Gentica de poblaciones

M. Sc. WILLIAN CAPA ROBLES

Nuevo Chimbote, Agosto del 2011
Escuela Acadmico Profesional de Biotecnologa
Variacin gentica y evolucin
Polimorfismos de DNA
Polimorfismos de DNA
Secuencia 1 acgtagcatcgtatgcgttagacgggggggtagcaccagtacag
Secuencia 2 acgtagcatcgtatgcgttagacggggtggtagcaccagtacag
Secuencia 3 acgtagcatcgtatgcgttagacggcggggtagcaccagtacag

Secuencia 4 acgtagcatcgtttgcgttagacgggggggtagcaccagtacag
Secuencia 5 acgtagcatcgtttgcgttagacgggggggtagcaccagtacag
Secuencia 6 acgtagcatcgtttgcgttagacggcatggcaccggcagtacag
Secuencia 7 acgtagcatcgtttgcgttagacggcatggcaccggcagtacag
Secuencia 8 acgtagcatcgtttgcgttagacggcatggcaccggcagtacag
Secuencia 9 acgtagcatcgtttgcgttagacggcatggcaccggcagtacag
A G A G T T C T G C T C G

A G G G T T A T G C G C G
SNPs
Single Nucleotide Polymorphism
teoras de la variacin
cunta variabilidad hay en las poblaciones?
Ausencia de variacin

Genotipo silvestre es ptimo

Seleccin purificadora

Muller (laboratorio)

Eugenesia
Variacin ubicua

No existe un genotipo silvestre

Seleccin equilibradora

Dobzhansky (naturalista)

Viva la diversidad!, no interferencia
modelo equilibrado modelo clsico
Frecuencia Fenotpica : Cociente entre el nmero de
individuos de cada fenotipo para un locus y el total de
individuos para ese locus.

Frecuencia Genotpica : Cociente entre el nmero de
individuos de cada genotipo para un locus y el total de
individuos para ese locus.

Frecuencia Gnica : Cociente entre el nmero de
alelos de cada tipo para un locus y el total de genes
para ese locus.
Medida de la variabilidad gentica (I)
Trujillo
Frecuencias genotpicas y allicas para el locus del grupo
sanguneo MN en varias poblaciones humanas
Genotipo Frecuencias
allicas
Poblacin
MM MN NN p(M) p(N)
Esquimal 0,835 0,156 0,009 0,913 0,087
Aborigen
Australia
0,024 0,304 0,672 0,176 0,824
Egipcia 0,278 0,489 0,233 0,523 0,477
Alemania 0,297 0,507 0,196 0,550 0,450
China 0,332 0,486 0,182 0,575 0,425
Nigeria 0,301 0,495 0,204 0,548 0,452
Frecuencias genotpicas
Poblacin I
A
I
B
i
Esquimal 0,333 0,026 0,641
Sioux 0,035 0,010 0,955
Belga 0,257 0,058 0,684
Japons 0,279 0,172 0,549
Pigmea 0,227 0,219 0,554

Frecuencia de los alelos I
A
, I
B
, e i en el locus del grupo
sanguneo ABO en varias poblaciones humanas
Medida de la variabilidad gentica (II)
Polimorfismo (P) o proporcin de loci polimrficos:
genes con variaciones/total de genes analizados

Hay problemas:

1. Arbitrariedad -> criterio de polimorfismo. Ej: que el alelo ms frecuente
tenga una frecuencia inferior a 0,95. Al analizar ms individuos podrn
encontrarse nuevas variantes, pero como media la proporcin de loci
polimrficos no cambiar.

2. imprecisin
Supongamos, por ejemplo, que para un determinado locus hay dos alelos con frecuencias 0.95 y 0.05, mientras que
para otro locus hay 20 alelos, cada uno de ellos con una frecuencia de 0.05. Resulta obvio que hay ms variacin
gentica en el segundo locus que en el primero, pero ambos contribuiran lo mismo al nivel de polimorfismo bajo el
criterio del 95%.
Un locus ligeramente polimrfico contribuye igual a la medida que un locus altamente
polimrfico
Medida de la variabilidad gentica (III)
Heterocigosidad (H):

individuos heterocigticos/gen
o
genes heterocigticos/individuo
Heterocigosidad de la poblacin:
H de cada gen/total de genes estudiados
Una mejor medida de variacin gentica (porque no es arbitraria y es precisa)
Consideremos que estudiamos cuatro loci en una
poblacin, y encontramos que la frecuencia de
heterocigotos para estos loci es 0.25, 0.42, 0.09 y 0,
respectivamente.

Basndonos en la informacin de estos cuatro loci, la
heterocigosidad sera (0.25 + 0.42 + 0.09 + 0) / 4 =
0.19. Concluiramos que la heterocigosidad de la
poblacin es del 19%.

Evidentemente, para obtener una buena estima de la
heterocigosidad de una poblacin sera necesario
analizar bastantes ms de cuatro loci, pero el
procedimiento de clculo sera el mismo.
Medida de la variabilidad gentica
Para el polimorfismo: 2 y 3 son iguales

Para la heterocigosidad: todas cuentan,
pero la 3 tiene ms variabilidad que 2 y sta ms que 1
AA Aa aa p q
1 0,9409 0,0582 0,0009 0,97 0,03
2 0,7744 0,2112 0,0144 0,88 0,12
3 0,2916 0,4968 0,2116 0,54 0,46
Ejemplo:
cunta variabilidad gentica hay en las poblaciones naturales?
1 gen con dos alelos (versiones)
3 genotipos
21 genes con dos alelos dan: 3
21
= 10.000.000.000 genotipos
El 6,7% de nuestros genes son heterocigticos (estimacin por electroforesis de protenas):
30.000 genes x 0,067 = 2.010 genes en los que nos diferenciamos unos de otros
2.010 genes con dos variantes dan : 3
2.010
= 10
959
genotipos diferentes
nmero de tomos que se estima en todo el universo (estrellas, planetas, satlites, etc): 10
80

2 genes con dos alelos
3
2
= 9 genotipos
Personas genticamente diferentes
Frecuencias
allicas
Frecuencia (%)
del alelo CCR5-32
en 18 poblaciones europeas
ley de Hardy-Weinberg
1908
Hardy
Weinberg
AA Aa aa
p
2
2pq q
2
Esta ley considera como se relacionan las
frecuencias allicas y genotpicas en una poblacin
mendeliana bajo una serie de supuestos ideales:


Generaciones discretas y no solapantes
Apareamiento aleatorio
Tamao de poblacin infinito
No mutacin, no migracin entre poblaciones
No diferencias en eficacia biolgica (selectivas)
entre los distintos genotipos
Consecuencias de los supuestos:

Reduccin de la dimensionalidad de una poblacin. Conociendo
las frecuencias allicas podemos predecir las genotpicas
Equilibrio allico y genotpico
Las frecuencias allicas no cambian de generacin en
generacin (equilibrio allico)
Las frecuencias genotpicas no cambian de generacin en
generacin (equilibrio genotpico). Despus de una generacin de
apareamiento aleatorio, se alcanzan las frecuencias genotpicas de
equilibrio
Sistema conservativo, anlogo al principio de inercia. Solucin al
problema de cmo se conserva la variacin gentica
Modelo nulo por excelencia: Aunque las desviaciones son
difciles de detectar, cualquier desviacin es una indicacin de que
algo pasa en la poblacin
(p + q)
2
= p
2
+ 2pq + q
2
A a AA Aa aa
para un gen con 3 alelos:
(p + q + r)
2
= p
2
+ q
2
+ r
2
+ 2pq + 2pr + 2qr

A
1
A
2
A
3


Demostracin de la ley de Hardy-Weinberg
Frecuencia de
apareamiento
Apareamiento
Progenie /
Relacin entre las frec. genotpicas y allicas en equilibrio HardyWeinberg
Prueba de ajuste a Hardy-Weinberg
Frecuencia allica M = 6611/12258 = 0,53932 = p
Frecuencia allica N = 5647/12258 = 0,46068 = q
Frecuencia esperada p
2
= 0,2908 2pq = 0,4969 q
2
= 0,2122 1,000
Nmero esperado 1782,7 3045,6 1300,7 6129
(Frecuencia X 6129)

X
2

(nmero observado nmero esperado)
2
nmero esperado
0,04887

0,05;1
2
3,84
Genotipo
MM MN NN
Total
N. individuos 1787 3037 1305 6129
N. alelos M 3574 3037 0 6611
N. alelos N 0 3037 2610 5647
N. alelos M + N 3574 6074 2610 12258
AA Aa aa p q

0,20 0,80 0 0,6 0,4
0,36 0,48 0,16 0,6 0,4
0,50 0,20 0,30 0,6 0,4
0,60 0 0,40 0,6 0,4
cul es el alelo dominante?

qu poblacin est en equilibrio?
el alelo ms frecuente no tiene que ser el dominante


p + q = 1 SIEMPRE por ser el total de los alelos


slo est en equilibrio la poblacin que cumple:
descendientes = progenitores
y esto slo se cumple para una poblacin: p
2
+ 2pq + q
2


AA Aa aa p q

0,20 0,80 0 0,6 0,4
0,36 0,48 0,16 0,6 0,4
0,50 0,20 0,30 0,6 0,4
0,60 0 0,40 0,6 0,4
la unin de dos poblaciones en equilibrio no tiene que estar en equilibrio
si en una poblacin (que no est en equilibrio) las frec. allicas son iguales
en machos y hembras, las frec. genotpicas de equilibrio para un gen dado
se alcanzan en una sola generacin de apareamiento al azar