ESQUELETOS DE CARBONO

C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
tambin se
escribe
tambin se
escribe
o anillos
El carbono desempea un papel nico en la clula
debido a su capacidad para formar fuertes
enlaces covalentes con otros tomos de carbono.
De esta manera los tomos de carbono pueden
unirse entre s formando cadenas
o ramificaciones
C
C
C
C
C
C
tambin se
escribe
C N O
C N O
Los dobles enlaces tienen otra disposicin espacial.
Un enlace covalente se forma cuando dos tomos se acercan
suficientemente y comparten uno o ms de sus electrones.
En un enlace sencillo se comparte un electrn de cada uno de
los tomos; en un enlace doble, un total de cuatro electrones.
Cada tomo forma un nmero determinado de enlaces
covalentes con una disposicin espacial definida. El carbono
forma cuatro enlaces sencillos dispuestos en forma tetradrica;
el nitrgeno tres enlaces sencillos y el oxgeno dos enlaces
sencillos dispuestos de la manera siguiente:
ENLACES COVALENTES
Los tomos unidos por
dos o ms enlaces
covalentes no pueden
rotar libremente alrededor
del eje del enlace. Esta
restriccin tiene una
gran influencia sobre la
estructura tridimensional
de muchos tipos de
macromolculas.
C H
H
H
H C
H
H
H
H
2
C
CH
2
H
2
C
CH
2
H
2
C
CH
2
H
2
C
CH
2
H
2
C
H
2
C
CH
2
H
3
C
CH
2
El carbono y el hidrgeno
forman compuestos estables
(o grupos) llamados
hidrocarbonos. Son grupos no
polares, no forman enlaces de
hidrgeno y generalmente son
insolubles en agua.
metano grupo metilo
parte de una cola hidrocarbonada
de una molcula de cido graso
HIDROCARBONOS
C
C
C
C C
C C C
C C
C
C
C
C C
C C C
C C
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
tambin se
escribe
La cadena de carbonos puede contener
dobles enlaces. Si se presentan entre
tomos de carbono alternos, los
electrones de enlace se desplazan
a lo largo de molcula y
estabilizan la estructura por un
fenmeno llamado resonancia.
La existencia de dobles enlaces alternos
en un anillo puede generar una estructura
muy estable.
la estructura real es un estado
intermedio entre estas dos estructuras
DOBLES ENLACES ALTERNOS
benceno
106 PANL 2-1: Enlaces qumicos y grupos que habitualmente se encuentran en las molculas biolgicas
GRUPOS QUMICOS CO
H
H
C OH
C
H
O C
O
C
OH
O
C C
OH
O
HO C C
O
C O
H
2
O
Muchos compuestos biolgicos tienen un carbono unido
a un oxgeno. Por ejemplo,
El OH recibe el nombre
de grupo hidroxilo.
El CO recibe el nombre
de grupo carbonilo.
El COOH recibe el
nombre de grupo
carboxilo. En el agua
pierde un ion H
+
y se
convierte en COO
_
.
Los steres se forman al combinar
un cido y un alcohol.
steres
cido carboxlico
cetona
aldehdo
alcohol
cido alcohol ster

C
C
C
GRUPOS QUMICOS CN
Las aminas y las amidas son dos ejemplos importantes
de compuestos que tienen un carbono unido a un nitrgeno.
Las aminas en el agua se combinan con un H
+
y adquieren
una carga positiva.
Las amidas se forman al combinar un cido y una amina.
A diferencia de las aminas, las amidas no tienen carga en
el agua. Un ejemplo es el enlace peptdico que une los
aminocidos en las protenas.
El nitrgeno tambin se encuentra en compuestos cclicos,
como los constituyentes de los cidos nucleicos: las purinas y
las pirimidinas.
citosina (una pirimidina)
C N
H
H
H
+
C N
H
H
H
+
C
OH
O
C H
2
N
C
C
N
O
H
H
2
O
C C
C N
O
H
H
H
N
NH
2
cido amida amina
FOSFATOS
P O
_
O
_
HO
O
Los fosfatos inorgnicos son iones estables
formados a partir del cido fosfrico, H
3
PO
4
.
Generalmente se escriben como P
i
.
C OH P O
_
HO
O
C P O
_
O
O
O
_
O
_ C O
H
2
O
tambin se
escribe
Los steres de fosfato se pueden formar entre un fosfato y un grupo hidroxilo
libre. Los grupos fosfato se encuentran unidos de esta manera a las protenas.
en algunos metabolitos se
encuentran enlaces acil fosfato
de alta energa (cido
carboxlico-fosfrico anhdrido)
el fosfoanhidro un enlace
de alta energa se encuentra
en molculas como el ATP
La combinacin de un fosfato y un grupo carboxilo, o dos o ms grupos fosfato, da lugar a un cido anhdrido.
C
OH
O
P O
_
HO
O
O
_
C
O
P O
_
O
O
O
_
C
O
O
tambin se escribe
P
O
_
OH
O
P O
_
O
O
O
_
HO P
O
O
_
O P O
_
O
O
_
O
tambin se escribe
O
H
2
O
H
2
O
H
2
O
H
2
O
El recibe el nombre de grupo sulfhidrilo. En el aminocido cistena, el grupo
sulfhidrilo puede encontrarse en forma reducida,
o ms raramente en una forma oxidada con un enlace,
SH C
SH C
S S C C
P
P
P P
GRUPO SULFHIDRILO
$"156-01"/&-&4 107
ENLACES DE HIDRGENO
enlace de hidrgeno

+
Debido a que estn polarizadas, dos
molculas de H
2
O adyacentes pueden
formar una unin llamada
enlace de hidrgeno. Los enlaces
de hidrgeno tienen cerca de 1/20
de la fuerza de un enlace covalente.
Los enlaces de hidrgeno son ms
fuertes cuando los tres tomos se
encuentran en lnea recta.

+
2
_

+
2
_
H
H
H
H
O O
H
H
H O
0,10 nm
enlace covalente
longitud de los enlaces
enlace de hidrgeno
0,27 nm
O
H
O
H
EL AGUA
Dos tomos que estn conectados entre s por un enlace covalente pueden
ejercer diversas fuerzas de atraccin sobre los electrones. El enlace es polar,
con una carga ligeramente negativa (
_
) en un extremo y una carga
ligeramente positiva (
+
) en el otro.
La carga global de la molcula de agua es neutra (tiene el mismo nmero de
electrones que de protones), pero los electrones se distribuyen de manera asim-
trica y generan una polaridad. El ncleo de oxgeno atrae los electrones, sepa-
rndolos del ncleo del hidrgeno que se queda con una pequea carga neta
positiva. El exceso de densidad electrnica en el tomo de oxgeno genera regio-
nes dbilmente negativas en los otros dos ngulos de un tetraedro imaginario.
regin
electropositiva
regin
electronegativa

+

_

_

+
Las molculas de agua se unen entre s de
manera transitoria formado un entramado
de enlaces de hidrgeno. Incluso a 37 C, el
15% de las molculas de agua se encuentran
unidas a otras cuatro en una disposicin
transitoria o agregado fluctuante.
La naturaleza cohesiva de las molculas de
agua es la responsable de muchas de sus
propiedades extraordinarias, como su elevada
tensin superficial, su elevado calor especfico
y su elevado calor de vaporizacin.
ESTRUCTURA DEL AGUA

_

_

_

_

_

+
H
H
O
Na
+
O
H
H
H
H
H
H
O
O
O
H
H
O
O
H
H
H
H
O
H
H
O
H
H
O
H H
Cl
_
O
Las sustancias que se disuelven fcilmente en el agua se llaman hidroflicas.
Estn formadas por iones o por molculas polares que atraen a las molculas
de agua por el efecto de sus cargas elctricas. Las molculas de agua envuelven
cada ion o molcula polar de la superficie de una sustancia slida y la mantienen
en solucin.
Las sustancias inicas , como el cloruro
de sodio, se disuelven gracias a que las
molculas de agua son atradas por
las cargas positivas (Na
+
) o negativas
(Cl
_
) de cada ion.
Las sustancias polares , como
la urea, se disuelven porque
sus molculas forman enlaces
de H con las molculas de agua.
MOLCULAS HIDROFLICAS
O
O
H H
H
H O
H
H
O
H
H
O
H
C
N
N
H
H
H
H
H
H
O
H
MOLCULAS HIDROFBICAS
Las molculas que contienen una mayora
de enlaces no-polares no son solubles en
agua y se denominan hIdrofbicas. Esto
es as especialmente para los hidrocarburos,
que contienen muchos enlaces CH. Las
molculas de agua no son atradas por
estas molculas y tienen poca tendencia
a envolverlas y mantenerlas en solucin.
H
O
O
H
O
H
O
H
H
H
H
O
H
H
H O
H
H
H
C
H H
C
H H
H
C
O
H
H

108 PANL 2-2: EL agua y su influencia en el comportamiento de las molculas biolgicas
EL AGUA COMO SOLVENTE
Muchas sustancias, como el azcar casero, se disuelven, es decir, sus molculas
se separan unas de las otras y son rodeadas por molculas de agua.
Cuando una sustancia se disuelve en un
lquido, la mezcla se denomina solucin.
La sustancia disuelta (en este caso el
azcar) es el soluto y el lquido que
la disuelve (en este caso el agua)
es el solvente. El agua es un excelente
solvente para muchas sustancias
debido a sus enlaces polares.
molculas
de agua
cristal de azcar molcula de azcar
el azcar
se disuelve
CIDOS
Las sustancias que liberan iones hidrgeno en solucin
se denominan cidos.
Muchos de los cidos importantes en la clula slo se disocian
parcialmente, por lo que son cidos dbiles, por ejemplo,
el grupo carboxilo (COOH), se disocia dando un ion
hidrgeno en solucin
Obsrvese que es una reaccin reversible.
HCl
cido clorhdrico
(cido fuerte)
H
+
ion hidrgeno
Cl

ion cloro
H
+
(cido dbil)
C
O
OH
C
O
O

INTERCAMBIO DE HIDRGENOS
Los iones hidrgeno (H
+
) cargados positivamente pueden
desplazarse espontneamente de una molcula de agua
a otra, generando as dos especies inicas.
a menudo se
representa como:
Dado que el proceso es rpidamente reversible, los iones
hidrgeno se desplazan continuamente entre las molculas
de agua. El agua pura contiene una concentracin constante
de iones hidrgeno y de iones hidroxilo (10
7
M para ambos).
iones hidronio
(el agua acta como
una base dbil)
iones hidroxilo
(el agua acta como
un cido dbil)
H
2
O H
+
OH

ion
hidrgeno
ion
hidroxilo
H H
H
H O
H
H
O O
H
O H
+
10
_
1
10
_
2
10
_
3
10
_
4
10
_
5
10
_
6
10
_
7
10
_
8
10
_
9
10
_
10
10
_
11
10
_
12
10
_
13
10
_
14
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
pH
H
+
conc.
moles/litro
A
L
C
A
L
I
N
O

C
I
D
O
La acidez de una solucin se
define como la concentracin
de iones H
+
que posee.
Por conveniencia se utiliza
la escala de pH, donde
pH =
_
log
10
[H
+
]
Para el agua pura
[H
+
] = 10
_
7
moles/litro
pH
Las sustancias que reducen el nmero de iones hidrgeno de la
solucin se llaman bases. Algunas bases, como el amonaco,
se combinan directamente con los iones de hidrgeno.
Otras bases, como el hidrxido de sodio, reducen el nmero
de iones H
+
indirectamente, al generar iones OH

que se
combinan directamente con iones H
+
del agua, incrementando
la cantidad de iones H
2
O libres.
Muchas de las bases que se encuentran en las clulas estn
parcialmente disociadas y se denominan bases dbiles, como
en los compuestos con un grupo amino (NH
2
), que tiene
tendencia a aceptar de manera reversible un ion H
+
del agua
e incrementar los iones OH

libres.
BASES
H
+
ion hidrgeno
NH
3
amonaco
NH
4
+
ion amonio
OH

Na
+
NaOH
NH
2

H
+
NH
3
+
hidrxido de sodio
(base fuerte)
ion
sodio
ion
hidroxilo
$"156-01"/&-&4 109
ATRACCIONES DE VAN DER WAALS
0,2 nm
radio
0,12 nm
radio
0,15 nm
radio
0,14 nm
radio
O N C H
Las molculas orgnicas interaccionan con otras molculas
mediante tres fuerzas de atraccin de alcance reducido llamadas
enlaces no-covalentes: atracciones de van der Waals, atracciones
electrostticas y enlaces de hidrgeno. La repulsin de los grupos
hidrofbicos en el agua es importante para ordenar
las macromolculas biolgicas.
ENLACES QUMICOS DBILES
Los enlaces dbiles tienen una fuerza 20 veces inferior a la de
un enlace covalente. Slo son suficientemente fuertes para fijar
dos molculas cuando se forman simultneamente un nmero
elevado de ellos.
enlace
dbil
Como ya se describi para el agua (vase el Panel 22),
los enlaces de hidrgeno se forman cuando un tomo de
hidrgeno queda en medio de dos tomos que atraen
electrones (generalmente el oxgeno o el nitrgeno).
ENLACES DE HIDRGENO
Los enlaces de hidrgeno son ms fuertes cuando los tres
tomos estn alineados:
Ejemplos en macromolculas:
Los aminocidos de las cadenas polipeptdicas se unen
por enlaces de hidrgeno.
O H O N H O
R C
H C O
R C H
C O
H
N
H
H C R
N
C
C
C
C
N
N H
H
O
N
H
O
C
C N
N
C C
N
C
N
H
H
N H
H
H
Dos bases, G y C, se unen por enlaces de hidrgeno
en el DNA o en el RNA.
Cualquier molcula que pueda formar enlaces de hidrgeno
con otra molcula, tambin puede, alternativamente, formar
enlaces de hidrgeno con las molculas de agua. Debido
a esta competencia con las molculas de agua, los enlaces
de hidrgeno que se forman entre dos molculas disueltas
en agua son relativamente dbiles.
ENLACES DE HIDRGENO EN EL AGUA
C C C
O
N
H
O
H H
O
H
H
C C C
O
N
H
C C C
O
N
H
C C C
O
N
H
2H
2
O
2H
2
O
enlace
peptdico
Si dos tomos se acercan demasiado, se repelen muy
intensamente. Por esta razn podemos representar un
tomo como una esfera con un radio fijo. El tamao
caracterstico de cada tomo se expresa mediante su
radio de van der Waals. La distancia de contacto entre
cualquiera de los dos tomos unidos covalentemente
es la suma de sus radios de van der Waals.
A una distancia muy reducida, dos tomos cualesquiera
muestran una dbil interaccin de enlace debido a la
fluctuacin de sus cargas elctricas. Los dos tomos
pueden atraerse mutuamente hasta que la distancia
entre sus ncleos es aproximadamente igual a la
suma de sus radios de van der Waals. Aunque de forma
individual son muy dbiles, las atracciones de van der
Waals pueden resultar importantes cuando dos
macromolculas adaptan estrechamente sus superficies,
porque implican a muchos tomos.
Obsrvese que cuando dos tomos forman un enlace
covalente, los centros de los dos tomos (los dos ncleos
atmicos) se acercan ms que la suma de los dos radios
de van der Waals. As,
0,4 nm
dos tomos de
carbono no unidos
0,15 nm
enlace sencillo
entre dos carbonos
0,13 nm
enlace doble
entre dos carbonos
110 PANL 2-3: Los principales tipos de enlaces qumicos dbiles que unen las macromolculas
FUERZAS HIDROFBICAS
C
H
H
H
C
H
H
H
C
H
H
H
H
H
H
C
El agua fuerza a los grupos hidrofbicos a agruparse
entre s para minimizar los efectos desorganizadores
que estos grupos tienen sobre la red de enlaces de
hidrgeno del agua. Algunas veces se dice que estos
grupos hidrofbicos estn unidos por enlaces
hidrofbicos, a pesar de que esta atraccin est
generada en realidad por una repulsin del agua.
Los grupos cargados estn protegidos por sus
interacciones con las molculas de agua. Por lo
tanto, en el agua las atracciones electrostticas
son bastante dbiles.
ATRACCIONES ELECTROSTTICAS
EN SOLUCIONES ACUOSAS
C
O
O
O
O O
O
P
O
O
H
H
H
O
H
H
H
O
H
H
O
H H
H
O
H
H
O
H
H
Mg
De igual manera, otros iones en solucin pueden
agregarse alrededor de grupos cargados y debilitar
an ms estas atracciones.
Se producen fuerzas de atraccin tanto entre grupos
completamente cargados (enlaces inicos) como entre
grupos parcialmente cargados de molculas polares.
ATRACCIONES ELECTROSTTICAS

La fuerza de atraccin entre dos cargas,

+
y

,
Eecae rpidamente a medida que la distancia
entre las cargas aumenta.
En ausencia de agua, las fuerzas inicas son muy grandes.
Son las responsables de la dureza de minerales tales como
el mrmol y el gata, y de la formacin de cristales
de sal comn, NaCl.
un cristal
de sal, NaCl
H N
H
H
+
+
O H O
H
H
Na
+
Na
Na
Na
Na
+
+
+
+ +
Cl
Cl
Cl
Cl
Cl
Cl

Na
+
+
sustrato

enzima
1 mm
El agua y las sales debilitan las atracciones
electrostticas, pero son muy importantes en los
sistemas biolgicos. Por ejemplo, una enzima que se
une a un sustrato cargado positivamente a menudo
presenta un aminocido cuya cadena lateral est
cargada negativamente en el lugar apropiado.
$"156-01"/&-&4 111