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profesora de la Universidad Industrial de Santander para el curso
de Bioquímica I para la carrera de Biología.
La información fue tomada del libro:
David, L. Nelson, Michael M. Cox. Lehninger Principles of
Biochemistry. 2000. Third Edition. Worth Publishers.
Amino ácidos: Clasificación
Esenciales No esenciales
Arginina Alanina
Histidina Asparagina
Isoleucina Aspartato
Leucina Cisteína
Metionina Glutámico
Lisina Glutamina
Treonina Glicina
Fenilalanina Prolina
Triptófano Serina
Valina Tionina
Absorción de luz ultravioleta por los aminoácidos aromáticos
Aminoácidos no comunes en la célula
Protrombina
Paredes celulares
Cólageno
Elastina
Miosina
Intermediarios en la síntesis de Arginina y de Urea
Unos 300 aminácidos han sido encontrados en las células.
El punto isoeléctrico (pI) es el pH al que una molécula
es eléctricamente neutra. La forma en que se
encuentra la molécula en el punto isoeléctrico se
denomina zwitterion o forma isoeléctrica.
Punto isoeléctrico
Aminoácidos como buffers
Grupos α amino y α carboxilo, grupos -COOH
y NH2 de las cadenas laterales
Efecto del ambiente químico sobre el pK de los aa
Curvas de titulación de los aminoácidos
predicen la carga de los aa
Curvas de titulación de los aminoácidos predicen su
carga eléctrica.
pK1 + pK R
pI =
2
Curvas de titulación de los aminoácidos
pK2 + pK R
pI =
Enlace peptídico es un enlace amida
Péptidos y proteínas. Pentapéptido.
Serilglicilfenilalanilalanilleucina: SGFAL
Este péptido tiene un grupo amino y uno carboxilo terminal y
dos grupos ionizables en la cadena lateral de los residuos E y K.
Péptidos
Muchas hormonas son pequños péptidos. La oxitocina (9 residuos),
la bradiquidina (9 residuos) evita que los tejidos se inflamen.
El factor liberador de la tirotropina (3 residuos) se sintetiza en el
hipotálamo y estimula la liberación de otra hormona, la tiroxina,
en la parte anterior de la glándula pituitaria.
Algunos son tóxicos como al amanitina, sintetizado por algunos
hongos, y otros tienen propiedades antibióticas.
Proteínas
Niveles de estructura en las proteínas
Extracción y purificación de
proteínas
Cromatografía
Salting out Diálisis
Separación
Extracto crudo
Cromatografía en columna
Cromatografía de intercambio iónico
Grupos aniónicos
Intercambiadores catiónicos
Cromatografía de exclusión por tamaño
Cromatografía de afinidad
Las proteínas pueden ser separadas y caracterizadas por electroforesis
Las proteínas pueden
ser visualizadas tratando el
gel con azul de Coomassie
que forma complejos con
las proteínas pero no con
el gel.
Determinación del PM de una proteína
SDS
Isoelectroenfoque Punto isoeléctrico de una proteína
Electroforesis bidimensional
Electroforesis bidimensional
Más de 1000 proteínas de E. coli pueden ser identificadas.
Cuantificación de proteínas, página 94
Estructura covalente de las proteínas. Estructura primaria
¿Qué hace que una proteína sea una enzima, una hormona, un
anticuerpo, una proteína estructural, un receptor, un canal iónico, un
canal para el flujo de agua, etc?
Proteínas con la misma secuencia provenientes de especies diferentes
tienen la misma función.
¿Es la secuencia de una proteína, fija o invariante?
La estructura primaria determinará la estructura secundaria y a su vez
la manera como se plegará la proteína en el espacio 3D.
La estructura 3D determina que la proteína sea funcional o no.
Humanos, cerdo, perro, Vaca, cerdo, perro,
conejo e insulina de cabra y caballo
esperma de ballena.
Insulina bovina
Homología de proteínas entre especies
Proteínas homólogas son proteínas que están evolutivament
relacionadas.
Desarrollan la misma función en diferentes especies.
Aminoácidos invariantes en amarillo
Sustituciones conservativas en azul
Citocromo C. ~13000 Mr, 100 residuos
Principales ramas del
arbol evolutivo eucariote
construido con base en el
número de aa diferentes en
el citcromo de especies
diferentes.
Entre el caballo y la levadura hay 48 aa diferentes
Entre el pollo y el pato solo 2.
Secuenciación de proteínas. Determinación de estructura primaria
1. Hidrólisis ácida. Tipo y cantidad de residuos
2. Determinación del residuo Nterminal con 1,F2,4.dinitrobenceno.
Método de Sanger
3. Degradación de Edman. Feniltiocianato +proteína ⇾ derivado
feniltioidantoina del aa + hidrólisis con HCl.
Eficiencia hasta 50 residuos.
Las proteínas largas son divididas en fragmentos pequeños y luego se
aplica Edman.
1. Ruptura de los puentes disulfuro con ditiotreitol o con ácido
perfórmico.
2. Ruptura de cadena peptídica
a) Proteasas
b) Bromuro de cianógeno M
Secuenciación de proteínas. Determinación de estructura primaria
3. Secuenciación de cada péptido
4. Ordenamiento de los péptidos
5. Localización de los puentes disulfuro
Otros métodos
Espectrometría de masas
Degradación de Edman
Ruptura del enlace peptídico
Del lado carboxilo
Síntesis de péptidos