Bioinformtica

jueves 19 de febrero de 1998

Tema 1:
CPU Unidad central. Posee una carcasa (Tapa).

Fuente de alimentacin
Es un transformador rectificador a 220 V. Transformador porque pasa de 220 V a 5 y 12 V, y rectificador porque transforma corriente alterna (AC) en continua (DC). Es una caja grande de la que salen cables. Tiene un refrigerador que refrigera la unidad central.

Placa del sistema

IBMPlaca base OtrosPlaca madre Diseo modular, los componentes pueden aparecer en distintos sitios pero la tarea es al misma.

Componentes electrnicos
Componentes de tipo pasivo (resistencias y condensadores). Componentes activos (circuitos integrados CI o IC) DIP (Antiguo) Insertados en Zcalos PGA (Actuales)

Microprocesador (P) Es el circuito ms caro. Chipset: Son circuitos integrados de apoyo. Reloj: Marca ritmo de trabajo. Tiene que estar coordinado con el reloj y el P. Memoria principal: Es donde se almacena temporalmente el software. Tiene dos componentes, ROM (slo lectura), que es donde est el software que mete el fabricante para que pueda funcionar. Tiene un adhesivo metlico para que no se borre el contenido. Otro componente es la RAM, que es de lectura y escritura. Esta es la que maneja el P. Va en mdulos de memoria. Pila: Es azulita y con forma de barril.

Bus de expansin
Son una serie de ranuras (slots). Aqu se insertan tarjetas controladoras, que relacionan la placa del sistema con un perifrico. Permite la comunicacin del perifrico con RAM, ROM, P u otro perifrico. ISASegmento largo y corto. VESABus local, conexin del perifrico con el P directamente sin pasar por chipset. (Si hay muchos conectados, puede colapsarse) PCI Es como un bus local que tiene un elemento regulador para que no se produzca colapso.

Tarjetas Tarjetas obligatorias

Tarjeta controladora de vdeo: Convierte seales digitales del ordenador en seales de 1

Bioinformtica vdeo. CGAEGAVGASVGA Circuito integrado Chip controlador de vdeo (PGA) mantiene posicin horizontal y vertical. Puede tener memoria RAM (memoria de vdeo). Tarjeta controladora de disco: Controla el flujo entre disco duro o disquetes y el P y la RAM. Memoria auxiliar o masiva. Hay cables (Flap) que unen esto. Estn cerca de la fuente de alimentacin. Se alimentan con 12 V. Hay varios tipos: MFM-RLLDiscos de poca capacidad 20-40 Membrana IDE Disco de tipo IDE. Actual. Tambin se puede enchufar un CD- ROM. SCSI[escasi]

Tarjetas tipo puerto (no obligatorias)

Antiguamente para conectar impresora al ordenador Conexin de salida paralelo o centronics. Slo conecta impresora. Serie (RS232) Puedo conectar cualquier cosa (Fax, mdem, ratn...). Ya no se fabrican Ahora, se fabrica una tarjeta que incluye la de disco y la de puerto (paralelo y serie), y se llama tarjeta multi IO. Organizacin lgica de la placa base Buses Canales de comunicacin. Programa Conjunto de instrucciones ordenadas secuencialmente. No es ejecutable en disco duro o disquete, slo en memoria RAM. El cable que va del disco a la tarjeta controladora es el bus de datos, luego, de la tarjeta va al P. Direccin de memoria: Cada celdilla de la memoria tiene un nmero independiente de la informacin de la clula. P Unidad de control. Interpreta significado de operandos e instrucciones, se lo dice a la unidad aritmtica lgica. La unidad de control tiene asociado un registro contador (memoria local) donde se indica la direccin de memoria de la prxima instruccin (contador = contador +1). La unidad aritmtica lgica, tiene asociados acumuladores donde almacenar temporalmente los datos que tiene que operar y el resultado. El coprocesador matemtico ayuda a la UAL. Cmo se materializa la informacin? 5 V_

Bit Cantidad ms pequea de informacin que puede transmitirse o procesarse (0,1) Byte Agrupacin de 8 bits. (octeto) 2

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mximo 256 (del 00000000 al 11111111) 1 0 0 1 0 0 1 0 Bit menos significativo

Bit ms significativo

Palabra: Cantidad de bytes que puede procesar de una sola pasada el P. Antiguos 8bits, 8086 y 80286 16 bits y 80386 y 80486 32 bits. Sistema de numeracin hexadecimal Hay un problema, las direcciones de memoria son muy largas en binario. Se utiliza el sistema hexadecimal al ser un sistema relacin entre binario y decimal. Dgitos 0123456789ABCDEF Cada dgito en hexadecimal equivale a 2bits en sistema binario.

Cdigo ASCII
Tabla fotocopia
jueves 26 de febrero de 1998

Microprocesador
Responsable de todas las operaciones lgicas y aritmticas. Cuando hacemos un programa, la informacin se traduce a cdigo mquina (binario) que ya es reconocido por el P. Operaciones Aritmticas + - * / : Las operaciones log x, sen x, e x, se realizan mediante un desarrollo en serie, (los pasa a polinomios). Lgica A>B; A<B; A<>B; A B; AB: Determina si una proposicin es verdadera o falsa y segn la respuesta opera de manera distinta. Bucle : el P repite cierta tarea un nmero determinado de veces. El P para hacer estas operaciones utiliza:

RAM
Posee una regin: pila o stack, que hace de borrados, apunta valores intermedios en operaciones de manera provisional.

Registros
El P no puede estar recurriendo constantemente e la RAM, porque es muy amplia y est muy lejos. Por eso utiliza registros: memorias de pequea capacidad. Estn insertos en la estructura del P. Un IBM o PC compatible posee cuatro registros acumuladores (AX, BX, CX, DX) Tambin hay un registro contador: aumento su valor en una unidad entre cada operacin. En estos ordenadores slo existe uno: IP (puntero de instrucciones) Otros raros: Registros segmento: ayudan a los otros registros (es el equivalente al distrito postal), ubica una cierta regin de la RAM. Banderas: toma un valor para que el P se de cuenta de que ha habido un error (5/0).

Puertos
Cada perifrico tiene un nmero asociado (DNI), ese es el puerto. Tambin se le llama IO Address (In/Out address direccin entrada y salida) En Windows 95, el P asigna estos nmeros PnP (Plug & Play).

Unidad aritmtico lgica.

Es un circuito digital. Registra presencia o ausencia de voltaje. Utiliza unos elementos: Puerta lgica: materializacin de un operador de un lgebra(lgebra de Boole). (Transistores y resistencias). 3

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Puertas
AND producto lgico

OR suma lgica XOR exclusivo OR NOT complementacin, negacin o inversin) I1 0 1 0 1 I1 0 1 0 1 I1 0 1 0 1 I1 0 1 0 1 AND I2 O 0 0 0 0 1 0 1 1 OR I2 O 0 0 0 1 1 1 1 1 NOT I2 O 0 0 0 0 1 0 1 1 XOR I2 O 0 0 0 1 1 1 1 0

??? No se si es as

No entiendo los ejemplos UAL Circuito combinacional digital basado en el uso de puertas lgicas. Sumador elemental: Combinacin XOR con AND Multiplicar y dividir: Las tablas de multiplicar estn grabadas en silicio. Inconveniente de los circuitos combinacionales que no poseen memoria: Circuito secuencial: Circuito combinacional + pequea memoria ( registro). La UAL posee un circuito biestable o flip-flop que detecta operaciones errneas, lo transmite a las banderas.
martes 3 de marzo de 1998

Memoria
Dispositivo electrnico con capacidad para almacenar informacin lgica (secuencia de 0 y 1).

Caractersticas
Tienen matriz: Lugar fsico en el que se almacena informacin. Un punto es el lugar fsico donde se almacena un bit. 8 puntos es una celda Byte. Cada celda tiene asociada una direccin, que indica la ubicacin fsica de la celda. 4

Bioinformtica Capacidad: nmero de bytes que puede almacenar. Tiempo de acceso: El tiempo que transcurre desde que el P solicita un dato y la memoria se lo entrega (en ns).

Clasificacin
Memoria principal: Es la que se comunica directamente con el P. RAM: Memoria del usuario, de lectura y escritura. Se conecta con el P por el bus de datos y direcciones. Es voltil. Son dos tipos: SRAM: De tipo esttico Memoria cach. El P almacena aqu los programas que ms usa el ordenador (Controlador del ratn...). Es un circuito integrado rectangular. Es biestable (flip-flop). Gasta ms porque tiene ms resistencias. DRAM: De tipo dinmico, es la memoria RAM. Un programa para ejecutarse tiene que estar aqu. Almacena un bit en un condensador (). Eso es un problema porque hay que suministrarle cada cierto tiempo energa, hay que suministrar energa a la memoria. El resetear es detener suministro a la RAM. ROM Memoria auxiliar: Donde se almacena informacin de forma masiva. No se pueden ejecutar los programas desde aqu. Disquetes: Floppy disk (5 y 3 ) Es un material magnetizable recubierto de un plstico (mylar) y por otro Tefln (5 ) o plstico. Discos duros: Hard disk Unidades de cinta: acceso secuencial. CD-ROM: acceso secuencial.
jueves 5 de marzo de 1998

Sistema operativo Son programas que controlan el hardware, permiten accede a los recursos de ordenador y permiten la comunicacin entre usuario y mquina. Una parte est en disco, otra en la ROM. MS-DOS Un sistema operativo tiene una estructura en niveles de servicios. En MS-DOS hay tres niveles. Shell - Bios - Ncleo (Kernel) El usuario interacciona con el ordenador a nivel de Shell. El ncleo acta con el hardware, sobre las celdas de la RAM y sobre el reloj.. Al encender el ordenador, aparece el puntero de comandos o prompt (C:\>), perteneciente al nivel Shell, donde se conecta el usuario con el hardware. COMMAND.COM Intrprete de comandos. CONFIG.SYS Configura las caractersticas del Shell. AUTOEXEC.BAT Responsable de configurar caractersticas del ordenador. El nivel Bios (Basic input- output system) controla los perifricos (PRN impresora, CON Teclado, AUX auxiliar). Tambin es responsable de la fecha y hora. Cuando se enciende el ordenador Al encender el ordenador, pasa un tiempo hasta que la ROM comprueba el sistema, despus suena. Despus, la ROM busca el sistema operativo en el HD o FD. Para hacer esto, se va al sector de arranque del HD, que se llama BOOTSTRAP, donde est anotada la posicin del MS-DOS. Cuando ya lo sabe, busca: COMMAND.COM Shell. CONFIG.SYS Bios. AUTOEXEC.BAT Ncleo. Una vez encontrados, los carga en la RAM. Windows 3.X no es sistema operativo, sino que enmascara el Shell del MS-DOS y lo embellece. Windows 95 s es un sistema operativo, con los siguientes niveles: 5

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Escritorio (Shell) PC Recursos (Bios) Carpetas Archivos

UNIX Hay varios Shells para elegir, y tiene programas que permiten aadir nuevos perifricos LINUX Viene del UNIX y permite convertir ordenador en servidor. Clasificacin de sistemas operativos S. O. en lotes Batch Programa Cada lnea contiene comandos del sistema operativo. El MS-DOS incorporal la posibilidad. S.O. Monousuario (MS-DOS) PC ------------ usuario. S.O. Multiusuario (UNIX). El ordenador central tiene un P que asigna un tiempo corto al usuario pero como es muy PC PC rpido, ni te enteras. Hay niveles de preferencia, denominado por la jerarqua de usuarios y la PC complejidad del programa, pero hay un tiempo PC crtico de espera. S.O. Multitarea (W95, UNIX)

Formato de discos
Es distinto para cada sistema operativo.

En MS-DOS o W95
Actuamos en el nivel fsico y el lgico: Nivel fsico: Pistas y sectores. Nivel lgico: Estructuramos el disco as: Sector de arranque (BOOT). Es el 1 er sector. Aqu se sitan inicialmente las cabezas de lectura y escritura. FAT (Tabla de localizacin de ficheros). Segundo sector. Directorio principal raz: Alberga el nombre, la extensin, la capacidad y la hora y fecha de creacin. rea de datos.

Particin
Slo en disco duro. Se define un rea lgica gestionada por un sistema operativo. Se definen los cilindros (varias pistas homlogas de cada disco del disco duro) y cada cilindro puede funcionar con un sistema distinto. Como no puedo trabajar a la vez con los dos, en el sector primero, hay un master, que tiene informacin sobre el nmero de particiones, el tamao de cada cilindro, y en qu sistema operativo se arranca. La ROM participa en la gestin de los recursos del ordenador. ROM-BIOS: Cmo participa la ROM con el sistema operativo. 1- rea de inicializacin (Bootstrap y Post Comprueba el hardware) 6

Bioinformtica 2- gestor de interrupciones 3- Zona de servicios (Programas de la ROM que colaboran con el MS-DOS para controlar la parte ms ntima del hardware).

Gestor de interrupciones
Colabora por la manipulacin del hardware por los programas. Una interrupcin es una seal que interrumpe el trabajo del P. El gestor de interrupciones analiza la interrupcin, gestiona y devuelve una respuesta. Tipos de interrupciones
TIPO HARDWARE

Interno: la causa de las interrupcin ocurre dentro del P (15/0) Externo: Interrumpen el funcionamiento del P y vienen fuera del P. (Damos a la tecla retorno al estar ocupado, la impresora se queda sin papel, cuando se escribe o se lee en disco)
TIPO SOFTWARE

Se producen durante la ejecucin de un programa (print...)

jueves 12 de marzo de 1998

Redes de ordenadores
Una red es dos o ms ordenadores conectados entre s. Depende de las dimensiones que tenga la red.

LAN
Local Area Network red local Los ordenadores conectados a red estn instalados en un edificio u otro muy prximo.

WAN
Wide Area Network Mayores dimensiones (barrio, distrito, pueblo)

Ventajas de una red

Se puede compartir Hardware y Software. Puede haber correo electrnico. (E-mail). Componentes de una red
SERVIDOR

Componente ms importante de la red. Es el ordenador de la red que comparte sus recursos con los dems. Hay servidor de ficheros y de impresora. Caractersticas: Tiene que tener mucha RAM, varios discos duros (dos mejor que uno) y un P de velocidad alta. Tambin mucha memoria cach. Se van a hacer particiones o volmenes. Se define un sistema de acceso restringido. Uno es privado Password. Otro es compartido Determinado grupo de usuarios. Otro es pblico Todos los usuarios. Gestor de impresin: Es el ordenador que tiene mayor calidad. Tambin tiene que tener mucha RAM. Spooler Programa que determina el orden en que se imprimen los trabajos. Gestor dedicado De torre alta, sin teclado ni monitor. 7

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TERMINALES

No tienen por qu ser ordenadores buenos.

PASARELAS

Tambin llamadas gateway permite la conexin entre dos redes locales. MainFrame: Centro de clculo especial para redes.

Cableado
En En En En estrella: Si se rompe el servidor, la red se viene abajo. rbol: Si se rompe una rama, slo se desconecta de la red esa rama. anillo: Si se rompe un ordenador no se cae la red. bus: El ms fiable. En los extremos hay una resistencia que evita el efecto del eco.
martes 17 de marzo de 1998

Cableado LAN Par telefnico < 1 Mb/s

1 mm de grosor. Es muy sensible al ruido magntico (tormenta, temperatura...)

Par trenzado 10 Mb/s

Trenzado como una molcula de ADN, que lo hace inmune al ruido magntico.

Cable coaxial banda base 10 Mg/s

Hilo conductor protegido por tres capas de material que lo inmunizan del ruido.

Cable coaxial banda ancha 150 Mb/s

El cable de la TV por cable. Puede llevar seales analgicas.

Fibra ptica 1000 Mb/s

No impulso elctrico, sino luz (inmunidad mxima) Cada cable lleva hilo de cristal equivalente a un pelo humano. La luz produce un diodo LCD o un rayo lser.

Qu necesita una red local?

Ordenadores Sistema operativo Software de red (PCLAN, Novell) Tarjeta comunicaciones o mdem (si es telefnico).

LAN
Red Red Red Red Cluster PCNetwork Token-Ring IBM Ethernet RANK XEROX.

Red cluster (No estudiar)

El servidor slo puede tener un disco duro. Vd 375 Mb/s Distancias cortos Cable coaxial banda base (caro) Mximo 65 PCs Red jerrquica

Red PC Network
Comparte disco duro e impresoras Velocidad 210 6 bytes/s Distancia mayor que la red cluster. Cable coaxial banda ancha. 8

Bioinformtica Mximo 72 Pcs Red Pcs y grandes ordenadores (centro de clculo) Programa PCLan bajo MS-DOS Sistema I/O Netbios Netbios circuito integrado que aparece en tarjeta de comunicaciones. Permite que un programa pueda ser ejecutado desde cualquier ordenador de cualquier marca.
REDES ACTUALES

(Pregunta una en el examen)

Ethernet
Descendiente de red aloha (aos 70) Forma de bus, al construir la red, se construye a cachos: Terminador de lnea: Se pone en el extremo del bus, es una resistencia que hace que no haya eco debido al cambio de medio. Pieza en T: Para dos cosas Por uno de los extremos se conecta el ordenador. Permite definir arquitecturas en forma de rbol. Pieza en I: Para conectar los cables. Independientemente de la topologa, hay tres tipos de red, que dependen del tipo de cable. Cable coaxial 10 base 5 Grueso. Mximo 300 m cada 2,5 m hay lneas amarillas (donde se conectan las terminales). Hay que tener un transceptor (cajita que controla flujo de informacin a los largo del cable que regula incorporacin de la terminal). 10 base 2 Cable coaxial de mximo 185 m. Los terminales se conectan directamente en la pieza en T. (Cable fino o R6-58) Cable telefnico 10 base T Sistema de cable estructurado. Se asemeja a una red en estrella, pero evita los problemas de esta red. RJ-11 conector telefnico RJ-45 El que se usa para esta red. Todos los ordenadores son repetidores multipuerta (Hub). El hub est formado por puntos de recepcin y distribuye el mensaje por las lneas telefnicas. Si quiero enviar un mensaje, el mensaje espera un momento hasta que no habla ningn ordenador y manda un cachito de informacin.

Red Token-Ring
Red en anillo interrumpido por unos dispositivos MAU (unidad de acceso multi???) que controla el tamao del anillo. Tiene la ventaja de incorporar a la red nicamente los ordenadores encendidos (Ring). Por la red, circula una sea, (testigo o token). Si un usuario quiere enviar un mensaje, retiene el testigo y lo sustituye por el mensaje y circula por la red hasta la terminal receptora. ste hace una copia del mensaje, y devuelve el mensaje a la red, que sigue circulando hasta el emisor, cogiendo el mensaje y lo sustituye pro el testigo. El primer usuario que se enchufe, es el administrador de la red, que genera el testigo y gestiona su estado de salud. Si el testigo no pasa por su ordenador, lo volvera a crear.
martes 24 de marzo de 1998

Programacin
Programa: Conjunto de instrucciones ordenadas secuencialmente siguiendo una sintaxis. Las instrucciones pertenecen a un lenguaje de programacin.

Caractersticas
1. Funcionar, libre de errores 9

Bioinformtica 2. Documentacin: Informacin sobre la caractersticas del programa. Tipos Interna: Es solamente para el programador (p. ej.: REM frase, esta informacin ser ignorada en la ejecucin del programa) Externa: til para el programador y el usuario (ejemplos, bibliografa...) Manual del usuario Reference Book: archivos (LAME, README) 3. Apariencia, Estilo: Facilidad lectora.

Tcnica general
4. Anlisis del problema (para encontrar una solucin) 5. Solucin o Algoritmo: Conjunto de reglas o pasos que forman parte de una solucin. Se expresa grficamente mediante un diagrama de flujo. 6. Edicin: El listado de instrucciones es el cdigo fuente. 7. Traduccin: del cdigo fuente en cdigo mquina (programa objeto). 8. Ejecucin: Si funciona, vale, si no: 9. Depuracin: Eliminacin de errores (Debugging) Puntos de ruptura (breakpoints) : Ejecuta un programa lnea a lnea. En el monitor no slo aparecen resultados, sino tambin datos intermedios y estado de la RAM. Mdulos: Descompone el programa en mdulos y los prueba por separado. Trazas: Imprime el valor de ciertas variables crticas. (write, print). 10.Documentacin

Algoritmo
Solucin a un problema. Debe cumplir estas caractersticas:

Imprescindibles
Finitud: El nmero de pasos o etapas debe ser finito. El nmero de subalgoritmos tambin tiene que ser finito. Definitud: no pueden existir las ambigedades.

Prescindibles
Generalidad: un algoritmo sirva para resolver un conjunto de problemas de la misma clase. Eficacia: Tiempo de espera en la ejecucin. Flujo que siguen los datos al ejecutar un programa.
FUNDAMENTALES

Comienzo/fin de programa Proceso interno (operacin aritmtica) Proceso interno (decisin, bifurcacin u operacin lgica)
SECUNDARIOS

Lectura/escritura de datos Teclado Impresora Sub-programa Smbolo (dentro):Cada smbolo dentro un comentario Smbolos se unen con flechas. Se lee izquierda a derecha y arriba y abajo. Siembre al final hay que poner fin.

Programacin estructurada o modular

Conjunto de reglas que nos lleva a resolver un programa. Es una filosofa se puede seguir o no.

Estrategia Top-Down (de arriba a abajo).

10

Bioinformtica

Problema trivial Ecuacin de segundo grado

SubP
1

SubP
2

Soluciones

S1 1 2 3 4

S2 5

1 2 3 4 5 Problemas menores

Mdulos

Escribo el cdigo fuente para cada solucin menor. Test independiente de cada mdulo antes de incorporarlo al programa Grupos de mdulos por afinidad. Lgico- funcional (S1, S2 , etc.). Estructuras control relacionan los mdulos.

Teorema de estructura
Puedo escribir en cualquier lenguaje de programacin siguiendo tres estructuras bsicas. Estructura secuencial: I=V/R Input V, R, PRINT I Estructura alternativa: Desva el flujo de datos en funcin de una condicin lgica. IF A>B THEN accin1 ELSE accin2. E. repetitiva: Un conjunto de sentencias se realiza repetidas veces. Tambin llamada en bucle. FOR J=1 TO 10 accin DO WHILE condicin accin
jueves 26 de marzo de 1998

Lenguaje de programacin: Es un lenguaje que representa un algoritmo. Declarativos: Inteligencia artificial (Prolog, lisp) Imperativos o procedurales: Se utilizan para escribir un algoritmo. Alto nivel (se asemeja al lenguaje humano): 1. General (BASIC, C, Pascal...) 2. Particular (Orientados a mbito estrecho de administracin COBOL). Bajo nivel (ms parecido al lenguaje del ordenador)

Programa traductor
Programa fuente Traductor (intrprete o compilador) Programa objeto (cdigo mquina).

Compilador
Programa fuente Anlisis lxico Anlisis sintctico Anlisis semntico Optimizacin Generacin de cdigo 11

Fase de anlisis

Fase de sntesis

Bioinformtica Programa objeto (.COM) Enlazador (enlaza mdulos) Reubicador (sustituye las direcciones de memoria simblicas) .EXE Direcciones simblicas: Son las direcciones de memoria que usa el programa objeto, que son ficticias.

Diferencias entre intrprete y compilador

Intrprete es un programa traductor que traduce una lnea y la ejecuta. No requiere mucha RAM. Compilador: Traduce todo el cdigo fuente a cdigo mquina, creando un .EXE Requiere ms memoria RAM.
martes 31 de marzo de 1998

Tema: Lenguaje PASCAL

PROGRAM ttulo; VAR a,b,suma:integer; BEGIN WRITE (valor a y b); READLN (a,b); SUMA:=a+b; WRITELN (total); END.

Zona de asignacin Zona de (algoritmo) Zona de salida asignacin Bloque cdigo fuente

Caractersticas a tener en cuenta

; Separa sentencias Documentacin interna (REM): (* lsdkjfklasjfklajsdkfjalsjdfl *) o { lsdkjfklasjfklajsdkfjalsjdfl } Operador igual: := Operacin aritmtica (SUMA:=a+b; ) = Operacin lgica (IF a=b THEN... ) Palabras reservadas: Palabras que no se puede dar como nombre a variables. Nombres de variables: Longitud de nombre indefinida. No se puede poner con vocales acentuadas, slo los 128 primeros caracteres del cdigo ASCII.

Estructura de control Expresiones condicionales

IF THEN IF THEN ELSE IF THEN anidados

Estructuras iterativas, bucles

Bucle DO Bucle contador. Bucle sumador. Bucle FOR DO Bucle REPEAT UNTIL 12

Bioinformtica

Estructuras de datos
Variables subndice: array. Registros: Record.

Conceptos avanzados
Procedimientos/ funciones. Men de opciones: CASE OF Lectura (creacin de ficheros en disco) etc. Organizacin de un programa.
martes 31 de marzo de 1998

Tema
Sistema Ecosistema Clula Sociedad Empresa Metabolismo Proceso/ fenmeno Aprendizaje Reproduccin Evolucin Relaciones sociales Oferta Demanda Reacciones metablicas O Caja negra Grafos Nodos

Modelo
Modelo: Abstraccin formal de un sistema o proceso. Entendiendo como formal que hay expresiones matemticas que representan las caractersticas de este sistema o proceso, aunque el modelo puede ser o no matemtico.

Finalidad
Comprender la estructura ntima de un sistema Prediccin

Estructura
Viene dada por sus ecuaciones:

Ej. Ley de Ohm: I=V1/R I: Variables de entrada (V) O: Variables de salida (nos dice el estado del sistema) (I) Parmetro: Cantidad numrica que relaciona las variables de entrada con las de salida. (1/R, Km...) Expresan una caracterstica del sistema, pero no puede ser directamente observada. Constantes Parmetros que no varan. Sus valores se estiman en laboratorio, mtodos estadsticos... Ecuaciones: Explican el comportamiento de un sistema. Nivel de explicacin Efecto de primer orden: Si explica efectos principales. Efecto de segundo orden: Aspectos particulares. La variable O (Output) depende de: Estructura del sistema 13

Bioinformtica datos (I, Parmetros)

martes 2 de abril de 1998

Clasificacin Holling de sistemas

calidad de los datos: Alta: nmero de votantes del sistema. Baja: poco informativa. De lado del reconocimiento del sistema por parte de una persona. Slo se toman dos valores alto y bajo Sistema esto custico utilizan estadstica. Sistema determina este utilizarlo visto matemticas. Dinmica de sistemas: es un sistema mixto. A esta clasificacin:

Simulacin
Experimentacin con los sistemas. Ensayo por el que prevemos el estado futuro del sistema. Creacin de un sistema artificial: pretendemos que imite perfectamente un sistema real.

Clases o categoras
Continuo: simulacin analtica, corresponde a sistemas determinsticos (sistemas de ecuaciones diferenciales) Discreto: sistemas estocsticos.

Diferencia entre modelo matemtico y el modelo de simulacin

Modelo matemtico: pretende "imitar" un sistema real cuando lo reproduce porque ese comportamiento existe en las ecuaciones. Modelo de simulacin: imita un sistema real, pero no existe en las ecuaciones, sin embargo lo hace a partir de las interacciones entre los mdulos del sistema.

Definicin de experimento de simulacin

Ver el efecto de los parmetros Ver el efecto del cambio de las condiciones iniciales. Ver lo que pasa si el cambio los dos. Cambios en el modelo hasta que se ajuste ms a los datos observados en la naturaleza.

Criterios para la simulacin

Baja el tiempo de simulacin (velocidad): depende de la RAM reanudar dictado y el microprocesador. Facilidad para modificar el cdigo fuente (lenguaje destinado orientado la simulacin) Facilidad para modificar los parmetros El output puede ser numrico (listas/tablas) con grficos, en dos dimensiones o tres. Complejidad lgica del programa Desarrollo: lenguaje estndar (orientado a la simulacin). Simulador: programa que introduce la simulacin, insertando simplemente los datos.

Funcin/utilidad
Experimentacin controlada: sin necesidad de perturbar el entrono real. Prediccin del futuro: por ejemplo estructura terciaria de una protena. Entrenamiento: simulador de vuelo. Verificacin de una trayectoria o hiptesis: origen de la vida, evolucin... Una prediccin en simulacin consiste en obtener esta serie: X(t), X(t+2 t),X(t+3t)... Esto mediante la ecuacin diferencial (ordinaria) Cmo resolver una ecuacin diferencial en el ordenador: 14

Bioinformtica ? ? ? Algo pasa aqu

martes 14 de abril de 1998

??? Falta un poco de este da al principio 11.Se definen variables que nos definen el estado del sistema en un tiempo: x(t) 12.Se elige cmo queremos que sea el tiempo. Hay dos tipos: Contnuo: valor de flujo. Entre dos puntos cualesquiera siempre existen valores intermedios. Discreto: transcurre a saltos: t, t+1... Todos los modelos de simulacin utilizan tiempo discreto porque es el ms fcil de incluir en el cdigo fuente.

Sistemas dinmicos
Sistema determinstico cuyo estado cambia constantemente. El problema principal al aplicar esto a sistemas biolgicos es que el estado en t 0 siempre depende del estado anterior (t-1). (el impulso nervioso). Otro problema es que hay que esperar un tiempo (retardo) desde que aplico todo input hasta que se produce una respuesta (valor de x). El principal mecanismo para reproducir este sistema es: x (t+t) = f(x(t),t) Funcin de evaluacin (se obtiene de manera emprica) Por ejemplo: Predicicn de [Ca+] dentro de una clula: Ca (t+1) = Ca(t) + FCa(t) (flujo de calcio) +OCa(t) (calcio acumulado en orgnulos) Cuando utilizar ecuaciones diferenciales? Cuando sea posible saber calcular la tasa de cambio de un sistema: x(t+t) = x(t) + x x(t) + f[x(t),t] t Cuando: x 0 y t 0 dx/dt = f[x(t),t] t Una prediccin en simulacin en sistemas dinmicos consiste en obtener esta serie: x(t), X(t+2t), x(t + 3t) Cmo resolver una ecuacin diferencial en el ordenador:
M TODO DE EULER O DE LAS TANGENTES

Ilustracin 1: Solucin analtica.

En simulacin no nos interesa la solucin exacta, sino una aproximada. Solucin numrica requiere mtodos numricos. 1 dx/dt = f[x(t),t] t 2 Definir las condiciones iniciales t=0; x=0 Lo que quiero saber es el estado en t1=t0 + t Su ecuacin es: x1 = x0 + t x0 x2 = x1 + t x1 Frmula de Euler: xn+1 = xn + txn Cuanto ms pequeo sea t(intervalo de simulacin) ser ms exacto. Ejemplo: dA/dt = A (212 - 0,04 A) (A expresa como mayor el rea en cm) 15

Bioinformtica Tasa de cambio del sistema A(0) = 0,24 cm2, t=1 (normalmente ms pequeo 0,2,0,4...) t=0 t=1 t=100 Programa: A(0) =0,24 FOR T=0 TO 100 A(T) = A(T-1) + INCT*(A(T-1)*2,12-0,04*A(T-1)) NEXT T
jueves 16 de abril de 1998

Los mtodos numricos para mejorar la aproximacin van a buscar una tangente cuya pan dientes y aproxime ms a la solucin exacta (analtica)

Mtodo de de IU de tres trminos

Xn+1 = Xn+tXn + (t2/2)Xn Mtodo de Runge- Kutta Xn+1 = Xn+aK1+bk2+ck3+dk4 a,b,c,d =cte k1,k2. Son los puntos intermedios para estimar el siguiente punto. Sistemas estocsticos: sistemas los cuales interviene la azar.

Mtodo de Montecarlo
Es un nombre genrico que agrupa a una familia de mtodos. Cualquiera de ellos requiere de nmeros aleatorios (principio del bombo). Cmo hacer este montaje? Utilizando un generador de nmeros aleatorios, que es un programa de ordenador capaz de generar numerosos incluidos entre cero y el 1., ambos inclusive [1(0,1)] su. Incluye RND y RANDOM que son comandos que invoca en este generador. Sin embargo cada nmero que nos da generados no es un nmero aleatorio sino sin duda aclaratorio. Un generador debe tener: 1. Que se eficiente: dependiendo del avin de la ciudad de microprocesador adherentes veracidad., el nmero se obtiene a dicho dementes velocidades. Todos. Correlacin seria nula que se en los nmeros independientes entre s. 3. Distribucin uniforme: todos los nmeros tienen que tener la misma probabilidad de salir. 4. Ciclo de generacin : la secuencia base sea la ms larga posible.

Mtodo de John Von Neumann o mid-square

13.V0 valor semilla: 14.V02 15.V1 igual a los p dgitos centrales de V 02

Mtodo de Lehmer o Congruencia

16.V0 semilla 17.V1=(V0a1+a2) mod k 18.V1/k U(0,1) Elegir a1, A2 y k.
Martes 21 de abril de 1998

Mtodo de Montecarlo
19.U(0,1) U1, U2... 20.X v.a. f(x) inversa de la transformacin (distribucin exponencial o uniforme) o simulacin directa. Variable de Bernouilli (la ms sencilla). Si x=0 se verifica un fracaso, si es 1 un xito sorteo de equipo contigo es: de tipo contina: meses electorales. Variable binomial: son variables aleatorias independientes con distribucin de Bernuilli 16

Bioinformtica ? ? ? Falta un poco

VARIABLE DE DISTRIBUCIN NORMAL

Es una consecuencia del teorema central del lmite. z :N(0,1) Z=U1+U2+...+Un Correccin : Z= Z-6 (ya se explicar en prcticas)
Jueves 23 de abril de 1998

Tcnicas alternativas de simulacin

(Van a ser equivalentes a utilizar ecuaciones diferenciales pero no las usa) partiendo de que tenemos un sistema determina mstico nos encontramos con: 1. Sistemas biolgicos que no conocemos (origen vida, desarrollo embrionario) y por tanto no podemos pasar a ecuaciones-esenciales. todos. Sistemas biolgicos conocemos pero que las ecuaciones diferenciales son muy complicadas (poseen derivadas parciales).

Autmatas celulares
Existen elementos (por ejemplo un ecosistema). Que interaccin entre s. Las situaciones de la agencia les utiliza invariables y situacin en el sistema a lo largo de un tiempo son variables globales. Con los autmatas no defino variables sino las interacciones entre los elementos. Veo cuantos estados se puede encontrar cada elemento (vivo-muerto). Vamos a definir una autmata clular en una regin de dimensin D. Existe un elemento o autmatas de finito: tres caractersticas: Tiene un input : conjunto de todos los estados posibles : reglas de transicin. Ejemplo: un semforo es un autmata finito. =3 (rojo, verde, amarillo) un semforo recibe un input que es el estado de los dems autmatas cimientos Para actualizar el estado de semforo lo calculan las reglas de transicin y conociendo los estados de los dems.

Vecindad de Moore (o de 8 vecinos)

Tengo un autmata finito central.

Vecindad de Von Neumann (o de 4 vecinos)

juego de la vida--mayor que el ms famoso autmata finito y el ms activo. Puede pasar tus cosas cuando ha transcurrido mucho tiempo de simulacin: 1. El autmata evoluciones sin llegar a una solucin fija--mayor que el sistema evoluciona a un estado carente de orden. Dos. El autmata puede evolucionar a una estado ordenado. Esto es equivalente a abrir resuelto una ecuacin diferencial. Sistemas a tractores. Estructuras
martes 28 de abril de 1998

Inteligencia artificial
Historia
1920 Un escritor de ciencia ficcin defini robot. 1940 Alan Turing aborda la cuestin de construir mquinas inteligentes. 1950 IA : Resultado de la influencia de muchas ciencias. Neurofisiologa : Nos dice el Hardware. Psicologa : Nos dice el Software. Teora de juegos : Y = a1X1 + a2X2 + a3X3 + a4X4 +...+ anXn Las caractersticas de esa posicin son favorables a la mquina si a i>0. 17

Bioinformtica Lgica : Turing construy una mquina terica que es la formulacin ms sencilla de un ordenador. Un problema es computable se puede ser resuelto con un ordenador o mquina de Turing. Los otros problemas se llaman no computables. Ciberntica : Estudia los mecanismos de control y cmo procesan informacin los animales y mquinas. 1956 IA nace : Es una disciplina de carcter interdisciplinar cuya finalidad es la construccin y diseo de mquinas inteligentes. Una mquina inteligente es capaz de hacer tareas en las que un ser humano necesita la inteligencia. 1960 Desarrollo : Ordenadores ms potentes 1er lenguaje LISP (se define el problema y el ordenador da la solucin. Logic theorist 1er programa de inteligencia artificial. 1970 Sistemas expertos : Simulan el razonamiento que hara un especialista : MYCIN A partir de sntomas, diagnostica enfermedades. PROSPECTOL Ayuda a los gelogos. PROLOG Lenguaje MACSYMA : 1er programa de clculos simblicos. (derivadas...). 1980 Redes neuronales artificiales : Modelos que simulan la funcin de las neuronas.
Jueves 30 de abril de 1998

Las redes neuronales intentan simular redes neuronales parecidas a las biolgicas. Se inspir en los descubrimientos de Cajal, el aprendizaje tiene lugar a nivel de sinpsis. La red del neuronas artificiales van a reproducir y modular conexiones sinpticas. Cualquier objeto se puede codificar en una matriz. Una red artificial est compuesta por neuronas artificiales=nodo=elemento procesador. Se organiza por capas. Cada nodo est relacionado con los nodos de la capa inferior. Funcin: reconocer un objeto, gracias a la accin de todas las neuronas en conjunto. Cada neurona artificial no equivale a una neurona biolgica, sino que representa una accin conjunta de un grupo de neuronas. Capa de entrada: simula lo que hara una capa de neuronas biolgicas conectadas a un sistema sensitivo. Capa de salida: conectadas a un sistema efector. Ambas tienen contacto con el medio exterior. La capa intermedia est aislada del medio exterior. La capa intermedia u oculta: recibe la informacin de la Capa de entrada intentan obtener las caractersticas del objeto en cuestin. Es la responsable de obtener una representacin del objeto.

Neurona artificial
I1 I2 Ii
ij

ij

O j
j

ij

Es un sumador con un elemento umbral. Las caractersticas de la sinpsis vamos a representarlas por (siendo nuestra neurona J). No alivia es la representacin de la plasticidad sinptica de las neuronas biolgicas. Cajal: aprender modifica la plasticidad sinpticas y hace mayor o menor la facilidad con la que circula un neurotransmisor. 18

Bioinformtica Cuando aumenta : hay facilidad de circulacin Cuando disminuye, hay dificultad de circulacin. Cuando las neuronas artificiales reciben informacin (input=i) realizan sumas ponderadas: suma en seales de entrada y las multiplicado por su peso correspondiente. =I11j+ I2j1j+ I22j+ I33j+...+ Iiij = NETj=iiijh Cuando conversa es igual a cero no existe conexin, cuando es mayor que 0 la conexin es excitado hora, cuando es menor que 0 es inhibido hora. Una vez detenido el valor NET, hay que decidir si el nivel de estimulacin es suficiente para producir una seal. Para decir esto: Funcin : f() varias funciones.

Modelo lineal
OjResultado de la neurona Oj 1 0
valor umbral NET si NETj>= j Segn aumente o disminuya el , baja y sube respectivamente la sensibilidad de la neurona. que esto constituye adems una autmata finito.

Modelo no lineal
Oj 1 0
valor umbral NET Oj= 1/(1+e-NETj) j El problema de estos dos modelos: se trabaja con 0 y 1.0: reposo, se pierden su valor.

Es ms eficaz.

Oj

0 Para el evitar esto, se utiliza una tangente hiperblica: Oj=tg(NETj)(eNETj-e-NETj)/(eNETj+e-NETj) La probabilidad de que caiga el resto en el examen es uno.

NET
valor umbral

19

Bioinformtica
5 6 Capa de salida

Todas las neuronas de la Capa de salida estn conectadas con todas las neuronas de la capa exterior.

omega

Capa de entrada 1 I1=1 2 I2=0 3 I3=1 4 I4=0

Ii=Componentes del detector de entrada: tiene codificados las caractersticas de un objeto. Ejemplo tonto: El objeto es un bolgrafo. I1=Es oscuro ? SI=1 No=0 I2=Escribe? SI=1 NO=0. Oi : Es el estado por valor de activacin de la neurona y.
VECTORES

Matriz memoria: sus elementos son los pesos de las conexiones. Recoge las I1 caractersticas de un objeto. I2 I3 Hay que calcular el vector salida. Siempre hay que conocer los vectores entrada y memoria. Entrada I1 15 25 35 45 Salida i2 ij 16 26 36 46 I3

Sustituyo por sus valores: 1 0 0,1 0,2 0,3 0,4 1 0,8 0,9 0,7 0,8 0

NET5 NET6

Tengo los valores NETj (suma ponderado de las entradas) simular la estimulacin neuronal. Ahora hay que saber si los valores netos obtenidos son suficientes para estimular la neurona. Oj 1 0
valor umbral

Para una funcin de tipo escaln, se utiliza el modelo de McCulloch-Pitts. Valor umbral : siempre se reconoce. Supongamos que vale 1. O5=0 no es suficiente para el valor umbral. O6=1 si es suficiente. 20

NET
j

Bioinformtica

Capa de salida 2 Capa oculta 1 2 j

Otro ejemplo:3 capas

1 I1=1

2 I2=0

i I3=1

Capa de entrada

Cuando tengo tres capas calculo el valor de salida o estado de activacin de la capa intermedia, de manera que representar el vector de entrada entre la capa intermedia y la de salida. En este caso no est obligado a mantener la funcin de activacin en todas las capas, puede ser distinta en cada una. Supondremos otra vez que tenemos la funcin 1 0,6 0,7 0,8 NET4 1,3 1 0,2 0,3 0,9 0,5 = NET = Oj 5 0 0,9 0,4 0,1 1,3 1 NET
6

0
valor umbral NET escaln: j En ciertas aplicaciones al valor NET se le suma un valor numrico llamado ruido. Puede ser un nmero aleatorio. En ciertas aplicaciones es mejor que exista ruido. Por ejemplo: en el hombre la supervivencia es posible gracias al sueo; en el sueo se produce ruido (seales aleatorias) esto se reproduce en las redes neuronales y funcionan mejor. Si el ruido es R=0,78 ste se suma al valor NET (vector (208,128,208)) El vector de salida de 4,5,6 es el de entrada: (El ruido es aleatorio en cada etapa, como las funciones de activacin, lo pongo o los quito cuando a m me d la gana o cuando me lo diga el enunciado del problema) O7=f(NET7) = (eNET8-e-NET8)/(eNET8+e-NET8)=0,186 Cuando utilizo la funcin hiperblica no hay que redondear a 1 o a 0 porque los estados estn entre 1 y -1 de manera continua. Nota: no hay que aprenderse esta frmula, nos la dar en el examen. Las funcin escaln si. Si es una funcin logstica puede tomar cualquier valor (con decimales) entre 0 y 1. Los sistemas de redes vistos son de tipo reactivo porque ante un vector de entrada genera uno de salida pero no existe aprendizaje.
Jueves 7 de mayo de 1998

Red de aprendizaje
Aprendizaje: proceso por el cual un individuo cambia de patrn de comportamiento, de manera que se adapta de manera ms favorable. En una red neuronal significa que unoo ms neuronas de la capa de salida cambia su estado de activacin. Vamos a definir una serie de caractersticas que someten a una red aprendizaje, de manera que en seguida sea la adecuada. Esto se hace al nivel de: Topologa: estructura de la red. No es modificable. Vector de entrada ( input) :tampoco se modifica (el mundo exterior no es modificable). Funcin de activacin: no se puede alterar porque es una parte integral de la red. El valor de los pesos () : teora de Cajal: el aprendizaje y nivel de las conexiones. Lo 21

Bioinformtica que vamos a modificar es una regla de aprendizaje. ij(t+1)=ij(t)+ij) Paradigma de aprendizaje As se aumenta la facilidad de la conexin. Todos los paradigmas de aprendizaje pueden ser: (ambos coexisten en animales y seres humanos) De tipo supervisado: requiere la presencia de un agente externo o un supervisor (los padres, profesores...) Tipo no supervisado: no existe la mediacin de un supervisor. Por ejemplo: aprendizaje por fuerza: en una jaula de skinner la rata pulsa dos palancas, una da una descarga elctrica y otra da comida. Cmo sabemos si la red neuronal aprendido? Cuando aprende algo correctamente los pesos no cambian, o lo que es lo mismo matemticamente: dij/dt=0

Modelos de aprendizaje de redes neuronales

PERCEPTRN

El ms antiguo. Lo cre un psiclogo (Rosenblarr). Modifica el de Mc Culloch-Pitts en el cual no se puede dar aprendizaje: 1. Se definen los (mediante un generador de nmeros aleatorios entre 0 y 1) 1
I1

1 I2

Neurona nica

1 I3

2. Para cada patrn de entrada se definen el estado de la neuronales y. Por ejemplo: 0010, 0101... esta tabla o mapeo la define el usuario como le d la gana. Ahora utilizaremos todos valores de la neurona de salida: es el valor que quiero que aprendan y ese valor que, sin aprendizaje. 3. Dado un valor que nos da en respuesta la neurona de la capa de salida, utilizando una funcin de tipo escaln. Esto habr que hacerlo para cada patrn de entrada. I1I2 se compara con I1I2 se compara con 4. Aplicar la regla de aprendizaje del perceptrn: i(t-1)=i(t)+[(t)-(t)] Ii Lo que saba sin aprendizaje :factor de aprendizaje, determina la velocidad de aprendizaje de la red. 0< <1 Si =0 la red aprende muy despacio. Si =1 aprende muy rpido pero de manera inestable (con alfileres). [(t)-(t)] :Error. Cuando sea distinto del 0 se aplica la regla de aprendizaje. Ii= input que recibe la neurona de salida. Ejemplo :

22

Bioinformtica
1 I3

Calcularemos el NET del primer vector:

1 I1

1 I2

NET= 00,5 + 00,9 =0 O3 = f(NET) =0 Ahora el 2 NET = 00,5 + 10,9 = 0,9 O3= f(NET) =0 ; =1 Existe diferencia as que aplico la regla de aprendizaje. Esta acta sobre lso pesos 1 (T+1) = 1(t) + 1(1-0) 2 (t+1) = 2 (t) +1(1-0)1 Veamos si realmente ha aprendido : NET=00,5+11,9 = 1,0 O3=f(NET) = 1 (Coincide con )
martes 12 de mayo de 1998

Limitaciones: Solamente pueden aprender a reconocer y clasificar patrones si stos son linealmente separables.(que tienen caractersticas que no comparten). Ejemplo: si quiere que la red neuronal de tipo perceptron aprenda esto. Net=I1W1+I2W 2 g=0 i1w1+i2w2< 1 I1w1+i2w2> El valor net es la ecuacin que nos separa los patrones. teorema de convergencia del perceptrn El precepto son slo es capaz de clasificar dos grupos de patrones en un nmero finito de pasos (si son linealmente se palpables). El problema est prctica se producen situaciones que no puede resolver el preceptrn. preceptor. Red neuronal , vapor repetirse, retro propagacin. Es una generalizacin de la regla del percepcin (regla delta). W1(+1)=w1(t)+(d-0)ii Dos o ms capas ocutas. Y representacin interna del conocimiento. Sus neuronas son capaces de extraer las caractersticas de los objetos. Si a la red neuronal se le presenta un objeto que no ha visto antes, es capaz de clasificarlo, incluso distorsionado. Funcin de transferencia continua Se inspira, en la biologa y la psicologa.(en el psicoanlisis de Freud) Ello: parte instintiva del conocimiento. Super yo:sociedad (intentan reprimir al ello). Yo: yo,(reprime tambin al ello). La red bp sin entrenar, simula el ello. Al entrenar 1, aparece el superyo. Freud deca que, a lo mejor, habra un mecanismo que hiciera que la informacin fuera 23

Bioinformtica en contra del resto.

Retropropagacin Red: naval red:

1 2 k Capa de salida

Como mnimo tres capas, la segunda capa est oculta y se llama J..

Capa oculta 1 2 j

1 I1=1

2 I2=0

i I3=1

Capa de entrada

algoritmo 1-inicializar w.: valores pequeos y aleatorios. 2-presentar patrn entrada/salida deseada. I1, I2 ..... Ii 1, 2 ..... k I1, I2 ..... Ii1, 2 ..... k ... .. .. .. .. .. I1, I2 ..... Ii 1, 2 ..... k
jueves 14 de mayo de 1998

3. Calculo del algoritmo: a) valor del vector de salida: O k=f(NETk) Estado de activacin : Oj=f(NETj) ; NETj= i ijIi b) Estn las neuronas de la capa de salida en situacin de error ? Vamos a calcular k-Ok=k k=(k-Ok) f(NETk) Oj 1 0
valor umbral

Oj 1 0

valor umbral NET NET f nos muestraj el grado de error de una neurona j k=(k-Ok) O(1) c) capa pacto Cul es un error de la capa ocultas? Su error no se puede calcular, que hacemos responsables de este error les neuronas de esa y. Dos y el error ser proporcional a k, la constante ser jk. j=(kjkk) Esto es el trmino de retropropagacin (basado en Freud) j=(kjkk) f (NETj) estima el grado de error. d) Fase de actualizacin de llos pesos : jk(t+1)=jk(t) + W jk Es la regla del perceptron jk(t+1)=jk(t) + (k-Ok) Ok (1-O k)Oj jk(t+1)=jk(t) + (kjkk) Oj (1-Ok)I1 e) Cada cuanto modificamos los pesos ?

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Bioinformtica Hasta que E <= 0,1, 0,01 o 0 (un cierto nmero). Para delimitar cuando termina el aprendizaje, definimos una superficie de error.

local

local

local

local

Global La regla aprendido cuando alcanzado un mnimo. El mnimo puede ser local (d/dt=0) o global: reconoce cosas que nunca ha visto. A veces la red queda atrapada en mnimos locales y nos creemos que aprendido. Una tratamiento local, solucin darle un nmero aleatorio. Frmula general: =-(dEp/d) Modificamos los pesos para obligar a bajar a la red por sitios de la superficie de error donde la pendiente es muy grande para que lleguen seguro al mnimo a global. Con esto se resuelven ecuaciones diferenciales y se consigue que les neuronas de la capa intermedia acten como detectores de caractersticas.
Jueves 28 de mayo de 1998

Sistema experto probabilstico

Evitan problemas de los sistemas expertos basados entregas. evitan esta rigidez en el razonamiento utilizando la lgica de tipo incierto. Vamos a asociarle al resultado una medida de verosimilitud (est enfermo en un 70%).

H1,H2,H3...Hj
La medida de verosimilitud se puede conseguir con la teora de probabilidad.

P[E/S)=(P(ES))/P(S)
La base de reconocimiento es un fichero donde vamos a incluir un espacio de

probabilidad (matriz de probabilidades).

Los hechos pueden ser binarios (ser o no ser) o mltiples (ser mucho, ser y ser

poco). Tcnicas para almacenar probabilidades Modelo de dependencia general

2 probabilidades: una la que P(E J S1 S2 ... SI) y otra la que presente sntomas P(S1 S2 ... SI). Cuando dos o ms enfermedades tienen sntomas comunes se desperdiciado mucho espacio y se utiliza otro mtodo.

Modelo de dependencia general con sntomas relevantes

P(EJ S*1 S*2 ... S*I) Sntomas relevantes P(SI) Sntomas no relevantes. Sndrome: todos los sntomas aparecen a la vez. P(EJ /S1 ,S2, ... SI)= (P(EJ S*1 S*2 ... S*I)P(S1)P(S2)...)/ P(S*1 S*2 ... S*I)

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Bioinformtica

Modelo de independencia general

P(SI) P(Si) P(EJ S1 S2 ... SI) La base del conocimiento tambin tiene la lista de los sntomas y enfermedades. El motor de interferencia combina el conocimiento abstracto con el concepto. El motor de interferencia toma la teora clsica de probabilidad condicionada. S1 P(E1/S1) P(E1/S1) P(E1/S1) S1 ,S2 P(E1/S1S2) P(E1/S1S2) P(E1/S1S2) S1 p A medida que aumenta conocimiento sobre el nmero de sntomas, los valores de las probabilidades comienzan a separarse.(unos tienden a 1 y otros a 0). Estos sistemas hay posibilidad de aprendizaje. El programa puede ir recalculando las probabilidades.

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