ENZ IM

Sugi yon o, S.S i., Ph.D

Dos en Fa kulta s Biol ogi Un soe d

DEPARTEMEN PENDIDIKAN NASIONAL

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
September 18, 2009 FAKULTAS BIOLOGI1
 mRNA protein Sifat

translasi ekspresi

transkripsi

September 18, 2009 2

 Protein (1)

• 30 % dari total berat kering sel tumbuhan adalah

protein
• Merupakan penyusun sitoskeletal sel, atau dapat
pula sebagai cadangan makanan: misalnya dalam
biji
• Terdiri atas rantai asam amino yang panjang yang
dihubungkan oleh ikatan peptida

September 18, 2009 3

 Protein (2)

• 20 asam amino penyusun protein memiliki sifat yang

beragam seperti hydrophylic (polar) dan
hydrophobic (non polar), gugus polar bermuatan
atau netral, atau gugus yang bersifat asam maupun
basa

September 18, 2009 4

 Protein (3)
• Disintesis sebagai sebuah rantai linier dalam
ribosom, namun ketika protein tersebut dilepaskan
dari ribosom, secara spontan akan melipat
membentuk struktur 3 dimensi yang dikenal sebagai
native state, dan dikenal sebagai Konformasi
• Denaturasi adalah hilangnya sifat tiga dimensi yang
unik ini, dan berakibat pada hilangnya aktivitas
katalitik ini

September 18, 2009 5

 Struktur protein
 St ruktur pri me r: sekuen asam-asam amino
penyusunprotein
 St ruktur se ku nder: unit-unit struktural lokal dan
reguler yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen
 St ruktur te rsi er: struktur tiga dimensi dari
polipeptida yang merupakan asosiasi dari beberapa
struktur sekunder yang disertai dengan pelepasan
pelarut.
 St ruktur ku arter: asosiasi dua atau lebih dari struktur
tersier polipeptida (sub unit) membentuk sebuah
kompleks
September 18, 2009 6
 ENZIM (1)
o Fungsi utama protein dalam metabolisme adalah
sebagai enzim
o Enzim adalah katalis biologi yang mampu
meningkatkan laju reaksi-reaksi biokimiawi
o Enzim terlibat dalam reaksi tetapi secara
fundamental tidak berubah selama reaksi tersebut

September 18, 2009 7

 ENZIM (2)
Ciri utama enzim adalah:
o Spesifitas: yaitu kemampuan enzim untuk
membedakan molekul yang sangat mirip, karena
tahap pertama reaksi yang dikatalisis oleh enzim
adalah pembentukan kompleks enzim-substrat
o Efisiensi katalisis yang jauh melebihi katalis biasa,
dan mampu meningkatkan kecepatan reaksi
sampai 108 -1012 kali reaksi biasa
o Dipengaruhi oleb beberapa macam kontrol
pengaturan (regulatory control)
September 18, 2009 8
 Enzim biasanya bekerja efektif pada suhu dan
tekanan atmosfer ruang, dengan range pH yang
sempit dan mendekati netral

September 18, 2009 9

 Penamaan enzim
2. Berdasarkan nama substrat dan diberi akhiran
“ase”
3. Didasarkan pada reaksi yang dikatalisis
Contoh:
malat dehidrogenase
PEP karboksilase

September 18, 2009 10

 Seluruh enzim adalah protein, meskipun demikian
ada beberapa kompleks RNA-protein yang bersifat
seperti enzim pada prosesing RNA
 Pada umumnya enzim hanya memiliki satu tipe
aktivitas katalitik yang terkait dengan protein yang
sama

September 18, 2009 11

 Isoenzim/isozim adalah beberapa ensim yang
dikodekan oleh beberapa gen berbeda, tetapi
memiliki fungsi katalisis yang mirip

September 18, 2009 12

 Enzim sering kali mengandung gugus prostetik non
protein (disebut kofaktor)
 Beberapa kofaktor:
1) Ion logam: Zn, Fe, Mo
2) Gugus haeme, Fe-S
3) Koenzim: biasanya vitamin atau turunan
vitamin yang berfungsi sebagai karier/
pembawa NAD/NADH, FAD/FADH2

September 18, 2009 13

 Katalis mempercepat sebuah reaksi dengan
cara menurunkan energy barrier antara
substrat dengan produk, tetapi mereka tidak
digunakan, dan terbentuk kembali setelah
reaksi

 Katalis meningkatkan laju reaksi tetapi tidak

merubah kesetimbangan rasio reaktan-
produk, karena reaksi bolak-baliknya
dipercepat dengan cara yang sama

September 18, 2009 14

 Enzim berperan sebagai katalis karena
enzim mampu menurunkan energi bebas
pengaktif pada sebuah reaksi, dengan cara
meningkatkan energi bebas ground state
dan menurunkan energi bebas transisi

September 18, 2009 15

 Tidak dikatalisis enzim

Energi bebas
Dikatalisis enzim

Substrat

Produk

September 18, 2009 16

 Sisi katalitik Enzim biasanya berupa
lekukan/kantung dekat dengan permukaan
enzim
 Sisi katalitik enzim terdiri dari dua
komponen yaitu binding site dan gugus
katalitik (biasanya berupa rantai asam amino
dan/atau kofaktor yang dapat berperan
sebagai katalis)
 Faktor yang paling menentukan dalam
katalisis adalah interaksi langsung antara
enzim dan substrat
September 18, 2009 17
 Pengh amba tan A ktiv it as E nz im

 Inhibitor adalah setiap agensia yang

menurunkan kecepatan reaksi yang dikatalisis
oleh enzim
 Jika penghambatan bersifat irreversibel,
senyawa penghambatnya disebut inactivator.

 Activator adalah agensia lain yang dapat

meningkatkan efisiensi enzim

September 18, 2009 18

 Maca m i nh ibi tor

 Inhibitor irreversibel: adalah inhibitor yang

membentuk ikatan kovalen dengan enzim
atau yang mendenaturasi enzim
 Inhibitor reversibel: adalah inhibitor yang
membentuk ikatan non-kovalen yang lemah
dengan sebuah enzim yang efeknya dapat
berupa penghambatan kompetitif, non
kompetitif atau campuran

September 18, 2009 19

 Penghambatan kompetitif adalah
penghambatan yang terjadi karena inhibitor
berikatan dengan sisi aktif dengan afinitas yang
sama atau lebih besar dari substrat
 Penghambatan non-kompetitif: adalah jika
inhibitor tidak bersaing dengan substrat untuk
berikatan dengan sisi aktif
 Penghambatan campuran: adalah
penghambatan yang terjadi akibat terjadinya
kompleks substrat, enzim dan inhibitor

September 18, 2009 20

 Pen ga ruh p H p ada rea ksi y ang
di kalisi s en zi m

Enzim sangat sensistif terhadap pH karena

gugus katalisis biasanya dapat diionisasi, dan
gugus tersebut hanya aktif pada satu jenis
ionisasi. pH juga berpengaruh terhadap
perubahan konformasi polipeptida.

September 18, 2009 21

 Pen ga ruh s uh u p ada r ea ksi y ang
di kalisi s en zi m

Laju kecepatan reaksi yang dikatalisis oleh

enzim meningkat secara eksponensial dengan
meningkatnya suhu, namun karena enzim
adalah protein, ada faktor lain yang berperan
yaitu denaturasi

September 18, 2009 22

 Fa ktor lain y ang ber pen ga ruh p ada
rea ksi yang d ik alis is enz im ( 1)

 Pengaruh peningkatan konsentrasi substrat.

Sampai batas tertentu peningkatan konsentrasi
substrat akan meningkatkan laju reaksi.
 Pengaruh peningkatan konsentrasi ensim. Pada
kondisi substrat berlebih, penambahan enzim
akan meningkatkan laju reaksi secara linier

September 18, 2009 23

 Fa ktor lain y ang ber pen ga ruh p ada
rea ksi y an g d ik alis is enz im ( 2)

 Pengaruh zat-zat yang mengendapkan protein.

Setiap zat yang mampu mengendapkan protein
akan menghambat aktivitas enzim
 Pengaruh lamanya reaksi. Pada awalnya terjadi
hubungan linier antara waktu dan produk, tetapi
pada akhirnya aktivitas enzim menurun

September 18, 2009 24

 Reg ulasi a ktivit as enz im ( 1)

 Kontro l konse ntr as i enzim. Jumlah enzim

dalam sel dipengaruhi oleh laju sintesis dan
degradasi enzim.
 Kompar tementasi . Enzim dan aktivitas
katalisis yang berbeda mungkin berada pada
tempat yang berbeda di dalam sel.

September 18, 2009 25

 Reg ulasi a ktivit as enz im ( 2)

 Modi fi ka si kova len. Adalah kontrol

aktivitas enzim oleh adanya phosphorilasi dan
adenilisasi
 Pengha mbatan um pa n bali k. Jika produk
akhir reaksi meningkat, maka laju pembentukan
produk tersebut menurun

September 18, 2009 26

 Kek hus usa n enz im

 Kekhususan ikatan
 Kekhususan gugusan
 Kekhususan gugusan dan ikatan
 Kekhususan stereo

September 18, 2009 27

 Klasi fi kasi enz im enz im ( 1)

 Hidrolisis (menggunakan air):

AB + HOH AH + BOH
5. Penambahan/Pembelahan
A+B AB
Pelepasan air, pelepasan/penambahan CO2
8. Transferase
AB + C AC + B
Trans fosforilase, transaminase
September 18, 2009 28
 Klasi fi kasi enz im enz im ( 2)

3. Isomerase
ABC ACB
5. Dehidrogenase
AH2 A + 2(H)
 Oksidase
AH2 + ½ O2 A + H2O
BH2 + O2 B + H2O2

September 18, 2009 29