NAMA: VERA TAMALA NIM: 209341420909 OFF: BB

RESUME GENETIKA 2 1. Polimorfis dan Heterozigositas Satu ukuran dari variasi genetik adalah proporsi dari polimorfis loci, atau secara sederhana polimorfisme (P) pada sebuah populasi. Diasumsikan bahwa, pengunaan teknik elektroporetik, kita memeriksa 30 gen loci pada Phoronopsis viridis, sebuah jenis cacing laut yang hidup di pantai California, dan diperkirakan bahwa kita menemukan tanpa variasi pada 12 loci, tetapi beberapa variasi pada 18 loci lainnya. Kita dapat katakan bahwa 18/30 = 0,60 dari loci adalah polimorfik pada populasi itu. Metode elektrophoresis untuk mempelajari variasi genetik pada populasi alami dapat dilakukan dengan menggunakan sampel jaringan dari organisme secara individu homogen untuk menghasilkan enzim dan protein lain dari sel. Setiap protein pada gel berpindah secara langsung dan nilainya tergantung pada protein perubahan elektrik dan ukuran molekul. Setelah gel dihilangkan dari daerah elektrik, hal ini dihilangkan dengan larutan kimia yang mengandung substrat yang spesifik untuk enzim untuk diuji dan garam yang bereaksi dengan hasil dari rekasi katalis oleh enzim. Reaksinya: substrate enzime produk + salt + noda warna.

Kegunaan metode ini pada faktanya adalah genotip apa lokus gen mengkode untuk enzim dapat diduga untuk setiap individu di sampel dari jumlah dan posisi noda warna yang dihasilkan. Sebagai contoh, sebuah gel dihilangkan untuk menampakkan posisi dari enzim phosphoglcomutase, gel mengandung homogen dari 12 Drosophila terbang. Lokus gen mengkode untuk enzim ini dapat mewakili sebagai Pgm. Individu pertama dan ketiga pada gel, dimulai dari kiri, memiliki enzim dengan mobilitas elektrophoretik berbeda, dan juga perbedaan sekuen asam amino, hal ini diimplikasikan bahwa mereka dikode oleh alel yang berbeda. Kemudian, alel mengkode untuk enzim pada individu pertama dan ketiga sebagai Pgm100 dan Pgm
108

. Individu kedua menampakkan warna noda. Satu dari noda ini

diperlihatkan migrasi bersama sebagai individu bersama yang dikode oleh ale Pgm 100, ketika noda lainnya terlihat bermigrasi bersama hal itu sebagai individu ketiga dan dikode oleh alel Pgm
108

. Kita dapat menyimpulkan bahwa individu kedua adalah heterogen, dengan genotip

Pgm 100/108. Variasi protein dikontrol oleh variasi alel pada lokus gen tunggal dan dideteksi dengan elektrophoresis yang disebut allozymes, or electromorphs. Elektromorph dengan identik perpindahan pada sebuah gel mungkin menghasilkan lebih dari satu alel, karena (1)

sinonim kodon triplet untuk asam amino yang sama, (2) beberapa asam amino disubtitusikan tidak merubah perpindahan elektrophoretik dari protein. Oleh karena itu, gel elektrophoresis diremehkan jumlah variasi genetik, meskipun hadir tidak dengan tepat diketahui seberapa banyak. Jumlah polimorfisme berguna mengukur variasi tujuan tertentu, tetapi menutupi dari dua kerusakan: arbitariness dan ketidaktepatan diperiksa. Diperkirakan, sebagai contoh kita memeriksa 100 individu pada populasi Phoronopsis. Jika kita memeriksa lebih individu, kita mungkin menemukan variasi pada beberapa dari 12 loci yang nampak invarian, jika kita memeriksa kurang dari individu tersebut, beberapa dari 18 polymorpik loci mungkin nampak invarian. Menghindari pengaruh dari ukuran sampel, dibutuhkan untuk mengambil standart dari polimorfisme. Satu standart sering mengunakan bahwa sebuah lokus mempertimbangkan polymorpik hanya ketika banyak alel umum memiliki frekuensi tidak lebih besar dari 0,95. Kemudian, individu diperiksa, ditambahkan variasi yang mungkin ditemukan, tetapi rata-rata proporsi dari loci polimorpik tidak akan berubah. Bagaimanapun, beberapa keputusan untuk menentukan apa kriteria dari polimorpisme digunakan.perbedaan perhitungan polimorfisme diperoleh ketika kriteria berbeda diguanakan. Polimorfisme dari populasi, selain itu tidak tepat menghitung variasi genetik. Hal ini karena sedikit lokus polimorpik dihitung lebih dari satu polimorpik. Perhitungan variasi genetik terbaik adalah rata-rata frekuensi dari individu heterogen per lokus atau secara sederhana heterozigositas (H) dari populasi. Ini dihitung oleh perolehan pertama frekuensi inidvidu heterozigot pada tiap lokus dan kemudian dirata-rata frekuensi semua loci. Diperkirakan bahwa mempelajari 4 loci pada sebuah populasi dan menemukan frekuensi heterozigot, didasarkan pada 4 loci yaitu (0,25 + 0,42 + 0,09 + 0)/4 = 0,19, jadi heterozisitas dari populasi tersebut 19%. Heterozigositas dari sebuah populasi adalah perhitungan dari variasi genetik lebih disukai dengan banyak populasi genetik. Hal tersebut perhitungan baik dari variasi karena diperkirakan kemungkinan dua alel acak dari populasi yang berbeda.

2. Perkiraan Elektrophoretik dari Variasi\ Teknik elektrophoretik pertama diaplikasikan untuk memperkirakan variasi genetik pada populasi alami pada 1966, ketika tiga peneliti mempublikasikan, berkaitan dengan manusia dan dua lainnya dengan Drosophila terbang. Simbol yang digunakan untuk mewakili lokus, enzim mengkode dengan memberikan tiap dari 20 variabel loci. Heterozigositas dari

populasi adalah jumlah heterozigositas yang ditemukan pada 20 varibel loci dibagi dengan jumlah total sampel loci: 4.78/71 = 0,067. Pengalaman belajar dengan elektrophoresis mengindikasikan bahwa sampel tentang 20 gen loci biasanya cukup diperkirakan heterozigositas biasanya mengubah sedikit jumlah sampel loci melebihi 20. Contoh, jumlah dari H = 0,072 diperoleh dari manusia, mengunakan sampel 26 gen loci. Ketika sampel diperpanjang menjadi totalnya 71 loci, perkiraan H menjadi H = 0,067.

3. Variasi Genetik pada Populasi Alami Satu cara untuk menilai jumlah besar dari variasi genetik ditemukan pada populasi alami adalah mengikuti. Mengingat manusia, dengan 6,7% heterozigositas dideteksi dengan elektrophoresis. Meskipun tidak semua mungkin terjadi kombinasi genetik kemungkinan yang sama, perhitungan mengindikasikan bahwa tidak dua gamet individu secara independen seperti identitas dan tidak dua individu manusia hidup saat ini, hidup di masa lalu, hidup di masa depan seperti identitas secara genetik. Hal yang sama dapat dikatakan, secara umum, organisme yang bereproduksi secara seksual tidak dua individu berkembang dari pemisahan zigot seperti menjadi indentitas secara genetik. Teknik elektrophoetik membuat kemungkinan memperoleh perikiraan variasi genetik pada populasi alami. Bagaimana mungkin perkiraan itu? Dua kondisi diperlukan untuk membuat perkiraan yang bagus dari variasi genetik (1) sampel acak dari semua gen loci akan ditemukan dan (2) semua alel akan dideteksi padas setiap lokus. Loci gen dipelajari akan mewakili sampel acak dari genom dengan mematuhi untuk variasi karena dilain sisi perkiraan akan menyimpang. Gen dipelajari dengan gel elektrophoresis kode untuk enzim dan larutan protein yang lain. Beberapa gen mewakili sebuah porsi dari genom, tetapi jenis lain dari gen loci, seperti pengendali gen dan pengkode gen untuk protein non larutan. Hal ini diketahui gen adalah variabel sebagai struktural gen pengkode untuk larutan protein. Perkiraan dari heterozigositas mungkin akan menyimpang untuk alasan ini, walaupun kita tidak mengetahui apakah mereka meperkirakan terlalu tinggi atau meremehkan variasi genetik pada anggapan ini. Elektrophoresis membagi protein pada dasar perbedaanya berpindah pada daerah elektrik. Perbedaan berpindah ini dikarenakan perbedaan konfigurasi molekular dan perbedaan di isi jaringan elektrik. Tetapi subtitusi asam amino dapat terjadi tidak mengubah isi jaringan elektrik dari protein atau secara substansi dimodifikasi konfigurasinya. Elektroporesis dideteksi hanya sebuah fraksi dari semua perbedaan sekuen asam amino.

Beberapa metode telah digunakan untuk mendeteksi perbedaan protein yang tidak jelas dapat dibedakan dengan standart teknik elektrophoresis. Satu metode adalah elektrophoresis percontohan, dengan mengandung dari penyelengaraan elektrophoresis dari sampel sama dibawah kondisi berbeda, sebagai contoh mengunakan penyanga berbeda atau perbedaan konsentrasi gel. Metode lain membuka jaringan sampel atau enzim pada temperatur tinggi atau beberapa agen denaturasi seperti urea. Dua protein dengan identitas perpindahan elektrophoresis mungkin menjadi tidakbisa dibedakan karena satu lainnya didenaturasi oleh perlakuan.

4. Polimorfisme DNA Hanya sebuah pecahan dari semua perbedaan sekuen DNA mencerminkan pada variasi protein. Perbedaan antara kodon sinonim tidak merubah kode asam amino, dan 90% atau lebih DNA tidak menjadi ditranslasikan menjadi protein. DNA yang tidak ditranslasi termasuk campuran intron antara ekson, sebagai sekuen intergenik yang dipisah satu gen dari setelahnya. Perkiraan dari heterozigositas nukletida telah diperoleh pada empat speises dari urchin laut dengan denatrurasi DNA diikuti dengan hibridisasi. Teknik ini tidak tepat tetapi memiliki keuntungan untuk menguji genom lengkap dari organisme. Perkiraan frekuensi dari subtitusi nukleotida memiliki rentangan 2 sampai 4%. Jika diasumsikan bahwa H = 0,18 kira-kira cocok untuk satu asam amino berbeda per lima protein, dan rata-rata panjang dari protein adalah 300 asam amino, data elektrophoretik akan mengambarkan satu subtitusi per 1500 asam amino. Perbedaan mungkin dikarenakan pada bagian ketidakmampuan mendelesi semua subtitusi asam amino dengan elektrophoresis. Tetapi kelihatanya seperti proporsi lebih besar dari keanekaragaman nukleotida yang diamati dengan kembali menyatukan termasuk DNA yang tidak mengkode asam amino. Pada banyak kasus, banyak pendapat bahwa frekuensi dari heterogeniotas nukleotida diamati dengan hibridisasi FNA (2-4%) tidak sangat berbeda daru jumlah 1=2%. Kita dapat menyimpulkan dengan cara perkiraan sementara sampai lebih data yang ada, kemudian dirata-rata heterozigositas nukleotida untuk gen struktural dan sekuen DNA tunggal lain pada eukaryotik seperti menjadi pembulatan 1-2%.

PERTANYAAN & JAWABAN 1. Apakah kegunaan dari metode elektrophoresis, dan bagaimana mekanisme penggunakan metode itu? Jawab: Metode elektrophoresis adalah suatu metode untuk mempelajari variasi genetik pada populasi alami. Mekanisme kerja metode ini dapat dilakukan dengan menggunakan sampel jaringan dari organisme secara individu homogen untuk menghasilkan enzim dan protein lain dari sel. Setiap protein pada gel berpindah secara langsung dan nilainya tergantung pada protein perubahan elektrik dan ukuran molekul. Setelah gel dihilangkan dari daerah elektrik, hal ini dihilangkan dengan larutan kimia yang mengandung substrat yang spesifik untuk enzim untuk diuji dan garam yang bereaksi dengan hasil dari rekasi katalis oleh enzim. Reaksinya: substrate enzime produk + salt + noda warna.

2. Bagaimanakah ketentuan untuk menentukan variasi genetik dengan teknik elektrophoetik? Ketentuan untuk menentukan variasi genetik adalah dengan menggunakan sampel acak dari semua gen loci akan ditemukan dan semua alel akan dideteksi padas setiap lokus.Teknik elektrophoetik membuat kemungkinan memperoleh perikiraan variasi genetik pada populasi alami. 3. Sebutkan metode yang digunakan untuk mendeteksi perbedaan protein yang tidak jelas dapat dibedakan dengan teknik elektrophoresis? Salah satu metodenya adalah elektrophoresis percontohan, dengan mengandung dari penyelengaraan elektrophoresis dari sampel sama dibawah kondisi berbeda, sebagai contoh mengunakan penyanga berbeda atau perbedaan konsentrasi gel. Selain itu, metode lain membuka jaringan sampel atau enzim pada temperatur tinggi atau beberapa agen denaturasi seperti urea. Dua protein dengan identitas perpindahan elektrophoresis mungkin menjadi tidakbisa dibedakan karena satu lainnya didenaturasi oleh perlakuan.