Professional Documents
Culture Documents
ReglajulexprimriigenelorlaPK
1 Principiigenerale
REGLAJULEXPRIMRIIGENELOR
Exprimareagenelorpresupuneunfluxdeinformaiegenetic
gen
(ADN)
transcriere
genetic
transcript primar
(ARN)
procesarea
transcriptului
ARN mesager
ARN ribozomal
ARN de transfer
ARN antisens
traducerea
informatiei
genetice
peptid
PK1speciemoleculardeARNpol/celul
EK3speciimolecularedeARNpol/celul
PrinTG sesintetizeazatoatetipuriledeARNpropriicelulelor:ARNm,ARNr,ARNt,ARNhn
moleculaARNrezultat printranscriere,naintedeoricealt procesare, senumetetranscriptprimar
ncelule,moleculeleARNsuntsintetizatepebazdecomplementaritate,folosinddreptmatriocatenADN
NucleotidepecatenaADNmatri
NucleotidepecatenaARNtranscript
G
C
T
A
C
G
A
U
ncontrastcuADNpolimerazele,ARNpolimerazelenunecesitprimer,potataaiprimulnucleotiddepecatenanou
Transcriereageneticsedesfoarnbucladetranscriere zonundedesfacedublulhelixADN
3
5
bucldetranscriere
ARNtranscript
nurmneataatlamatriaADNpetoatlungimeaei,
cidoarpeunsegmentscurt,de~15nucleotide
CatenaARNcesesintetizeazprintranscriere
restulmoleculeiARNiese dinhibridulARN:ADN
3
5
bucldetranscriere
ARNtranscript
3
3
ARNtranscript
bucldetranscriere
ADN
5
3
bucl de transcriere
3
5
ARN transcript
ADN
3
5
ARN transcript
nansamblu,deiprocesuldetranscriereestesuficientdecorect
(corectitudineasereferlacomplementaritatearibonucleotidelordincatenaARN fadedeoxiribonucleotidele
dedeoxiribonucleotidele
dinmatriaADN),
estetotuimaipuinacuratdectprocesuldereplicare.
Mecanismeledeproofreadingsuntmaipuineficiententranscriere,comparativcureplicare
Transcriere 1nucleotidgreit /10.000nucleotide
Replicare 1nucleotidgreit /10milioanenucleotide
nreplicareestecopiattotgenomul
ntranscriereestecopiatinformaiadoardepeosingurcatenADN,idoardinanumiteregiuniADN,denumitegene
Gen=regiunedinADNacreiinformaieestecopiatnARN
ORF=OpenReadingFrame=cadrudeschiscitirii=zonADNceestetranscris
G E N
Zon din ADN care codific pentru o protein / ARN
Zon din ADN creia i corespunde o copie ARN
N
R
A
Promotor
l
po
Terminator
O zon din ADN cuprins ntre un promotor i un terminator poart numele de unitate de transcriere
Catena folosit ca matri ptr sinteza unui transcript este complementar cu el i = caten antisens
Catena ne-matri este denumit caten codificatoare sau caten sens
TranscriereancepedelaunPROMOTOR iseterminlaunTERMINATOR
LaEKfiecaregenareunpromotori,respectiv,unterminator.
LaPK,unelegeneaupromotoriterminator,altegenenuaupromotorpropriu(sunttranscrisemaimultegene
porninddelaunacelaipromotor)
PeoaceeaimoleculADN,unelegenesunttranscrisefolosindocatendreptmatri,iaraltegenesunttranscrise
araltegenesunttranscrise
folosindcealaltcatenacamatri.
AcestlucruestedeterminatdemodulncareseaeazADNpolpemoleculaADN
CaiADNpolimerazele,iARNpolimerazelesintetizeazlegturilefosfodiestericedincatenanoundirectia5 3.
ncazulprocesuluidetranscriere,funciedeorientareaARNpolimerazei,estecititunasaucealaltdinceledou
catenealemoleculeiADN
ARNpol
5
Promotor
catenaantisens
5
3
5
transcriptARN
5
3
transcriptARN
ARNpol
3
catenaantisens
rotomorP
Conveniiinternaionaledenotare
OriceregiuneADNdccusecvencunoscutsepoatelistadoarpeosingurcaten,
cealaltfiindcunoscutprincomplementaritate
Astfel,sescriedoarsecvenacatenei5 3,deex.:5ATTGCCAATGGA3
Maimultchiar,defoartemulteorinusemaiscriuicifrele5,3
PentrufiecareregiuneADNtranscris,nucleotidelesenumeroteazastfel:
gena2
-4 -3
-2 -1 +1 +2 +3 +4 +5 .....
..... +5 +4 +3 +2 +1 -1 -2
-3
gena1
situs
START
+1 PrimulnucleotiddincatenaADNmatricareestecititicreiaicorespundeprimul
nucleotidntranscriptulARN;acestprimnucleotidcititmaiestenumitiSITUSSTART
+2...+n
1...n
UrmtoarelenucleotidedincatenaADNmatricitite,aflatenaval(downstream))
fadeprimulnucleotidcitit
Nucleotideledepecatenamatriaflatenamonte(upstream)fadecadruldecitire,,
importanteptrgenaconsiderat
LaEK,majoritateageneloraupromotorpropriuisunttranscrisenunitidistincte,procesulfiinddenumit
transcrieremonocistronic
LaPK,unelegene(maialescelereglatoare)aupromotorpropiu isunttranscriseprinTmonocistronic;
foartemultegenens,nuauPpropriu,cisuntcotranscriseprintranscrierepolicistronic
Ounitateadetranscriere=1gen
Transcrieremonocistronic
(A)Transcrieremonocistronic
genaA
transcriere
3 ARNtranscript
monocistronic
5
traducere
unsingur
polipeptid
Ounitateadetranscriere=maimulte gene
Transcrierepolicistronic
(B)Transcrierepolicistronic
genaB
gena C
genaD
transcriere
3
5
traducere
C
maimultepolipeptide
ARNtranscript
policistronic
ARNpolimeraze
=enzimecesintetizeazmoleculeARN,prinformarealegturilorfosfodiestericentreribonucleotide,ndirecie5 3
SpredeosebiredeADNpolimeraze,ARNpolimerazeleNUnecesitprimer potataaiprimulnucleotid
SeataeazlamoleculaADN,lasecvenedetipPROMOTOR
PK
ARNpolimerazadelaPK
1singurspeciemoleculardeARNpolimeraz ~7000molecule/celul
(alpha)
beta)
betaprim)
(sigma)
asamblareasubunitilorARNpolimerazei
seataeazlaregiuneaUPdinpromotori(CTD) =
funcioneazcadimer
CTD(carboxy
(carboxyterminal
terminaldomain)
linkerflexibil
NTD(amino
(aminoterminal
terminaldomain)
formarealegturilorfosfodiestericedintreribonucleotide
vezislide
vezislideulurmtor
afinitatechimicptrADN,seataeazsitusnespecific
recunoatespecificregiunilepromotor(secvenelecelor2hexameri)iseataeazlaele
desfacedublulhelixADN,frinterveniahelicazei
dupterminareafazeideiniiereatranscrierii,sedesprinde,
iarrestulsubunitilordesfaoarelongareaiterminareatranscrierii
EtapeletranscrieriigeneticelaPK
ncepedelaregiuninumitePROMOTORI
AttlaPK,ctilaEK,uncicludeTG
continuisedesfoarperegiunideschisecitirii
seterminnregiuninumiteTERMINATORI
Latoatetipuriledeorganisme,uncicludetranscriereesteformatdin3etape:iniiere,elongare,terminare
IniiereatranscrieriilaPK
Regiunilepromotor=regiuniundeataeazARNpolimerazelei,respectiv,
undearelocdeschidereadubluluihelixADN
undeseformeazbucladetranscriere
StructurapromotorilorlaPKincludesecveneconsensus,recunoscutedesubunitialeARNpolimerazelor
Start
SitusulUP
UP
30
3060b
//
Hexamerul
Hexamerul35
5TTGACA3
15
1520b
Hexamerul
Hexamerul10
5TATAAT3
510b
StructurapromotorilorlaPK
LaPKsecveneleconsensusrecunoscutedesubunitialeARNpolsunt:
hexamerul35=osecvenhexameric(formatdin6pb)localizatnpoziia35 TTGACA
recunoscutde
hexamerul10=osecvenhexameric(formatdin6pb)localizatnpoziia10 TATAAT
recunoscutde
situsulUP=osecvende~20pb,culocalizarevariabil40...80pbdesitusul+1
recunoscutdeCTD
SchemaARNpolimerazeidelaprocarioteiataarea acesteialaregiunipromotor
LaPK,iniiereatranscrieriisedesfoarn3stadii:
Promotornchis I /PromotornchisII/Promotordeschis
I.ARNpolimeraza,respectiv,subunitatea,seataeazlahexamerul35
II.ARNpolseaeazpeADN,cuprinzndul;seataeazilahex10
Darcei2hexamerinusuntorientaioptimfadesitusuriledeataarela
Ptraseataastabillacei2hexameri,distorsioneazmoleculaADN
Caurmare,ADNulestecurbatitorsionatntrecei2hexameri
PromotornchisI
PromotornchisII
III.Tensiuneatorsionalesteeliberatprindeschidereadubluluihelix, 1520pb,
regiunececuprindeisitusulstart+1;
seformeazastfelbucladetranscriere
Promotordeschis
Laorganismeleprocariote,primulribonucleotidataatntranscriptesteATP/GTP
Dupsintezaa810ribonucleotide,sedesprindedincomplex,miezulenzimeiARNpolimerazdesfoarn
continuaresingurreaciadepolimerizare,cuformarealegturilorfosfodiestericedintreribonucleotide.
ElongaretrasncrieriilaPK
MoleculadeARNcretendirecia 5 3,reaciafiindcatalizatdesubunitatea
bucladetranscrieresedeplaseazpemoleculadeADN
transcriptulARNnuestemeninutnhibridpetoatlungimealui,cidoarpeaprox.12b
DupceARNpolatrecutderegiuneapromotor,acestasenchide,iarlaelsepoateataaoaltmoleculdeARNpol
ARNpoldelaE.coliareoratdepolimerizaredeaprox.3040nucleotide/secundla37oC
nfazadeelongare, ARNpoldelaPKdesfoar iactivitatedeproofreading,prin2mecanisme:
editarepirofosforolitic
editarehidrolitic
:ARNpolndeprteazunribonucleotidncorporatincorect
:ARNpolsedeplaseaznapoipetranscriptcuunulsaumaimulte
ribonucleotide,taieoporiunedetranscript,ndeprteazregiuneacu
ndeprteazregiuneacu
eroareireiaapoiprocesuldesintez;naceastreacie,ARNpoleste
RNpoleste
asistatdeproteina Gre
ntranscriereamultorgenedelaPK,netapadeelongareparticipunsetdeproteinecuroldefactoride
elongaie,dintrecarecelmaiimportantesteproteinaNusG,carecre
teprocesivitateaARNpolimerazei(rol
NusG
similarcucelalpeptidului slidingclamp nprocesuldereplicare).
ADN
5
3
bucl de transcriere
3
5
ARN transcript
ADN
3
5
ARN transcript
TerminareatranscrieriilaPK
ARNpolimerazasedeplaseazpemoleculaADNitranscriepnajungeinregiuneaunuiterminator.
OsecvenADNdetipterminatoresteformatdin:
2copiipoliGCrepetateinvers,ceprezintcomplementaritateintracatenar
410adenine,ceformeazunaanumitsemnaldeterminare;
legturiledeH dintreAdepematriaADN iU depetranscriptulARNsuntextremdeslabe
nmoleculadeARN regiuneaformatdincele2copiipoliGC ostructurnacdepr(hairpin)
careblocheaznaintareaARNpol
ARNpolstaioneaz
LegturiledeHdinregiuneahibridA...Usuntinstabile
transcriptulesteexpulzatdinbucladetranscriere
bucla senchide
i
ARNpolimerazasedeprindedepemoleculaADN
nacestmodesteterminattranscriereagenetic.
Seconstatdecic,deiregiunileterminatorsuntdefinitepemoleculaADN,funciadeterminareatranscrieriio
iadeterminareatranscrieriio
aretranscriptulARN
Funciedegraduldecomplementaritateintracatenar,laPKaufostdescrisedouclasedeterminatori :
terminatoriRhoindependeni
complementaritateaintracatenaresteperfect
structurahairpinestestabilfrinterveniavreuneiproteine
5 ..
Structur
Structurnac
nacde
depr,curol
pr,curoln
terminareatranscrieriigenetice
terminatoriRhodependeni
celedoucopiipoliGCnuprezintocomplementaritateintracatenarperfect
structurahairpinesteinstabil stabilizatde proteinaRho
(delaliteragreceascr)
5 ..
ProteinaRho
.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C
U U U U U U U 3
. C
G .
.
G . C
. C
G .
. C
A .
. C
G .
. U
G .
. C
G .
U U U U U U U 3
Operoni
ncazulorganismelorprocarioteoseriedegenenuaupromotorpropriu,cisuntcotranscrisepornind
delaunacelaipromotor(transcrierepolicistronic).Exprimareagenelortranscrisepolicistroniceste
astfelreglatunitar.Asemeneaunitideexprimaregenicpoartnumeledeoperoni.
ngeneral,chiarilaorganismeledetipprocariot,proceseledereglajgenetic nusuntdetipcalitativ(on/off),
ci de tip cantitativ, reglnduse rata de transcriere a unei gene sau mai multor gene per unitate de timp. n
ansamblu,mecanismeledereglajgeneticaulabazinteraciuni ntreanumiteregiunidinmoleculadeADN i
altemolecule,nmajoritateacazurilorproteine,dariARN.
estereglatRATA deexprimareagenelor
reglajulgeneticestedetipcantitativ(inudetipcalitativ)
expresiagenelorpresupunemaimulteetape,primaesteetapadetranscrieregenetic
laPKexist1singurspeciemoleculardeARNpol/celul
ARNpol=4tipuridesubuniti
Interaciuneadintre ADN
reglajgenetic
transcrietoatetipuriledegene
2 ,seataeazlaP
proteine/ARN
cei2hexameri,35i10
UP
CTD
reglajgenetic
pozitiv
ataareastrns aARNpollaP
activareatranscrierii,
creterearateidetranscriere
negativ
mpiedicareaatariiARNpollaP
inhibareatranscrierii,
scderearateidetranscriere
Maj.genelorsuntreglateattprinmecanismepozitive,ctinegative
LaPKadaptarearapidlaschimbridemediu
schimbrimetabolicerapide
OPERON
reglajrapidal
exprimriimultorgene
OPERON
genestructurale
genereglatoare
secvenereglatoare
secv.regl.duale
genreglatoare
genaR
genestructurale
genaA
transcriere
monocistronic secv.regl.derepresie
(operatori)
gena B
genaC
transcrierepolicistronic
secv.regl.deactivare
Funciedetipuldereglajgenetic,operoniiseclasificn:
operoniinductibili exprimainprezenaunormecanisme/moleculeinductoare;reglajpozitiv
(nusuntexprimaiconstitutiv)
operonirepresibili exprimaiconstitutivfr mecanisme/moleculeactivatoare; reglajnegativ,derepresie
Maj. operonilorbacterienisuntreglaiattprinmecanismedeactivare,ctiderepresie
represiageneticnuesteniciodattotal
niveledereglajgenetic
reglajpeogen
reglajpeoperon
reglajpereguloni
reglajpestimulon
reglajglobal
operoniisuntexprimaichiarinstarerepresat,
darcuoratminim(diferfunciedeoperon)
MECANISMEDEREGLAJGENETICGLOBALLAPK
(a)cuajutorulsubunitii aARNpolimerazei
recunoateregiuneaUPdinstructurapromotoriloriseataeazsitusspecificlaea
funciedesecvenadenucleotidedinUP,CTDseataeazsuficientdestrns,
frinterveniavreuneialteproteine;estecazuloperonilorputernici(deex.operoniirrn ARNriARNt),
careauoratridicatdetranscrierenmodconstitutiv
acolounderegiuneaUPnuaresecvenaperfect,ataareasubunitiiCTDesteajutatdealteproteine
(b)reglajgeneticglobalcuajutorulsubunitatii aARNpolimerazei
dintrecele4subunitialeARNpol,subunitateaesteceacareasigurspecificitateadeataarelaP
afirmaiacf.creianfiecarecelulbacterianexistosingurspeciemoleculardeARNpol
este,defapt,adevratptrsubunitile, i
nfiecarecelulPKexistmaimultespeciimolecularedesubunitate
fiecarespeciemolecularde recunoateiseataeazlaaltesecvenedenucleotidedinhexamerii35i10
(nutoipromotoriiauaceleainucleotidencei2hexameri)
fiecarespeciemoleculardeestefolositndiversecondiiidemediu,funciedeceseturidegenetrebuietranscris
Celemaiimportantespeciimolecularedesubunitate laE.coli
Secvenerecunoscuten:
Notaie
g.m.
[KDa]
Gen
codificatoare
Condiiidemediu
70
70
rpoD
Condiiigenerale;asigur
funcionareanormalacelulei
TTGACA
TATAAT
32
32
rpoH
octermic
TCTCNCCCTTGAA
CCCCATNTA
60/54
60
rpoN
CantitiinsuficientedeN
CTGGNA
TTGCA
24
24
octermicextrem
hex35
hex10
(c)reglajgeneticbazatpeproteinaactivatorCAP
ProteinaCAP(CAP=CataboliteActivatorProteinsauCRP=CataboliteReceptorProtein)
g.m.=~22500Da;structurdetiphelixturnhelix (HTH);funcioneazcadimer 45000Da
seataeazlaADN,situsspecific,laosecvende22bp(5AAATGTGATCTAGATCACATTT3)
permitecelulelorPKsfoloseascsursealternativedecarbon,atuncicndnmediunuexist/ numaiexistglucoz
CAParedoudomenii
captulNH2terminal:arecapacitateaslegecAMP
captulCOOH:recunoatesecvenaspecificdinmoleculaADNiseataeazlaaceasta
COOH
NH2
cAMP
domeniudelegarelaADN
CnddomeniulaminoaldimeruluiCAPleag activareadomeniuluicarboxi
prinmodificareaconformaieistericeaacestuia,
permindataarealaADNntromaniersitusspecific
ataareaCAPlaADN curbareaADNcu90
PopovychNetal.PNAS2009;106:69276932
MecanismulprincareproteinaCAPactiveaztranscrierea
situsuriledeataareaCAPseaflnregiuniledetipP,lngsecventeleUP
CAPsepoateataailaCTD,favorizndlegareaacestuialaregiuniUPcusecvenimperfect
(situaientlnitlaoperoniiimplicainmetabolizareaunoraltesursedecarbonnafarde
glucoz lactoz,arabinoz,maltoz,xilozetc)
OperoniiactivaideCAPsempartn3 grupe :
operonidinclasaI : situsulptr CAPestenamontefadesitusulUP
activareaarelocatuncicndproteinaCAPataeazceledousubunitiCTD
operonidinclasaII : situsulptrCAPesten avalfadeUP(ntreUPihexamerul35)
activareaareloccndCAPleagiCTDi
operonidinclasaIII : situsulptrCAPesten avalfadeUP(ntreUPihexamerul35)
situsulUParesecvenperfect iaCTDseleagsingurlaUP
activareaareloccndCAPleagsubunitatea
CAP
A.
(-62)
-CTD
(-45)
-CTD
(-63)
B.
CAP
(-42)
nfigursuntreprezentatedoarprimele2clasedeoperoni