UNIVERSIDAD NACIONAL DEL ALTIPLANO

FACULTAD DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA

LABORATORIO DE BIOQUIMICA

Enzimología

Generalidades
Estructura
Propiedades
Terminología
Nomenclatura
Clasificación
Cofactores
 ©Pedro Coila
 Generalidades
 Las rutas o vías metabólicas son un conjunto de reacciones
enzimáticas implicadas en algún propósito: síntesis o
degradación de una molécula, síntesis de ATP, etc.
 Estas vías inician con una molécula específica y terminan
con un producto.
 Cada paso es catalizado por una enzima específica.
 El metabolismo celular
es la suma de las
reacciones químicas
que ocurren
simultáneamente.
 Cada reacción es
catalizada por una
enzima.
 De modo que las
enzimas intervienen en
todo proceso que
implique VIDA
 Historia
 Desde finales del S XVIII y principios del S XIX, la
digestión de la carne por las secreciones del
estómago y la conversión del almidón a azúcar
por la saliva y extractos de plantas, ya eran
conocidos.
 Sin embargo, el mecanismo por el cual esto
ocurría no había sido identificados.
 Historia
 Otro evento conocido desde tiempos inmemoriales era la
fermentación alcohólica, resultado del crecimiento de
levaduras y de su acción química sobre los azúcares.

• En el S XIX, Louis Pasteur llegó a la conclusión que esta

fermentación era catalizada por una fuerza vital contenida en las
células de la levadura, llamadas fermentos, que se pensó solo
funcionaban con organismos vivos. Escribió que "la
fermentación del alcohol es un acto relacionado con la vida y la
organización de las células de las levaduras, y no con la muerte
y la putrefacción de las células".
• Es decir: NO PODIA EXISTIR FERMENTACIÓN SIN VIDA
 Etimología
1878 – Fiedrich W. Khune (1837-1900) acuña el término
enzima para referirse a sustancias catalizadoras cuya
presencia se sospechaba en las levaduras.

gr. ενζυμον = “en” y “zymee” = “en la levadura”

• No sabían cuál era la naturaleza química de estas

sustancias.
• Por otro lado, la palabra “fermento” se refería a la
actividad química producida por organismos
vivientes.
 Historia
1897 – Edward. Buchner, en la U.
Humboldt de Berlín, obtiene un
extracto inerte de levaduras y
encontró que el azúcar era fermentado
inclusive cuando no había elementos
vivos en las células de las levaduras.
Con esto demostraron que la
fermentación podía ser hecho sin vida
y que las enzimas eran fermentos
inertes.
En 1907 recibió el PN de Química por
sus investigaciones bioquímicas y
descubrir la fermentación libre de
 Historia
• Habiendo demostrado que las enzimas podían
funcionar fuera de la célula viva, el próximo paso era
determinar su naturaleza química.
• Al respecto, en muchos de los trabajos iniaciales se
evidenció que la actividad enzimática estaba asociada
con proteínas, pero algunos científicos (como el Premio
Nobel Richard Willstätter) argumentaban que las
proteínas servían simplemente para el transporte de las
verdaderas enzimas y que las proteínas per se no eran
capaces de realizar catálisis.
 Historia
• En 1926 - James B. Summer aísla y
purifica la ureasa (de frejol) y tras 20 años
de esfuerzo, postuló que “todas las
enzimas eran proteínas”. La comunidad
científica dudó de su hallazgo.
• En 1930 - John H. Northrop y Wendell
Stanley trabajando con enzimas
digestivas (pepsina, tripsina y
quimotripsina) confirman que las enzimas
eran proteínas, estableciéndose
definitivamente la naturaleza química de
las enzimas.
• Estos tres científicos recibieron el Premio
Nobel de Química en 1946.
 Historia
• Hasta la década de los 50´s, se tenían aisladas y
cristalizadas 75 enzimas.
• A la fecha, según la Base de Datos de Enzimas,
disponible en:
http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes
que contiene las estructuras de enzimas depositadas
en el Banco de Datos de Proteínas (PDB), al 5 de abril
del 2009, se tienen 24,235 enzimas registradas.
 Definición
ENZIMAS = CATALIZADORES ORGANICOS = BIOCATALIZADORES

Las enzimas son proteínas

globulares sintetizadas por los
organismos vivos cuya función es
aumentar la velocidad o celeridad
de las reacciones químicas.
Una excepción lo constituyen las
ribozimas cuya naturaleza química es
ácido nucleico y no proteína.

USOS DE LAS ENZIMAS (APLICACIONES):

-Biotecnología - Medicina - Industria químico farmacéutica
-Agricultura - Metalurgia - Industria alimentaria
- Guerras químicas - Ingenierías - etc.
La enzima está conformada por 3 tipos de aminoácidos (AA)

Sitio activo
 ¿Cómo actúan?
Como cualquier otro
catalizador, las enzimas
actúan disminuyendo la
barrera de Energía de
Activación (Ea) por lo que un
mayor número de moléculas
alcanzan la energía de
transición (el estado
excitado).
Por ejemplo, la descomposición del H2O2 a H2Oy O2 puede ocurrir:

-Espontaneamente (sin catalizador)

- Con catalizador inorgánico (platino)
- Con biocatalizador (catalasa)

Los valores de Ea son 18, 12 y 6 kcal/mol, lo que significa que el platino

acelera la reacción 20000 veces y la catalasa 270000 veces.
 ¿Como lo hace?
 Forzando la molécula a un estado intermediario que
se parece al de transición pero de menor energía.
 Puede reunir dos moléculas reactivas en la
orientación adecuada, aumentando su reactividad
 Orienta partes de la molécula de forma adecuada
para alcanzar la transición.
 Enzyme Stabilizes Transition State
Energy change
ST
Energy required (no catalysis)

Energy decreases (under catalysis)

EST
S

ES
EP P

Reaction direction
T = Transition state What’s the difference?
 Terminología enzimática
- Sitio activo.- Es el lugar de la enzima
donde ocurre la reacción química del
sustrato
- Sustrato (S).- Es la molécula que se une
al sitio activo en donde va a ser
transformada en producto.

- Complejo enzima sustrato (ES).- Unión

temporal entre la E y el S, momento en el
cual el S es convertido en producto.

- Producto (P).- El resultado de la

reacción enzimática.
 Enzima

Sustrato

Sitio activo

Complejo ES
 El sitio activo (o centro catalítico)
- Es una hendidura o bolsillo ubicado en la superficie de la
proteína y representa aprox. el 5% de la superficie total.
- En ella ocurren los fenómenos de fijación y conversión química
del S.
- Está constituido por 100 AA y tiene un diámetro de 25 A.
- Tiene una topografía 3D específica y única.
 Fuerzas que mantienen el complejo ES
1. Interacciones no covalentes.- Son las principales fuerzas
de unión entre la E y el S.
-Interacciones electrostáticas
-Puentes de hidrógeno
-Contactos de Van der wals
- Interacciones hidrofóbicas

2. Interacciones
covalentes
temporales .-
Entre las cadenas
laterales de los AA
y el S.
 Mecanismo concertado de catalisis
Carboxipeptidasa A
(248)
(270)
Sitio Tyr
Glu 3 4
activo
COO - O-
H H
+ H O-
C N R 5
N C C
2
Sustrato: O-
Cadena 1 + COO - +Arg (145)
peptídica His
(196)
Zn Glu C-terminal
(72)
His (69)
Localización celular de las enzimas

Las enzimas ejercen

Na/K su función
ATPasa
Retículo
predominantemente
membrana
endoplasma en el interior celular.
Glucosa 6
fosfatasa
Mas aún lo hacen en
determinado
organelo de la célula.

Alfa
manosidasa Catalasa Succinato deshidro-
Complejo Peroxisom genasa.Citocromo oxidasa
Golgi a Mitocondria
Propiedades de las enzimas
1. Son extremadamente eficientes.
2. Poseen alto grado de especificidad por sus
sustratos.
Modelos que explican la especificidad enzimática
- Modelo de la llave y la cerradura (de Fisher).- El sitio
activo es rígido y perfectamente complementario al S =
especificidad absoluta.
Modelos que explican la especificidad enzimática
- Modelo de la adaptación inducida (de Koshland).- El sitio activo es
flexible y no complementario al S. La enzima es inducida a tomar la
forma complementaria a medida que el S se fija = especificidad
relativa.
3. No sufren modificación en el proceso de reacción.

4. No cambian la Keq de la reacción, simplemente

aumentan la velocidad para alcanzar ese equilibrio.

5. Están sujetas a regulación o control

6. Están presentes en pequeñas cantidades (nano o

micromolares)

7. Son proteínas globulares generalmente de alto PM,

solubles
Actúan en condiciones moderadas de presión y
temperatura.
 Mecanismo de acción
Para actuar la enzima debe unirse
necesariamente al S. Fases:
1. Unión de la E con el S (formación
del complejo ES)
2. Modificación del S (conversión
en P).
3. Liberación del P .
 Mecanismo de acción

E + S
E S E +P
Modificaciones de componentes de la reacción
enzimática
Modificaciones de los componentes de la reacción enzimática

S
P
Concentration

ES
E

Tiempo de reacción
 Nomenclatura
Nombre común (no sistemática, tradicional o trivial)
- Hasta antes de 1965 el nombre no guardaba ninguna
relación con la reacción que catalizaba, ni con el S.
Ejemplos: pepsina, tripsina, quimotripsina,
- Luego se nombran a las enzimas con el nombre del S
sobre el cual actuaba, con el sufijo “asa”
Ejemplos: ureasa, maltasa, amilasa, arginasa, catalasa
- En algunos casos se incluye el tipo de reacción que
catalizaba la enzima
Ejemplos: lactato deshidrogenasa, piruvato
descarboxilasa, glucosa oxidasa
 Nomenclatura
Nombre sistemático --- 1965 UIB – a través de la
Comisión de Enzimas (EC) establece reglas para
nombrar a las enzimas:
- Toda enzima debe tener un número de
clasificación de 4 dígitos y un nombre
sistemático.
Ejemplo: 2.7.3.2. ATP: creatina kinasa,
Ejemplos:

N. Sistemático EC 1.1.1.1. Etanol: NAD oxidorreductasa

N. Común Alcohol deshidrogenasa

N. Sistemático EC 1.1.11.6. H2O2: oxidorreductasa

N. Común Catalasa

N. Sistemático EC 2.7.1.1. ATP: D-hexosa fostotransferasa

N. Común Hexoquinasa
Clasificación
Clase 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreducción
(redox) de diversos tipos.

Ared + Box Aox + Bred

A : es el agente reductor o dador electrónico; en el
curso de la reacción se oxida (pierde electrones) Nomenclat. Alternat.
• Deshidrogenasas
B : es el agente oxidante o aceptor electrónico; en el • Oxidasas
curso de la reacción se reduce (gana electrones) • Peroxidasas
• Oxigenasas
Ejemplo:
• Hidroxilasas
EC 1.1.3.4 Glucosa : O2 oxidorreductasa • Reductasas

Dador Aceptor

Nombre común: Glucosa oxidasa

En las reacciones redox, siempre tienen que estar presentes el aceptor y el dador electrónico a la vez.
 Clase 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de
agrupaciones atómicas de una molécula donadora
a otra aceptora.

A-X + B
A : molécula dadora o donadora
B : molécula aceptora
X : grupo transferido
Ejemplo:
EC 2.7.1.1. ATP: D-Hexosa fosfotransferasa
A + B-X
Sub-clases de transferasas
2.1.-.- Grupos monocarbonados
2.2.-.- Grupos aldehido o ceto
2.3.-.- Aciltransferasas
2.4.-.- Glicosiltransferasas
2.5.-.- Alquil- o Ariltransferasas
2.6.-.- Grupos nitrogenados
2.7.-.- Grupos fosfato
2.8.-.- Grupos sulfato

Dador Aceptor Grupo transferido

Nombre común: Hexokinasa

 Clase 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones hidrolíticas (ruptura de
enlaces químicos) con participación del agua.

A-B + H2O A-OH + B-H

Es difícil la utilización de nombres sistemáticos en las hidrolasas. Muchas
de ellas conservan el nombre primitivo: tripsina, pepsina, papaína, etc.
Ejemplo:
Sub-clases de hidrolasas
EC 3.4.21.4. (trupsina) 3.1.-.- Esterasas
3.2.-.- Glucosidasas
3.3.-.- Eter hidrolasas
3.4.-.- Peptidasas
3.5.-.- Acil anhidro hidrolasas
Etc.
Clase 4: Liasas
Catalizan reacciones de adición o
remoción de grupos a enlaces C=C
(ruptura o formación de dobles
enlaces.

Catalizan la ruptura de enlaces por

medios distintos a la hidrólisis. Algunas liasas

- Descarboxilasas
Ejemplo:
- Aldolasas
- Anhidrasa carbónica
EC 4.1.1.1. Piruvato descarboxilasa - Adenilato ciclasa
Clase 5: Isomerasas
Catalizan reacciones que implican cualquier tipo de isomerización,
tales como, racemizaciones, epimerizaciones e isomerizaciones cis-
trans. Es decir, modificación interna de una molécula (sin agregarle ni
quitarle grupo o átomo alguno).

Algunas isomerasas

- Epimerasas
- Racemasas
- Mutasas
- Isomerasas

Ejemplo:
EC 5.3.1.1. Triosa fosfato isomerasa
Clase 6: Ligasas
Catalizan reacciones de unión (o condensación)
de dos moléculas (formación de enlaces) acoplado
a la hidrólisis del ATP o de otro compuesto de alta
energía.

A + B + ATP A-B + ADP + Pi

O bien

C + D + ATP C-D + AMP + PPi

Ejemplo: Algunas iigasas
-Sintetasas
EC 6.5.1.3. RNA ligasa - Carboxilasas
- Tiokinasas
 http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes

Clasificación de Enzimas (E.C.)

El número de enzimas al 14-Abril del 2009, según el Banco
de Datos de Enzimas, son:
E.C.1.-.-.- Oxidoreductasas. [4,207]
E.C.2.-.-.- Transferasas. [7,350]
E.C.3.-.-.- Hidrolasas. [9,183]
E.C.4.-.-.- Liasas. [1,752]
E.C.5.-.-.- Isomerasas. [1,011]
E.C.6.-.-.- Ligasas. [732]
 Cofactores enzimáticos
•Son sustancias no proteicas que
requieren muchas enzimas para que
puedan catalizar eficientemente. Su
presencia es indispensable (ingresan con
los alimentos)
•Generalmente, se sitúan en el sitio activo
de la enzima, en donde se fija de manera
específica (en forma covalente o no).
•Entonces, los cofactores actúan
modificando la estructura 3D de la
enzima, la del sustrato o ambas e
incrementando al máximo la interacción
de estos
Terminología

Parte Parte no
proteica proteica
Tipos de cofactores

Holoenzima

Apoenzima Cofactor

Tipos:
1. Inorgânicos (iones)
- Coenzimas
2. Orgánica
- Grupos prostéticos
1. Cofactores inorganicos
Son las sustancias iónicas (cationes o aniones) de los metales.
Por esta razón son nutrientes esenciales para el organismo. Se
unen mediante enlaces de coordinación con las cadenas
laterales de ciertos AA del sitio activo.
2. Cofactores orgánicos: Pueden ser
A. COENZIMAS
Se unen a la enzima en forma transitoria, generalmente
durante la catálisis.
Una misma coenzima puede actuar en numerosas reacciones
enzimáticas.
Los componentes esenciales de muchas coenzimas son la
vitaminas (la mayoría del Complejo B)

B. GRUPOS PROSTETICOS
Están unidos permanentemente a la enzima mediante enlaces
covalentes.
A diferencia de las coenzimas, los GP son más grandes.
Ejemplo: el grupo heme de la catalasa
 Vitaminas y sus formas coenzimáticas

Vitamina Forma coenzimática Reacción

Tiamina (B1) Tiamina pirofosfato Descarboxilación, transferencia
(TPP) de grupo fosfato
Riboflabina (B2) FAD y FMN Redox
Piridoxina (B6) Piridoxal fosfato Transferencia de grupos amino
Niacina NAD y NADP Redox
Ac. Pantoténico CoA Transferencia de grupos acilo
Biotina Biocitina Carboxilación
Ac. Fólico THF Transferencia de grupos de un C
Vit B12 Desoxiadenosil Isomerizaciones
cobalamina,
metilcobalamina
Vit C Hidroxilación
Isoenzimas o isozimas
Son familias de enzimas que catalizan la misma
reacción química pero con propiedades cinéticas
y físico-químicas diferentes.
Difieren en su estructura primaria (en algunos
AA) y, por tanto, en los valores de sus puntos
isoeléctricos (pI), por lo que su presencia de estas
formas múltiples puede detectarse y separarse
mediante electroforesis.
Pueden estar presentes en una misma especie e
incluso en una misma célula.
La isoenzima más conocida es la lactato deshidrogenasa
(LDH), presente en todos los tejidos.
Es un tetrámero con dos clases de subunidades (H y M)
de 35 kd cada una. Ambas subunidades difieren
significativamente en el contenido de sus AA y están
codificados por genes diferentes.

Presenta 5
isoenzimas y todas
catalizan la misma
reacción.
Las 5 formas isoenzimáticas
son:
La isoenzima H4 predomina en el
corazón (heart) y la M4 en el
músculo esquelético (muscle). Las
otras 3 isozimas se encuentran
presentes en los distintos tejidos.
Si bien todos catalizan la misma
reacción, difieren
significativamente en sus valores
Km respecto a sus sustratos, así
como en sus valores de Vmáx.
El siguiente esquema muestra el
contenido relativo de la LDH en los
tejidos humanos.
 Zimógenos o proenzimas
 Son precursores inactivos de
ciertas enzimas, las que más tarde
en respuesta a una señal
bioquímica, se convierten en
activas por hidrólisis de enlaces
peptídicos.

 La mayoría de enzimas digestivas pertenecen a este

grupo. P. ej. pepsina, tripsina y quimotripsina, que se
sintetizan como pepsinógeno, tripsinógeno y
quimotripsinógeno, respectivamente. Cuando son
vertidas al TGI se convierten en sus formas activas
mediante escisión hidrolítica de uno o más enlaces del
 Son inactivos porque el sitio activo no está disponible
para el sustrato ya sea por que se encuentra “sellado”
por un segmento peptídico o porque los residuos de
fijación y catálisis no tienen la alineación apropiada.
 El rompimiento de uno o más enlaces produce nuevas
interacciones de los grupos R lo que produce una nueva
conformación de la proteína.
 Se sintetizan en forma inactiva con la finalidad de
proteger a la célula (u órgano) que lo produce. Si se
sintetizaría en su forma activa sería autodestructivo ya
que hidrolizaría a cualquier proteína celular.
 De hecho, una de las causas de pancreatitis (a veces
mortal) es la liberación prematura de enzimas activas.
Activación de zimógenos (cascada de reacciones)
Complejos enzimáticos
 Son agrupaciones de enzimas físicamente unidas unas con
otras y que se encuentran relacionadas con una vía
metabólica, de tal forma que los intermediarios (sustratos)
pasan de un sitio activo a otro sin abandonar el sistema.
 Cada subunidad (enzima) posee una conformación que le
permite unirse a las restantes por medio de enlaces débiles
(no covalentes), pudiendo disociarse ésta.
COMPLEJO DE LA PDHasa
Enzimas multifuncionales (multienzimas)
 Son proteínas que catalizan reacciones sucesivas de una vía
metabólica, que como consecuencia de la evolución, se han
unido en una sola cadena polipetídica, de tal forma que esta
cadena contiene varios sitios activos.
 De este modo, los intermediarios (sustratos) no abandonan
el sistema.
 A diferencia de los complejos, éstos no pueden disociarse ya
que todo el sistema está unido covalentemente formando
una proteína multienzimática.