LAPORAN DISKUSI TUTORIAL BLOK 3 BIOLOGI MOLEKULAR SKENARIO 3

EPIGENETIK DAN PERUBAHAN EKSPRESI GEN

Disusun Oleh : Kelompok 4 Amirul Zakiya Bravery Aryanda Widya T.S I Kd. Ludi Junapati Muh. Faizal Naili N.S.N Nia Anggarani Nisau Luthfi N.A Novy Wahyunengsi L Rindy Saputri Risky Pratiwi P Shinta Amalia K (G 0011019) (G 0011041) (G 0011109) (G 0011143) (G 0011147) (G 0011149) (G 0011151) (G 0011155) (G 0011175) (G 0011177) (G 0011197)

Tutor : dr. Afiono Agung Prasetyo, Ph.D

UNIVERSITAS SEBELAS MARET FAKULTAS KEDOKTERAN PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER 2011

BAB I PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG Di dunia ini selalu terdapat perbedaan yang menyebabkan berbagai macam variasi. Begitu pula dengan genom pada manusia. Perbedaan ini muncul disebabkan oleh banyak hal misalnya mutasi. Variasi genom pada manusia ini disebut dengan Polymorphisme. Polymorphisme sering ditemukan dalam lingkungan sehari-hari. Polymorphisme ini dapat terjadi karena perubahan sebuah basa nukleotida ataupun beberapa basa nukleotida. Polymorphisme dilaporkan oleh sekelompok peneliti memiliki korelasi dengan epigenetik. Epigenetik adalah perubahan fenotip atau ekspresi suatu gen tanpa adanya perubahan dari urutan atau sekuens nukleotida di DNA. Selanjutnya akan dibahas mengenai keanekaragaman genomik manusia. Dalam skenario ini, mahasiswa dihadapkan pada skenario, Wanita yang sering bekerja pada malam hari memiliki peningkatan risiko terkena kanker payudara. Hal ini menimbulkan dugaan bahwa gen yang berperan dalam memelihara ritme circadian berperan dalam proses terjadinya kanker. Terkait dugaan ini, sekelompok peneliti melaporkan adanya korelasi antara Single Nucleotide Polymorphims (SNPs) yang terkait regulator circadian central CLOCK dengan risiko kanker payudara. Peneliti tersebut juga melaporkan bahwa hipermetilasi pada promoter CLOCK menurunkan resiko terjadinya kanker payudara. RNAi pada CLOCK secara in vitro yang diikuti dengan pemeriksaan microarray menunjukkan adanya perbahan ekspresi transkripsi yang terkait dengan kanker.

B. RUMUSAN MASALAH 1. Bagaimana terjadi variasi genomik pada manusia?

2. Apa penyebab perubahan ekspresi transkripsi?

3. Apa genetik dan epigenetik?

C. TUJUAN 1. Mengetahui macam-macam keanekaragaman genomik pada manusia.

2. Mengetahui macam-macam Polimorphisme.

3. Mengetahui prinsip dasar epigenetik. 4. Mengetahui teknik pemeriksaan molekuler.

D. MANFAAT 1. Dapat menjelaskan macam-macam keanekaragaman genomik pada manusia.

2. Dapat menjelaskan macam-macam Polimorphisme.

3. Dapat menjelaskan prinsip dasar epigenetik. 4. Dapat menjelaskan teknik pemeriksaan molekuler.

BAB II LANDASAN TEORI

DISKUSI STEP 1 Istilah-istilah Microarray : uji sampel DNA dari susunan sekuens DNA yang berupa titiktitik dan berdiameter 200 nm, biasanya digunakan untuk mencocokkan DNA yang sudah diketahui ataupun yang belum diketahui. Keywords : SNPs, perubahan ekspresi transkripsi STEP 2 Penetapan Masalah 1. Variasi genomik pada manusia. 2. Penyebab perubahan ekspresi transkripsi 3. Perbedaan genetik dan epigenetik STEP 3-4 Analisis dan Inventarisasi Masalah
1. 2. 3.

Bagaimana proses terjadinya variasi genomik pada manusia? Apa penyebab perubahan ekspresi transkripsi? Apa SNPs?

4. 5. 6. 7.

Apa perbedaan SNPs dengan mutasi? Apa Polimorphisme? Apa genetik dan epigenetik? Apa saja teknik pemeriksaan molekuler?

STEP 5 Tujuan Pembelajaran 1. 2. 3. 4.

5.

Menjelaskan proses terjadinya variasi genomik pada manusia. Menjelaskan penyebab perubahan ekspresi transkripsi. Menjelaskan SNPs. Menjelaskan perbedaan SNPs dengan mutasi. Menjelaskan Polimorphisme. Menjelaskan genetik dan epigenetik. Menjelaskan teknik pemeriksaan molekuler.

6. 7.

STUDI PUSTAKA A. Epigenetik Epigenetik menunjukkan bahwa gen dapat dipengaruhi oleh lingkungan dengan mekanisme struktur nuclease yang secara langsung maupun tidak langsung mengubah fenotip (Prasetyo,2010). Adapun metode dalam epigenetik ini dibagi menjadi tiga yaitu : Metilasi, Modifikasi Histon, Post Transkripsi/ RNA interference (Prasetyo,2011). Metilasi merupakan penambahan gugus metil pada basa DNA umumnya terjadi pada CpG island (Baylin,2009). CpG island merupakan daerah yang memiliki banyak C dan G mencapai 200-3000 bp, ciri-cirinya adalah dekat dengan gen. Pada orang normal CpG island ini tidak mengalami metilasi (Bird,2008). Apabila termetilasi maka akan mengakibatkan gene silencing (Bird, 2002).

Adapun mekanisme metilasi ini adalah ketika metilasi pada CpG island maka metilsitosin akan mengundang MBP, dan MBP ini akan mengundang MBPMBP lain sehingga sekuen DNA tidak bisa dikenali. Hal ini mengakibatkan protein aktivator tidak dapat menempel dan mengaktifkan enhancer sehingga tidak terjadi transkripsi sehingga tidak ada protein. Gene silencing inilah yang memicu kanker (Prasetyo,2011). Untuk modifikasi histon melibatkan asetilasi yang berfungsi untuk melonggarkan histon dan deasetilasi yang berfungsi untuk mengencangkan ikatan histon (Prasetyo, 2010). Asetilasi histon mengakibatkan aktivasi transkripsional apabila deasetilasi maka tidak ada aktivitas transkripsi (Jacobson, 2004). Untuk RNAi atau RNA interference adalah RNA yang mengganggu pada transkripsi maupun sebelum translasi (Prasetyo, 2011). Epigenetik pada intinya merupakan perubahan fenotip yang tidak permanen (Tuschl, 2002). Epigenetik tidak diwariskan apabila terjadi perubahan stimulus saat masa kehamilan (Prasetyo, 2011). B. Genetik DNA adalah materi genetik pembawa informasi yang dapat diturunkan kepada keturunannya (Herawati dan Helena, 2005). Hal itu dikarenakan metode analisis dan teknik histokimia terkini telah mengidentifikasi bahwa DNA di nukleus merupakan bagian dari badan kromatin atau kromosome (Guyton, 1997). Genetik bersifat permanen dan diwariskan (Prasetyo, 2011). C. Variasi Genom

Genom adalah komplemen lengkap gen-gen suatu organisme (Campbell, 2002). Variasi genom adalah perbedaan sekuen DNA dari satu orang dengan orang yang lain (Yuwono, 2005). Bentuk variasi genom adalah adanya polymorphisme (Prasetyo, 2011). Polymorphisme itu sendiri adalah keberadaan bersama dua atau lebih bentuk individu yang lebih jelas terlihat (karakter polymorphic dalam populasi yang sama) (Campbell, 2002). Polymorphic mengacu pada suatu populasi dimana dua atau lebih bentuk fisik ditemukan dalam frekuensi yang mudah sekali terlihat (Campbell, 2002). Salah satu teknik variasi genom adalah Single Nucleotida Polymorphisms (SNPs) merupakan teknik dimana secara langsung mengidentifikasi banyak polymorphisme di dalam genom manusia yang dimana varian DNA ini merupakan penanda untuk penyakit atau terletak di dalam gen tertentu yang ikut berperan dalam perkembangan penyakit (Price, 2006). D. Perubahan Ekspresi Gen Penyebab dari perubahan ekspresi gen dalam epigenetik adalah metilasi, modifikasi histon, RNAi (Campbell, 2002). Penyebab perubahan ekspresi gen dalam genetik adalah mutasi yaitu perubahan pada sekuen DNA (Elrod et all, 2007). Jenis mutasi ada Non Sense, Misssense (Mutasi Salah Makna), Framshift (Mutasi Bergeser Kerangka) (Elrod et all, 2007). Nonsense adalah perubahan pada sebuah kodon dari pengkode asam amino menjadi kodon stop mengakibatkan terminasi prematur rantai asam amino saat translasi (Subandono, 2011).

Missense adalah perubahan sebuah kodon yang mengubah spesifitasnya menjadi asam amino yang berbeda, sehingga mengubah sekuen primer rantai polipeptida dan mengubah fungsi protein (Elrod et all, 2007). Frameshift adalah pergeseran bingkai pembacaan yag disebabkan oleh delesi atau insersi dari satu atau beberapa nukleotida yang menghasilkan banyak kodon missense dan nonsense kearah hilir peristiwa mutasional (Elrod et all, 2007).

BAB III PEMBAHASAN

Genom adalah komplemen lengkap gen-gen suatu organisme sehingga variasi genom adalah perbedaan sekuen DNA dari satu orang dengan orang yang lain. Bentuk variasi genom adalah adanya polymorphisme Single Nucleotida Polymorphisms merupakan teknik dimana secara langsung mengidentifikasi banyak polymorphisme di dalam genom manusia. SNPs terjadi di salah satu basa nukleotida yang diturunkan dari generasi ke generasi. Sehinnga generasi yang baru mewarisi SNPs dari induknya kemudian dia bisa mengalami SNPs dan akan terjadi terus menerus kepada generasinya sehingga terjadilah variasi genom. Tetapi SNPs hanya terjadi 0,1% dari jumlah total genom manusia yang ada. Setiap orang mengalami SNPs karena tidak ada seorang manusia yang identik. SNPs hanya terjadi pada satu nukleotida saja. Jadi pada intinya perbedaan mutasi dan SNPs terdapat pada prosentase kejadian dan genom yang terlibat. Epigenetik dan genetik memiliki beberapa perbedaan, yaitu epigenetik dapat di-reprogram sedangkan genetik tidak bisa karena epigenetik dapat tidak bersifat pemanen asalkan stimulannya digantikan. Epigenetik bergantung pada lingkungannya sedangkan genetik bersifat permanen. Contohnya larva lebah dengan gen yang sama bila salah satu makanannya bipolen maka akan menjadi lebah pekerja, sedangkan bila asupannya royal jelly menjadi lebah ratu. Contoh tersebut menjelaskan mengenai epigenetik yang bergantung pada stimulan yang individunya memiliki genetiknya yang sama. Jadi epigenetik dapat bersifat permanen dapat diturunkan jika tidak ada stimulan yang mempengaruhinya dalam proses perkembangan. Seorang ibu hamil dapat me-reprogam janin dalam kandungannya. Tetapi hanya dapat merubah fenotipnya, tidak bisa merubah genotip dari janin tersebut. Jika tidak ada stimulan yang merubah stimulan sebelumnya, apa yang diderita ibunya akan menurun kepada janinnya sehingga epigenetik tersebut bersifat

dapat diturunkan. Contoh dari genetik bisa dari Diabetes Mellitius, yaitu suatu penyakit yang bersifat herediter yang pasti diturunkan kepada keturunannya. CpG island merupakan daerah yang memiliki banyak C dan G mencapai 200-3000 bp, ciri-cirinya adalah dekat dengan gen, pada orang normal CpG island ini tidak mengalami metilasi. Apabila termetilasi maka akan mengakibatkan Gene Silencing. Adapun mekanisme metilasi ini adalah ketika metilasi pada CpG island maka Metilsitosin akan mengundang MBP, dan MBP ini akan mengundang MBP-MBP lain sehingga sekuen DNA tidak bisa dikenali. Hal ini mengakibatkan protein aktivator tidak dapat menempel dan mengaktifkan enhancer sehingga tidak terjadi transkripsi sehingga tidak ada Protein. Gene silencing inilah yang memicu kanker. Ada berbagai bentuk perubahan ekspresi genom yang diakibatkan oleh genetik dan epigenetik. Pada epigenetik perubahan yang terjadi diakibatkan oleh Metilasi DNA, Histon Modification dan RNAi atau Post Transcriptional. Pada Genetik perubahan yang terjadi diakibatkan oleh mutasi pada sebagian besar kasus. Perubahan yang terjadi bisa dalam proses transkripsi maupun translasi.

BAB IV SIMPULAN DAN SARAN

A. Simpulan
1. Perbedaan Genetik dan Epigenetik yaitu dimana epigenetik bersifat tidak

permanen, dipengaruhi oleh lingkungan dan dapat direprogram, sedangkan genetik bersifat permanen, tidak dipengaruhi oleh lingkungan dan tidak dapat direprogram. Sedangkan persamaannya dimana keduanya mengalami perubahan basa nukleotida. 2. Perbedaan mutasi dan SNPs terdapat pada prosentase kejadian dan Genom yang terlibat. 3. Perubahan Ekspresi Gen bisa terjadi dalam Genetik maupun Epigenetik pada Fase Transkripsi maupun Translasi.

B. Saran
1.

Sebaiknya pada tutorial selanjutnya kita lebih mengarah pada PBL

bukan problem solving. 2. Permasalahan yang ada kita bahas dari hal yang khusus mengarah

yang lebih universal.

3.

Sebaiknya pada step ke enam kita sudah mendiskusikan hasil LO

yang telah didapat.

DAFTAR PUSTAKA

Baylin, Stephen B. 2009. DNA Methylation And Gene Silencing in Cancer. Bird, Adrian. 2008. DNA Methylation Pattern and Epigenetic Memory. Bird, Adrian. 2002. Genes Deviation. Campbell, Reece. 2002. Biology. Jakarta: Erlangga Elrod, Susan, et all. 2007. Genetika. Jakarta: Erlangga Guyton, A.C., John E. Hall, 1997. Buku ajar fisiologi kedokteran. Jakarta : EGC. Jacobson, S. 2004. Molecular Cell Biology. Prasetyo, A.A. 2010. Kuliah Penunjang Biologi Molekuler 2010 : Epigenetics. Prasetyo, A.A. 2011. Kuliah Penunjang Biologi Molekuler 2011 Price, Sylvia A. 2006. Patofisiologi Volume 1. Jakarta : EGC Subandono, Jarot. 2011. Kuliah Penunjang Biologi Molekular 2011: Variasi Genom.

Tuschl, T. 2002. Natural Biotechnology. Sudoyo, herawati, L. Helena. 2005. Identifikasi DNA. www.eijkman.go.id/Layanan/Identifikasi+DNA&hl=id&ct=clnk&cd=4&g l=id

Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga