Los AFLP consisten en la digestin completa del ADN genmico total con

enzimas de restriccin, seguido de la amplificacin selectiva de los

fragmentos obtenidos para detectar polimorfismos debidos a mutaciones en
la secuencia de ADN en, o cerca de los sitios de restriccin. Los
polimorfismos se detectan por electroforesis como un patrn de fragmentos
de ADN amplificados que difieren en nmero y tamao, este patrn es
altamente especfico y debido a las restricciones de la tcnica es altamente
reproducible.
Los polimorfismos en la longitud de fragmentos amplificados, pertenecen al
grupo de marcadores moleculares multi-locus que permiten analizar
regiones de ADN distribuidas en todo el genoma sin tener un conocimiento
previo de este.
Marc Zabeau de la compaa Dutch KeygDene, desarroll la tcnica, pero
Vos et al. 1995 la publicaron por primera vez con la finalidad de detectar
fragmentos de restriccin por medio de la amplificacin por PCR y generar
huellas gnicas
Sin embargo su uso se ampla a diversas reas de investigacin en 196
cuando Powell et al sugirieron que los AFLP proporcionan altos niveles de
resolucin y permiten la delimitacin de estructuras genticas complejas
El desarrollo de la tcnica combina tres pasos principales:
1) La digestin del ADN genmico total con dos enzimas de restriccin,
una de corte raro y una de corte frecuente, generalmente se utilizan
MseI, que reconoce y corta 4 pares de bases y EcoRI, que reconoce y
corta 6 pb dentro de una secuencia.
2) La unin de secuencias especificas adaptadores a los bordes de los
fragmentos generados por restriccin. En este paso, se generan
extremos con una secuencia conocida que permitir que el frgmento
sea amplificado mediante PCR.
3) Dos reacciones de PCR, la primera, conocida como amplificacin
preselectiva, se lleva a cabo con iniciadores que corresponden a la
secuencia especfica del adaptador que se uni a los bordes digeridos
ms un nucletido extra (A,G,C o T) en el extremo 3.
Este proceso permite discriminar entre todos los fragmentos de
restriccin que se forman y amplificar solo aquellos en donde los
iniciadores encuentren las secuencias complementarias