Descubrimiento de

Motivos
Motivos
(patrones de secuencias cortas)
Sitios de unin a factores
de transcripcin ADN
Regulacin de la transcripcin
Repiten diferentes genes o
varias veces dentro de un gen
La alta diversidad y variabilidad
muy difciles de identificar
Algoritmos
Desarrollado muchos bsqueda de motivos
de ADN.
Detectar estos elementos buscar
estadsticamente motivo sobrerrepresentados
Alg detectan motivos teniendo en cuenta la regin reguladora (promotor)
de varios genes co-regulados
Org. superiores mal desmpeo consideran
motivos conservados de especies ortlogos
Tcnicas generales para el descubrimiento de motivos
Mtodo basada en la palabra (basado en cadenas).
se basa en un conteo exhaustivo y comparacin de las frecuencias de oligonucletidos. usa
expresiones regulares (patrones conocidos)
garantiza ptimo globalbsqueda exhaustiva. solo motivos cortos (costoso comput.)
Modelos probabilsticos de secuencia basados en matrices de posicin de peso (PWM)