PENGEMBANGAN SEKUEN PORCINE REPETITIVE ELEMENT-! (PRE-1) SEBAGAI PENANDA MOLEKULER UNTUK MENDETEKSI MATERIAL BABI PADA PRODUK DAGING OLAHAN HENNY NURAINI SEKOLAH PASCASARJANA. INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2004ABSTRAK HENNY NURAINI. Pengembangan Sekuen Porcine Repetitive Element-1 (PRE- 1) sebagai Penanda Molekuler untuk Mendeteksi Material Babi pada Produk ing Olahan. Dibimbing oleh EDDIE GURNADI, RUDY PRIYANTO, MULADNO, AUNUDDIN dari MUHILAL. Penelitian ini merancang detektor berdasarkan teknik amplifikasi PCR dari sekuen short interspersed nucleotide element (SINE) untuk mendeteksi material babi pada produk daging olahan, Empat pasang primer yang berasal dari sekuen pengapit PRE-1 (P642 dan P252), dan primer di dalam PRE-1 (P1 dan P2) dipergumakan untuk mendeteksi sampel DNA yang berasal dari organ sapi dan babi, serta ptoduk daging olaban sapi dan babi. Pada penelitian ini juga diuji primer di dalam PRE-1 yang dirancang oleh Walker et al. (2003). DNA yang mengandung babi dapat dideteksi menggunakan P642 (390 pb) dan P22 (495 pb). Pita ganda muncul pada hasil elektroforesis menggunakan primer P1 (175 pb) dan P2 (172 pb) dan dapat mengamplifikasi semua sampel DNA baik yang berasal dari babi maupun sapi, sehingga primer ini tidak dapat dijadikan sebagai primer yang spesifik. Primer Walker juga tidak memiliki keunikan karena dapat mengamplifikasi sampel DNA babi dan spesies lain. Primer pengapit (flanking primers) PRE-1 memiliki sifat yang unik dan sensitif dibandingkan primer di dalam (inside primers) PRE-1 untuk mendeteksi material babi pada produk daging olahan. Pengulangan menggunakan primer pengapit PRE-1 minimal dilakukan tiga kali pada setiap produk. Kata kunci : PRE-1, primer pengapit, primer di dalam, daging olahan, daging babiABSTRACT HENNY NURAINI. Development of Porcine Repetitive Element-1 Sequence (PRE-1) as a Marker for Detection Pork Material in Processed Meat. Under the direction of EDDIE GURNADI, RUDY PRIYANTO, MULADNO, AUNUDDIN and MUHILAL. An assays was designed based on PCR amplification of short interspersed nucleotide element (SINEs) for detection pork material in processed meat. Four primer from PRE-1 flanking primers (P642 and P252), and PRE-1 inside primers (P1 and P2) were used for detection on DNA samples from cow and pig organs, and processed beef and pork. PRE-1 inside primers from Walker ef al. (2003) was tested as well. Porcine DNA was detected by P642 (390 bp) and P252 (495 bp) on DNA samples from pig organ and processed pork. On electrophoresis method test showed double band for all product with P1 (175 bp) and P2 (172 bp). PRE-1 inside primers (P1 and P2) were not spesies-specific. The Walker primers was not unique because it’s amplified all DNA samples from pig and others spesies. PRE- 1 flanking primers had more unique and sensitive than PRE-I inside primers for detection pork processed meat. PRE-I flanking primers were replicated at least three times to do that detection. Keywords: PRE-I, flanking primers, inside primers, processed meat, pork