TEKNIK POLIMORFISME &

EPIGENETIK
POLIMORFISME
Pengertian : keadaan gen pada pembentukan
enzim bebeda. Tetapi pada sisi kuantitas dan
kualitas berbeda dengan normal
Kelebihan polimorfisme
Dapat terjadi pada gen pembentuk enzim
pemetabolisme obat
Metabolisme tersebut merubah obat menjadi
metaboliknya dan sebagai pengakhir kerja
obat
Jika enzim pemetabolik dan metabolisme
meningkat akan menyebabkan efek obat cepat
habis
Perbedaan Polimorfisme dengan
Mutasi
Mutasi :perubahan pada sintesis drastis
Polimorfisme:perubahan pada sintesisnya
sedikit
Mutasi : kondisinya lebih sedikit ( pada
perubahan sintesis produk)
Polimorfisme: lebih banyak ( pada perubahan
sintesis produk)
Teknik polimorfisme
DNA (molecular) markers
Merupakan polimorfisme yang dideteksi pada sekuen
DNA pada nukleus dan pada organel

Keuntungan:
Tidak dipengaruhi lingkungan
Jumlah tidak terbatas
Pengukur variasi yang objektif

Kekurangannya : perlu teknik yang dan alat yang lebih
kompleks.

TIPE DNA
NUCLEAR
ORGANEL

Mitochondrial DNA
(mtDNA)
Chloroplast DNA
(cpDNA)
RFLP
Tipe-tipe molekular markers
RAPD
AFLP
SSR
Aplikasi marker SSR
- Memiliki polimorfisme yang tinggi : bervariasi antar individual

- Dapat diulangi dengan hasil yang sama : di lab yang berbeda

- Kodominan : harus dapat mendeteksi bentuk yang berbeda dari
marker, membedakan homosigot dan heterosigot

-Terdistribusikan secara merata di seluruh genom

- Dapat membedakan: dapat mendeteksi perbedaan antara individu
yang berkerabat dekat

- Tidak tergantung pada lingkungan dimana individu hidup ataupun
tahap perkembangan individu

-Tidak mahal : murah, mudah, cepat

- Mudah diukur
Properti marker genetik yang baik:
epigenetik
Epigenetik menunjukkan bahwa gen dapat
dipengaruhi oleh lingkungan
dengan mekanisme struktur nuclease yang
secara langsung maupun tidak langsung
mengubah fenotip (Prasetyo,2010).
dalam epigenetik
Adapun metode dalam epigenetik ini dibagi
menjadi tiga yaitu : Metilasi,Modifikasi Histon,
Post Transkripsi/ RNA interference
(Prasetyo,2011)
Teknik metilasi
Metilasi merupakan penambahan gugus metil
pada basa DNA umumnya terjadi pada CpG
island (Baylin,2009
CpG island merupakan daerah yang memiliki
banyak C dan G mencapai 200-3000 bp, ciri-
cirinya adalah dekat dengan gen. Pada orang
normal CpG island ini tidak mengalami
metilasi (Bird,2008).
DNA metilasi
Penambahan gugus metil (S-adenosyl-methionin) pada (hanya) sitosin
(yang diikuti oleh guanin) menjadi methylcytosin oleh bantuan enzim
DNMTs (DNA metil transferase)
Teknik Metilasi
Apabila termetilasi maka akan mengakibatkan gene
silencing (Bird, 2002).
Adapun mekanisme metilasi ini adalah ketika metilasi
pada CpG island maka metilsitosin akan mengundang
MBP, dan MBP ini akan mengundang MBPMBP lain
sehingga sekuen DNA tidak bisa dikenali. Hal ini
mengakibatkan protein aktivator tidak dapat
menempel dan mengaktifkan enhancer sehingga tidak
terjadi transkripsi sehingga tidak ada protein. Gene
silencing inilah yang memicu kanker (Prasetyo,2011).
Pada manusia, DNA metilasi biasa terjadi pada gen
promoter, menyebabkan gen silence
Pada sel kanker :
banyak terjadi metilasi
metilasi pada promoter sehingga menjadi silence
mensupress tumor supressor gen (p53)
Implikasi klinis :
Hipermetilasi pada CpG island digunakan sebagai
marker molekuler kanker
CpG island normally unmethylated
Distribusi CpG island pada genom manusia dan perbedaan pola
metilasi pada sel normal dan sel tumor

Prosedur methylation specific (MS)-PCR untuk deteksi metilasi
pada sel tumor
Metode Modifikasi Histon
Untuk modifikasi histon melibatkan asetilasi
yang berfungsi untuk melonggarkan histon
dan deasetilasi yang berfungsi untuk
mengencangkan ikatan histon (Prasetyo,
2010).
Asetilasi histon mengakibatkan aktivasi
transkripsional apabila deasetilasi maka tidak
ada aktivitas transkripsi (Jacobson, 2004).
Teknik Post Transkripsi/ RNA interference
Untuk RNAi atau RNA interference adalah RNA
yang mengganggu pada transkripsi maupun
sebelum translasi (Prasetyo, 2011).
Epigenetik pada intinya merupakan
perubahan fenotip yang tidak permanen
(Tuschl, 2002).
Epigenetik tidak diwariskan apabila terjadi
perubahan stimulus saat masa kehamilan
(Prasetyo, 2011).