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VERSIN 1.6
INTRODUCCIN
InfinicytTM es el software ms potente para la integracin de datos y el anlisis multidimensional de datos procedentes de citometra de flujo. Presenta un amplio rango de posibilidades en un nmero de dimensiones potencialmente infinito que incrementar la eficiencia en su laboratorio. Este tutorial le mostrar cmo realizar un anlisis sencillo utilizando InfinicytTM. InfinicytTM le permitir:
Fusionar diferentes archivos de datos de una o ms muestras, realizando un anlisis de mltiples archivos en un solo paso. Representar informacin integrada de un modo sencillo con las herramientas ms potentes de anlisis con N-colores, estadsticas e informes.
En las pginas siguientes podr ver el poder de esta herramienta de anlisis de un modo bastante sencillo. En este tutorial encontrar varios ejemplos de anlisis y los principales pasos de los que consta el anlisis de los archivos; tras su lectura, ser capaz de manejar InfinicytTM.
Figura 1
Descargue el Tutorial de Anlisis Manual (documento en PDF) y la carpeta con archivos de muestra (Sample Folder; 001 Tutorial), que contiene el archivo Tutorial.fcs. Este archivo FCS pertenece a una sangre perifrica patolgica marcada con los siguientes anticuerpos conjugados con fluorocromos: CD8+IgL-FITC, CD56+IgK-PE, CD5-PerCP-Cy5.5, CD19+TCRgd-PE-Cy7, CD3-APC, CD38-APC-H7, CD20+CD4-PB and CD45-PO (tubo de screening de patologas linfoides de 8 colores). Con estos marcadores seremos capaces de distinguir diferentes poblaciones, como leucocitos totales (CD45+), clulas T (CD3+\CD45+), clulas B (CD19+\CD45+) y clulas NK (CD56+\CD45+), adems de otras subpoblaciones que veremos a lo largo de este tutorial. En este archivo hay dos marcadores conjugados en el mismo fluorocromo para varias fluorescencias; esto slo es posible porque cada uno de estos marcadores es especfico para una poblacin diferente. Por ejemplo, CD8 es un marcador especfico para clulas T, mientras que IgL es un marcador para clulas B. Por tanto, al realizar el anlisis de la muestra es posible identificar la expresin de un marcador especfico de cada poblacin modificando visibilidad de las poblaciones.
Escogemos el archivo Tutorial.fcs (desde la carpeta en que se haya guardado) y hacemos clic en Seleccionar.
Tambin podemos abrir directamente un archivo FCS con la opcin de Anlisis Manual arrastrando y soltando dicho archivo (Drag & Drop) desde la carpeta en que est guardado al icono de InfinicytTM que aparece en el escritorio.
Si en algn momento, al hacer clic sobre alguna zona de la pantalla, los diagramas y la ventana de Anlisis desaparecen, slo hay que hacer clic sobre el botn de Anlisis Manual y los datos aparecern de nuevo en la pantalla. Tambin puede utilizarse el atajo de teclado Ctrl+A.
Si se comete un error al dibujar una regin o asignar una poblacin, se pueden deshacer los cambios de edicin en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual, seleccionando Edit Undo (Ctrl+Z).
Si se eliminan las poblaciones por error, se pueden volver a visualizar en el rbol de Poblaciones seleccionando Edit Undo (Ctrl+Z).
Cuando hayamos terminado, hacemos clic en Aceptar y una nueva poblacin llamada Leucocitos aparecer en azul en el rbol de Poblaciones.
Nota: Si creamos una etiqueta de poblacin por error, podemos eliminarla haciendo clicderecho sobre la poblacin en cuestin y seleccionando Eliminar seleccionado. Si queremos cambiar el nombre o el color de una determinada etiqueta, seleccionaremos Editar poblacin o haremos doble-clic sobre la etiqueta a modificar. Vase Manual de Usuario, captulo 3, ventana de Anlisis Manual, rbol de Poblaciones, para ms informacin.
Nombramos la nueva poblacin como Linfocitos. Escribimos el nombre de la etiqueta en el cuadro Nombre, elegiremos un color (por ejemplo, verde) y aceptamos.
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Resumen
Hemos aprendido a configurar el rbol de Poblaciones, aadir y eliminar poblaciones y crear subpoblaciones. La forma en que creemos un rbol de Poblaciones nos permitir obtener porcentajes no slo de los eventos totales, sino tambin de la poblacin que nosotros consideremos que es nuestro 100% (importante para columna de % parcial).
CREAR DIAGRAMAS
Este paso en necesario para crear los grficos adecuados para llevar a cabo el anlisis.
2. Cerrando todos los diagramas al tiempo con la opcin Cerrar Todos los Diagramas disponible en Diagramas en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual (atajo de teclado Ctrl+B)
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Por defecto, el programa generar un diagrama de puntos mostrando FSC vs. SSC.
En este tutorial necesitaremos las siguientes combinaciones de diagramas de puntos: FSC-A Linear\ SSC-A (ExpSSC LOW) * CD45 PO \ SSC-A (ExpSSC LOW) CD3 APC \ SSC-A (ExpSSC LOW) CD56 + IgK PE \ SSC-A (ExpSSC LOW) CD19 + TCRgd PE Cy7 \ SSC-A (ExpSSC LOW) CD20 + CD4 PB \ SSC-A (ExpSSC LOW) CD20 + CD4 PB \ CD8 + IgL FITC CD8 + IgL FITC \ CD56 + IgK PE
*ExpSSC LOW es la transformacin matemtica que se elige para expandir los valores en la parte inferior de la escala de SSC.
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Ej.: Elegimos APC-A: CD3 en el eje X haciendo clic en el botn de seleccin del parmetro y el diagrama de puntos se actualizar. Seguimos los pasos y , y configuramos todos los diagramas de puntos que hemos mencionado.
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Nota: Si hacemos clic de nuevo en la etiqueta APC-A: CD3, podemos elegir la representacin Logarithmic (escala logartmica, si los datos ya estn compensados) o Logical (representacin lgica, que slo est disponible cuando aparecen valores negativos resultado de la aplicacin de la compensacin despus de la adquisicin en el citmetro).
Mosaico
Los diagramas pueden solaparse. Para resolver esta situacin, en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual seleccionamos Diagramas Mosaico (Ctrl+T). El programa ordenar los grficos por toda la pantalla de anlisis aprovechando al mximo el espacio disponible. El usuario puede redimensionar los grficos a su eleccin, pero tambin, moverlos y reorganizarlos; para ello slo tiene que arrastrar el grfico con el ratn y reubicarlo.
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Redimensionar diagramas
Al hacer clic una vez en la parte superior del diagrama CD45 vs. SSC, seleccionamos dicho grfico; al hacer clic dos veces, se muestra en modo pantalla completa. Cuando hacemos clic-derecho en el rea de trazado del grfico desplegamos su men contextual y podemos seleccionar Ventana Maximizar (Ctrl+Ms) para ampliar el tamao de la ventana. Para devolver el diagrama a su tamao original, seleccionaremos en ese mismo men Ventana Minimizar (Ctrl+Menos).
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Configuracin de Etiqueta/Escala
Esta opcin nos permite cambiar la configuracin de las etiquetas y escalas que se aparecen en los diagramas. Existen varias formas de mostrar esta opcin: haciendo doble-clic sobre la etiqueta del parmetro; haciendo clic-derecho sobre la etiqueta del parmetro y seleccionando Configuracin de Etiqueta/Escala; o abriendo el men contextual con clic-derecho sobre el rea del grfico y seleccionando Configuracin de Diagrama Configuracin de Etiqueta/Escala. Vase Manual de Usuario, captulo 2, Men contextual de Diagramas Configuracin de Diagramas Configuracin de Etiqueta/Escala para una informacin ms detallada sobre la configuracin de etiqueta y escala. A travs de esta ventana podemos configurar por completo nuestras etiquetas, siendo posible cambiar el tipo de fuente, el color, el tamao e incluso el texto en todos los diagramas.
ETIQUETA
Desde esta pestaa es posible cambiar la configuracin de las siguientes etiquetas:
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Etiquetas de diagramas: seleccionando esta opcin podemos cambiar la configuracin de las etiquetas presentes en el diagrama o diagramas seleccionados. Etiquetas de parmetros: podemos cambiar la configuracin de todas las etiquetas presentes en el archivo, pero tambin podemos elegir configurar slo las etiquetas de ciertos parmetros. Etiquetas de poblaciones: mediante esta opcin podemos modificar la etiqueta asociada a una poblacin en los Diagramas de Bandas por Poblacin (vase Manual de Usuario, captulo 3, Diagramas). Los cambios se aplicarn slo a los diagramas y no al rbol de Poblaciones, donde las etiquetas permanecern inalteradas, Otras etiquetas: mediante esta opcin podemos modificar las etiquetas de Densidad y de Diagramas de Cajas. Para estas etiquetas es posible configurar las siguientes opciones: Configuracin del texto Visualizacin de etiquetas: Podemos seleccionar qu elementos de la etiqueta queremos mostrar: marcador, fluorescencia y/o representacin; adems, el orden de visualizacin de marcador y fluorescencia puede invertirse. Etiqueta personalizable: Podemos personalizar el texto que queremos mostrar en una etiqueta. Configuracin del color Opciones de fuente
En todas estas opciones siempre es posible restaurar los valores por defecto haciendo clic en el botn Texto / Color / Fuente Defecto, que se encuentra en la parte inferior de la ventana.
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Figura 25. Cmo dibujar una regin y cmo caracterizar una poblacin
Nota: Si cometemos un error al dibujar una regin o al asignar una poblacin, podemos ir al comando Editar en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual y seleccionar Deshacer Dibujar Regin o Deshacer Asignar Poblacin (Ctrl+Z), segn cual sea la ltima accin realizada.
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Ocultar poblaciones
Si deseleccionamos la casilla VIS. (Visibilidad) correspondiente a la poblacin Eventos, slo estar visible la poblacin de Leucocitos en los grfico. Para mostrar de nuevo la poblacin Eventos slo tendremos que hacer clic de nuevo en la casilla VIS. de Eventos en el rbol de Poblaciones.
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Para definir mejor la poblacin de linfocitos, hacemos otra regin en el diagrama 2D CD45 vs. SSC.
Con los linfocitos seleccionados en el resto de los grficos, dibujamos otra regin en el diagrama 2D CD3: APC vs. SSC.
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En este punto, slo los eventos incluidos en las tres regiones que hemos dibujado estn seleccionados. Asignamos estos eventos a la poblacin de Clulas T haciendo clic sobre la etiqueta correspondiente en el rbol de Poblaciones.
Despus de seleccionar la poblacin de Clulas T, aprenderemos cmo analizar las subpoblaciones correspondientes dado que, como mencionamos con anterioridad, los marcadores especficos para dichas subpoblaciones estn combinados con otros marcadores conjugados con el mismo fluorocromo. Para ello, necesitaremos los siguientes diagramas: CD20 + CD4 PB \ CD8 + IgL FITC CD19 + TCRgd PE Cy7 \ SSC-A (ExpSSC LOW) Tambin necesitaremos aadir al rbol de Poblaciones las siguientes cinco subpoblaciones que dependern de la poblacin Clulas T:
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Antes de continuar con el anlisis, dejaremos slo visible la poblacin de Clulas T (slo tendremos esa poblacin seleccionada en la casilla VIS. del rbol de Poblaciones). Posteriormente, realizaremos las siguientes regiones consecutivas con objeto de definir las subpoblaciones de Clulas T:
Una vez que hemos seleccionado la poblacin Clulas T CD4-/CD8-, el siguiente paso es analizar las Clulas T TCRgd. Dejaremos slo visible la poblacin Clulas T CD4-/CD8-, haremos dos regiones consecutivas en CD19+TCRgd/SSC y CD3/SSC, como se muestra en la siguiente figura, y asignaremos a la poblacin correspondiente:
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Notas: Si dibujamos una regin que no es vlida por algn motivo, podemos corregirla. Haciendo clic dentro de la regin (antes de asignar la poblacin), dicha regin quedar seleccionada y podemos tanto moverla a travs del grfico como cambiar su tamao. Podemos deshacer la ltima accin realizada con Ctrl+Z o rehacer con Ctrl+Y. Continuamos con el anlisis pero antes de clasificar otra poblacin, ocultaremos las poblaciones de Clulas T y Eventos para facilitar el anlisis. Tras ello, repetiremos los pasos previos para definir la poblacin de Clulas B, pero en este caso dibujando regiones en los siguientes diagramas de puntos 2D: FSC/SSC, CD45/SSC, CD19+TCR /SSC y CD20+CD4/SSC.
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Del mismo modo que hemos trabajado con las subpoblaciones de Clulas T, vamos a aprender a analizar las subpoblaciones de Clulas B. Dejaremos slo visible la poblacin de Clulas B y usaremos el siguiente diagrama para seleccionar las subpoblaciones: CD8 + IgL FITC vs. CD56 + Ig K PE Aadiremos al rbol de Poblaciones las siguientes subpoblaciones dependientes de Clulas B: Kappa y Lambda.
Definiremos ambas subpoblaciones, Kappa y Lambda, dibujando dos regiones en CD8 + IgL vs. CD56 + IgK.
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Paso 4: ESTADSTICAS
En este punto, la muestra debera estar ya analizada. Por tanto, ahora nos centraremos en la ventana de Anlisis Manual antes de crear el Informe.
En la ventana de Anlisis Manual hay diferentes columnas con informacin sobre las poblaciones: Poblacin: Muestra las poblaciones creadas con el color y la etiqueta seleccionadas por el usuario. Eventos: Muestra el nmero de eventos que pertenecen a cada poblacin. En nuestro ejemplo (Figura 39), tenemos 30.000 eventos totales y de ellos, 10574 corresponden a la poblacin Linfocitos. % Visibilidad: En esta columna se indica el porcentaje relativo de las poblaciones visualizadas en un momento concreto del anlisis, siendo el 100% el total de las poblaciones mostradas.En nuestro ejemplo, si deseleccionamos la poblacin Eventos, sta tendr una visibilidad del 0.0% mientras que Leucocitos tendr un % de visibilidad del 100%; de este porcentaje, el 43.84% corresponder a la poblacin Linfocitos mientras que el 56.16% corresponder a Otros Leucocitos (es decir, a eventos seleccionados como
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Leucocitos pero no asignados an a ninguna poblacin concreta; ej. neutrfilos, eosinfilos). Es importante recordar que el % Visibilidad est relacionado slo con los eventos visibles en un momento determinado (i.e., marcados en la casilla VIS.) y no con el % total de eventos.
% Parcial: En esta columna se indica el porcentaje de eventos atribuidos a una poblacin en relacin con el nmero total de eventos de la poblacin considerada jerrquicamente superior en el diseo de nuestro rbol de Poblaciones. Por ejemplo, Linfocitos es la poblacin jerrquicamente superior a la que se subordinan las poblaciones Clulas T, Clulas B y Clulas NK; la suma de los % parciales de dichas poblaciones ser el 100%.
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% Total: Esta columna muestra el porcentaje que representa cada poblacin en relacin con el nmero total de eventos incluidos en el archivo de datos.
El formato en que se muestran las estadsticas en relacin con el separador decimal, separador en archivos CSV y nmero de decimales es configurable. Para ello, iremos a la barra de men de la ventana de Anlisis Manual y seleccionaremos: Estadsticas Configuracin Formato, donde podremos configurar las opciones mencionadas. El nuevo formato se aplicar a todos los valores que se muestran tanto en las columnas de la ventana de Anlisis Manual como las que aparecen en el Informe (vase Manual de Usuario, captulo 2, Perfil).
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Comentarios: Podemos aadir comentarios acerca de los parmetros de una determinada poblacin. Para ello, haremos clic sobre la etiqueta correspondiente de la columna Comentarios y aparecer la ventana de Comentarios donde podremos escribir las anotaciones pertinentes. Cuando se aadan comentarios, aparecer un smbolo de informacin en la etiqueta de la poblacin correspondiente. Estos comentarios quedarn guardados y se mostrarn cada vez que hagamos clic sobre la etiqueta; adems, estn disponibles para incluirse en el Informe.
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Paso 5: INFORME
El Informe es un elemento esencial en el anlisis que forma parte del Perfil. Una vez que se ha completado el anlisis, es posible disear un resumen personalizado de toda la informacin que puede imprimirse y guardarse. El informe del anlisis se actualizar cada vez que se cargue un nuevo archivo con el mismo Perfil. InfinicytTM facilita al usuario la posibilidad de editar un informe de forma sencilla, incluyendo diferentes elementos como grficos, cuadros de estadsticas, texto, imgenes y otros elementos que el usuario quiera aadir.
Crear un informe
Para iniciar la edicin del informe seleccionaremos Archivo Informe en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual y se abrir la hoja del informe.
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Los principales componentes que pueden aadirse y configurarse en la hoja del informe son los siguientes: 1.- Imgenes, dibujos o logos 2.- Texto 3.- Datos de la muestra o del paciente 4.- rbol de Poblaciones con estadsticas 5.- Diagramas 6.- Fecha 7.- Compass
Eliminar Componente
Haciendo clic-derecho sobre los componentes del informe y seleccionando Eliminar Componente, podemos eliminarlos uno a uno. Si eliminamos los componentes que aparecen en el informe por defecto, podremos crear nuevos componentes para disear nuestro propio modelo de informe.
Aadir Componente
Haciendo clic-derecho en el rea libre de la Hoja de Informe y seleccionando Aadir Componente, podemos aadir tantos componentes como queramos.
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Aadir Componente Imagen Haciendo clic-derecho en el rea libre de la Hoja de Informe y seleccionando Elegir un Componente Imagen, podremos seleccionar una imagen o un logo desde nuestro ordenador.
Aadir Componente Texto Haciendo clic-derecho en el rea libre de la Hoja de Informe y seleccionando Elegir un Componente Texto, podemos aadir un texto personalizado, cambiando la fuente, el color y el alineamiento a nuestra eleccin.
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Aadir Componente Datos Para aadir un componente Datos, haremos clic-derecho en el rea libre de la Hoja de Informe y seleccionaremos Elegir un Componente Datos. Esta opcin nos permitir aadir informacin sobre la muestra y/o paciente. Aparecern una serie de campos por defecto; para configurar nuestro Informe podemos aadir nuevos campos (disendolos nosotros mismos con el botn Aadir que se encuentra en la parte inferior de la ventana con el botn o importndolos desde el fichero FCS, como veremos ms adelante) o eliminar campos (con el botn ).
Aadir informacin FCS: Tambin es posible incluir informacin que se encuentra almacenada en los archivos FCS. Para ello, seleccionaremos la opcin Aadir informacin FCS en la ventana de Datos y se abrir otra ventana con la informacin interna del archivo FCS. Marcaremos las casillas correspondientes a los parmetros que queremos incluir en la caja de datos y aceptaremos.
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Podemos configurar un campo con informacin interna incluida en el fichero FCS, como por ejemplo el nombre del paciente, fecha de adquisicin, nombre del instrumental, etc. Al abrir otro fichero empleando este mismo Perfil, la informacin se actualizar automticamente con los datos del nuevo archivo.
Aadir Componente rbol de Poblaciones Haciendo clic-derecho en el rea libre del informe y seleccionando Aadir Componente rbol de Poblaciones, obtendremos la lista de poblaciones localizadas en el rbol de Poblaciones.
Haciendo doble-clic sobre la tabla de poblaciones que se ha creado, se abrir un men. Esta ventana nos permitir seleccionar tanto la poblacin como los parmetros que queremos mostrar en el informe; en este caso mostraremos slo las poblaciones con eventos (Seleccionar solo poblaciones con eventos).
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Haciendo clic en el smbolo de una poblacin podemos seleccionar los parmetros estadsticos de dicha poblacin que queremos mostrar en el informe.
Seleccionar Informacin Estadstica La informacin estadstica de los parmetros que queremos que sea mostrada en el componente Poblacin del informe puede seleccionarse en el campo Columnas.
Una vez seleccionadas las poblaciones, los archivos (slo para archivos fusionados o calculados) y las estadsticas, pulsamos Aceptar.
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Al seleccionar esta opcin, se abrir una ventana de configuracin de Diagramas para poder editarlos. El ejemplo que realizaremos en este tutorial es el siguiente: Diagrama de Puntos 2D con CD3 en el eje Y y CD19+TCR en el eje X, como se describe en el siguiente apartado.
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Editar Diagramas en el Informe 1. Seleccionamos el tipo de grfico que deseamos insertar en el informe. En este caso, seleccionaremos un Diagrama de Puntos 2D.
2. Despus seleccionamos los parmetros que queremos representar en los ejes del grfico.
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Disponemos de varias opciones de configuracin: 1. Seleccionamos la poblacin que queremos comparar con nuestra base de datos.
2. En caso de estar trabajando con un archivo fusionado (vase tutorial Fusin de Archivos), podremos seleccionar los archivos que queremos mostrar en el diagrama mediante la opcin Mostrar archivo.
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4. Podemos imprimir las Comparativas (diagramas comparativos) correspondientes, todos (Todas las Comparativas) o solo los relevantes (Comparativas Relevantes). Estos diagramas no se previsualizarn en el Informe, pero s aparecern al imprimirlo o al exportarlo a cualquiera de los formatos disponibles.
Nota: La opcin Aadir Componente Compass slo estar disponible si tenemos abierta la herramienta Compass en Anlisis Manual. En caso contrario, obtendremos el siguiente aviso:
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Si cerramos el informe (Archivo Salir), la ventana de Anlisis Manual aparece de nuevo. La configuracin del informe se guarda como parte del Perfil. La informacin incluida se actualiza automticamente si hacemos modificaciones en el Anlisis Manual o bien con los nuevos datos si abrimos otro fichero diferente con el mismo Perfil. Podemos encontrar informacin ms detallada sobre el Informe en el Manual de Usuario, captulo 3.
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Para guardar el Perfil, en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual seleccionaremos Perfil Guardar Perfil. Elegiremos un nombre y una carpeta para salvar el Perfil y aceptamos. El nuevo Perfil se guardar en formato .inp (Perfil InfinicytTM).
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Cuando guardamos un archivo analizado, tenemos la posibilidad de crear archivos annimos. Para ello, hacemos clic en la casilla correspondiente (Annimo) y se activar el botn Configuracin; seleccionando esta opcin podemos configurar los parmetros que queremos eliminar cuando guardemos el archivo annimo. El archivo se guardar excluyendo toda la informacin relativa a la identificacin del mismo.
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Eventos: Informacin sobre el nmero de eventos incluidos en cada grupo o poblacin. % Total: Informacin sobre el porcentaje que representa cada grupo en relacin con el nmero total de eventos incluidos en el archivo de datos. % Parcial: Informacin sobre el porcentaje de eventos atribuidos a una poblacin dada en relacin con el nmero total de eventos de la poblacin considerada jerrquicamente superior a dicha poblacin. % Visibilidad: Informacin sobre el porcentaje de cierta poblacin en relacin con el nmero de eventos visualizados en un momento concreto del anlisis. Recordemos que podemos marcar la casilla VIS. o no para visualizar o no una determinada poblacin; por tanto, la columna % Visibilidad depender siempre de la visibilidad de las poblaciones. Comentarios: En esta columna podemos escribir comentarios sobre una determinada poblacin; stos aparecern en el informe.
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Revisin: Desde esta columna podemos revisar el anlisis de cada poblacin haciendo clic en el icono lupa que aparece junto a la poblacin que queremos revisar. Haciendo clic-derecho sobre cualquiera de estas columnas podemos seleccionar qu columnas queremos visualizar u ocultar en la ventana de Anlisis Manual.
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Opciones Estadsticas:
1. Mostrar Estadsticas: Al hacer clic sobre este componente, se mostrarn las estadsticas de los parmetros en el rbol de Poblaciones.
2. Exportar Estadsticas: Esta opcin nos permite exportar las estadsticas en formato hoja de clculo (.csv). Al seleccionar Exportar Estadsticas se abrir una nueva ventana que nos permitir configurar la exportacin; trabaja del mismo modo que el componente Poblacin del informe (vase pgina 36 de este tutorial).
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Si desplegamos el men de la parte superior de la ventana, podremos seleccionar varias opciones, entre ellas Seleccionar solo poblaciones con eventos; con esta opcin seleccionaremos slo las poblaciones que ya han sido analizadas para exportar sus estadsticas.
Es posible seleccionar los parmetros estadsticos que queremos exportar; las opciones a seleccionar estn enumeradas en el campo Columnas: Eventos, % Total, % Parcial, Media, SD, Moda, CV, etc.
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Tambin es posible guardar la configuracin de las estadsticas exportadas; asignamos un nombre a la nueva configuracin y guardamos.
Al hacer clic en , aparece una ventana de dilogo en el que podremos nombrar el archivo (que se guarda en formato .csv) y elegir el directorio donde se salvarn las estadsticas exportadas.
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3. Configurar Estadsticas: Esta opcin nos permitir configurar las estadsticas que se muestran, tanto las funciones que aparecen en el rbol de Poblaciones como el formato de las mismas. Cuando seleccionamos esta opcin en la ventana de Configuracin, se abrir un cuadro de dilogo en el que podemos seleccionar dichas opciones.
Cada columna muestra las estadsticas de cada parmetro para cada poblacin. Las columnas pueden abrirse o cerrarse para ver los datos seleccionados; para ello, haremos clic sobre la etiqueta del parmetro de la columna para abrir y clic para cerrar.
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Para visualizar las estadsticas de todos los parmetros al mismo tiempo, podemos hacer clic-derecho sobre cualquier etiqueta de parmetro para mostrar el men contextual y seleccionar Expandir Estadsticas; si queremos cerrar todas las estadsticas seleccionaremos Colapsar Estadsticas.
Comentarios
Para escribir comentarios sobre los parmetros, haremos clic sobre la etiqueta Comentarios correspondiente. Estos comentarios se podrn incluir en el informe.
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Esta nueva Estrategia de Anlisis quedar guardada en el Perfil actual. Para revisar la estrategia, seleccionaremos Perfil Configuracin en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual. Se abrir una ventana con las opciones de Configuracin. Si seleccionamos Regiones y Estrategias podremos revisar las estrategias de anlisis guardadas.
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Tambin es posible guardar una secuencia de las regiones dibujadas antes de asignar los eventos a una poblacin. Para ello, dibujaremos la regin que deseamos salvar y antes de asignar los eventos, seleccionamos Perfil Guardar Estrategia de Anlisis Regiones.
APLICAR ESTRATEGIAS
Para aplicar una estrategia de anlisis previamente guardada, abriremos el archivo al queremos aplicar la estrategia y seleccionamos Perfil Cargar Estrategia de Anlisis en la barra de men de la ventana de Anlisis Manual. Aparecer una ventana en la que podemos seleccionar la estrategia guardada que queremos aplicar.
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Podemos comprobar que las regiones aplicadas sean correctas haciendo clic en la lupa que aparece junto a cada poblacin. Aparecern destacadas las regiones empleadas para seleccionar la poblacin en los diagramas correspondientes y estas regiones pueden modificarse si se considera necesario.
Coincidencia de Parmetros
InfinicytTM slo aplica las Estrategias de Anlisis guardadas si los parmetros de ambos archivos son coincidentes, lo que implica que los parmetros de ambos archivos no slo tienen que ser los mismos, sino que deben estar escritos de la misma forma.
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Si las etiquetas no estn escritas exactamente igual, InfinicytTM nos sugerir opciones para hacer coincidir los parmetros. En nuestro ejemplo, los parmetros que aparecen en el archivo 1, donde se ha creado la estrategia, son los siguientes:
Los parmetros que aparecen en el archivo 2, en el cual vamos a aplicar la estrategia guardada, son los siguientes:
Si nos fijamos en ambos listados, hay varios parmetros que no estn escritos exactamente de la misma forma en los dos archivos (aqu marcados con un rectngulo azul). Al aplicar la estrategia sobre el archivo 2, el programa nos mostrar un cuadro para comprobar la concordancia de parmetros.
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Si aceptamos las concordancias propuestas, InfinicytTM las guardar y construir un diccionario con todas las concordancias aprobadas. Es posible visualizar los grupos previamente creados al cargar la Estrategia de Anlisis seleccionando Perfil Configuracin Grupos Previos.
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Al aceptar, se aplicar al nuevo archivo el anlisis de la poblacin (regiones) correspondiente a la Estrategia de Anlisis guardada. Si las regiones no se ajustan correctamente, podemos hacer clic sobre la regin y reajustarla.
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Informacin de la Estrategia de Anlisis: La informacin relacionada con las regiones que ya estn diseadas se muestra en la parte inferior del rbol de Poblaciones en la ventana de Anlisis Manual.
En esa parte de la ventana, podemos visualizar informacin sobre dnde y cmo se han realizado las regiones para la seleccin de poblaciones: Este smbolo indica regiones positivas (en este caso, dentro de Leucocitos); significa que la regin para Leucocitos es positiva porque se han asignado eventos a esta regin. Este smbolo indica regiones positivas (en este caso, dentro de Leucocitos); significa que algunos eventos previamente asignados a Leucocitos han sido asignados posteriormente a otras poblaciones (clulas B, clulas T y clulas NK).
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