Abstraksi

Vibrio cholerae , merupakan penyebab penyakit dari diare pada penyakit kolera , dapat
membunuh orang dewasa yang terinfeksi dalam waktu 24 jam . V.cholerae hidup sebagai
mikroba dengan habitat alami di muara , sungai dan perairan pesisir . pemahaman
mengenai jalur metabolismenya akan membantu pengembangan pengobatan yang lebih
efektif dan akan memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang bagaimana
bakteri ini tetap dalam habitat perairan alami . Menggunakan urutan genom V.cholerae
dan software patologis , kami menciptakan VchoCyc , sebuah jalur Database - genom
yang memperkirakan 171 kemungkinan
jalur metabolisme dalam bakteri . Tes klinis memberikan bukti mendukung tujuh jalur ,
dengan enam jalur
didukung oleh kedua metode . VchoCyc memberikan ahli biologi alat yang berguna
untuk menganalisis metabolisme dan informasi genomik organisme ini , yang dapat
memberikan pengetahuan mengenai bahan yang berpotensi menjadi bahan anti bakteri..
VchoCyc tersedia dalam database BioCyc

PENDAHULUAN
Vibrio cholerae merupakan penyebab kolera , penyakit diare yang paling sering terjadi
dalam bentuk epidemi yang parah Ada tujuh pandemi di seluruh dunia sejak 1817 ;
pandemi saat ini dimulai pada tahun 1961 dan mempengaruhi enam benua . Bila tidak
diobati , orang dewasa yang terinfeksi dapat meninggal dalam waktu 24 jam.V.cholerae
adalah bakteri Gram - negatif , anaerob fakultatif bakteri , ia memiliki dua khas gaya
hidup : sebagai patogen yang hidup dalam usus manusia dan sebagai bakteri yang dapat
beradaptasi dengan baik untuk bertahan hidup di berbagai habitat perairan , termasuk
simbiosis asosiasi dan simbiosis komensal dengan fitoplankton dan zooplankton , .
Akibatnya , adalah spekulasi bahwa repertoar memiliki kapasitas untuk mengangkut dan
mengasimilasi nutrisi dari lingkungan yang beragam . Kami tertarik pada prediksi
jalur metabolisme organisme ini untuk lebih memahami biokimia dan mendapatkan
pengetahuan atau
target untuk agen anti - bakteri baru . . Di sini , kita menggambarkan VchoCyc dan
melaporkan eksperimental
bukti dukungan tambahan yang diprediksi komputerisasi mengenai jalur
metabolismenya. Hasil penelitian berasal dari gen microarray.Studi ekspresi dilakukan
dengan V.cholerae terisolasi dari tiga pasien.
1. Lobitz,B., Beck,L., Huq,A., Wood,B., Fuchs,G., Faruque,A.S. and
Colwell,R. (2000) Climate and infectious disease: use of remote
sensing for detection of Vibrio cholerae by indirect measurement.
Proc. Natl Acad. Sci. USA, 97, 14381443.
2. Colwell,R.R. (1996) Global climate and infectious disease: the cholera
paradigm. Science, 274, 20252031.
3. Schoolnik,G.K. and Yildiz,F.H. (2000) The complete genome sequence
of Vibrio cholerae: a tale of two chromosomes and of two lifestyles.
Genome Biol., 1, REVIEWS1016.
4. Heidelberg,J.F., Eisen,J.A., Nelson,W.C., Clayton,R.A., Gwinn,M.L.,
Dodson,R.J., Haft,D.H., Hickey,E.K., Peterson,J.D., Umayam,L. et al.
(2000) DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen
Vibrio cholerae. Nature, 406, 477483.
5. Karp,P.D., Krummenacker,M., Paley,S. and Wagg,J. (1999) Integrated
pathway-genome databases and their role in drug discovery.
Trends Biotechnol, 17, 275281.
6. Karp,P.D. (2000) An ontology for biological function based on
molecular interactions. Bioinformatics, 16, 269285.
7. Karp,P.D. (2001) Pathway databases: a case study in computational
symbolic theories. Science, 293, 20402044.
8. Paley,S.M. and Karp,P.D. (2002) Evaluation of computational
metabolic-pathway predictions for Helicobacter pylori. Bioinformatics,

18, 715724.
9. Caspi,R., Foerster,H., Fulcher,C.A., Hopkinson,R., Ingraham,J.,
Kaipa,P., Krummenacker,M., Paley,S., Pick,J., Rhee,S.Y. et al. (2006)
MetaCyc: a multiorganism database of metabolic pathways and
enzymes. Nucleic Acids Res., 34, D511D516.
10. Green,M.L. and Karp,P.D. (2004) A Bayesian method for identifying
missing enzymes in predicted metabolic pathway databases. BMC
Bioinformatics, 5, 76.