Faculdade de Cincias da Universidade de Lisboa Ano Lectivo 2012/2013 Licenciatura em Bioqumica (3 ano, 2 semestre)

Simulao Bioqumica

Simulao MM/MD de um nonapptido helicoidal Trp9

INTRODUO
As hlices so o tipo de estrutura secundria mais comum presente nos nveis de organizao das protenas, possivelmente devido facilidade deste arranjo maximizar o nmero de pontes de hidrognio entre os grupos carbonilo e os grupos amina da cadeia proteica principal, acomodando simultaneamente a ligao peptdica rgida. Alguns aminocidos ocorrem mais frequentemente em hlices do que outros; cada um, quando intrnseco num pptido, tem uma determinada tendncia para formar hlices . Esta tendncia designada por propensidade helicoidal e reflecte-se nas propriedades das cadeias laterais e no modo como estas afectam a capacidade dos tomos da cadeia principal adjacentes para assumirem os ngulos diedros ( e ) caractersticos. De acordo com a maior parte dos sistemas modelo experimentais, a alanina o aminocido que apresenta uma maior tendncia para formar hlices , ao passo que, excluindo a prolina, a glicina o que tem menor propensidade para este tipo de estrutura. De acordo com valores experimentais, surgem primeiro na escala de propensidade os resduos com grandes cadeias laterais hidrofbicas; aparecem depois os com grupos polares afastados por alguns carbonos do esqueleto; os aromticos posicionam-se a meio da escala e, por fim, os aminocidos -ramificados, os com grupos polares apenas a um carbono de distncia do esqueleto e a glicina (Pace et al., 1998).

MATERIAIS E MTODOS
Esta simulao foi realizada no software Putty, com acesso a um servidor atravs do programa Filezilla e com auxlio do Pymol para visualizao da mesma. As condies nas quais foi realizada esto apresentadas de seguida. Sistema base: - Pptido: Ala9 (visvel no programa Pymol) - Long Range Electrostatics: PME (visvel no Putty em eval<System_00<dynamics) - Temperatura: 310K (visvel no Putty em eval<System_00<dynamics) - Presso: 1,0 bar (visvel no Putty em eval<System_00<dynamics) - Force-field: amber03 (visvel no Putty em eval<System_00) Sistema em estudo: - Pptido: Trp9 (visvel no programa Pymol) - Long Range Electrostatics: PME (visvel no Putty em eval<System_00<dynamics) - Temperatura: 310K (visvel no Putty em eval<System_00<dynamics) - Presso: 1,0 bar (visvel no Putty em eval<System_00<dynamics) - Force-field: amber03 (visvel no Putty em eval<System_00) 1

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ANLISE ESTRUTURAL:
Dois parmetros possveis de anlise so o RMSD e o raio de girao, parmetros estes que ajudaro na anlise estrutural do pptido em estudo. RMSD (root-mean-square deviation) representa a distncia mdia entre os tomos de uma molcula em relao a uma estrutura de referncia. Esta medio feita atravs do carbono , sendo que, sempre que a sua posio igual em ambas as estruturas, este valor igualado a zero; medida que se vai afastando, o valor deste parmetro vai aumentando. No caso do raio de girao, este traduz o grau de compactao e tamanho da molcula, sendo que, quanto menor for o seu valor, mais compacta se encontra a estrutura em questo. A B

Fig. 1 Representaes grficas para o nonapptido Trp9 ao longo do correr da simulao (t = 10 ns) da variao (A) do RMSD e (B) do raio de girao (grficos obtidos no putty).

Observa-se no grfico A da Fig. 1 que o sistema se encontra relativamente estvel at cerca dos 3,5 ns e entre os 4 e os 8 ns. No restante tempo, verifica-se que o sistema sofre alteraes que o levam a uma instabilidade passageira. Para alm disto, de realar a diferena entre a curva que tem em conta apenas a conformao do esqueleto do pptido e a curva que inclui a influncia das cadeias laterais. No caso do triptofano, este um aminocido com uma grande cadeia lateral, que inclui um anel indol. Este anel bastante reactivo, o que pode dar origem s diferenas verificadas nos valores de RMSD. No caso do grfico referente ao raio de girao, observa-se que o pptido bastante instvel durante praticamente toda a simulao. de realar o pico observvel entre os 3,5 e os 4 ns em ambas as representaes. Neste caso, o pptido sofreu uma destabilizao na sua estrutura, que o tornou menos compacto e de maior volume, facto que se verifica no aumento do raio de girao e no aumento da distncia entre os carbonos . Para alm disso, o triptofano bastante susceptvel a alteraes na sua estrutura, uma vez que pode adquirir inmeras conformaes quando presente em gua, o que leva s oscilaes observadas no raio de girao. Outra anlise que pode ser feita a este pptido baseia-se na variao da sua estrutura ao longo do decorrer da simulao. A

Fig. 2 Variao da estrutura secundria ao longo do correr da simulao (t = 10 ns) dos nonapptidos (A) Trp 9 e (B) Ala9.

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Fig. 3 Representao grfica da variao do nmero de resduos em cada tipo de estrutura secundria ao longo do correr da simulao (t = 10 ns) para o nonapptido Trp9 (grfico corrigido no putty).

A formao de hlice numa protena depende da sequncia de resduos de aminocidos na fraco da cadeia polipeptdica em causa, uma vez que as interaces entre as cadeias laterais podem estabilizar ou destabilizar esta estrutura. A carga, a forma e a dimenso destas cadeias so alguns dos factores que podem afectar a estabilidade de uma hlice . Por observao da Fig. 2, verifica-se que o nonapptido Trp9 mais estvel que o sistema base Ala9, uma vez que se apresenta em hlice durante mais tempo. O triptofano (Trp ) apresenta um valor de propensidade helicoidal equidistante glicina e alanina, o que sugere que as suas capacidades de ligaes por hidrognio no afectam a formao da hlice (Pace et al., 1998). Para alm disso, este aminocido um derivado da alanina, tendo um substituinte indol no carbono , o que o torna mais estvel. De facto, observando a Fig. 3, verifica-se que o pptido Trp9 bastante estvel ao longo do tempo. Neste caso, apenas no intervalo de tempo dos 3,5 a 4 ns se verifica uma perda circunstancial do nmero de resduos em hlice , com consequente aumento de resduos em turn. O turn um motivo estrutural das protenas que consiste na inverso da direco da cadeia polipeptdica, onde os carbonos de dois resduos se aproximam. Este tipo de estrutura estabilizado por ligaes de hidrognio. No caso do coil, este corresponde a uma sequncia de aminocidos que no se encontra nem em hlice , nem em folha-. Este tipo de estrutura importante para entender o folding das protenas, bem como o seu turnover e o transporte atravs de membranas. Tambm a partir da observao da Fig. 3, verifica-se que este pptido no ocorre em folha em nenhum ponto da simulao. A B

Fig. 4 Registo de dois momentos da simulao do pptido Trp9 obtidos no Pymol: (A) numa conformao instvel aos 3,5 ns (35 frames) e (B) numa conformao estvel aos 7 ns (70 frames).

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DISCUSSO
O triptofano o cromforo intrnseco dominante na maior parte das protenas e um dos compostos mais bem estudados, atravs de medidas espectrais de absoro e emisso. As suas propriedades de fluorescncia so muito sensveis a alteraes estruturais, ligaes de substratos ou ligandos e ao ambiente da sua vizinhana, como o pH, as cargas inicas e a hidrofobicidade. O triptofano um aminocido hidrofbico, ou seja, no interage com a gua para formar ligaes de hidrognio, tal como acontece com a alanina. No entanto, este mostrou ser mais estvel, tal como se pode observar nos grficos da Fig. 2. Tal facto deve-se ao anel indol presente na sua cadeia lateral. Esta caracterstica aromtica d ao triptofano a possibilidade de estabelecer interaces atractivas no covalentes com os anis aromticos adjacentes, tornando a estrutura do sistema mais estvel na maior parte dos casos. Para alm disso, a presena de um tomo de azoto neste anel torna-o mais reactivo. Este aminocido pode adquirir vrias conformaes espaciais, sendo que, em gua, pode apresentar-se em seis conformaes de baixa energia diferentes. Para que ocorram as ditas interaces , necessrio que o sistema apresente determinadas configuraes. As duas conformaes mais propcias a este tipo de interaco apresentam os anis dispostos paralelamente ou em forma de T. Estas dizem-se as mais estveis por serem isoenergticas e representarem mnimos de energia. Quando se observa alteraes nos valores de RMSD, nomeadamente entre os 3,5 e os 4 ns, ocorre uma mudana estrutural no pptido, sendo que prevalece a estrutura em coil. Neste caso, pode dizer-se que as interaces eram mais fracas, possivelmente porque os triptofanos se encontravam em configuraes menos favorveis ocorrncia das mesmas, tornando assim o sistema mais instvel. Tal facto pode ser comprovado por observao a Fig. 4, onde, no grfico A, as cadeias laterais dos triptofanos aparentam encontrar-se em posies bastante distintas, no estando dispostas nas configuraes mais propcias a que este tipo de interaces ocorra to fortemente, o que reflecte uma maior instabilidade do sistema. Por comparao deste sistema, Trp9, com o sistema Ala8W, observa-se que este tambm se apresenta bastante estvel, inclusive apresenta um raio de girao menos oscilante durante o decorrer da simulao. Tal facto mostra que, a introduo de um triptofano no pptido estabiliza, de facto, o sistema, mas como no existem grupos aromticos na sua vizinhana, este no forma interaces com outros anis. Deste modo, as instabilidades provocadas por mudanas no favorveis a este tipo de ligao no ocorrem. Este segundo sistema tambm mais estvel que o sistema base, Ala9, provando que o triptofano , de facto, um aminocido cujo anel indol presente na cadeia lateral ajuda estabilizao da hlice .

BIBLIOGRAFIA
Sites: http://en.wikipedia.org/wiki/Stacking_(chemistry) http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/aa/tryptophan.html http://www.russelllab.org/aas/Trp.html Livros: Nelson, David L.; Cox, Michael M. Lehninger Principles of Biochemistry 5 edio, W. H. Freeman and Company, New York, 2008. Quintas, Alexandre; Freire, Ana Ponces; Halpern, Manuel J. Bioqumica, Organizao Molecular da Vida Lidel, 2008. 4

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 Artigos: Pace, C. et al., 1998. A Helix Propensity Scale Based on Experimental Studies of Peptides and Proteins. Biophysical Journal, Volume 75, 442-427. Daura, X. et al., 1999. Validation of molecular simulation by comparison wit experiment: Rotational reorientation of tryptophan in water. Journal of Chemical Physics, Volume 110, 3049-3055. Mark, P. et al., 2002. A Molecular Dynamics Study of Tryptophan in Water. Journal of Chemical Physics, Volume 106, 9440-9445.

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