1. Apakah artinya bila indeks kemurnian < 1,75? Perlu dilakukan apa?

Angka tersebut menunjukkan hasil tidak murni karena terkontaminasi oleh protein. D
NA yang didapatkan belum sesuai dengan standar, yang perlu dilakukan adalah melakukan is
olasi ulang dengan pengendapan protein kembali untuk menghasilkan hasil yang sesuai.

2. Mengapa pada isolasi DNA darah, sel darah merah harus dilisiskan?
Untuk mengisolasi DNA dari darah dan sumsum tulang, sel darah merah yang tidak m
engandung DNA genom harus dilisiskan dahulu agar dapat dipisahkan dari sel darah putih. A
gar sel darah putih yang mengandung inti sel dapat diisolasi atau dipisahkan dari sel darah me
rah.
3. Jelaskan prinsip dan teknik isolasi dan purifikasi DNA!
Prinsip isolasi DNA adalah melisiskan sel, memisahkan DNA dari protein, mengenda
pkan DNA, melarutkan kembali DNA, menghitung jumlah DNA yang diperoleh dan menilai
kemurnian DNA. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan memisahkan DNA dari bahan lain se
perti protein, lemak dan karbohidrat.
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada
dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan cam
puran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul bes
ar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabu
ng. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pa
da bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk. 2002: 115). Teknik sentrifugasi t
ersebut dilakukan Di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan
yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm (Kimball 2005: 4;
Lewiston 2002:13; LPCH 2005:2). Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk me
ngendapkan suatu komponen dari campuran.
DNA yang biasa digunakan dalam tes ada dua yaitu DNA mitokondria dan DNA intis
el. Perbedaan kedua DNA ini hanyalah terletak pada lokasi DNA tersebut berada dalam sel,y
ang sat u dal am i nt i sel s ehi ngga di sebut DNA i nt i s el , s edangkan yang sa
t u t er dapat di mitokondria dan disebut DNA mitokondria. Untuk tes DNA yang paling aku
rat dalam tes DNA adalah inti sel, karena sel tidak pernah berubah seiring dengan perkawinan
keturununnya.
DNA dapat diperoleh dari sel yang mengandung inti seperti pada sampel: darah, seru
m/plasma, jaringan, akar rambut, sperma. Teknik utama dari isolasi DNA adalah:
1) Penghancuran dinding sel.
2) Lisis sel dengan menggunakan deterjen keras (SDS atau Triton X).
3) Membersihkan debris sel dengan proteinase.
4) Pencucian dengan menggunakan alkohol

Tahapan teknik isolasi DNA, yaitu:
1) Penghancuran membran sel dengan Cell Lysis Solution (CLS)
2) Penghancuran membran inti dengan Nuclei Lysis Solution (NLS)
3) Pengendapan protein dengan Protein Precipitation Solution (PPS)
4) Pencucian DNA dengan isopropanol dan alkohol 70%
5) Rehidrasi DNA dengan Rehidration Solution

Tujuan sentrifugasi:
1) Sentrifuge pertama bertujuan untuk memisahkan nukleus dari sitoplasma
2) Sentrifuge kedua bertujuan untuk memisahkan DNA dari isi nukleus
3) Sentrifuge ketiga bertujuan untuk mengendapkan protein yang telah dipresipitasi

4. Jelaskan fungsi larutan pada isolasi DNA!
Berikut beberapa larutan yang digunakan pada isolasi DNA, antara lain:
1) larutan lysis I
Fungsi larutan ini adalah untuk meresuspensi pelet sel bakteri setelah pemanen
an menggunakan sentrifus. EDTA sebagai kelator untuk mengikat ion Mg2+ untu
k inaktivasi enzim DNase, glukosa untuk menyamakan potensial osmotik sel sela
ma proses lysis menggunakan SDS agar sel bakteri tidak meledak seketika.
2) lysis solution
Fungsi larutan ini adalah untuk melisiskan sel dengan cara melarutkan membr
an sel (oleh SDS), dan mendenaturasi DNA kromosol namun tidak mendenaturasi
DNA plasmid. DNA plasmid tidak terdenaturasi karena sifatnya yang covalently c
losed circular DNA (cccDNA)
3) (neutralizing solution)
Fungsi larutan ini adalah untuk menetralisir pH menghentikan denaturasi DN
A kromosomal sehingga terbentuk presipitat DNA kromosom yang menempel den
gan debris seluler, dan memisahkan DNA plasmid yang larut di dalam supernatan.
4) TNES urea
Fungsi : sebagai pelisis membrane sel
5) Proteinase
Fungsinya sebagai enzim yang dapata mendegradasi protein
6) RNAse
Fungsinya sebagai enzim yang dapat mendegradasi RNA
7) PCIAA (Phenol Chlorofom Isoamyl Alcohol)
Fungsinya untuk memisahkan komponen lipid dan polisakarida dari larutan
8) Etanol absolut
Fungsinya untuk presipitasi DNA
9) Etanol 70%
Fungsinya untuk memurnikan DNA
10) TE (Tris-EDTA)
Fungsinya sebagai pelarut DNA atau RNA
11) Buffer Ekstraksi
Karakteristik dan fungsi : untuk melisiskan membrane sel dan membrane fosfolipi
d bilayer