KONTROL EKSPRESI GEN PADA SEL EUKARIOTIK

BAB I
PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG
Gen adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini
dikode dalam material genetik organisme, yang kita kenal sebagai
molekul DNA, atau RNA pada beberapa virus, dan ekspresinya
dipengaruhi

oleh

lingkungan

internal

atau

eksternal

seperti

perkembangan fisik atau perilaku dari organisme itu. Gen tersusun

atas daerah urutan basa nukleotida baik yang mengkode suatu
informasi genetik (coding-gene region as exon) dan juga daerah
yang tidak mengkode informasi genetik (non-coding-gene region as
intron ), hal ini penting untuk pembentukan suatu protein yang
fungsinya diperlukan di tingkat sel, jaringan, organ atau organisme
secara keseluruhan.
Dengan penemuan ini maka telah ditemukan bagaimana
informasi

genetik

diwariskan

dan

diekspresikan.

Mekanisme

molekuler dari pewarisan melibatkan proses yang dikenal sebagai

replikasi, dimana rantai DNA induk berfungsi sebagai cetakan untuk
sintesis salinan DNA.
Ekspresi gen di dalam sel memerlukan dua proses, transkripsi
dimana DNA berfungsi sebagai templete dan ditranskripsikan
menjadi mRNA dan ditranslasi dimana infromasi pada RNA akan
diterjemahkan sehingga menghasilkan protein. Pengaturan ekspresi
gen pada sel eukariotik hanya memungkinkan ekspresi sebagian
kecil genom dalam suatu waktu, sehingga sel dapat menjalani
perkembangan dan differensiasi. Ini memerlukan suatu pengaturan
melalui mekanisme yang rumit. Untuk suatu gen yang spesifik,
pengaturan dapat terjadi secara bersamaan diberbagai tingkat dan
berbagai

faktor

bekerja

bersamaan

untuk

merangsang

dan

menghambat ekspresi suatu gen.

B. RUMUSAN MASALAH
1. Apa itu ekspresi gen?
1

2. Apa perbedaan regulasi ekspresi gen pada sel prokariotik dan sel
eukariotik?
3. Bagaimana pengaturan atau regulasi ekspresi gen pada sel
eukariotik?
BAB II
PEMBAHASAN
1. EKSPRESI GEN
Sebelum penemuan DNA, telah diketahui bahwa gen adalah
unit fisik dan fungsional dari hereditas yang mengandung
informasi untuk sintesis protein. Gen-gen membawa informasi
yang harus dikopi secara akurat untuk ditransmisikan kepada
generasi berikutnya. Sekarang pertanyaannya adalah bagaimana
suatu informasi dapat diformulasikan dalam bentuk molekul
kimia? Bagaimana molekul tersebut dapat dikopi secara akurat?
Pada tahun 1940-an, peneliti menemukan bahwa informasi
genetik terutama terdiri dari instruksi untuk membentuk protein.
Protein adalah molekul makro yang berperan dalam hampir
semua fungsi sel yaitu: sebagai bahan pembangun struktur sel
dan membentuk enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi
kimia di dalam sel meregulasi ekspresi gen, memungkinkan sel
untuk bergerak dan berkomunikasi antar sel. Jadi fungsi paling
penting dari DNA adalah membawa gen yang mengandung
informasi yang menentukan jenis protein yang harus disintesis,
kapan, dalam tipe sel yang mana, dan seberapa banyak jumlah
protein yang harus disintesis.
Dengan semakin berkembangnya pengetahuan molekuler
maka definisi dari gen adalah :
a. Keseluruhan sekuen asam nukleat yang dapat ditranskrip
menjadi RNA fungsional dan protein, pada waktu dan tempat
yang

tepat

selama

pertumbuhan

dan

perkembangan

organisme. Komposisi gen adalah: daerah pengkode (exon

and intron) yang mengkode RNA atau protein + sekuensekuen
promoter

pengaturan
yang

(Regulatory

menginisiasi

sequences:
terjadinya

termasuk.
transkripsi,
2

enhancer/silencer

yang

menentukan

tinggi

rendahnya

aktivitas transkripsi, polyadenylation site, splicing sites serta

signal terminasi transkripsi).
b. Produk gen :
- RNA yang kemudian ditranslasi menjadi protein
- Hanya RNA seperti rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA dan miRN
c. Satu gen mempunyai potensi menghasilkan banyak produk
karena adanya :
promoter- promoter yang berbeda alternative splicing

Gambar1. Daerah regulasi gen, exon, intron, dan signal akhir

proses
Transkripsi dari gen eukaryota.

Didalam gen terdapat urutan nukleotida sepanjang untaian

DNA yang menentukan protein, yang akan dihasilkan oleh
organisme sebagai ekspresi gen. Langkah pertama dalam
ekspresi gen adalah transkripsi DNA menjadi RNA. Molekul RNA
sama dengan DNA kecuali pada:
a. Gugusan gula adalah ribosa. Basa urasil (U) menggantikan
timin (T) dan U berpasangan dengan A
b. RNA biasanya tidak berantai ganda walaupun dapat melipat
dirinya sendiri jika terjadi komplementaritas dan beberapa
virus RNA berantai ganda.
Tiga kelas RNA utama merupakan RNA messenger (mRNA),
RNA

transfer

(tRNA),

RNA

ribosomal

(rRNA).

mRNA

diterjemahkan menjadi protein. tRNA terlibat dalam transfer

asam amino ke dalam protein, rRNA termuat dalam ribosom
yang terlibat dalam sintesis protein.
2. PERBEDAAN REGULASI EKSPRESI GEN PADA SEL
PROKARIOTIK DAN SEL EUKARIOTIK
3

a. Eukariotik mengandung lebih banyak informasi genetik, selain

itu DNA eukariotik dilengkapi dengan histon dan protein
lainnya untuk membuat kromatin yang berperan penting
sebagai sakelar pengatur utama kontrol ekspresi. Pada saat
kromatin dalam keadaan kondensasi yang terlihat sebagai
b.

kromosom maka DNA tidak dapat ditranskrip.

Informasi genetik pada eukariotik tersimpan di beberapa
kromosom dan terbungkus oleh dua lapis membran inti,

sedangkan pada prokariotik hanya pada satu kromosom.

c. Informasi genetik pada eukariotik terpisah dari sitoplasma
sehingga transkripsi dan translasi dipisahkan oleh ruang,
sehingga proses transkripsi terjadi di dalam inti sel sedangkan
translasi terjadi di dalam sitoplasma.
d. RNA hasil transkripsi diproses terlebih

dahulu

sebelum

dipindah ke dalam sitoplasma.

e. dRNA pada eukariotik memiliki waktu paruh yang lebih lama
dibandingkan

dRNA

prokariot.

Pada

saat

sel

prokariot

membutuhkan untuk sintesis protein lagi, proses transkripsi

segera dihentikan dan dRNA yang telah ada akan lebur dalam
beberapa menit.
f. Eukariotik memiliki kontrol translasi karena dRNA lebih stabil.
g. Sebagian besar eukariotik adalah organism multiseluler
dengan

tipe

sel

menggunakan
mensintesis

yang

berbeda-beda.

seperangkat

protein

yang

gen
berbeda

yang

Setiap

tipe

berbeda

sekalipun

sel

untuk

setiap

sel

memiliki perangkat yang sama lengkapnya.

3. REGULASI ATAU KONTROL EKSPRESI GEN SEL EUKARIOTA
Aktivitas berbagai gen memperlihatkan variasi yang luas
dalam berbagai sel. Dengan demikian, hormon pertumbhan dan
insulin masing-masing dihasilkan secara eksklusif dalam kelenjar
hipofisis dan sel pankreas. Gen lain diekspresikan secara luas.
Contohnya gen renin diekspresikan dalam ginjal dan beberapa
jaringan ekstrarenal.
Perbedaan ini

terutama

disebabkan

oleh

pengauran

ekspresi gen, karena umumnya struktur DNA adalah sama bagi

4

seluruh sel-sel tubuh. Pada sel eukariot gen yang mengkode

protein yang berfungsi bersama-sama biasanya terletak pada
kromosom yang berbeda. Misalnya gen untuk rantai globin
haemoglobin terletak pada kromosom 16, sedangkan gen untuk
rantai terletak dikromosom 11. Situasi ini berbeda dari bakteri,
dimana gen yang mengkode protein berfungsi bersama-sama
terletak berdampingan

satu sama lain dalam operon. Operon

tidak terdapat pada sel eukariot.

Ekspresi gen pada sel eukariot berlangsung di sejumlah
tahapan

yang

berbeda

yaitu:

transkripsi,

pascatranskripsi,

translasi, pasca translasi.

Gambar2. Tahapan proses regulasi ekspresi gen pada sel

eukariotik

a. Pengaturan Tahap Transkripsi

Secara umum, mekanisme
dengan

yang

terjadi

di

pada

prokariotik.

eukariotik
Hanya

serupa

saja

pada

eukariotik memiliki Kontrol unsur yang membentuk komplek

inisiasi transkripsi, gen codable yang terdiri dari intron dan
ekson,

serta

transkripsi.

pemutus
Proses

sinyal

yang

transkripsi

dapat

diawali

mengakhiri

oleh

proses

penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim

RNA polymerase pada daerah promoter. Berbeda dengan
prokariot, RNA polymerase pada eukariot tidak menempel
langsung dengan pada DNA di daerah promoter. Melainkan
melalui

perantaraan

sebagai

faktor

protein-protein

transkripsi.

Faktor

lain

yang

transkripsi

disebut

dibedakan

menjadi dua kelompok yaitu: Faktor transkripsi umum dan

5

Faktor transkripsi khusus. Faktor transkripsi umum berperan

untuk

mengarahkan

RNA

polymerase

ke

promoter.

Penempelan RNA polimerase pada promoter oleh factor

tersebut hanya menghasilkan transkripsi pada level dasar,
sedangkan pengaturan gen yang lebih spesifik dilakukan oleh
factor transkripsi khusus untuk suatu gen.
Meskipun demikian, proses penempelan tersebut sangat
penting untuk kelangsungan proses transkripsi. Setelah
faktor-faktor
menempel

transkripsi
pada

pembentukan

umum

promoter,

kompleks

dan

RNA

selanjutnya

promoter

polimerase

akan

terbuka.

terjadi

Transkripsi

dimulai pada titik awal transkripsi (RNA initiation site, RIS)

yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan kodon
awal ATG.
Kontrol utama dari ekspresi gen terjadi pada tingkat
awal transkripsi. Transkripsi diawali oleh unsur promotor
proksimal yang membentuk sekitar 30 nukleotida di hulu
tempat strat transkripsi. Daerah ini mengandung yang
disebut sebagai books TATA dalam rangkaian TATA atau
rangkaian yang serupa. Struktur ini mengikat suatu kompleks
protein yang dikenal sebagai faktor books TATA, dalam hal ini
termasuk protein-protein pengikat books TATA (TBP atau
TFIID). Faktor lain seperti TFII, TFIII dan polimerase RNA.
Beberapa promotor tidak mengandung kotak TATA dan
mengawali transkripsi melalui faktor-faktor

yang sama.

Secara umum faktor-faktor ini disebut faktor piranti umum

dan basal. Protein lain dapat berikatan dengan faktor basal
pada regio promotor dan enhacer DNA untuk bertindak
bersama dnegan RNA polimerase untuk dapat mengatur awal
transkripsi. Protein ini disebut sebagai faktor transkripsi.
Transaktivator adalah protein yang digabungkan dengan
protein lain (koaktivator) ke kompleks protein yang terikat ke
promotor basal di books TATA. Apabila terjadi interaksi yang
sesuai antara transaktivator, koaktivator, dan kompleks
6

promotor basal, RNA polimerase lebih sering berikatan

dengan promotor basal sehingga kecepatan transkripsi gen
meningkat.
Mekanisme

penempelan

faktor

transkripsi

tersebut

sebagai berikut:
1) TFIID menempel pada bagian TATA Box pada promoter,
yang dibantu oleh faktor TFIIA sehingga membentuk
kompleks DA. Peranan TFIIA adalah meningkatkan data ikat
TFIID terhadap TATA Box.
2) Kemudian diikuti oleh penempelan faktor TFBII
3) Faktor TFIIF selanjutnya menempel yang diikuti oleh
penempelan RNA polimerase II.
4) Akhirnya faktor TFIIE akan menempel dan diikuti oleh TFIIH
dan TFIIJ
Kompleks pra-inisiasi yang terbentuk disebut sebagai
kompleks DABPolFEH. Sehingga dapat diketahui bahwa pada
eukariotik RNA polimerae II tidak secara langsung menempel
pada

promoter

melainkan

melalui

perantaraan

faktor

transkripsi. Setelah terbentuk kompleks pra inisiasi RNA

polimerase II siap untuk melakukan proses transkripsi jika
ada

nukleotida.

Faktor

transkripsi

yang

penting

untuk

mengawali inisiasi proses transkripsi adalah TBP, TFIIB, TFIIF,

dan RNA polimerase II tanpa adanya TFIIE dan TFIIH,
sebenarnya sudah dapat terjadi transkripsi namun tidak
sempurna. Pembentukan transkripsi yang tidak sempurna
tersebut menandakan telah terbentuknya kompleks inisisasi
termasuk terjadinya pembukaan DNA secara lokal dan
pembentukan ikatan pospodiester pertama. Dalam hal ini
faktor TFIIE dan TFIIH tidak diperlukan dalam proses inisiasi
melainkan diperlukan dalam proses pelepasan dari promotor
yang

menandai

dimulainya

transkripsi

(pemanjangan

transkip) secara aktif. Pelepasan dari promotot tersebut

dikatalisis oleh aktifitas DNA helikase yang dimiliki oleh TFIIH
sehingga

menyebabkan

terbukanya

DNA

pada

daerah
7

promotor. Hal ini dilakukan dengan cara memuntir DNA di

daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan faktor
transkripsi

yang

transkripsi.

lain

sehingga

Pembentukan

terbentuk

gelembung

gelembung

transkripsi

memunkinkan RNA polimerase untuk memulai transkripsi

dan

bergerak

dari

hilir

sepanjang

10-12

nukleotida.

Pergerakan RNA polimerase tersebut dibantu oleh aktifitas

TFIIH

yang

menyebabkan

pemanjangan

gelembung

transkripsi.

Gambar3. Pengaturan tahap transkripsi

TFIID merupakan faktor transkripsi pertama yang

secara berikatan dengan TATA Box sehingga penempelan
faktor transkripsi ini akan mengarahkan faktor-faktor yang
lain dan RNA polimerase II untuk mengenali promoter. Faktor
TFIID

merupakan

kompleks

protein

yang

terdiri

atas

beberapa protein yaitu protein pengikat TATA Box (TATA Box

binding protein, TBP), dan TAF (faktor transkripsi yang terkait
dengan

TBP).

Pada

saat

kompleks

pra-inisiasi

sudah

terbentuk, RNA polimerase bersama-sama dengan TFIIH

menutupi promoter.Faktor tersebut berperan dalam proses
8

fosforilisasi RNA polymerase II menjadi bentuk IIO, selain itu

juga

mempunyai

polymerase

IIO

aktivitas
inilah

kinase

yang

CTD.

Bentuk

selanjutnya

RNA

melakukan

pemanjangan transkrip. Fosforilisasi terjadi pada asam-asam

amino pada bagian CTD yang terdapat pada subunit RNA
polymerase II yang paling besar.Fosforilisasi tersebut memicu
perubahan perubahan status RNA polymerase II dari keadaan
pra-inisiasi

menjadi

pemanjangan

inisiasi

transkrip.

dan

Hal

selanjutnya

tersebut

terjadi

dikarenakan

fosforilasasi RNA polymerase II menyebabkan ikatan antara

CTD dengan TBP menjadi lemah
Proses pemanjangan transkrip distimulasi oleh suatu
factor yang disebut TFIIS dengan cara membatasi jeda dalam
proses

polymerase

pemanjangan
polymerase
transkripsi

oleh

transkrip
II

mencapai

dalapt

RNA

akan

berjalan

daerah

berlangsung

polymerase.
sampai

terminator.

karena

Proses

adanya

RNA

Terminasi
aktivitas

fosfatase yang spesifik untuk CTD sehingga mengembalikan

RNA polymerase II menjadi bentuk yang tidak mengalami
fosforilisasi. Dalam keadaan tersebut, RNA polimerae II dapat
digunakan kembali dalam proses transkripsi selanjutnya.
Dengan demikian, RNA polymerase II dapat digunakan secara
berulang-ulang dalam proses transkripsi gen. Berikut skema
secara umum proses transkripsi yang melibatkan RNA
polymerase II.

Terdapat beberapa jenis struktur transkripsi antara lain:

1) Zinc Finger

Gambar4. Zinc Finger

2) Helix-loop-helix (HLH)

Gambar4 . Helix-loop-helix

3) Leucine zipper

Gambar5. Leucine zipper

4) HMG-box (high mobility group protein)

Terbentuk dari 3 heliks- yang membentuk struktur
mirip boomerang. Aktivasi DNA dengan melekukkan DNA.

10

Tahapan pengaturan ekspresi gen pada sel eukariotik

dapat dilihat sebagai berikut.

Gambar6. Tahapan pengaturan

ekspresi gen pada sel eukariotik

b. Pengaturan Tahap Pasca Transkripsi

Berbeda dengan prokariot yang proses transkripsi dan
translasi

berlangsung

hampir

serentak

yaitu

sebelum

transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai.

Hal

tersebut

terjadi

karena

pada

prokariot

tidak

ada

hambatan struktural sel karena semua komponen transkripsi

dan

translasi

terletak

pada

sitoplasma

yang

sama.

Sedangkan pada sel eukariotik proses tanskripsi berlangsung

di dalam nukleus sedangkan translasi terjadi di dalam
nukleus dan proses translasi terjadi di dalam sitoplasma.
Sehingga translasi baru dapat berjalan jika proses transkripsi
selesai dijalankan. Jeda waktu tersebut disebut sebagai fase
pasca-transkripsi. Pada fase ini terjadi beberapa proses yang
unik

pada

eukariot

penyambungan

RNA

antara
(RNA

lain

(1)

spilicing),

pemotongan
(2)

dan

poliadenilasi

(penambahan gugus poli-A pada ujung 3 mRNA), (3)

penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA.
1) Pemotongan dan Penyambungan RNA (Splicing)
Pada organisme eukariotik terdapat gen yang
organisasinya tersusun atas ekson dan intron, meskipun
11

tidak semua gen eukariotik mempunyai intron. Pada

awalnya,

gen

yang

terdiri

atas

ekson

dan

intron

ditranskripsi meghasilkan pre-mRNA (transkrip primer)

karena masih mengandung sekuen intron. Pada tahapan
selanjutnya intron akan dipotong dari pre-mRNA dan
ekson-ekson yang ada selanjutnya disambung menjadi
mRNA yang matang (mature mRNA). Proses pemotongan
intron dan penyambungan kembali ekson-ekson disebut
sebagai

proses

Transkrip

mRNA

penyambungan
yang

RNA

sudah

(RNA

matang

splicing).

inilah

yang

selanjutnya akan ditranslasi. Berikut skema proses splicing

RNA:

Gambar7. Skema dasar proses splicing RNA

Proses splicing RNA merupakan proses yang sangat

akurat. Akurasi proses pemotongan dan penyambungan
ditentukan oleh suatu urutan nukleotida yang dikenal
sebagai splicing signals. Sejauh ini urutan nukleotida
lestari

yang

ditemukan

pada

beberapa

intron

yang

berbeda yang diketahui adalah dua nukleotida pada ujung

intron, yaitu:
Ekson-GU.AG-Ekson
Intron
Selain urutan tersebut juga terdapat urutan pada
bagian pertemuan antara ekson dengan intron. Sinyal
untuk pemotongan intron dan penyambungan ekson pada
12

prekusor mRNA gen-gen pada nukleus sangat beragam

yaitu kedua basa intron basa hampir selalu mengandung
GU dan dua basa terakhir selalu mengandung AG. Selain
itu keseluruhan sekuens consensus sangat penting untuk
pemotongan intron dan penyambungan ekson secara
tepat. Terjadinya mutasi pada sekuen konsensus dapat
menyebabkan splicing abnormal. Sifat lestari ujung 5 dan
3 pada sisi pemotongan penyambungan serta kotak
TACTAAC menunjukkan bahwa hal ini mempunyai fungsi
sangat penting dalam ekspresi genetik. Mutasi pada
bagian tersebut dapat menyebabkan perubahan fenotip
pada banyak organism eukariotik, karena bagian ini
bertanggungjawab dala pemunculan penyakit menurun
pada

manusia misalnya kelainan hemoglobin. Proses

pemotongan intron dan transkrip RNA terdiri atas tiga tipe

yang bebeda yaitu :
a) Mekanisme Splicing Prekurson RNA inti sel
Proses splicing menghasilkan suatu struktur
cabang yang disebut dengan lariat, yaitu suatu struktur
yang bentuknya seperti tali laso. Pada tahap pertama,
gugus 2-OH nukleotida adenine yang ada dalam intron
menyerang ikatan fosfodiester yang menghubungkan
ekson

dengan

intron.

Hal

ini

menyebabkan

terputusnya ikatan antara ekson 1 dengan intron

sehingga dihasilkan ekson 1 yang bebas dan struktur
lariat yang merupakan gabungan antara intron dengan
ekson 2.
Struktur lariat tersebut mempunyai ujung 5 GU
yang berikatan dengan titik percabangan melalui ikatan
fosfodiester. Pada tahap kedua, ujung 3-OH pada
ekson 1 menyerang ikatan fosfodiester antara intron
dan ekson 2 menghasilkan struktur intron berbentuk
lariat dan ekson 1 atau ekson 2 yang bersambungan.
13

Penyambungan

antara

ekson

dan

ekson

diperantarai oleh gugus fosfat pada ujung 5 ekson 2.

Berdasarkan penelitian pada Khamir, menunjukkan
bahwa splicing berlangsung di dalam suatu partikel
yang berukuran 40S yang disebut sebagai spliceosome.
Partikel tersebut berperan penting dalam proses
splicing karena pre-mRNA yang mengalami mutasi dari
A C pada titik percabangan tidak dapat melakukan
splicing. Hal ini disebabkan RNA semacam ini tidak
mampu membuat struktur dalam spliceosom. Selain
partikel tersebut, faktor lain yang juga berperan
penting dalam splicing adalah molekul RNA berukuran
kecil yang disebut small nuclear RNA (snRNA) yang
berasosiasi dengan suatu protein membentuk kompleks
small ribonuclear protein (snRNP) yang terdiri atas U1,
U2, U4, U5 dan U6. Berikut skema proses splicing oleh
adanya spliceosome.
Berdasarkan skema tersebut dapat diketahui
bahwa splicing RNA dikatalis oleh perakitan sRNP dan
ditambah dengan protein lainnya yang bersama-sama
membentuk
pengenal

spliceosome.

sinyal

pada

Spliceosome

molekul

sebagai

pre-mRNA

yang

membawa kedua ujung intron bersama-sama dan dan

menyediakan aktivitas enzimatik untuk dua tahap
reaksi.
Pada kedua reaksi tersebut, (A) menunjukkan
langkah pertama yaitu nukleotida adenine spesifik
dalan sekuen intron menyerang situs sambungan
(splice site) ujung 5 dan memotong sugar-phosphate
backbone RNA. Pemotongan ujung 5 dari intron
menjadi secara kovalen terhubung dengan nukleotida
adenine, seperti yang ditunjukkan pada (B) akhirnya
dapat membuka Loop molekul RNA. Pelepasan ujung 3OH dari sekuen ekson kemudian bereaksi dengan
14

mulainya sekuen ekson selanjutnya, penggabungan

dua ekson bersama dan melepaskan sekuen intron
dalam

bentuk

lariat.

Dua

sekuen

ekson

menjadi

bergabung menjadi sekuen pengkode secara kontinyu,

pelepasan sekuen intron terdegradasi pada waktunya.
Selanjutnya (gambar 4), situs branch-point
pertama kali dikenali oleh BBP (Branch-point binding
protein) dan U2AF, protein bantu (helper protein).
Dalam langkah selanjutnya, U2 snRNP menggantikan
BBP dan U2AF dan pembentukan pasangan basa
dengan

dengan

situs

sekuen

konsensus

dan

pembentukan pasangan basa U2 snRNP dengan splice

junction 5.
Pada tahap ini, U4/U6, U5 triple memasuki
spliceosome. Dalam triple snRNP, snRNAS U4 dan U6
dipegang kuat bersama oleh interaksi pasangan basa
dan snRNP U5 terhubung lebih longgar. Beberapa
penyusunan
pemecahan

ulang

RNA-RNA

pasangan

basa

kemudian
U4/U6

terjadi

(snRNP

U4

dikeluarkan dari spliceosome sebelum splicing selesai)

dan memungkinkan snRNP U6 menggantikan U1 pada
splice

junction

5.

Penyusunan

ulang

selanjutnya

membuat situs aktif dari spliceosome dan dan bagian

posisi yang sesuai dari subtrats pre-mRNA untuk reaksi
splicing terjadi. Berikut beberapa penyusunan ulang
yang terjadi di spliceosome selama splicing pre-mRNA.
Pada gambar tersebut merupakan rincian proses
penyusunan ulang pada spliceosome selama pra-mRNA
pada

Saccharomyces

cerevisiae,

dimana

sekuen

nukleotida yang terlibat sedikit berbeda dengan yang

terdapat pada sel manusia. (A) Pertukaran U1 snRNP
untuk U6 snRNP terjadi sebelum reaksi fosforil-transfer
pertama. Pertukaran tersebut menungkinkan 5 splice
dibaca

oleh

snRNPs

berbeda,

sehingga

dapat
15

meningkatkan akurasi seleksi situs 5 splice oleh

spliceosome.

(B)

Situs

branch-point

pertama

kali

dikenali oleh BBP dan kemudian oleh U2 snRNP seperti

pada

bagian

(A),

strategi

Chek

and

Rechek

memberikan akurasi yang meningkat dari situs seleksi.

Pengikatan U2 ke branch-point akan memaksi adenine
yang sesuai untuk menjadi tidak berpasangan, dengan
demikian dapat mengaktifkan penyerangan terhadap
situs splice 5. Dalam hal ini, kombinasi dengan
pengenalan oleh BBP merupakan cara spliceosome
memilih adenine secara akurat untuk membentuk
branch poin. (C) Setelah reaksi fosforil-transfer pertama
(kiri) telah terjadi, snRNP U5 mengalami penataan
ulang yang membawa dua ekson ke dalam jarak dekat
untuk reaksi fosforil-transfer kedua (kanan). kedua
posisi snRNAs reaktan dan memberikan (baik semua
atau sebagian) situs katalitik untuk dua reaksi. snRNP
U5 hadir dalam spliceosome sebelum penataan ulang
ini terjadi, karena kejelasan itu telah dihilangkan dari
panel kiri.
b) Mekanisme splicing secara autokatalik
Mekanisme ini terjadi pada prekursor rRNA tanpa
melibatkan enzim. Lebih jauh telah diketahui pula
bahwa mekanisme semacam ini juga terjadi pada
pemotongan intron prekursor rRNA, tRNA, mRNA yang
ada pada mitokondria dan kloroplas banyak spesies,
misalnya

pemotongan

intron

gen

26s

rRNA

dan

tetrahymena. Mekanisme splicing autokatalitik tidak

memerlukan energi maupun enzim tetapi melibatkan
reaksi transfer ikatan fosfoester tanpa ada ikatan yang
hilang.
Proses

pemotongan

intron

secara

autokatalitik dapat dibedakan menjadi dua yaitu pada

16

gen-gen yang mengandung intron grup I dan intron

grup II. Pada intron grup I (misalnya 26s rrn pada
tetrahymena), proses splicing melibatkan penambahan
nukleotida guanine pada ujung 5 intron. Guanine
tersebut adalah nukleotida yang berasal dari luar,
bukan bagian integral intron seperti yang diamati pada
splicing menggunakan spliceosome.
Pada tahap pertama, nukleotida

guanine

menyerang nukleotida adenine pada ujung 5 intron dan

melepaskan ekson 1. Pada tahap kedua, ekson 1
menyerang

ekson

sekaligus

melakukan

penyambungan ekson 1 dan ekson 2 serta melepaskan

intron berbentuk linier. Selanjutnya, dengan proses
yang berbeda, intron linier dipotong nukleotidanya
sebanyak 19 nukleotida dari ujung 5
c) Mekanisme splicing prekursor tRNA
Mekanisme
splicing
prekursor

tRNA

pada

sacchromyces cerevisiae melalui dua tahapan penting.

Dalam tahapan pertama, enzim yang disebut splicing
edonuklease (tRNA endonucleasse) yang terikat pada
membran nukleus melakukan dua pemotongan secara
tepat pada kedua ujung intron. Selanjutnya pada tahap
ke dua suatu enzim yang disebut splicing ligase (RNA
ligase) menyambung kedua bagian tRNA sehingga
dihasilkan molekul tRNA yang sedah matang (mature
tRNA).
Beberapa mekanisme splicing yang dijelaskan
adalah mekanisme cis splicing yaitu proses splicing
yang melibatkan dua ekson atau lebih yang ada pada
gen yang sama. Penelitian pada triphanosoma, protozoa
yang

memiliki

alat

gerak

flagella,

menunjukkan

terdapat mekanisme splicing alternatif yang disebut

trans-splicing . Pada trans-splicing ekson-ekson yang
digabungkan berasal dari gen yang sama, bahkan dapat
17

berasal dari kromosom yang berbeda. Penelitian yang

lebih lanjut pada organisme tersebut menunjukkan
bahwa semua mRNA mempunyai 35 nukliotida awal
(leader), disebut sebagai splicid leader (SL), tetapi gengen yang mengkode mRNA tersebut tidak mempunyai
urutan komplementer ke 35 nukleotida awal.
Gen yang mengkode SL tersebut

diketahui

berulang sekitar 200 kali pada genon tripanosoma. Gen

tersebut hanya mengkode SL ditambah 100 nukleotida
yang tersambung pada sl melalui sekeuen splicing
konsensus pada ujung 5. Dengan demikian gen mini
tersebut tersusun ekson SL yang pendek dan ujung 5
suatu intron.
2) Poliadenilase
Transkip mRNA

pada

eukariot

juga

mengalami

pemrosesan dalam bentuk penambahan poli-A (rantai

AMP) pada ujung 3 sepanjang kurang lebih 200-250
nukleotida.

Penambahan

poli-A

tersebut

ditambahkan

pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen yang

mengkode rangkaian A atau T semacam ini. Penambahan
tersebut dilakukan dengan menggunakan aktivitas enzim
poli (A) polimerase yang ada di dalam nukleus. Sebagian
mRNA mengandung poli-A, kecuali mRNA histon.
Penambahan poli-A pada ujung 3 meningkatkan
stabilitas mRNA sehingga mRNA mempunyai umur yang
lebih panjang dibandingkan dengan mRNA yang tidak
mempunyai

poliA.

menunjukan

bahwa

Selain

itu

juga

keberadaan

ada

poli-A

bukti

yang

meningkatkan

efisiensi translasi mRNA semacam itu. Diketahui ada suatu

protein, yaitu poly (A)-binding protein I, yang menempel
pada poliA sehingga meningkatkan efisiensi translasi. Bukti
lain juga menegaskan bahwa mRNA yang mempunyai poliA mempunyai kemungkinan yang lebih tinggi untuk
mengikat ribosom sehingga dapat meningkatkan efisiensi
18

translasi

dibandingkan

mRNA

yang

tidak

mengalami

poliadenilasi. Poliadenilasi dilakukan pada prekursor mRNA

bahkan sebelum terjadi terminasi transkripsi. Hal tersebut
dilakukan dengan cara memotong prekursor pada bagian
yang nantinya akan menjadi bagian mRNA yang matang,
kemudian dilanjutkan dengan menambahkan poli-A pada
ujung 3 yang terbuka. Bagian mRNA yang disintesis
setelah

selesai

sisi

poliadenilasi

yang

selanjuutnya

didegradasi.
Tempat dilakukan poliadenilasi dicirikan oleh sinyal
poliadenilasi pada gen mamalia. Sinyal tersebut terdiri dari
rangkaian nukleotida AATAAA yang diikuti oleh sekitar 20
nukleotida yang kaya akan residu GT serta diikuti oleh
motif yang kaya akan T. Transkip mRNA pada tanaman dan
khamir

juga

mengalami

poliadenilasi

tetapi

sinyal

poliadenilasinya berbeda dari yang ada pada mamalia

karena ada variasi pada sekuens AATAAA. Pada khamir,
jarang sekali ada motif AATAAA yang ditemukan.
3) Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA
Organisme eukariot mengalami metilasi (penambahan
gugus metil) yang sebagian besar terakumulasi pada ujung
5 mRNA. Stuktur ini kemudian dikenal sebagai tudung
mRNA (mRNA cap). Penelitian selanjutnya yang dilakukan
oleh Yasuhiro Furuichi dan Kin-Ichiro Miura menunjukan
bahwa

tudung

mRNA

tersebut

berupa

molekul

7-

metilguanosin (m7G). Tudung mRNA tersebut disintesis

dalam beberapa tahapan. Yang pertama, enzim RNA
trifosfatase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA,
kemudian enzim guanili transferase memotong gugus
fosfat pada ujung pre mRNA.Kemudian enzim guanili
transferase

menambahkan

GMP

(guanosin

fosfat).

Selanjutnya, enzim metil transferase melakukan metilasi

tudung guanosin pada N7 dan gugus 2-O metil pada
19

nukleotida ujung tudung tersebut. Proses penambahan

tudung

tersebut

transkripsi

berlangsung

sebelum

transkrip

pada

tahapan

mencapai

awal

panjang

30

nukleotida.
Tudung mRNA mempunyai empat macam fungsi,
yaitu:
(1) melindungi mRNA dari degradasi.
(2) meningkatkan efisiensi translasi mRNA,
(3) meningkatkan pengangkutan mRNA dan nukleus
ke sitoplasma
(4) meningkatkan efisiensi proses spilicing mRNA.
Tudung m7G berikatan dengan mRNA melalui ikatan
trifosfat. Tudung tersebut juga meningkatkan efisiensi
translasi karena ribosom dapat mengakses mRNA melalui
suatu protein yang menempel pada tudung. Dengan
demikian, jika tidak ada tudung, maka protein yang
melekat pada tudung tidak akan menempel. Hal itu
akhirnya akan mengurangi kemungkinan ribosom untuk
menempel dan melakukan translasi.
c. Tahap Pasca Transkripsi
1) Pemrosesan rRNA dan tRNA
Molekul rRNA yang dihasilkan pada prokariot maupun
eukariot pada awalnya berupa prekursor yang berukuran
lebih panjang dari molekul yang matang. Sebagai contoh,
pada mamalia, dihasilkan prekusor rRNA yang berukuran
45s yang sesungguhnya terdiri atas ukuran yang lebih kecil
yaitu 28 s, 18s, dan 5,8s. Nukleotida diantara unit-unit
kecil

tersebut

harus

dipotong

(diproses)

untuk

menghasilkan unit-unit fungsional yang lebih kecil. Perlu

diperhatikan bahwa pemrosesan prekusor rRNA yang
dimaksud disini bukanlah splicing, karena splicing adalah
proses pemotongan intron yang ada di dalam struktur
intenal transkrip dan diikuti oleh penyambungan ekson.
Pada pemrosesan prekursor rRNA semacam ini tidak ada
penyambungan kembali molekul-molekul rRNA yang sudah
20

dipotong karena masing-masing unit yang dihasilkan

adalah unit independen.
Selain rRNA, molekul tRNA juga disintesis dalam
dibentuk prekursor. Pada prokariot, prekusor tersebut
dapat terdiri atas satu tRNA atau lebih, atau kadang
bercampur dengan rRNA. Untuk memotong prekusor yang
terdiri atas lebih dari satu tRNA atau campuran tRNA dan
rRNA pada prokariot diperlukan aktifitas enzim RNAse III.
Setelah dipotong, tRNA masih mengandung beberapa
nukleotida pada ujung 5 maupun 3. Demikian pula pada
eukariot, ujung 5 dan 3 pada prekusor tRNA mengandung
beberapa nukleotida. Nukleotida tambahan yang ada pada
ujung 5 pada prekusor tRNA prokariot maupun eukariot
akan dipotong oleh enzim RNAse P, sedangkan ujung 3nya
akan diproses dengan enzim RNAse D., RNAse BN, RNAse
T, RNAse PH, RNAse II, dan polinukleotida fosforilase
(PNPase).
2) Penyuntingan RNA
Selain fenomena trans-splicing, pada tripanosoma juga
terdapat mekanisme pasca transkripsi lain yang aneh yang
disebut sebagai penyuntingan RNA (RNA editing). Pada
perkembangan selanjutnya diketahi bahwa sekuen mRNA
sitokrom oksidase II (COII) pada tripanosoma ternyata tidak
sesuai dengan sekuens gen yang mengkodenya. Sekuens
mRNA COII diketahui mengandung 4 nukleotida yang tidak
terdapat pada gen COII yang ada di dalam kinetoplast
(semacam mitokondria yang mengandung dua dna lingkar
yang terikat bersama menjadi struktur catanane). Ketiadaan
keempat nukleotida tersebut pada gen COII nampaknya
dapat menyebabkan terjadinya mutasi pergeseran pola baca
(frame hift) yang dapat menyebabkan gen menjadi tidak
aktif. Meskipun demikian, mRNA yang dihasilkan ternyata
mengandung empat nukleotida tersebut sehingga tidak
21

terjadi pergeseran pola baca. Rob banne berkesimpulan

bahwa mRNA tripanosoma tersebut dikopi dari suatu gen
yang tidak lengkap, disebut sebagai cryptogene, kemudian
disunting lagi dengan menambahkan empat nukleotida yang
kesemuanya adalah urdine.
Penelitian-penelitian berikutnya
penyuntingan

mRNA

memang

membuktian

fenomena

umum

bahwa
pada

tripanosoma. Bahkan, beberapa mRNA sunting secara sangat

ekstensif, misalnya sukuens mRNA COII Trypanosoma brucei
sepanjang 731 nukleotiga mengandung 407 uridine (u) yang
ditambahkan

melalui

penambahan,

penyuntingan

menghilangkan

19

proses

uridine

penyuntingan.

pada

mRNA

yang

dikode.

COII

Selain
juga

Fenomena

penyuntingan tersebut diketahui selalu terjadi pada ujung 3

dn tidak ada pada ujung 5 dengan orientasi 3 ke 5.
Penyuntingan

tersebut

diketahui

dilakukan

oleh

suatu

molekul RNA yang disebut sebagai guide RNA (gRNA).

Molekul gRNA tersebut berhibidisasi dengan baigian mRNA
yang tidak di edit dan menyediakan nukleotida a dan g
sebagai cetakan untuk penggabungan nukleotida u yang
tidak

ada

pada

mRNA.

Kadang-kadang

gRNA

tidak

mempunyai a atau g yang dapat berpasangan dengan u

pada

mRNA

sehingga

nukleotida

tersebut

dihilangkan

menggunakan enzim eksoniklease.

3) Transport mRNA
Pada sel eukariotik, mRNA harus berpindah dari inti
melalui

pori0pori

inti

ke

sitoplasma

agar

dapat

ditranslasikan. Nuklease menguraikan mRNA, mencegah

pembentukan protein yang dikode oleh mRNA. Selama
transportasi ini mRNA terikat pada protein yang membantu
pengurainnya.
d. Pengaturan Tahap Translasi

22

Pengaturan pada pembentukan protein. Faktor inisiasi

untuk translasi, terutama faktor inisiasi eukariotik 2(eLF2)
merupakan pusat mekanisme pengatur ini. Kerja eLF2 dapat
dihambat oleh fosforilasi. mRNA lain memiliki lengkung tajam
yang menghambat inisiasi translasi.

Gambar8. Pengaturan tahap translasi

e. Pengaturan Tahap Pasca Translasi

Pengaturan setelah terbentuknya protein. Setelah
disintesis,

lama

hidup

protein

diatur

oleh

degradasi

proteolitik. Protein memiliki waktu apruh yang berbeda-beda.

Sebagian hanya bertahan beberapa jam atau hari. Sedangkan
yang lain menetap sampai beberapa bulan atau tahun.
Sebagian protein mengalami degradasi oleh enzim lisosom.
Protein lain didegradasi oleh protease didalam sitoplasma.
Sebagian protein ini tampaknya mengalami degradasi melalui
pengikatan

suatu

protein

yang

dikenal

dengan

nama

ubikuitin. Ubikuitin adalah protein yang sangat hemat. Urutan

asam

aminonya

hanya

memiliki

sedikit

variasi

antara

berbagai organisme.

23

Gambar9. Tahapan pengontrolan ekspresi gen pada sel eukariotik

BAB III
SIMPULAN
Gen pada eukariot adalah sebuah rantai polipeptida yang
dikontrol oleh promotornya sendiri. Operon tidak terdapat pada
sel eukariot. Ekspresi gen pada sel eukariot berlangsung melalui
sejumlah tahapan yaitu pengaturan tahap transkripsi, pasca
transkripsi, translasi dan pasca translasi. Pengaturan pada
transkripsi merupakan pengaturan utama pada ekspresi gen.
Pengaturan

pada

tingkat

translasi

merupakan

mekanisme

tambahan yang berlangsung di sitoplasma. Untuk suatu gen

spesifik, pengaturan dapat terjadi secara bersamaan untuk
merangsang atau menghambat ekspresi suatu gen.
DAFTAR PUSTAKA
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. 2002. Molecular Biology of the
Cell. 4th edition. New York: Garland ScienceGomez, M.
Esther.

R,

Regulation

Mercedes,
of

Gene

Olivia,

Expression

and
in

Mario,

Protozoa

A.

2010.

Parasites.

(Review). Journal of Biomedicine and Biotechnology. Volume

2010
24

Campbell, N.A. et al. 2002. Biologi Edisi Kelima Jilid 1. Jakarta:

Penerbit Erlangga.
Karp,

G. 2010.

Cell

and

Molecular Biology,

concept

and

exeperiments 6th ed. John Wiley & Sons (Asia) Pte Ltd.
T. Kouzarides, 2007. Chromatin modifications and their function.
Cell, vol. 128, no. 4, pp. 693705.
Y. Hirose and J. L. Manley. 200. RNA polymerase II and the
integration of nuclear events. Genes and Development, vol.
14,

no.

12,

pp.

14151429Yuwono,

T.

2000.

Biologi

Molekuler. Jakarta: Penerbit Erlangga

25