LAPORAN PRAKTIKUM PENGANTAR KIMIA MEDISINAL

SEMESTER GANJIL 2015 - 2016

MOLECULAR DOCKING

Hari / Jam Praktikum

: Selasa / 07.00 10.00

Tanggal Praktikum

: 7 Desember 2015

Asisten

: Intan Merita
Muhammad Jajuli

MAULIDINA ATHADI GAYO

260110150157

LABORATORIUM KIMIA MEDISINAL

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS PADJADJARAN
JATINANGOR
2015

I.

Tujuan
Menentukan besarnya energy bebas (G) dan interaksi yang terjadi antara
kompleks ligand-protein hasil docking

II.

Prinsip
1. Molecular Docking
Docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang lebih
diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk
membentuk kompleks yang stabil(Mukesh & Rakesh, 2011)

III.

Teori Dasar
Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi
yang bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein
yang menjadi targetnya pada uji in-vitro (Motiejunas & Wade, 2006). Di dalam
penambatan molekul, molekul ligan ditambatkan pada situs aktif atau situs
tambat dari suatu protein yang sedang diam (statik), dengan menyertakan
molekul ko-faktor dan / atau H2O di dalamnya atau tidak. Dari sini, diperoleh
data mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan itu di dalam situs aktif atau situs
tambat tersebut. Dari data ini, dapat disimpulkan gugus-gugus fungsional ligan
yang penting untuk interaksinya, sehingga tidak boleh dihilangkan, dan gugusgugus fungsionalnya yang dapat ditingkatkan kekuatan interaksinya. Informasi
ini menjadi petunjuk untuk modifikasi ligan tersebut. Dengan adanya petunjuk
tersebut, modifikasi ligan dan uji in-vitro turunan-turunannya dapat
berlangsung secara efisien(Putra, 2014)
Dalam bidang pemodelan molekul, docking adqalah metode untuk
memprediksi orientasi yang lebih diutamakan dari suatu molekul ketika terikat
satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Informasi tentang

orientasi ini dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau

afinitas ikatan antara dua molekul yang digunakan misalnya fungsi penilaian.
Hubungan antara molekul biologis yang relevan seperti protein, asam nukleat,
karbohidrat, dan lipid memainkan peran sentral dalam transduksi sinyal.
Selanjutnya, orientasi relative dari dua pasangan yang berinteraksi dapat
mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan. Oleh karena itu docking berguna
untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan. Docking
sering digunakan untuk memprediksi orientasi ikatan kandidat obat bermolekul
kecil terhadap target proteinnya untuk memprediksi afinitas dan aktivitas
molekul kecil. Maka docking memainkan peran penting dalam desain obat
secara rasional(Mukesh & Rakesh, 2011)
Interaksi ligan dengan protein di atas terjadi hanya apabila terdapat
kecocokan (fit) bentuk dan volume di antara molekul ligan dan situs aktif atau
situs tambat protein tersebut (Motiejunas & Wade, 2006). Selain itu, gugusgugus fungsional pada molekul ligan itu harus berada pada posisi yang
memadai dari asam-asam amino yang menjadi pasangannya pada situs aktif
atau situs tambat tersebut (Schneider & Baringhaus, 2008)
Jadi, kecocokan di antara molekul ligan dan situs aktif atau situs tambat
proteinnya adalah demikian spesifik, bagaikan kecocokan lubang kunci dengan
anak kuncinya (lock-and-key) (Motiejunas & Wade, 2006). Untuk menuju
kecocokan ini, situs aktif atau situs tambat mendesak (menginduksi)
pengubahan konformasi ligan (Foloppe & Chen, 2009; Motiejunas & Wade,
2006). Bersama dengan pengubahan konformasi tersebut, dibebaskanlah
sejumlah energi yang dinamakan energi Gibbs penambatan (Gbind)
(Schneider & Baringhaus, 2008). Pada penambatan molekul, energi terendah
yang dibebaskan oleh ligan dianggap sebagai Gbind tersebut.
Pada saat kecocokan di atas tercapai, maka konformasi yang dianut oleh
molekul ligan dinamakan konformasi bioaktif (Schneider & Baringhaus, 2008).

Sedangkan, rangkaian posisi gugus fungsional yang penting dari ligan pada
konformasi bioaktif itu dinamakan farmakofor (Alvarez & Shoichet, 2005).
Kelebihan metode pemodelan molekul (molecular docking) adalah
dapat digunakan untuk memprediksi aktivitas suatu senyawa sebelum
dilakukan sintesis sehingga mengurangi penggunaan pelarut dan bahan bahan
kimia yang dapat mencemari lingkungan. Ada beberapa program komputer
yang dapat digunakan untuk molecular docking. Ada yang berbasis linux
seperti Autodock Vina, dan ada yang berbasis windows seperti Autodock,
ArgusLab, Lead it, Molegro Virtual Docker (MVD), ChemOffice Ultra,
Hypercam, Accelrys, Discovery Studio, Molecular Operating Environment
(MOE), Maestro Schrodinger, SYBYL dan lainlain (OBoyle et al., 2011).

IV.

Alat dan Bahan

4.1.Alat
a. Komputer
4.2.Bahan
a. Software
4.3.Gambar alat

V.

Prosedur
6.1. Persiapan Reseptor

Persiapan reseptor dilakukan dengan mengunduh protein yang diinginkan yaitu

2XDE dengan mendownloadnya di situs Protein Data Bank (PDB). Kemudian
protein dengan ligand dipisahkan dengan menggunakan program YASARA.
Untuk menjalankan program ini pertama tama dilakukan dengan dibuka
program YASARA. Kemudian upload file protein yang telah disimpang dalam
bentuk 2XDE.pdb. Kemudian tampilan molekul disederhanakan dengan dipilih
jenis visualisasi. Kemudian, dihilangkan ligan standard dengan kode (DEX)
dan kemudian disimpan dalam bentuk protein.mol2. Kemudian struktur
molekul protein dengan menambahkan atom hidrogen dan kollman charges
dengan menggunakan program AutoDock Tools.

6.2. Persiapan Ligand

Persiapan ligan dipersiapkan dengan dipisahnya ligan Dexamethasone (DEX)
dari file protein 2XDE.pdb dengan digunakan program YASARA dengan
prosedur sebagai berikut: (1) Upload file protein 2XDE.pdb, (2) Kemudian
tampilan molekul disederhanakan dengan memilih jenis visualisasi, (3)
Dilakukan penghilangan protein supaya tersisa ligand an disimpan format file
dengan nama ligand.mol2. Kemudian struktur ligand diperbaiki dengan
menambahkan atom hidrogen, geistger charges, dan parameter torsi dengan
menggunakan program AutoDock Tools.

6.3. Proses Docking

Proses docking dilakukan dengan ditentukan koordinat dan luas area kantung
aktif dari protein 3GN8 dengan AutoDock Tools dengan prosedur sebagai
berikut:(1) Membuka protein hasil persiapan kemudian (2) Diatur spacing
(angstrom) menjadi 1000 (3) kemudian diatur dimensi dan koordinat grid box
sehingga didapatkan koordinat kantung aktif yang siap disisipi ligand.

6.4. Analisis Hasil Docking

Analisis hasil docking dilakukan dengan menentukan konformasi yang terbaik
dengan melihat RMSD yang valid dengan batasan nilai 2. Kemudian dicatat
energi bebas ikatan dan analisis interaksi protein dan ligand menggunakan
AutoDock Tools.

VI.

Data Pengamatan
No

Perlakuan

Hasil

.
1.

Didownload
protein

file File terdownload

(2XDE)

dengan format file

pdb

pada

situs

pdb.org
2.

File

tersebut

dibuka

pada

aplikasi yasarah
3.

Dipisahkan ligand Ligand dan protein terpisah

dan

proteinnya

dengan yasara
4.

Diubah format file Format file menjadi mol2

ligand dan protein
menjadi mol2

5.

Ditambahkan
muatan

Ligand dan protein terisi muatan

pada

ligand dan protein

6.

Diubah format file Format file menjadi .pdbqt

ligand dan protein

menjadi pdb lagi

dengan format file
.pdbqt
7.

Titik

koordinat X= 0,868; Y= 3,086; Z= 19,48

ditentukan

8.

Ditentukan

nilai Nilai RMS yang terbaik adalah pada vina 3 yaitu

RMS

sebesar 0,905

(menunjukkan
nilai
afinitas[efektifitas
] interaksi)

VII.

Pembahasan
Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk
mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Molecular
docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang
lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil. (Funkhouser, 2007).
Fokus penambatan molekul untuk mensimulasikan secara komputasi
proses pengenalan molekul. Tujuan dari penambatan molekul adalah untuk

mencapai konformasi yang optimal untuk kedua protein dan ligan serra
orientasi relative antara protein dan ligan sehingga energy bebas dari sistem
secara keseluruhan diminimalkan. Proses komputasi mencari ligan yang cocok
baik secara geometris dan energy ke situs protein ini disebut penambatan
molekul. Penambatan molekul membantu dalam mempelajari obat/ ligan atau
interaksi reseptor/ protein dengan mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada
protein, mendapatkan geommetri terbaik dari ligan-kompleks reseptor, dan
menghitung energy interaksi dari ligan yang berbeda untuk merancang ligand
yang lebih efektif(Mukesh & Rakesh, 2011).
Untuk melakukan penambatan syarat pertama adalah menentukan
protein yang dikehendaki. Untuk mencari struktur protein nya dapat
didownload di pdb.org dengan memasukkan kode protein yang diinginkan. Kali
ini, protein yang digunakan adalah protein HIV-1 dengan kode 2XDE.
Kemudian pada pdb.org kode protein 2XDE didownload dalam format file
PDB. Molecular docking dilakukan untuk menguji interaksi antara ligand
dengan proteinnya. Karena protein yang ada didalam pdb.org semua ligand
sudah terikat pada reseptornya maka terlebih dahulu ligand dan protein
dipisahkan dengan menggunakan aplikasi yasara. Barulah setelah itu
digabungkan kembali dengan ditambah muatan kepada masing masing ligand
dan proteinnya. Keberhasilan program docking tergantung pada dua
komponen: pencarian algoritma dan fungsi scoring(Mukesh & Rakesh, 2011).
Fungsi scoring dapat memprediksi afinitas ikatan antara makromolekul
dengan ligand. Identifikasi ini didasarkan pada beberapa teori seperti teori
energy bebas gibbs. Nilai energy bebas gibbs yang kecil menunjukkan bahwa
konformasi yang terbentuk adalah stabil, sedangkan nilai energy bebas gibbs
yang besar menunjukkan tidak stabilnya kompleks yang terbentuk. Sedangkan
penggunaan algoritma berperan dalam penentuan konformasi(docking pose)
yang paling stabil dari pembentukan kompleks(Funkhouser, 2007).

Setelah langkah penyiapan protein dan ligand yang akan didocking

selesai, maka dilanjutkan dengan penambatan molekul dengan autodock Vina.
Yang pertama kali dilakukan adalah menyalin file protein dan ligand berformat
.pdbqt yang artinya ligand dan protein sudah terisi muatan dan setelah itu
ditenyukan titik koordinatnya yaitu X = 0,868; Y= 3,086; dan Z=19,48.
Analisa hasil penambatan molekul pada praktikum ini meliputi nilai G
dan Root Mean Square(RMS). Konformasi masing masing ligand hasil docking
diperingkatkan berdasarkan nilai G dari yang terkecil sampai yang tersbesar.
RMSD merupakan nilai yang digunakan untuk menentukukan apakah
prediksi mous ikatan tersebut berhasil dan penting untuk validasi program
docking. Nilai RMSD dikatakan baik jika lebih kurang atau sama dengan 2 .
Dengan penyimpangan yang semakin besar, semakin besar kesalahan pada
prediksi

interaksi

ligand

dengan

protein.

RMSD merupakan nilai penyimpangan antara satu konformasi ligand dengan

pembandingnya. Nilai RMSD yang diperoleh dari penambatan masing masing
ligand pada konformasi terbaik adalah 0. Hal ini dikarenakan vina
membandingkan nilai masing masing konformasi dengan nilai konformasi

terbaiknya. Sehingga konfomasi pertama pada masing masing ligand

membandingkan nilai konformasi dengan dirinya sebagai konformasi terbaik.
Dalam praktikum kali ini diperoleh nilai RMS terbaik pada vina 3 yakni
sebesar 0,905. Ini menunjukkan bahwa interaksi antara ligand dengan protein
reseptornya baik

VIII.

Kesimpulan
Dapat menentukan besarnya energy bebas gibbs(G) dan interaksi yang terjadi
antara kompleks ligand-protein hasil docking

Daftar Pustaka
Alvarez, J., & Shoichet, B. (Eds.). (2005). Virtual Screening in Drug
Discovery. Taylor and Francis.
Funkhouser, T. 2007. Protein-Ligand Docking Methods. New Jersey: Princeton
University
Foloppe, N., & Chen, I.-J. (2009). Conformational Sampling and Energetics
of Drug-like Molecules. Current Medicinal Chemistry, 16, 3381-3413.
Motiejunas, D., & Wade, R. (2006). Structural, Energetics, and Dynamic
Aspects of Ligand-Receptor Interactions. In J. B. Taylor & D. J.
Mukesh & Rakesh. 2011. Molecular Docking: A Review. IJRAP
OBoyle, N., Banck, M., James, C., Morley, C., van der Meersch, T., &
Hutchison, G. R. (2011). Open Babel: An Open Chemical Toolbox.
Journal of Cheminformatics. 3(33).
Putra, A. M. J. 2014. Penambatan molekul (molecular docking) dengan
metode

komputasi.

Diakses

http://www.komputasi.lipi.go.id/utama.cgi?artikel&1392438295

pada

Schneider, G., & Baringhaus, K.-H. (2008). Molecular Design: Concepts and
Applications. WILEY-VCH.