Bioinformtica

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jueves 19 de febrero de 1998
Tema 1:
CPU Unidad central. Posee una carcasa (Tapa).
Fuente de alimentacin
Es un transformador rectificador a 220 V. Transformador porque pasa de 220 V a 5 y 12
V, y rectificador porque transforma corriente alterna (AC) en continua (DC).
Es una caja grande de la que salen cables. Tiene un refrigerador que refrigera la unidad
central.
Placa del sistema
IBMPlaca base OtrosPlaca madre
Diseo modular, los componentes pueden aparecer en distintos sitios pero la tarea es al
misma.
Componentes electrnicos
Componentes de tipo pasivo (resistencias y condensadores).
Componentes activos (circuitos integrados CI o IC)

Microprocesador (P) Es el circuito ms caro.
Chipset: Son circuitos integrados de apoyo.
Reloj: Marca ritmo de trabajo. Tiene que estar coordinado con el reloj y el P.
Memoria principal: Es donde se almacena temporalmente el software. Tiene dos
componentes, ROM (slo lectura), que es donde est el software que mete el fabri-
cante para que pueda funcionar. Tiene un adhesivo metlico para que no se borre el
contenido. Otro componente es la RAM, que es de lectura y escritura. Esta es la que
maneja el P. Va en mdulos de memoria.
Pila: Es azulita y con forma de barril.
Bus de expansin
Son una serie de ranuras (slots). Aqu se insertan tarjetas controladoras, que relacionan
la placa del sistema con un perifrico. Permite la comunicacin del perifrico con RAM,
ROM, P u otro perifrico.
ISASegmento largo y corto.
VESABus local, conexin del perifrico con el P directamente sin pasar por chipset.
(Si hay muchos conectados, puede colapsarse)
PCI Es como un bus local que tiene un elemento regulador para que no se produzca
colapso.

PGA (Actuales)
DIP (Antiguo)
Insertados en Zcalos
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Tarjetas
Tarjetas obligatorias
Tarjeta controladora de vdeo: Convierte seales digitales del ordenador en seales de
vdeo.
CGAEGAVGASVGA
Circuito integrado Chip controlador de vdeo (PGA) mantiene posicin horizontal y
vertical. Puede tener memoria RAM (memoria de vdeo).
Tarjeta controladora de disco: Controla el flujo entre disco duro o disquetes y el P y la
RAM. Memoria auxiliar o masiva. Hay cables (Flap) que unen esto. Estn cerca de la
fuente de alimentacin. Se alimentan con 12 V.
Hay varios tipos:
MFM-RLLDiscos de poca capacidad 20-40 Membrana
IDE Disco de tipo IDE. Actual. Tambin se puede enchufar un CD- ROM.
SCSI[escasi]
Tarjetas tipo puerto (no obligatorias)
Antiguamente para conectar impresora al ordenador
Conexin de salida paralelo o centronics. Slo conecta impresora.
Serie (RS232) Puedo conectar cualquier cosa (Fax, mdem, ratn...). Ya no se fabrican
Ahora, se fabrica una tarjeta que incluye la de disco y la de puerto (paralelo y serie), y se
llama tarjeta multi IO.
Organizacin lgica de la placa base
Buses Canales de comunicacin.
Programa Conjunto de instrucciones ordenadas secuencialmente. No es ejecutable
en disco duro o disquete, slo en memoria RAM. El cable que va del disco a la tarjeta con-
troladora es el bus de datos, luego, de la tarjeta va al P.
Direccin de memoria: Cada celdilla de la memoria tiene un nmero independiente de la
informacin de la clula.
P Unidad de control. Interpreta significado de operandos e instrucciones, se lo dice a
la unidad aritmtica lgica. La unidad de control tiene asociado un registro contador (memo-
ria local) donde se indica la direccin de memoria de la prxima instruccin (contador = con-
tador +1).
La unidad aritmtica lgica, tiene asociados acumuladores donde almacenar temporal-
mente los datos que tiene que operar y el resultado.
El coprocesador matemtico ayuda a la UAL.
Cmo se materializa la informacin?










Bit Cantidad ms pequea de
informacin que puede transmitirse o procesarse (0,1)
Byte Agrupacin de 8 bits. (octeto)

1 0 0 1 0 0 1 0



mximo 256 (del 00000000 al 11111111)
t 1
0
5 V_
Bit ms significativo Bit menos significativo
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Palabra: Cantidad de bytes que puede procesar de una sola pasada el P. Antiguos
8bits, 8086 y 80286 16 bits y 80386 y 80486 32 bits.
Sistema de numeracin hexadecimal
Hay un problema, las direcciones de memoria son muy largas en binario. Se utiliza el
sistema hexadecimal al ser un sistema relacin entre binario y decimal.
Dgitos 0123456789ABCDEF
Cada dgito en hexadecimal equivale a 2bits en sistema binario.
Cdigo ASCII
Tabla fotocopia
jueves 26 de febrero de 1998
Microprocesador
Responsable de todas las operaciones lgicas y aritmticas. Cuando hacemos un pro-
grama, la informacin se traduce a cdigo mquina (binario) que ya es reconocido por el P.
Operaciones
Aritmticas + - * / : Las operaciones log x, sen x, e
x
, se realizan mediante un desarro-
llo en serie, (los pasa a polinomios).
Lgica A>B; A<B; A<>B; A>B; AsB: Determina si una proposicin es verdadera o fal-
sa y segn la respuesta opera de manera distinta.
Bucle : el P repite cierta tarea un nmero determinado de veces.
El P para hacer estas operaciones utiliza:
RAM
Posee una regin: pila o stack, que hace de borrados, apunta valores intermedios en
operaciones de manera provisional.
Registros
El P no puede estar recurriendo constantemente e la RAM, porque es muy amplia y es-
t muy lejos. Por eso utiliza registros: memorias de pequea capacidad. Estn insertos en la
estructura del P.
Un IBM o PC compatible posee cuatro registros acumuladores (AX, BX, CX, DX)
Tambin hay un registro contador: aumento su valor en una unidad entre cada opera-
cin. En estos ordenadores slo existe uno: IP (puntero de instrucciones)
Otros raros: Registros segmento: ayudan a los otros registros (es el equivalente al distri-
to postal), ubica una cierta regin de la RAM.
Banderas: toma un valor para que el P se de cuenta de que ha habido un error (5/0).
Puertos
Cada perifrico tiene un nmero asociado (DNI), ese es el puerto. Tambin se le llama
IO Address (In/Out address direccin entrada y salida) En Windows 95, el P asigna es-
tos nmeros PnP (Plug & Play).
Unidad aritmtico lgica.
Es un circuito digital. Registra presencia o ausencia de voltaje. Utiliza unos elementos:
Puerta lgica: materializacin de un operador de un lgebra(lgebra de Boole). (Transis-
tores y resistencias).
Puertas
AND producto lgico
OR suma lgica
XOR exclusivo OR
NOT complementacin, negacin o inversin) c


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AND
I
1
I
2
O
0 0 0
1 0 0
0 1 0
1 1 1
OR
I
1
I
2
O
0 0 0
1 0 1
0 1 1
1 1 1
NOT
I
1
I
2
O
0 0 0
1 0 0
0 1 0
1 1 1
XOR
I
1
I
2
O
0 0 0
1 0 1
0 1 1
1 1 0

No entiendo los ejemplos
UAL Circuito combinacional digital basado en el uso de puertas lgicas.
Sumador elemental: Combinacin XOR con AND
Multiplicar y dividir: Las tablas de multiplicar estn grabadas en silicio.
Inconveniente de los circuitos combinacionales que no poseen memoria:
Circuito secuencial: Circuito combinacional + pequea memoria (~ registro).
La UAL posee un circuito biestable o flip-flop que detecta operaciones errneas, lo
transmite a las banderas.
martes 3 de marzo de 1998
Memoria
Dispositivo electrnico con capacidad para almacenar informacin lgica (secuencia de
0 y 1).
Caractersticas
Tienen matriz: Lugar fsico en el que se almacena informacin. Un punto es el lugar fsi-
co donde se almacena un bit. 8 puntos es una celda Byte.
Cada celda tiene asociada una direccin, que indica la ubicacin fsica de la celda.
Capacidad: nmero de bytes que puede almacenar.
Tiempo de acceso: El tiempo que transcurre desde que el P solicita un dato y la memo-
ria se lo entrega (en ns).
Clasificacin
Memoria principal: Es la que se comunica directamente con el P.
RAM: Memoria del usuario, de lectura y escritura. Se conecta con el P por el bus de
datos y direcciones. Es voltil. Son dos tipos:




: ??? No se si es as
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SRAM: De tipo esttico Memoria cach. El P almacena aqu los programas que
ms usa el ordenador (Controlador del ratn...). Es un circuito integrado rectangular.
Es biestable (flip-flop). Gasta ms porque tiene ms resistencias.
DRAM: De tipo dinmico, es la memoria RAM. Un programa para ejecutarse tiene
que estar aqu. Almacena un bit en un condensador (). Eso es un problema por-
que hay que suministrarle cada cierto tiempo energa, hay que suministrar energa a
la memoria. El resetear es detener suministro a la RAM.
ROM
Memoria auxiliar: Donde se almacena informacin de forma masiva. No se pueden ejecutar
los programas desde aqu.
Disquetes: Floppy disk (5 y 3 ) Es un material magnetizable recubierto de un
plstico (mylar) y por otro Tefln (5 ) o plstico.
Discos duros: Hard disk
Unidades de cinta: acceso secuencial.
CD-ROM: acceso secuencial.
jueves 5 de marzo de 1998
Sistema operativo
Son programas que controlan el hardware, permiten accede a los recursos de ordenador
y permiten la comunicacin entre usuario y mquina.
Una parte est en disco, otra en la ROM.
MS-DOS
Un sistema operativo tiene una estructura en niveles de servicios. En MS-DOS hay tres
niveles.
Shell - Bios - Ncleo (Kernel)
El usuario interacciona con el ordenador a nivel de Shell.
El ncleo acta con el hardware, sobre las celdas de la RAM y sobre el reloj..
Al encender el ordenador, aparece el puntero de comandos o prompt (C:\>), pertene-
ciente al nivel Shell, donde se conecta el usuario con el hardware.
COMMAND.COM Intrprete de comandos.
CONFIG.SYS Configura las caractersticas del Shell.
AUTOEXEC.BAT Responsable de configurar caractersticas del ordenador.
El nivel Bios (Basic input- output system) controla los perifricos (PRN impresora,
CON Teclado, AUX auxiliar). Tambin es responsable de la fecha y hora.
Cuando se enciende el ordenador
Al encender el ordenador, pasa un tiempo hasta que la ROM comprueba el sistema,
despus suena. Despus, la ROM busca el sistema operativo en el HD o FD. Para hacer
esto, se va al sector de arranque del HD, que se llama BOOTSTRAP, donde est anotada la
posicin del MS-DOS. Cuando ya lo sabe, busca:
COMMAND.COM Shell.
CONFIG.SYS Bios.
AUTOEXEC.BAT Ncleo.
Una vez encontrados, los carga en la RAM.
Windows 3.X no es sistema operativo, sino que enmascara el Shell del MS-DOS y lo
embellece.
Windows 95 s es un sistema operativo, con los siguientes niveles:
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UNIX
Hay varios Shells para elegir, y tiene programas que permiten aadir nuevos perifricos
LINUX Viene del UNIX y permite convertir ordenador en servidor.
Clasificacin de sistemas operativos
S. O. en lotes Batch
Programa Cada lnea contiene comandos del sistema operativo. El MS-DOS incorpo-
ral la posibilidad.
S.O. Monousuario (MS-DOS) PC ------------ usuario.
S.O. Multiusuario (UNIX).
El ordenador central tiene un P que asigna
un tiempo corto al usuario pero como es muy r-
pido, ni te enteras. Hay niveles de preferencia,
denominado por la jerarqua de usuarios y la
complejidad del programa, pero hay un tiempo
crtico de espera.

S.O. Multitarea (W95, UNIX)
Formato de discos
Es distinto para cada sistema operativo.
En MS-DOS o W95
Actuamos en el nivel fsico y el lgico:
Nivel fsico: Pistas y sectores.
Nivel lgico: Estructuramos el disco as:
Sector de arranque (BOOT). Es el 1
er
sector. Aqu se sitan inicialmente las cabezas
de lectura y escritura.
FAT (Tabla de localizacin de ficheros). Segundo sector.
Directorio principal raz: Alberga el nombre, la extensin, la capacidad y la hora y
fecha de creacin.
rea de datos.
Particin
Slo en disco duro. Se define un rea lgica gestionada por un sistema operativo. Se
definen los cilindros (varias pistas homlogas de cada disco del disco duro) y cada cilindro
puede funcionar con un sistema distinto. Como no puedo trabajar a la vez con los dos, en el
sector primero, hay un master, que tiene informacin sobre el nmero de particiones, el ta-
mao de cada cilindro, y en qu sistema operativo se arranca.
La ROM participa en la gestin de los recursos del ordenador.
ROM-BIOS: Cmo participa la ROM con el sistema operativo.
1- rea de inicializacin (Bootstrap y Post Comprueba el hardware)
2- gestor de interrupciones


Escritorio (Shell)
PC
Recursos (Bios)
Carpetas
Archivos
PC
PC
P
C
P
C
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3- Zona de servicios (Programas de la ROM que colaboran con el MS-DOS para contro-
lar la parte ms ntima del hardware).
Gestor de interrupciones
Colabora por la manipulacin del hardware por los programas. Una interrupcin es una
seal que interrumpe el trabajo del P. El gestor de interrupciones analiza la interrupcin,
gestiona y devuelve una respuesta.
Tipos de interrupciones
TIPO HARDWARE
Interno: la causa de las interrupcin ocurre dentro del P (15/0)
Externo: Interrumpen el funcionamiento del P y vienen fuera del P. (Damos a la tecla
retorno al estar ocupado, la impresora se queda sin papel, cuando se escribe o se lee en
disco)
TIPO SOFTWARE
Se producen durante la ejecucin de un programa (print...)
jueves 12 de marzo de 1998
Redes de ordenadores
Una red es dos o ms ordenadores conectados entre s. Depende de las dimensiones
que tenga la red.
LAN
Local Area Network red local
Los ordenadores conectados a red estn instalados en un edificio u otro muy prximo.
WAN
Wide Area Network
Mayores dimensiones (barrio, distrito, pueblo)


Ventajas de una red
Se puede compartir Hardware y Software.
Puede haber correo electrnico. (E-mail).
Componentes de una red
SERVIDOR
Componente ms importante de la red. Es el ordenador de la red que comparte sus re-
cursos con los dems.
Hay servidor de ficheros y de impresora.
Caractersticas: Tiene que tener mucha RAM, varios discos duros (dos mejor que uno) y
un P de velocidad alta. Tambin mucha memoria cach.
Se van a hacer particiones o volmenes.
Se define un sistema de acceso restringido.
Uno es privado Password.
Otro es compartido Determinado grupo de usuarios.
Otro es pblico Todos los usuarios.
Gestor de impresin: Es el ordenador que tiene mayor calidad. Tambin tiene que tener
mucha RAM.
Spooler Programa que determina el orden en que se imprimen los trabajos.
Gestor dedicado De torre alta, sin teclado ni monitor.
TERMINALES
No tienen por qu ser ordenadores buenos.
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PASARELAS
Tambin llamadas gateway permite la conexin entre dos redes locales.
MainFrame: Centro de clculo especial para redes.
Cableado
En estrella: Si se rompe el servidor, la red se viene abajo.
En rbol: Si se rompe una rama, slo se desconecta de la red esa rama.
En anillo: Si se rompe un ordenador no se cae la red.
En bus: El ms fiable. En los extremos hay una resistencia que evita el efecto del eco.
martes 17 de marzo de 1998
Cableado LAN
Par telefnico <1 Mb/s
1 mm de grosor. Es muy sensible al ruido magntico (tormenta, temperatura...)
Par trenzado 10 Mb/s
Trenzado como una molcula de ADN, que lo hace inmune al ruido magntico.
Cable coaxial banda base 10 Mg/s
Hilo conductor protegido por tres capas de material que lo inmunizan del ruido.
Cable coaxial banda ancha 150 Mb/s
El cable de la TV por cable. Puede llevar seales analgicas.
Fibra ptica 1000 Mb/s
No impulso elctrico, sino luz (inmunidad mxima) Cada cable lleva hilo de cristal equi-
valente a un pelo humano. La luz produce un diodo LCD o un rayo lser.
Qu necesita una red local?
Ordenadores
Sistema operativo
Software de red (PCLAN, Novell)
Tarjeta comunicaciones o mdem (si es telefnico).
LAN
Red Cluster
Red PCNetwork
Red Token-Ring IBM
Red Ethernet RANK XEROX.
Red cluster (No estudiar)
El servidor slo puede tener un disco duro.
Vd 375 Mb/s
Distancias cortos
Cable coaxial banda base (caro)
Mximo 65 PCs
Red jerrquica
Red PC Network
Comparte disco duro e impresoras
Velocidad 210
6
bytes/s
Distancia mayor que la red cluster.
Cable coaxial banda ancha.
Mximo 72 Pcs
Red Pcs y grandes ordenadores (centro de clculo)
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Programa PCLan bajo MS-DOS
Sistema I/O Netbios
Netbios circuito integrado que aparece en tarjeta de comunicaciones. Permite que un
programa pueda ser ejecutado desde cualquier ordenador de cualquier marca.
REDES ACTUALES
(Pregunta una en el examen)
Ethernet
Descendiente de red aloha (aos 70)
Forma de bus, al construir la red, se construye a cachos:
Terminador de lnea: Se pone en el extremo del bus, es una resistencia que hace que no
haya eco debido al cambio de medio.
Pieza en T: Para dos cosas
Por uno de los extremos se conecta el ordenador.
Permite definir arquitecturas en forma de rbol.
Pieza en I: Para conectar los cables.
Independientemente de la topologa, hay tres tipos de red, que dependen del tipo de ca-
ble.
Cable coaxial
10 base 5 Grueso. Mximo 300 m cada 2,5 m hay lneas amarillas (donde se conec-
tan las terminales). Hay que tener un transceptor (cajita que controla flujo de informacin a
los largo del cable que regula incorporacin de la terminal).
10 base 2 Cable coaxial de mximo 185 m. Los terminales se conectan directamente
en la pieza en T. (Cable fino o R6-58)
Cable telefnico
10 base T Sistema de cable estructurado. Se asemeja a una red en estrella, pero evi-
ta los problemas de esta red.
RJ-11 conector telefnico
RJ-45 El que se usa para esta red.
Todos los ordenadores son repetidores multipuerta (Hub).
El hub est formado por puntos de recepcin y distribuye el mensaje por las lneas tele-
fnicas.
Si quiero enviar un mensaje, el mensaje espera un momento hasta que no habla ningn
ordenador y manda un cachito de informacin.
Red Token-Ring
Red en anillo interrumpido por unos dispositivos MAU (unidad de acceso multi???)
que controla el tamao del anillo. Tiene la ventaja de incorporar a la red nicamente los or-
denadores encendidos (Ring).
Por la red, circula una sea, (testigo o token). Si un usuario quiere enviar un mensaje,
retiene el testigo y lo sustituye por el mensaje y circula por la red hasta la terminal receptora.
ste hace una copia del mensaje, y devuelve el mensaje a la red, que sigue circulando has-
ta el emisor, cogiendo el mensaje y lo sustituye pro el testigo. El primer usuario que se en-
chufe, es el administrador de la red, que genera el testigo y gestiona su estado de salud. Si
el testigo no pasa por su ordenador, lo volvera a crear.
martes 24 de marzo de 1998
Programacin
Programa: Conjunto de instrucciones ordenadas secuencialmente siguiendo una sinta-
xis. Las instrucciones pertenecen a un lenguaje de programacin.
Caractersticas
1. Funcionar, libre de errores
2. Documentacin: Informacin sobre la caractersticas del programa. Tipos
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Interna: Es solamente para el programador (p. ej.: REM frase, esta informacin ser
ignorada en la ejecucin del programa)
Externa: til para el programador y el usuario (ejemplos, bibliografa...)
Manual del usuario
Reference Book: archivos (LAME, README)
3. Apariencia, Estilo: Facilidad lectora.
Tcnica general
1. Anlisis del problema (para encontrar una solucin)
2. Solucin o Algoritmo: Conjunto de reglas o pasos que forman parte de una solucin. Se
expresa grficamente mediante un diagrama de flujo.
3. Edicin: El listado de instrucciones es el cdigo fuente.
4. Traduccin: del cdigo fuente en cdigo mquina (programa objeto).
5. Ejecucin: Si funciona, vale, si no:
6. Depuracin: Eliminacin de errores (Debugging)
Puntos de ruptura (breakpoints) : Ejecuta un programa lnea a lnea. En el monitor
no slo aparecen resultados, sino tambin datos intermedios y estado de la RAM.
Mdulos: Descompone el programa en mdulos y los prueba por separado.
Trazas: Imprime el valor de ciertas variables crticas. (write, print).
7. Documentacin
Algoritmo
Solucin a un problema. Debe cumplir estas caractersticas:
Imprescindibles
Finitud: El nmero de pasos o etapas debe ser finito. El nmero de subalgoritmos tam-
bin tiene que ser finito.
Definitud: no pueden existir las ambigedades.
Prescindibles
Generalidad: un algoritmo sirva para resolver un conjunto de problemas de la misma
clase.
Eficacia: Tiempo de espera en la ejecucin.
Flujo que siguen los datos al ejecutar un programa.
FUNDAMENTALES
Comienzo/fin de programa
Proceso interno (operacin aritmtica)
Proceso interno (decisin, bifurcacin u operacin lgica)
SECUNDARIOS
Lectura/escritura de datos
Teclado
Impresora
Sub-programa
Smbolo (dentro):Cada smbolo dentro un comentario
Smbolos se unen con flechas.
Se lee izquierda a derecha y arriba y abajo.
Siembre al final hay que poner fin.
Programacin estructurada o modular
Conjunto de reglas que nos lleva a resolver un programa. Es una filosofa se puede se-
guir o no.
Estrategia Top-Down (de arriba a abajo).

Bioinformtica
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Escribo el cdigo fuente para cada solucin menor.
Test independiente de cada mdulo antes de incorporarlo al programa
Grupos de mdulos por afinidad. Lgico- funcional (S
1
, S
2
, etc.).
Estructuras control relacionan los mdulos.
Teorema de estructura
Puedo escribir en cualquier lenguaje de programacin siguiendo tres estructuras bsi-
cas.
Estructura secuencial: I=V/R Input V, R, PRINT I
Estructura alternativa: Desva el flujo de datos en funcin de una condicin lgica. IF
A>B THEN accin1 ELSE accin2.
E. repetitiva: Un conjunto de sentencias se realiza repetidas veces. Tambin llamada en
bucle.
FOR J=1 TO 10
accin
DO WHILE condicin
accin
jueves 26 de marzo de 1998
Lenguaje de programacin: Es un lenguaje que representa un algoritmo.
Declarativos: Inteligencia artificial (Prolog, lisp)
Imperativos o procedurales: Se utilizan para escribir un algoritmo.
Alto nivel (se asemeja al lenguaje humano): 1. General (BASIC, C, Pascal...) 2. Par-
ticular (Orientados a mbito estrecho de administracin COBOL).
Bajo nivel (ms parecido al lenguaje del ordenador)
Programa traductor
Programa fuente Traductor (intrprete o compilador) Programa objeto (cdigo m-
quina).
Compilador
Programa fuente

Anlisis lxico

Anlisis sintctico

Anlisis semntico

Optimizacin

Generacin de cdigo

Fase de anlisis
Fase de sntesis
5 4 3 2 1
S
2
S
1

S
SubP
2
SubP
1

Mdulos Problemas menores
Soluciones
Ecuacin de segundo grado
Problema trivial
P
5 4 3 2 1
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Programa objeto (.COM)

Enlazador (enlaza mdulos)

Reubicador (sustituye las direcciones
de memoria simblicas)

.EXE

Direcciones simblicas: Son las direcciones de memoria que usa el programa objeto, que
son ficticias.
Diferencias entre intrprete y compilador
Intrprete es un programa traductor que traduce una lnea y la ejecuta. No requiere mu-
cha RAM.
Compilador: Traduce todo el cdigo fuente a cdigo mquina, creando un .EXE Requie-
re ms memoria RAM.
martes 31 de marzo de 1998
Tema: Lenguaje PASCAL
PROGRAM ttulo;
VAR a,b,suma:integer;
BEGIN
WRITE (valor a y b);
READLN (a,b);
SUMA:=a+b;
WRITELN (total);
END.
Caractersticas a tener en cuenta
; Separa sentencias
Documentacin interna (REM):
(* lsdkjfklasjfklajsdkfjalsjdfl *) o { lsdkjfklasjfklajsdkfjalsjdfl }
Operador igual:
:= Operacin aritmtica (SUMA:=a+b;)
= Operacin lgica (IF a=b THEN...)
Palabras reservadas: Palabras que no se puede dar como nombre a variables.
Nombres de variables: Longitud de nombre indefinida. No se puede poner con voca-
les acentuadas, slo los 128 primeros caracteres del cdigo ASCII.
Estructura de control
Expresiones condicionales
IF THEN
IF THEN ELSE
IF THEN anidados
Estructuras iterativas, bucles
Bucle DO
Bucle contador.
Bucle sumador.
Bucle FOR DO
Bucle REPEAT UNTIL
Zona de asignacin
Bloque
cdigo fuente
Zona de asignacin (algoritmo)
Zona de salida
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Estructuras de datos
Variables subndice: array.
Registros: Record.
Conceptos avanzados
Procedimientos/ funciones.
Men de opciones: CASE OF
Lectura (creacin de ficheros en disco) etc.
Organizacin de un programa.
martes 31 de marzo de 1998
Tema
Sistema
Ecosistema
Clula
Sociedad
Empresa
Metabolismo
Proceso/ fenmeno
Aprendizaje
Reproduccin
Evolucin
Relaciones sociales
Oferta Demanda
Reacciones metablicas





Modelo
Modelo: Abstraccin formal de un sistema o proceso. Entendiendo como formal que hay
expresiones matemticas que representan las caractersticas de este sistema o proceso,
aunque el modelo puede ser o no matemtico.
Finalidad
Comprender la estructura ntima de un sistema
Prediccin
Estructura
Viene dada por sus ecuaciones:




Ej. Ley de Ohm: I=V1/R
I: Variables de entrada (V)
O: Variables de salida (nos dice el estado del sistema) (I)
Parmetro: Cantidad numrica que relaciona las variables de entrada con las de salida.
(1/R, K
m
...) Expresan una caracterstica del sistema, pero no puede ser directamente
observada.
Constantes Parmetros que no varan.
Sus valores se estiman en laboratorio, mtodos estadsticos...
Ecuaciones: Explican el comportamiento de un sistema.
Nivel de explicacin
Efecto de primer orden: Si explica efectos principales.
Efecto de segundo orden: Aspectos particulares.

La variable O (Output) depende de:
Caja negra
- -
- -
Nodos
Grafos
O I
O I
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Estructura del sistema
datos (I, Parmetros)
martes 2 de abril de 1998
Clasificacin Holling de sistemas
calidad de los datos:
Alta: nmero de votantes del sistema.
Baja: poco informativa.
De lado del reconocimiento del sistema por parte de una persona.
Slo se toman dos valores alto y bajo
Sistema esto custico utilizan estadstica.
Sistema determina este utilizarlo visto matemticas.
Dinmica de sistemas: es un sistema mixto.
A esta clasificacin:
Simulacin
Experimentacin con los sistemas.
Ensayo por el que prevemos el estado futuro del sistema.
Creacin de un sistema artificial: pretendemos que imite perfectamente un sistema real.
Clases o categoras
Continuo: simulacin analtica, corresponde a sistemas determinsticos (sistemas de
ecuaciones diferenciales)
Discreto: sistemas estocsticos.
Diferencia entre modelo matemtico y el modelo de simulacin
Modelo matemtico: pretende "imitar" un sistema real cuando lo reproduce porque ese
comportamiento existe en las ecuaciones.
Modelo de simulacin: imita un sistema real, pero no existe en las ecuaciones, sin em-
bargo lo hace a partir de las interacciones entre los mdulos del sistema.
Definicin de experimento de simulacin
Ver el efecto de los parmetros
Ver el efecto del cambio de las condiciones iniciales.
Ver lo que pasa si el cambio los dos.
Cambios en el modelo hasta que se ajuste ms a los datos observados en la naturaleza.
Criterios para la simulacin
Baja el tiempo de simulacin (velocidad): depende de la RAM reanudar dictado y el mi-
croprocesador.
Facilidad para modificar el cdigo fuente (lenguaje destinado orientado la simulacin)
Facilidad para modificar los parmetros
El output puede ser numrico (listas/tablas) con grficos, en dos dimensiones o tres.
Complejidad lgica del programa
Desarrollo: lenguaje estndar (orientado a la simulacin). Simulador: programa que in-
troduce la simulacin, insertando simplemente los datos.
Funcin/utilidad
Experimentacin controlada: sin necesidad de perturbar el entrono real.
Prediccin del futuro: por ejemplo estructura terciaria de una protena.
Entrenamiento: simulador de vuelo.
Verificacin de una trayectoria o hiptesis: origen de la vida, evolucin...
Una prediccin en simulacin consiste en obtener esta serie:
X(t), X(t+2At),X(t+3At)...
Esto mediante la ecuacin diferencial (ordinaria)
Cmo resolver una ecuacin diferencial en el ordenador:
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? ? ? Algo pasa aqu
martes 14 de abril de 1998
??? Falta un poco de este da al principio
1. Se definen variables que nos definen el estado del sistema en un tiempo: x(t)
2. Se elige cmo queremos que sea el tiempo. Hay dos tipos:
Contnuo: valor de flujo. Entre dos puntos cualesquiera siempre existen valores in-
termedios.
Discreto: transcurre a saltos: t, t+1...
Todos los modelos de simulacin utilizan tiempo discreto porque es el ms fcil de in-
cluir en el cdigo fuente.
Sistemas dinmicos
Sistema determinstico cuyo estado cambia constantemente.
El problema principal al aplicar esto a sistemas biolgicos es que el estado en t
0
siempre
depende del estado anterior (t-1). (el impulso nervioso).
Otro problema es que hay que esperar un tiempo (retardo) desde que aplico todo input
hasta que se produce una respuesta (valor de x).
El principal mecanismo para reproducir este sistema es:
x (t+At) = f(x(t),At) Funcin de evaluacin (se obtiene de manera emprica)
Por ejemplo: Predicicn de [Ca
+
] dentro de una clula:
Ca (t+1) = Ca(t) + FCa(t) (flujo de calcio) +OCa(t) (calcio acumulado en orgnulos)
Cuando utilizar ecuaciones diferenciales? Cuando sea posible saber calcular la tasa de
cambio de un sistema:
x(t+At) = x(t) + Ax
x(t) + f[x(t),t] At
Cuando:
Ax 0 y At 0
dx/dt = f[x(t),t] At
Una prediccin en simulacin en sistemas dinmicos consiste en obtener esta serie:
x(t), X(t+2At), x(t + 3At)
Cmo resolver una ecuacin diferencial en el ordenador:
MTODO DE EULER O DE LAS TANGENTES
En simulacin no nos interesa la solucin exacta,
sino una aproximada. Solucin numrica requiere
mtodos numricos.
1 dx/dt = f[x(t),t] At
2 Definir las condiciones iniciales t=0; x=0
Lo que quiero saber es el estado en t
1
=t
0
+ At
Su ecuacin es:
x
1
= x
0
+ At x
0

x
2
= x
1
+ At x
1

Frmula de Euler: x
n+1
= x
n
+ Atx
n

Cuanto ms pequeo sea At(intervalo de simulacin) ser ms exacto.

Ejemplo:
dA/dt = A (212 - 0,04 A) (A expresa como mayor el rea en cm)
l Tasa de cambio del sistema
A(0) = 0,24 cm
2
, At=1 (normalmente ms pequeo 0,2,0,4...)
t=0 t=1 t=100
Programa:
A(0) =0,24
FOR T=0 TO 100
A(T) = A(T-1) + INCT*(A(T-1)*2,12-0,04*A(T-1))
NEXT T
jueves 16 de abril de 1998

Ilustracin 1: Solucin analtica.
Bioinformtica
16
Los mtodos numricos para mejorar la aproximacin van a buscar una tangente cuya
pan dientes y aproxime ms a la solucin exacta (analtica)
Mtodo de de IU de tres trminos
X
n+1
= X
n
+AtX
n
+ (At
2
/2)X
n

Mtodo de Runge- Kutta
X
n+1
= X
n
+aK
1
+bk
2
+ck
3
+dk
4

a,b,c,d =cte
k
1
,k
2
. Son los puntos intermedios para estimar el siguiente punto.
Sistemas estocsticos: sistemas los cuales interviene la azar.
Mtodo de Montecarlo
Es un nombre genrico que agrupa a una familia de mtodos. Cualquiera de ellos re-
quiere de nmeros aleatorios (principio del bombo).
Cmo hacer este montaje? Utilizando un generador de nmeros aleatorios, que es un
programa de ordenador capaz de generar numerosos incluidos entre cero y el 1., ambos
inclusive [1(0,1)] su. Incluye RND y RANDOM que son comandos que invoca en este
generador.
Sin embargo cada nmero que nos da generados no es un nmero aleatorio sino sin
duda aclaratorio. Un generador debe tener:
1. Que se eficiente: dependiendo del avin de la ciudad de microprocesador adherentes
veracidad., el nmero se obtiene a dicho dementes velocidades.
Todos. Correlacin seria nula que se en los nmeros independientes entre s.
3. Distribucin uniforme: todos los nmeros tienen que tener la misma probabilidad de
salir.
4. Ciclo de generacin : la secuencia base sea la ms larga posible.
Mtodo de John Von Neumann o mid-square
1. V
0
valor semilla:
2. V
0
2

3. V
1
igual a los p dgitos centrales de V
0
2

Mtodo de Lehmer o Congruencia
1. V
0
semilla
2. V
1
=(V
0
a
1
+a
2
) mod k
3. V
1/k
U(0,1)
Elegir a
1
, A
2
y k.
Martes 21 de abril de 1998
Mtodo de Montecarlo
1. U(0,1) U
1
, U
2
...
2. X v.a. f(x) inversa de la transformacin (distribucin exponencial o uniforme) o simu-
lacin directa.
Variable de Bernouilli (la ms sencilla).
Si x=0 se verifica un fracaso, si es 1 un xito
sorteo de equipo contigo es: de tipo contina: meses electorales.
Variable binomial: son variables aleatorias independientes con distribucin de Bernuilli
? ? ? Falta un poco
VARIABLE DE DISTRIBUCIN NORMAL
Es una consecuencia del teorema central del lmite.
z :N(0,1) Z=U
1
+U
2
+...+U
n

Correccin : Z= Z-6 (ya se explicar en prcticas)
Jueves 23 de abril de 1998
Tcnicas alternativas de simulacin
(Van a ser equivalentes a utilizar ecuaciones diferenciales pero no las usa)
Bioinformtica
17
partiendo de que tenemos un sistema determina mstico nos encontramos con:
1. Sistemas biolgicos que no conocemos (origen vida, desarrollo embrionario) y por
tanto no podemos pasar a ecuaciones-esenciales.
todos. Sistemas biolgicos conocemos pero que las ecuaciones diferenciales son muy
complicadas (poseen derivadas parciales).
Autmatas celulares
Existen elementos (por ejemplo un ecosistema). Que interaccin entre s. Las situacio-
nes de la agencia les utiliza invariables y situacin en el sistema a lo largo de un tiempo
son variables globales.
Con los autmatas no defino variables sino las interacciones entre los elementos. Veo
cuantos estados se puede encontrar cada elemento (vivo-muerto). Vamos a definir una
autmata clular en una regin de dimensin D.
Existe un elemento o autmatas de finito: tres caractersticas:
Tiene un input
E: conjunto de todos los estados posibles
A: reglas de transicin.
Ejemplo: un semforo es un autmata finito.
E=3 (rojo, verde, amarillo)
un semforo recibe un input que es el estado de los dems autmatas cimientos
Para actualizar el estado de semforo lo calculan las reglas de transicin y conociendo
los estados de los dems.
Vecindad de Moore (o de 8 vecinos)
Tengo un autmata finito central.
Vecindad de Von Neumann (o de 4 vecinos)
juego de la vida--mayor que el ms famoso autmata finito y el ms activo.
Puede pasar tus cosas cuando ha transcurrido mucho tiempo de simulacin:
1. El autmata evoluciones sin llegar a una solucin fija--mayor que el sistema evolucio-
na a un estado carente de orden.
Dos. El autmata puede evolucionar a una estado ordenado. Esto es equivalente a abrir
resuelto una ecuacin diferencial. Sistemas a tractores. Estructuras
martes 28 de abril de 1998
Inteligencia artificial
Historia
1920 Un escritor de ciencia ficcin defini robot.
1940 Alan Turing aborda la cuestin de construir mquinas inteligentes.
1950 IA : Resultado de la influencia de muchas ciencias.
Neurofisiologa : Nos dice el Hardware.
Psicologa : Nos dice el Software.
Teora de juegos :
Y = a
1
X
1
+ a
2
X
2
+ a
3
X
3
+ a
4
X
4
+...+ a
n
X
n

Las caractersticas de esa posicin son favorables a la mquina si a
i
>0.
Lgica : Turing construy una mquina terica que es la formulacin ms sencilla de
un ordenador. Un problema es computable se puede ser resuelto con un ordenador
o mquina de Turing. Los otros problemas se llaman no computables.
Ciberntica : Estudia los mecanismos de control y cmo procesan informacin los
animales y mquinas.
1956 IA nace : Es una disciplina de carcter interdisciplinar cuya finalidad es la construc-
cin y diseo de mquinas inteligentes. Una mquina inteligente es capaz de hacer ta-
reas en las que un ser humano necesita la inteligencia.
1960 Desarrollo :
Bioinformtica
18
Ordenadores ms potentes
1
er
lenguaje LISP (se define el problema y el ordenador da la solucin.
Logic theorist 1
er
programa de inteligencia artificial.
1970 Sistemas expertos : Simulan el razonamiento que hara un especialista :
MYCIN A partir de sntomas, diagnostica enfermedades.
PROSPECTOL Ayuda a los gelogos.
PROLOG Lenguaje
MACSYMA : 1
er
programa de clculos simblicos. (derivadas...).
1980 Redes neuronales artificiales : Modelos que simulan la funcin de las neuronas.
Jueves 30 de abril de 1998
Las redes neuronales intentan simular redes neuronales parecidas a las biolgicas. Se
inspir en los descubrimientos de Cajal, el aprendizaje tiene lugar a nivel de sinpsis.
La red del neuronas artificiales van a reproducir y modular conexiones sinpticas.
Cualquier objeto se puede codificar en una matriz.
Una red artificial est compuesta por neuronas artificiales=nodo=elemento procesador.
Se organiza por capas. Cada nodo est relacionado con los nodos de la capa inferior.
Funcin: reconocer un objeto, gracias a la accin de todas las neuronas en conjunto.
Cada neurona artificial no equivale a una neurona biolgica, sino que representa una
accin conjunta de un grupo de neuronas.
Capa de entrada: simula lo que hara una capa de neuronas biolgicas conectadas a un
sistema sensitivo.
Capa de salida: conectadas a un sistema efector.
Ambas tienen contacto con el medio exterior. La capa intermedia est aislada del medio
exterior.
La capa intermedia u oculta: recibe la informacin de la Capa de entrada intentan obte-
ner las caractersticas del objeto en cuestin. Es la responsable de obtener una repre-
sentacin del objeto.
Neurona artificial
Es un sumador con un elemento umbral.
Las caractersticas de la sinpsis vamos a representarlas por e (siendo nuestra neurona
J). No alivia
e es la representacin de la plasticidad sinptica de las neuronas biolgicas. Cajal:
aprender modifica la plasticidad sinpticas y hace mayor o menor la facilidad con la que
circula un neurotransmisor.
Cuando aumenta e: hay facilidad de circulacin
Cuando disminuye, hay dificultad de circulacin.
Cuando las neuronas artificiales reciben informacin (input=i) realizan sumas pondera-
das: suma en seales de entrada y las multiplicado por su peso correspondiente.
E=I
1
e
1j
+ I2je
1j
+ I2e
2j
+ I
3
e
3j
+...+ I
i
e
ij

E= NET
j
=E
i
E
i
e
ijh

Cuando conversa es igual a cero no existe conexin, cuando es mayor que 0 la cone-
xin es excitado hora, cuando es menor que 0 es inhibido hora.

O
j

j
e
ij

e
ij

e
ij

I
i

I
2

I
1

Bioinformtica
19
Una vez detenido el valor NET, hay que decidir si el nivel de estimulacin es suficiente
para producir una seal. Para decir esto:
Funcin : f(E) varias funciones.
Modelo lineal
O
j
Resultado de la neurona
si NET
j
>= u
Segn aumente o disminuya el u, baja y sube
respectivamente la sensibilidad de la neurona.
que esto constituye adems una autmata finito.
Modelo no lineal
Es ms eficaz.
O
j
= 1/(1+e
-NETj
)
El problema de estos dos modelos: se trabaja con 0 y
1.0: reposo, se pierden su
valor.
Para el evitar esto, se
utiliza una tangente
hiperblica:
O
j
=tg(NET
j
)(e
NETj
-e
-NETj
)/(e
NETj
+e
-NETj
)
La probabilidad de que caiga el resto en el examen es
uno.

Todas las neuronas de la Ca-
pa de salida estn conectadas con
todas las neuronas de la capa ex-
terior.
I
i
=Componentes del detector
de entrada: tiene codificados las
caractersticas de un objeto.
Ejemplo tonto:
El objeto es un bolgrafo.
I
1
=Es oscuro ? SI=1 No=0
I
2
=Escribe? SI=1 NO=0.
O
i
: Es el estado por valor de
activacin de la neurona y.
VECTORES
Matriz memoria: sus elementos son los pesos de las conexiones. Recoge las caracters-
ticas de un objeto.
Hay que calcular el vector salida. Siempre hay que conocer los vectores entrada y me-
moria.
Sustituyo por sus valores:
Tengo los valores NET
j
(su-
ma ponderado de las entradas)
simular la estimulacin neuronal.



5
6
1
2
3
4
Capa de salida
Capa de entrada
I1=1
I2=0 I3=1 I4=0
omega

I
1
I
2

I
3


e
45
e
46

0,4
0,8
e
35
e
36

=
0,3
0,7
e
25
e
26

0,2
0,9
Entrada
Salida
e
15
e
16

NET
5
NET
6

0,1
0,8
I
1
i
2
I
3

1
0
1
0
e
ij

u valor umbral
NET
j

0
Oj
1
u valor umbral
NET
j

0
Oj
1
-1
1
NET
j

u valor umbral
0
Oj
Bioinformtica
20
Ahora hay que saber si los valores netos obtenidos son suficientes para estimular la
neurona.
Para una funcin de tipo escaln, se utiliza el modelo de
McCulloch-Pitts.
Valor umbral : siempre se reconoce. Supongamos que
vale 1.
O
5
=0 no es suficiente para el valor umbral.
O
6
=1 si es suficiente.
Otro ejemplo:3 ca-
pas
Cuando tengo tres capas calculo el valor de salida
o estado de activacin de la capa intermedia, de ma-
nera que representar el vector de entrada entre la
capa intermedia y la de salida.
En este caso no est obligado a mantener la fun-
cin de activacin en todas las capas, puede ser dis-
tinta en cada una.
Supondremos otra vez que
tenemos la funcin escaln:
En ciertas aplicaciones al valor NET se le suma un valor
numrico llamado ruido. Puede ser un nmero aleatorio.
En ciertas aplicaciones es mejor que exista ruido. Por
ejemplo: en el hombre la supervivencia es posible gracias al sueo; en el sueo se pro-
duce ruido (seales aleatorias) esto se reproduce en las redes neuronales y funcionan
mejor.
Si el ruido es R=0,78 ste se suma al valor NET (vector (208,128,208))
El vector de salida de 4,5,6 es el de entrada:
(El ruido es aleatorio en cada etapa, como las funciones de activacin, lo pongo o los
quito cuando a m me d la gana o cuando me lo diga el enunciado del problema)
O
7
=f(NET
7
) = (e
NET8
-e
-NET8
)/(e
NET8
+e
-NET8
)=0,186 Cuando utilizo la funcin hiperblica no
hay que redondear a 1 o a 0 porque los estados estn entre 1 y -1 de manera continua.
Nota: no hay que aprenderse esta frmula, nos la dar en el examen. Las funcin esca-
ln si.
Si es una funcin logstica puede tomar cualquier valor (con decimales) entre 0 y 1.
Los sistemas de redes vistos son de tipo reactivo porque ante un vector de entrada ge-
nera uno de salida pero no existe aprendizaje.
Jueves 7 de mayo de 1998
Red de aprendizaje
Aprendizaje: proceso por el cual un individuo cambia de patrn de comportamiento, de
manera que se adapta de manera ms favorable.
En una red neuronal significa que unoo ms neuronas de la capa de salida cambia su
estado de activacin.
Vamos a definir una serie de caractersticas que someten a una red aprendizaje, de ma-
nera que en seguida sea la adecuada. Esto se hace al nivel de:
Topologa: estructura de la red. No es modificable.
Vector de entrada ( input) :tampoco se modifica (el mundo exterior no es modificable).
Funcin de activacin: no se puede alterar porque es una parte integral de la red.
El valor de los pesos (e) : teora de Cajal: el aprendizaje y nivel de las conexiones. Lo
que vamos a modificar es una regla de aprendizaje.

1
2
i
Capa de
salida
Capa
oculta
I1=1
I2=0
I3=1
1
Capa de
entrada
j 2
2


= =
0,8
0,9
0,1
0,7
0,3
0,4
0,6
0,2
0,9
1
1
0
NET
4

NET
5
NET
6

1,3
0,5

1,3
u valor umbral
NET
j

0
Oj
1
u valor umbral
NET
j

0
Oj
1
Bioinformtica
21
e
ij
(t+1)=e
ij
(t)+Ae
ij)
Paradigma de aprendizaje
As se aumenta la facilidad de la conexin.
Todos los paradigmas de aprendizaje pueden ser: (ambos coexisten en animales y
seres humanos)
De tipo supervisado: requiere la presencia de un agente externo o un supervisor (los
padres, profesores...)
Tipo no supervisado: no existe la mediacin de un supervisor. Por ejemplo: aprendizaje
por fuerza: en una jaula de skinner la rata pulsa dos palancas, una da una descarga
elctrica y otra da comida.
Cmo sabemos si la red neuronal aprendido?
Cuando aprende algo correctamente los pesos no cambian, o lo que es lo mismo
matemticamente:
de
ij
/dt=0
Modelos de aprendizaje de redes neuronales
PERCEPTRN
El ms antiguo. Lo cre un psiclogo (Rosenblarr). Modifica el de Mc Culloch-Pitts en el
cual no se puede dar aprendizaje:
1. Se definen los e (mediante un ge-
nerador de nmeros aleatorios entre 0 y
1)
2. Para cada patrn de entrada se de-
finen el estado de la neuronales y. Por
ejemplo: 0010, 0101... esta tabla o
mapeo la define el usuario como le d la
gana.
Ahora utilizaremos todos valores de la
neurona de salida: o es el valor que quie-
ro que aprendan y u ese valor que, sin
aprendizaje.
3. Dado un valor u que nos da en
respuesta la neurona de la capa de sali-
da, utilizando una funcin de tipo escaln.
Esto habr que hacerlo para cada patrn de entrada.
I
1
I
2
se compara o con u
I
1
I
2
se compara o con u
4. Aplicar la regla de aprendizaje del perceptrn:
e
i
(t-1)=e
i
(t)+o[o(t)-u(t)] I
i

Lo que saba sin aprendizaje
o:factor de aprendizaje, determina la velocidad de aprendizaje de la red. 0<o<1
Si o=0 la red aprende muy despacio.
Si o=1 aprende muy rpido pero de manera inestable (con alfileres).
[o(t)-u(t)] :Error. Cuando sea distinto del 0 se aplica la regla de aprendizaje.
I
i
= input que recibe la neurona de salida.
Ejemplo :
Neurona
nica
1
I1
1
I2
1
I3

Bioinformtica
22
Calcularemos el NET del primer
vector:
NET= 00,5 + 00,9 =0
O
3
= f(NET) =0
Ahora el 2
NET = 00,5 + 10,9 = 0,9
O
3
= f(NET) =0 ; o=1 Existe diferen-
cia as que aplico la regla de aprendiza-
je. Esta acta sobre lso pesos
e
1
(T+1) = e
1
(t) + 1(1-0)
e
2
(t+1) = e
2
(t) +1(1-0)1
Veamos si realmente ha aprendido :
NET=00,5+11,9 = 1,0
O
3
=f(NET) = 1 (Coincide con o)
martes 12 de mayo de 1998
Limitaciones:
Solamente pueden aprender a reconocer y clasificar patrones si stos son linealmente
separables.(que tienen caractersticas que no comparten).
Ejemplo: si quiere que la red neuronal de tipo perceptron aprenda esto.
Net=I
1
W1+I
2
W
2

g=0 i
1
w
1
+i
2
w
2
<u
1 I
1
w
1
+i
2
w
2
>u
El valor net es la ecuacin que nos separa los patrones.
teorema de convergencia del perceptrn
El precepto son slo es capaz de clasificar dos grupos de patrones en un nmero finito
de pasos (si son linealmente se palpables).
El problema est prctica se producen situaciones que no puede resolver el preceptrn.
preceptor. Red neuronal , vapor repetirse, retro propagacin.
Es una generalizacin de la regla del percepcin (regla delta).
W1(+1)=w1(t)+o(d-0)ii
Dos o ms capas ocutas.
Y representacin interna del conocimiento. Sus neuronas son capaces de extraer las ca-
ractersticas de los objetos. Si a la red neuronal se le presenta un objeto que no ha visto
antes, es capaz de clasificarlo, incluso distorsionado.
Funcin de transferencia continua
Se inspira, en la biologa y la psicologa.(en el psicoanlisis de Freud)
Ello: parte instintiva del conocimiento.
Super yo:sociedad (intentan reprimir al ello).
Yo: yo,(reprime tambin al ello).

La red bp sin entrenar, simula el ello. Al entrenar 1, aparece el superyo.
Freud deca que, a lo mejor, habra un mecanismo que hiciera que la informacin fuera
en contra del resto.

Red: naval red:
1
I1
1
I2
1
I3


Retropropagacin
Bioinformtica
23
Como mnimo tres capas, la segunda capa
est oculta y se llama J..
algoritmo
1-inicializar w.: valores pequeos y aleato-
rios.
2-presentar patrn entrada/salida deseada.

jueves 14 de mayo de 1998
3. Calculo del algoritmo:
a) valor del vector de salida: O
k
=f(NET
k
) Estado de activacin : O
j
=f(NET
j
) ; NET
j
= E
i
e
ij
I
i

b) Estn las neuronas de la capa de salida en situacin de error ?
Vamos a calcular o
k
-O
k
=o
k

o
k
=(o
k
-O
k
) f(NET
k
)

f nos muestra el grado de error de una neurona
o
k
=(o
k
-O
k
) O(1)
c) capa pacto Cul es un error de la capa ocultas? Su error no se puede calcular, que
hacemos responsables de este error les neuronas de esa y. Dos y el error ser pro-
porcional a o
k
, la constante ser e
jk
.
o
j
=(E
k
e
jk
o
k
) Esto es el trmino de retropropagacin (basado en Freud)
o
j
=(E
k
e
jk
o
k
) f (NET
j
) estima el grado de error.
d) Fase de actualizacin de llos pesos :
jk
(t+1)=e
jk
(t) + AW
jk
Es la regla del perceptron
jk
(t+1)=e
jk
(t) + o(o
k
-O
k
) O
k
(1-O
k
)O
j

jk
(t+1)=e
jk
(t) + o(E
k
e
jk
o
k
) O
j
(1-O
k
)I
1

e) Cada cuanto modificamos los pesos ?
Hasta que E <= 0,1, 0,01 o 0 (un cierto nmero).
Para delimitar cuando termina el aprendizaje, definimos una superficie de error.
La regla aprendido cuando alcanzado un mnimo. El mnimo puede ser local
(de/dt=0) o global: reconoce cosas que nunca ha visto.
1
2
i
Capa de
salida
Capa
oculta
I1=1
I2=0
I3=1
1
Capa de
entrada
j
1
2
2
k

I
1
, I
2
..... I
i
o
1
, o
2
..... o
k

I
1
, I
2
..... I
i
o
1
, o
2
..... o
k
... .. .. .. .. ..
I
1
, I
2
..... I
i
o
1
, o
2
..... o
k



u valor umbral u valor umbral
NET
j
NET
j

0 0
local
local
local
Global
local
Oj Oj
1 1
Bioinformtica
24
A veces la red queda atrapada en mnimos locales y nos creemos que aprendido.
Una tratamiento local, solucin darle un nmero aleatorio.
Frmula general:
Ae=-o(dE
p
/de) Modificamos los pesos para obligar a bajar a la red por sitios de la
superficie de error donde la pendiente es muy grande para que lleguen seguro al
mnimo a global.
Con esto se resuelven ecuaciones diferenciales y se consigue que les neuronas de
la capa intermedia acten como detectores de caractersticas.
Jueves 28 de mayo de 1998
Sistema experto probabilstico
Evitan problemas de los sistemas expertos basados entregas.
evitan esta rigidez en el razonamiento utilizando la lgica de tipo incierto.
Vamos a asociarle al resultado una medida de verosimilitud (est enfermo en un 70%).
H
1
,H
2
,H
3
...H
j
La medida de verosimilitud se puede conseguir con la teora de probabilidad.
P[E/S)=(P(ES))/P(S)
La base de reconocimiento es un fichero donde vamos a incluir un espacio de probabili-
dad (matriz de probabilidades).
Los hechos pueden ser binarios (ser o no ser) o mltiples (ser mucho, ser y ser poco).
Tcnicas para almacenar probabilidades
Modelo de dependencia general
2 probabilidades: una la que P(E
J
S
1
S
2
... S
I
) y otra la que presente sntomas
P(S
1
S
2
... S
I
).
Cuando dos o ms enfermedades tienen sntomas comunes se desperdiciado mucho
espacio y se utiliza otro mtodo.
Modelo de dependencia general con sntomas relevantes
P(E
J
S
*
1
S*
2
... S*
I
) Sntomas relevantes
P(S
I
) Sntomas no relevantes.
Sndrome: todos los sntomas aparecen a la vez.
P(E
J
/S
1
,S
2
, ... S
I
)= (P(E
J
S
*
1
S*
2
... S*
I
)P(S
1
)P(S
2
)...)/ P(S
*
1
S*
2
... S*
I
)
Modelo de independencia general
P(S
I
) P(S
i
)
P(E
J
S
1
S
2
... S
I
)
La base del conocimiento tambin tiene la lista de los sntomas y enfermedades.
El motor de interferencia combina el conocimiento abstracto con el concepto.
El motor de interferencia toma la teora clsica de probabilidad condicionada.
S
1
P(E
1
/S
1
) P(E
1
/S
1
) P(E
1
/S
1
)
S
1
,S
2
P(E
1
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1
S
2
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1
/S
1
S
2
) P(E
1
/S
1
S
2
)
S
1
p
A medida que aumenta conocimiento sobre el nmero de sntomas, los valores de las
probabilidades comienzan a separarse.(unos tienden a 1 y otros a 0).
Estos sistemas hay posibilidad de aprendizaje. El programa puede ir recalculando las
probabilidades.