Bioqumica, Tema 1-6

1. Poner un ejemplo de cada uno de los procesos de reaccin siguientes: Sustitucin nucleoflica, Eliminacin, Oxidacin-reduccin, Adicin.
Una reaccin de sustitucin nucleoflica, es aquella en la que se sustituye un tomo o un grupo por otro:

La especie atacante (A) se denomina nuclefilo (son aniones (tomos o grupos con carga negativa) o especies neutras que poseen pares electrnicos no enlazantes). Los electrfilos son deficitarios en densidad electrnica y, por lo tanto, son atacados con facilidad por un nuclefilo. Al formarse un enlace nuevo entre A y B, se rompe el viejo entre B y X. el nuclefilo que sale (en este caso X), denominado grupo saliente, se lleva su par de electrones. Un ejemplo importante es la reaccin de la glucosa con el ATP. En esta reaccin, que es el primer paso en la utilizacin de la glucosa como fuente de energa, el oxigeno del grupo hidroxilo del carbono de seis de la molcula de azcar es el nuclefilo, y el fosforo el electrfilo. El grupo saliente es el difosfato de adenosina.

Una reaccin de eliminacin se forma un doble enlace cuando se eliminan tomos de una molcula.

Un ejemplo de esta reaccin es la deshidratacin del 2fosfoglicerato, un paso importante en el metabolismo de los carbohidratos.

Una reaccin de oxidacin-reduccin (tambin denominadas reacciones redox) se producen cuando hay una transferencia de electrones desde un donador (denominado agente reductor) a un aceptor (denominado agente oxidante). Cuando los agentes

reductores donan sus electrones, quedan oxidados. Al aceptar electrones, los agentes oxidantes quedan reducidos. Los dos procesos se producen siempre de forma simultnea. No siempre es fcil determinar si las biomolculas han ganado o perdido electrones. Sin embargo, pueden utilizarse dos reglas sencillas para averiguar si una molcula ha sido oxidada o reducida: Se produce una oxidacin cuando una molcula gana oxgeno o pierde hidrgeno:

Se produce una reduccin cuando una molcula pierde oxgeno o gana hidrgeno:

En las reacciones biolgicas redox, los electrones se transfieren a acepto res electrnicos como el nucletido NAD+/NADH (dinucletido de nicotinamida y adenina en su forma oxidada/reducida). La formacin del xido de hierro es una clsica reaccin redox:

En la ecuacin anterior, el hierro (Fe) tiene un nmero de oxidacin 0 y al finalizar la reaccin su nmero de oxidacin es +3. El oxgeno empieza con un nmero de oxidacin 0 y al final su nmero de oxidacin es de -2. En las reacciones de adicin se combinan dos molculas para formar un solo producto.

La hidratacin es una de las reacciones de adicin ms comunes. Cuando se aade agua a un alqueno se produce un alcohol . Un

ejemplo caracterstico es la hidratacin del intermediario metablico fumarato para formar malato.

2. Citar un aminocido con cadena lateral hidrofbica, otro con grupo polar sin carga, un AA cido y un AA bsico.

Un aminocido con cadena lateral hidrofbica es la alalina, un aminocido polar sin carga es la serina, un aminocido cido es el cido glutmico, y por ltimo un aminocido bsico es la lisina.

3. Considerando los 20 aminocidos proticos codificables calcular el nmero total de tetrapptidos posibles.
El nmero de tetrapptidos posibles es 20 4 = 160000 tetrapptidos posibles.

4. Indicar a qu nivel de la estructura proteica contribuye cada uno de los siguientes trminos: secuencia de aminocidos, lamina beta, enlace de hidrgeno, puente disulfuro.
La secuencia de aminocidos contribuye a la estructura proteica primaria, ya que la estructura primaria de un polipptido es su secuencia de aminocidos. Los aminocidos estn conectados por enlaces peptdicos. La lamina beta contribuye a la estructura proteica secundaria, ya que las lminas plegadas beta se forman cuando se alinean de lado dos o ms segmentos de cadenas polipeptdicas, cada segmento individual se denomina cadena beta.

Los enlaces de hidrgeno contribuyen a la estructura proteica secundaria, terciaria y cuaternaria. Los puentes disulfuro contribuyen terciaria. a la estructura proteica

5. En relacin con los aminocidos definir los siguientes trminos: carbono alfa, punto isoelctrico (pI), enlace peptdico, aminocido hidrofbico.
El carbono alfa es el carbono asimtrico del aminocido que tiene capacidad de giro y el que tiene el radical que indica que tipo de aminocidos es. Se denomina punto isoelctrico (pl) el valor del pH al cual el aminocido no presenta carga neta. Y est en el punto de inflexin de la curva a media distancia entre pka1 y pka2. El enlace peptdico es un enlace entre el grupo amino (NH2) de un aminocido y el grupo carboxilo (COOH) de otro aminocido. Los aminocidos hidrofbico son aquellos aminocidos que no tienen afinidad por el agua.

6. Un polipptido posee un valor bajo de pI. Sugerir los aminocidos que lo forman.
Los aminocidos cidos, ya que cuanto menos pka tenga, ms cido es y cuanto ms pka tenga, es ms bsico.

7. A qu nivel de la estructura protica actan los siguientes agentes desnaturalizantes: calor suave, cido fuerte, solucin salina saturada, disolventes orgnicos tipo cloroformo, agente reductor?
Calor suave: todas. cido fuerte: todas. Solucin salina saturada: todas. Disolvente orgnico: segunda, terciaria y cuaternaria. Agente reductor: terciaria.

8. Un aminocido tiene un valor de pKR = 10.0 A qu grupo de aminocidos pertenece? Por qu? Cul es su carga neta a pH=7.0?

COOH pKR =10

+

COO-

H3N - C R <-> H2N C - R

CH3

CH 3

-R

7 = 10 + log

-3= log

= 110-3 Slo el 99% se encuentra no ionizado. Carga neta: +1

9. Los valores siguientes:

de

los

pK

de

un

aminocido

son

los

pKa1 = 2.1; pKa2 = 9.8; pKR = 3.9 A qu grupo de aminocidos pertenece? Decir la carga neta que tendr el aminocido a los siguientes valores de pH: 2.1, 3.9, 7.0, 9.8, 13.0 explicando el por qu. Cul es el valor de su pI?

Pertenece a los aminocidos con grupos R cargados negativamente.

pH = 7

7= 2,1 + log

4,9 = log

= 7,9 104 ; pI =

-2,8 = log

= 1,59 10-3

; pI =

= 3,9 + log neta: +1

3,1= log

= 1,3103

Carga

10. Los valores de los pK de un aminocido son los siguientes: pKa1 = 2.2; pKa2 = 9.0; pKR = 12.5 A qu grupo de aminocidos pertenece? Decir la carga neta que tendr el aminocido a los siguientes valores de pH: 2.2, 7.0, 9.0, 12.5 explicando el por qu. Cul es el valor de su pI? El aminocido pertenecera al grupo de los aminocidos con cadenas laterales con grupos polares no cargados.

Aminocido

pKa1 pKa2

pKa3

Aminocidos con cadenas laterales no polares: Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina Metionina Prolina Fenilalanina Triptofano Gly Ala Val G 2.35 9.78 A V 2.35 9.87 2.29 9.74 2.33 9.74 2.32 9.76

Leu L Ile I

Met M 2.13 9.28 Pro P 1.95 10.64 2.20 9.31

Phe F Trp

W 2.46 9.41

Aminocidos con cadenas laterales con grupos polares no cargados: Serina Treonina Asparragina Glutamina Tirosina Cistena Ser Thr S T 2.19 9.21 2.09 9.1

Asn N 2.14 8.75 Gln Tyr Q 2.17 9.13 Y 2.20 9.21 1.92 10.7 10.46 Fenol 8.37 Sulfhidrilo

Cys C

Aminocidos con cadenas laterales con grupos cargados: Lisina Arginina Histidina Lys K 2.16 9.06 1.82 8.99 10.54 -Amino 12.48 Guanidinio 6.04 Imidazol 3.90 -COOH 4.07 -COOH

Arg R His

H 1.80 9.33

Acido aspratico Asp D 1.99 9.90 Acido glutmico Glu E 2.10 9.47

NI ZORRAA!!!!!

11. En relacin con las propiedades cido-base de los aminocidos:

a) Representar la curva de titulacin de un aminocido monoamino y monocarboxilo que tiene los valores de pKa1 = 3.34 y pKa2 = 9.60, especificando las especies inicas predominantes en los puntos clave de la curva. b) Calcular el pI del siguiente tripptido: Gly-Ala-Val siendo: Gly (pKa1=2.34; pKa2=9.6); Ala (pka1=2.34; pKa2=9.69); Val (pKa1= 2.32; pKa2=9.62).

c) En qu direccin se mover el tripptido cuando se coloque en un campo elctrico a los valores de pH siguientes: 1, 5, 10, 12.

12. Considere el tetrapptido siguiente: Lys-Ser-AspAla. Los valores de los pK son: pK carboxilo: 2.34; pK amino: 8.95: pKR Asp: 3.86; pKR Lys: 10.79. Determinar: a) El pI del tetrapptido.
Ms adelante se presenta la estructura del tetrapptido en su forma ms cida.

(Los valores que nos da el enunciado son aproximaciones, ya que el comportamiento de los aminocidos est afectado por la presencia de otros grupos.) El pptido elctricamente neutro se forma despus de que ambos grupos carboxilo hayan perdido sus protones, pero antes de que el grupo amonio haya perdido algn protn. El punto isoelctrico se calcula como sigue:

b) En qu direccin se mover el pptido cuando se coloque en un campo elctrico a pH=4 y a pH=9.

A pH = 4, el pptido est cargado positivamente y se mueve hacia el electrodo negativo (ctodo). A pH = 9, el pptido est cargado negativamente y se mover hacia el electrodo positivo (nodo).

13. La arginina tiene los valores de pKa siguientes: pKa1 = 2.17, pKa2 = 9.04 y pKR = 12.48. Cul es la estructura y la carga neta de la arginina a los siguientes valores de pH?: 1, 4, 7, 10, 12
La estructura y la carga neta de la arginina a varios pH es como sigue:

14. Definir la P50 para la hemoglobina. Qu efecto cualitativo cabra prever que tuviera cada una de las siguientes modificaciones sobre la P50?
La P50 es aquella presin de O2 para la cual el 50% de los grupos hemo estn ocupados por el O2.

a) Aumento de pH de 7.2 a 7.4

Aumento de pH, menos H+ en el medio, ms NH2 sin carga que no establecern puentes salinos adicionales. Luego se unir ms fcil el oxigeno, con lo cual quiere decir que tendr ms afinidad la hemoglobina por el O2. En este caso la P50 disminuir.

b) Aumento de la presin parcial de CO2 de 20 a 40 mm Hg.

Al aumentar la presin parcial de CO 2 ocurre justamente lo contrario. Disminucin del pH, mas H+ en el medio, mas en el NH3+ con carga que establecern puentes salinos adicionales. Luego se unir mas difcilmente el oxigeno, con lo cual quiere decir que tendr menos afinidad la hemoglobina por el O 2. En este caso la P50 aumentar.

15. Definir la P50 para la hemoglobina. Qu efecto cualitativo cabra prever que tuviera cada una de las siguientes modificaciones sobre la P50?
La P50 es aquella presin de O2 para la cual el 50% de los centros hemo estn ocupados por el O 2. Para la Mb el valor es bajo, mientras que para la hemoglobina es bastante alto.

a) Disminucin de pH de 7.4 a 7.2

Disminucin de pH: ms H+ en el medio, ms NH3+ con carga que establecern puentes salinos adicionales. Luego se unir con menos fuerza al oxgeno lo cual quiere decir que tendr menos afinidad la hemoglobina por el O2. En este caso la P50 aumentar.

b) Disociacin en cadenas polipeptdicas monomrica.

Disociacin en cadenas: cada cadena actuar de forma similar a la Mb que al no presentar el fenmeno de la cooperativiad tiene una afinidad por el O2 muchsimo ms elevada. Luego la P50 disminuir.

16. Poner un ejemplo de cada uno de los compuestos o estructuras siguientes:

a) Epmero:

un ejemplo de Epmero es la la D-glucosa debido a que su estructura slo se diferencia en la configuracin del grupo OH del carbono.

b) Azcar reductor: un ejemplo de azcar reductor es la glucosa.

c) Diastereoismero:

17. Define lo que es un enlace glucosdico y pon un ejemplo.

Es el enlace para unir monosacridos con el fin de formar disacridos o polisacridos. Como por ejemplo la celulosa.

18. Dibujar esquemticamente la frmula de la glucosa y de la galactosa y sus respectivas proyecciones de Haworth.
Esquema de la Glucosa:

Haworth Glucosa:

19. Cul es el nmero de estereoismeros que posee un monosacrido de 5 tomos de carbono?

21 = 2
20. Se puede ciclar la fructosa como piranosa? Dibuja su estructura.
No, porque la fructosa tiene 5 carbonos mientras que la piranosa tiene 6 carbonos.

21. Tienen todos los disacridos poder reductor? Y los monosacridos? Poner ejemplos explicando el por qu.
Ambos tienen poder reductor. Los monosacridos poseen un grupo carbonilo que se oxida dando un grupo cido. Y en el caso de los disacridos, si al menos uno de los monosacridos posee su grupo carbonilo libre y no pertenece al enlace glucosdico.

22. Cules de los siguientes azcares son reductores y cules no: Almidn, celulosa, fructosa, sacarosa, ribosa.
El almidn no es un agente reductor, la fructosa es un agente reductor, la sacarosa no es un azcar reductor, la celulosa es un agente reductor y la ribosa es un agente reductor.

23. Dibujar mediante la proyeccin de Haworth los compuestos siguientes: a) -D-glucopiranosa y -Dglucofuranosa. b) Sacarosa y c) D-lactosa, d) cido silico.
a) -D-glucopiranosa y -D-glucofuranosa

b) Sacarosa

c) D-lactosa

d) cido silico

24. Dibujar la estructura de una molcula de Dglucosamina unida a la treonina a travs de un enlace glucosdico.

25.

Dibuje los compuestos siguientes:

a) anmeros y de la galactosa.

b) Acido aldnico, urnico y derivados del cido aldrico de la galactosa.

c) Galactitol.

d) Lactona del cido galactnico.

26. Determinar cules de los siguientes pares de azcares son enantimeros, diastereoismeros, epmeros o par aldosa/cetosa. a) D-Eritrosa y D-treosa.
Son Diastereoismeros.

b) D-glucosa y D-manosa. Son epmeros. c) D-ribosa y L-ribosa.

Son enantimeros.

d) D-alosa y D-galactosa. Son Diastereoismeros.

e) D-gliceraldehdo y dihidroxiacetona.

Son par de aldosa /cetosa.

27. Estructura general de un glicerofosfolpido y de un esfingofosfolpido. Son los glucolpidos esfingolpidos?

Los fosfolpidos son un tipo particular de lpidos en los que el radical fosfato entra a formar parte de su estructura. Segn su composicin, pueden diferenciarse en dos grupos: los fosfoacilglicridos y los esfingolpidos. Son esteres de cidos grasos y glicerina. Los esfingolpidos son fosfolpidos compuestos por acido fosfrico, un alcohol y una molcula de acido graso unida mediante en la ce amida a una molcula de esfingosina. Los esfingolpidos tambin son componentes importantes de las membranas de animales y vegetales. Contienen un aminoalcohol de cadena larga. En los animales, este alcohol es la esfingosina. En los esfingolpidos de los vegetales se encuentra la fitoesfingosina. Los glucolpidos son esfingolpidos que poseen grupos de hidratos de carbono y no contienen fosfato, y estn compuestos por una ceramida (acido graso + esfingosina) y un glcido de cadena corta.

28. Considerando estos componentes moleculares: glicerol, cido graso, fosfato, alcohol de cadena larga e hidrato de carbono, responder a lo siguiente: a) Qu dos de ellos estn presentes en las ceras y en la esfingomielina?
Los cidos grasos, fosfato y alcohol.

b) Qu dos de ellos estn presentes en las grasas y en la fosfatidilcolina?

El cido graso y glicerol.

c) Cules de ellos estn presentes en un ganglisido pero no en una grasa?

Hidrato de carbono y alcohol de cadena larga

29.

Responde a las siguientes preguntas: lipoprotenas

a) Qu funcin desempean las plasmticas en el cuerpo humano?

Las lipoprotenas plasmticas aumentan la solubilidad de las molculas Iipdicas hidrfobas que se transportan en el torrente sanguneo hasta los diversos rganos.

b) Por qu requieren un componente proteico para realizar la funcin?

El componente proteico sirve para solubilizar las lipoprotenas de la sangre. Tambin acta como un receptor que permite la unin y la captura de las lipoprotenas por las clulas del cuerpo .

30. De qu cido graso proceden la mayora de los eicosanoides? Relacionar varias alteraciones mdicas en las que puede parecer ventajoso suprimir su sntesis.
Los eicosanoides proceden del cido araquidnico. Las condiciones mdicas en las que es ventajoso suprimir la sntesis de eicosanoides son la anafilaxia, las alergias, el dolor. La inflamacin producida por una lesin y la fiebre.

31. Tipos de enlaces que aparecen en un nucletido. Y en un polinucletidos?

En un nucletido: -N-glucosdico y fosfo-ster. En un polinucletido: -N-glucosdico, fosfo-ster y fosfo-dister .

32. Representar esquemticamente oligonucletido: ACTGA

el

siguiente

33. Cmo se sintetizan los polinucletidos? En qu direccin?

Los nucletidos se aaden a una cadena de DNA o RNA por el extremo 3OH libre de una desoxirribosa (o ribosa) en forma de NTP y se pierde en la reaccin PPi. La direccin del crecimiento es: 5 3

34. En qu condiciones y cmo se forma un DNA-H de triple hlice?

Tiene que haber 2 zonas con bases pricas complementarias. Se forman puentes de H no de Watson-Crick.

35. Definir temperatura media de fusin para el DNA y explicar de qu factores depende.
Es aquella temperatura para la cual el 50% de un DNA est en forma de doble hebra y el otro 50% desnaturalizado (hebra sencilla). Esta temperatura depende de la composicin en bases G-C y de la fuerza inica (si hay mucho G-C y mucha fuerza inica la temperatura aumenta).

36. Explicar cmo influye la fuerza inica sobre el fenmeno de la desnaturalizacin del DNA.
Los iones positivos neutralizan las cargas negativas de los fosfatos de manera que no se repelen y se mantienen las dos hebras unidas. Si la fuerza inica es muy baja los fosfatos se repelen y el DNA se desnaturaliza.

37. Una muestra de DNA contiene un 21 % de adenina Cul es su composicin porcentual en bases?
Si hay 21% T, tambin hay 21% A, pues son complementarias. El resto de porcentaje (100 42 %) sea el 58% estar repartido entre C y G a partes iguales. As que habr: 29% C y 29% G.

38. Describir cmo contribuye a la estructura helicoidal estable del DNA cada una de las interacciones no covalentes.
Por un lado, el apilamiento entre las bases adyacentes de una misma hebra favorece interacciones hidrofbicas entre stas, y por otro lado, cada base est unida a su pareja mediante puentes de hidrgeno.

39. Cmo afectan cada una de las sustancias o condiciones siguientes a la estructura del DNA? a) Etanol b) Calor c) Dimetil sulfato d) cido nitroso e) Quinacrina.
Etanol: Rompe los enlaces fosfodiester y N glicosdicos Calor: Desnaturaliza al ADN Dimetil sulfato: Genera cargas al ser un compuesto ionico rompiendo los puntes de hidrogeno Acido nitroso: Rompe los enlaces fosfodiester y N glicosdicos

Quinacrina:

40. Dar una relacin de 3 diferencias entre el DNA procariota y eucariota. Describir las diferencias estructurales entre el RNA y el DNA.
El ADN procariota es una molcula de ADN circular y el ADN eucariota es una molcula lineal enrollada. El ADN procariota no esta en un nucleo definido y el de la eucariota si. El ADN procariota no esta compactado por las histonas, proteinas estructurales, y en la eucariota si. Las diferencias estructurales entre el ADN y el ARN son que: El ADN esta formado por Adenina (A), Citosina (c), Guanina(G) y Timina (T) mientras que el ARN esta formado por lo mismo pero en lugar de Adeninda tiene Uracilo (U).

41. Qu condiciones desnaturalizacin del DNA?

--Aumento del pH

fsicas

producen

la

Aumento de temperatura Rotura de puentes de hidrogeno, puentes disulfuro,...( fuerzas

electronicas). La G se une a la C mediante 3 puntes de hidrogeno mientras la A se une a la T con 2

42. Transformar matemticamente la ecuacin Michaelis-Menten en la de los dobles inversos Lineweaver-Burk. Ecuacion de Michaelis-Menten: v = vmax [S]/Km + [S]

de de

Ecuacion de Lineweaver-Burk: 1/v = 1/vmax + Km / vmax [S] 1/v = Km + [S] / vmax ==> 1/v = 1/vmax + Km [S] /vmax [S] 43. Escribir la ecuacin de Michaelis Menten para un ihhibidor competitivo, no competitivo y acompetitivo.
Inhibidor competitivo: v = vmax [S] / Km (1+([I]/Ki)) + [S] Inhibidor no competitivo: v = vmax [S] / Km (1+([I]/Ki)) + [S] (1+ ([I]/Ki))

Inhibidor acompetitivo: v = vmax [S] / Km+ [S] (1+([I]/Ki))

44. Representar segn la grfica de los dobles inversos de Lineweaver-Burk la cintica de una reaccin cuyas constantes son: Vmax = 4 mol/s y KM = 0.5 mM.

45. La presencia de un inhibidor en una reaccin enzimtica tipo Michaelis-Menten hace que el valor de la KM aumente 3 veces cuando la concentracin del mismo es de 10 mM. De qu tipo de inhibidor se trata? Cuntas veces aumentar la KM si el inhibidor se encuentra a una concentracin de 20 mM?
En una inhibicion reversible acompetitiva aumentara el doble.

46. En un tipo de inhibicin reversible denominada acompetitiva el inhibidor se une solo al complejo ES y bloquea la catlisis al hacerlo. Deducir la ecuacin cintica para este caso y dibujar la representacin de los dobles inversos.

47. Calcular los valores de Km y Vmax de la cintica de las reacciones enzimticas representadas por las rectas A y B Qu relacin guardan ambas rectas? De qu tipo de inhibicin se trata?

KmA = 2.5 KmB = 2

vmaxA = 1,25 vmaxB = 2

Es la tabla de dobles inversos para una ihibicion reversible competitiva

48. Concepto y significado de las constantes cinticas KM, Vmax, Kcat y Ki Qu es lo que define la eficiencia de un enzima?
Km: es la afinidad del enzima por es sustrato. -Km elevada: E se une a S muy debil -Km baja: mucha afinidad de E por S vmax: sustrato maxima del enzima cuando este se une completamente al

Kcat:medida directa de la produccion catalitica de producto. Las uniades del Kcat son s^-1 osea, molculas de sustrato que proceso cada molcula de E. Se denomina a veces n de recambio Ki: cte de equilibrio de disociacin del inhibidor

49. Calcular los valores de Km y Vmax de la cintica de las reacciones enzimticas representadas por las rectas A y B Qu relacin guardan ambas rectas?

KmA = KmB =

vmaxA = vmaxB =

50. La presencia de un inhibidor en una reaccin enzimtica tipo Michaelis-Menten hace que el valor de la Vmax disminuya 5 veces cuando la concentracin del mismo es de 20 mM. De qu tipo de inhibidor se trata? Cuntas veces disminuir la Vmax si el inhibidor se encuentra a una concentracin de 40 mM?
Inhibicin reversible no competitiva. Disminuir el doble

51. La siguiente grfica muestra la representacin de Lineweaver-Burk para una misma reaccin enzimtica en diferentes condiciones A, B y C (Los nmeros representan los lugares de corte con los correspondientes ejes) Responder a las siguientes cuestiones: Calcular los valores de KM y Vmax para cada una de las rectas A, B y C. Qu relacin guardan las rectas entre s? De qu tipo de inhibicin se trata? Explicar de forma particular qu sucede en los casos B y

C.