01/05/2013

Fundamentos de Bioqumica

El universo se origin hace ~15000 millones de aos

A medida que el universo se expanda y enfriaba la materia se condensaba formndose las estrellas.

P. Coila A. FMVZ UNA Puno bioqpcoila@gmail.com

El sistema solar y la tierra se formaron hace ~ 4500 millones de aos

La vida en la Tierra apareci hace ~ 4000 millones de aos

Reloj biologico de la Tierra

Caractersticas de los seres vivos

Uno de los objetivos de la bioqumica es saber cmo miles de diferentes molculas inanimadas dieron lugar a las complejas propiedades de los organismos vivos. La bioqumica muestra el modo en que las molculas inanimadas que constituyen los organismos vivos interaccionan para mantener y perpetuar la vida, rigindose por las mismas leyes fsicas y qumicas que gobiernan todo el universo.

Elevado grado de complejidad estructural y qumica as como de organizacin microscpica

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Caractersticas de los seres vivos

Caractersticas de los seres vivos

Capacidad de extraccin, transformacin y uso de energa del entorno

La energa fluye desde el sol hacia casi todas las formas de vida

Capacidad de autorreplicacin y autoensamblarse. Una bacteria genera mil millones de clulas "hijas" idnticas a ella en 24 horas.

Caractersticas de los seres vivos

Caractersticas de los seres vivos

Mecanismos para detectar y responder a las alteraciones en su entorno, mediante un ajuste constante a estos cambios gracias a la adaptacin de sus procesos qumicos internos.

Existencia de funciones definidas para cada uno de sus componentes y la regulacin de las interacciones entre ellos.

Caractersticas de los seres vivos

Capacidad de cambiar en el tiempo por evolucin gradual. El resultado de la evolucin es la enorme diversidad de formas de vida, diferentes morfolgicamente pero relacionadas a travs de sus ancestros comunes.

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Lgica molecular de la vida

La bioqumica describe en trminos moleculares la estructuras, mecanismos y procesos qumicos que comparten todos los organismos vivos y proporciona los principios de organizacin que subyacen en todas las formas de vida. Estos principios son conocidos colectivamente como la lgica molecular de la vida.

1. Todos los organismos tienen los mismos tipos de subunidades. 2. Existen patrones que subyacen en la estructura de las macromolculas biolgicas. 3. La identidad de cada organismo est preservado por su posesin de un conjunto distintivo de cidos nucleicos y protenas.

Las clulas son las unidades estructurales y funcionales de todos los organismos vivos

FUNDAMENTOS CELULARES

Todas las clulas comparten ciertas caractersticas estructurales

La membrana plasmtica separa su contenido del medio externo.

Acta como una barrera a la libre circulacin de iones inorgnicos y de la mayor parte de compuestos cargados o polares. Posee protenas que actan como transportadoras, receptoras y enzimticas.

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El citosol es una solucin muy concentrada

En el ncleo o un nucleoide se almacena y replica el genoma.

Contiene: enzimas, RNAs, monmeros, centenares de pequeas molculas orgnicas denominadas metabolitos, intermediarios del metabolismo, coenzimas, iones inorgnicos y ribosomas.

Segn la envoltura nuclear las clulas pueden ser eucariotas o procariotas

El tamao de la clula est determinado por la capacidad de difusin

Eucariotas (del griego eu, "verdadero", y karyon, "ncleo"); las que no poseen envoltura nuclear -bacteriasse denominan procariotas (del griego pro, "antes").

La mayora de clulas son microscpicas. El de las clulas animales y vegetales es de unos 5 a 100 m y de las bacterias 1 a 2 m. Los micoplasmas (clulas ms pequeas) 300 nm y un volumen de aproximadamente 1014 mL.

Evolutivamente, los seres vivos se clasifican en tres dominios (o reinos)

Segn su forma de obtener energa y C los seres vivos se clasifican en fottrofos y quimitrofos

Se distinguen dos grandes grupos de procariotas: Las arquebacterias (archaea) y las eubacterias (bacteria). Las eubacterias habitan en el suelo, aguas superficiales y tejidos de otros organismos vivos o en descomposicin. Las arquebacterias habitan en medios muy extremos. Los eucariticos (eukarya), dominio,evolucionaron a partir de los Archaea.

Los fottrofos atrapan y utilizan la luz solar, y los quimitrofos obtienen su energa a partir de la oxidacin de combustibles qumicos. Los fottrofos se dividen en auttrofos (obtienen todo el C a partir del CO2) y los hetertrofos (requieren nutrientes orgnicos.

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Escherchia coli es la clula procaritica ms estudiada

Tiene ~ 2 m de largo y un menos de 1 m de . Contiene unos 15000 ribosomas, miles de copias de cada enzima, metabolitos y cofactores y una variedad de iones inorgnicos. Contiene una nica molcula circular de DNA y el citoplasma contiene uno o ms segmentos circulares de DNA de tamao mucho menor que reciben el nombre de plsmidos.

Las clulas estn formadas por molculas y estructuras de diferente tamao

Hay una gran diferencia entre las biomolculas simples y las estructuras celulares

Las clulas tienen una organizacin molecular jerrquica

FUNDAMENTOS QUIMICOS
Los monmeros se unen mediante enlaces covalentes, pero las macromolculas por interacciones no covalentes.

Universalidad de las transformaciones qumicas de los seres vivos

Alrededor de 30 elementos qumicos son esenciales para los seres vivos.

Uno de los objetivos de la bioqumica es explicar, en trminos qumicos, las estructuras y funciones biolgicas. Las investigaciones bioqumicas demostraron que existe universalidad entre los distintos tipos celulares (hay grandes similitudes qumicas). Jacques Monod: "Lo que es cierto para E. coli es cierto para el elefante".

La mayora de ellos tienen un nmero atmico relativamente bajo

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Los 4 elementos ms abundantes son: H, O, N y C,

Primarios

Los oligoelementos representan una fraccin minscula (menos de 0,01%)

El carbono tiene cualidades especiales

Traza

Son los elementos ms ligeros capaces de formar uno, dos, tres y cuatro enlaces covalentes.

Secundarios

Pero todos ellos son esenciales para la vida, generalmente porque resultan imprescindibles para la funcin de protenas especficas como las enzimas.

Las biomolculas son compuestos con una diversidad de grupos funcionales

Es el elemento en torno al cual se organiza la qumica de los seres vivos. Puede formar enlaces simples, dobles y triples con otros elementos. Pueden formar enlaces CC de gran estabilidad produciendo cadenas lineales, ramificadas y estructuras circulares.

Los grupos funcionales confieren propiedades qumicas especficas a la molcula Muchas biomolculas son polifuncionales. La "personalidad" qumica de cada compuesto viene determinada por la qumica de sus grupos funcionales y su disposicin tridimensional.

Las macromolculas son los principales constituyentes de las clulas

Las macromolculas son los principales constituyentes de las clulas

Las macromolculas son polmeros de alto PM construidos a partir de precursores relativamente simples (protenas, cidos nucleicos y polisacridos) El nmero de unidades polimerizadas puede variar entre decenas y millones. Las macromolculas pueden formar estructuras supramoleculares (membranas, ribosomas,etc.).

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Las macromolculas son los principales constituyentes de las clulas

Las protenas constituyen, la fraccin celular ms importante. Los cidos nucleicos, DNA y RNA. Almacenan y transmiten la informacin gentica y algunas molculas de RNA desempean papeles estructurales y catalticos en complejos supramoleculares. Los polisacridos, sirven como almacn de combustibles energticos y como elementos estructurales extracelulares. Los lpidos, sirven como componentes estructurales de las membranas, reserva de combustible rico en energa, pigmentos y seales intracelulares.

FUNDAMENTOS FSICOS

Los seres vivos utilizan la energa para realizar diversas formas de trabajo
Descarga elctrica

Movimiento

Mantenimien to de la homeostasis

Sntesis de molculas

Energa

Expresin gnica

Las clulas han desarrollado mecanismos para acoplar la energa obtenida con muchos procesos celulares que consumen energa. Otro objetivo de la bioqumica comprender los mecanismos de extraccin, canalizacin y consumo de la energa en las clulas vivas.

Las molculas e iones de un organismo vivo difieren en cuanto a tipo y concentracin de los que se encuentran en su entorno.

Los seres vivos continuamente sintetizan y degradan sus molculas, pero mantienen una concentracin interna constante

Un Paramecium en una charca, un eritrocito en el torrente sanguneo o un manzano en un jardn tienen una composicin diferente a la de su entorno y que, una vez maduros, mantienen una composicin constante a pesar de que su entorno cambie constantemente.

La velocidad de sntesis o ingestin de cada molcula compensa exactamente con la velocidad de su degradacin, consumo o conversin en algn otro producto.

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Un organismo vivo es un sistema abierto porque intercambia materia y energa con su entorno

Los organismos transforman energa y materia de su entorno

Los organismos vivos extraen energa de su entorno de dos maneras:

1. 2.

absorben energa de la luz solar. captan combustibles qumicos del entorno y extraen energa de su oxidacin.

La 1ra Ley de la termodinmica es vlida completamente para los sistemas biolgicos

Prcticamente todos los organismos vivos obtienen su energa, directa o indirectamente, de la energa radiante del sol

El principio de conservacin de la energa: en cualquier proceso fsico o qumico la cantidad de energa total del universo permanece constante, aunque su forma puede variar. Las clulas son transductores de energa, capaces de interconvertir energa qumica, electromagntica, mecnica y osmtica con gran eficiencia.

Las clulas fotosintetizadoras absorben la energa luminosa del sol y la utilizan para dirigir los electrones desde el agua al CO2, dando lugar a compuestos ricos en energa: glucosa (Cc H12O6), almidn, etc., y liberan O2 a la atmsfera.

Los organismos no fotosintetizadores obtienen energa mediante la oxidacin de productos ricos en energa de la fotosntesis

Entonces, es el flujo de electrones el que proporciona energa para los organismos

Estos organismos transportan electrones hacia el O2 atmosfrico para formar agua, CO2 y otros productos finales, que son reciclados en el medio ambiente:

Prcticamente todas las transducciones energticas de las clulas pueden entenderse como un flujo de electrones desde una molcula a otra, en un proceso "cuesta abajo" , es decir, desde potenciales electroqumicos altos a bajos. Todas las reacciones que implican un flujo de electrones son reacciones de oxidacin-reduccin: un reactivo se oxida (pierde electrones) y otro se reduce (gana electrones).

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Cada compuesto contiene una cierta cantidad de energa potencial que guarda relacin con el nmero y el tipo de enlaces.

Para llevar a cabo reacciones endergnicas, la clula las acopla a otras exergnicas

Las reacciones exergnicas ocurren espontneamente debido a que los productos tienen menos energa libre que los reactivos (G, es ). de manera que la reaccin libera una cantidad de energa libre que est disponible para realizar trabajo. Las reacciones endergnicas requieren un aporte de energa y sus valores de G son +. En los sistemas vivos parte de la energa se disipa en forma de calor o se pierde incrementando la entropa.

Para llevar a cabo las reacciones endergnicas, la clula las acopla a las exergnicas, de modo que el proceso sea globalmente exergnico.

El ATP es la principal molcula acopladora de los seres vivos

El acoplamiento energtico conecta las reacciones biolgicas

La fuente habitual de energa libre en las reacciones biolgicas acopladas es la energa liberada por la hidrlisis de enlaces fosfoanhdrido tales como los que se encuentran en el ATP.

En los organismos vivos una reaccin exergnica se puede acoplar a una endergnica para hacer posibles ciertas reacciones que de otro modo seran desfavorables.

Las reacciones qumicas celulares ocurren a gran velocidad gracias a las enzimas.

Las reacciones qumicas en las clulas se encuentran organizadas en vas

La trayectoria de una reaccin entre reactivo(s) y producto(s) transcurre a travs de la barrera de activacin, que debe ser superada para que tenga lugar la reaccin. El punto ms alto representa el estado de transicin y la diferencia de energa entre un reactivo en su estado basal y en su estado de transicin se denomina energa de activacin, G*. Las enzimas disminuyen el valor de esta energa de activacin.

Los miles de reacciones qumicas catalizadas por enzimas en las clulas se encuentran organizadas en secuencias diferentes de reacciones consecutivas denominadas rutas o vas. La compleja red de reacciones catalizadas por enzimas constituye el metabolismo celular.

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El catabolismo est acoplado al anabolismo

El metabolismo est regulado para conseguir equilibrio y economa

Las clulas no slo sintetizan miles de diferentes clases de molculas sino que adems son capaces de hacerlo en cantidades adecuadas. Los enzimas clave de cada ruta metablica estn regulados de manera que cada tipo de molcula precursora se sintetiza en la cantidad adecuada a las necesidades circunstanciales de la clula.

A Enzyme 1 B Enzyme 2 C Enzyme 3 D D D D D D

Negative feedback

A Enzyme 1 B

W Enzyme 4 X Enzyme 5 Positive feedback

W Enzyme 4 X Enzyme 5 Y Enzyme 6 Enzyme 6 Z Z Z Z Z Z Z Z Z Z Z Z Z Z Z

D D

D D

Z Z Z

Los seres vivos se reproducen con fidelidad casi perfecta a lo largo de incontables generaciones.

FUNDAMENTOS GENTICOS

Esta continuidad de rasgos heredados implica que, a lo largo de millones de aos, la estructura de las molculas que contienen la informacin gentica han permanecer constante.

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La continuidad gentica reside en las molculas de DNA

La secuencia lineal del DNA codifica protenas con estructuras 3D

La informacin del DNA est codificada en su secuencia lineal (1D) de nucleotidos, pero la expresin de esta informacin da como resultado una protena 3D

Los cambios en las instrucciones hereditarias hacen posible la evolucin

FUNDAMENTOS EVOLUTIVOS

Algunos errores muy poco frecuentes que no han sido reparados durante la replicacin del DNA producen variaciones en la secuencia del DNA, dando lugar a una mutacin que cambia las instrucciones para alguno de los componentes celulares. Una reparacin incorrecta de una lesin en una de las cadenas de DNA tiene el mismo efecto.

Las mutaciones en el DNA pueden ser dainas o benficas para un organismo

Los cambios en las instrucciones hereditarias hacen posible la evolucin

Las mutaciones en el DNA que se transmite a los descendientes pueden ser dainas o incluso letales. P. ej. provocar la sntesis de un enzima defectuosa incapaz de catalizar una reaccin metablica esencial. Pero hay mutaciones que pueden dar lugar ocasionalmente a un organismo (tipo mutante) mejor preparado para sobrevivir en su entorno natural que los no mutantes (tipo salvaje).

Las variaciones genticas producidas al azar entre individuos de una poblacin, combinadas con la seleccin natural (supervivencia y reproduccin de los individuos mejor adaptados en un ambiente selectivo y cambiante), han dado como resultado la evolucin de una enorme variedad de organismos.

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Entonces, la base molecular de la evolucin y biodiversidad son las mutaciones y la seleccin natural

En 1922, A. Oparin propuso una teora para el origen de la vida en la Tierra

ALEXANDER OPARIN, explica el inicio de la vida a partir de la materia inerte. Es EL PADRE DE LABIOQUIMICA.

En un principio la atmsfera era muy diferente de la actual. Se trataba de una atmsfera reductora.

Tormentas elctricas Bombardeo de Meteoritos Intensa actividad volcnica

Ausencia de oxgeno Composicin: CO2, H2O, H2S, H2, N2, CH4, NH3 Ingreso de luz ultravioleta

Las primeras biomolculas aparecieron por evolucin qumica (formacin de coacervados)

Las primeras biomolculas aparecieron por evolucin qumica

La energa de las descargas elctricas o la energa calorfica de la actividad volcnica hicieron que el amonaco, el metano, el vapor de agua y otros componentes de la atmsfera primigenia reaccionaran, dando lugar a compuestos orgnicos simples, los que se habran disuelto en los mares primitivos a lo largo de muchos milenios.

En esta "sopa primordial" algunas molculas orgnicas habran mostrado una tendencia superior a la de las dems a asociarse en complejos superiores. A lo largo de millones de aos, stos llegaron a asociarse espontneamente para formar membranas y catalizadores (enzimas) que se reunieron para dar lugar a los precursores de las primeras clulas.

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S. Miller realiza un experimento que demuestra la evolucin qumica

Almacenamiento de agua en el interior. Se concentran las molculas orgnicas por fuerzas electrostticas e hidroflicas. Ingreso pasivo de sustancias Mayor nmero y diversidad de molculas en el interior Mayor nmero de reacciones qumicas (catlisis) Aumento de volumen Divisin mecnica

El experimento clsico acerca del origen abitico de las biomolculas orgnicas fue realizado en 1953 por Stanley Miller en el laboratorio de Harold Urey.

El experimento de Miller

Miller someti mezclas gaseosas de NH3, CH4, vapor de agua y H2 a descargas elctricas durante algunas semanas y luego analiz el contenido del recipiente de reaccin cerrado . La fase gaseosa de la mezcla resultante contena CO y COa adems de los gases iniciales. La fase acuosa contena una mezcla de compuestos orgnicos entre los que se incluan algunos aminocidos, hidroxicidos, aldehidos y HCN.

Experimentos ms sofisticados demostraron que muchos de los componentes qumicos de las clulas se pueden formar bajo estas condiciones.

Los primeros genes y catalizadores podran haber sido molculas de RNA

El descubrimiento de las ribozimas sugiere que el RNA pudo haber sido a la vez el primer gen y el primer biocatalizador.
Un RNA autorreplicante y autoperpetuante = hiptesis del

mundo RNA.

Actualmente, el DNA lleva la informacin gentica que especifica la estructura de las protenas, mientras que las protenas realizan los procesos de replicacin y reparacin del DNA. La mutua dependencia de estas dos biomolculas hace que surja una duda desconcertante Quin apareci primero, el DNA o las protenas? La respuesta podra bien ser: ninguno de ellos, sino el RNA.

De acuerdo con esta hiptesis, las funciones del DNA y de las protenas se produjo en una etapa ms tarda. Mas antes se desarrollaron nuevas variantes de molculas de RNA autorreplicantes que posean la capacidad adicional de catalizar la condensacin de aminocidos en forma de pptidos. El reciente descubrimiento de que los ribosomas y las que catalizan la formacin del enlace peptdico son molculas de RNA y no protenas, encaja con esta hiptesis.

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La autorreplicacin se vio favorecida por el desarrollo de membranas

La evolucin biolgica empez hace ms de 3,500 millones de aos

Los compuestos lipdicos de la sopa primordial pudieron formar capas relativamente impermeables capaces de envolver a grupos de molculas autorreplicantes. La concentracin de protenas y cidos nucleicos en el interior de estos compartimientos lipdicos favoreci las interacciones moleculares necesarias para los procesos de autorreplicacin.

La primera clula fue probablemente quimiohetertrofa

Las clulas eucariticas evolucionaron a partir de las procariticas

Un acontecimiento evolutivo muy significativo fue el desarrollo de pigmentos capaces de atrapar la luz vivible del sol y usar su energa en la reduccin o "fijacin" del CO2 para producir compuestos orgnicos ms complejos.

En la evolucin los algunos unicelulares se organizaron en asociaciones

Se ha determinado el genoma de muchas especies

Organismo Mycoplasma genitalium Treponema pallidum Borrelia burgdorferi Helicobacter pylori Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae Plasmodium falciparum Caenorhabditis elegans Anopheles gambiae Arabidopsis thaliana Oryza sativa Drosophila melanogaster Mus musculus domesticus Homo sapiens Tamao del genoma (en millones de pb) 0,58 1,10 0,91 1,7 4,6 12,1 23 97,1 230 120 390 120 2600 3100 Nro. de genes 480 1000 850 1600 4400 5900 5300 23000 13000 32000 38000 20000 27000 29000 Inters biolgico El ms pequeo organismo Causa sfilis Causa el mal de Lyme Causa lceras gstricas Algunas cepas son patgenos Eucariota unicelular Causa la malaria humana Gusano multicelular Vector de la malaria Modelo vegetal Arroz Mosca de laboratorio (fruta) Ratn de laboratorio Humano

El proceso de evolucin de estos organismos organizados en grupos dio lugar a asociaciones permanentes entre clulas individuales y, finalmente, a la especializacin en el seno de la colonia, es decir, a la diferenciacin celular.

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Genes homlogos y parlogos

Genes homlogos y parlogos

Cuando dos genes comparten secuencias muy similares (en su DNA o en las protenas codificadas), se dice que sus secuencias son homologas y que las protenas que codifican son homlogos. Si una misma especie contiene dos genes homlogos, estos dos genes y sus productos proteicos se denominan parlogos. Se piensa que estos genes han aparecido por duplicacin gnica seguida de cambios graduales en las secuencias de cada una de las dos copias. Dos genes (o protenas) homlogos de especies diferentes se denominan ortlogos. Es frecuente observar que los ortlogos tienen la misma funcin en ambos organismos.

Las diferencias de genes homlogos sirve para medir la divergencia evolutiva

Las diferencias secuenciales entre genes homlogos pueden utilizarse como una primera aproximacin para medir el grado de divergencia evolutiva entre dos especies, es decir, el tiempo transcurrido desde que su precursor evolutivo comn dio lugar a dos lneas con diferente destino evolutivo. A mayor nmero de diferencias secuenciales, mayor ser el tiempo transcurrido desde la divergencia. Es posible construir una filogenia (o rbol evolutivo) donde la distancia evolutiva entre dos especies cualquiera se represente por su proximidad en el rbol

Las tres fases de la evolucin de la vida

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