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COMPLEXITY OF CALCULATION
COMPLEXIDADE DO CLCULO
19/04/2013
Energy minimization Identifying stable conformations Energy calculations for specific conformations Generating different conformations Studying molecular motion.
Minimizao de energia Identificando conformaes estveis Clculos de energia para conformaes especficas Gerao de diferentes conformaes Estudo do movimento molecular
Molecular orbital energies and coefficients Heat of formation for specific conformations; Partial atomic charges calculated from molecular orbital coefficients Electrostatic potentials Dipole moments Transition state geometries and energies Bond dissociation energies.
19/04/2013
Energias e coeficientes do orbital molecular Calor de formao de conformaes especficas Cargas atmicas parciais calculadas a partir dos coeficientes do orbital molecular Potenciais eletrostticos Momentos dipolo Geometrias e energias do estado de transio Energias de dissociao da ligao
Some drawing packages are linked to other items of software which allow quick calculations of various molecular properties, including:
IUPAC chemical name, Molecular formula, Molecular weight, Exact mass, Theoretical elemental analysis. Calculated predictions: melting point, freezing point, log P value and heat of formation.
Alguns pacotes de desenhos de estruturas acompanham com outros softwares que permitem clculos rpidos de vrias propriedades moleculares, incluindo:
Nome qumico IUPAC Frmula molecular Massa molecular Massa exata Anlise terica dos elementos. Predies: ponto de fuso, ponto de congelamento, log P, e calor de formao.
19/04/2013
(%)
(%)
Molecular modeling software allows the researcher to construct a 3D molecular structure on the computer.
19/04/2013
Pacotes disponveis:
Chem 3D Alchemy Sybyl Hyperchem Discovery Studio Pro CAChe Avogadro
The 3D model can be made by constructing the molecule atom by atom, and bond by bond. It is also possible to automatically convert a 2D drawing into a 3D structure, and most molecular modelling packages have this facility.
Os modelos 3D podem ser feitos via construo da molcula tomo por tomo, e ligao por ligao. Tambm possvel automaticamente converter uma estrutura 2D numa estrutura 3D. Muitos pacotes de softwares de modelagem possuem essa facilidade.
Bola e basto
Varetas
Basto
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It can also be accessed and downloaded from the Cambridge Structural Database (CSD) CSD contains over 200000 molecules, which have been crystallized and their structure determined by X-ray crystallography.
Tambm podem ser acessadas e baixadas do Cambridge Structural Database (CSD) O CSD contm mais de 200.000 molculas que foram previamente cristalizadas e suas estruturas determinadas por cristalografia de raiosX.
Whichever software program is used to create a 3D structure, a process called energy minimization should be carried out once the structure is built. This is because the construction process may have resulted in unfavourable bond lengths, bond angles or torsion angles.
19/04/2013
Qualquer que seja o programa utilizado para criar uma estrutura 3D, um processo denominado minimizao de energia dever ser conduzido aps a estrutura ser construda. Isso porque o processo de construo pode ter resultado em comprimentos ou ngulos de ligao e ngulos de toro desfavorveis.
The energy of the new structure is calculated to see whether it is energetically more stable or not. If the starting structure is inherently unstable, a slight alteration in bond angle or bond length will have a large effect on the overall energy of the molecule resulting in a large energy difference, until obtain a structure with an energy minimum.
A energia da nova estrutura calculada para verificar se ela energeticamente mais estvel ou no. Se a estrutura de partida inerentemente instvel, uma alterao discreta no ngulo de ligao ou distncia da ligao ter um grande efeito em toda a energia da molcula resultando numa grande diferena de energia, at que se obtenha uma estrutura com mnima energia.
19/04/2013
During an energy minimization, lots of different conformation could have a local minimum energy, but just one more stable conformation, which have a global minimum energy
19/04/2013
Durante uma minimizao de energia, vrias diferentes conformaes podem ser um mnimo de energia local, mas apenas uma conformao mais estvel pode ter uma energia mnima global
Therefore, in order to identify the most stable conformation, it is necessary to generate different conformations of the molecule and to compare their steric energies.
1. Molecular dynamics 2. Stepwise bond rotation 3. Monte Carlo and Metropolis method 4. Genetic and evolutionary algorithms
Portanto, no intuito de identificar a conformao mais estvel, necessrio gerar diferentes conformaes da molcula e comparar suas energias estricas.
1. Dinmica Molecular 2. Rotao da ligao por etapas 3. Mtodos de Monte Carlo e Metropolis 4. Algoritmos Genticos e Evolucionrios
19/04/2013
Molecular mechanics program to mimic the movement of atoms within a molecule. Classical and Newtons second law: F = ma; a = v/t; v = s/t; Ek = (mv)/2
Position, acceleration and velocity of each atom Calculated the kinetic energy treated as moving sphere
Programas de mecnica molecular que mimetizam o movimento de tomos na molcula. Leis clssicas e Segunda Lei de Newton: F = ma; a = v/t; v = s/t; Ek = (mv)/2
Posio, acelerao e velocidade de cada tomo Energia cintica calculada tratadas como esferas mveis
Minimize structure
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Minimiza a estrutura
heating
CICLOHEXANO
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Consist in generate conformations by rotate torsions (dihedral angle) and calculate steric energy of each ones.
Global minimum energy
30 fixed moved
Consiste em gerar conformaes por tores rotacionveis (ngulos diedros) e calcular a energia estrica de cada uma delas.
Energia mnima global
30 fixo mvel
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Monte Carlo algorithm generation of random conformations which are all analysed separately Metropolis method or recozimento simulado chances de encontrar o mnimo global
Envolve um n de ciclos onde o algoritmo de Monte Carlo compilado em diferentes temperaturas
Algoritmo de Monte Carlo gerao de conformaes aleatrias onde todas so analisadas separadamente Mtodo Metrpolis ou simulated annealing chances of finding the global minimum
It envolves a # of cycles where the Monte Carlo algorithm is run at different temperatures
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Algorithms that use biological ideas from genetics and evolution to find the structure with global minimum energy (mutations, crossing-overs, Lamarckian Genetic Algorithm...)
Algoritmos que usam ideias biolgicas da gentica e evoluo para encontrar a estrutura com energia mnima global (mutaes, crossingovers, Algoritmo Gentico Lamarquiano...)
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