ASAM NUKLEAT

Berupa
Deoxyribonucleic acid (DNA)

Ribonucleic acid (RNA)

Struktur DNA:
Basa-Gula-Fosfat
Basa Nukleotida=
Purin (Adenine dan Guanine);
Pirimidin (Cytosine dan
Thymine)
Gula (deoxyribosa)
DNA MATERI YANG DAPAT
DITRANSFORMASI

Basa Pirimidin dan Purin

Gula dan Fosfat

Ikatan complementary base pairing

A dan T: dua ikatan hidrogen lemah;
C dan G: tiga ikatan hidrogen lemah
FUNGSI DNA DALAM SINTESIS
PROTEIN, TAHAP TRANSKRIPSI
Transkripsi = DNA
mRNA
RNA merupakan nukleotida, linier
(urutan tunggal), gulanya ribosa,
basa urasil menggantikan thymin
Transkripsi DNA, hanya mengkopi
sebagian dari DNA (satu gen saja)
dengan enzim RNA-polimerase
RNA-polimerase akan mengenali titik
promoter (sequence DNA spesific)
DNA dobel helix akan terbuka
membentuk DNA single stranded
TRANSKRIPSI

DNA DOBEL HELIK

REPLIKASI DNA

DNA DOBEL HELIK

Model ini ditemukan oleh J Watson
dan H.C. Crick (Noble Prize th.1962)
DNA dobel helik dengan tulang
punggung gula-fosfat di luar dan
pasangan basa di dalam

RNA polymerase memulai proses

transkripsi setelah berikatan dengan
promoter
Sebagain DNA helix akan terbuka,
membnetuk single stranded DNA
sDNA sebagai template akan berpasangan membntuk RNA baru
RNA transkrip akan dimodifikasi
sebelum keluar dari nukleus
Pada ujung 5 diberi cap dan ujung
3 diberi poly A sebagai tail
cap merupakan nukleotida yang
membantu ribosom menentukan
tempat mulai translasi dan poli A
(tail), mencegah degradasi mRNA
mRNA juga mengalami pemotongan
(splicing) oleh spliceosome
RNA transkrip terdiri dari ekson
(coding sequence) dan intron
(uncoding sequence)
Intron akan dihilangkan membentuk
mRNA pendek yang akan dikeluarkan
dalam cytoplasma. Selain mRNA juga
dibentuk tRNA dan rRNA
tRNA berfungsi mentransfer asam
amino ke ribosom
rRNA bersama-sama dengan protein
lain membentuk ribosom

Kode genetika utk masing2 asam

amino (20 macam) disebut codon,
terdiri dari 3 basa
Kebanyakan asam amino (aa) lebih
dari 1 codon spt leucine, ini dpt
melindungi thd efek merugikan dari
mutasi
Tiap triplet codon hanya mempunyai
satu arti
Kode genetika mempunyai start dan
stop signal. Hanya satu start signal
tapi ada tiga stop signal
Semua codon mengkode aa kecuali
stop codon
Tiap codon terdiri dari tiga DNA
nucleotide, genetic code adalah
triplet.
RIBOSOMAL RNA (rRNA)

Dihasilkan oleh DNA template dlm

nukleus
rRNA dengan protein disusun menjadi
subunit ribosom besar kecil
Masing-masing subunit keluar melalui
pori-pori pada nukleus, menuju
sitoplasma dan akan bergabung bila
mulai translasi
Ribosom mempunyai bidang site
thdp tRNA dan mRNA
Ribosom menempel ke mRNA di
dalam sitoplasma, tRNA datang,
asam amino bergabung membentuk
polipeptida
Pada terminasi, ribosom terurai
menjadi 2 subunit besar dan kecil,
mRNA terlepas kembali
TIGA LANGKAH TRANSLASI
Sintesa protein tddr tiga step
(Initiation, Elongation, dan
Termination)
Inisiasi; ribosom subunit kecil
melekat pada mRNA pada start codon
(AUG). Initiator tRNA berpasangan
dengan kodon tsb, dan subunit besar
bergabung.

Kode Genetika

Ribosom mempunyai 2 binding site

untuk tRNA; P site dan A site, tRNA
dpt berikatan pada P site membawa
aa metionine. A site utk tRNA
berikutnya

P site (peptidil-tRNA binding site); A

site (aminoacyl-tRNA binding site.
ELONGASI: tRNA lain membawa aa yg
sesuai pada codon A site
Elongasi faktor memfasilitasi
komplemen basa berpasangan antara
antikodon tRNA dengan kodon mRNA
Polipeptida dihubungkan oleh ikatan
peptida pada asam amino berikutnya
Proses ini dibantuk dengan enzim
ribozim dan energi
tRNA P-site lepas, tRNA dari A-site
pindah ke P-site yg sudah kosong.
dst
Terminasi
Terminasi terjadi setelah membaca
kodon stop (UAA, UAG, UGA)
Polipeptida dilepas secara enzimatik
dari tRNA terakhir oleh release
factor
tRNA, polipeptida meninggalkan
ribosom, dan ribosom terdisosiasi
menjadi 2 sub unit kembali
Protein yang terbentuk, diproses
menjadi protein struktural atau
protein fungsional, yang penting
dalam sel

Pada bakteri mRNA polisistronik

(lebih dari 1 jenis protein), pada
eukariota mRNA monosistronik
(hanya 1 jenis protein).
Terjadinya mutasi pada gene,
menyebabkan kelainan protein
kelainan metabolisme
Protein yang terbentuk adalah:
protein STRUKTURAL dan protein
FUNGSIONAL
Penempatan Protein

Langkah 2 dan 3 diperantarai oleh

enzym DNA-polimerase
Kedua strand DNA merupakan anti
paralel untuk terjadinya
complimentary base pairing.
Satu strand DNA berjalan dari 3 ke
5, dan lainnya dari 3 ke 5 pada arah
berlawanan
Selama replikasi, DNA-polimerase
mensintesa daughter strand dari 5
ke 3
DNA polimerase hanya bisa
menggabung kan nukleotida pada 3
bebas, juga tidak dapat memulai
sintesa rantai DNA
Enzim helicase membuka DNA satu
parental strand berjalan dari 3 ke 5
Untuk daughter strand yg dibentuk
dari 5 ke 3 disebut leading strand yg
disintesa secara kontinyu ke arah
fork
Parental strand satu lagi dari 3 ke 5
menjauhi fork. Daughter strand harus
mulai pada fork, sehingga tidak dapat
kontinyu dalam bentuk fragmenfragmen disebut Okazaki.
Oleh enzim DNA-ligase, fragmen ini
disambung satu dengan lainnya
Replikasi pada Prokariota
Bakteri mempunyai single DNA loop
atau circular
Replikasi bergerak sekeliling molekul
DNA dalam satu arah dapat juga dari
dua arah sekaligus (arah dari 5 ke 3)
Replikasi DNA berjalan cepat sekali
sekitar 10 juta bp/menit
Replikasi seluruh kromosom selesai
dalam 40 menit
Pembelahan sel bakteri terjadi dalam
40 menit
Pembelahan sel bakteri terjadi dalam
20 menit, diduga DNA-sirkuler baru
sudah mulai membelah sebelum
replikasi slesai
Replikasi pada prokariota dapat
terjadi dalam dua arah sekaligus
karena kromosom sirkuler, bahkan
Pada eukariota terjadi pada beberapa
replication fork, kemudian saling
bertemu

Replikasi pada Eukariota

Replikasi DNA dapat dimulai pada
bagian- bagian sepanjang kromosom
dan disebut replication bubbles
Bubbles ini akan saling bertemu
Replikasi dimulai pada bentu V yg
disebut replication fork

REPLIKASI DNA
Replikasi DNA adl proses
pemebntukan copy (replika) molekul
DNA
Pada organisme hidup, sebelum sel
membelah, diawali duplikasi DNA nya
Proses duplikasi DNA disebut replikasi
DNA. DNA strand sbg cetakan
(template) dikopi menjadi daughter
DNA

Langkah-langkah Replikasi
Unwanding: dengan enzim helicase
menyebabkan ikatan helix DNA
menjadi terbuka
Complementary base pairing:
nukleotida baru akan berpasangan
dengan basa lama (parent) sebagai
template
Joining: complmtary nucleotida
bergabung menjadi daughter DNA

Kecepatan replikasi DNA relatif

lambat antara 500 5000 bp/menit
Sel eukariota menyelesaikan replikasi
DNA dalam beberapa jam

Kesalahan Replikasi
Gen merupakan bagian tertentu dari
DNA dengan rangkaian basa tertentu
pula
Mutasi menyebabkan perubahan
pada rangkaian basa
Mutasi bisa terjadi pada kesalahan
selama replikasi DNA
Kesalahan mismatched
menyebabkan replikasi berhenti
(pause), selanjutnya akan terjadi
pemotongan pada daughter strand
dan diganti dengan nucleotida
yangbenar
Mutasi dpt juga disebabkan karena
terjadi perubahan spontan melalui
deaminasi pada cytosine menjadi
uracyl
Mutasi juga karena kerusakan DNA
oleh faktor lingkungan: antioksidan,
UV, zat kimia dalam tembakau,
pestisida, polutan, fluktuasi suhu, dll

Mutasi tidak selalu mempunyai efek

merugikan
DNA Repair
Mutasi DNA pada sel manusia setiap
hari , hanya beberapa perubahan
saja yang stabil dalam satu tahun
Adanya, DNA repair sequence
mengeliminasi atau memperbaiki
perubahan tersebut
Pembuangan sequence yang salah
dan digantikan dengan yang benar.
DNA-polimerase membentuk
sequence baru setelah membuang
sequence yang salah oleh enzim
nuklease
DNA-ligase berfungsi menempelkan
Paling sering terjadi pada DNA adl:
depurinasi (hilangnya basa purin
secara spontan)
Proses repair juga penting
menyangkut enzim DNA-glycosilase
= uracyl DNA glycosylase
U-DNA-glycosilase memotong basa
yang salah
Enzim nuclease lainnya memotong
bagian yang mengandung basa yang
salah
DNA-polimerase dan DNA-ligase,
membentuk sequence DNA
yangbenar dan menempelkannya
kembali
DNA repair telah memperbaiki mutasi