan pertumbuhan bacterium dan produksi toxin 3. Clostridum botulinum, C. perfringens, dan B. subtilis juga menyebabkan intoksifikasi makanan a. Botulism, disebabkan oleh C. botulinum, ini didiskusikan pada chapter 39 b. C. perfringens habitat umumnya pada makanan, tanah, air, bumbu, dan saluran usus; selama tertelan, endospora bergerminasi dan memproduksi enterotoksin dalam usus; ini menyebabkan keracunan makanan; sering terjadi ketika daging dimasak secara pelan c. Keracunan makanan oleh Bacillus cereus berasal dari makanan mengandung zat tepung V. Deteksi Patogen penyebab Penyakit pada Pangan A. Metode haruslah cepat; meskipun demikian metode kultur tradional yang mungkin membutuhkan waktu berhari-hari hingga berminggu-minggu hingga kompit sangatlah lama; identifikasi juga komplek karena biasanya jumlah patogen lebih sedikit dibanding dengan mikroflora normal; kelengkapan kimia dan fisik makanan dapat membuat isolasi patogen penyakit pangan menjadi sulit B. Metode molekuler baik digunakan karena tiga alasan 1. Dapat mendeteksi adanya patogen tunggal dan spesifik 2. Dapat mendeteksi virus yang tidak dapat secara konvensional dikultur 3. Dapat mengidentifikasi patogen yang lambat tumbuh dan tidak dapat terkultur C. Beberapa contoh 1. DNA probes dapat dihubungkan dengan enzimatik; isotopik, chromogenic, atau penanda luminescent/fluorescent; sangat cepat 2. PCR dapat mendeteksi sejumlah kecil patogen (seperti, sedikit mungkin 10 toxin-yang diproduksi sel E. coli pada populasi 100,000 sel yang diisolasi dari sampel keju soft; begitu juga dua colony- forming units Salmonella); sistem PCR dikembangkan untuk Campylobacter jejuni dan Arcobacter butzleri 3. Fingerprinting patogen penyebab penyakit dari makanan adalah beberapa bagian yang pertama kali dilakukan oleh Centers for Disease Control (CDC) untuk mengkontrol patogen penyebab

penyakit dari makanan; CDC yang merancang prosedur (PulseNet) dimana pulse-field gel electrophoresis digunakan dibawah kondisi terkontrol dan terstandar untuk mendeteksi pola DNA dari 9 patogen utama pada makanan; patogen ini diikuti dengan jaring-jaring kehidupan/ surveillance network (FoodNet) VI. Mikrobiologi pada Makanan terfermentasi A. Susu terfermentasi-sedikitnya 400 susu terfermentasi yang berbeda diproduksi hampir diseluruh dunia; fermentasi dilakukan oleh mesophilic, thermophilic, dan bakteri therapeutic asam laktat, sama baiknya oleh yeast dan jamur 1. Mesophilic-asam diproduksi oleh aktivitas mikroba pada temperatur lebih rendah dari 45C menyebabkan denaturasi protein (seperti, buttermilk dan susu asam) 2. Thermophilic-fermentasi terjadi pada kisaran suhu 45C (seperti, yogurt) 3. Therapeutic-susu terfermentasi mungkin memiliki efek terapi a. Susu Acidophilus mengandung L. acidophilus; meningkatkan kesehatan secara umum dengan merubah mikroflora normal intestinum; dapat membantu mengkontrol kanker kolon b. Bifid-produk susu fermentasi berasa (mengandung Bifidobacterium spp.) meningkatkan toleransi laktosa, memiliki aktivitas antikanker, membantu menurunkan tingkat kolesterol serum, membantu penyerapan kalsium, dan mendukung sintesis vitamin B komplek; dapat juga mengurangi dan mencegah ekskresi rotavirus, penyebab diare pada anak-anak 4. Yeast lactic-fermentasi ini termasuk kefir yang terbentuk karena adanya peran yeast, bakteri asam laktat, dan bakteri asam asetat 5. Mold lactic-fermentasi ini digunakan untuk memproduksi viili, a Finnish beverage; menggunakan jamur Geotrichium candidum dan bakteri asam laktat B. Keju-diproduksi dari koagulasi curd, ekspresi whey, dan pematangan oleh mikroba fermentasi; keju dapat secara internal diinokulasikan atau pematangan permukaan C. Daging dan Ikan 1. Produk daging termasuk sosis, country-cured hams, bologna, dan salami; seringkali melibatkan Pediococcus cerevisiae dan Lactobacillus plantarum 2. Produk Ikan termasuk izushi (ikan segar, nasi, dan sayuran diinkubasi dengan Lactobacillus spp.) dan katsuobushi (tuna diinkubasi dengan Aspergillus glaucus) D. Produksi minuman beralkohol 1. Anggur dan Sampanye a. Anggur dihancurkan dan cairan yang mengandung substrat yang dapat difermentasi (musts) dipisahkan; musts dapat secara langsung difermentasi, namun hasilnya tidak dapat ditebak; biasanya harus disterilisasi melalui pasteurisasi atau dengan sulfur dioxide fumigant; untuk membuat anggur merah, kulit anggur merah jangan kontak dengan must sebelum proses fermentasi; jika must telah disterilisasi, strain Saccharomyces cerevisiae atau S. ellipsoideus ditambahkan dan campuran difermentasi (alkohol 10 hingga 18%) b. Untuk minuman anggur kering (tidak bebas gula), sejumlah gula dibatasi sehingga semua gula difermentasi sebelum fermentasi berhenti; untuk sweet wine (adanya bebas gula), fermentasi dihambat oleh akumulasi alkohol sebelum semua gula digunakan semua; pada proses aging komponen penambah rasa terakumulasi c. Racking-peniadaan sedimen terakumulasi selama proses fermentasi d. Brandy (burned wine) dibuat dengan mendestilasi wine untuk meningkatkan konsentrasi alkohol; acar wine dibuat oleh oksidasu mikroba terkontrol (oleh Acetobacter atau Gluconobacter) untuk memproduksi asam asetat dari etanol e. Untuk champagnes, fermentasi diteruskan pada botol untuk memproduksi citarasa alami wine 2. Beers dan ales a. Malt diproduksi oleh germinasi biji-bijian barley dan aktivasi enzim mereka untk memproduksi malt; mash diproduksi dari malt oleh hidrolisis enzimatik starch untuk mengakumulasi karbohidrat yang dapat dimanfaatkan; mash dipanaskan dengan hops (bunga dikeringkan dari betina tumbuhan anggur Humulus lupulis) untuk menambah citarasa dan menjernihkan wort (protein dan karbohidrat terhidrolisis); hops menginaktifkan enzim hidrolisis sehingga wort dapat disingkirkan (diinokulasi dengan yeast) b. Beer diproduksi oleh bottom yeast, seperti Saccharomyces carlsbergensis dan ale diproduksi oleh top yeast, seperti S. cerevisiae; freshly fermented (green) beers tidak keras (aged), dibotolkan, dan dikarbonasi; beer dapat dipasteurisasi atau disaring untuk meniadakan mikroorganisme dan meminimalkan perubahan citarasa

Distilled spirits-cairan terfermentasi seperti beer didestilasi menjadi alkohol konsentrat; tipe minuman keras tergantung pada komposisi mash pemula; penambah cita rasa dapat pula ditambahkan; flavorings can also be added; keasaman mash melibatkan fermentasi termediasi Lactobacills delbrueckii sering digunakan E. Produksi Roti 1. Fermentasi yeast Aerobic digunakan untuk memproduksi karbondioksida dengan produksi alkohol minimum; fermentasi lain menambahkan cita rasa 2. Mikroorganisme lain membuat roti khusus, seperti sourdough 3. Produk roti dapat dirusak oleh spesies Bacillus yang memproduksi F. Makanan fermentasi lainnya 1. Sufu, tofu difermentasi (secara kimia produk susu kedelai dikoagulasikan) dan tempeh, dibuat dari mash kedelai, dibentuk oleh aksi jamur 2. Sauerkraut-kobis difermentasi; melibatkan suksesi mikroba termediasi oleh Leuconostoc mesenteroides, Lactobacillus plantarum, dan Lactobacillus brevis 3. Acar adalah mentimun difermentasi pada air asin oleh bermacam-macam bakteri; proses melibatkan suksesi mikroba komplek 4. Silages-makanan hewan yang diproduksi secara anaerob, fermentasi campuran tipe laktat dari rumput, jagung, dan makanan segar lain pada hewan VII. Mikroorganisme sebagai makanan dan penyedap makanan A. Mikroba yang dapat dimakan antara lain bermacam-macam bakteri, yeasts, dan fungi lainnya (seperti, mushrooms, Spirulina) B. Probiotics-penambahan mikroorganisme pada makanan untuk meningkatkan kesehatan melalui keuntungan dasar bernilai bernutrisi; juga disebut microbial dietary adjuvants 1. Awal mula pengakuan keuntungan kesehatan tidak berdasarkan investigasi ilmiah; bagaimanapun penelitian ini sekarang telah dilakukan dengan menggunakan simulasi ekosistem intestinum manusia/simulated human intestinal ecosystem (SHIME) 2. Prebiotics-polimer oligosaccharids yang tidak diproses hingga usus besar; sering dikombinasi dengan probiotik untuk menciptakan sistem simbiosis 3. Probiotics digunakan pada unggas untuk meningkatkan berat tubuh dan konversi makanan; juga mereduksi koliform dan Campylobacter; dapat pula berguna untuk mencegah Salmonella berkolonisasi pada saluran pencernaan yaitu penghambatan kompetitif MIKROBIOLOGI INDUSTRI DAN BIOTEKNOLOGI Pendahuluan A. Mikrobiologi Industri dan bioteknologi melibatkan penggunaan mikrorganisme untuk mendapatkan tujuan spesifik B. Biotechnology telah dikembangkan secara cepat berhubungan dengan modifikasi genetik mikroorganisme, antara lain melalui tehnologi rekombinasi DNA II. Pemilihan Mikroorganisme untuk Mikrobiologi Industri dan BIoteknologi A. Penemuan Mikroorganisme pada lingkungan utama alami mikroorganisme untuk digunakan pada proses industri antara lain pada tanah, air, dan roti dan buah basi; hanya sebagian kecil spesies mikroba pada semua lingkungan dapat diidentifikasi; meski demikian, sumber tradisional tersebut masih dicari untuk menemukan mikroorganisme baru B. Manipulasi Genetic Mikroorganisme 1. Mutasi-salah satu kultur yang menjanjikan ditemukan, ini dapat ditingkatkan melalui mutagenesis dengan agen kimiawi dan sinar UV 2. Penggabungan Protoplast a. Secara luas digunakan pada yeasts dan molds, khususnya jika mikroorganisme asexual atau tipe perkawinan tunggal; melibatkan peniadaan dinding sel, mencampur dua larutan berbeda protoplasts, dan ditumbuhkan pada media selektif b. Dapat dilakukan dengan menggunakan spesies yang memiliki hubungan tidak dekat 3. Insersi sekuen DNA pendek-mutagenesis sisi berlangsung digunakan untuk memasukan DNA pendek pada sisi spesifik genom mikroorganisme; mengakibatkan perubahan kecil sekuen asam amino, namun dapat menghasilkan karekateristik protein yang tidak diinginkan; mutagenesis sisi langsung sangat penting pada bidang teknik protein 4. Transfer informasi genetik antara organisme berbeda a. Kombinasi secara biologi-transfer gen (misalnya, untuk sintesis produk spesifik) dari satu organisme ke lainnya I.

3.

Transfer gene ke dalam organime yang dapat meningkatkan efisiensi produksi dan meminimalkan purifikasi produk c. Banyak faktor dapat digunakan untuk transfer gen 5. Modifikasi ekspresi gen a. Dapat melibatkan regulasi modifikasi gen untuk produksi berlebih produk b. Teknik Jalur architecture dan jalur metabolic-perubahan secara intensif dari jalur dengan inaktif atau deregulasi gen spesifik c. Teknik kontrol metabolik-perubahan intensif kontrol untuk sintesis produk 6. Teknik genetik alamiah-melibatkan evolusi perlawanan dan mutasi adaptif; tekanan lingkungan khusus digunakan untuk mempertahankan mikroorganisme untuk bermutasi dan beradaptasi, ini menciptakan mikroorganisme dengan kemampuan biologi baru C. Penampungan mikroorganisme-stabilitas strain berhubungan; metode-metodenya antara lain lyophilization (freeze-drying) dan penyimpanan pada cairan nitrogen III. Pertumbuhan mikroorganisme pada Lingkungan Terkontrol A. Istilah Fermentasi umumnya digunakan oleh mikrobiolog industri berhubungan dengan kultur mikroorganisme; istilah tersebut memiliki banyak arti bagi mikrobiologis (table 42.7) B. Perkembangan Medium 1. Bahan mentah harga murah sering digunakan sebagai sumber karbon, nitrogen, dan fosfat; ini termasuk crude plant hydrolysates, whey dari proses bentuatan keju, molasses, dan dari produk pembuatan beer dan whiskey 2. Keseimbangan mineral (khususnya besi) dan faktor pertumbuhan mungkin penting; ini mungkin dibutuhkan pemberian beberapa nutrien penting dalam jumlah terbatas supaya terjadi perubahan kerja dari pertumbuhan menjadi produksi metabolit yang diinginkan C. Pertumbuhan mikroorganisme dalam seting industri 1. Lingkungan fisik harus dapat dibedakan (misalnya, agitasi, pendinginan, pH, oksigenasi); oksigenasi dapat sedikit menjadi masalah pada organisme berfilamen karena pertumbuhannya membentuk non-Newtonian broth (viscous), yang sukar untuk distirer dan diaerasi 2. Perhatian harus difokuskan pada faktor fisik untuk meyakinkan bahwa mereka tidak terbatas ketika penelitian sklala kecil di laboratorium dirubah menjadi skala industri 3. Tabung kultur, shake flasks, dan fermentor berstirer dengan berbagai ukuran digunakan untuk mengkultur mikroorganisme a. Pada fermentor berstrirer, semua langkah pada pertumbuhan dan pemanenan harus dilakukan secara aseptik dan komputer sering digunakan untuk memonitor jumlah biomassa, tingkat kritis produk metabolik, pH, pemasukan dan pengeluaran komponen gas, dan parameter lain b. Pemberian nutrisi penting secara terus menerus dibutuhkan untuk mencegahtimbulnya kelengkapan, yang dapat menyebabkan produksi dan akumulasi produk buangan metabolit yang tidak diinginkan c. Metode baru termasuk fermentor air-lift, media semi solid, dan surface-attached microorganisms (biofilms) pada reaktor fixed dan fluidized bed, ketika media mengalir mengelilingi partikel tersuspensi d. Sistem kultur dialisis menyebabkan buangan toksik untuk berdifusi dari mikroorganisme dan nutrien menjadi difusi antar mikroorganisme 4. Microbial products are often classified as primary or secondary metabolites a. Primary metabolites are related to the synthesis of microbial cells in the growth phase; they include amino acids, nucleotides, fermentation end products, and exoenzymes b. Secondary metabolites usually accumulate in the period of nutrient limitation or waste product accumulation that follows active growth; they include antibiotics and mycotoxins IV. Produk Utama Mikrobiologi Industri A. Antibiotics 1. Penicillin-careful adjustment of medium composition is used to slow growth and to stimulate penicillin production; side chain precursors can be added to stimulate production of particular penicillin derivatives; harvested product can then be modified chemically to produce a variety of semisynthetic penicillins 2. Streptomycin is a secondary metabolite that is produced after microorganism growth has slowed due to nitrogen limitation B. Amino acids 1. Amino acids such a lysine and glutamic acid are used as nutritional supplements and as flavor enhancers 2. Amino acid production is usually increased through the use of regulatory mutants or through the use of mutants that alter pathway architecture

b.

C. Organic acids 1. These include citric, acetic, lactic, fumaric, and gluconic acids 2. Citric acid, which is used in large quantities by the food and beverage industry, is produced largely by Aspergillus niger fermentation in which trace metals are limited to regulate glycolysis and the TCA cycle, thereby producing excess citric acid 3. Gluconic acid is also produced in large quantities by A. niger, but only under conditions of nitrogen limitation; gluconic acid is used in detergents D. Specialty compounds for use in medicine and health-include sex hormones, ionophores, and compounds that influence bacteria, fungi, amoebae, insects, and plants E. Biopolymers-microbially produced polymers 1. Polysaccharides are uses as stabilizers, agents for dispersing particulates, and as film-forming agents; they also can be used to maintain texture in ice cream, as blood expanders and absorbents, to make plastics, and as food thickeners; also used to enhance oil recovery from drilling mud 2. Cyclodextrins can modify the solubility of pharmaceuticals, reduce their bitterness, and mask their chemical odors; can also be used to selectively remove cholesterol from eggs and butter and protect spices from oxidation F. Biosurfactants 1. Biosurfactants may replace chemically synthesized surfactants because of increased biodegradability, which thereby creates better safety for environmental applications 2. The most widely used biosurfactants are glycolipids, which are excellent dispersing agents G. Bioconversion processes-microbial transformations or biotransformations 1. Microorganisms are used as biocatalysts; bioconversions are frequently used to produce the appropriate stereoisomer, are very specific, and can be carried out under mild conditions 2. When bioconversion reactions require ATP or reductants, an energy source must be supplied 3. When freely suspended cells are used, the microbial biomass is usually used once and then discarded; immobilized biocatalysts (cells or enzymes) are attached to particulates so that they can be easily recovered and used again; immobilized biocatalysts are used in the bioconversion of steroids, degradation of phenol, and production of antibiotics, organic acids, and metabolic intermediates; biocatalysts are also used to recover precious metals from dilute-process streams V. Pertumbuhan Mikroorganisme dalam Lingkungan Kompleks A. Industrial microbiology and biotechnology can be carried out in natural environments; in these environments, complete control of the process is not possible; processes carried out in natural environments include: 1. Biodegradation, bioremediation and environmental maintenance processes 2. Addition of microorganisms to soils or plants for improvement of crop production B. Biodegradation using natural microbial communities 1. Biodegradation has at least three definitions a. A minor change in an organic molecule, leaving the main structure still intact b. Fragmentation of a complex organic molecule in such a way that the fragments could be reassembled c. Complete mineralization 2. Some organic molecules exhibit recalcitrance; they are not immediately biodegradable 3. Degradation of a complex compound such as a halogenated compound occurs in stages a. Dehalogenation often occurs faster under anaerobic conditions; humic substances may facilitate this stage b. Subsequent steps usually proceed more rapidly in the presence of oxygen 4. Structure and stereochemistry impacts rate of biodegradation (e.g., meta effect and preferential degradation on one isomer) 5. Microbial communities change in response to physical and chemical changes in their environment; these can impact rate and extent of biodegradation (e.g., repeated contact with a herbicide leads to the adaptation of the microbial community and a faster rate of degradation) 6. Land farming-waste material is degraded after incorporation into soil or as it flows across soil surface 7. Biodegradation does not always reduce environmental problems (e.g., partial degradation can produce equally hazardous or more hazardous substances) 8. Biodegradation can cause damage and financial losses (e.g., corrosion of metal pipes in oil fields) C. Changing environmental conditions to stimulate biodegradation

D. Engineered bioremediation-addition of oxygen or nutrients to stimulate degradation activities of microorganisms E. Stimulating hydrocarbon degradation in waters and soils 1. Marine environments-nutrients and substance that increase contact between microorganisms and substrate are added 2. Subsurface environments-complicated by the limited permeability of subsurface geological structures; frequently involves stimulation of naturally occurring microbial communities by providing oxygen and nutrients F. Stimulating degradation with plants-phytoremediation is the use of plants to stimulate the degradation, transformation or removal of compounds, either directly or in conjunction with microorganisms; transgenic plants can be used G. Stimulation of metal bioleaching from minerals-involves the use of acid-producing bacteria to solubilize metals in ores; may require addition of nitrogen and phosphorous if they are limiting H. Biodegradation and bioremediation can have negative effects that must be controlled (e.g., unwanted degradation of paper, jet fuels, textiles and leather) E. Addition of microorganisms to complex microbial communities I. Addition of microorganism without considering protective microhabitats 1. Often fails to produce long-lasting increases in rates of biodegradation; this may be due to three factors: a. Attractiveness of laboratory grown microbes as a food source for predators b. Inability of microorganisms to contact the compounds to be degraded c. Failure of the microorganisms to survive 2. "Toughening" microorganisms by starvation before they are added has increased microbial survival somewhat, but has not solved the problem J. Addition of microorganisms considering protective microhabitats-adding microorganisms with materials that provide protection and/or supply nutrients 1. Living microhabitats-include surfaces of a seed, a root, or a leaf 2. Inert microhabitats-include microporous glass or "clay hutches" VI. Aplikasi Bioteknologi A. Biosensors 1. Biosensors make use of microorganisms or microbial enzymes that are linked to electrodes in order to detect specific substances by converting biological reactions to electric currents 2. Biosensors have been developed to measure specific components in beer, to monitor pollutants, to detect flavor compounds in foods, and to detect glucose and other metabolites in medical situations 3. New immunochemical-based biosensors are being developed; these are used to detect pathogens, herbicides, toxins, proteins, and DNA B. Microarrays 1. Arrays of genes that can be used to monitor gene expression in complex biological systems 2. Commercial microoarrays are now available for Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli C. Biopesticides 1. Bacteria-(e.g., Bacillus thuringiensis) are being used to control insects; accomplished by inserting toxin-encoding gene into plant or by production of a wettable powder that can be applied to agricultural crops 2. Viruses-nuclear polyhedrosis viruses (NPV), granulosis viruses (GV), and cytoplasmic polyhedrosis viruses (CPV) have potential as bioinsecticides 3. Fungi-fungal biopesticides are increasingly being used in agriculture A. B. Ethical and ecological considerations are important in the use of biotechnology Industrial ecology-discipline concerned with tracking the flow of elements and compounds through biosphere and anthrosphere