LA CLULA, LA UNIDAD DE LA VIDA

LA BASE MOLECULAR DE LA VIDA Durante aos, la exploracin del interior celular ha desentraando complejas estructuras moleculares que dan cuenta de la vida celular. Una sofisticada maquinaria molecular genera vida a partir de molculas. Este aparato es compartido por todos los tipos celulares de todos los seres vivos. Las molculas biolgicas son las mismas en todos los seres vivos del planeta. Como cualquier objeto conocido, las clulas estn constituidas por molculas. En este caso molculas biolgicas, construidas mediante esqueletos de carbono y otros tomos como hidrgeno, oxgeno, nitrgeno, y tambin fsforo y azufre. Las biomolculas ms trascendentes son las protenas y los cidos nucleicos, aunque los lpidos y los glcidos son tambin molculas muy caractersticas. Adems existe una amplia gama de metabolitos, vitaminas, y otros tipos de molculas diversas. LAS PROTENAS SON LOS AGENTES FUNCIONALES Y ESTRUCTURALES DE LA VIDA VIDA CELULAR Funciones celulares Estructuras celulares Las protenas son las molculas biolgicas por excelencia, ya que son los constituyentes caractersticos de las estructuras celulares, y son tambin las especies que llevan a cabo la totalidad de las funciones celulares. Se trata de molculas enormemente activas, verstiles, altamente funcionales, cuya actividad es el fundamento del modo de vida celular. Las protenas son agentes muy especializados que llevan a cabo en forma muy especfica tareas celulares especialmente complejas, y que dan cuenta de las actividades de los seres vivos Todos los seres vivos estn constituidos por los mismos patrones moleculares proteicos. Una clula cualquiera dispone de un amplio juego de protenas, muchos millares, con los que lleva a cabo sus funciones y construye sus propias estructuras.

PROTENAS
Molculas universales constituidas por CADENAS DE AMINOCIDOS

LOS AMINOCIDOS, LOS CONSTITUYENTES DE LAS PROTENAS Las protenas son molculas en forma de cadena cuyos eslabones son otras molculas llamadas aminocidos: En las protenas de los seres vivos existen solo 20 tipos de aminocidos. Todos estn constituidos de la misma manera, tienen una parte que es comn a todos ellos (la que contiene los grupos "amino" y "cido"), y otra diferente para cada aminocido, y que se conoce como radical. Por tanto existen 20 radicales diferentes. En las imgenes el aminocido Alanita (Ala o A), cuyo radical es un grupo metilo, -CH3
Radical Grupo cido Grupo amino

Radical

H R O-H | | | H-N-C-C=O | H
Grupo amino Grupo cido

Imgenes animadas interactivas de los 20 aminocidos pueden encontrarse en las pginas http://www.biorom.uma.es/contenido/index.html http://chemistry.gsu.edu/glactone/PDB/pdb.html Se necesita el plug-in CHIME para su visualizacin. Se puede encontrar gratuito en la siguiente direccin: http://www.mdl.com/support/developer/chime/

Esquema de un aminocido

LA MOLCULA DE AGUA La molcula de agua tiene dos tomos de hidrgeno y uno de oxgeno. Su carga neta es cero, no obstante existe una cierta polaridad entre los tomos de oxgeno y hidrgeno, ya que los electrones estn ms cerca del oxgeno que del hidrgeno, de esta forma el oxgeno tiene una cierta carga negativa y el hidrgeno una cierta carga positiva, formando un dipolo permanente. Esta polaridad del enlace entre el oxgeno y el hidrgeno permite que se formen enlaces por puentes de hidrgeno entre distintas molculas de agua. El hidrgeno al tener densidad de carga positiva es atrado por el oxgeno de otra molcula de agua que presenta densidad de carga negativa.

Enlace covalente 0099 nm

Las llamadas molculas polares, como las sales y Puente de hidrgeno muchas otras, se disuelven bien en el agua, 0177 nm porque sus zonas polares electrizadas forman H enlaces similares a los puentes de hidrgeno con las zonas polarizadas de la molcula del agua. A estas molculas se les llama tambin hidrfilas por su tendencia a asociarse con el H2O. Es tpico en molculas con tomos de O, N y H. Otras molculas son apolares, carecen de cargas parciales o totales, por lo que repelen el agua y por esto se les llama hidrfobas. Por ejemplo las molculas hidrocarbonadas, que solo tienen tomos de C e H. EL CARCTER POLAR O APOLAR DEL RADICAL DE LOS AMINOCIDOS El radical de algunos aminocidos es apolar por ser hidrocarbonado, y su comportamiento es hidrfobo. Un ejemplo es la Leucina, o la Fenilalanina. Sin embargo otros aminocidos tienen radicales polares, con cargas elctricas parciales como la Serina o la Tirosina, o totales por ej, El Aspartato o la Lisina.

Tisosina (Tyr, Y) Fenilalanina (Phe, F)

Leucina (Leu, L)

Lisina (Lys, K) Aspartato (Asp, D)

Serina (Ser, S)

Radical especfico del aminocido Valina (Val, V)

De esta forma, todos los aminocidos disponen de un C central (llamado C) al que estn unidos un grupo amino, un grupo cido (o carboxilo), y un H; esta zona constituye la estructura que es comn a todos y cada uno de los 20 aminocidos. A este C se une tambin el radical especfico de cada aminocido, polar o apolar, y que es diferente para cada aminocido

Grupo amino

Grupo carboxilo

Regin comn a los 20 aminocidos

Radicales apolares hidrfobos

Radicales polares hidrfilos

EL ENLACE PEPTDICO

Enlace peptdico

Enlace peptdico

Enlace peptdico

Los aminocidos pueden unirse covalentemente mediante un enlace peptdico que se forma entre un grupo carboxilo de uno de los aminocidos y del grupo amino del otro, con eliminacin de una molcula de agua. Debido a la rigidez del enlace peptdico, la conformacin de las protenas depende de la rotacin de los enlaces N-C y C-C que unen dos enlaces peptdicos adyacentes y s pueden girar libremente. El ngulo de rotacin del enlace N-C alfa se denomina fi () y el del enlace C alfa-C se denomina psi (). La conformacin de la cadena polipeptdica quedar perfectamente definida si se definen cada uno de sus ngulos fi y psi. Los pptidos son cadenas lineales de aminocidos enlazados de esta forma por enlaces peptdicos.

CADENA DE PPTIDO COMPLETAMENTE EXTENDIDA

Los aminocidos se van enlazando entre s formando cadenas de longitud y secuencia variable. La incorporacin de un mayor nmero de nuevos aminocidos da lugar a una cadena de protena, que posee decenas o centenas de aminocidos unidos en cadena. Las posibilidades de rotacin de los enlaces fi y psi dan lugar a un elevadsimo nmero de conformaciones tridimensionales en el espacio. Aunque muchas cadenas estn plegadas de forma aparentemente al azar, existen conformaciones ms estables que otras. El plegado depende de varios factores, uno de los ms importantes es la secuencia de una protena. La secuencia contiene toda la informacin necesaria para que la protena sea nica y tenga siempre tanto la misma estructura y funcin.

LA SECUENCIA DE AMINOCIDOS DE LAS PROTENAS La estructura del enlace peptdico permite que los radicales de cada aminocido queden colgando de la cadena, por lo que la cadena propiamente dicha est formada por una hilera de regiones comunes. Las clulas de un organismo construyen miles de protenas diferentes cuya longitud oscila de unas decenas a pocos centenares de aminocidos dependiendo de que protena se trate. Las funciones celulares se llevan a cabo por muchos tipos diferentes de protenas. Por ejemplo, el transporte de sustancias a travs de las membranas celulares se realiza gracias a muchas protenas conocidas como transportadores. Otras protenas tienen funciones estructurales, componiendo piezas del esqueleto celular. Otras contactan con otras protenas activndolas. Una gran cantidad de protenas actan como ENZIMAS catalizando (acelerando miles de veces) la velocidad de reacciones qumicas. El metabolismo de las clulas es una complicada trama de miles de diferentes reacciones qumicas en las que unas molculas conocidas como metabolitos se transforman en otras. Una reaccin qumica como por ejemplo A B es catalizada por una enzima que es absolutamente especfica de esa reaccin; es decir, esa enzima est especializada en acelerar la velocidad de esa reaccin, Y SOLO (especificidad) de esa

reaccin. As, cada una de las miles de transformaciones qumicas del metabolismo est "catalizada" por una enzima diferente. El resultado de la actividad de las enzimas celulares actuando coordinadamente es un gran conjunto de transformaciones qumicas relacionadas entre s: Este fenmeno se conoce como metabolismo celular, fundamento de las funciones vitales de una clula. Unas protenas son diferentes de otras gracias a que cada una tiene una SECUENCIA de aminocidos diferente. La secuencia es el orden de colocacin en fila de los aminocidos de una protena. Diferentes secuencias de aminocidos tomados al azar seran por ejemplo: ...VPRSNSASEGGQLPGKKCTTYIARLRNSKPGVPLISPPPHHDIYS... ...EDLAQLIFDLHQVNPMAKSFLPIVGNTCLYGATGGRLFVRGKAGE... ...RFAVWRNSLAEAIVEGTGDHCCEYMTGEEKQSVSRTKFSRSIVEG... ...TGDHCCEYMTGGCVVVLGKVGRNVAAGMTGGLAYLIDEDDTLIPK... Eso no quiere decir que cualquier secuencia de aminocidos da lugar a una protena "funcional". Al contrario, la unin al azar de aminocidos en cadena generara con toda seguridad una protena sin capacidad para ninguna actividad concreta. Las protenas de las clulas tienen secuencias muy determinadas, y no cualquier secuencia, que conducen en cada caso a una estructura muy detallada, necesaria para llevar a cabo una funcin muy elaborada. As pues, la secuencia de aminocidos de una protena determina su funcin. La clave de esta dependencia se basa en que la secuencia de aminocidos de una protena determina su estructura tridimensional o conformacin, y sta determina su funcin.

..WWSYTAGLRWNP

..GHPRNWTSWYW

..THPNWGLRWASW

ACTIVIDAD ENZIMATICA

ANTICUERPO

TRANSPORTADOR DE MEMBRANA

Los aminocidos son diferentes entre s por el comportamiento qumico de su radical, el grupo especfico de cada aminocido. Algunos son ms o menos polares, (tienen cargas elctricas parciales o totales, positivas o negativas) lo que facilita su interaccin entre ellos y con el agua que es tambin bastante polar, mientras que otros son apolares y por tanto se repelen respecto del agua. Como muchos de los enlaces de la cadena de protena son autnticos ejes de giro, la protena tiene muchsimas posibilidades conformacionales, es decir disposiciones tridimensionales en el espacio. Sin embargo, los radicales de los aminocidos, dispuestos en una determinada secuencia, establecen una compleja serie de restricciones, multitud de interacciones de repulsin o de atraccin entre los radicales y el agua circundante, y entre los radicales entre s. Como resultado de todo ello finalmente son posibles un nmero muy pequeo de conformaciones, y especialmente slo una de ellas es la ms favorable o estable: La estructura tridimensional directamente responsable de la actividad especfica de esa protena. Pero en qu forma la estructura de una protena determina su funcin, su tipo de actividad? Esa pregunta necesita responderse para cada protena conocida. Se puede entender a las protenas de alguna manera

como las piezas de la maquinaria celular, en la que "encajan" de forma altamente especializada gracias a su fina estructura, en una forma que recordara a como lo hacen las partes de una mquina. La secuencia de una protena determina su estructura hasta el punto de que ligeras alteraciones de esa secuencia pueden producir "deformaciones" en la conformacin final de la protena, que dejara de cumplir su funcin parcial o totalmente. Por ejemplo, las enzimas poseen "sitios" en los que se "acoplan" exacta y especficamente otras molculas. En cierto modo las funciones de las protenas (y por tanto de las clulas) se hallan "grabadas" en mensajes informatizados (las secuencias de sus aminocidos). Estos mensajes (las secuencias) se hallan en realidad almacenados en otra parte, en molculas de DNA.

-Ala-Ser-Ile-Gln-Trp-Cys-Ser-His-Trp-Glu-Met-Asp-Phe-Ser-Phe-Cys
ESTA SECUENCIA DETERMINA UNA DOBLE CAVIDAD DONDE ENCAJAN DOS MOLCULAS ESPECFICAS

ESTA SECUENCIA APROXIMA A DOS Cys LEJANAS, QUE FORMAN UN ENLACE ESPECIAL ENTRE ELLAS

Gln-Cys-Ile-Phe-His-Asp-Ser-Ala-Trp-Glu-Phe-Cys-Ser-Met-Trp-Ser-

LAS ESTRUCTURAS TRIDIMENSIONALES DE LAS PROTENAS

Las cadenas laterales de los residuos de aminocidos constituyen un importante motor de plegamiento de las protenas, ya que los grupos polares tienden a colocarse en la periferia del plegado contactando con el agua, mientras que los apolares se esconden hacia el interior huyendo del agua. Una de las estructuras ms tpicas que forman las cadenas de protena es la hlice alfa. En este tipo de estructura el esqueleto se enrolla sobre s mismo describiendo un helicoide compacto alrededor del eje longitudinal de la molcula. Vemos en la imagen de la izquierda la hlice alfa formada por 15 aminocidos. Esta estructura est muy estabilizada por puentes de hidrgeno. A la derecha estn representados tambin los radicales de los aminocidos, que surgen de la hlice hacia el exterior de sta. En las protenas de cientos de aminocidos es normal encontrar tramos en hlices como esta. Otra estructura muy comn es la lmina beta. La cadena extendida forma tramos paralelos unos a otros, estabilizados entre s por puentes de hidrgeno. En la imagen derecha se representan las cadenas sin los radicales, y en la izquierda aparecen los radicales proyectndose hacia fuera de las cadenas.

Sin embargo las protenas estn hechas en muchos casos de centenares de aminocidos. Es normal encontrar estructuras finales en las que abundan tramos en hlice y en lmina, y en otras conformaciones. El estudio de las estructuras definitivas de las protenas se realiza mediante difraccin de rayos X, una tcnica que proporciona imgenes del aspecto tridimensional de estas fantsticas molculas, y ayuda a explicar su funcin. Existen muchas lneas de trabajo intentando deducir estructuras conociendo la secuencia de una protena en la medida que la primera est definida por la segunda.

Lmina beta

Se representan las imgenes de dos pequeas cadenas plegadas incompletamente, mostrando los radicales de los aminocidos. Estructuras ms grandes tienden a representarse solo mostrando la cadena sin incluir necesariamente los radicales, debido a su complejidad. Las imgenes de abajo representan la misma protena (llamada Nitrato reductasa). En rosa los tramos en hlice y en amarillo las lminas. El modelo de la izquierda muestra estos tramos en cintas, y el de la derecha el esqueleto final.

Modelo tridimensional de la enzima Nitrato reductasa