La orografa de este departamento est conformada por la Sierra de Cham, que
cruza el departamento desde el Ro Chixoy o Ro Negro hasta el territorio de Belice, donde se le conoce como Montaas Mayas. Los principales ros que irrigan el departamento derivan hacia el Lago de Izabal y otros hacia el Golfo de Mxico. Entre los primeros estn el Ro Polochic, el Ro Cahabn y el Ro Lanqun -que nace en las cuevas del mismo nombre-. Dichos ros, adems de ser un interesante atractivo turstico, son a la vez motivo de estudios espeleolgicos. En Alta Verapaz existen varios ros subterraneos, algunos de los cuales salen de la montaa, atraviesan un valle y luego desaparecen en la montaa vecina. No existen lagos propiamente dichos, pero hay en el departamento varias lagunas y lagunetas, como la Laguna de Lachu.