DISKUSI BIOTEKNOLOGI

1. Rekayasa genetik adalah manipulasi genetik atau perubahan dalam susunan genetik dari
suatu organisme dimana prosesnya merupakan proses buatan/sintetis dengan
menggunakan Teknologi DNA rekombinan menghasilkan sebuah organisme yang
memiliki sifat yang diingingkan atau organisme dengan sifat unggul.
2. Tahap rekayasa genetik:
Penyediaan DNA, DNA sisipan maupun vektor, dilakukan dengan isolasi.
Ligasi yaitu menggabung atau melekatkan DNA satu dengan DNA yang lain
dengan bantuan enzim.
Transformasi yaitu menyisipkan vektor yang telah membawa gen yang akan
ditransfer ke dalam sel inang.
Seleksi sel yang mengandung materi genetik yang ditransfer
Deteksi produk-produk yang dihasilkan oleh gen sisipan (antara lain dengan
mendeteksi protein, lemak, pati dan zat yang dihasilkan oleh gen sisipan) dan
deteksi keberadaan gen sisipan itu sendiri
3. Bahan-bahan untuk rekayasa genetik:
DNA insert tergantung kebutuhan
Vektor pembawa
Enzim restriksi enzim yang digunakan untuk memotong DNA pada situs
restriksinya
Enzim ligase enzim yang digunakan untuk menyambung DNA insert dengan
vektor
Inang dapat berupa bakteri, jamur, sel mamalia CHO
4. Enzim restriksi adalah enzim yang bekerja untuk memotong fragmen DNA pada situs
spesifik. Enzim restriksi mengenali urutan nukleotida spesifik dan memotong DNA pada
posisi di antara atau di luar sekuen yang dikenalinya tersebut.
Contoh enzim restriksi:
Nama
Enzim
EcoRI
BamHI
NdeI
BsuRI

Sumber Mikroorganisme
Escherichia Coli
Bacillus amyloliquefaciens
Neisseria denitrificans
Bacillus subtilis

Situs
Restriksi
GAATTC
GGATCC
CATATG
GGCC

Tipe Pemotongan
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Blind (Tumpul)
Blind (Tumpul)

5. Vektor merupakan alat pemindah gen yang diinginkan/dipindahkan. Syarat vektor antara
lain mampu memindah secara efisien, dapat diekspresi secara stabil, serta tidak
mengganggu metabolisme dan merubah sel target.
Vektor berguna untuk membawa DNA sisipan dari satu organisme ke organisme lain.
Contoh vektor: vektor plasmid, vektor YAC, vektor BAC, vektor kosmid.

TUGAS BIOTEKNOLOGI

NAMA

:SARAH AISHA

NIM
:122210101078
Nama Enzim
Sumber Mikroorganisme
EcoRI
Escherichia Coli
BamHI
Bacillus amyloliquefaciens
BglII
Bacillus globigii
PvuI
Proteus vulgaris
PvuII
Proteus vulgaris
AvaI
Anabaena Variabilitis
BalI
Brevibacterium albidum
BsuRI
Bacillus subtilis
SmaI
Serratia marcescens
HbaI
Haemophillus baemolyctus
HindIII
Haemophilus influenzae Rd
Hinfl
Haemophilus influenzae Rf
Sau3A
Staphylococus aureus
AluI
Arthrobacter luteus
TaqI
Thermus aquaticus
HaeIII
Haemophilus aegyptius
NotI
Nocardia otitidis-caviarium
MboI
Moraxella bovis
EcoRV
Escherichia Coli
NdeI
Neisseria denitrificans
1. Macam enzim restriksi

Situs Restriksi
GAATTC
GGATCC
AGATCT
CGATCG
CAGCTG
GTCGG
TGGCAA
GGCC
CCCGGG
GCGC
AAGCTT
GAGTC
GATC
AGCT
TCGA
GGCC
GCGGCCGC
GATC
GATATC
CATATG

Tipe Pemotongan
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Blind (Tumpul)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Blind (Tumpul)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Blind (Tumpul)
Sticky (Lancip)
Blind (Tumpul)
Sticky (Lancip)
Sticky (Lancip)
Blind (Tumpul)
Blind (Tumpul)

2. Macam vektor dan spesifikasinya

Vektor adalah molekul DNA yang berfungsi sebagai wahana atau kendaraan yang
akan membawa suatu fragmen DNA masuk ke dalam sel inang dan memungkinkan terjadinya
replikasi dan ekspresi fragmen DNA asing tersebut. Berikut ini akan dijelaskan 4 macam
vektor :

Plasmid
Plasmid adalah molekul DNA utas ganda sirkuler (tak berujung) yang berukuran
kecil yang terdapat di dalam sitoplasma, dan dapat melakukan replikasi secara
autonom. Karakteristik yang penting dari plasmid adalah dapat melakukan replikasi,
terdapat di luar kromosom, dan secara genetik dapat ditransfer dengan stabil. Plasmid
ini terdapat baik secara alami, maupun sudah mengalami modifikasi yang disesuaikan
dengan keperluan di dalam manipulasi genetik. Satu sel dapat mengandung lebih dari
satu kopi plasmid.

Plasmid berukuran 1 300 kb, sehingga dapat dibedakan dengan mudah dari
kromosom bakteri yang berukuran 3000 5000 kb. Plasmid yang terlibat dalam
proses konjugasi (plasmid F) biasanya berukuran besar. Untuk replikasi plasmid dapat
berada dalam keadaan terpisah dari kromosom (non-integratif) dan terintegrasi dalam
kromosom bakteri (episom).
Plasmid terdapat di dalam sitoplasma organisme prokaryot dan eukaryot
sederhana uniseluler. Selain terdapat dalam bakteri, plasmid juga terdapat pada
Saccharomyces cerevisiae (plasmid 2 um).

Kosmid
Vektor kosmid adalah kombinasi dari vektor plasmid dan situs COS yang
memungkinkan DNA target yang akan dimasukkan ke dalam kepala lambda,
digunakan untuk pengepakan bakteriofag. Ini memiliki keuntungan sebagai berikut:

Tinggi efisiensi transformasi.

Vektor kosmid dapat membawa sampai 45 kb sedangkan vektor fag plasmid dan
lambda terbatas untuk 25 kb
Pemilihan kosmid sebagai vektor bergantung pada keperluan atau tujuan juga
stabilitasnya di dalam inang baru

YAC
Seperti halnya kosmid, YAC (yeast artifisial chromosomes atau kromosom
buatan dari khamir) dikonstruksi dengan menggabungkan antara DNA plasmid dan
segmen tertentu DNA kromosom khamir. Segmen kromosom khamir yang digunakan
terdiri atas sekuens telomer, sentromer, dan titik awal replikasi.

YAC

dapat

membawa fragmen DNA genomik sepanjang lebih dari 1 Mb. Oleh karena itu, YAC
dapat digunakan untuk mengklon gen utuh manusia, misalnya gen penyandi cystic
fibrosis yang panjangnya 250 kb. Dengan kemampuannya itu YAC sangat berguna
dalam pemetaan genom manusia seperti yang dilakukan pada Proyek Genom

Manusia.
BAC
Bakteriofag adalah virus yang sel inangnya berupa bakteri. Dengan daur
hidupnya yang bersifat litik atau lisogenik bakteriofag dapat digunakan sebagai vektor

kloning pada sel inang bakteri. Ada beberapa macam bakteriofag yang biasa
digunakan sebagai vektor kloning, diantaranya adalah bakteriofag dan M13.
Ada dua macam vektor kloning yang berasal dari DNA , yaitu vektor
insersional dan vektor substitusi. Vektor insersional adalah vektor yang dengan mudah
dapat disisipi oleh fragmen DNA asing. Sedangkan vektor substitusi adalah vektor
yang untuk membawa fragmen DNA asing sebagian atau seluruh urutan basanya yang
terdapat didaerah non-esensial dan menggantinya dengan urutan basa fragmen DNA
asing tersebut.
3. Macam selectable marker
Selectable marker adalah gen yang menjadi penanda (petunjuk) yang menyatakan
suatu gen telah berhasil dimasukkan (disisipkan) dan diekspresikan.
Seleksi biru putih
Seleksi biru putih (blue-white screening) yaitu metode untuk memisahkan sel
yang mengandung plasmid rekombinan dengan sel yang mengandung plasmid
tanpa insert. Seleksi biru putih dilakukan untuk mengetahui keberhasilan proses
ligasi atau keberadaan DNA sisipan. Metode ini menggunakan media yang
mengandung X-gal dan IPTG (Isopropil Thiogalaktosida). Terbentuknya koloni
berwarna putih ini berarti sel bakteri mengandung DNA plasmid rekombinan dan
proses ligasi dinyatakan berhasil. Jika proses ligasi atau penyambungan fragmen

DNA tidak berhasil ditandai dengan warna koloni berwarna biru.

Seleksi antibiotik
Kita tahu umumnya bakteri tidak dapat hidup pada media yang mengandung
antibiotik. Untuk itu pada DNA plasmid yang kita transformasikan harus ada gen
penyandi antibiotik resisten agar bakteri hostnya menjadi tahan hidup di media
yang mengandung antibiotik. Jadi bakteri yang tidak berhasil disusupi oleh
plasmid akan mati dengan sendirinya. Dan bakteri yang resisten atau yang

dikehendaki dipanen.
Seleksi Replica Plating
Replica plating adalah suatu teknik dengan menggunakan satu atau lebih cawan
petri sekunder mengandung media pertumbuhan selektif yang berbeda (tanpa
nutrisi atau berisi inhibitor pertumbuhan seperti antibiotik) diinokulasikan dengan
koloni mikroorganisme yang sama dari suatu plat primer, menghasilkan pola
koloni yang sama dengan induknya.Tujuan dari teknik cawan replika yaitu untuk
dapat membandingkan plat master dan plat sekunder lain khususnya untuk

skrining fenotip tertentu. Sebagai contoh, ketika sebuah koloni terdapat dalam
plat primer, dan tidak muncul pada plat sekunder, menunjukkan bahwa koloni
tersebut sensitif terhadap material tertentu yang terdapat di plat sekunder.
Skrining fenotip yang biasa dilakukan meliputi auxotrophy.