Exerccios de Bioqumica

1.FUNDAMENTOS MOLECULARES DE BIOQUMICA 2.BIOMOLCULAS- COMPOSIO QUMICA, ESTRUTURA E REACTIVIDADE

1.Fundamentos moleculares de Bioqumica

SISTEMAS AQUOSOS E SUAS FUNES BIOLGICAS OS DIFERENTES TIPOS DE CLULAS E AS SUAS CARACTERSTICAS

Relembrar conceitos:
A gua polar ou apolar? Como se comportam substncias polares e

apolares neste solvente?

Considere uma macromolcula polimrica linear, com bastante

liberdade conformacional. Discuta as consequncias para a conformao da macromolcula, quando dissolvida em gua, da distribuio de monmeros hidroflicos e hidrofbicos ao longo da cadeia.
Justifique porque, para se explicar a insolubilidade de molculas

apolares em gua, correcto invocar o efeito hidrofbico e no as interaces hidrofbicas.

Que tipo de interaces so possves de ocorrer em meio aquoso

entre o solvente e/ou grupos polares das biomolculas?

Que tipo de clula esta? Escrever a legenda.

1

2
3 4 9

5 6
7 8

Que tipo de clula esta? Escrever a legenda.

11 5

6
7 8 9 10

4 1 3 2 12

Que tipo de clula esta? Escrever a legenda.

11 5 13

8 9

10

1 4 3 2 12

2. Biomolculas composio qumica, estructura e reactividade

ESTRUTURA E PROPRIEDADES DOS AMINOCIDOS E PPTIDOS

1. Entre que grupos qumicos dos aminocidos se estabelece a ligao peptdica na formao de um pptido? 2. O aminocido histidina apresenta trs grupos ionizveis com os seguintes valores de pK: pka1 =1.8 (a-carboxilo) pka2 =9.2 (a-amino) pka3 =6.0 (imidazol) a) Esquematize uma curva de titulao (pH vs equivalentes de base adicionada) indicando as espcies presentes. b) Indique na curva onde se situa o ponto isoelctrico.

3. Responda s seguintes questes com verdadeiro ou falso. Se falso explique porqu: a) S a pH muito cido ou muito bsico que a forma no ionizada de um dado aminocido predomina. b) A um valor de pH superior ao valor de pKa de um grupo ionizvel, mais de metade desses grupos esto ionizados. c) O ponto isoelctrico do triptideo Lis-Lis-Lis maior do que qualquer dos valores de pKa dos resduos individuais (lisina). 4. O grupo -carboxilo do cido glutamico tem um pKa = 4.3. a) Que fraco destes grupos esto desprotonados (i.e. na forma -COO-) em soluo diluda de cido glutmico a pH = 5.0. b) E a pH = 3.8. c) Calcule as cargas formais do glutamato para os valores de pH das alneas anteriores.

5. Porque que os aminocidos cujas cadeias laterais no so ionizveis tm propriedades anfotricas para valores de pH prximos dos fisiolgicos? 6. Quais as propriedades dos aminocidos que so relevantes para a formao da estrutura tridimensional das protenas? 7. Considere as seguintes misturas de aminocidos: a) Uma mistura de aminocidos, Ala, Ser, Fen, Arg, Asp e His sujeita a electroforese em papel a pH = 3.9. Indique a direco de migrao de cada aminocido. b) Suponha que tem uma mistura de Ala, Val, Glu e Lis a pH = 6. Calcule a carga formal de cada aminocido. Desenhe a forma da tira de papel aps ter realizado a electroforese. Indique o nodo (+) e o ctodo (-) e a origem e a posio final de cada um dos aminocidos.

8. Usando os valores de pka indicados na tabela em anexo identifique os aminocidos correspondentes as seguintes curvas de titulao:

9. Considere o seguinte peptdeo: Glu-Leu-Arg-Met-Glu-Trp-Arg-Ala-Trp-Glu a) Representando o peptdeo na forma Ln-, indique todos os equilrios desde a forma totalmente desprotonada at forma totalmente protonada referindo quais os grupos envolvidos em cada passo e os respectivos valores de pKa. b) Desenhe a curva de titulao. c) Calcule o pH do ponto isoelctrico.

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PROTENAS
PROPRIEDADES, FUNES E ESTRUCTURAS

Questes
1. Descreva duas das mltiplas funes desempenhadas pelas protenas? 2. Defina estrutura primria de uma protena. 3. Qual a estrutura da ligao peptdica? 4. Examine o seguinte tetrapptido:

a) Desenhe caixas em torno de cada uma das ligaes peptdicas.

b) Qual o significado dos grupos R? c) Entre que ligaes da cadeia principal existe livre rotao?

5. Como se designam genericamente as protenas constitudas por mais de uma cadeia polipeptdica?

Questes
6. Caracterize o padro de pontes de hidrognio numa hlice e numa folha . 7. O que uma hlice anfiptica ou anfiflica? 8. Designa-se por tetramrica uma protena constituda por quatro subunidades. a) Distinga um homotetrmero de um heterotetrmero. b) D um exemplo de uma protena de uma protena heterotetramrica.

9. Defina domnio estrutural

10. A ligao de um ligando a uma protena liberta molculas de gua coordenadas. Explique a razo pela qual este processo favorece a formao do complexo protena-ligando.

Questes
11. Diga se verdadeiro ou falso, e justifique se falso. a) Os canais de potssio so selectivos para ies potssio. A sua estrutura cria um filtro de selectividade no canal cuja flexibilidade reduzida e o seu dimetro interno adequado travessia de ies K+ na forma hidratada. b) A hemoglobina uma protena com a funo especfica de transportar oxignio dos pulmes para todas as clulas do organismo. Nos tecidos, o CO2 provoca o aumento do pH o que inibe a libertao de oxignio. c) Podem existir protenas com uma sequncia de aminocidos da cadeia polipeptdica muito diferente e com uma estrutura tridimensional e uma funo idntica. 12. Qual a funo dos chaperones nos sistemas celulares? 13. Quais os factores determinantes para a estabilidade do estado nativo de uma protena?

2. Biomolculas composio qumica, estructura e reactividade

PROTENAS
MTODOS DE SEPARAO, PURIFICAO, QUANTIFICAO E CARACTERIZAO DE PROTENAS.

Questes
1. Um estudante desenvolveu vrios passos para purificar a ribonuclease, uma protena que possui massa molecular aproximadamente de 13 000 Da. Quando analisou uma fraco precipitada com sulfato de amnio por electroforese em gis de poliacrilamida contendo SDS, observou a presena de dois polipptidos contaminantes. O polipptido A com massa

molecular de 14 000 e o polipptido B com massa molecular 75 000. A anlise dos

polipptidos por focagem isoelctrica revelou que o polipptido A possui um ponto isoelctrico 4 unidades mais acdico do que o da ribonuclease, enquanto que o polipptido B possui um pI idntico ao da protena que se pretende purificar. Que tcnicas sugeriria ao seu colega para a separao eficiente da ribonuclease das protenas contaminantes? Fundamente a sua resposta com base nos princpios das tcnicas que escolheu.

Questes
2. Um estudante pretende repetir a experincia de um colega em que se tinha separado a urease (pI = 5,0) da mioglobina (pI = 7,0) por cromatografia de troca inica, cujo cromatograma se encontra na figura.

No entanto, as condies de pH do tampo no se encontram especificadas e o aluno encontra-se indeciso quanto ao pH a utilizar. Que tampo utilizaria, a pH 3, pH 6 ou pH 9? Explique porqu.

Questes
3. A massa molecular duma protena desconhecida foi analisada por cromatografia de excluso numa coluna de Sephacryl S-300. Como padres utilizaram-se as seguintes protenas: albumina de soro bovino (66 000), aldolase (158 000), catalase (210 000), ferritina (440 000) e tiroglobulina (670 000). Os volumes de eluio (em ml) obtidos foram: 13,6 16,2 18,4 20,0 22,5 a) Faa a correspondncia entre os volumes de eluio e os padres que lhes correspondem. b) O volume de eluio da protena Desconhecida de 19,0 ml. Calcule a massa molecular relativa desta protena

Questes
4. Aps purificao parcial de uma protena, encontraram-se na amostra analisada por electroforese bidimensional quatro spots com as seguintes caractersticas
Polipeptido A B C D Massa molecular 15 kDa 15 kDa 53 kDa 22 kDa pI 4 8 6,6 6,6 Faa um esquema com o arranjo relativo que estaria espera de encontrar no gel bidimensional.

Questes
5. Um grupo de investigao em fisiologia vegetal descobriu uma nova protena que expressa nos cotildones do termoceiro. Isolaram a protena e produziram anticorpos policlonais especficos contra essa protena em coelho. Um dos problemas cientficos que um novo estagirio tem para resolver descobrir se esta protena tambm expressa nos cotildones

de outras espcies vegetais. Qual o mtodo que melhor se adequaria a fazer tal estudo?

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ENZIMAS
PROPRIEDADES, CINTICA ENZIMTICA E REGULAO DA ACTIVIDADE ENZIMTICA

Questes
1. Um enzima possue quantos nomes? Diga quais e defina-os. 2. O enzima fumarase catalisa a hidratao do cido fumrico a L-malato, mas no catalisa a hidratao do cido maleico (ismero cis do cido fumrico). Trata-se de um exemplo de: a) Actividade biolgica. b) Actividade quiral. c) Racemizao. d) Estereoisomerizao. e) Estereospecificidade.

3. O nmero EC da Enzyme comission define: a) o organismo fonte do enzima b) o tipo de enzima c) a reaco catalizada pelo enzima

Questes
4. Defina: a) Velocidade de uma reaco enzimtica. b) Actividade de um extracto enzimtico ou actividade enzimtica. c) Actividade especfica de um enzima. 5. Defina velocidade inicial de uma reaco enzimtica. 6. Distinga inibio reversvel de inibio irreversvel. 7. Indique dois factores que influenciam a actividade enzimtica.

8. Considere que tem um enzima CAT1 cujo mecanismo de reaco do tipo UniUni e outro enzima CAT2 cujo mecanismo de reaco BiBi Ping Pong. a) Esquematize as reaces catalizadas por cada um dos enzimas (use A,B,C... para reagentes e P,Q,R... para produtos). b) Considere para o enzima CAT1 um Km de 200 uM e Vmx de 30 nmol/min. Diga quais as velocidades iniciais que prev medir em ensaios enzimticos na presena de 200 uM, 2 mM e 4 mM de substrato.

Questes
9. Pode aplicar-se a cintica de Michaelis-Menten ao estudo de uma reaco enzimtica em que existe inibio por um inibidor anticompetitivo? 10. Indique que tipos de inibio reversvel existem. 11. Qual a diferena entre cooperatividade positiva e negativa? 12. A activao de um zimogneo um tipo de regulao enzimtica reversvel? Explique. 13. Indique um tipo de regulao covalente reversvel de enzimas. 14. Defina centro activo e centro alostreo.

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CIDOS NUCLEICOS (ADN E ARN)
ORGANIZAO ESTRUTURAL, FUNO, REPLICAO, TRANSCRIO E TRADUO

Questes
1. Diga quais as protenas associadas ao DNA em clulas eucariotas e qual a estrutura bsica da cromatina durante a interfase.
2. Indique as diferenas fundamentais na organizao dos genes entre os procariotas e eucariotas. 3. Diga se verdadeiro ou falso. Justifique se for falso. a) Para a replicao do DNA so necessrias vrias enzimas, incluindo a DNA polimerase,a topoisomerase, a helicase e a primase b) A DNA polimerase consegue abrir a cadeia dupla

c) O garfo de replicao tem a forma de X

d) Para a sntese da cadeia lagging strand, existe uma DNA polimerase diferente que sintetisa de 3 para 5 e) Existe uma nica origem de replicao nos cromossomas procariticos e eucariticos f) As mutaes introduzidas pela DNA polimerase durante a replicao podem ser reparadas pela primase

Questes
4. Como os cromossomas eucariticos so lineares impossvel replicar a cadeia lagging at ao final. Diga sucintamente qual a principal consequncia deste fenmeno? Qual a sua funo? Que enzima est envolvida na correo deste efeito?
5. Indique um mecanismo de reparao de mutaes. 6. Qual a molcula que funciona na transferncia de informao do ncleo para o citoplasma? 7. Qual o complexo enzimtico envolvido na sntese de RNA a partir de DNA e como se chama o processo? 8. Diga se verdadeiro ou falso, e justifique se falso. a) Existe uma RNA polimerase em eucaritas e 3 RNA polimerases diferentes em procaritas b) A RNA polimerase II responsvel pela transcrio dos genes que codificam protenas c) Em procariotas sempre necessrio a presena de factores de transcrio para a ligao da RNA polimerase e iniciao da transcrio.

Questes
9. D sucintamente um exemplo de uma forma de regulao da transcrio de um gene. 10. Em quantos passos se divide o processo de transcrio nos procariotas.?E nos eucariotas? 11. O transcrito primrio do gene da ovalbumina tem 7700 nucletidos, mas o mRNA maturo que traduzido no ribossoma contm 1872 nucletidos. Porque que os pr-mRNA eucariotas ficam mais pequenos durante o processamento de RNA, e qual a maquinaria envolvida neste processamento? 12. Indique os diferentes passos em que consiste o processamento de RNA nuclear em eucariotas. 13. Refira resumidamente a composio e funo de um ribossoma e o que entende por polirribossomas. 14. Indique algumas caractersticas do cdigo gentico.

15. Descreva as molculas intervenientes na traduo e qual a sua funo.

16. Um ribossoma formado por quantas subunidades? Indique a principal actividade de cada uma.

2. Biomolculas composio qumica, estructura e reactividade

CIDOS NUCLEICOS (ADN E ARN)
TCNICAS DE GENTICA MOLECULAR OU BIOLOGIA MOLECULAR MANIPULAO DE DNA RECOMBINANTE

Questes
1. O vector de clonagem pBR322 pode ser cortado com a enzima de restrico PstI. Um fragmento de DNA de um genoma eucariota foi obtido por digesto com PstI e ligado ao vector cortado. A mistura de ligao foi depois transformada para clulas hospedeiras de Escherichia coli. As bactrias que continham plasmdeo foram depois seleccionadas por crescimento em meio com tetraciclina. a) Para alm do plasmdeo recombinante desejado, que outros tipos de plasmdeos podero ser encontrados nos transformantes que so resistentes tetraciclina? b) Existem vrias formas para distinguir os transformantes com plasmdeo recombinante dos outros transformantes, falsos positivos. Escolha uma e explique. c) O fragmento clonado tem 1000 pbs (1 kb) e um local de restrico para EcoRI a 250 pb de uma das extremidades. Trs plasmdeos recombinantes (plasmdeo 2, 3 e 4) foram cortados com EcoRI e analizados em gel de electroforese (poos 2, 3 e 4, respectivamente). A digesto do vector original com EcoRI foi analizada no poo 5. Estime os valores das bandas do gel para cada poo. d) No vector original, os locais de restrico EcorI e PstI esto distanciados por 750 pbs e o plasmdeo inteiro tem 4.361 pbs. Desenhe o mapa de restrico para os plasmdeos recombinantes que resultaram nestes trs padres de digesto. 1 2 3 4 5
12 kbs 8 kbs 5 kbs 3 kbs 2 kbs
1000 pbs 800 pbs 500 pbs 300 pbs 100 pbs

Questes
2. Para expressar uma protena de uma bactria, um aluno desenhou primers para clonar o respectivo gene incluindo os locais de corte para as enzimas NdeI e HindIII no upper e lower primer. Escolheu fazer a clonagem no vector pET28a. a) Tendo em conta o mapa de restrio da regio MCS do pET28,a esquematize a protena esperada (presena de tags)

b) Quando efectuou a ligao, o aluno no obteve transformantes. Com base no mapa de restrio do insert explique porqu.

c) Que soluo prope para conseguir clonar o gene neste vector.

Questes
3. Um fragmento de DNA resultante de um corte EcoRI foi clonada num plasmdeo. O plasmdeo resultante tem 8 kb. a) Com base no mapa de restrio diga o tamanho do insert. b) Se fizer um digesto do plasmdeo com HindIII quantos produtos obtm , e de que tamanho c) Diga a que digestes corresponde cada uma das linhas 1 2 3

Questes
4. Ao fazer a clonagem de um gene de Staphylococcus aureus com 2,7 kb usando BamHI e EcoRI em pUC18, defina a estratgia que usaria para: a) amplificar o gene a partir de DNA genmico de S. aureus (que tcnica, o que incluir nos primers, etc) b) Clonar o gene no vector (esquematize os passos) b) Selecionar transformantes de E. coli com o DNA recombinante c) Purificar o plasmdeo recombinante e confirmar a insero do gene, sabendo que tem disponvel os primers M13 Forward e M13 Rev, e os enzimas BamHI, EcoRI, ScaI, e XmnI. Preveja os resultados em caso negativo e positivo. d) O que obtinha se digerisse o plasmdeo recombinante com BamHI e EcoRI.

2000 XmnI

Questes
5. O que so enzimas de restrio? 6. Explique o processo de clonagem de um fragmento de DNA num vector. 7. Explique o processo de amplificao de DNA pela reao de polimerizao em cadeia (PCR). 8. Descreva sucintamente uma aplicao para a tcnica de PCR.

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LPIDOS ESTRUTURA E FUNO

Questes
1. Os lpidos so uma classe de molculas biolgicas com estruturas relativamente diversificadas. O que tm ento em comum? 2. Defina cidos gordos e indique a sua frmula qumica bsica.

3. Das reaces de halogenao, de esterificao, e de saponificao s uma no comum a todos os cidos gordos. Qual? Para que serve?
4. A partir da notao do cido linoleico 18:29,12 , indique as suas caractersticas incluindo se ter um ponto de fuso alto ou baixo.

5. Que tipos de cidos gordos insaturados so essenciais para mamferos. Porqu?

6. Diga qual a estrutura bsica de cada um destes lpidos: a) Acilglicridos b) Fosfoglicridos c) Esfingolpidos

Questes
7. Indique dois derivados do colesterol e as suas funes fisiolgicas. Qual o nome deste tipo de lpidos. 8. Os esterides so derivados do terpeno esqualeno (C30), mas no so terpenos. Porqu? 9. Qual a funo dos triacilgliceridos nos mamferos? E nos procariotas? 10. No protocolo da quantificao de protenas do leite, o passo inicial consistia na adio de NaOH seguido de fervura durante 5 min. Qual a reaco que ocorre? 11. Que cuidados se deve ter na indstria alimentar quando se induz quimicamente a insaturao de cidos gordos? 12. Como actuam os frmacos anti-inflamatrios paracetamol e cido acetilsaliclico.

2. Biomolculas composio qumica, estructura e reactividade

LPIDOS MEMBRANAS BIOLGICAS E TRANSPORTE

Questes
1. Justifique a seguinte afirmao: Triglicridos e colesterol esterificado no fazem parte da bicamada lipdica. 2. As membranas biolgicas constituem uma barreira hidrfoba que impede a passagem de substncias hidrfilas. Refira como possvel o transporte destas substncias atravs das membranas biolgicas, muitas vezes contra o seu gradiente de concentrao. 3. Relativamente s protenas da membrana do eritrcito, indique se verdadeiro ou falso (justifique se falso): a) O trocador aninico bicarbonato-cloreto uma protena extrnseca da membrana, enquanto a espectrina uma protena intrnseca. b) A espectrina ajuda a manter a forma e a integridade dos eritrcitos.

c) A espectrina liga-se aos componentes da membrana plasmtica atravs da actina.

d) O trocador aninico (protena da banda 3) permite a troca entre o sdio e o cloro.

Questes
4. Aps um potencial de aco (PA) ocorre a repolarizao da membrana. Qual dos seguintes eventos explica esta observao? a) Abertura de canais de clcio sensveis voltagem. b) Abertura de canais de potssio. c) Abertura de canais de sdio. d) Inactivao dos canais de potssio. e) A membrana torna-se impermevel a todos os ies.

2. Biomolculas composio qumica, estructura e reactividade

GLCIDOS OU GLCIDOS ESTRUTURA E FUNO

Questes
1. Represente em notao de Lewis uma 2-cetopentose, uma hexoaldose e uma cetotriose sua escolha. Indique tambm a tracejado como ciclizaro preferencialmente e que tipo de anel formam. 2. Qual das seguintes formas cclicas um dos possveis resultados da ciclizao da ose linear?

3. Em que difere a constituio molecular da amilopectina da do glicognio? 4. Qual o nmero de estereoismeros para a classe das 2-cetotetroses? 5. O enzima amilase cataliza a hidrlise da amilose mas no a hidrlise da celulose, apesar dos dois compostos serem polmeros lineares de D-glucose. Porqu?

Questes
6. Nas glucoprotenas a parte glucdica liga-se nalguns casos a um resduo de serina. Com base na estruturas apresentadas a) Proponha um conjunto de reaces bioquimicamente plausvel para a sntese dessa ligao. b) indique por setas como se processa a ligao glucosdica. (ligue com setas dos tomos nuclefilos para os tomos electrfilos.)

7. Diga se verdadeiro ou falso. Justifique se falso. a) A Maltose (O--D-glucopiranosil-(1,4)- ou -D glucopiransido) e a celobiose (O--D-glucopiranosil-(1,4)- ou -D glucopiransido) so disidos resultantes da degradao da celulose e do amido, respectivamente. b) A frutose pode ser convertida em glucose pela reaco de equilbrio cetoenlico.