Exame de Bioqumica 1 poca 7/7/2011

(2 valores) 1. A figura esquematiza uma clula. Tabela 1. componentes celulares A DNA cromossmico ou cromossoma B- retculo endoplasmtico C- pili D-flagelo E- ribossoma F- ncleo G- membrana plasmtica H - parede celular I periplasma (espao intermembranar) J - citoplasma K- plasmdeo L Complexo de Golgi

a) Indique a que tipo de organismo a clula pertence. b) Faa a legenda da figura com base na lista de componentes celulares apresentada na Tabela 1. c) Indique, com base no tipo de organismo onde decorrem as seguintes cinco vias metablicas: gliclise, ciclo dos cidos tricarboxlicos, cadeia respiratria, replicao do DNA e traduo. (1,5 valores) 2. Usando os valores de pka indicados na tabela em anexo, responda s seguintes questes. a) Identifique um aminocido a que possa corresponder a seguinte curva de titulao

b) Esquematize as reaces de equilbrio de desprotonao do aminocido, indicando a carga total da molcula em cada passo, e qual o pI. c) Da seguinte lista de pptidos a qual poderia tambm corresponder a titulao. (1) Gly-Ala-Ala-Val-Leu-His ; (2) Gly-Ala-Ala-Val-Leu-Asp; (3) Gly-Ala-Ala-Val-Leu-Val 1 de 5

(0,5 valores cada questo) 3. Indique duas das mltiplas funes desempenhadas pelas protenas. 4. Defina estrutura primria de uma protena. 5. Defina catabolismo e d um exemplo de uma via catablica. 6. Considere uma macromolcula polimrica linear, com bastante liberdade conformacional, como por exemplo uma protena. Discuta as consequncias para a conformao tridimensional da macromolcula, quando dissolvida em gua, em termos da distribuio de monmeros hidroflicos e hidrofbicos ao longo da cadeia. 7. Os lpidos so uma classe de molculas biolgicas com estruturas relativamente diversificadas. O que tm ento em comum? 8. Qual a funo dos chaperones nos sistemas celulares? (6 valores) 9. Diga se verdadeiro ou falso, e justifique ou corrija se falso. a) Podem existir protenas com uma sequncia de aminocidos da cadeia polipeptdica muito diferente e com uma estrutura tridimensional e uma funo idntica. b) A activao de um zimogneo (por exemplo,a activao da enzima gstrica Pepsina, cuja forma inactiva, o pepsinognio, hidrolisado convertendo-se na forma activa) um tipo de regulao enzimtica reversvel. c) O centro activo de um enzima local da protena onde se ligam os substratos e onde decorre a catlise. d) A DNA polimerase no consegue abrir a cadeia dupla de DNA e) A estrutura em hlice dupla do DNA estabilizada por pontes de hidrognio. f) Para a sntese da cadeia lagging strand, existe uma DNA polimerase diferente que sintetisa de 3 para 5 g) A transcrio o processo de sntese de RNA a partir de DNA e catalizado pelo sistema RNA polimerase. h) Na traduo (sntese de protenas) participam trs tipos de molculas de RNA o mRNA que contm o cdigo da sequncia de aminocidos, o tRNA que faz as ligaes peptdicas entre os aminocidos, e os rRNA ou RNA ribossomal que transportam os aminocidos, traduzindo a mensagem dos codes de nucletidos nos aminocidos correctos. i) O enzima amilase cataliza a hidrlise da amilose mas no a hidrlise da celulose, apesar dos dois compostos serem polmeros lineares de D-glucose. j) A frutose pode ser convertida em glucose pela reaco de equilbrio cetoenlico. k) O 2,6-bifosfato de frutose um intermedirio da via glicoltica. l) O lactato, produzido nos msculos pela via anaerbia da gliclise, pode ser transformado no fgado em glucose pela aco da glicognio sintase.

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(1 valores) 10. Um estudante pretende repetir a experincia de um colega em que se tinha separado a urease (pI = 5,0) da mioglobina (pI = 7,0) por cromatografia de troca inica, cujo cromatograma se encontra na figura.

a) No entanto, as condies de pH do tampo no se encontram especificadas e o aluno encontra-se indeciso quanto ao pH a utilizar. Que tampo utilizaria, a pH 3, pH 6 ou pH 9? Explique porqu. b) Esquematize o resultado que esperaria ver num gel bidimensional se aplicasse a mistura de urease e mioglobina sabendo que as Mr so 48 e 52 kDa, respectivamente. (1,5 valores) 11. A figura abaixo apresenta as estruturas de 4 cidos gordos.

Tabela 2 1. 2. 3. 4. cido linoleico 18:29,12 cido esterico 18:0 cido oleico 18:19 cido -linoleico 18:39,12,15

a) Faa a correspondncia entre as estruturas e os nomes e notaes apresentados na Tabela 2. b) Indique quais destes cidos gordos so insaturados e classifique-os segundo a nomenclatura de insaturao mega. Diga quais so essenciais nos humanos. c) Considerando que a partir de cada NADH se formam 2,5 ATP, de cada FADH2 se formam 1,5 ATP e de cada acetil-CoA se formam 10 ATP, calcule o redimento obtido da beta-oxidao do cido gordo (a).

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(2 valores) 12. O gene ABC foi amplificado por PCR usando primers que inseriram locais de corte para as enzimas de restrio BamHI e ScaI, no incio e no fim do gene. Para clonar no plasmdeo P, cujo mapa de restrio est representado, foi feita a digesto do plasmdeo P e do gene ABC com as enzimas de restrio BamHI e ScaI.

(700)

a) Qual o tamanho do plasmdeo P aps a digesto com os enzimas BamHI e ScaI? b) Qual o tamanho do plasmdeo recombinante que resultou da ligao do gene ABC ao plasmdeo P (ambos digeridos com BamHI e ScaI). c) Qual dos mapas de restrio corresponde ao plasmdeo recombinante.

d) Imagine que seleccionou as bactrias que contm plasmdeo resultante da ligao usando o antibitico ampicilina e o reagente X-gal (seleco de colnias azuis e brancas). Sabendo que o enzima LacZ (betagalactosidase) cataliza a reaco de converso do reagente X-gal num produto com cor azul, que cor espera que as bactrias que contm o plasmdeo recombinante com o gene ABC clonado tenham? E as que tiverem o plasmdeo P original?

(1,5 valores) 13. Complete os espaos A gliclise e a gliconeognese so duas vias metabolizao da glucose. Na primeira ocorre a _________(1) da glucose, na segunda d-se a _________(2) de glucose. Ambas decorrem no _________ (3) das clulas e utilizam 7 enzimas em comum que catalizam reaces reversveis, mas alguns passos so especficos pois correspondem a reaces _________ (4). Estes passos so pontos de regulao da gliclise, correspondendo fosforilao da _________(5) pela hexocinase, 4 de 5

fosforilao do 6-fosfato de frutose a _____________(6) e converso do _____________(7) a _____________(8). Na gliconeognese, as reaces inversas so catalizadas, respectivamente pela ____________ _________(9), pela _____________ ____________(10) e (em dois passos sequenciais), o primeiro pela converso de piruvato a ____________(11), catalizado pela __________ _________(12), seguido da converso do oxaloacetato em _____________ (13) pela fosfoenolpiruvato carboxicinase. Um dos pontos de regulao da metabolizao da glucose a utilizao de piruvato na mitocndria, que pode ser canalizado para o ciclo _______(14), atravs da aco do sistema ________ _________(15), que gera acetil-CoA; ou ento o piruvato pode ser convertido a oxaloacetato para entrar na via da _____________(16). Nveis elevados (acumulao) de NADH indicam abundncia de ___ (17) e vo inibir o ciclo do __________(14). Tal resulta na acumulao de _____(18)-CoA e consequente inibio do sistema piruvato desidrogenase e activao da piruvato carboxilase. Nestas condies, o piruvato ser canalizado para a via gliconeognese. (0,5 valores) 14. Com base no esquema apresentado indique que via metablica est representada e indique quais os pontos de entrada na via.
Espao intermembranar H H+ H+ H+ H+ + H

H+ +

H+

H+ H + H+ H+
Cit c

H+

H+

I
ee-

QH2

e-

II FADH

III O2

e-

IV

NAD+ Succinato NADH + H+ Fumarato

H2O

ADP + Pi

ATP

(1 valor) 15. Quando se adiciona O2 a uma suspenso de clulas que se encontravam em condies de anaerobiose e em meio rico em glucose, a velocidade de consumo de glucose diminui muito assim que o oxignio comea a ser consumido. Adicionalmente a acumulao de lactato cessa. Este efeito caracterstico da maioria das clulas que so capazes de oxidar a glucose em condies aerobias e anaerobias. a) Qual a explicao para a acumulao de lactato cessar aps a adio de O2 ao meio? b) Porque que a adio de O2 ao meio provoca a diminuio no consumo de glucose?

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Anexo I Estruturas dos aminocidos

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Anexo II pKa e pI dos aminocidos Aminocido Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina Prolina Serina Treonina Csteina Metionina Asparagina Glutamina Fenilalanina Tirosina Triptofano Lisina Arginina Histidina Aspartato Glutamato sigla Gly Ala Val Leu Ile Pro Ser Thr Cys Met Asn Gln Phe Tyr Trp Lys Arg His Asp Glu pKaC 2.4 2.4 2.3 2.3 2.3 2.0 2.2 2.1 1.9 2.1 2.1 2.2 2.2 2.2 2.5 2.2 1.8 1.8 2.0 2.1 pKaN 9.8 9.9 9.7 9.7 9.8 10.6 9.2 9.1 10.7 9.3 8.7 9.1 9.3 9.2 9.4 9.1 9.0 9.3 9.9 9.5 10.5 12.5 6.0 3.9 4.1 10.5 8.4 pKaR pI 6.10 6.15 6.00 6.00 6.05 6.30 5.70 5.60 5.15 5.70 5.40 5.65 5.75 5.70 5.95 9.80 10.75 7.65 2.95 3.10

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