Mencari Biokatalis Baru dari Mikroba Laut Melalui Pendekatan Metagenomik

Oleh :
Robi Binur (21110003)
PS. Bioteknologi SITH-ITB

Pendahuluan
Air laut menutupi sekitar 71% (361 juta km2) dari luas bumi dengan jumlah organisme penghuni
terbanyak adalah mikroba (Karl 2007 dalam Sleator et al. 2008). Setiap satu mililiter air laut mengandung 10
ribu sampai 1 juta mikroba (Kennedy et al. 2008) dan totalnya diperkirakan mencapai 4–6 x 1030 (Sleator et al.
2008). Mikroba laut mempunyai keragaman yang sangat tinggi dan berkembang selama proses evolusi adaftasi
fisiologinya, di bawah pengaruh kondisi ekologis yang beragam dan tekanan lingkungan (Weiland et al. 2010).
Sehingga, mereka memiliki metabolik yang komplek dan kemungkinan karateristik fisiologi baru yang sedikit
sekali diketahui, hal ini menjadikan mikroba laut sebagai sumber yang kaya akan biokatalis (enzim) dan gen baru
(Weiland et al. 2010; Kennedy et al. 2008).
Mikroba laut salah satu sumber yang sangat baik dalam penemuan biokatalis baru (novel biocatalysts)
(Kennedy et al. 2008). Lingkungan laut banyak memiliki daerah-daerah yang ekstrim yang dihuni oleh berbagai
mikroba yang ekstrim juga, misalnya di laut dalam, daerah yang sangat dingin (antartika), dan hidrothermal di
bawah laut. Mikroba-mikroba ini menjadi target utama dalam penemuan sumber enzim baru, karena diyakini
banyak memiliki biokatalis (enzim) yang spesifik yang bisa dimanfaatkan. Lebih dari 99% mikroba tidak bisa
dikultur (unculturable) dengan metode konvensional, sehingga perlu adanya metode lain melalui pendekatan
genomnya yaitu dengan metagenomik (Kennedy et al. 2008; Sleator et al. 2008). Metagenomik adalah suatu
metode isolasi DNA mikroba secara langsung dari lingkungannya dengan cara membuat perpustakaan gennya
(gen libraries), diikuti dengan menganalisis informasi genetika yang terkandung didalamnya (Riesenfeld et al.
2004).
Metode Metagenomik
Untuk mencari biokaltalis baru dari mikroba laut dengan pendekatan metagenomik, secara umum ada
empat tahap yang harus dilakukan, yaitu: (1) konstruksi perpustakaan metagenomik (pengumpulan gen-gen dari
mikroba laut), (2) penapisan perpustakaan metagenomik (penyeleksian gen-gen penyandi enzim-enzim
tertentu), (3) analisis urutan gen (analisis urutan asam aminonya), dan (4) ekspresi gen.
Konstruksi perpustakaan metagenomik bertujuan untuk mengumpulkan gen-gen dari mikroba laut yang
menyandi suatu enzim tertentu. Ada tiga metode yang bisa dilakukan, yaitu (1) kloning gen secara acak (shotgun
cloning), (2) menggunakan mesin PCR, dan (3) gabungan kedua metode tersebut (kloning gen secara acak dan
PCR). Dari ketiga metode tersebut, kloning gen secara acak paling umum digunakan. Metode ini diawali dengan
isolasi DNA dari mikroba laut. Kemudian DNA yang diperoleh dipotong dengan enzim endonuklease restriksi.
Potongan-potongan DNA yang dihasilkan disisipkan atau digabungkan pada DNA plasmid. Klon-klon yang
diperoleh selanjutnya dimasukkan ke dalam bakteri Escherichia coli, melalui teknik transformasi. Hasil
transformasi tersebut dikenal dengan nama perpustakaan metagenomik (Handelsman, 2004).
Penapisan perpustakaan metagenomik bertujuan untuk menyeleksi ge-gen yang menyandi enzim
tertentu. Ada dua pendekatan yang bisa dilakukan, yaitu: (1) melalui deteksi produk enzim yang dihasilkan, dan
(2) deteksi enzim melalui hibridisasi in situ. Penapisan produk enzim, dapat dilakukan dengan beberapa metode,
antara lain: (1) uji degradasi substrat (substrate degradation-based assay), (2) uji berdasarkan pendaran warna
(chromogenic and fluorogenic assay), dan (3) uji imunologi yang melibatkan penggunaan cat-ELISA kompetitif. Jika
enzim tidak dapat diekspresikan, maka penapisan perpustakaan metagenomik dapat dilakukan dengan
pendekatan hibridisasi in-situ. Contoh aplikasi pendekatan ini adalah deteksi multienzime poliketide sintase
(PKS) (Ginolhac et al. 2004 dalam Uria AR et al. 2005).
Analisis urutan gen bertujuan untuk menganalisis urutan asam amino dari enzim yang diperoleh melalui
pendekatan bioinformatika. Kemudian urutan asam amino tersebut diolah dengan program BLAST untuk

1
mencari enzim-enzim homolog di data GenBank (http://www.ncbi.nlm.gov) atau sumber data lainnya, seperti
SwissProt dan PDB (Protein Data Bank). Kemudian dengan bantuan program Clustal W atau X, urutan asam
amino dari enzim yang diperoleh dapat dibandingkan dengan enzim-enzim homolognya. Jika hasil analisis
menunjukkan bahwa DNA sisipan tersebut menyandi enzim yang sifat-sifatnya berbeda dengan protein-protein
di GenBank atau sumber data lainnya, maka kemungkinan besar bahwa enzim itu merupakan suatu enzim baru
yang belum dilaporkan sebelumnya (Uria AR et al. 2005).
Produk Biokatalis dari Mikroba Laut
Beberapa biokatalis (enzim) yang berhasil diisolasi dari mikroba laut melalui pendekatan metagenomik
yaitu:
Tabel 1. Biokatalis (enzim) dari mikroba laut (Kennedy et al. 2008)

Biokatalis dari mikroba laut berhasil diisolasi dari beberapa habitat, yaitu dari sediment (laut dalam,
daerah antartika, vent), air (antartika, daerah sub-tropis), dan biota laut (ikan, karang, spongs, bulu babi).
Biokatalis terbaru berhasil di isolasi dari bakteri sedimen laut Baltik yaitu lipase (Hardeman F & Sjoling 2006).
Penelitan ini berhasil mendapatkan 47000 klon dengan penyisipan 24-39 kb kedalam vektor fosmid (pCC1FOS).
Lipase (triacylglycerol acylhydrolases) merupakan salah satu kelompok enzim yang banyak digunakan dalam
berbagai tujuan bioteknologi. Sebagai biokatalis, lipase mampu memproduksi asam lemak bebas, gliserol,
berbagai ester, sebagian gliserida, dan lemak yang dimodifikasi atau diesterifikasi dari substrat yang murah,
seperti minyak kelapa sawit. Produk-produk tersebut secara luas digunakan dalam industri farmasi, kimia dan
makanan (Jeager et al. 1999).
Dari laut Cina Selatan juga berhasil diidentifikasi dua Esterase baru yang diisolasi dari sampel air
permukaan. Pada penelitian ini, dua gen esterase yang ditemukan dinamakan dengan nama estA dan estB, yang
berturut-turut memiliki peptida asam amino 277 dan 328. Produk ini diisolasi dari pustaka metagenom mikroba
laut P. haloplanktis melalui skrening fungsional. EstA menunjukkan karakteristik habitat spesifik yang tinggi dari
kehadiran beragam kation divalen pada konsentrasi NaCl tinggi. Sedangkan EstB menunjukkan karakteristik

2
menyerang p-nitrophenyl esters dan memiliki kestabilan tinggi pada metanol 30%, etanol, dimetilformamida, dan
dimetil sulfoksida. Karena karakteristik tersebut, EstB menjadi kandidat potensial untuk berbagai aplikasi
industri. Secara umum Esterase diketahui memiliki nilai komersial yang potensial dalam industri biotransformasi
(Chu x et al. 2008).
Biokatalis baru juga diisolasi dari mikroba yang berasosiasi dengan biota-biota laut seperti ikan, karang,
spongs, dan bulu babi (sea urchin). Salah satu biokatalis baru yang berhasil diisolasi antara lain Alanine
dehydrogenase yang berasal dari mikroba Psychrophilic strain PA-43 yang berasosiasi dengan bulu babi dan
Catalase dari mikroba Vibrio salmonicida yang berasosiasi dengan ikan. Biota laut penting yang saat ini banyak
dieksplorasi peneliti untuk pustaka metagenom adalah spongs. Spongs diketahui memiliki peranan penting
sebagai inang untuk beragam komunitas mikroba, dari jamur dan protista uniseluler sampai berbagai macam
bakteri dan arkea. Metagenom komunitas mikroba spongs telah menunjukkan adanya gen dan kelompok gen
untuk biosintesis biokatalis tertentu (Kennedy et al. 2007). Selain spongs, juga dieksplorasi beberapa jenis
karang misalnya Porites astreoides dan lain-lain (Wegley et al. 2007).
Kesimpulan
Lingkungan laut dihuni oleh berbagai jenis mikroba laut yang memiliki sifat fisiologis yang unik yang belum
banyak terungkap, sehingga perlu dieksplorasi untuk menghasilkan berbagai biokatalis baru yang bermanfaat bagi
manusia. Metode yang terbaik saat ini untuk mencari sumber-sumber biokatalis baru dari mikroba laut adalah
melalui pendekatan genomnya yaitu metagenomik. Metagenomik adalah suatu metode isolasi DNA mikroba
secara langsung dari lingkungannya dengan cara membuat perpustakaan gennya (gen libraries), diikuti dengan
menganalisis informasi genetika yang terkandung didalamnya. Salah satu keunggulan metode ini adalah isolasi
mikroba tanpa perlu mengkulturnya. Ada empat tahapan yang harus dilakukan, yaitu: (1) konstruksi
perpustakaan metagenomik, (2) penapisan perpustakaan metagenomik, (3) analisis urutan gen, dan (4) ekspresi
gen. Dengan metode ini, sekitar 32 biokatalis (enzim) baru telah berhasil diisolasi dari mikroba laut dan akan
terus bertambah jika ada penelitian-penelitian lebih lanjut.
Referensi
Chu X, He H, Guo C, and Sun B. 2008. Identification of Two Novel Esterase from A Marine Metagenomic
Library Derived from South China Sea. App Microbiol Biotechnol 615-625
Handelsman J. 2004. Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms. Microbiol. Mol.
Biol. Rev. 68(4):669-685
Hardeman F and Sjoling S. 2006. Metagenomic Approach for The Isolation of A Novel Low Temperature-
Active Lipase from Uncultured Bacteria of Marine Sediment. FEMS Microbiol Ecol 59:524–534
Jaeger KE, Dijkstra BW, and Reetz MT. 1999. Bacterial Biocatalysts: Molecular Biology, Three Dimensional
Structures, Biotechnological Applications of Lipases. Annu Rev Microbiol 53: 315–351
Kennedy J, Marchesi JR, and Dobson ADW. 2008. Marine Metagenomics: Strategies for the Discovery of Novel
Enzymes with Biotechnological Applications from Marine Environments. Microbial Cell Factories 7:27
Kennedy J, Marchesi JR, and Dobson ADW. 2007. Metagenomic Approaches to Exploit The Biotechnological
Potential of The Microbial Consortia of Marine Sponges. Appl Microbiol Biotechnol 11-20
Riesenfeld CS, Schloss PD, and Handelsman J. 2004. Metagenomics: Genomic Analysis of Microbial
Communities. Annu. Rev. Genet. 38:525–52
Uria AR, Fawzya YN, dan Chasanah E. 2005. Eksplorasi Enzim Mikroba dari Lingkungang Laut Melalui
Pendekatan Metagenomika. WPPI 11(7):17-24
Sleator RD, Shortall C, and Hill C. 2008. Metagenomics. Applied Microbiology 361–366
Weiland N, Loscher C, Metzger R, and Schmitz R. 2010. Chapter 3: Construction and Screening of Marine
Metagenomic Libraries in Metagenomics Methods and Protocols. Edited by Wolfgang R. Streit and Rolf
Daniel. Humana Press
Wegley L, Edwards R, Rodriguez-Brito B, Liu H, and Rohwer F. 2007. Metagenomic Analysis of The Microbial
Community Associated with The Coral Porites astreoides. Environmental Microbiology 9(11): 2707–2719