06E Dinamica y Funcion Del Genoma

Dinmica y Funcin del Genoma
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Mantenimiento y variabilidad del genoma: enzimologa de la replicacin y reparacin de DNA. Luis Blanco Dvila Bases moleculares de la citopatologa viral y fngica Luis Carrasco Llamas Biognesis y Funcin de la Mitocondria y su Repercusin en Patologa Jos Manuel Cuezva Marcos Sntesis de protenas y su regulacin en eucariontes Csar de Haro Castella Regulacion post-transcripcional de la expresion gnica en levaduras Juan Pedro Garca Ballesta y Miguel Remacha Moreno Organizacin funcional del genoma de mamferos Mara Gmez Replicacin del DNA, divisin celular y cromatina Crisanto Gutirrez Armenta Redes reguladoras de la expresin gnica Jos Mara Izquierdo Jurez Iniciacin interna de la traduccin en mRNAs eucariticos Encarnacin Martnez-Salas Regulacin de la expresin gnica en Leishmania Jos Mara Requena Rolana Replicacin y transcripcin del DNA del bacterifago 29 Margarita Salas Falgueras Bases moleculares de la regulacin post-transcripcional en eucariotas Jos Manuel Sierra Prez Replicacin cromosmica y estabilidad del genoma Jos Antonio Tercero Ordua Bases moleculares de las enfermedades metablicas hereditarias Magdalena Ugarte
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Mantenimiento y variabilidad del genoma: enzimologa de la replicacin y reparacin de DNA.

Resumen Investigacin
Home Nuestra investigacin est centrada en el estudio de dos DNA polimerasas encargadas de reparar las dobles roturas de cadena de DNA (DSBs) en mamferos, Pol (lambda) y Pol (mu), identificadas por nuestro grupo en 1999. Por su participacin en el proceso de NHEJ, estos dos enzimas son cruciales para el mantenimiento de la estabilidad genmica y para proporcionar la variabilidad necesaria en determinados genes, como en el caso de los receptores de antgeno. La promiscuidad de la sntesis catalizada por estas enzimas podra contribuir al fenotipo mutador asociado a procesos tumorales, como hemos demostrado recientemente para una variante polimrfica de la Pol humana asociada a cncer de recto. En nuestro grupo se abordan tanto aspectos mecansticos de la funcin de estos enzimas, como anlisis ms fisiolgicos derivados de modelos murinos de deficiencia (KO), o de variantes naturales (polimorfismos) de estas DNA polimerasas. Asimismo, abordamos el proceso de reparacin de roturas de doble cadena via NHEJ de una forma mas amplia, utilizando modelos de levadura (Schizosaccharomyces pombe) e incluso bacterianos (Mycobacterium tuberculosis). En este ltimo caso, y en colaboracin con el Profesor Aidan J. Doherty (Univ. Sussex, UK) hemos demostrado paralelismos funcionales con Pol y Pol humanas, siendo los primeros en obtener la estructura 3D del paso de sinapsis asociado a la reparacin de DSBs por la va de NHEJ, correspondiente al componente de polimerizacin de M. tuberculosis, un enzima perteneciente a la familia AEP de primasas de tipo eucaritico. Recientemente hemos identificado un nuevo tipo de DNA polimerasa que parece implicada en tolerancia al dao durante la replicacin de DNA. Una vez llevada a cabo una caracterizacin enzimtica preliminar, y conseguido un modelo murino KO viable, hemos comenzado un estudio multidisciplinar, en colaboracin con otros laboratorios de investigacin, para tratar de ahondar en la funcin de esta novedosa enzima.
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Figura 1. Eficiencia frente a fidelidad en la reparacin del DNA. En la figura se esquematiza la capacidad de Pol de aadir nucletidos al azar (N) a un extremo del DNA mediante su transferasa terminal (esquema 1), as como su capacidad de conectar los dos extremos de una rotura de doble cadena mediante la incorporacin de nucletidos correctos (esquema 2) o incorrectos (esquema 3). A lo largo de la evolucin, el gen ancestral de Pol fue duplicado en nuestro genoma, lo que permiti la aparicin de otra DNA polimerasa, denominada transferasa terminal o TdT (idntica a la Pol en el 42% de su secuencia de aminocidos), cuya ecuacin eficiencia/fidelidad fue modificada para dar lugar a un enzima mucho ms eficiente en la incorporacin de nucletidos pero con nula fidelidad de copia, unas propiedades idneas para su funcin en generar variabilidad gentica (Andrade et al., PNAS 2009).
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Figura 2 Implicacin de la DNA polimerasa mu (Pol) en las reordenaciones DJH que ocurren en el embrin murino. Las conexiones DJH que ocurren en el embrin difieren de las observadas en la vida perinatal por la presencia de cortos tramos de nucleotides introducidos al azar (N). Si bien la mayora de estos nucletidos N introducidos en el adulto se deben a la actividad de la TdT, las Ns introducidas en el embrin son debidas a la actividad de Pol, tal como se dedujo de su ausencia en embriones del modelo Pol KO. Estos resultados indican que la Pol, expresada abundantemente durante la ontogenia mas temprana, participa en la reparacin de las dobles roturas de cadena mediadas por RAG, preservando la estabilidad genmica y la homeostasis celular de los precursores linfohematopoiticos durante el desarrollo (Gozalbo et al. MCB 2009).
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Jefe de Lnea: Luis Blanco Dvila Personal Cientfico: Mara Martnez Jimnez Jos Ruiz Prez
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Postdoctorales: Mara Victoria Garca Ortiz Arancha Snchez Snchez Gloria Terrados Aguado Vernica Esteban Martn Sandra Chocrn Benloulo Becarios Predoctorales: Mara Jos Martn Pereira Ana Gmez Bedoya Sara Garca Gmez Ana Aza Montoya Estudiantes: Guillermo Sastre Moreno Marcos Gallego Llorente Pablo Surez Corts Tcnico de Investigacin: Susana Guerra Gonzlez
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Gozalbo-Lpez, B., Andrade, P., Terrados, G., de Andrs, B., Serrano, N., Cortegano, I., Palacios, B., Bernad, A., Blanco, L., Marcos, M.A. and Gaspar, M.L. (2009) A role for DNA polymerase in the emerging DJH rearrangements of the postgastrulation mouse embryo. Mol. Cell Biol. 29, 1266-1275.
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Lucas, D., Escudero, B., Ligos, J.M., Segovia, J.C., Estrada, J.C., Terrados, G., Blanco, L., Samper, E. and Bernad, A. (2009) Altered hematopoiesis in mice lacking DNA polymerase is due to inefficient double strand break repair. PLoS Genetics Feb;5(2):e1000389. Andrade, P., Martn, M.J., Jurez, R., Lpez de Saro, F. and Blanco, L. (2009) Limited terminal transferase in human DNA polymerase I defines the required balance between accuracy and efficiency in NHEJ. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 16203- 16208.
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Terrados, G., Capp, J.-P., Canitrot, Y., Garca-Daz, M., Bebenek, K., Kirchhoff, T., Villanueva, A., Boudsoq, F., Bergoglio, V., Cazaux, C., Kunkel, T.A., Hoffmann, J.S. and Blanco, L. (2009) Characterization of a Natural Mutator Variant of Human DNA Polymerase l which Promotes Chromosomal Instability by Compromising NHEJ. PLoS ONE Oct 6;4(10):e7290. de Vega, M., Lzaro, J.M., Menca, M., Blanco, L., Salas, M. (2010) Improvement of 29 DNA polymerase amplification performance by fusion of DNA binding motifs. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107, 16506-16511. Capp, J.P., Boudsocq, F., Bergoglio, V., Trouche, D., Cazaux, C., Blanco, L., Hoffmann, J.S., Canitrot, Y. (2010) The R438W polymorphism of human DNA polymerase lambda triggers cellular sensitivity to camptothecin by compromising the homologous recombinatioin repair pathway. Carcinogenesis 31, 1742-1747.
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Otras Actividades
Home Creacin de una spin-off (X-Pol Biotech S.L.) para el desarrollo de aplicaciones biotecnolgicas de DNA polimerasas. http://www.xpolbiotech.com/es/index.html Exit Coordinador del modulo (BM6): Estabilidad del la Informacin Gentica: Replicacin, Reparacin y Mutagnesis, correspondiente al Master en Biologa Molecular y Celular, impartido por la Universidad Autonoma de Madrid (UAM).

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Home M. Salas, M. de Vega, JM. Lzaro, L. Blanco, M. Menca. Mtodo para la replicacin, amplificacin o secuenciacin de un ADN molde. Nmero de prioridad/Priority number: P200930412. Pas de prioridad/Country of priority: Espaa. Fecha de prioridad/Priority date: 2/ Julio /2009. PCT: PCT/ES2010/070456 Priority date: 1/ Julio/2010. Propietario/ Owner: CSIC. Licenciatario/Licensee: X-Pol Biotech S.L. M.Salas, M. de Vega, JM. Lzaro, L. Blanco, M. Menca. Quimeras de ADN polimerasas del fago phi29. Nmero de prioridad/Priority number: P200930413. Pas de prioridad/ Country of priority: Espaa. Fecha de prioridad/Priority date: 2nd/ July /2009. Propietario/ Owner: CSIC. Licenciatario/Licensee: X-Pol Biotech S.L. L. Blanco y R. Jurez. Mutantes de la ADN polimerasa mu. Nmero de prioridad/Priority number: P200901943. Pas de prioridad/Country of priority: Espaa. Fecha de prioridad/ Priority date: 2/ Octubre /2009. Propietario/Owner: X-Pol Biotech S.L.
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Home Paula Andrade Vivero (2009). Anlisis mutacional de la actividad transferasa terminal de la DNA polimerasa humana. Universidad Autnoma de Madrid. Director: Luis Blanco Dvila. Arancha Snchez Snchez (2009). Caracterizacin bioqumica y funcional de la ADN polimerasa 4 de Schizosaccharomyces pombe. Universidad Autnoma de Madrid. Director: Luis Blanco Dvila.
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Gloria Terrados Aguado (2010). Universidad Autnoma de Madrid. Funcin de la DNA polimerasa lambda en reparacin de DNA y tumorognesis. Director: Luis Blanco Dvila.
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Bases moleculares de la citopatologa viral y fngica

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El principal objetivo de nuestro grupo es el anlisis de protenas virales que producen dao en las clulas de mamfero durante la replicacin viral, as como los mecanismos que regulan la traduccin de mRNAs virales y celulares. Nos hemos centrado en dos grupos de protenas citopatognicas virales: proteasas y viroporinas. Adems, recientemente hemos comenzado una nueva lnea de investigacin dirigida a elucidar la presencia de infecciones fngicas como posibles causantes de diversas enfermedades humanas de origen desconocido.
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Protenas virales. Regulacin de la traduccin. Nuestro grupo ha dedicado especial atencin al estudio de las proteasas de picornavirus y del HIV. Se ha estudiado el efecto de estas proteasas sobre la traduccin de diversos mRNAs y su correlacin con la hidrlisis de distintos factores (eIF4G y PABP). Adems, las proteasas de picornavirus hidrolizan distintas protenas del poro nuclear, bloqueando el transporte de RNAs celulares desde el ncleo al citoplasma. Hemos descrito que algunos mRNAs virales se pueden traducir por un mecanismo dual y que requieren distintos factores de iniciacin en funcin del contexto de la traduccin. El virus Sindbis constituye un buen modelo para estos estudios. En la actualidad, se est analizando la traduccin de mRNAs conteniendo estructuras de tipo IRES y el requerimiento de factores de iniciacin en presencia de diversas protenas virales. Por ltimo, hemos estudiado la accin de diversos pptidos derivados de la viroporina 2B de poliovirus, encontrando que un pptido de pequeo tamao es capaz de mimetizar la accin de la 2B.
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Citopatologa fngica. La levadura Candida famata est implicada en la etiologa de la retinopata zonal oculta (AZOOR). Hemos desarrollado diversos ensayos para determinar la presencia de infeccin fngica diseminada en muestras de sangre. As, se ha determinado que diversos pacientes de AZOOR, de coroiditis serpiginosa y esclerosis mltiple muestran una infeccin fngica diseminada.

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Figura 1. Clulas BHK infectadas por el virus Sindbis. Despus de la replicacin del genoma viral y de la traduccin de los mRNAs virales se producen nuevas partculas que salen por gemacin.
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Jefe de Lnea: Luis Carrasco Llamas Personal Cientfico: Miguel ngel Sanz Fernndez
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Postdoctorales: Alfredo Castell Palomares Maria Vanesa Madam Renes Enrique lvarez Gmez
Becarios Predoctorales: Ruth Alonso Valledor Maria Valvanera Fernndez Laso Pablo Moral Lpez Natalia Redondo Sevillano Ewelina Welnowska Manuel Garca Moreno Cientficos visitantes: Tinka Hogeling Florencia Linero
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Tcnico de Investigacin: Juan Francisco Fernndez Garca Carmen Hermoso Crispn Diana Pisa Garca

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Sanz, M.A., Castell, A., Ventoso, I., Berlanga, J. and Carrasco, L. (2009). Dual mechanism for the initiation of translation of subgenomic mRNA from Sindbis virus in infected and uninfected cells. PLoS ONE 4, e4772. Castell, A., Quintas, A., Snchez, E.G., Sabina, P., Nogal, M., Carrasco, L. and Revilla, Y. (2009). Regulation of host translational machinery by African swine fever virus. PLoS Pathog. 5, e1000562. Castell, A., Izquierdo, J.M., Welnowska, E. and Carrasco, L. (2009). RNA nuclear export is blocked by poliovirus 2A protease and is concomitant with nucleoporin cleavage. J. Cell Sci. 122, 3799-3809. Welnowska, E., Castell, A., Moral, P. and Carrasco, L. (2009). Translation of mRNAs from vesicular stomatitis virus and vaccinia virus is differentially blocked in cells with depletion of eIF4GI and/or eIF4GII. J. Mol. Biol. 394, 506-521.
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Castell, A., Franco, D., Berlanga, J.J., Alvarez, E., Wimmer, E. and Carrasco, L. (2009). HIV- 1 protease inhibits cap- and poly(A)-dependent translation upon eIF4GI and PABP cleavage. PLoS ONE 4, e7977. Madan, V., Snchez-Martnez, S., Carrasco, L. and Nieva, J.L. (2010). A peptide based on the pore-forming domain of pro-apoptotic poliovirus 2B viroporin targets mitochondria. Biochim. Biophys. Acta 1798, 52-58. Madan, V., Redondo, N. and Carrasco, L. (2010). Cell permeabilization by poliovirus 2B viroporin triggers bystander permeabilization in neighbouring cells through a mechanism involving gap junctions. Cell. Microbiol. 12, 1144-1157. Benito-Leon, J., Pisa, D., Alonso, R., Calleja, P., Daz-Snchez, M. and Carrasco, L. (2010). Association between multiple sclerosis and candida species: evidence from a case-control study. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 29, 1139-1145. Sanz, M.A., Welnowska, E., Redondo, N. and Carrasco, L. (2010). Translation driven by picornavirus IRES is hampered from Sindbis virus replicons: Rescue by poliovirus 2A protease. J. Mol. Biol. 402, 101-117.
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D. Pisa, L. Kremer y L. Carrasco (2009). Anticuerpo monoclonal que reconoce la protena GAPDH de Candida famata. Entidad Titular: UAM. N solicitud: P0200930966.
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Biognesis y Funcin de la Mitocondria y su Repercusin en Patologa

Resumen de Investigacin
Home El objetivo de esta lnea de investigacin es la caracterizacin de los mecanismos celulares y moleculares que regulan la biognesis y funcin de las mitocondrias en clulas de mamfero. Nuestros estudios se centran en el complejo de la H+-ATP sintasa, sistema enzimtico cuello de botella de la generacin de energa biolgica que tambin est implicado en la ejecucin de la muerte celular. Por la implicacin evidente que la mitocondria tiene en patologa humana (envejecimiento, cncer, diabetes, neurodegeneracin y enfermedades raras) hacemos especial hincapi en el estudio de aquellos mecanismos cuya alteracin conduce a la expresin de un fenotipo mitocondrial aberrante, incidiendo directamente en patologas asociadas a defectos primarios de la H+-ATP sintasa. En la actualidad, estudiamos los mecanismos que regulan la represin de la biognesis y funcin bioenergtica de la mitocondria en cncer y, ms especficamente, de aquellos que controlan la traduccin del mRNA de su subunidad cataltica (-F1-ATPasa). Por otro lado, estudiamos los mecanismos de participacin de la H+-ATP sintasa en muerte celular. Debido a la ausencia de modelos experimentales que permitan el estudio de estas patologas, nuestro grupo lidera el desarrollo de modelos celulares y animales de interferencia regulada de la actividad de la H+-ATP sintasa por sobre-expresin del inhibidor fisiolgico IF1 y de sus formas mutantes. Adems, producimos mAbs de alta afinidad contra protenas del metabolismo energtico, desarrollamos forward y reverse phase protein microarrays y validamos su utilidad como marcadores para el diagnstico y pronstico de estas enfermedades. El objetivo final de estos estudios es evidentemente traslacional y consiste en el desarrollo de nuevas herramientas diagnsticas para su implementacin en el mbito de la clnica con la finalidad de contribuir en la mejora del manejo clnico de los pacientes afectados por disfunciones de la mitocondria.
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Figura 1. La represin de la biognesis mitocondrial promueve la generacin de carcinomas. Las clulas con funcin mitocondrial (M+SM) no generan tumores. Por contra, las clulas con represin de los genes de la mitocondria (G) producen carcinomas. Figura 2. El inhibidor de la H+-ATP sintasa (IF1) es un regulador clave del metabolismo energtico de la clula tumoral. Se muestra la localizacin mitocondrial de IF1 (verde) y la sobreexpresin de IF1 en carcinomas (T) humanos de mama y pulmn respecto del tejido normal (N) del mismo paciente.
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Jefe de Lnea: Jos Manuel Cuezva Marcos Personal Cientfico: Mara Snchez-Arag Laura Formentini Postdoctorales: Zaira Ortega Llorente Marcos Aldea Romero lvaro D. Ortega Moreno Becarios Predoctorales: Imke Willers Laura Snchez-Cenizo Inmaculada Martnez Reyes Fulvio Santacatterina Estudiantes: Marta Velasco Martn Irene Medel Serrano Javier Garca Bermdez
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Tcnicos de Investigacin: Margarita Chamorro Bello Cristina Nez de Arenas Flores Cientficos Visitantes: Mara Morn Bermejo (Hospital 12 de 0ctubre, Madrid) Mariv Cascajo Almenara (CIBERER, Sevilla) Gustavo Ferrn Snchez (Hospital Reina Sofa, Crdoba)
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Ortega, A.D., Snchez-Arag, M., Giner, D., Willer, I., Snchez-Cenizo, L. and Cuezva, J.M. (2009) Glucose avidity of carcinomas. Cancer Lett. 276, 125-135.
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Cuezva, J.M., Ortega, A.D., Willers, I., Snchez-Cenizo, L., Aldea, M. and Snchez-Arag, M. (2009) The tumor suppressor function of mitochondria: Translation into the clinics. Biochem. Biophys. Acta-Molecular Basis of Disease 1792, 1145-1158. Acebo, P., Giner, D., Calvo, P., Blanco-Rivero, A., Ortega, A.D., Fernandez, P.L., Roncador, G., FernandezMalave, E., Chamorro, M. and Cuezva, J,M. (2009) Cancer abolishes the cell-type specific differences in the phenotype of energetic metabolism. Transl. Oncol. 2, 138-145.
Willers, I.M., Isidoro, A., Ortega, A.D., Fernndez, P.L. and Cuezva, J.M. (2010) Selective inhibition of -F1ATPase mRNA translation in human tumors. Biochem. J. 426, 319-326. Morn, M., Rivera, H., SncheArag, M., Blzquez, A., Merinero, B., Ugalde, C., Arenas, J., Cuezva, J.M. and Martn, M.A. (2010) Mitochondrial bioenergetics and dynamics interplay in complex I-deficient fibroblast. Biochem. Biophys. Acta-Molecular Basis of Disease 1802, 443-453. Snchez-Arag, M., Chamorro, M. and Cuezva, J.M. (2010) Selection of cancer cells with repressed mitochondria triggers colon cancer progression. Carcinogenesis 31, 567-576. Snchez-Cenizo, L., Formentini, L., Aldea, M., Ortega, A.D., Garca-Huerta, P., Snchez-Arag, M. and Cuezva, J.M. (2010) Up-regulation of the ATPase Inhibitory Factor 1 (IF1) of the mitochondrial H+-ATP synthase in human tumors mediates the metabolic shift of cancer cells to a Warburg phenotype J. Biol. Chem. 285, 25308-25313. Formentini, L., Martinez-Reyes, I. and Cuezva, J.M. (2010) The mitochondrial bioenergetic capacity of carcinomas. IUBMB Life 62, 554-560. Ortega, A.D., Willers, I., Sala, S. and Cuezva, J.M. (2010) Human G3BP1 interacts with -F1-ATPase mRNA and inhibits its translation. J. Cell. Sci. 123, 2685-2696.
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Otras Actividades
Inmaculada Martnez Reyes, Premio del Biochemical Journal por su contribucin en el 35th European Symposium on Hormones and Cell Regulation: Energy Metabolism in Health and Disease. Octubre, 2010. Mont Sainte-Odile (Francia). La lnea de investigacin dirigida por el Dr. Cuezva es la Unidad CIBERER 713, del rea de Patologa Mitocondrial del CIBER de Enfermedades Raras, del Instituto de Salud Carlos III y la lnea de Metabolismo Energtico Traslacional del Instituto de Investigacin Hospital 12 de Octubre y forma parte del Consorcio MITOLAB de la Comunidad de Madrid.
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Patentes
Jose M Cuezva. (2009) Method for cancer detection, progression analysis and malign tumour prognosis based on the study of metabolic markers of the cell. Owner: Universidad Autnoma de Madrid. United States Patent and Trade Mark Office; Patent number: 10/514.771; Date: 2009/08/20.
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Mara Snchez-Arag (2009). Represin de la diferenciacin mitocondrial en progresin tumoral y en senescencia. Universidad Autnoma de Madrid. Director: Jos M. Cuezva.
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Laura Njera Botello (2010). Implicacin de las protenas mitocondriales y glucolticas en la progresin del melanoma. Universidad Complutense de Madrid. irectores: Jos Luis Rodrguez-Peralto y Jos M. Cuezva.

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Sntesis de protenas y su regulacin en eucariontes

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En clulas de mamfero, la respuesta a numerosas situaciones fisiolgicas de estrs se desencadena con la fosforilacin transitoria de la subunidad a del factor de iniciacin de la traduccin eIF2, mediante la activacin de una de sus cuatro eIF2a quinasas (HRI, PKR, PERK y GCN2), que conduce a una atenuacin general de la traduccin y a la activacin traduccional de genes especficos implicados en la adaptacin al estrs. El trabajo del laboratorio en los dos ltimos aos se ha centrado en estas lneas principales: 1) Caracterizacin funcional del efecto antiviral de GCN2 de clulas de mamfero: i) el ARN genmico de los virus de la polio (PV) y de la inmunodeficiencia humana (HIV-1) estimulan la actividad de GCN2 in vitro; ii) en clulas infectadas con PV o HIV-1 se produce una rotura proteoltica de GCN2 catalizada por una proteasa viral. 2) Respuesta diferencial de las eIF2a quinasas de Schizosaccharomyces pombe a distintas situaciones de estrs celular: i) GCN2 y Hri2p se activan tempranamente tras el estrs oxidativo y el choque trmico; y ii) la fosforilacin de eIF2a inducida por estrs oxidativo se regula negativamente por la MAP quinasa Sty1. 3) Requerimientos estructurales para la activacin de GCN2. Hemos caracterizado funcionalmente los dominios estructurales de GCN2 de clulas de mamfero que participan en su activacin in vivo e in vitro. 4) Identificacin de protenas que interactan con GCN2 de clulas de mamfero. Hemos establecido su asociacin especfica con las protenas: b-actina, drebrina, hnRNPK y vimentina. Nuestro propsito es profundizar en el conocimiento del modo de accin de esta familia de eIF2a quinasas identificando nuevas protenas que interactan con ellas. Nuestro objetivo final es desvelar el significado fisiolgico de estas quinasas y de sus moduladores, especialmente en la respuesta antiviral frente a virus ARN, as como utilizarlas como dianas teraputicas en enfermedades neurodegenerativas.
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Figura 1. Regulacin de la expresin gnica a nivel de traduccin por las eIF2a quinasas.

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Home Jefe de Lnea: Csar de Haro Castella Exit Personal Cientfico: Juan Jos Berlanga Chiquero Postdoctoral: Isabela Alonso Gonzlez
Becarios Predoctorales: Ruth Martn Martn Javier del Pino Garca Estudiantes: M Luca Morales Rodrguez Tcnico de Investigacin: Jos Alcalde Garca
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Berlanga, J.J., Rivero, D., Martn, R., Herrero, S., Moreno, S. and de Haro, C. (2010) Role of mitogenactivated protein kinase Sty1 in regulation of eukaryotic initiation factor 2alpha kinases in response to environmental stress in Schizosaccharomyces pombe. Eukaryot. Cell. 9, 194-207.
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Ventoso, I., Berlanga, J.J. and Almendral, J.M. (2010) Translation control by protein kinase R restricts minute virus of mice infection: role in parvovirus oncolysis. J.Virol. 84, 5043-51. Castell, A., Franco, D., Moral-Lpez, P., Berlanga, J.J., Alvarez, E., Wimmer, E. and Carrasco, L. (2009) HIV-1 protease inhibits Cap- and poly(A)-dependent translation upon eIF4GI and PABP cleavage. PLoS One. 4, e7997.
Sanz, M.A., Castell, A., Ventoso, I., Berlanga, J.J. and Carrasco, L. (2009) Dual mechanism for the translation of subgenomic mRNA from Sindbis Virus in infected and uninfected cells. PLoS One. 4, e4772.
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Isabela Alonso Gonzlez (2009). Caracterizacin funcional de la eIF2alfa quinasa GCN2 de clulas de mamfero. Universidad Autnoma de Madrid. Directores: Csar de Haro y Juan Jos Berlanga.
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Regulacion post-transcripcional de la expresion gnica en levaduras

Home Se desarrollan tres lneas de investigacin: A.- Ensamblaje del tallo ribosmico de Saccharomyces cerevisiae (responsable J.P. Garca Ballesta): El trabajo est enfocado en: 1: Caracterizacin estructural de los sitios de interaccin entre los componentes del tallo Ribosmico (TR) (protenas P0, P1, P2 y 26S rRNA), para entender la mecnica de su proceso de ensamblaje. 2: Determinar como se integra el ensamblaje del TR dentro del proceso global de formacin del ribosoma. Aclarar el ensamblaje del TR es esencial para entender su funcin reguladora de la traduccin que implica un proceso cclico de ensamblaje y desensamblaje. Esa informacin es tambin importante para entender el papel del TR en la activacin de protenas inactivadoras del ribosoma (RIP), como la ricina o las toxinas del tipo Shiga que tambin estamos estudiando. B.- Las protenas P y la funcin mitocondrial (responsable M. Remacha). Entre los distintos fenotipos no esenciales asociados a la ausencia de protenas P en S. cerevisiae cabe mencionar la generacin de un alto porcentaje de clulas petite, incapaces de llevar a cabo un metabolismo respiratorio. Estamos caracterizando la base molecular de defecto mitocondrial con objeto de discernir qu relacin hay entre estas protenas ribosmicas y la mitocondria, lo que sugiere una posible funcin extrarribosmica de las protenas P. C.- Respuesta a estrs (responsable M-A. Rodrguez Gabriel): Utilizamos las levaduras Saccharomyces cerevisiae y Schizosaccharomyces pombe como organismos modelo en el estudio de la respuesta a estrs y la transduccin de seales en clulas eucariticas. Estamos interesados en los mecanismos de transduccin de seales y regulacin postranscripcional de la expresin gnica que siguen a los estmulos ambientales. Nuestra investigacin se centra en el estudio de MAPKs y protenas de unin a RNA, tratando de elucidar las rutas bioqumicas que permiten conseguir la especificidad fisiolgica a la clula.
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Figura 1. Tallo ribosmico de Saccharomyces cerevisiae, formado por los heterodmeros de las protenas P1a/P2 y P1/P2a y sus sitios de interaccin en la protena P0 (verde). Se indican los aminocidos y regiones directamente implicadas en las interacciones entre los dos heterodimeros (rosa) y entre los heterodmeros y P0 (azul).
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Figura 2. Modelo del complejo formado por el heterodmero P1a/P2 y su sitio de unin en P0 mostrando mutaciones (residuos en rojo) en el extremo N-terminal de la protena P2a que desestabilizan el complejo impidiendo el ensamblaje del TR.
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Jefe de Lnea: Juan Pedro Garca Ballesta Miguel Remacha Moreno Personal Cientfico: Miguel ngel Rodrguez Gabriel Postdoctorales: Antonio Jimnez Daz Mara Rodrguez Mateos Rosario Francisco Velilla Sandra Akpe San Romn Toms Aparicio Prez Becarios Predoctorales: Mara Rodrguez Mateos Rosario Francisco Velilla Hendricka Camargo Martnez Jael Sotelo lvarez Ana Mara Matia Gonzlez Marina Portantier
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Estudiantes: Miriam Olombrada Sacristn Blanca Huertas Silvia Medina Mnica Conthe Alejandro Salgado Flores Tcnico de Investigacin: Mari Carmen Fernndez Moyano Cientficos Visitantes y Colaboraciones: Prof. John Woolford, Department of Biological Sciences,. Carnegie Mellon University, Pittsburg, USA Prof. Nilgun Tumer, Biotechnology Center, Rutgers University, New Jersey, USA Dra. Pilar Lillo, Instituto de Qumica-Fsica Rocasolano, CSIC, Madrid. Dr. Jess de la Cruz, Departamento de Gentica, Facultad de Ciencias Biolgicas, Universidad de Sevilla.
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Briceo V., Remacha M., Santos C. and Ballesta, J.P.G. (2009) Structural and functional characterization of the amino terminal domain of the yeast ribosomal stalk P1 and P2 proteins. Int. J. Biochem. Cell Biol. 41, 1315-1322.
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Rodriguez-Mateos, M., Abia, D., Garca, J.J., Morreale, A., de la Cruz, J., Santos, C., Remacha, M. and Ballesta, J.P.G. (2009) The amino terminal domain from Mrt4 protein can functionally replace the RNA binding domain of ribosomal protein P0. Nucleic Acids Res. 37, 3514-3521. Li, X-P., Chiou, J-C., Remacha, M., Ballesta, J.P.G. and Tumer, N. (2009) A two-step binding model proposed for the electrostatic interactions of ricin A chain with ribosomes. Biochemistry 48, 3853-3863.
Rodriguez-Mateos, M., Garca, J.J., Francisco-Velilla, R., de la Cruz, J., Remacha, M. and Ballesta, J.P.G., (2009) Role and dynamics of the ribosomal protein P0 and its related trans-acting factor Mrt4 during ribosome assembly in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Res. 37, 7519-7532. R. Francisco-Velilla, M. Remacha, (2010) In vivo formation of a stable pentameric (P2/P1a)-P0-(P1a/ P2) ribosomal stalk complex in Saccharomyces cerevisiae. Yeast, 27, 693-704.
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Home Mara Rodrguez Mateos (2009). Funcin de la protena Mrt4 en el ensamblaje de la protena P0 en el ribosoma. Universidad Autnoma de Madrid. Director. Juan Pedro Garca Ballesta. Exit Rosario Francisco Velilla (2009). Estudio del ensamblaje pre-ribosmico de las protenas P de Saccharomyces cerevisiae. Universidad Autnoma de Madrid. Director Miguel Remacha Moreno. Jael Sotelo lvarez Wip1: una nueva protena moduladora de la diferenciacin sexual en Schizosaccharomyces pombe. 2010. Universidad Complutense de Madrid. Director: Miguel ngel Rodrguez Gabriel.
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Organizacin funcional del genoma de mamferos

Home La identificacin y el anlisis funcional de los elementos reguladores del genoma es esencial para entender la complejidad de los eucariotas. Nuestro inters se centra en descifrar la relacin funcional entre las regiones que regulan la iniciacin de la replicacin del DNA (ORIs), la iniciacin de la transcripcin y la estructura de la cromatina en clulas de mamferos. En nuestro trabajo reciente hemos combinado aproximaciones genmicas para la localizacin de los sitios preferentes de iniciacin de la replicacin del DNA a lo largo del 0.4% del genoma de ratn con anlisis moleculares detallados de distintos tipos de ORIs. Los resultados obtenidos han permitido la identificacin de dos clases de ORIs con propiedades reguladoras diferentes: los ORIs ms eficientes se localizan en promotores asociados a islas CpG y los menos eficientes se reparten a lo largo del genoma asociados a unidades transcripcionales. Tambin hemos encontrado que los sitios de inicio de la replicacin ocurren inmediatamente adyacentes a los sitios de inicio de la transcripcin en los promotores-ORIs de islas CpG, que adems tienden a expresarse en el desarrollo temprano (Figura 1). Esto sugiere que la actividad transcripcional al principio del desarrollo marca la probabilidad de activacin de un ORI. Como las islas CpG son regiones reguladoras esenciales de la herencia epigentica de los patrones de metilacin del DNA y de las modificaciones de histonas, nuestra hiptesis de trabajo actual es que la actividad de iniciacin de la replicacin contribuye al mantenimiento de las propiedades epigenticas diferenciales de las islas CpG en clulas embrionarias tempranas.
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Para analizar la veracidad de esta hiptesis combinamos ensayos moleculares detallados en islas CpG candidatas con aproximaciones genmicas y anlisis bioinformticos para generalizar nuestras observaciones y utilizamos como sistema experimental clulas madre embrionarias de ratn, fibroblastos primarios y lneas celulares transformadas.

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Figura 1. Distribucin de intermediarios de replicacin recin sintetizados detectados mediante hibridacin en microarrays genmicos de ratn a lo largo de diez regiones promotoras asociadas a islas CpG (Sequeira-Mendes et al., 2009).
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Home Jefe de Lnea: Mara Gmez Vicentefranqueira Exit Predoctorales: Rodrigo Lombraa Pascual Isabel Revuelta Garca Estudiantes: Ricardo Almeida Ana Sofia Madeira
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Sequeira-Mendes, J. Diaz-Uriarte, R. Huntley, D., Apeidale, A., Brockdorff, N. and Gmez, (2009). M. Transcription initiation activity sets replication origin efficiency in mammalian cells. PLoS Genet. .5: e1000446
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Tesis Doctorales
Joana Sequeira-Mendes (2010). Specification, regulation and dynamics of mammalian DNA replication origins Director: Mara Gmez
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Replicacin del DNA, divisin celular y cromatina

Home El desarrollo de organismos multicelulares depende de un estricto balance entre proliferacion y diferenciacin, estableciendose patrones de expresin gnica muy precisos. A diferencia de animales, el desarrollo en plantas, es postembrionario y depende en gran medida de procesos de endoreplicacin. Adems, distintos tipos celulares diferenciados retienen la capacidad de desdiferenciarse, proliferar y retomar diferentes patrones morfogenticos. Estamos interesados en entender cmo se controla dicho balance durante el desarrollo estudiando el control de la divisin celular, la replicacin del DNA y las implicaciones de la dinmica de la cromatina. Para ello, utilizamos la planta modelo Arabidopsis thaliana que nos permite realizar abordajes moleculares, celulares, genticos y genmicos. Hemos generado un mapa a nivel de genoma completo de origenes de replicacin del DNA de clulas en cultivo de Arabidopsis y analizado sus caractersticas y las funciones de los componentes de los pre-RC. Asmismo, hemos demostrado un papel de ORC1 como activador de la transcripcin a travs de un motivo PHD, que no se encuentra en animales o levaduras, capaz de unirse a histona H3K4me3. Ahora estamos estudiando la implicacin de esta unin en la funcin de los origenes de replicacin del DNA. Basndonos en datos anteriores sobre el efecto de CAF-1 en el control de la endoreplicacin, estamos estudiando la funcin de varias chaperonas de histonas. La coordinacin entre divisin celular y endoreplicacin depende de retinoblastoma (RBR), por lo que estamos estudiando su funcin, tanto dependiente como independiente de E2F, en el control de la expresin de genes relacionados con la salida de ciclo. Nuestro inters a largo plazo es identificar las conexiones entre divisn celular, cromatina y diferenciacin durante el desarrollo de Arabidopsis. Para ello, queremos entender la iniciacin de la replicacin del DNA, su regulacin en el organismo en desarrollo y la implicacin de los nuevos factores que estamos identificando.
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Figura 1. Modelo de activacin transcripcional por ORC1, adaptado de Snchez and Gutirrez (2009; PNAS 106, 2065-2070).
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Figura 2. Mapas genmicos de los origenes de replicacin del DNA de Arabidopsis (azul claro), de los sitios de unin de ORC1 (rojo) y CDC6 (amarillo) y de las ORFs (verde), adaptado de Costas et al. (2011, Nature Struc. Mol. Biol.18, 395-400).
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Home Jefe de Lnea: Crisanto Gutirrez Exit Postdoctorales: Marta Barcala Rodrguez Celina Costas Iglesias Bndicte Desvoyes Mara Isabel Lpez Romn Elena Ramrez Parra Mara de la Paz Snchez Jimnez Joana Sequeira-Mendes Becarios Predoctorales: Nuria Mauri Panadero Sofa Otero Prez Zaida Vergara Pardillo
Estudiantes: Abigail Boduch Sergio Muoz Snchez Antonio Pichel Beleiro Tcnico de Investigacin: Mara Victoria Mora-Gil Cobo Cientficos Visitantes: Adriana Garay (UNAM, Mxico) Luciana Lario (CEFOBI-CONICET, Rosario, Argentina)
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Sanchez, M.P., Gutierrez, C. (2009) Arabidopsis ORC1 is a novel PHD-containing H3K4me3 effector that regulates transcription. Proc. Natl. Acad. Sci USA 106, 2065-2070. Cover image.
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Gutierrez, C. (2009) The Arabidopsis cell division cycle. In: The Arabidopsis Book, Rockville, MD: American Society of Plant Biologists. http://www.aspb.org/publications/arabidopsis/ doi: 10.1199/tab.0120. Gutierrez, C., Martinez-Salas, E. (2009) Replication of viruses infecting eukaryotes. In: Encyclopedia of Life Sciences, John Wiley & Sons, Ltd: Chichester http://www.els.net. Doi: 10.1002/9780470015902. a0021993.
Sanchez, M.P., Gutierrez, C. (2009) Novel insights into the plant histone code: lessons from ORC1. Epigenetics 4, 205-208. Desvoyes, B., Sanchez, M.P., Ramirez-Parra, E. (2010) Impact of nucleosome dynamics and histone modifications on cell proliferation during Arabidopsis development. Heredity 105, 80-91. Jacob, Y., Stroud, H., LeBlanc, C., Feng, S., Zhou, L., Caro, E., Hassel, C., Gutierrez, C., Michaels, S.D., Jacobsen, S.E. (2010) Two histone H3 lysine methyltransferases, ATXR5 and ATXR6, regulate DNA replication in heterochromatin. Nature 466, 987-991.
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Home Editor: Plant J. Editorial Board: Plant J., J. Gen. Virol., EMBO J. y EMBO reports. Exit Advisory Board: Centro de Biotecnologa y Genmica de Plantas, Madrid (2009). Organizer: 2nd EMBO Conference of Plant Molecular Biology Frontiers of Plant Research. (2009). Honors: Academico Correspondiente de la Real Academia de Medicina y Ciruga de Cdiz (2009).
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Redes reguladoras de la expresin gnica

Home Uno de los retos ms apasionantes planteados por el conocimiento del genoma humano y, en general, de otros genomas es entender cmo se genera la coleccin de RNAs y protenas que nos definen como organismo. Hoy en da se acepta que el origen de nuestra diversidad transcriptmica y protemica se debe no solo al nmero de genes presente en nuestro genoma, sino tambin a la regulacin dinmica y diferencial de su expresin gentica. Cada vez se acumulan ms evidencias que apoyan la idea de que la regulacin y la heterogeneidad del transcriptoma y del proteoma son las etapas claves para comprender las diferencias en la diversidad entre organismos de complejidades genticas semejantes. Las protenas TIA1 (T-cell intracellular antigen 1) y TIAR/TIAL1 (TIA1 related/like protein) se han implicado en la regulacin de la expresin gnica y de distintos aspectos del metabolismo del RNA como son: 1) La transcripcin, a travs de su interaccin con el DNA y la RNA polimerasa II; 2) El procesamiento alternativo del pre-mRNA, a travs de la seleccin de sitios 5 de corte y empalme atpicos; 3) La estabilidad y/o la traduccin de mRNAs eucariticos, a travs de la interaccin con las regiones 3 no traducibles y 4) El control de programas biolgicos fundamentales para la homeostasis celular como la induccin de la apoptosis, la respuesta celular al estrs o a las infecciones mediadas por virus. El proyecto de investigacin que intentamos llevar a cabo rene algunos de los conceptos mencionados anteriormente. De acuerdo con los resultados que disponemos, intuimos que las protenas TIA participan en la regulacin de aspectos desconocidos del control de la expresin gnica en situaciones fisiolgicas como el desarrollo o en situaciones patolgicas como el balance entre la muerte celular programada y la proliferacin/ transformacin celular incontrolada o cncer.
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Figura 1. Nuestro trabajo mereci la portada de la revista Genome Biology.
Figura 2. Red de interacciones asociadas con el grupo de genes regulados por la reduccin de la expresin de las protenas TIA.

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Home Jefe de Lnea: Jos Mara Izquierdo Jurez Becarios Predoctorales: Isabel Martnez Carrascoso Carmen Snchez Jimnez
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Castell, A., Izquierdo, J.M., Welnoska, E., and Carrasco, L. (2009) RNA nuclear export is blocked by poliovirus 2A protease and is concomitant with nucleoporin cleavage. J. Cell Sci. 122, 3799-3809.
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Reyes, R., Alcalde, J., and Izquierdo, J.M. (2009) Depletion of T-cell intracellular antigen proteins promotes cell proliferation. Genome Biol. 10, R87. Izquierdo, J.M. (2010) Cell-specific regulation of Fas exon 6 splicing mediated by Hu antigen R. Biochem. Biophys. Res. Commun. 402, 324-328. Izquierdo, J.M. (2010) Heterogeneous ribonucleoprotein C displays a repressor activity mediated by T-cell intracellular antigen-1-related/like protein to modulate Fas exon 6 splicing through a mechanism involving Hu antigen R. Nucleic Acids Res. 38, 8001-8014.
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Iniciacin interna de la traduccin en mRNAs eucariticos

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El descubrimiento de nuevos mecanismos de control de la traduccin mediante estructuras de RNA, protenas de interaccin con RNA o microRNAs ha supuesto un cambio en el potencial de regulacin gnica, con implicaciones importantes en salud y enfermedad. El inters primordial de nuestro grupo consiste en entender el proceso de iniciacin de la traduccin dirigido por sitios de entrada interna del ribosoma (IRES) y, especficamente, en dilucidar como los IRES de picornavirus y hepatitis C (HCV) dirigen el inicio de la traduccin. Elementos IRES genticamente distantes carecen de conservacin de secuencia primaria o estructura secundaria, y tampoco poseen factores transactivadores comunes. Los IRES de picornavirus son los elementos reguladores de RNA mas complejos con capacidad de dirigir la iniciacin interna de la traduccin a cualquier RNA. Por ello, son modelos excelentes para dilucidar el mecanismo de iniciacin independiente de cap. Los IRES son complejos ribonucleoproteicos en los que la estructura del RNA est ntimamente relacionada con la actividad IRES. Nuestro grupo ha identificado elementos estructurales conservados, esenciales para la actividad IRES implicados en interacciones terciarias que, a su vez, proporcionan informacin clave acerca de requisitos conformacionales tiles para la construccin de modelos de RNA tridimensionales. Por otro lado, hemos aislado proteinas que interaccionan con los IRES de picornavirus y HCV (Gemin5, G3BP, DHX9, entre otras) y forman parte de redes de regulacin gnica. La caracterizacin funcional de Gemin5 ha demostrado una funcin nueva para esta protena como regulador negativo de la traduccin.
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La definicin del motivo estructural mnimo con actividad IRES es esencial para poder hacer predicciones de IRES en mRNAs eucariticos a escala genmica. El trabajo que tenemos en marcha sobre la organizacin de IRES virales junto con la caracterizacin de la red de protenas que modulan la iniciacin de la traduccin nos permitir establecer las bases para predecir la presencia de elementos IRES en mRNAs celulares.

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Figura 1. Perfil de reactividad SHAPE y estructura de la regin apical del dominio 3 del IRES de FMDV.
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Figura 2. Cambios en el patrn de reactividad SHAPE provocados por la mutacin GUAG.
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Jefe de Lnea: Encarnacin Martnez-Salas Postdoctorales: David Pieiro del Rio Noemi Fernandez Sanchez Becarios Predoctorales: Ted Fajardo Alfonso Galn Casn Estudiantes: Javier Fernandez Chamorro Lisa Buddrus Tcnico de Investigacin: Jorge Ramajo Alonso Cientficos visitantes: Leonardo Mina, UPF, Barcelona Amira Souii, Univ. Monastir, Tnez Augusto S. Jimnez Gonzlez, UNAM, Mexico.
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Publicaciones
Pacheco, A., Lpez de Quinto, S., Ramajo, J., Fernandez, N., and Martnez-Salas, E. (2009). A novel role for Gemin5 in mRNA translation. Nucleic Acids Res, 37, 582-590.
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Serrano, P., Ramajo, J., and Martnez-Salas, E. (2009). Rescue of internal initiation by RNA complementation provides evidence for a distribution of functions between individual IRES domains. Virology, 338, 221-229. Fernandez-Miragall, O., Lopez de Quinto, S., and Martnez-Salas, E. (2009). Relevance of RNA structure in the activity of picornavirus IRES. Virus Res, 139, 173-183. Kieft J.S., and Martnez-Salas, E. (2009). Preface: functionally critical RNA structures found in positivesense RNA viruses. Martinez-Salas E., and Kieft JS., (Eds). Virus Res, 139, 135-136.
Gutirrez, C., and Martnez-Salas, E. (2009). Replication of viruses infecting eukaryotes. In: Encyclopedia of Life Sciences (ELS) John Willey and Sons, Ltd, Chichester http://www.els.net. Fernndez, N., and Martnez-Salas, E. (2010). Tailoring the switch from IRES-dependent to 5 enddependent translation with the RNase P ribozyme. RNA, 16, 852-862. Pacheco, A., and Martnez-Salas, E. (2010). Insights into the biology of IRES elements through riboproteomics approaches. J Biomed Biotechnol, 2010:458927. Martnez-Salas, E, and Ryan, M. (2010). Translation and protein processing. In: Ehrenfeld E, Domingo E, Roos RP (eds). The Picornaviruses. ASM Press, Washington DC, pp 141-161. Fernndez, N., Garcia-Sacristan, A., Ramajo, J., Briones, C., and Martnez-Salas, E. (2011). Structural analysis provides insights into the modular organization of picornavirus IRES. Virology, 409, 251-261. GUEST EDITOR
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Special issue on Structural motifs controlling the replication cycle of positive strand RNA viruses. MartinezSalas E., and Kieft JS., (Eds). Virus Res, 139, 135-136, 2009.

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Tesis Doctorales
Noemi Fernndez Snchez (2010). Anlisis estructural y funcional del IRES de picornavirus Universidad Autnoma de Madrid. Director: E. Martnez-Salas.
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DEA, MASTER Ted Fajardo Jr. (2009). Assesment of the foot-and-mouth disease virus internal ribosome entry site structure by its accessibility to 2O methyl antisense oligonucleotides. Universidad Autnoma de Madrid. Director: E. Martinez-Salas.
Alfonso Galn Casn (2010). Characterization of G3BP-1 as a novel IRES-binding protein and its role in translation control. Universidad Autnoma de Madrid Director: E. Martinez-Salas.
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Regulacin de la expresin gnica en Leishmania

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Leishmania y otros tripanosomtidos presentan la peculiaridad de que la mayora de los genes codificantes de protenas se transcriben de forma constitutiva y su expresin se regula casi exclusivamente a nivel postrancripcional. En consecuencia, estos organismos son modelos excelentes para el estudio de mecanismos postranscripcionales de regulacin. Adems, otra razn que justifica su estudio es que son causantes de graves enfermedades, que ocasionan millones de muertes cada ao. Se ha documentado durante estos ltimos aos que la regulacin de la expresin gnica en Leishmania est mediada predominantemente por elementos localizados en las regiones 3-no traducidas (3-UTR) de los mRNAs. Sin embargo, a pesar de estos avances, poco se sabe sobre las protenas de unin a RNA (RBPs, RNA-binding proteins) que estn implicadas en los mecanismos de regulacin de la expresin en tripanosomtidos. Existen argumentos slidos para postular que RBPs de la familia PUF deben ser importantes en los mecanismos reguladores de la estabilizacin, localizacin y traduccin de mRNAs en Leishmania. Primero, Leishmania posee 11 protenas PUF diferentes, excediendo en nmero las existentes en la mayora de organismos. En segundo lugar, existe un nmero importante, y en aumento, de estudios en diversos organismos (levaduras, Drosophila, humanos) que indican que las protenas PUF estn implicadas en organizar a los mRNAs codificantes de protenas funcionalmente relacionadas en grupos (operones de RNA), para controlar su estabilidad y traduccin con el objeto de que las protenas codificadas sean producidas en lugares y momentos precisos. Actualmente, estamos analizando si las protenas PUF de Leishmania son esenciales para la viabilidad celular, estamos interesados en identificar los mRNAs blanco y las protenas que interaccionan con cada una de las protenas PUF, para definir los mecanismos por los que estas protenas regulan la abundancia de los transcritos. Estos estudios, adems de contribuir a incrementar nuestro conocimiento sobre la regulacin de la expresin gnica en Leishmania, podran ser de utilidad para combatir la leishmaniasis, enfermedad que cada da arruina la vida de millones de personas en todo el mundo.
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Figura 1. Caractersticas estructurales de las protenas PUF existentes en Leishmania infantum.

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Jefe de Lnea: Jos Mara Requena Rolana Becarios Predoctorales: Marta Martnez Bonet Lina Jimena Corts Salinas Nadia Madrid Elena Inmaculada Lpez Prez Estudiantes: Marta Truchado Garca Alejandro Rubio de la Rosa Cristina Molero Merinero Tcnico de Investigacin: Virginia Franco Hidalgo Cientificos visitantes: Celia Fernndez Rubio (Departamento de Ciencias Biomdicas, Universidad de Len) Ana Lineth Garca Orellana (Universidad Mayor de San Simn, Cochabamba, Bolivia) Csar Augusto Ramrez Segura (Pontificia Universidad Javeriana, Bogot, Colombia)
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Montalvo lvarez, A.M., Folgueira Fernndez, C. y Requena Rolania, J. M. (2009) Clonaje de la protena de choque trmico de 20 kDa de Leishmania amazonensis. Rev. Cubana Med. Trop. 61,2.
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Folgueira, C., Martnez-Bonet, M. and Requena, J.M. (2010) The Leishmania infantum PUF proteins are targets of the humoral response during visceral leishmaniasis. BMC Res. Notes 3, 13.
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Patentes
Requena Rolana, J.M., Folgueira Fernndez, C., Carrin Herrero, J. y Fresno Escudero, M. (2010) Use of strains of Leishmania HSP70-II as a vaccine. Universidad Autnoma de Madrid. PCT/ES2010/070073.
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Replicacin y transcripcin del DNA del bacterifago 29

Home Hemos continuado con el estudio del mecanismo de replicacin del DNA de 29 iniciada mediante protena terminal (TP). El residuo Tyr148 de la DNA polimerasa de 29 est implicado en la estabilizacin del extremo del primer en el sitio activo de la exonucleasa 3-5 y el residuo Val250 acta como ligando en el complejo metal-dNTP y en la iniciacin mediante TP. El movimiento del subdominio TPR2 es importante en las actividades de la DNA polimerasa en la replicacin del TP-DNA y en la replicacin del DNA circular. Utilizando pinzas pticas hemos estudiado la dinmica de la comunicacin entre la actividad de polimerizacin y exonucleasa de la DNA polimerasa. Hemos construido DNA polimerasas de 29 quimricas con mayor capacidad de amplificacin de DNA por fusin de motivos de unin a DNA. La TP de 29 dirige la organizacin temprana de la replicacin del DNA de 29 en el nucleoide bacteriano reclutando a la DNA polimerasa. Posteriormente, ambas protenas, as como la protena p16.7 de 29, forman estructuras helicoidales en la periferia de las clulas infectadas que dependen de las tres protenas MreB del citoesqueleto tipo actina. Estas protenas se requieren para la replicacin del DNA de 29. Hemos caracterizado una actividad AP endonucleasa en la DNA polimerasa X de Bacillus subtilis que la permite reconocer, escindir y reparar sitios absicos. En el estudio de la regulacin de la transcripcin del DNA de 29 hemos mostrado la formacin de una horquilla de nucleoprotena y su funcin en dicha regulacin. Por otra parte, la expresin heterognea de la protena Spo0A de B. subtilis mediada por las protenas KinC/D es responsable de la supresin parcial del desarrollo de 29. Adems, Spo0A suprime de un modo diferencial el desarrollo de los fagos 29 y Nf debido a un efecto menor sobre la transcripcin y replicacin del DNA de Nf.
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Figura 1. Modelado de la DNA polimerasa quimrica. La figura representa el modelo estructural de un dominio (HhH)2 (en color azul claro) unido a travs de un linker peptdico (en azul oscuro) al extremo C-terminal de la DNA polimerasa de 29 (en violeta).
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Figura 2. La protena terminal de 29 (TP) se localiza en el nucleoide bacteriano. YFP, tincin de DAPI e imgenes superpuestas de clulas tpicas de Bacillus subtilis expresando la protena de fusin YFP-TP de manera dependiente de xylosa y analizadas 30 minutos despus de aadir el inductor.
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Home Jefe de Lnea: Margarita Salas Falgueras Exit Personal Cientfico: Ana Camacho Pedrero Miguel de Vega Jos Becarios Predoctorales: David Ballesteros Plaza Benito Baos Pieiro Isabel Holguera Lpez Alicia del Prado Daz M Eugenia Santos del Ro Estudiantes: Pablo Gella Montero Tcnicos de Investigacin: Jos M Lzaro Bols M Angeles Martnez Villarraso Laurentino Villar Garca Cientfico Visitante: Nadine Fornelos
Postdoctorales: Virginia Castilla Llorente Elisa Longs Torn Mario Menca Caballero Laura Mojardn Menndez Daniel Muoz Espn Patricia Prez Arniz Laura Prez Garca Irene Rodrguez Garca Mar Rodrguez Rodrguez
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Publicaciones
Alcorlo, M., Jimnez, M., Ortega, A., Hermoso, J.M., Salas, M., Minton, A.P. and Rivas,G. (2009) Analytical ultracentrifugation studies of phage 29 DNA protein p6 binding to DNA. J.Mol.Biol. 385, 1616-1629. Rodrguez, I., Lzaro, J.M., Salas, M. and de Vega, M. (2009). Involvement of the TPR2 subdomain movement in the activities of 29 DNA polymerase. Nucl. Acids Res. 37, 193-203. Castilla-Llorente, V., Salas, M. and Meijer, W.J.J. (2009). Different responses to Spo0A-mediated suppression of the related Bacillus subtilis phages Nf and 29. Environm. Microbiol. 11, 1137-1149.
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Castilla-Llorente, V., Meijer W.J.J. and Salas, M. (2009). Differential Spo0A-mediated effects on transcription and replication of the related Bacillus subtilis phages Nf and 29 explain their different behaviours in vivo. Nucl.Acids Res. 37, 4955-4964. de Vega, M. and Salas, M. (2009) Bacteriophage 29 DNA polymerase: An outstanding replicase. In: Kundsen, W.D. and Bruns, S.S. (eds.) Bacterial DNA, DNA polymerases and DNA helicases. Nova Science Publishers Inc., pp. 329-351. Muoz-Espn, D., Daniel, R,. Kawai, Y., Carballido-Lpez, R., Castilla-Llorente, V., Errington, J., Meijer, W.J.J. and Salas, M. (2009). The actin-like MreB cytoskeleton organizes viral DNA replication in bacteria. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 106, 13347-13352.
Prez-Arnaiz, P., Lzaro, J.M., Salas, M. and de Vega, M. (2009). Functional importance of bacteriophage 29 DNA polymerase residue Tyr148 in primer-terminus stabilisation at the 3-5 exonuclease active site. J. Mol. Biol. 391, 797807. Ibarra, B., Chemla, Y.R., Plyasunov, S., Smith, S.B., Lzaro, J.M., Salas, M. and Bustamante, C. (2009). Proofreading dynamics of a processive DNA polymerase. EMBO J., 28, 2794-2802. Salas, M. (2009). A passion for research. Cell Mol. Life Sci. 66, 3827-3830. Gutirrez del Arroyo, P., Vlez, M., Pitrement, O., Salas, M., Carrascosa, JL. and Camacho, A. (2009). A nucleoproteinhairpin in transcription regulation. J. Struct. Biol. 168, 444-451. Salas, M. and Camacho, A. (2010). DNA bending and looping in the transcripcional control of bacteriophage 29. FEMS Mircbiol.Rev. 34, 828-841. Muz-Espn, D., Holguera, I., Ballesteros-Plaza, D., Carballido-Lpez, R. and Salas, M. (2010). Viral terminal protein directs early organization of phage DNA replication at the bacterial nucleoid. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 107, 1654816553. Prez-Arniz, P., Lzaro, J.M., Salas, M. and de Vega, M. (2010). 29 DNA polymerase active site: role of residue Val250 as metal-dNTP complex ligand and in protein-primed initiation. J.Mol.Biol. 395, 223-233. de Vega, M., Lzaro, J.M., Menca, M., Blanco, L. and Salas, M. (2010). Improvement of 29 DNA polymerase amplification performance by fusion of DNA binding motifs. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 107, 16506-16511. Baos, B., Villar, L., Salas, M. and de Vega, M. (2010). Intrinsic AP endonuclease activity enables Bacillus subtilis DNA polymerase X to recognize, incise and further repair abasic sites. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 107, 19219-19224. Camacho, A. and Salas, M. (2010). Molecular interactions and protein-induced DNA hairpin in the transcriptional control of bacteriophage 29 DNA. Int.J.Mol.Sci. 11, 5129-5142.
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Patentes
Home Mtodo para la replicacin, amplificacin o secuenciacin de un ADN molde. Inventores: Margarita Salas Falgueras, Miguel de Vega Jos, Jos M Lzaro Bols, Luis Blanco Dvila, Mario Menca Caballero. Fecha: 2 de Julio, 2009 Nmero de Patente: P200930412 Licenciada a X-Pol Biotech, S.L. Quimera de ADN polimerasa del fago 29. Inventores: Margarita Salas Falgueras, Miguel de Vega Jos, Jos M Lzaro Bols, Luis Blanco Dvila, Mario Menca Caballero. Fecha: 2 de Julio, 2009 Nmero de Patente: P200930413. Licenciada a X-Pol Biotech, S.L.
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Premios
Home Profesora Honoraria de la Universidad Autnoma de Madrid (2008-2009 y 2009-2010). Acadmica de Honor de la Academia Malaguea de Ciencias (2009 ). Nombrada Embajadora Honoraria de la Marca Espaa (EHME) en la categora de Ciencia e Innovacin por el Foro de las Marcas Renombradas (2009 ). Premio a Toda una vida profesional de la Fundacin Mapfre (2009). Calle Margarita Salas de Arroyo de la Encomienda de Valladolid (2009). Miembro del Comit Asesor Internacional Campus de Excelencia de la Universidad de Oviedo (2009). Miembro del Comit Asesor Internacional del Instituto de Medicina Predictiva y Personalizada del Cncer (IMPPC) (2009 ). Doctora Honoris Causa por la Universidad de Mlaga (2009). Medalla de Oro del Colegio Oficial de Veterinarios del Principado de Asturias (2009). Miembro del Comit Cientfico Externo del Instituto de Investigacin Sanitaria de la Fundacin Jimnez Daz (IIS-FJD) (2009). Socia de Honor de Compromiso Asturias XXI (2009-). Miembro de la Junta Consultiva de la Universidad de Oviedo (2007-2010). Nombrada Acadmica de Honor de la Academia Canaria de Ciencias, Santa Cruz de Tenerife (2009). Premio Personaje 50Plus de la Fundacin Bayard (2010). Premio Especial del Jurado Salud y Bienestar de la Fundacin Pilates (2010). Presidenta del Real Patronato de la Biblioteca Nacional de Espaa (2010).
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Bases moleculares de la regulacin post-transcripcional en eucariotas

Home La diversidad existente entre organismos con complejidades genticas similares parece radicar en las diferencias del proteoma de cada organismo. En consecuencia, para entender cmo un organismo complejo se construye a partir de un nmero reducido de genes e interacciona y adapta a su entorno, necesitamos conocer los mecanismos de expresin post-transcripcional de sus genes. Con este objetivo, estamos interesados en estudiar las bases moleculares de la regulacin y heterogeneidad del transcriptoma as como de la traduccin de los mRNAs para, eventualmente, establecer el papel de estos procesos en el origen y progresin del cncer y la embriognesis.
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En los dos ltimos aos hemos estudiado la implicacin de las protenas TIA1 y TIAR en la regulacin de la expresin gnica a nivel post-transcripcional en condiciones fisiopatolgicas. Los resultados obtenidos por el Dr. Izquierdo Jurez se describen con ms detalle en el resumen de su lnea de investigacin Redes Reguladoras de la Expresin Gnica. Por otra parte, est bien establecido que eIF4E es una protena oncognica y que su actividad est reprimida por otras protenas, denominadas 4E-BPs, cuyos genes pueden ser considerados como supresores de tumores. Nos proponemos la caracterizacin de nuevos 4E-BPs y estudiar su implicacin en proliferacin y diferenciacin celular. Estos estudios podran conducir al desarrollo de terapias contra el cncer mediante la inhibicin del eIF4E.
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Home Jefe de Lnea: Jos Manuel Sierra Prez Exit Personal Cientfico: Jos Mara Izquierdo Jurez Becario Predoctoral: Raquel Reyes Manzanas Tcnico de Investigacin: Jos Alcalde Garca
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Izquierdo, J.M. (2010) Heterogeneous ribonucleoprotein C displays a repressor activity mediated by T-cell intracellular antigen-1-related/like protein to modulate Fas exon 6 splicing through a mechanism involving Hu antigen R. Nucleic Acids Res. 38, 8001-8014. Izquierdo, J.M. (2010) Cell-specific regulation of Fas exon 6 splicing mediated by Hu antigen R. Biochem. Biophys. Res. Commun. 402, 324-328. Reyes, R., Alcalde, J., Izquierdo, J.M. (2009) Depletion of T-cell intracellular antigen (TIA)-proteins promotes cell proliferation. Genome Biol. 10, R87.
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Castell, A., Izquierdo, J.M., Welnowska, E., Carrasco, L. (2009) RNA nuclear export is blocked by poliovirus 2A protease and is concomitant with nucleoporin cleavage. J. Cell Sci. 122, 3799-3809.
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E13
Replicacin cromosmica y estabilidad del genoma

Nuestro objetivo principal es comprender cmo se mantiene la estabilidad del genoma durante la replicacin cromosmica en clulas eucariotas, especialmente en condiciones que provocan dao en el DNA o estrs replicativo. Utilizando Saccharomyces cerevisiae como organismo modelo, estudiamos la contribucin de diferentes rutas y protenas conservadas evolutivamente a la estabilidad y la progresin de las horquillas de replicacin del DNA. El conocimiento de estos procesos es importante porque la integridad y el correcto funcionamiento de las horquillas es crucial para prevenir la inestabilidad genmica, una causa frecuente de situaciones patolgicas como el cncer.
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En este periodo hemos estudiado el papel de la nucleasa heterodimrica Mus81-Eme1/ Mms4 en la respuesta al dao en el DNA durante la fase S del ciclo celular. Hemos mostrado que las clulas que carecen de este complejo no pueden completar la replicacin cromosmica en presencia de lesiones en el DNA y hemos encontrado que ello se debe a un defecto en la progresin de las horquillas de replicacin, lo cual causa muerte celular. Nuestros estudios han mostrado tambin que Mus81-Eme1/Mms4 se une a la cromatina de una manera regulada para hacer frente al dao en el DNA y que esta nucleasa coopera con la resolvasa Yen1 para ejercer su funcin. Tambin hemos estudiado el papel de la quinasa del checkpoint Rad53 en la reanudacin de la replicacin y el mantenimiento de la viabilidad celular tras el bloqueo de las horquillas de replicacin originado por el tratamiento con hidroxiurea, un compuesto que provoca estrs replicativo. Hemos encontrado que Rad53, adems de prevenir la degradacin de las horquillas inhibiendo la nucleasa Exo1, regula el reinicio de las mismas induciendo la expresin de los genes RNR2-3-4, que codifican las subunidades correspondientes de la Ribonucletido Reductasa (RNR), y contrarrestando los inhibidores de RNR tras la exposicin a la hidroxiurea.
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E13

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Figura 1. Electroforesis en geles bidimensionales mostrando la progresin lenta de las horquillas de replicacin a travs de un cromosoma daado.
Figura 2. Electroforesis en gel de campo pulsado mostrando que la replicacin cromosmica tras la induccin de dao en el DNA es defectiva en ausencia de mecanismos de reparacin.
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E13
Home Jefe de Lnea: Jos Antonio Tercero Ordua Exit Postdoctorales: Irene Saugar Gmez (desde julio de 2010) Mnica Segurado Carrascal (hasta junio de 2010)
Becarios Predoctorales: Mara Gallo Fernndez (desde mayo de 2010) Mara de los ngeles Ortiz Bazn Mara Victoria Vzquez Sarrin
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E13

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Segurado, M. and Tercero, J. A. (2009) The S-phase checkpoint: targeting the replication fork. Biol. Cell 101: 617-627.
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Tercero, J. A. (2009) Density transfer as a method to analyze the progression of DNA replication forks. Methods Mol. Biol. 521, 203-213.
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E14
Bases moleculares de las enfermedades metablicas hereditarias

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Nuestro objetivo es la investigacin de la fisiopatologa celular de diferentes EMH y de los mecanismos moleculares subyacentes a los diferentes tipos de mutaciones, como base de nuevas terapias especficas de mutacin. Durante este periodo hemos ampliado el estudio de mutaciones intrnicas activadoras de pseudoexones y la reversin del defecto de splicing mediante oligos antisentido, confirmndose la potencialidad de esta aproximacin teraputica. Asimismo, hemos analizado funcionalmente diferentes mutaciones de splicing identificadas en pacientes y el efecto de la sobreexpresin de factores de splicing. En mutantes nonsense se ha evaluado el uso de antibiticos aminoglicsidos y otras drogas en la supresin de la terminacin prematura de la traduccin, estableciendo la prueba de concepto del uso terapetico de estas molculas en acidemias orgnicas. En determinadas EMH se ha descubierto la alta frecuencia de grandes deleciones genmicas mediante tcnicas especializadas de anlisis genmico como MLPA, SNP-array y array-CGH, que nos han permitido asimismo identificar por primera vez casos de disoma uniparental. Se han caracterizado las bases moleculares de los defectos de creatina cerebral y analizado el impacto de las mutaciones identificadas sobre parmetros relacionados con estrs metablico lo que ha supuesto un avance en el reconocimiento de los mecanismos celulares implicados en la patognesis. Por otra parte, se han continuando los estudios que indican la presencia de niveles elevados de ROS y de parmetros apoptticos en fibroblastos de pacientes con diferentes EMH y se ha caracterizado la va apopttica implicada (intrnseca o extrnseca, segn el defecto). Todos estos estudios apoyan la idea de utilizar compuestos antioxidantes como terapia para paliar el dao celular en estas enfermedades. En acidemia metilmalnica tipo cblB se han caracterizado funcional y estructuralmente varias mutaciones que afectan al plegamiento de la protena y se ha iniciado el rastreo de una librera de pequeos compuestos para identificar molculas (chaperonas farmacolgicas) que estabilicen estos mutantes de plegamiento.
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Figura 1. Terapia antisentido. Representacin esquemtica y resultados del uso de oligos antisentido tipo morfolino para revertir la inclusin patolgica de pseudoexones en defectos congnitos de glicosilacin
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Figura 2. Deteccin de los niveles intracelulares de ROS y de apoptosis en lneas celulares de pacientes con acidemia metilmalnica
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Jefe de Lnea: Magdalena Ugarte Personal Cientfico: Lourdes Ruiz Desviat (emergente) Beln Prez Pilar Rodrguez-Pombo Eva Mara Richard Alejandra Gmez. Personal Tcnico: Ftima Leal Rosa Navarrete Ascensin Snchez Borja Gonzlez (desde octubre 2010) Sven Calduch (desde noviembre 2010) Estudiantes: Cristina Martn, Paula Fernndez, Alfonso Oyarzabal, Esther Martnez, Laura Ortega, Libertad Teresa, Christian Stanescu, Raquel Prez, Elena Molina, Virginia Ruiz Personal Cientfico Asociado: Maria Jos Garca Muoz, Begoa Merinero, Celia Prez-Cerd, Pedro Ruiz Sala. Personal Tcnico Asociado: Margarita Castro, Maria Jess Ecay, Isaac Ferrer, Fernando Garca, Paloma Sanz, Rosario Carrillo, Manuel Garrido, Leticia Gutierrez, Isabel Reina, Julia Gutirrez, Eva Saiz, Gonzalo Bombn. Cientficos Visitantes: Julieta Jimnez (CEMIC, Argentina) Elena Maeso (Hospital 12 de Octubre, Madrid)
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Becarios Predoctorales: Sandra Arduim Patricia Alcaide Ana Jorge Ana Rincn (hasta marzo 2009) Roco Snchez Lorena Garca Patricia Yuste (desde octubre 2010) Contratado Postdoctoral: Ana Isabel Vega (desde marzo 2009)
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Publicaciones
Junquera-Gutirrez, C., Balmaseda, E., Gil, E., Martnez, A., Sorli M., Cuartero, I., Merinero, B., Ugarte, M. (2009) Acute fatty of pregnancy and neonatal long-chain 3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase (LCHAD) deficiency. Eur. J. Pediatr. 168(1):103-106. Steventon, G., Mitchell, S.C., Perez, B., Desviat, L.R., Ugarte M. (2009) The activity of wild type and mutant phenylalanine hydroxylase with respect to the C-oxidation of phenylalanine and the S-oxidation of S-carboxymethyl-L-cysteine.. Mol. Genet. Metab. 96:27-31 Richard E, Vega AI, Prez B, Roche C, Velzquez R, Ugarte M, Prez-Cerd C (2009) Congenital disorder of glycosylation Ia: New differentially expressed proteins identified by 2-DE. Biochem. Biophys. Res Commun. 379(2): 267-271 Sarkissian, C.N., Gmez A., Scriver, C.R. (2009) What we know that could influence future treatment of phenylketonuria. J. Inherit. Metab. Dis. 32(1):3-9. Menao S, Lpez-Vias E, Mir C, Puisac B, Gratacs E, Arnedo M, Carrasco P, Moreno S, Ramos M, Gil MC, Pi A, Ribes A, Prez-Cerda C, Ugarte M, Clayton PT, Korman SH, Serra D, Asins G, Ramos FJ, Gmez-Puertas P, Hegardt FG, Casals N, Pi J (2009) Ten Novel HMGCL Mutations in 24 Patients of Different Origin with 3-Hydroxy-3MethilGlutaric Aciduria. Hum. Mutat. 30(3):E520-E529 Sempere, A., Fons, C., Arias, A., Rodrguez-Pombo, P., Colomer, R., Merinero, B., Alcaide, P., Capdevila, A., Ribes, A., Artuch R., Campistol, J. (2009) Creatine transporter deficiency in two adult patients with static encephalopathy. J. Inherit. Metab. Dis.( #158 on line, Mar 25) Desviat, L.R., Sanchez-Alcudia R., Prez, B., Prez-Cerd, C., Navarrete, R., Vijzelaar, R., Ugarte M. (2009) High frequency of large genomic deletions in the PCCA gene causing propionic acidemia. Mol. Genet. Metab. 96(4):171-176 Vega AI, Prez-Cerd C, Desviat LR, Matthijs G, Ugarte M, Prez B (2009). Functional analysis of three splicing mutations identified in the PMM2 gene: toward a new therapy for congenital disorder of glycosylation type Ia. Hum. Mutat. 30(5):795-803 Quental, S., Gusmo A, Rodrguez-Pombo P, Ugarte M, Vilarinho L, Amorim A, Prata MJ (2009) Revisiting MSUD in Portuguese Gypsies: evidence for a founder mutation and for a mutational hotspot within the BCKDHA gene. Ann. Hum. Genet. 73:298-303 Stojiljkovic M, Prez B, Desviat LR, Aguado C, Ugarte M, Pavlovic S (2009). The Missense p.S231F phenylalanine hydroxylase gene mutation causes complete loss of enzymatic activity in vitro. Protein J. 28(6):294-299. Prez, B., Rincn A., Jorge-Finnigan, A., Richard E., Merinero B., Ugarte, M., Desviat, L.R. (2009).Pseudoexon Exclusion by Antisense Therapy in Methylmalonic Aciduria (MMAuria). Hum. Mutat. 30(12):1676-82. Richard, E., Jorge-Finnigan, A., Garca-Villoria, J., Merinero, B., Desviat, L.R., Gort, L., Briones, P., Leal, F., PrezCerd, C., Ribes, A., Ugarte, M., Prez, B. and the MMACHC Working Group (2009) Genetic and Cellular Studies of Oxidative Stress in Methylmalonic Aciduria (MMA) Cobalamin Deficiency Type C (cblC) With Homocystinuria (MMACHC). Hum. Mutat. 30(11):1558-1566. Richard E, Gamez A, Ruiz-Sala P, Perez B, Desviat LR, Ugarte M (2009) Proteomics as Applied to Inherited Metabolic Diseases. Curr. Proteomics 6(3)140-153. Sempere A, Fons C, Arias A, Rodrguez-Pombo P, Merinero B, Alcaide P, Capdevila A, Ribes A, Duque R, Eirs J, Poo P, Fernndez-lvarez E, Campistol J, Artuch R. (2009) Cerebral creatine deficiency: First Spanish patients harbouring mutations in GAMT gene. Med. Clin. (Barc). 133(19):745-9
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Dahri S, Desviat LR, Prez B, Leal F, Ugarte M, Chabraoui L (2010) Mutation analysis of phenylketonuria patients from Morocco: High prevalence of mutation G352fsdelG and detection of a novel mutation p.K85X. Clin. Biochem. 43(1-2):76-81. Alcaide, P., Rodriguez-Pombo, P., Ruiz Sala, P., Ferrer, I., Castro, P., Ruiz-Martin, Y., Merinero, B., Ugarte, M. (2010) A new case of creatine transporter deficiency associated with mild clinical phenotype and a novel mutation in the SLC6A8 gene. Dev. Med. Child Neurol. 52(2):215-217. Sempere A, Arias A, Farr G, Garca-Villoria J, Rodrguez-Pombo P, Desviat LR, Merinero B, Garca-Cazorla A, Vilaseca MA, Ribes A, Artuch R (2010). Study of inborn errors of metabolism in urine from patients with unexplained mental retardation., Campistol J. J. Inherit. Metab. Dis. 33(1):1-7 Rivera, H., Merinero, B., Martnez-Pardo, M., Arroyo, I., Ruiz-Sala, P., Bornstein, B., Serra-Suhe, C., Gallardo, E., Mart, R., Moran, M.J., Ugalde, C., Perez-Jurado, L.A., Andreu, A.L., Garesse, R., Ugarte, M., Arenas, J., Martin, M.A. (2010). Marked mitochondrial DNA depletion associated with a novel SUCLG1 gene mutation resulting in lethal neonatal acidosis, multi-organ failure and interrupted aortic arch. Mitochondrion 10(4)362-368. Lianou, D., Gallego, L., Michelakakis, H., Prez-Cerd, C., Prez, B., Ginis, S., Jakobs, C., Ugarte, M., Desviat, L.R. (2010) Functional analysis of a novel mutation in the PCCA gene identified in a late-infantile onset propionic acidemia patient. Clin. Chim. Acta 411(17-18):1388-9. Jorge-Finnigan A, Aguado C, Snchez-Alcudia R, Abia D, Richard E, Merinero B, Gmez A, Banerjee R, Desviat LR, Ugarte M, Prez B (2010) Functional and Structural Analysis of Five Mutations Identified In Methylmalonic Aciduria cbIB Type. Hum. Mutat. 31(9):1033-42. Prez, B., Rodrguez-Pascau, L., Villageliu, L., Grinberg, D., Ugarte, M., Desviat L.R. (2010) Present and future of antisense therapy for splicing modulation in Inherited Metabolic Disease. J. Inherit. Metab. Dis. 33(4):397-403 Prez B, Angaroni C, Snchez-Alcudia R, Merinero B, Prez-Cerd C, Specola N, Rodrguez-Pombo P, Wajner M, de Kremer RD, Cornejo V, Desviat LR, Ugarte M. (2010) The molecular landscape of propionic acidemia and methylmalonic aciduria in Latin America. J. Inherit. Metab. Dis. 33(Suppl 2): S307-14 Fernndez-Guerra P, Navarrete R, Weisiger K, Desviat LR, Packman S, Ugarte M, Rodrguez-Pombo P (2010) Functional characterization of the novel intronic nucleotide change c.288+9C>T within the BCKDHA gene: understanding a variant presentation of maple syrup urine disease. J. Inherit. Metab. Dis. (Online Apr 30) Jorge-Finnigan A, Gmez A, Prez B, Ugarte M, Richard E (2010) Different altered pattern expression of genes related to apoptosis in isolated methylmalonic aciduria cblB type and combined with homocystinuria cblC type. Biochim. Biophys. Acta 1802(11):959-967. Captulo de Libros: Nunes, V., Ugarte, M., Lzaro, C., Rorra, R. (2009) Patologa molecular hereditaria (I). En Ed. Elsevier Medicina Interna. Farreras-Rozman, Barcelona, Espaa, vol I, pp, 1242-1252. ISBN:978-84-8086-350-6. Desviat, L.R., Prez, B., Ugarte M. (2009) Bases moleculares de las enfermedades metablicas hereditarias. En Diagnstico y tratamiento de las enfermedades metablicas hereditarias. Ed. Pablo Sanjurjo y Antonio Baldellou. Ediciones Ergon, Madrid, pp.1-11. ISBN: 978-84-8473-793-3. Prez B., Desviat, L.R., Ugarte M. (2009) Anlisis funcional y estructural de genes mutantes. Relacin fenotipo-genotipo en enfermedades metablicas hereditarias. Ed. Pablo Sanjurjo y Antonio Baldellou En Diagnstico y tratamiento de las enfermedades metablicas hereditarias.. Ediciones Ergon, Madrid, pp.13-23. ISBN: 978-84-8473-793-3. M. Ugarte (2010) Prevencin de errores congnitos del metabolismo.. En Prevencin de deficiencias. Real Patronato sobre discapacidad Ed.. Madrid, Espaa, ISBN:842-09-008-4.
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Tesis Doctorales
Home Ana Isabel Vega Pajares (2009). Caracterizacin bioqumica y molecular de los defectos congnitos de Glicosilacin. Terapias especficas de mutacin. Universidad Autnoma de Madrid. Directores: Celia Prez-Cerd y Beln Prez Gonzlez. Exit Ana Rincn Vela (2009). Caracterizacin molecular y terapia antisentido en aciduria metilmalnica aislada. Universidad Autnoma de Madrid. Director: Beln Prez Gonzlez.
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06E Dinamica y Funcion Del Genoma

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