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Bioinf - 2

Engenharia Gentica Exerccios

2012/2013

Bioinformtica - 2

Identificao de mutantes de transposio 1.1. Identificao de genes inactivados pelo transposo Tn551 1.2. Identificao do local de insero do transposo

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1.1. Identificao de mutantes de Transposio

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Foi construda uma biblioteca de mutantes de transposio em Staphylococcus aureus, no background da estirpe COL, utilizando o transposo Tn551 que se insere aleatoriamente no genoma. Os mutantes foram seleccionados para a marca de resistncia do transposo (eritromicina), e destes apenas foram escolhidos os que demonstravam decrscimo na resistncia a um determinado antibitico. Por IPCR e sequenciao das zonas adjacentes ao stio de insero do transposo obtiveram-se os seguintes resultados para 7 dos mutantes seleccionados (a vermelho esta a sequncia do transposio): Mutante 1: CACTTAAGAGAATTGAATATAAAAAATAAATAGGCCTTGAAACATTGGTTTAGTGGGAATTTGTACCCCTTATC GATACAAATTCCCACTAAGCGCTCGGGACCCCCCCTTGATACATTTTTATATTTATATGCCTTGATTAAATTGTA TTATTATATTTATTGATAAACAACTCATCATGCTTAGAAAACGCTTAATTTAGGTTTTGACTTTTTAATCAGAGT ATATAAGCAAAACTTATCATACAGGTAAGGTGTAATAAGTATTTTTTATTAATTGAGAATAATTATCAATTTCGC GAATGATTCAATTCAATTTTTAAACGTATTATTTCATTGAGAAAGAAATTATGGCACCAAACTTTAATATTTTTTT CAATGTCATTCTTTTGATGGGAGTGGGA Mutante 2 : CACTTAAGAGAATTGAATATAAAAAATAAATAGGCCTTGAAACATTGGTTTAGTGGGAATTTGTACCCCTTATC GATACAAATTCCCACTAAGCGCTCGGGACCCCAACAATTCCCTAATCGAACAAAATTATGCGCATAAACAAAGT AGATTGATATAAAATTCTTAATTATCAGAATATATTTACAAATCTGAATTTTATTAGTATATTGGATAGTATTCA TAGAGGCATGACGGTATTTGAGCAGGATTTTAA Mutante 3 : CACTTAAGAGAATTGAATATAAAAAATAAATAGGCCTTGAAACATTGGTTTAGTGGGAATTTGTACCCCTTATC GATACAAATTCCCACTAAGCGCTCGGGACCCCTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCG GTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGATATCTTCATCTGACACATCTTCAAGATATTTAATCAATGCGCGAA TTGAATTTCCGTGTGCAGAAACTAATACCGTTTGACCATCTAGCAAATATTGTGAAATATGATCTGTCCAAAAT GGTATCACTCGAACTAAAGTATCTTTCAGACTTTCAGAATAAGGCATCATACGTTTATCTAAATGATTATATCGA CGATCAGCTAAGTAAGCTTCACGTTGTTCTTCGGTTTCAGCAGGTGGTTTCACATCATAAGAACGACGCCAAAT ATGTACTTGTTCTTCTCCAAATTCTTTTCTAGCATCATCTTTATTTAAGCCTTGCAATCCACCATAGTGGCGTTCA TTTAAACGCCAGCTTTTATATACAGGAATCCATTGTTGTTTAGATTCAGTTAAAATATAATGC Mutante 4: CACTTAAGAGAATTGAATATAAAAAATAAATAGGCCTTGAAACATTGGTTTAGTGGGAATTTGTACCCCTTATC GATACAAATTCCCACTAAGCGCTCGGGACCCCAAAGGAGCTTTATAACATGTCGAATGTTTTGGAGTTAACAA TTCCTGCATCAACAGCCAACCTTGGAGTTGGCTTTGATTCTATAGGTATGGCTTTAGATAAATTTTTGCATCTGT CTGTAAAGGAAACATCAGGGACAAAATGGGAATATATTTTCCATGATGATGCATCTAAGCAATTGCCTACTGA CGAAACAAACTTTATTTATCATGTAGCACAACAAGTTGCTTCTAAATATAGTGTTGACTTGCCTAATTTATGTAT CGAAATGAGAAGTGATATTCCATTGGCAAGAGGGTTAGGTTCGTCAGCTTCTGCTTTAGTAGGAGCTATATAT ATCGCAAATTATTTTGGTGATATCCAACTGTCTAAACATGAGGTATTACAATTAGCGACTGAAATCGAAGGACA TCCTGATAATGTTGCGCCGACCATTTATGGTGGTTTAATCGCTGGATATTATAATGATGTCTCGAAAGAAACGT CAGTTGCACATATCGACATACCAGACGTGGATGTGATTGTAACGATACCAACTTATGAACTAAAAACAGAAGC ATCAAGACGTGCTTTACCACAAAAATTAACACATAGTGAAGCGGTTAAAAGTAGTGCAATTAGTAATACAATG ATTTGTGCATTAGCACAGCACAATTATGAATTAGCAGGTAAACT

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Mutante 5 : CACTTAAGAGAATTGAATATAAAAAATAAATAGGCCTTGAAACATTGGTTTAGTGGGAATTTGTACCCCTTATC GATACAAATTCCCACTAAGCGCTCGGGACCCCTAATATCAGTTTGAAAACGAAAGACTCTAATGTTGATTTAAT TAATTATCTTCCTAAAAATAAAATTGATTCAGCAGATGTTAGTCAGAAATTAGGCTATAATATCGGCGGAAACT TCCAATCAGCGCCATCAATCGGAGGCAGTGGCTCATTCAACTACTCTAAAACAATTAGTTATAATCAAAAAAAC TATGTTACTGAAGTAGAAAGTCAGAACTCTAAAGGTGTTAAATGGGGAGTGAAAGCAAATTCATTCGTTACAC CGAATGGTCAAGTATCTGCATATGATCAATACTTATTTGCACAAGACCCAACTGGTCCAGCAGCACGAGACTAT TTCGTCCCAGATAATCAACTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACG AAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCAC Mutante 6: CACTTAAGAGAATTGAATATAAAAAATAAATAGGCCTTGAAACATTGGTTTAGTGGGAATTTGTACCCCTTATC GATACAAATTCCCACTAAGCGCTCGGGACCCCATTATGGTCAATCGGTATTCGAAGGATTAAAAGCATATAAA AGAGATGGGGAAGTTGCACTTTTCCGTCCTGAAGAAAATTTTAAGCGTCTTAATAACTCGTTAGCACGATTAG AAATGCCTCAAGTAGACGAAGCAGAATTGTTAGAGGGGCTAAAACAATTAGTTGATATTGAAAGAGATTGGA TTCCTGAAGGGGAAGGTCAATCATTATATATTCGTCCATTTGTTTTTGCAACAGAAGGGGCACTTGGCGTTGGT GCATCACATCAGTATAAATTATTAATTATTTTATCTCCTTCAGGTGCATATTATGGTGGTGAAACTTTAAAACCA ACTAAAATCTATGTAGAAGATGAATATGTGCGTGCTGTTCGTGGCGGTGTAGGCTTTGCAAAAGTTGCAGGTA ACTATGCGGCAAGTTTATTAGCACAAACTAATGCAAATAAATTAGGTTATGACCAAGTATTATGGCTTGATGGT GTTGAACAGAAATATATCGAAGAAGTTGGTAGCATGAACATTTTCTTCGTTGAAAATGGCAAAGTAATTACAC CAGAGTTGAATGGCAGTATTTTACC

Mutante 7: CACTTAAGAGAATTGAATATAAAAAATAAATAGGCCTTGAAACATTGGTTTAGTGGGAATTTGTACCCCTTATC GATACAAATTCCCACTAAGCGCTCGGGACCCCAATCAAACCAATCGTATTATTAAAATACCTGTTCAATATGGT GGTACATATGGACCAGATATTGAAGAAGTAGCAAAGCATAATCGAATAACTGTTGAGCAAGTTATTGAAAAA CATACAAGTAAACCTTATTTAATATATATGCTAGGATTTATGCCAGGATTTCCATACTTAGGCGGT

1.2. Identificao dos genes inactivados pelo Tn551

Utilizando as bases de dados disponveis na internet (blast search), identifique os genes correspondentes s sequncias apresentadas, e com a informao disponvel complete a tabela que se segue:
Mutante 1 2 3 4 5 6 7 Nome do gene ou Locus N de acesso do gene Tamanho do gene Coordenadas do gene no genoma Tamanho da protena Funo da protena

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2 parte Identificao do local de insero do Tn551.

Com a informao obtida em 1, transcreva a sequncia de nts dos genes respectivos e identifique o local preciso da insero do Tn551. Complete a tabela com os dados obtidos.

Mutante

Coordenadas do gene no genoma

Coordenada da insero do Tn551

Tamanho (kb) da Seq. DNA usada no Blast

Orientao da sequencia introduzida no Blast {directa ou invertida; cadeia codificante ou complementar}

1 2 3 4 5 6 7

2.2. Faa um esquema do local de insero do transposo para cada gene, tendo em conta a sua vizinhana no genoma (genes up e downstream).

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