Quadruple Helix DNA Exists In Human Genome

60 years after Cambridge researchers Watson and Crick published their discovery of "double helix" DNA, the molecule of life, another team at the same UK university has published proof that four-stranded "quadruple helix" DNA also exists within the human genome. They hope their discovery will lead to a new generation of targeted cancer therapies that use synthetic molecules to trap the complex DNA structures and thereby stop cancer cells multiplying. Lead investigator Shankar Balasubramanian, a professor at Cambridge University's Department of Chemistry and Cambridge Research Institute, says in a "We are seeing links between trapping the quadruplexes with molecules and the ability to stop cells dividing, which is hugely exciting." "The quadruple helix DNA structure may well be the key to new ways of selectively inhibiting the proliferation of cancer cells. The confirmation of its existence in human cells is a real landmark," he adds. Balasubramanian and colleagues write about their findings in the 20 January online issue of Nature Chemistry.

From Concept to Test Tube to Living Cells

Their discovery marks the end of 10 years research to prove that four-stranded quadruple helix DNA structures, known as G-quadruplexes, also occur in living human cells. They are called G-quadruplexes because they form in regions of DNA rich in Guanine, one of the four chemical bases or building blocks that encode genetic information (the other three are Adenine, Cytosine, and Thymine). The team started with hypothetical computer models of the quadruplexes, then made synthetic versions in test tubes, and then proved, using fluorescent biomarkers, that the structures exist in real life in human cancer cells. Although there is evidence that G-quadruplexes occur in single-celled organisms called ciliates, this is the first time they have been seen in human cells. In their paper, Balasubramanian and colleagues also show that the quadruplexes are more concentrated in genes of cells that are rapidly dividing, such as cancer cells. Balasubramanian says this suggests targeting the quadruplexes could form the basis of new personalized treatments. To detect the quadruplexes, lead author Giulia Biffi, a researcher in Balasubramaninan's lab, made antibody proteins that bind to them. The team were able to see "hot spots" in the genome where there were concentrations

of four-stranded DNA because they tagged the antibodies with fluorescent markers. While four-stranded DNA is spread fairly evenly through the genome of human cells and their division cycles, it appears they become more concentrated during the "sphase" of the cell cycle. This is the point just before the cell divides, when the DNA replicates. This discovery is an important step in cancer research because a key feature of oncogenes, a group of genes that drives cancer, is they have mutated in a way that increases DNA replication, which leads to uncontrolled cell proliferation and tumor growth. The increased replication rate in oncogenes increases the concentration of the complex structures.

Targeting and Trapping Quadruplex DNA

The researchers found if they used an inhibitor to block DNA replication, quadruplex levels went down, showing DNA is dynamic, continually forming and unforming structures. They experimented with targeting the quadruplex DNA: "We have found that by trapping the quadruplex DNA with synthetic molecules we can sequester and stabilise them, providing important insights into how we might grind cell division to a halt," says Balasubramanian. Before that they had also discovered that an overactive gene with more quadruplex DNA is easier to interfere with. Perhaps this means it will be easier to trap the quadruplex DNA in certain cancer genes. Although there is still a lot they don't know, Balasubramanian and his team suspect that the quadruplex structures are like knots or tangles in the DNA during replication. One question that the team is pondering is whether the complex structures have evolved for a reason. "It's a philosophical question as to whether they are there by design or not - but they exist and nature has to deal with them. Maybe by targeting them we are contributing to the disruption they cause," asks Balasubramanian. "Many current cancer treatments attack DNA, but it's not clear what the rules are. We don't even know where in the genome some of them react - it can be a scattergun approach," explains Balasubramanian. But he describes the fact it may now be possible to to target particular cancer cells that have genes with these features, and that they could be more vulnerable to such interference than normal cells, as a "thrilling prospect". The study was funded by Cancer Research UK, whose senior science information manager, Julie Sharp says:

"This research further highlights the potential for exploiting these unusual DNA structures to beat cancer - the next part of this pipeline is to figure out how to target them in tumour cells." Using a new online method, Cancer Research UK scientists recently identified 46 new potential druggable cancer genes from a list of 479. Written by Catharine Paddock PhD

TRADUCCION
Helix DNA Cudruple existe en Genoma Humano 60 aos despus de Cambridge investigadores Watson y Crick publicaron su descubrimiento de la "doble hlice" del ADN, la molcula de la vida, otro equipo de la misma universidad del Reino Unido ha publicado una prueba de que cuatro hundidos "cudruple hlice" del ADN tambin existe dentro del genoma humano. Ellos esperan que su descubrimiento conducir a una nueva generacin de terapias contra el cncer dirigidos que utilizan molculas sintticas para atrapar las estructuras complejas de ADN y con ello impedir que las clulas cancerosas se multiplican. El investigador principal, Shankar Balasubramanian, profesor de la Universidad de Cambridge, Departamento de Qumica y Cambridge Research Institute, dice en un "Estamos viendo una relacin entre la captura de los quadruplex con las molculas y la capacidad de detener las clulas en divisin, que es muy emocionante." "La estructura cudruple hlice del ADN podra ser la clave para nuevas formas de inhibir selectivamente la proliferacin de clulas cancerosas. La confirmacin de su existencia en las clulas humanas es un hito real", aade. Balasubramanian y sus colegas escriben sobre sus hallazgos en la edicin en lnea del 20 de enero Nature Chemistry. De la idea a tubos de ensayo a las clulas vivas Su descubrimiento marca el final de 10 aos de investigacin para demostrar que las estructuras de cuatro cadenas cudruple hlice de ADN, conocidos como Gquadruplex, tambin se producen en clulas humanas vivas. Se les llama G-quadruplex porque se forman en regiones de ADN rica en guanina, una de las cuatro bases qumicas o bloques de construccin que codifican la informacin gentica (los otros tres son adenina, citosina y timina). El equipo comenz con modelos informticos hipotticos de los quadruplex, y luego hizo versiones sintticas en tubos de ensayo, y luego demostr, utilizando biomarcadores fluorescentes, que las estructuras existen en la vida real en clulas cancerosas humanas. Aunque hay pruebas de que G-quadruplex producirse en organismos unicelulares llamados ciliados, esta es la primera vez que se han visto en las clulas humanas.

En su artculo, Balasubramanian y colegas tambin muestran que los quadruplex estn ms concentradas en los genes de las clulas que se dividen rpidamente, como las clulas cancerosas. Balasubramanian dice que esto sugiere la orientacin de los quadruplex podra constituir la base de nuevos tratamientos personalizados. Para detectar los quadruplex, autor principal Giulia Biffi, investigador en el laboratorio de Balasubramaninan, hecha protenas de los anticuerpos que se unen a ellos. El equipo fue capaz de ver los "puntos calientes" en el genoma donde haba concentraciones de cuatro hebras de ADN, ya que los anticuerpos marcados con marcadores fluorescentes. Mientras que cuatro hebras de ADN se transmite de manera bastante uniforme a travs del genoma de clulas de humanos y de sus ciclos de divisin, parece que se vuelven ms concentrado durante el "s-fase" del ciclo celular. Este es el punto justo antes de que la clula se divide, cuando el ADN se replica. Este descubrimiento es un paso importante en la investigacin del cncer, porque una caracterstica clave de oncogenes, un grupo de genes que conduce al cncer, es que han mutado de manera que aumenta la replicacin del ADN, lo que conduce a la proliferacin celular descontrolada y el crecimiento tumoral. La tasa de aumento de la replicacin en oncogenes aumenta la concentracin de las estructuras complejas. Focalizacin y Reventado ADN Quadruplex Los investigadores encontraron que si se utiliza un inhibidor para bloquear la replicacin del ADN, los niveles cudruples cay, mostrando el ADN es dinmico, continuamente formando y unforming estructuras. Experimentaron con la focalizacin del ADN cudruplex: "Hemos encontrado que al atrapar el ADN cudruplex con molculas sintticas que pueden secuestrar y estabilizarlos, proporcionando pistas importantes sobre cmo se puede moler la divisin celular a su fin", dice Balasubramanian. Antes de que haban descubierto tambin que un gen hiperactiva con ADN cudruplex ms es ms fcil de interferir con. Tal vez esto significa que ser ms fcil para atrapar el ADN cudruplex en ciertos genes del cncer. Aunque todava hay mucho que no saben, sospechan Balasubramanian y su equipo que las estructuras cudruples son como nudos o enredos en el ADN durante la replicacin. Una de las preguntas que el equipo se est planteando es si las estructuras complejas han evolucionado por una razn.

"Es una cuestin filosfica de si estn ah por diseo o no -. Pero existen y la naturaleza tiene que tratar con ellos Tal vez apuntando a ellos estamos contribuyendo a la perturbacin que causan", pregunta Balasubramanian. "Muchos cncer actual ADN ataque tratamientos, pero no est claro cules son las reglas Ni siquiera s en qu parte del genoma de algunas de ellas reaccionar -. Puede ser un enfoque disperso", explica Balasubramanian. Pero se describe el hecho de que ahora puede ser posible a las clulas cancerosas diana particulares que tienen genes con estas caractersticas, y que podran ser ms vulnerable a la interferencia, tales que las clulas normales, como una "perspectiva emocionante". El estudio fue financiado por el Cancer Research UK, cuyo principal gestor de ciencias de la informacin, Julie Sharp dice: "Esta investigacin pone de relieve el potencial para la explotacin de estas estructuras de ADN inusuales para vencer al cncer - la parte siguiente de este gasoducto es de encontrar la manera de dirigirse a ellos en las clulas tumorales". El uso de un mtodo en lnea nueva, Cancer Research UK cientficos recientemente identificaron 46 nuevos genes potenciales de cncer druggable de una lista de 479. Escrito por Paddock Catalina PhD