ELEKTROFORESIS GEL AGAROSE

Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan
struktur fisik molekulnya. Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi melalui
matriks gel menuju kutub positif (anode). Makin besar ukuran molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat
molekul suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi
fragmen-fragmen molekul DNA standar yang telah diketahui ukurannya. Visualisasi DNA selanjutnya dilakukan di
bawah paparan sinar ultraviolet setelah terlebih dahulu gel direndam di dalam larutan etidium bromid.
Gel yang biasa digunakan adalah agarosa. Gel agarosa adalah suatu polisakarida yang diekstraksi dari berbagai
jenis ganggang merah, atau poliakrilamid yang mampu melakukan separasi DNA dengan kisaran ukuran yang luas.
Dengan gel agarosa dapat dilakukan pemisahan sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000
pasang basa (pb).
Elekroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang antara 100bp-50 kb tergantung dari
konsentrasi gel agarose yang digunakan, medan gerak biasanya horizontal dan mempunyai laju pemisahan lebih
cepat.
Cara pembuatan gel agarose yaitu:
1.

Tentukan konsentrasi atau presentase agarose yang dibutuhkan dan hal ini tergantung dari ukuran fragmen
DNA yang dianalisis. Presentase gel agarose yang direkomendasikan, adalah sebagai berikut:
1.

0,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 1000-30.000pb

2.

0,7% agarose untuk fragmen DNA berukuran 800-12.000pb

3.

1,5% agarose untuk fragmen DNA berukuran 200-3.000pb

4.

2,0% agarose untik fragmen DNA berukuran 50-20.000pb

5.

Pilih tipe agarose yang digunakan. Kebanyakan tipe yang digunakan adalah standart agarose.
Misalnya telah ditentukan akan dibuat 2% gel agarose dalam volume 200 ml 1x buffer TAE, maka jumlah
agarose yang akan ditimbang yaitu: 2 gram/100ml x 200ml=4 gram.

6.

Tempatkan 4 gram agarose ke dalam labu erlenmeyer dan isi dengan larutan 1X Buffer TAE
sampai volume 200ml, kemudian kocok sampai merata.

7.

Panaskan dalam microwave sampai mendidih sampai larutan menjadi jernih.

8.

Didinginkan agarose kira-kira sampai 600C dan tambahkan 5l ethidium bromide (10mg/ml) dan
campur hingga merata.

9.

Setelah itu larutan dituang ke dalam tray dan pasang well-forming combs, tunggu kurang lebih 30
menit atau sampai gel mengeras. Lepaskan well-forming combs secara perlahan-lahan dan gel agarose siap
digunakan untuk elektroforesis.

Elektroforesis GelPilih Gel Agarosa atau Gel Poliakrilamid?

Elektroforesis merupakan salah satu ilmu terapan di bidang teknologi molekuler untuk memisahkan DNA, RNA, atau
protein dari molekul-molekul lainnya dalam suatu medan listrik. Proses elektroforesis tersebut memerlukan gel (agar)

sebagai medium untuk pemisahan DNA, RNA, atau protein. Umumnya dikenal dua jenis gel dalam elektroforesis gel
yaitu agarosa dan poliakrilamida.
Pemilihan diantara kedua jenis gel tersebut akan mempengaruhi berhasil tidaknya fragmen molekul biologi yang
terbentuk sehingga haruslah diketahui karakterisitk gel yang digunakan dan sampel yang akan dianalisis. Oleh sebab
itu untuk tujuan pemisahan molekul, dibutuhkan pertimbangan pemilihan gel karena gel agarosa dan gel poliakrilamid
masing-masing memiliki karakteristik yang berbeda.
Elektroforesis gel agarosa dijadikan sebagai metode standar untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan
fragmen DNA atau RNA. Gel agarosa memiliki resolusi yang lebih rendah daripada gel poliakrilamid, akan tetapi gel
ini dapat memisahkan DNA yang berukuran sampai puluhan kilo pasang basa. Elektroforesis gel agarosa dapat
memisahkan fragmen DNA dan RNA yang berukuran lebih besar dari 100 bp (base pair) hingga 50 kb dan
memisahkan protein dengan ukuran > 200 kDa dengan gerak medan yang digunakan adalah secara horizontal.
Konsentrasi agarosa mempengaruhi hasil elektroforesis karena semakin tinggi konsentrasi maka ruang antar molekul
pada gel agarosa lebih kecil sehingga mempersulit pergerakan molekul yang melewatinya. Dengan demikian untuk
mempermudah pergerakan molekul tersebut maka persentase konsentrasi yang digunakan pun lebih rendah. Hal ini
cukup menguntungkan karena biaya yang dikeluarkan untuk membuat gel juga akan menjadi lebih murah.
Kelebihan elektroforesis gel agarosa diantaranya teknik yang digunakan sederhana, preparasi gel lebih cepat
dilakukan karena pembuatan gel agarosa lebih mudah dan bersifat non toksik, laju pemisahan lebih cepat sehingga
fragmen DNA pun lebih cepat terbentuk, dan dapat memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan
ukurannya. Elektroforesis gel agarosa ini dapat dilakukan pada suhu kamar. Akan tetapi kekurangan dari gel
agarosa ini yaitu lebih mudah rusak oleh tangan sehingga membutuhkan kehati-hatian, dan bands yang dihasilkan
dapat berkabut dan menyebar agak jauh.
Hal yang perlu diperhatikan dalam elektroforesis gel agarosa adalah penggunaan arus listrik. Voltase yang
digunakan haruslah rendah sebab jika terlalu besar dapat mengakibatkan panas yang akan merubah bentuk pita
DNA. Agarosa memiliki sifat tidak dapat larut dalam air/bufer pada suhu kamar sehingga diperlukan pemanasan
dengan microwave.
Berbeda dari gel agarosa, elektroforesis menggunakan gel poliakrilamid dilakukan pada medan gerak vertikal dan
pembuatannya lebih sulit dibanding gel agarosa, karena biasanya digunakan poliakrilamid dengan resolusi yang
tinggi dan membutuhkan biaya yang lebih mahal serta preparsi yang lebih lama. Gel poliakrilamid bersifat toksik
sehingga harus lebih berhati-hati dalam penanganannya. Namun demikian, gel poliakrilamid dapat menampung
jumlah DNA yang lebih besar daripada gel agarosa.
Gel poliakrilamid sering digunakan untuk uji kualitatif protein, meskipun juga digunakan untuk uji kualitatif DNA.
Resolusi dalam memisahkan DNA lebih tinggi jika dibandingkan gel agarosa sehingga panjang molekul DNA yang
berbeda hanya satu nukleotida dapat dideteksi. Elektroforesis gel poliakrilamid dapat memisahkan protein dengan
ukuran 5200 kDa, sedangkan untuk pemisahan fragmen DNA hanya dalam rentang ukuran DNA yang sempit yaitu
antara 5500 bp.

Adapun gel poliakrilamid lebih murni serta dapat digunakan untuk aplikasi lainnya. Namun demikian, laju pemisahan
fragmen lebih lambat dibandingkan menggunakan gel agarosa dan membutuhkan persentase konsentrasi yang lebih
banyak dal voltase yang digunakan lebih tinggi.
Dari ulasan di atas, sedikitnya diketahui karakteristik tiap-tiap gel yang digunakan untuk elektroforesis adalah
berbeda satu sama lain. Dengan mengetahui karakteristik gel yang akan digunakan diharapkan elektroforesis DNA,
RNA, atau protein berhasil dilakukan sehingga kesalahan dalam proses elektroforesis dapatdikurangi . Semoga
bermanfaat ^_^