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ISSN 0103-0205 Setembro, 2008 Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuria Centro Nacional de Pesquisa de Algodo
Documentos 191
Conceitos Bsicos de Tcnicas em Biologia Molecular Exemplares desta publicao podem ser solicitados : Embrapa Algodo Rua Osvaldo Cruz, 1143 Centenrio Caixa Postal 174 CEP 58107-720 - Campina Grande, PB Telefone: (83) 3315-4300 Fax: (83) 3315-4367 algodao@cnpa.embrapa.br http://www.cnpa.embrapa.br Comit de Publicaes Presidente: Carlos Alberto Domingues da Silva Secretrio: Valter Freire de Castro Membros: Fbio Aquino de Albuquerque Giovani Greigh de Brito Joo Luiz da Silva Filho Maira Milani Maria da Conceio Santana Carvalho Nair Helena Castro Arriel Valdinei Sofiatti Wirton Macedo Coutinho Supervisor Editorial: Valter Freire de Castro Reviso de Texto: Maria Jos da Silva e Luz Tratamento das Ilustraes: Geraldo Fernandes de Sousa Filho Capa: Flvio Trres de Moura/Maurcio Jos Rivero Wanderley Editorao Eletrnica: Geraldo Fernandes de Sousa Filho 1 Edio 1 impresso (2008) 1.000 exemplares Todos os direitos reservados A reproduo no autorizada desta publicao, no todo ou em parte, constitui violao dos direitos autorais (Lei n 9.610) EMBRAPA ALGODO (Campina Grande, PB) Conceitos Bsicos de Tcnicas em Biologia Molecular, por Liziane Maria de Lima. Campina Grande, 2008 27p. (Embrapa Algodo. Documentos, 191) 1. Cronagem molecular. 2. Manipulao de DNA. 3. Extrao de DNA. 4. Purificao de DNA. 5. Sequenciamento de DNA. I. Lima, L.M. de II. Ttulo. III. Srie.
Embrapa 2008
CDD 574.88
Autores
Liziane Maria de Lima D.Sc. Biloga da Embrapa Algodo, Rua Osvaldo Cruz, 1143, Centenrio, CEP 58107-720, Campina Grande, PB. E-mail: liziane@cnpa.embrapa.br
Apresentao
Objetivou-se com este documento apresentar de forma sucinta alguns conceitos bsicos em Biologia Molecular a estudantes ainda no graduados da rea biolgica, no intuito de despertarem para a importncia da tecnologia do DNA recombinante na biotecnologia. A Biologia Molecular baseia-se nos conhecimentos produzidos pelas disciplinas de Bioqumica, Microbiologia, Gentica, Biologia Celular, entre outras, os quais estimulam o surgimento de idias para projetos inovadores com objetivos que visam, muitas vezes, a melhoria da produo de alimentos, produtos farmacuticos e qumicos, alm da aplicabilidade na terapia gnica. Trata-se de uma apostila oferecida durante o curso de curta durao "Tpicos Bsicos em Biotecnologia Vegetal", ministrado na Embrapa Algodo, onde foram apresentadas as teorias de algumas tcnicas aplicadas a Biologia Molecular, no mdulo destinado a esse fim.
Sumrio
Conceitos Bsicos de Tcnicas em Biologia Molecular ...................... 1. Conceitos bsicos ...................................................................... 1.1. Clonagem molecular ............................................................. 1.2. Enzimas para a manipulao de DNA ..................................... 1.3. PCR .................................................................................... 1.4. Eletroforese em gel de agarose ............................................. 1.5. Clonagem de produtos de PCR .............................................. 1.6. Plasmdeos ou vetores........................................................... 1.7. Transformao celular .......................................................... 1.8. Extrao e purificao de DNA ............................................. 1.9. Seqenciamento de DNA ...................................................... 1.10. Anlise de DNA e RNA em blotting ..................................... 2. Minidicionrio ............................................................................ 3. Referncias Bibliogrficas ..........................................................
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1. Conceitos bsicos
1.1. Clonagem molecular
A clonagem molecular consiste na difuso de molculas de DNA idnticas e baseia-se na propagao natural de clulas ou indivduos geneticamente idnticos ao inicial. O experimento de clonagem gnica consiste em introduzir o gene dentro de clulas bacterianas e isol-las em colnias. As clulas de cada colnia so idnticas entre si (NASCIMENTO et al., 1999). A clonagem gnica consiste em duas etapas bsicas: a) Na primeira etapa faz-se a ligao entre um fragmento de DNA, chamado inserto, contendo o gene de interesse com uma outra molcula de DNA, o vetor, para formar uma quimera ou molcula de DNA recombinante (figura 1) (BROWN, 2003).
Fig. 1. Ligao do vetor com o inserto para formar a molcula de DNA recombinante.
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b) Na segunda etapa, a molcula de DNA recombinante transportada para dentro de uma clula hospedeira, em geral uma bactria, ocorrendo o processo de transformao. A clula que recebeu o DNA recombinante chamada de clula transformada, a qual sofre muitos ciclos de diviso, produzindo vrias cpias do DNA recombinante, como pode ser visto na Figura 2 (BROWN, 2003).
Fig. 2. Transformao de uma clula bacteriana com uma construo de DNA recombinante.
Conceitos Bsicos de Tcnicas em Biologia Molecular Tabela 1. Exemplos de endonucleases de restrio com os organismos de origem e as seqncias de reconhecimento. As setas indicam os stios de clivagem (NASCIMENTO et al, 1999).
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Esse stio de reconhecimento da enzima normalmente uma seqncia palindrmica, ou seja, a seqncia de bases de uma fita a mesma da fita complementar, quando lida na direo contrria. As enzimas de restrio so nomeadas conforme o microrganismo do qual foram isoladas; a primeira letra representa o gnero, as segunda e terceira letras representam a espcie, as seguintes, geralmente, representam a linhagem e a ordem da descoberta. Ligases - catalisam a formao de uma ligao fosfodister entre grupos 3'OH e 5'-PO4-, unindo covalentemente molculas de DNA de fita dupla, resultando em uma molcula de DNA recombinante. Polimerases - catalisam a sntese de molculas de DNA a partir de um molde, ou seja, sintetizam uma nova fita de DNA, complementar a um molde de DNA ou RNA preexistente. As polimerases so DNA ou RNAdependentes e so essenciais para a replicao e manuteno de todos os organismos. Modificadoras - catalisam reaes que modificam molculas de DNA pela remoo ou adio de grupos qumicos especficos, como a remoo ou adio de grupamentos fosfato das extremidades 5'.
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1.3. PCR
A reao em cadeia da polimerase (PCR) um procedimento rpido que possibilita a amplificao in vitro de fragmentos de DNA especficos, partindo-se de uma quantidade mnima de DNA alvo ou de RNA previamente convertido em cDNA. Para a aplicao da tcnica, so necessrios trs segmentos de cidos nuclicos: a dupla fita de DNA para servir de molde e a construo de dois oligonucleotdeos (primers) especficos - de fita simples e complementares as duas fitas molde de DNA -, desenhados de modo a flanquear a seqncia a ser amplificada. Alm disso, so necessrios DNA polimerase, dNTPs, tampo e sais (MgCl). A tcnica consiste de ciclos repetitivos; cada ciclo est dividido nos passos apresentados na Figura 3 (AUSUBEL, et al., 2003; WEAVER, 2001). 1 passo (94-96C) - Desnaturao do DNA a alta temperatura, devido ao rompimento das pontes de hidrognio que unem as duas fitas. 2 passo (30-60C) - Anelamento dos primers em posies especficas (essa temperatura definida em funo da seqncia nucleotdica dos primers). 3 passo (72-75C) - Extenso da seqncia a ser amplificada pela ao da DNA polimerase. Durante cada ciclo, as fitas complementares de DNA so copiadas pela extenso dos primers que se anelam em posies opostas. Desta forma, cada fita de DNA recm amplificada usada como molde no ciclo seguinte, resultando assim, no acmulo exponencial do fragmento de DNA flanqueado pelos dois primers (Figura 4). Para o isolamento de um gene especfico podem ser utilizadas diferentes estratgias de PCR (S et al., 2002; WEAVER et al., 2001): RT-PCR
Conceitos Bsicos de Tcnicas em Biologia Molecular Fig. 3. Etapas da PCR - Reao em Cadeia da Polimerase.
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(amplificao de seqncias de cDNA); RACE-PCR (amplificao das extremidades 3' e 5' de seqncias de cDNA); Tail-PCR (isolamento de segmentos de DNA adjacentes a seqncias conhecidas) e PCR inverso (isolamento de seqncias que flanqueiam uma regio genmica conhecida).
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Conceitos Bsicos de Tcnicas em Biologia Molecular Tabela 2. Principais antibiticos utilizados como agentes seletivos e a concentrao final utilizada.
replicar independentemente da replicao bacteriana e produzir milhares de cpias do plasmdeo dentro da clula hospedeira. A replicao dos plasmdeos pode ser sincronizada com o ciclo celular, resultando em baixo nmero de cpias, ou ser independente do ciclo da clula hospedeira, permitindo a proliferao de centenas de cpias por clula. O stio mltiplo de clonagem ou polylinker um stio de clivagem de endonucleases de restrio no qual inserido um fragmento de DNA de interesse sem interferir na funcionalidade do plasmdeo (BROWN, 2003; WEAVER, 2001).
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A atrao do DNA pelas clulas bacterianas, em condies naturais, um evento muito raro, devido ocorrncia da repulso eletrosttica entre as cargas negativas dos fosfolpideos da membrana e as cargas negativas dos grupamentos fosfatos da molcula de DNA, esquematizada na Figura 6 (MARANHO, 2003a).
Fig. 6. Representao esquemtica da repulso eletrosttica entre as cargas negativas da molcula de DNA e a camada fosfolipdica da membrana celular.
Para a transformao bacteriana, podem-se utilizar dois diferentes mtodos de transformao: Choque trmico - Comumente chamado transformao com cloreto de clcio, um mtodo fcil e relativamente barato de transformao. Consiste na preparao das clulas, para torn-las competentes, por tratamento com cloreto de clcio ou outro on divalente (cloreto de ltio ou magnsio). Os ons atuam neutralizando as cargas negativas da membrana e do DNA. Aps um choque trmico na temperatura de 37 a 42C, criamse poros na membrana e o DNA pode alcanar o interior da clula (MARANHO, 2003b; NASCIMENTO et al., 1999). Eletroporao - um mtodo mais eficiente para transformao de clulas com DNA plasmidial. Consiste, inicialmente, na preparao das clulas com
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uma soluo aquosa para torn-las competentes e aptas a receber o DNA. As clulas so submetidas a alta voltagem (choque eltrico) que provoca uma desestabilizao da membrana externa e a formao de poros, possibilitando a entrada do DNA para o interior da clula. Esse tipo de transformao, que requer um equipamento - denominado eletroporador -, pode ser utilizado para a transformao de bactrias gram positivas e negativas, leveduras, fungos filamentosos, clulas animais e vegetais. O eletroporador deve ser ajustado para cada tipo celular, considerando os seguintes parmetros: capacitncia, intensidade e durao do pulso eltrico (AUSUBEL et al., 2003; MARANHO, 2003b).
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centrifugao, a partir da cultura, e concentradas no menor volume possvel. 2 - As clulas so rompidas e seu contedo liberado, formando um extrato celular. 3 - Esse extrato celular tratado e todos os seus componentes so removidos, exceto o DNA. 4 - O DNA resultante concentrado por precipitao e mantido em soluo aquosa.
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luz emitida, em diferentes comprimentos de onda, detectada por um fotomultiplicador. Esta informao traduzida na forma de seqncia por meio de um computador e apresentada no eletroferograma, apresentado na Figura 7 (AUSUBEL et al., 2003; NASCIMENTO et al., 1999).
Fig. 7. Sequenciamento automtico utilizando todos os dNTP marcados com fluorescncia (Fonte: http://educacao.genesisdbm.com.br/sequenciamento.shtml).
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desnaturados in situ e transferidos para uma membrana de nylon ou nitrocelulose, na qual so imobilizados no mesmo padro de bandeamento do gel. A imobilizao realizada com radiao UV, para as membranas de nylon, e calor, para as membranas de nitrocelulose. A membrana colocada sobre o gel e um tampo de alta concentrao salina adicionado e, por capilaridade, passa atravs do gel, promovendo a transferncia dos fragmentos de DNA para a membrana. A membrana resultante uma rplica do gel de agarose. Sondas de RNA ou DNA marcadas com radioatividade so utilizadas, a hibridizao com o DNA fixo na membrana ocorre e uma auto-radiografia revela qual fragmento de restrio contm o gene clonado, conforme pode ser visto na Figura 8 (AUSUBEL et al., 2003; HARWOOD, 1996; WEAVER, 2001).
Fig. 8. Southern blotting. Um fragmento de DNA especfico pode ser identificado separando a mistura de fragmentos por eletroforese, transferindo para a membrana e hibridizando a seqncia com uma sonda molecular complementar e marcada com 32P
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Para a anlise de RNA, a tcnica, que anloga ao Southern blotting, recebeu o nome de Northern blotting. Um RNA extrado submetido eletroforese em gel de agarose, transferido para uma membrana e hibridizado com sondas radioativas de RNA ou DNA. Esta tcnica permite identificar em qual tecido ou tipo celular um determinado gene expresso. Para um experimento de Northern blotting, alguns cuidados para manter as solues e os materiais do experimento livres de RNases devem ser adotados at a transferncia do RNA para a membrana (HARWOOD, 1996; KYAN, 2003).
2. Minidicionrio
Atividade exonuclesica - a propriedade da enzima em clivar ligao fosfodister na extremidade de uma molcula de DNA. Atividade endonuclesica - a propriedade da enzima em clivar ligao fosfodister no interior de uma molcula de DNA. Bactria competente - uma bactria apta a receber DNA exgeno. Extremidade abrupta - produzida por algumas enzimas de restrio, tambm chamada de extremidade cega por no apresentar nucleotdeos em cadeia simples. Extremidade coesiva - produzida por algumas enzimas de restrio, apresenta um pequeno nmero de nucleotdeos em cadeia simples e permite a ligao a outro fragmento de DNA pela complementariedade das bases. Fluorocromo - corante fluorescente usado para corar amostras biolgicas, emite energia luminosa quando excitado por radiao luminosa adequada. Fragmento Klenow - fragmento protico da DNA polimerase I com capacidade de polimerizao e atividade exonucleotdica 3' - 5'.
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Transformao bacteriana - o processo que envolve a introduo de DNA exgeno na bactria competente. Vetor circular - um vetor fechado, no permite a ligao a um fragmento de DNA. Vetor linearizado - um vetor digerido por uma enzima de restrio especfica, permite a ligao a um fragmento de DNA compatvel com as extremidades. Quimera - molcula de DNA recombinante que contm seqncias gnicas de origens diferentes.
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3. Referncias Bibliogrficas
AUSUBEL, F. M.; BRENT, R.; KINGSTON, R. E.; MOORE, D. D.; SEIDMAN, J.G.; SMITH, J.A.; STRUHL, K. Current protocols in molecular biology, New York: John Wiley , 2003. 4755 p. BROWN, T. A. . Clonagem gnica e anlise de DNA. Porto Alegre: Artmed, 2003. 376 p. SOUZA, M. T. de. Anlise de DNA por eletroforese em gel de agarose. In: AZEVEDO, M. O.; FELIPE, M. S. S.; BRGIDO, M. M.; MARANHO, A. Q.; SOUZA, M.T. de. Tcnicas bsicas em biologia molecular. Braslia, DF: Universidade de Braslia, 2003. 211 p. S, M. F. G. de; BATISTA, J. A. N.; OLIVEIRA NETO, O. B.; FRAGOSO, R. R.; MONTEIRO, A. C. Clonagem e expresso de genes. Braslia, DF: Embrapa Recursos Genticos e Biotecnologia, 2002, 52 p. Apostila. HARWOOD, A. J. Basic DNA and RNA protocols. London: Human Press, 1996. 528 p. KYAN, C. M. Northern blot: deteco de RNA por hibridizao em membranas. In: AZEVEDO, M. O.; FELIPE, M. S. S.; BRGIDO, M. M.; MARANHO, A. Q.; SOUZA, M. T. de. Tcnicas bsicas em biologia molecular. Braslia, DF: Universidade de Braslia, 2003. 211 p. MARANHO, A. Q. Transformao bacteriana. In: AZEVEDO, M. O.; FELIPE, M. S. S.; BRGIDO, M. M.; MARANHO, A. Q.; SOUZA, M. T. de. Tcnicas bsicas em biologia molecular. Braslia, DF: Universidade de Braslia, 2003a. 211 p. MARANHO. A. Q.; MORAES, L. M. P. Extrao e purificao de DNA. In: AZEVEDO, M. O.; FELIPE, M. S. S.; BRGIDO, M. M.; MARANHO, A. Q.;
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SOUZA, M. T. de. Tcnicas bsicas em biologia molecular. Braslia, DF: Universidade de Braslia, 2003b. 211 p. NASCIMENTO, A. A. C.; ESPREAFICO, E. M.; LARSON, M. L. P.; MONESI, N.; ROSSI, N. M. M.; RODRIGUES, V. Tecnologia do DNA recombinante. Ribeiro Preto: Universidade de So Paulo, 1999. 85 p. Apostila. TORRES, F. A. Principais enzimas modificadoras de cidos nuclicos. In: AZEVEDO, M. O.; FELIPE, M. S. S.; BRGIDO, M. M.; MARANHO, A. Q.; SOUZA, M. T. de. Tcnicas bsicas em biologia molecular. Braslia, DF: Universidade de Braslia, 2003. 211 p. WEAVER, R. F. Molecular biology. Lawrence: University of Kansas, 2001. 880 p.
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