1

Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

Analisis Teknik DNA Origami
oleh Yuasti Hasna Fauziyah (37764)

I. Abstrak :
Berdasarkan Jurnal dari Nature Publishing Group oleh Paul W.K. Rothemund
yang berjudul Folding DNA to create nanoscale shapes and patterns, Folding
(pelipatan) single-stranded DNA (protein unfolding) menjadi bentuk dua dimensi.
Saat proses folding DNA, dibutuhkan penyangga (scaffold) dan Staple Strands
(Oligonucleotide pendek) sebagai penahan protein unfolding di tempat penahannya.
Lalu disintesiskan, staple dan scaffold strand untuk merakit dirinya sendiri dan
menjadi semakin panjang sehingga bisa dibentuk sesuai dengan kebutuhan.

II. Pendahuluan :
Penelitian yang dilakukan oleh Paul W.K. Rothemund dilatarbelakangi dengan
penelitian Richard Feynman pada tahun 1959, yang mana menuliskan isi dari
Encyclopaedia Britannica tentang metode Atomic Force Microscopy (AFM) dan juga
Scanning Tunneling Microscopic (STM). Metode-metode tersebut merupakan metode
yangmana dapat memanipulasi individual atom. Metode ini membentuk ultrahigh
vacuum atau cryogenic temperature. Hingga akhirnya, metode ini dipercaya untuk
mendemonstrasikan sebuah struktur self-assembly pada partikel viral. Walaupun
metode ini masih diuji kemampuannya.





Gambar 1. Hasil Origami.

Sumber : Paul W. K. Rothemund. 2006. Folding
DNA to create nanoscale shapes and
patterns

Gambar disamping merupakan hasil inovasi DNA
Origami yang teliti oleh Paul W.K.Rothemund

2
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

Akhirnya Paul W.K.Rothemund hadir dengan inovasi yakni menggunakan single
strands DNA yang panjang untuk membentuk bentuk yang diinginkan. Bentuk yang
diinginkan sekitar 100 nm dalam diameter dan memiliki resolusi spasial sekitar 6 nm.
Metode ini disebut Scaffolded DNA Origami. Paul W.K. Rothemund Smenunjukkan
bahwa metode ini tidak hanya bisa dilakukan dengan struktur atau bentuk garis tanpa
variasi. Dia menemukan cara penciptaan struktur dengan lubang di DNA scaffold
kita. Struktur yang diinginkan dengan pola apapun dapat dicapai dengan
menggunakan Atomic Force Microscopy (AFM) dan Memanipulasi permukaan
Scanning Tunneling Microscopic (STM).
II.A. Folding to Unfolding DNA
DNA adalah polimer, lebih tepatnya, suatu himpunan dua polimer yang
terbelit (Folding). Tiap-tiap monomer yang menyusun polimer ini adalah
nukleotida yang terdiri dari tiga elemen: fosfat, gula dan basa. Gula dan fosfat
dari seluruh nukleotida seluruhnya sama, tetapi nukleotida dapat dibedakan
dengan meninjau komponen basanya menjadi empat tipe, termasuk dua
kategori, purin: Adenine (A) dan Guanine (G) yang memiliki dua siklus organik
dan pirimidin: Cytosine (C) dan Thymine (T), yang memiliki satu siklus organic.













Gambar 2. Struktur DNA yang terdiri dari dua helai.

Sumber:
http://gurungeblog.com/2008/11/14/mengenal-dna-
dan-rna/. Diakses 27 November 2013. 9.00PM

Gambar disamping merupakan struktur DNA yang
memiliki dua helai strands dengan pasangan
komponen-komponen basanya

3
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

Satu pengamatan penting yang menuntun Watson dan Crick ke penemuan
terkenal dari struktur heliks ganda DNA adalah, basa cenderung berpasangan
melalui ikatan hidrogen, dan pasangan yang terbentuk oleh purin dan pirimidin
memiliki ukuran yang hampir sama, sehingga pasangan-pasangan demikian
membentuk struktur dua rantai nukleotida berikatan hidrogen yang sangat
teratur. Untuk memahami mengapa dua rantai nukleotida terkait membentuk
heliks ganda, maka harus ditinjau interaksi antara grup penyusun nukleotida.
Barisan pasangan basa dalam DNA mengkode informasi untuk mensintesa
protein, dan protein itulah yang akan kita lipat (folding) atau uraikan
(unfolding). Protein memiliki keadaan yang tidak stabil pada keadaan suhu yang
sangat tinggi dan suhu yang sangat rendah, selain itu juga besarnya pH yang
pada umumnya ekstrim, serta bahan kimia pelarutnya.

Berikut pandangan sederhana dari pelipatan termodinamika protein:
Native (folded) Denaturasi (unfolded)
Interaksi rusak Semakin tidak teratur

G
u
= H
u
T.S
u
(persamaan 1) sama dengan F = E T.S
Dengan :
Gu = Energi Bebas; Hu = Energi Total;
T = Temperature; S = Entropi;






Persamaan diatas menunjukkan, free energy sama dengan energi total
yang dikurangi dengan T.S. Untuk merubah folded protein menjadi unfolded
protein, digunakan G
u
atau free energy. Salah satu yang mempengaruhi
kestabilan pada protein adalah suhu. Didalam persamaan 1, terdapat suhu.
G
u

G
u

H
u

T.S
u

Protein menjadi lebih tidak stabil di
suhu yang tinggi dan unfolds ketika
T.S
u
melebihi H
Grafik 1. Grafik yang menunjukkan proses protein folding
menuju protein yang unfolding ditinjau dari Energi
Bebasnya.

Sumber:
Slep Kevin, Measuring The Thermodynamics of Protein
Stability, Department of Biology 402 Fordham Hall.
Adapted from : Ed Collins.


4
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

Maka dari itu, protein menjadi tidak stabil pada suhu yang tinggi, dan menjadi
unfolded, ketika besar T.S
u
H. Dan jika telah mencapai keadaan unfolded,
maka keadaan sekitar protein menjadi semakin tidak teratur atau entropinya
semakin besar. Dan berikut merupakan stabilitas maksimal dari temperature
(suhu):















Dari grafik disamping dapat dilihat bahwa, adanya slope G yang
terbentuk dari dua garis H dan TS yang membentuk perpotongan yakni T
s

(titik stabilitas maksimal). Ketika titik berada dibawah titik T
s,
maka pelipatan
kurang menguntungkan saat suhu menurun, sedangkan bila titik berada diatas
titik T
s
maka pelipatan kurang menguntungkan saat suhu meningkat. Jadi,
gunakan temperature yang stabil untuk melakukan pelipatan protein.
Setelah melakukan unfolding maka baru dilakukan proses design untuk
pembuatan scaffolded DNA Origami.



Grafik 2. Grafik yang menunjukkan temperature maksimal untuk mencapai kestabilan pada Entropi

Sumber:
- Slep Kevin, Measuring The Thermodynamics of Protein Stability, Department of Biology
402 Fordham Hall. Adapted from : Ed Collins.


T
h

T
s

G
1

C
p

5
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

II.B The Steps to DNA Origami
Merancangkan DNA Origami memiliki 5 tahap.
Tahap 1 : Membuat model geometri dari sebuah struktur DNA yang
diinginkan. Lalu membuat batas untuk bentuk yang diinginkan agar diisi
dengan double helix yang diisi idealnya berbentuk silinder. Didalam
batas ini diisi dengan double helix yang disesuaikan dengan bentuk,
potong double helix ini jika melebihi batas pada bentuk yang diinginkan.
Helix ini dipotong sesuai dengan bentuk pasangannya yang sekuensial.
Pengisian Helix ini secara parallel diisi dengan jumlah yang ganjil
(9,7,5,3). Setiap Helix memiliki lebar 3.6 nm dengan 10.67 bases yang
sama dengan 1 turn.

Untuk mempertahankan helix yang telah dibentuk sesuai dengan bentuk dan
telah diletakkan didalam batas, dibutuhkan larik crossover yang periodic.
Periodik disini adalah crossover yang digunakan diletakkan di tempat yang
hampir sama jaraknya. Crossover ini ada disetiap 1.5 turn pada helix
tersebut.
Tahap 2 : Proses pelipatan sebuah scaffold panjang yang tunggal terjadi
bolak-balik didalam bentuk raster fill. Saat oligonukelotida pendek
dicampur dengan scaffold yangmana ini adalah strands (helix), ini
mempunya basa nitrogen, dan DNA single strand juga mempunyai basa
nitrogen. Saat keadaan dipanaskan, ada gaya, dan masing-masing basa
nitrogen pas keadaan menyatu itu, crossover muncul. Scaffold dapat
Gambar 3. Penempatan parallel
dari double helix yang diikat
dengan crossover yang
periodik .

Sumber : Paul W. K.
Rothemund. 2006.
Folding DNA to
create nanoscale
shapes and patterns


6
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

membentuk sebuah crossover hanya lokasi dimana DNA memutar disebuah
titik tangent di antara helix. Raster pembalikan dari bawah berjumlah 4.5
turns dan raster pembalikan dari atas berjumlah 3.



Tahap 3 : Membuat satu set dari Staple-Strands. Ditempel dengan staples
yang melakukan pembalikkan arah dari crossover, karena komponen
basanya mencari pasangannya agar menempel.





Gambar 4. Scaffold berjalan melalui setiap
helix dan membentuk lebih banyak
crossover

Sumber : Paul W. K. Rothemund. 2006.
Folding DNA to create
nanoscale shapes and patterns


Gambar 5. Mengikat dengan mencari
pasangan basanya

Sumber : Paul W. K. Rothemund. 2006.
Folding DNA to create
nanoscale shapes and patterns


7
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.



Tahap 4 : Perputaran dari scaffold crossover dan posisi yang diubah untuk
meminimalisasikan strain.





.

Tahap 5 : Memberikan staples yang lebih besar dari scaffold.


Rothemund menggunakan gen dari bakteriofag M13mp18 yang
merupakan 7.249 nukleotida panjang , melingkar , DNA beruntai tunggal
sebagai untai penyangga (strand scaffold). Perlu dicatat bahwa DNA yang
melingkar dapat dipotong jika perlu dengan enzim restriksi . Staple strands
yangsecara teliti dirancang 30 basis sekuens panjang yang melengkapi dua
perbeda domain di penyangga (scaffold) . Jadi, ketika mereka mengikat
kedua domain di penyangga , mereka terbawa secara bersama-sama.
Domain disini adalah penyangga pasangan komponen basa.

Gambar 6. Mengikat dengan mencari
pasangan basanya

Sumber : Paul W. K. Rothemund. 2006.
Folding DNA to create
nanoscale shapes and patterns


Gambar 7. Desain setelah bergabung dan
diubah sepanjang seam

Sumber : Paul W. K. Rothemund. 2006.
Folding DNA to create
nanoscale shapes and patterns


8
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.


III. Analisis Teknik Strands (Helai) :
- Kita tinjau dari Energi Bebasnya. Apakah saat perubahan folding menjadi
unfolding berjalan secara spontan atau tidak. Energi bebasnya terbagi
menjadi dua bagian yakni chemical free energy dan chemical force. Saat
perubahan ini berjalan secara spontan, maka

= -T (Persamaan 2).

merupakan potensial kimia (chemical
potensial). Semakin besar Entropi, semakin besar ketidakteraturan yang
akan membuat kejadian tersebut berjalan secara spontan. Perubahan dan
pembentukan DNA ini memanfaatkan energi bebas untuk perubahannya.
Pada persamaan 1 diketahui, jika T.S (temperature dikalikan Entropi) lebih
besar dibandingkan besar H maka Energi bebas yang dihasilkan adalah
negative dan ini menunjukkan fase unfolding dan bisa lanjut ke tahap
selanjutnya untuk dibentuk.

- Kita tinjau dari karakteristik elastisitas dari panjang double helix. Saat helix
ingin dibentuk, bentuk yang kita inginkan tak hanya berbentuk lurus namun
juga perlu dibengkokkan agar bentuk sesuai. Helix yang bengkok ini terjadi
saat perubahan keadaan dari folding menjadi unfolding atau juga saat helix
ini ingin dibentuk.


Gambar 8. A. Pembengkokan, B.Penarikan
dan C. Pemutaran Helix

- Sumber : Nelson Philip,
2002, Biological Phisics :
Energy, Information, Life.



9
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

a. Pembengkokkan (Bend)
Terbentuk bend vector yakni Dengan vector
tangent yakni t(s) dan berpindah sepanjang d . Dan tangent vector menjadi
t(s+ds), dt memiliki sudut yang sama dengan d atau . Setelah itu
terbentuk
Energi elastisitas sudut 90 = (
(Persamaan 4).
Jadi setiap batang atau helix elastic yang terbenam di fluida akan secara
acak dibengkokkan oleh gerak termal. Pembengkokkan ini terjadi bila
dipanaskan.

b. Peregangan (Stretch)
Helix kita tarik, dan menyebabkan peregangan. U = . Saat peregangan,
ada gaya yang menyebabkan peregangan. Untuk membuat koneksi antara
sebuah elastic batang atau helix ini mengacu pada Selama segme
dari helix yang berada di titik s pada arah t(s). Kita memiliki
(Persamaan 5).
( panjang, unstretched elastic rod) (persamaan 6)
(persamaan 7)
c. Perputaran (Twist)
Konstanta , mengukur seberapa sukses element berotasi dengan helix
tetangganya. Jika ingin menjaga segmen tetap lurus tetapi berputar dan
relative terhadap sudut kemudian Perputaran ini merupakan
operasi scalar dengan dimensi



10
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.


- Analisis Energi Landscape DNA Origami ditinjau dari pemanasan dan
pendinginan staples dan strands.
Dengan :
H protein folding (kJ/mol) = -50
Temperature Pemanasan (C) = 95
Temperature Pendinginan (C)
=
20

Dan didapatkan Kurva Energi Landscape, yakni :


No. Bentuk DNA Folding S
(entropi)
G
Pemanasan
G
Pendinginan
1 Persegi 45 -4325 -950
2 Persegi panjang 1 40 -3850 -850
3 Persegi panjang 2 40 -3850 -850
4 Bintang 1 70 -6700 -1450
5 Bintang 2 43 -4135 -910
6 Lingkaran dengan tiga lubang (Bentuk wajah tersenyum) 90 -8600 -1850
7 Segitiga yang mana sisi-sisinya tidak tersambung 199 -18955 -4030
8 Segitiga yang mana sisi-sisinya tersambung 78 -7460 -1610
G
u
= H
u
T.S
u

11
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.

Dapat dilihat dari kurva diatas terjadi perbedaan antara G Pemanasan dan
G Pendinginan. Energi bebas yang dikeluarkan saat pemanasan lebih besar
dibandingkan saat pendinginan. Energi bebas yang terbesar terjadi di saat bentuk
Segitiga yang mana sisi-sisinya tidak tersambung. Nilai G-nya besar, dikarenakan
S (entropi)-nya besar. Dan dari kedua tinjauan ini, didapatkan G negative yang
menunjukkan proses terjadi secara spontan. Saat proses pemanasan G lebih
negative dibandingkan saat proses pendinginan. Hal ini menunjukkan proses
pemanasan lebih spontan dibandingkan proses pendinginan.
IV. Contoh Aplikasi DNA Origami
DNA Origami merupakan teknik baru dalam dunia DNA nanosains yang telah
diterapkan dibeberapa aplikasi. Di masa depan, metoden DNA origami ini dapat
digunakan sebagai nanofabrikasi listrik dan perangkat biomedis. Ini dapat digunakan
sebagai pengujian kadar logam untuk mendeteksi RNA molekul dan pengikatan
protein. DNA origami ini digunakan untuk membuat scaffold persegi panjang.


Pertama, scaffold persegi panjang dibuat melalui origami probe yang lengket.
Probe yang lengket ini saling melengkapi. Probe yang lengket ini tidak kaku dan tidak
muncul di bawah Pencitraan AFM. Tapi begitu RNA mengikat probe ini, mereka
menjadi tidak fleksibel dan menunjukkan di bawah AFM. .
Gambar 9. A. RNA Assays

- Sumber : Harish Chandran.
2009. DNA Origami :
Folding DNA into desired
Shapes



12
Tahun Ajar 2013-2014. Jurusan Teknik Fisika, Universitas Gadjah Mada. Analisis Teknik DNA Origami.


Selain itu, aplikasi DNA origami ini dapat digunakan sebagai penyembuhan penyakit
kanker. Selama ini kemoterapi menyerang sel yang sehat, dengan DNA origami inilah
sel yang sehat dihindarkan dari bahaya kemoterapi yang dapat mematikan sel ini.
Metode ini membuat, saat kemoterapi yang diserang atau dimatikan hanyalah sel
yang tidak sehat. Kemoterapi ini disalurkan dengan DNA yang telah dibentuk.
Namun, masih butuh penelitian lebih lanjut untuk mengembangkan ide ini.

V. Kesimpulan
- Proses perubahan double heliks yang folding menjadi unfolding
membutuhkan energi bebas dan temperature yang tinggi.
- Karakteristik dari perubahan bentuk strand (heliks) itu sendiri dapat ditinjau
dari segi Stretch, Bend, dan Twist.
- G pemanasan lebih negative dibandingkan G pendinginan, yang mana ini
menunjukkan bahwa pada saat proses pemanasan terjadi lebih spontan
dibandingkan proses pendinginan.
- Penggunaan DNA origami dapat diaplikasikan sebagai RNA assays dan
diharapkan kedepannya dapat digunakan sebagai media pengobatan kanker.

Daftar Pustaka :
[1] Paul W. K. Rothemund. 2006. Folding DNA to create nanoscale shapes and patterns.
[2] Slep Kevin, Measuring The Thermodynamics of Protein Stability, Department of Biology
402 Fordham Hall. Adapted from : Ed Collins.
[3] Nelson Philip, 2002, Biological Phisics : Energy, Information, Life.
[4] Harish Chandran. 2009. DNA Origami : Folding DNA into desired Shapes
[5] gurungeblog.com/2008/11/14/mengenal-dna-dan-rna/ . Diakses pada 27 November 2013.
9.00PM
[6] http://www.biostat.jhsph.edu/~iruczins/teaching/260.655/notes/prigge3.3.pdf. Diakses
pada 15 November 2013. 5.00PM


Gambar 9. A. RNA Assays Result

- Sumber : Harish
Chandran. 2009.
DNA Origami :
Folding DNA into
desired Shapes