CAPTULO 1

CLASIFICACIN MICROBIANA
Carlos G. Osorio A.

Los tres dominios de seres vivos

En la dcada de los 80, surgi una nueva visin sobre la clasificacin de los seres
vivos y sus posibles relaciones evolutivas, provocando una verdadera revolucin en la biologa
moderna. Para entender esta revolucin debemos primero conocer cul era el conocimiento
que haba entrado en crisis. El llamado paradigma clsico consideraba que la clasificacin
natural de los seres vivos comprenda slo dos grandes clases de organismos: Procariontes
(clulas sin ncleo) y Eucariontes (clulas con ncleo)1. Estas dos grandes clases se
diferenciaban profundamente a nivel de su estructura y organizacin subcelular, por lo que se
les consider siempre como grupos excluyentes. Adems, estas clases de organismos eran
agrupadas en 5 reinos (Whittaker, 1969), conformando los procariontes por si slos el llamado
reino Monera o Prokaryota (considerado primitivo o ancestral). Los 4 reinos eucariontes
restantes Protozoa, Hongo, Plantae y Animalia seran reinos derivados del reino Monera (ms
evolucionados (Figura 1-1).

Reino Animalia

Reino Hongo

Reino Plantae

Reino Protozoa
eucariontes

procariontes

Reino Monera

Figura 1-1: Esquema de los 5 reinos clsicos de Whittaker y sus relaciones

evolutivas: reino Metazoa (Animalia), reino Metafita (Plantae),
reino Fungi (Hongo), reino Protista (Protozoa) y reino Monera
(Procariota) (ver Whittaker & Margulis, 1978).
En el ao 1978 se descubre un nuevo tipo de seres vivos, tan distantes evolutivamente
de las bacterias como de los eucariontes, siendo llamados primeramente arquibacterias. En el
ao 1990 se incorporan estos descubrimientos a una nuevo esquema sobre la evolucin y
1

Ambos trminos derivados del griego cuyo significado es nuez

3

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Clasificacin de los microorganismos

clasificacin de los seres vivos, planteando que la evolucin habra ocurrido en tres lneas o
linajes filogenticos principales, y no en dos como postulaba el paradigma clsico (Wheelis et
al., 1992; Woese et al., 1990). Esta nueva visin se caracteriza por considerar a las
arquibacterias, actualmente denominadas simplemente arquea, como una tercera forma de
vida, muy diferentes a los eucariontes y procariontes clsicos. Todos estos cambios y nuevas
propuestas han sido posibles gracias al estudio y comparacin de secuencias de
macromolculas conservadas en todos los seres vivos (denominadas relojes moleculares), tales
como el ARN ribosomal (especialmente el ARNr 16S) y algunas protenas conservadas tales
como los factores traduccionales EF-G y EF-Tu.
Para poder comprender el giro paradigmtico ocurrido en las dos ltimas dcadas,
debemos comenzar entonces por presentar el nuevo rbol filogentico propuesto para la
evolucin de los seres vivos. Esta nueva clasificacin se basa en una visin tricotmica (tres
linajes principales) e incorpora un nuevo nivel o rango taxonmico denominado Dominio
(superior a Reino). Estos tres nuevos linajes evolutivos reciben entonces las siguientes
denominaciones: dominio Eucaria, dominio Arquea y dominio Bacteria (Figura 1-2).
Si observamos el rbol filogentico universal de la figura 1-2, notaremos que dentro
del dominio Bacteria existen varios linajes bacterianos diferentes (1-6). Cada uno de ellos
estrictamente debera corresponder a un reino diferente, sin embargo por razones de ndole
histrica se les denomina Divisiones o Phyla. Hoy en da se describen 80 Divisiones o Phyla
en el dominio Bacteria, siendo la gran mayora de estas bacterias fotolitotrficas,
quimiolitotrficas, ambientales y no patgenas para el hombre. Muchas de ellas son
fundamentales en varios ciclos geoqumicos de nuestro planeta (carbono, nitrgeno, fsforo,
etc.).

Figura 1-2: rbol filogentico universal propuesto en 1990. Este rbol filogentico
se basa en la comparacin de secuencias del ARN ribosomal 16 S. La raz se localiz
mediante el estudio de los factores traduccionales EF-Tu y EF-G (Woese, et al., 1990).
Los virus no se incorporan a esta clasificacin por el hecho de no estar conformados
por clulas y constituirse en seres vivos slo en unin a una clula viva preexistente. Sus
orgenes no estn claros, algunos investigadores opinan que derivaran de entidades celulares y
por lo tanto no seran primitivos. Otros investigadores piensan que corresponderan a

Mundo microbiano

remanentes de una etapa de la evolucin precelular de la vida, por lo que en este caso se
consideraran entes primitivos. Recientemente se descubri una nueva familia de virus
denominada Mimivirus, que se caracteriza por infectar amebas y poseer un genoma de ADN
mayor que el de algunas bacterias (dos veces mayor que el genoma de la bacteria Mycoplasma
genitalium). Algunos investigadores piensan, en base al estudio de las secuencias de algunas
enzimas de estos virus, que esta familia podra corresponder a virus arcaicos, anteriores
incluso al origen de las clulas eucariontes. En todo caso, hoy en da no existe consenso entre
los investigadores respecto al origen de los virus y no parece posible, al menos al corto plazo,
dilucidar experimentalmente tal cuestin.

Dominios vivientes y organismos patgenos

Dominio Bacteria
Entre los agentes productores de enfermedad en el ser humano (bacterias patgenas),
podemos distinguir principalmente: la divisin Proteobacteria (antes llamadas bacterias
prpura), las llamadas bacterias Gram positivas o Firmicutes, las espiroquetas, las Chlamydias
y el grupo Cytophaga/Flexibacter/Bacteroides (CFB), (Tabla 1-1).
Tabla 1-1:

Principales grupos bacterianos de inters mdico.

Divisin o Phylum

Grupos o gneros representativas

Proteobacteria
( , , , y subdivisiones)

: Rickettsia, Brucella, Erlichia, etc.

: Neisseria
: Enterobacterias, Bacilos no fermentadores, Vibrios,
Legionella.
-: Helicobacter, Campilobacter

Gram positivos o Firmicutes

Alto
contenido
de
G+C:
Mycobacterium,
Corynebacterium, Nocardia, Gardnerella.
Bajo contenido de G+C: Estafilococos, estreptococos,
enterococos, clostridios, Listeria, Bacillus, Mycoplasma.

Espiroquetas

Treponema pallidum

Chlamydias

Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae

Grupo CFB

Bacteroides

1: Contenido Guanina y Citocina

En trminos generales, se puede decir que la gran mayora de las bacterias patgenas
del ser humano son unicelulares, y poseen tamaos entre 1-5 m. Su metabolismo es en
general quimio-rganotrofo y heterotrofo, pues la energa la obtienen de la oxidacin de

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Clasificacin de los microorganismos

compuestos orgnicos y derivan su carbono del mismo tipo de compuestos. La mayora crece
a una temperatura moderada entre 30-40 C, clasificndose por tanto como mesfilos Como
puede observarse en la tabla 1-1, la mayora de las bacterias patgenas se encuentra en dos
grandes grupos: Proteobacteria y Firmicutes. En general, la mayora de las Proteobacteria
posee una pared celular del tipo Gram negativa (ver detalles en captulo de morfologa y
estructura) y su morfologa corresponde a una forma alargada denominada bacilo. Algunos de
ellos poseen, excepcionalmente, una morfologa en espiral (Campylobacter y Helicobacter).
Los Firmicutes o bacterias Gram positivas poseen en general una gruesa pared celular y se
distinguen por teirse de violeta con la tincin de Gram. Sin embargo, una excepcin son los
mycoplasmas (ejs: Mycoplasma genitalium, M. pneumoniae, M. hominis y Ureaplasma spp.),
que pertenecen al mismo grupo y no poseen pared celular. Las espiroquetas poseen una
morfologa espiralada en forma de sacacorcho y su pared celular es semejante a la de las
Proteobacteria. Una de las espiroquetas ms conocidas es el agente causal de la sfilis,
conocida enfermedad de transmisin sexual, denominado Treponema pallidum. Las
Chlamidias son bacterias que no pueden sintetizar su propio ATP, siendo por ello
obligadamente parsitos intracelulares. Algunos patgenos importantes de este grupo son:
Chlamydia trachomatis (queratoconjuntivitis) y Chlamydia pneumoniae (patologa respiratoria
baja). Finalmente, los bacteroides del grupo CFB son importantes agentes etiolgicos de
patologa abdominal (ejemplo: abcesos postoperatorios).
Es importante mencionar tambin que las bacterias no slo existen como organismos
unicelulares, pues varios grupos se comportan como organismos pluricelulares complejos:
Streptomyces spp., Nocardia spp., Myxococcus spp., etc. Varias de estos grupos son
importantes productores de sustancias antibiticas con gran impacto mdico. En algn
momento se las consider parte de los hongos, fundamentalmente por su morfologa
filamentosa. Sin embargo hoy en da su pertenencia a los procariontes est demostrada.
Actualmente, gracias al estudio de la biodiversidad bacteriana se han descubierto varios
grupos bacterianos con caractersticas peculiares, por ejemplo: bacterias gigantes Gram
positivas de 600 x 80 m (Epulopiscium sp), nanobacterias de 20-50 nm de dimetro (posibles
patgenos de la subdivisin de las proteobacterias), bacterias que poseen una forma vivpara
de reproduccin (Metabacterium sp.), bacterias predadoras o carnvoras (Bdellovibrio sp.), etc.
Seguramente muchos nuevos descubrimientos surgirn en los prximos aos, pues cada vez
disponemos de ms mtodos y herramientas experimentales para investigar el fascinante e
increble micromundo bacteriano que slo recientemente nos est revelando sus ms
escondidos secretos.
Finalmente, se debe enfatizar que las bacterias patgenas conforman un grupo muy
reducido dentro de la enorme biodiversidad descrita actualmente para el dominio Bacteria (al
ao 2004 ya se han descrito 80 divisiones). Se debe recordar que la gran mayora de las
bacterias participan en ciclos geolgicos y naturales no teniendo por tanto relacin directa con
patologa. En general, las bacterias no deberan ser consideradas nuestras enemigas, sino ms
bien como nuestras camaradas de existencia en este planeta.
Dominio Eucaria
El dominio Eucaria comprende a todos los linajes microbianos constituidos por clulas
eucariticas. Histricamente estos correspondan a los llamados: reino Hongo, reino Animalia,
reino Plantae y reino Protozoa (llamados a veces Protista). Actualmente, se conserva a los 3

Mundo microbiano

primeros, mientras que el antiguo reino Protozoa, se fragmenta en mltiples reinos (10-20
segn los autores), tales como: Microsporidios, Diplomonadas, Apicomplexa, Alveolados,
Stramenopiles, Excavados, entre otros. Algunos protozoos patgenos para el ser humano
dentro del dominio Eucaria corresponden a: Giardia lamblia, Entamoeba histolitica,
Toxoplasma gondii, Trypanosoma cruzi, Plasmodium falciparum, etc. Se piensa que el grupo
de las Diplomonadas (por ej: Giardia lamblia) correspondera a los eucariontes ms arcaicos.
Este grupo carece de mitocondrias, cloroplastos y otros organelos subcelulares, por lo que se
cree que podra corresponder a una fase de la evolucin de los eucariontes previa a su
simbiosis con bacterias de vida libre del grupo proteobacterias (teora del origen
endosimbitico de mitocondrias y cloroplastos).
Por otra parte, algunos hongos patgenos para el ser humano son: Candida albicans y
Cryptococcus neoformans (ejemplos de levaduras u hongos unicelulares); y Microsporum y
Trichophyton (ejemplos de hongos filamentosos).
Finalmente tambin existen algunos integrantes del reino Animalia propiamente tal,
que se comportan como patgenos humanos, entre ellos varios helmintos del grupo de los
Nemtodos (gusanos redondos) y de los Platelmintos (gusanos planos).
Dominio Arquea
Finalmente, los microorganismos denominados actualmente arquea constituyen un
grupo taxonmico con caractersticas muy diferentes a las bacterias (Woese, 1987). Se puede
decir que en general no causan patologa, pero hay antecedentes de que algunos arquea
metanognicos podran estar asociados a cuadros causados por anaerobios en humanos (por
ejemplo: patologa gingival). Los arquea son procariontes, aunque evolutivamente se
encuentran ms cercanos a los eucariontes que a las bacterias. Su sistema de duplicacin del
ADN, su sistema transcripcional, su sistema traduccional, presentan grandes similitudes con
los sistemas eucariontes. Este hecho fue el que marc el quiebre fundamental con el
paradigma clsico, pues era inconcebible para la visin clsica que existiera un grupo de
procariontes ms cercanos evolutivamente a los eucariontes que a las bacterias (ver Fig 1-2).
El dominio Arquea esta constituido por dos reinos: Crenarqueota y Euryarqueota, aunque
ciertos organismos descubiertos recientemente perteneceran a un nuevo reino denominado
Korarqueota. A los crenotes o crenarqueotes tambin se los denomina eocitos (clulas del
alba) o termoacidfilos, por haber sido descubiertos en fuentes hidrotermales con condiciones
extremas de temperatura y acidez (ejemplo: geisers del Tatio o parque nacional de
Yellowstone en USA). Los euryotes o euryarqueotes estn conformados por una amplia
variedad de microorganismos, siendo los ms conocidos y mejor estudiados los llamados
metangenos (productores de metano) y tambin las haloarquea extremas (halfilas extremas).
Se pens en un principio que los arquea slo habitaban ambientes con condiciones extremas
de temperatura, acidez, salinidad, anaerobiosis, etc.; sin embargo hoy, gracias a los nuevos
estudios de ecologa molecular se ha demostrado que estos organismos se encuentran
ampliamente distribuidos en la bisfera: ocanos, suelos e incluso como simbiontes.
Particularmente, algunos arquea del grupo de los euryotes metanognicos conforma una parte
importante de la microbiota normal del intestino de mamferos (especialmente rumiantes),
incluido el ser humano.
Algunos investigadores piensan actualmente que el grupo evolutivo arqueano es el que
se asemeja ms fielmente al ancestro comn entre bacterias y eucariontes, correspondiendo a
una especie de eslabn perdido entre ambos grupos (tal eslabn es denominado cenancestro).

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Clasificacin de los microorganismos

Este cenancestro podra haber sido un organismo muy similar a los modernos procariontes o
un organismo en un estado evolutivo arcaico, denominndose en este caso progenote (aparato
gentico arcaico). Es una visin extendida, que los primeros organismos habran tenido un
genoma de ARN y que tan slo tardamente ste habra sido transformado en ADN. Los
mencionados progenotes podran haber posedo un genoma de ARN. A esta fase de la
evolucin biolgica se la denomina mundo del ARN (RNA world). El descubrimiento de los
arquea estimul fuertemente el estudio de las relaciones evolutivas entre los microorganismos
y actualmente existen varios grupos en el mundo dedicados a este tema.
En la actualidad, se estima que slo conocemos entre el 5-10% de los microorganismos
existentes, pues la gran mayora no es posible de cultivar por procedimientos convencionales y
por tanto no es posible su estudio. De esta minora que conocemos, la mayor parte
corresponde a bacterias patgenas (de gran importancia para el ser humano, por razones
obvias, pero probablemente una minora dentro de la diversidad microbiana total). Este hecho,
tiene consecuencias profundas sobre nuestro conocimiento biolgico, pues significa que esta
ciencia se sustenta en el conocimiento adquirido a partir de un conjunto mnimo y adems no
representativo de organismos. Seguramente, en un futuro no lejano, una plyade de nuevos
fenmenos sern descubiertos que probablemente no sean contradictorios con el conocimiento
biolgico actual. Sin embargo, su magnitud puede ser tal que nuestra visin global de la
biologa podra ampliarse sustancialmente. Como expres el gran filsofo Herclito de Efeso:
todo fluye. As ocurre tambin con la biologa y especialmente con la microbiologa.

BIBLIOGRAFA
Madigan, M.T., Martinko, J.M., and Parker, J. 2004. Brock Biologa de los
microorganismos. 10 edicin en espaol, Pearson Educacin S.A., Madrid.
Bruce Alberts,Alexander Johnson,Julian Lewis,Martin Raff,Keith Roberts,Peter Walter.
2002. Molecular Biology of the Cell 4 edition, Garland Science Publishers.
Delsuc F., Brinkmann H., and Philippe H. 2005. Phylogenomics and the reconstruction of
the tree of life. Nature Reviews Genetics 6:361-375.
Rivera M.C. and Lake J.A. 2004. The ring of life provides evidence for a genome fusion
origin of eukaryotes. Nature 431:152-155.
Woese CR, Kandler O and Wheelis ML. 1990. Towards a natural system of organisms:
Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. USA
87:4576-4579.
Didier Raoult, Stephane Audic, Catherine Robert, Chantal Abergel, Patricia Renesto,1
Hiroyuki Ogata, Bernard La Scola, Marie Suzan, Jean-Michel Claverie. 2004. The 1.2megabase genome sequence of Mimivirus. Science 306:1344-1350.