BAB I

PENDAHULUAN
1.1. Tujuan
Tujuan dari percobaan isolasi asam nukleat adalah agar dapat mengisolasi asam
nukleat dari sel atau jaringan.
1.2. Tinnjauan Pustaka
Deoxyribonucleic acid (DNA) isolasi adalah proses ekstraksi DNA dari berbagai
sumber. Sumber untuk isolasi DNA sangat beragam. Pada dasarnya dapat diisolasi dari
organisme hidup atau mati. Sumber-sumber umum untuk isolasi DNA meliputi seluruh
darah, rambut, sperma, tulang, kuku, jaringan, noda darah, air liur, bukal (pipi) kapas, sel
epitel, urin (Sadikin, 2002).
Struktur DNA pertama kali diungkap oleh James Watson dan Franson Crick pada
tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan
Maurice Wilkins. Berdasarkan atas data yang diperoleh Watson dan Crick membuat
struktrur DNA yang disebut untai ganda (double helix). Untai ganda DNA tersusun oleh
dua rantai polinukleotida yang terpilin. Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya
ikatan hidrogen antara basa adenin dengan timin sebanyak dua ikatan dan antara guanin
dan sitosin sebanyak tiga ikatan (Triwibowo,2005 ).

Gambar 1. Struktur DNA double Helix

DNA terdiri dari tiga macam molekul, yaitu gula pentosa, gugus fosfat dan basa
nitrogen. Gula pentosa memiliki 5 atom C dan pada DNA. Gugus fosfat menyebabkan
asam nukleat bermuatan negatif. Basa nitrogen yang menyusun asam nukleat ada dua
macam, yaitu basa purin yang terdiri dari adenin dan guanin dan basa pirimidin yang
terdiri dari timin dan sitosin. Basa purin atau pirimidin adalah basa nitrogen yang terikat
pada atom C nomor 1 suatu molekul gula melalui ikatan N-glukosidik. Ikatan tersebut

menghasilkan molekul yang disebut nukleosida. Nukleosida akan bergabung dengan

fosfat dan membentuk molekul yang disebut nukleotida (Triwibowo, 2005).
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi
atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah DNA rusak. Metode yang digunakan untuk mengisolasi
DNA tergantung pada sumber, umur, dan ukuran sampel. Meskipun berbagai metode
yang digunakan ada beberapa kesamaan di antara mereka. Secara umum, mereka
bertujuan untuk menyajikan DNA terpisah dalam inti sel dari komponen seluler lainnya.
Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel. Proses ini
sangat penting untuk penghancuran struktur protein dan memungkinkan untuk pelepasan
asam nukleat dari inti. Lisis dilakukan dalam larutan garam, deterjen yang mengandung
protein denaturasi atau protease (enzim mencerna protein), seperti proteinase K. Hal ini
mengakibatkan kerusakan sel dan melarutkan membran. Isolasi DNA adalah sebuah
proses yang sederhana (Soewoto, 2000).
Isolasi DNA diperlukan untuk analisis genetik, yang digunakan untuk tujuan
ilmiah, medis, atau forensik. Para ilmuwan menggunakan DNA di sejumlah aplikasi,
seperti pengenalan DNA ke dalam sel dan binatang atau tanaman, atau untuk tujuan
diagnostik. Dalam obat aplikasi yang terakhir adalah yang paling umum. Di sisi
lain, ilmu forensik perlu memulihkan DNA untuk identifikasi individu (bagi pemerkosa
misalnya, pencuri kecil, kecelakaan, atau korban perang), penentuan ayah, dan pabrik
atau identifikasi hewan (Sadikin, 2002).
Keberadaan protein, lipid, polisakarida dan beberapa senyawaorganik
atau anorganik lainnya dalam penyusunan DNA dapat mengganggu metode analisis
DNA, khususnya dengan reaksi rantai polimerase (PCR). Mereka juga dapat menurunkan
mutu DNA yang mengarah ke penyimpanan yang lebih pendek. Setelah itu, melalui
aplikasi dari deterjen, protein dan lipid selular terpisah jauh dari DNA (Poedjiadi, 2006).
Sejumlah kit pemurnian DNA menggunakan prinsip-prinsip komersial yang sama
tapi reagen berbeda. Dalam kit komersial solusi lisis umum mengandung: natrium
klorida, trometamin (juga dikenal sebagai Tris), yang merupakan buffer untuk
mempertahankan pH konstan, asam ethylenediaminetetraacetic (EDTA) yang mengikat
ion logam, dan natrium sulfat dodesil (SDS) yang adalah deterjen. Sebuah enzim yang
umum digunakan dalam ekstraksi DNA adalah proteinase K (Poedjiadi, 2006).
Asam nukleat merupakan molekul terbesar yang ditemukan dalam tubuh. Asam
nukelat pertama kali ditemukan dari inti (nukleus) sel oleh ahli biokimia Swiss Mescher.
Asam nukleat merupakan polimer dan satuan pembentuknya adalah nukleotida. Setiap
nukleotida terdri dari gugus fosfat, gula dengan lima karbon, basa yang mengandung
nitrogen ( James, 2008 ).

Asam nukleat memiliki kemampuan unik untuk memproduksi dirinya sendiri

secara langsung sehingga memungkinkan untuk membentuk duplikat dan
mentransmisikan ADN ke seluruh tubuh sel dari suatu generasi ke generasi berikutnya
secara tepat. ADN memberikan pola cetakan untuk protein dan enzim yang secara
langsung mengontrol perkembangan , proses biokimia, anatomi, fisiologim dan tingkah
laku organisme. ADN terdapat dalam semua sel ( Setyowati, 2007 ).
Terdapat dua jenis asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat ( DNA ) dan asam
ribonukleat ( RNA ). Asam asam ini adalah molekul yang membuat organisme hidup
dapat memproduksi komponen komponen kompleksnya dari satu generasi ke generasi
berikutnya. DNA dapat mengarahkan sintesis RNA, mengontrol sintesis protein melalui
RNA. DNA adalah materi genetik yang diwaris organisme dari orangtuanya ( Campbell,
2009 ).
1.3. Tinjaun Bahan
1.3.1. Metilen Klorida
Metilen klorida berbentuk cairan , memiliki berat molekul 84,93 gr.mol-1.
Memiliki titik didih sebesar 39,75 oC dan titik leleh sebesar -96,7oC. Larut dalam
metanol, dietil eter, n-octanol, aseton sebagian larut diair dingin. Dapat menyebabkan
iritasi kulit,mata, berbahaya jika terhirup dan tertelan (Sciencelab,2012).
1.3.2. Etanol
Etanol berbentuk cairan memiliki berat molekul 46,07 gr.mol-1. Titik didih dari
senyawa ini adalah 78,5oC dan titik leleh sebesar -144,1oC. Larut dalam air dingin, air
hangat, metanol, dietil eter dan aseton. Dapat menyebabkan iritasi kulit,mata, berbahaya
jika terhirup dan tertelan (Sciencelab,2012).
1.3.3. NaCl
NaCl berbentuk padatan , ph netral, memiliki berat molekul 58,44 gram /mol,
Memiliki titik didih 1413oC dan titik leleh sebesar 801oC. Larut dalam air dingin , air
panas, gliserol, amonia, tidak larut di asam klorida ( Sciece lab, 2012 )
1.3.4. Butanol
Butanol mudah terbakar, butanol berbentuk cairan tidak berwarna , memiliki
berat molekul 74,12 gr.mol-1. Memiliki titik didih sebesar 117,7 oC dan titik leleh
sebesar -89,5oC. Larut dalam metanol, dietil eter sebagian larut di air dingin, air hangat.
Dapat menyebabkan iritasi kulit,mata, berbahaya jika terhirup dan tertelan
(Sciencelab,2012).

1.3.5. SDS
Sodium DiodesilSulfat berbentuk cairan , tidak berwarna. Titik didih dari
senyawa ini adalah 100oC. Larut dalam air dingin, air hangat. Dapat menyebabkan
iritasi kulit,mata, berbahaya jika terhirup dan tertelan (Sciencelab,2012).
1.3.6. Ammonium Sulfat
Ammonium sulfat berbentuk padatan tidak berbau, memiliki berat molekul
132,14 gr.mol-1. Memiliki titik leleh sebesar 280oC. Larut dalam air dingin , tidak
larut di aseton. Dapat menyebabkan iritasi kulit,mata, berbahaya jika terhirup dan
tertelan (Sciencelab,2012).
1.3.7. Buffer Tris
Buffer Tris berbentuk cairan, memiliki pH netral, Memiliki titik didih 100 oC ,
mudah larut di air dingin, air hangat, sebagia larut di metanol dan aseton. Dapat
menyebabkan iritasi kulit,mata, berbahaya jika terhirup dan tertelan (Sciencelab,2012).
1.3.8. Isoamilalkohol
Isoamilalkohol berbentuk cairan, memiliki berat molekul 89,15 gr/mol, tidak
berwarna,memiliki pH netral. Titik didih dari senyawa ini adalah 132oC dan titik leleh
sebesar -117,2oC. Mudah larut di metanol, dietil eter, air dingin air hangat. Dapat
menyebabkan iritasi kulit,mata, berbahaya jika terhirup dan tertelan (Sciencelab,2012).
1.3.9. Lisozim
Lisozim adalah suatu larutan enzim yang terdapat di dalam cairan sekresi
eksokrin, seperti air susu ibu, air mata, keringat, lendir hidung dan cairan mulut.
Lisozim mampu untuk membuat tidak berdaya bakteri dengan memecah dinding sel,
yang karenanya menjadi porus. (Tanjung, 2008).
1.3.10. Kloroform
Kloroform berbentuk cairan, berbau manis, memiliki berat molekul 119,38
gr/mol, tidak berwarna, Titik didih dari senyawa ini adalah 61oC dan titik leleh
sebesar -63oC. Mudah larut di air dingin. Dapat menyebabkan iritasi kulit,mata,
berbahaya jika terhirup dan tertelan (Sciencelab,2012).

BAB II
METODOLOGI
2.1

Alat

Alat yang digunakan dalam percobaan ini adalah pipet ukur, pipet tetes, neraca
analitik, mortar, gelas kimia, spatula, corong pisah, tabung reaksi, penangas air, botol
semprot, sentrifuge.
2.2

Bahan

Bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah larutan buffer tris, kecambah,
ammonium sulfat, SDS, metilen klorida butanol, etanol, sel pasta bakteri, NaCl, Na2EDTA,
lizozim, kloroform isoamilalkohol, aquades.
2.3

Skema Kerja

2.3.1. Isolasi Asam Nukleat dari Kecambah Kepala Besar

Kecambah kepala besar
-

Diambil 5 gram
Digerus dalam mortar
Ditambah 10 mL buffer Tris
Pasta

Dipindahkan kedalam gelas kimia

Ditambah 2 mL larutan amonium sulfat
Diaduk dengan spatula selam 10 menit
Ditambahkan 15 mL larutan SDS
Diletakkan diatas stirer selama 10 menit
Diekstrak dengan 20 mL metilen klorida-butanol
Diambil dengan pipet dan dimasukkan dalam kuvet untuk dilakukan sentrifugasi
pada kecepatan 3000 rpm
Diambil cairan dengan pipet
Dipindahkan ke dalam gelas kimia
Ditambah etanol 2,5 kali
Diamati endapan berupa benang-benang halus sepanjang pengaduk kayu
Hasil

2.3.2. Isolasi Asam Nukleat dari Kecambah Kepala Kecil

Kecambah Kepala Kecil
-

Diambil 5 gram
Digerus dalam mortar
Ditambah 10 mL buffer Tris
Pasta

Dipindahkan kedalam gelas kimia

Ditambah 2 mL larutan amonium sulfat
Diaduk dengan spatula selam 10 menit
Ditambahkan 15 mL larutan SDS
Diletakkan diatas stirer selama 10 menit
Diekstrak dengan 20 mL metilen klorida-butanol
Diambil dengan pipet dan dimasukkan dalam kuvet untuk dilakukan sentrifugasi
pada kecepatan 3000 rpm
Diambil cairan dengan pipet
Dipindahkan ke dalam gelas kimia
Ditambah etanol 2,5 kali
Diamati endapan berupa benang-benang halus sepanjang pengaduk kayu
Hasil

BAB III
DATA HASIL PENGAMATAN
3.1 Isolasi Asam Nukleat dari Kepala Kecambah Besar
No
1
2
3

5
6
7
8

10

11

12
13

Perlakuan

Pengamatan
Kepala kecambah berwarna hijau
Kepala keambah besar dipisahkan dari
(beberapa merah muda) memiliki daun
ekornya
muda diantara keping biji
Ditimbang sebanyak 5 gram
Massa kepala kecambah = 5,00 gram
Kepala keambah digerus dengan
Kepala keambah menjadi halus, berair,
mortar
berwarna hijau kekuningan
Larutan buffer Tris HCl = cair, tidak
berwarna, jernih
Ditambahkan 10 mL buffer Tris HCl
Kecambah + buffer = campuran
dan diaduk
berbusa, berwarna hijau, tidak larut,
seperti pasta
Dimasukkan ke dalam gelas kimia
Campuran berwarna hijau kecoklatan,
steril dan diaduk selama 10 menit
sedikit bergumpal, seperti pasta
SDS = cair, tidak berwarna, jernih
Ditambahkan 15 mL SDS
Campuran = larutan berwarna
kecoklatan, keruh, encer
Larutan menjadi sedikit berbusa,
Diaduk selama 10 menit
berwarna hijau ccoklat
Metilen klorida-butanol = cair, tidak
Ditambahkan 20 mL metilen kloridaberwarna, sedikit keruh
butanol
Campuran = larutan menjadi memudar
Larutan menjadi berwarna putih
Distirrer selama 10 menit
kekuningan, gumpalan sedikit larut,
larutan mengental
Larutan berwarna kuning terdapat
Dimasukkan ke dalam kuvet dan
endapan kecoklatan
ditimbang massanya
Massa kuvet + isi + botol putih = 28,3
gram
Terdapat 3 lapisan
Disentrifugasi selama 10 menit dengan Lapisan atas = kuning orange, jernih
kecepatan 3000 rpm
Lapisan tengah = endapan kecoklatan
Lapisan bawah = kuning tipis, jernih
Larutan bagian atas dan bawah dipipet
Larutan berwarna kuning gelap, jernih
kedalam gelas kimia yang sama
Terdapat 2 lapisan
Ditambahkan etanol absolut tetes demi
Lapisan atas = putih kekuningan, keruh
tetes
Lapisan bawah = kuning jernih

3.2 Isolasi Asam Nukleat dari Ekor Kecambah Besar

No
1
2
3

Perlakuan
5 gram ekor kecambah digerus dengan
mortar
Ditambah buffer Tris sebanyak 10 mL
setelah ekor kecambah dipindahkan
kedalam gelas kimia
Gelas kimia dikocok secara perlahan
dan diaduk dengan spatula

Ditambah 2 mL ammonium sulfat lalu

diaduk selama 10 menit

Ditambah 15 mL SDS sambil diaduk

Diekstrak dengan 20 mL etilen

klorida-butanol

Dilakukan pengadukan dengan

seperangkat alat magnet stirrer dan
motor rotary selama 10 menit. Selama
pengadukan, gelas kimia ditutup
dengan aluminium foil

Pasta dipindah ke dalam kuvet lalu

diukur beratnya

Diletakkan dalam sentrifugase dingin

dalam 3000 rpm

10

Lapisan-lapisannya dipisah dan

ditempatkan pada gelas kimia 100 mL

11
12

Diukur lapisan airnya dengan gelas

ukur
Ditambahkan etanol absolut melalui
pipet tetes sambil diaduk dengan
pengaduk kayu hingga muncul

Pengamatan
Ekor kecambah halus seperti kim
berwarna krem
Muncul buih berwarna putih
Larutan campuran semakin homogen
dan membentuk pasta
Pasta semakin encer setelah
penambahan ammonium sulfat namun
semakin kental dan warnanya semakin
gelap setelah pengadukan
Buih semakin banyak pada permukaan
pasta yang semakin encer akibat
penambahan SDS
Pasta berwarna putih dengan busa dan
buih yang semakin banyak
Terbentuk 3 lapisan
Lapisan atas berwarna bening
Lapisan tengah terbentuk seperti
endapan berwarna krem
Lapisan bawah berwarna putih seperti
susu
I
II
III
28,3 28,3 28,3
Wpasta+botol+kuvet
gram gram gram
4,5
4,5
4,5
Wbotol
gram gram gram
12,7 12,7 12,7
Wkuvet
gram gram gram
11,1 11,1 11,1
Wpasta
gram gram gram
Setelah disentrifuge, terbentuk 3
lapisan
Lapisan I = larutan berwarna agak
keruh
Lapisan II = endapan krem
Lapisan III = larutan berwarna bening
Saat mengambil lapisan I dengan pipet
tetes terdapat busa dan gelembung.
Lapisan yang diambil adalah lapisan
air (I dan III)
Volume lapisan air keseluruhan = 23
mL
Etanol absolut yang ditambahkan
sebanyak 57,5 mL (1150 tetes)

benang-benang halus. Penambahan

etanol dilakukan tetes demi tetes
3.3 Isolasi Asam Nukleat dari Kepala Kecambah Kecil
No

Perlakuan

5 gram kepala kecambah kecil digerus

dengan mortar sampai halus

Ditambah 10 mL buffer Tris

Dipindahkan ke dalam gelas kimia

Ditambah 2 mL larutan ammonium
sulfat
Diaduk dengan pengaduk kayu selama
10 menit
Ditambah 15 mL larutan SDS
Diaduk dengan pengaduk kayu selama
10 menit

4
5
6
7

Ditambah 20 mL metilen kloridabutanol

Diletakkan diatas stirrer selama 10

menit

10

Diambil dengan pipet dan dimasukkan

ke dalam kuvet untuk dilakukan
sentrifugasi

11

Ditambah etanol tetes demi tetes

sebanyak 2,5 kali volume larutan
sambil diaduk hingga terbentuk serat

Pengamatan
Kepala kecambah yang sudah bersih
ditimbang 5 gram. Kepala kecambah
menjadi halus seperti bubur
Larutan berwarna putih keruh
Larutan berada dalam gelas kimia
Larutan berubah warna menjadi kuning
keruh
Ada gelembung di dinding gelas kimia
Gelembung bertambah
Gelembung yang terbentuk semakin
banyak, menutupi permukaan larutan
Gelembung semakin banyak diatas
terbentuk 2 lapisan
Lapisan bawah = bening
Lapisan atas = keruh
Lapisan bawah menjadi keruh,
gelembung berkurang. Terbentuk 3
lapisan
Lapisan atas = gelembung
Lapisan tengah = keruh
Lapisan bawah = bening
Kecepatan sentrifugasi 3000 rpm.
Terbentuk 3 lapisan
Lapisan atas = bening
Lapisan tengah = putih, padat, keruh
Lapisan bawah = bening
Lapisan yang bening diambil dengan
pipet tetes dan di masukkan ke dalam
gelas kimia
Volume etanol 23,1 mL. tidak
terbentuk serat

3.4 Isolasi Asam Nukleat dari Ekor Kecambah Kecil

No

Perlakuan

5 gram kepala kecambah kecil digerus

dengan mortar sampai halus

Ditambah 10 mL buffer Tris

Pengamatan
Ekor kecambah yang sudah bersih
ditimbang 5 gram. Ekor kecambah
berwarna putih tulang seperti pasta.
Berbentuk pasta

Dipindahkan ke dalam gelas kimia

Pasta berada dalam gelas kimia

4
5

Ditambah 2 mL larutan ammonium

sulfat
Diaduk dengan pengaduk kayu selama
10 menit

Ditambah 15 mL larutan SDS

Diaduk dengan pengaduk kayu selama

10 menit

Ditambah 20 mL metilen kloridabutanol

Diletakkan diatas stirrer selama 10

menit

10

Diambil dengan pipet dan dimasukkan

ke dalam kuvet untuk dilakukan
sentrifugasi

11
12
13

Fase cair dipindahkan dari padatan dan

diletakkan pada gelas kimia
Dipindahkan ke gelas ukur
Ditambah etanol tetes demi tetes
sebanyak 2,5 kali volume larutan
sambil diaduk hingga terbentuk serat

Terdapat busa putih

Berbentuk pasta berwarna krem
Campuran menjadi encer dan terdapat
sedikit buih, warna tidak terlalu pekat
Campuran menjadi encer dan terdapat
sedikit buih, warna tidak terlalu pekat
Gelembung semakin banyak diatas
terbentuk 2 lapisan
Lapisan bawah = bening
Lapisan atas = keruh
Gelembung berkurang. Terbentuk 3
lapisan
Lapisan atas = bening kecoklatan
Lapisan tengah = banyak serabut
Lapisan bawah = bening
Kecepatan sentrifugasi 3000 rpm.
Terbentuk 4 lapisan
Lapisan atas = bening
Lapisan kedua= bening kecoklatan
Lapisan ketiga = endapan
Lapisan bawah = bening
Lapisan yang bening diambil dengan
pipet tetes dan di masukkan ke dalam
gelas kimia
Fasa cair berada pada gelas kimia
Didapat fasa cair sebanyak 15 mL
Volume etanol 37,5 mL. Tidak
terbentuk serat

BAB IV
PEMBAHASAN

Prinsip percobaan ini adalah isolasi asam nukleat menggunakan sampel kepala
kecambah kecil yang dilakukan dengan menambahkan buffer Tris untuk menjaga kestabilan
pH. Kemudian ditambahkan larutan ammonium sulfat untuk menghilangkan polisakarida
yang terdapat pada keambah dan dilakukan pengadukan. Ditambahkan Sodium dodesil sulfat
(SDS) untuk menyempurnakan lisis sisa membran dan menahan aktivitas enzim yang
berbahaya (nuklease) dengan cara mendenaturasi enzim tersebut. Ditambahkan larutan
metilen klrida butanol digunakan untuk mendenaturasi dan mengkoagulasi protein sebelum
dilakukan sentrifugasi. DNA akan terbentuk serat pada pengendapan dengan menggunakan
etanol.
Pada percobaan isolasi DNA ini, tahap pertama adalah proses perusakan atau
penghancuran membran dan dinding sel. Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal
isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Tahap penghancuran sel atau
jaringan dilakukan dengan cara menggerus 5 gram kecambah ditambah dengan 10 mL buffer
tris menggunakan mortar. Fungsi buffer tris adalah untuk menjaga struktur DNA selama
proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein dan
RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi DNA dan mencegah perubahan pada
molekul DNA. Konsentrasi dan pH dari bufer yang digunakan harus berada dalam rentang
pH 5 sampai 12. Larutan buffer dengan pH rendah akan mengkibatkan depurifikasi dan
mengakibatkan DNA terdistribusi ke fase metilen klorida-butanol selama proses
deproteinisasi. Sedangkan pH larutan yang tinggi di atas 12 akan mengakibatkan pemisahan
untai ganda DNA. Kemudian ditambahkan dengan larutan amonium sulfat dan diaduk selama
10 menit. fungsi amonium sulfat adalah untuk menghilangkan polisakarida dan fungsi
pengadukan adalah untuk memberikan waktu kepada reagen-reagen untuk beraksi dalam
proses perusakan membran dan dinding sel. Proses kedua adalah proses pelisisan sel. Pada
proses lisis digunakan sodium dodecyl sulphate (SDS) sebanyak 15 mL sebagai tahap
pelisisan membran sel kemudian diaduk selama 10 menit. SDS tersebut selain berperan
dalam melisiskan membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi aktivitas enzim
nuklease yang merupakan enzim pendegradasi DNA. Selanjutnya proses yang ketiga adalah
penambahan metilen klrorida butanol yang digunakan untuk memecahkan dan
mengkoagulasi protein kemudian dilakukan pemanasan dengan menggunakan stirer selama
10 menit, dan dilakukan sentrifugasi dengan penambahan etanol pada sampel untuk
menghilangkan kelarutannya sehingga akan didapatkan endapan seperti benang-benang halus
yang diduga merupakan DNA.
Hasil yang diperoleh dari percobaan isolasi asam nukleat kecambah adalah terdapat
gelembung pada gelas kimia ketika dilakukan pengadukan dengan pengaduk kayu. Dan
gelembung bertambah banyak saat penambahan SDS sehingga menutupi permukaan larutan,
ketika penmabahan metilen klorida butanol gelembung semakin banyak diatas dan
terbentuk 2 lapisan, lapisan atas keruh dan lapisan bawah bening. Saat pemanasan lapisan
bawah menjadi keruh, gelembung berkurang dan terbentuk tiga lapisan, lapisan atas

gelembung, lapisan tengah keruh dan lapisan bawah bening. Ketika sentrifugasi dengan
kecepatan 3000 rpm terbentuk 3 lapisan kembali, volume etanol yang digunakan pada
kecambah ekor kepala kecil untuk membentuk serat serat dan tidak terbentuk serat karena
pada saat sentrifugasi kecepatannnya sekitar 3000 rpm, proses penggerusan dengan mortat
yang tidak boleh mengenai tangan karena dapat menyebabkan kontaminan, selain itu
detergen yang digunakan harus cairan karena memiliki kualitas paling baik dalam kecepatan
membentuk DNA, sedangkan detergen bubuk mempunyai kecepatan paling rendah dalam
mementuk DNA.
Hasil percobaan kecambah ekor kecil adalah terdapat busa putih pada penambahan
ammonium sulfat, terbentuk pasta warna cream, campuran menjadi encer, terdapat sedikit
buih dan warna tidak terlalu pekat. Ketika ditambah metilen klorida terbentuk 2 lapisan,
lapisan atas keruh, dan lapisan bawah bening, dan pada saat pemanasan dan di stirer
terbentuk tiga lapisan, lapisan atas bening kecoklatan, lapisan tengah banyak serabut dan
lapisan bawah berwarna bening. Ketika di sentrifugasi terbentuk 4 lapisan, lapisan atas
bening, kedua bening kecoklatan, ketiga endapan, keempat jernih. Lapisan yang jernih yang
didapat sebanyak 15 ml, volume etanol yang digunakan untuk mengetahui DNA yang
terbentuk sebanyak 37,5 ml belum terbentuk serabut DNA.
Hasil yang didapat dari percobaan kecambah kepala besar adalah larutan menjadi
berbusa, berwarna hijau coklat ketika pengadukan selama 10 menit setelah penambahn
metilen klrorida- butanol larutan sedikit memudar. Ketika disentrifugasi selama 10menit
dengan kecepatan 3000 rpm menghasilkan 3 lapisan, lapisan atas kuning orange, tengah
endapan kecoklatan, dan bawah kuning, tipis, jernih, volume etanol yang digunakan untuk
membentuk serat- serat halus yaitu 2,5 kali ( tetes demi tetes).
Hasil yang diperoleh dari kecambah ekor besar adalah terbentuk 3 lapisan, lapisan
atas bening, tengah terdapat endapan berwarna krem, lapisan bawah berwarrna putih sperti
susu ketika pemanasan dan pengadukan dengan stirer. Ketika disentrifugasi juga terbentuk 3
lapisan, lapisan ata sedikit keruh, bawah terbentuk endapan krem dan lapisan bawah bening.
Volume air keseluruhan adalah 23 ml sedangkan volume etanol yang digunakan untuk
mengetahui serat-serat DNA adalah 57,5 ml.
Dari hasil yang diperoleh, dapat dikatakan bahwa kecambah berukuran besar lebih
sedikit DNA yang diperoleh daripada kecambah yang berukuran kecil Endapan yang
terbanyak ada pada ekor kecambah karena pada saat sentrifugasi partikel partikel pada
suatu bahan dipisahkan dari fluida oleh gaya sentrifugasi yang dikenakan dalam partikel.
DNA pada ekor diduga juga lebih besar daripada pada kepala. Hal ini dikarenakan bagian
kecambah yang aktif membelah adalah bagian ekornya, sehingga DNA akan lebih banyak
berkumpul disana karena DNA merupakan bagian tak terpisahkan dari pertumbuhan sel.
Kecambah kecil lebih besar DNA nya karena masa pertumbuhan DNA paling cepat adalah
pada saat masa pertumbuhan kecambah.

BAB V
KESIMPULAN
5.1. Kesimpulan
Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA dari berbagai jenis tanaman,
organ tanaman, maupun jaringannya dapat dilakukan dengan berbagai cara Pertama
adalah cara dalam menghomogenkan jaringan tanaman khususnya adalah dinding
selnya. Kedua adalah komposisi dari larutan buffer yang ditambahkan dalam
penggerusan jaringan tanaman dan yang ketiga adalah penghilangan enzim
penghambat-polisakarida. Volume etanol yang digunakan dalam kecambah kepala
kecil adalah 23,1 ml, kepala besar2,5 kali, ekor kecil 37,5 ml dan ekor besar 57,5 ml.
DNA pada ekor lebih besar daripada pada kepala. Karena bagian kecambah yang
aktif membelah adalah bagian ekornya, sehingga DNA akan lebih banyak berkumpul
disana karena DNA merupakan bagian tak terpisahkan dari pertumbuhan sel.
Kecambah kecil lebih besar DNA nya karena masa pertumbuhan DNA paling cepat
adalah pada saat masa pertumbuhan kecambah.
5.2. Saran
Bagi praktikan untuk selanjutnya diharapkan lebih bersungguh sungguh
dalam melaksanakan praktikum dan lebih meningkatkan ketelitian dalam bekerja.
Karena, dengan demikian mudah mudahan praktikum akan berlangsung sesuai
dengan apa yang diharapkan dan mendapatkan hasil yang maksimal.

DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Neil A et all. 2009. Biology Consepts and Connection. San Fransico : Pearson
Benjamin Cummings.
James, Joyce. 2008. Principles of Sciece for Nurses. England : Blackwell Publishing.
Poedjiadi, Anna, 2006. Dasar-dasar Biokimia, Universitas Indonesia PRESS,Jakarta.
Sadikin M. 2002. Seri biokimia: biokimia enzim.Widya Medika. Jakarta.
Sciencelab1, 2012, MSDS Ammonium Sulfate, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 19
Oktober 2014.
Sciencelab2, 2012, MSDS Butanol, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 19 Oktober
2014.
Sciencelab3, 2012, MSDS Chlorform, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 19 Oktober
2014.
Sciencelab4, 2012, MSDS Etanol, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 19 Oktober
2014.
Sciencelab5, 2012, MSDS Isoamyl Alcohol, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 19
Oktober 2014.
Sciencelab6, 2012, MSDS Methylene Chloride, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal
19 Oktober 2014
Sciencelab7, 2012, MSDS Sodium Chloride, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 19
Oktober 2014
Sciencelab8, 2012, MSDS Sodium Dodecyl Sulfate, http://www.sciencelab.com, diakses
tanggal 19 Oktober 2014
Sciencelab9, 2012, MSDS Tris Buffer, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 19
Oktober 2014
Setyowati. Tetty, 2007. Biologi Interaktif, Azka Press, Jakarta
Soewoto, Hafiz, dkk. 2000. Biokimia Eksperimen Laboratorium.Jakarta: Widya Medika.
Sloane, Ethel, 2004. Anatomy And Phsiology, Jonwa and Bartlet Publisher, Sudbury.
Tanjung , H. M., dan Lisna Unita, 2008, Peranan Lisozim Terhadap Bakteri Rongga mulut,
http://repository.usu.ac.id/handle/123456789/8375, diakses tanggal 19 Oktober
2014
Triwibowo, Y. 2005. Biologi Molekular. Erlangga, Jakarta.

LAMPIRAN

1. Reaksi Isolasi Asam Nukleat

2. Reaksi Hidrolisis Asam Nukleat

3. Reaksi Isolasi DNA