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CARACTERIZACIN GENTICA DE POBLACIONES CEBUNAS A TRAVS DE MARCADORES MOLECULARES

GENETIC CHARACTERIZATION OF ZEBU POPULATIONS USING MOLECULAR MARKERS Lara, M.A.C.1, E.P.B. Contel2 y J.R.B. Sereno3
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Centro de Gentica e Reproduo. Instituto de Zootecnia- IZ. APTA, Secretaria de Agricultura e Abastecimento. Cx. Postal 60. 13460-000, Nova Odessa. SP, Brasil. E-mail: malara@iz.sp.gov.br 2 Faculdade de Medicina. Universidade de So Paulo. 14049-900, Ribeiro Preto. SP, Brasil. 3 Embrapa-Pantanal. Cx Postal 109. 79320-000 Corumb. MS, Brasil.

PALABRAS CLAVE ADICIONALES


Microsatlite. Polimorfismo proteico. Prueba de paternidad.

ADDITIONAL

KEYWORDS

Microsatellite. Protein polymorphism. Test of paternity.

RESUMEN
El presente estudio tuvo como objetivo conocer las frecuencias allicas para 1 2 l oci (protenas y ADN) y verificar sus eficiencias en las pruebas de paternidad para la raza Nelore. Fueron investigados 137 reproductores, siendo 78, pertenecientes al rebao seleccin y 59 del rebao control, ambos del Instituto de Zootecnia (IZ). La diversidad gentica fue evaluada a travs de anlisis electrofortico (hemoglobina, anhidrasa carbnica, peptidasa-B, amilasa-I, albmina), por la tcnica de isoelectro enfoque (transferrina) y amplificacin del ADN para seis microsatlites (UWCA46, BM1824, HEL1, BM2113, INRA006, BMS348). La prueba exacta de Fisher revel que los rebaos seleccin y control difirieron (p<10-4) en sus composiciones genotpicas. La variabilidad gentica fue mayor en el rebao seleccin. Los alelos A1 (Tf), 145 y 147 (UWCA46) y 117 (HEL1), probablemente sean marcadores de razas cebunas. Los loci HEL1 y UWCA46 se mostraron ms eficientes en la identificacin de los animales. La probabilidad de exclusin combinada fue estimada en 99,40 p.100, indicando que el conjunto de marcadores es eficiente pudiendo ser empleado en verificaciones de parentesco en la raza Nelore. Sin embargo, la sustitucin de loci de protenas, excepto Tf y del BMS348 por otro microsatlite podra resultar en una eficiencia mejor, disminuyendo el nmero de marcadores en la investigacin de paternidad.

SUMMARY
The present study had as objective to know the allelic frequencies to 12 loci (protein and DNA) and to verify the efficiency of theses markers in tests of paternity for Nelore breed. 137 reproducers, pertaining to experimental flock of the Instituto de Zootecnia (IZ) were used as sample. The population selection was formed by 78 reproducers with great genetic merit and the population control, 59 reproducers that do not display selection differential. The genetic diversity was evaluated through protein electrophoresis

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(hemoglobin, carbonic anhydrase, peptidase-B, amylase-I, and albumin), iso-electric focusing (transferrin) and amplification of the DNA for six microsatellite (UWCA46, BM1824, HEL1, BM2113, INRA006, BMS348). The Fisher's exact test revealed significant difference between the two populations. Genetic variability was greater in the selected population. The alleles A1 (TF), 145 and 147 (UWCA46) and 117 (HEL1), possibly was marking zebu. The most efficient loci were shown to be HEL1 and UWCA46. The combined probability of exclusion was estimated as 99.40 percent, considering all the 12 genetic markers. Nevertheless, the substitution of protein loci , except Tf and BMS348 by other microsatellite could be better efficiency, diminishing the number of markers in the investigation of paternity.

INTRODUCCIN

El mejoramiento gentico de bovinos ha propiciado la propagacin de genotipos superiores para caractersticas de inters econmico. La mayora de estas caractersticas es afectada por diversos loci, ampliamente distribuidos en el genoma, siendo considerado de gran inters la identificacin de marcadores moleculares ntimamente asociados a estos loci (QTL). Las tcnicas de gentica molecular, innovadoras hace algunos aos, son actualmente reconocidas como herramientas auxiliares de gran importancia para los programas de conservacin de recursos genticos, seleccin y mejoramiento gentico animal. Los microsatlites han sido considerados los marcadores moleculares ideales para estudios de caracterizacin de la estructura gentica poblacional, en los anlisis de parentesco y, principalmente, en la construccin de mapas gen-

ticos para identificacin de loci asociados a las caractersticas cuantitativas de inters econmico (Kappes et al., 1997; Vaiman et al., 1994). Las ventajas de su utilizacin cuando son comparadas con otros marcadores moleculares son incontables, destacando el alto contenido de informacin gentica que pueden contener, la facilidad de obtencin del material biolgico, y la posibilidad de automatizar la discriminacin de sus alelos, entre otros. Sin embargo, los polimorfismos de protenas continan siendo utilizados en estudios de caracterizacin y relacin gentica entre razas vacunas, por el hecho de que presenten alelos especficos para los grupos Bos taurus y Bos indicus (Lara et al., 2001). Se sabe que ocurren errores de paternidad en diversas especies debidos a errores de apunte, tipo de manejo realizado o errores intencionales. Segn Ron et al. (1996), estos errores han variado de 1,3 a 23,0 p.100, contribuyendo a la identificacin incorrecta de animales de alto valor gentico. Con el desarrollo de los mtodos de mejoramiento gentico y la utilizacin del modelo animal, la importancia de las relaciones de parentesco ha sido evidenciada, una vez que stas son utilizadas para la estimacin del valor gentico de los animales (Gedelman et al., 1986). El presente estudio se realiz con el objetivo de conocer las frecuencias allicas para 12 marcadores moleculares y las diferencias genticas entre dos poblaciones bovinas cebunas de la raza Nelore, adems de verificar la eficiencia del conjunto de marcadores en las pruebas de paternidad.

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MATERIAL Y MTODOS

Las poblaciones investigadas en el presente estudio fueron oriundas del rebao experimental, perteneciente al Instituto de Zootecnia, en el cual se utiliza control de poblacin para evaluacin de cambios genticos en caractersticas de crecimiento (Razook et al., 1988). El rebao seleccin fue formado a partir de toros seleccionados en pruebas de ganancia de peso, y el rebao control, por los toros, cuyos pesos a los 378 das estaban alrededor de la media estimada por el total de animales de la prueba, por lo tanto con diferencial de seleccin cero en la referida caracterstica. Estas poblaciones fueron representadas por 137 reproductores: 78 oriundos del rebao seleccin y 59 del rebao control. Doce marcadores moleculares fueron investigados: seis de protenas y seis de ADN. Los loci proteicos analizados a travs de electroforesis fueron: hemoglobina, anhidrasa carbnica, peptidasa-B, amilasa-I y albmina, segn metodologas descritas en Lara et al. (1997). La transferrina fue analizada por la tcnica de isoelectro enfoque, cuyo gradiente de pH, vari de 3,5 a 6,5, en gel de poliacrilamida (Carvalho, 2000). Para esta tcnica, las muestras sricas fueron diluidas en solucin de citrato de sodio 60 mM, conteniendo un 0,15 p.100 de sulfato de amonio frrico y parcialmente purificadas con Rivanol (6,9-diamina-2ethoacridine lactato), en la concentracin de 0,6 p.100. Las secuencias microsatlites analizadas fueron (entre parntesis se indica las concentraciones utilizadas en PCR): UWCA46 (0,2M), BM1824

(0,15M), HEL1 (0,2M), BM2113 (0,175M), INRA006 (0,4M) y BMS348 (0,15M), descritas en Sun et al. (1995), Bishop et al. (1994), Kaukinen y Varvio (1993), Sunden et al. (1993), Vaiman et al. (1994) y Kappes et al. (1997). Se amplificaron cuatro secuencias microsatlites en reacciones mltiplas: BM1824 y BM2113 (Mltiplex 1) y UWCA46 y BMS348 (Mltiplex 2). Cada PCR fue constituida de cerca de 50ng de ADN molde, 20 mM Tris-HCl, pH 8,4, 50 mM KCl, 1,5 mM MgCl2 , 0,2mM de cada dNTP, 0,5 U de Taq polimerasa Platinum (Invitrogen) y de cada par de cebadores en anlisis, en las concentraciones descritas anteriormente, en un volumen de 25 L. Las secuencias para HEL1 y INRA006 fueron amplificadas separadamente. Las condiciones trmicas de amplificacin empleadas para el Mltiplex-1 fueron las siguientes: desnaturalizacin inicial de 95C por 5 min, 10 ciclos de amplificacin (desnaturalizacin de 94C por 15 s e hibridacin de 68C por 30 s, siendo esta temperatura disminuida en 1C en cada ciclo), 30 ciclos de amplificacin (desnaturalizacin de 94C por 30 s, hibridacin 58C por 30 s) y una extensin final de 72C por 10 min. Para el Mltiplex-2 y HEL1, las condiciones fueron modificadas, siendo la temperatura de hibridacin elevada a 70 C, en el primer ciclo, y a 60C en los ltimos 30 ciclos, pero para INRA006 fueron empleados 35 ciclos de amplificacin (desnaturalizacin de 94C por 30 s, hibridacin de 64C por 30 s y extensin de 72C por 30 s) y una extensin final de 72C por 10 min. La separacin electrofortica se realiz sobre gel de poliacrilamida de secuen-

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ciacin, diferenciados en nitrato de plata. Las bandas resultantes fueron comparadas unas con otras, siendo el tamao de los fragmentos determinado por comparacin con muestras patrn, juntamente con marcadores de 10 pb. Las frecuencias allicas y genotpicas fueron estimadas mediante el programa GENEPOP versin 1,2 (Raymound y Rousset, 1995). Las diferencias entre los rebaos fueron evaluadas por la prueba exacta de Fisher, contenida en el GENEPOP. La heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He), contenido de informacin polimrfica (PIC), probabilidades de exclusin para cada marcador (PE) y probabilidades de exclusin combinada (PEC) fueron estimados a travs del programa Cervus 2.0 (Marshall et al ., 1998).

RESULTADOS Y DISCUSIN

Los loci Hb, CA, Pep-B, Am-I y Alb revelaron pequea variabilidad entre los rebaos seleccin y control en comparacin al locus Tf y microsatlites. Sin embargo, esos loci han sido muy informativos en estudios de relacin entre razas europeas y cebunas, por el hecho de que presenten alelos en frecuencias especficas a los grupos Bos taurus y Bos indicus, y algunos, como Ca Z, Pep-B1 , AlbB , AlbC, son considerados marcadores de razas cebunas (Lara et al., 2001). Del total de alelos, el 94,91 p.100 fue observado en el rebao seleccin y el 81,35 p.100, en el rebao control. Todos los loci investigados en el rebao seleccin fueron polimrficos y, en el rebao control, la proporcin fue del 91,67 p.100. Los valores de hetero-

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Figura 1. Anlisis de isoelectro enfoque de transferrina en gel de poliacrilamida, gradiente de pH 3,5 (nodo) y pH 6,5 (ctodo). Patrn electrofortico de trece genotipos obtenidos en muestras de plasma tratadas con sulfato amnico frrico. Pozo 1 y 22: genotipo D1/D2; pozo 2 y 23: genotipo A/A; pozo 3: genotipo A/D2; pozo 4: genotipo A1/A1; pozo 5: genotipo D2/E; pozo 6, 7, 11 y 13: genotipo D1/D1; pozo 8 y 21: genotipo A1/D1; pozo 9 y 18: genotipo A1/E; pozo 10: genotipo A/D1; pozo 12: genotipo A/E; pozo 14: genotipo E/E; pozo 15, 16 y 19: genotipo D1/E; pozo 17 y 20: genotipo D2/D2. (Analysis of isoelectric focusing of transferrin
in poliacrilamyde gel, gradient pH 3.5 (anode) and pH 6.5 (cathode). Electrophoretic patterns of thirteen genotypes obtained in plasma samples dealt with sulphate ferric ammonium. Lane 1 and 22: genotype D1/D2; lane 2 and 23: genotype A/A; lane 3: genotype A/D2; lane 4: genotype A1/A1; lane 5: genotype D2/E; lane 6, 7, 11 and 13: genotype D1/D1; lane 8 and 21: genotype A1/D1; lane 9 and 18: genotype A1/E; lane 10: genotype A/D1; lane 12: genotype A/E; lane 14: genotype E/E; lane 15, 16 and 19: genotype D1/E; lane 17 and 20: genotype D2/D2).

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cigosidad estimados para el rebao seleccin para los loci Hb, Ca, Pep-B, Am-I, Alb, Tf, UWCA46, BM1824, HEL1, BM2113, INRA006 y BMS348 fueron los siguientes: 0,373; 0,467; 0,013; 0,162; 0,473; 0,541; 0,710; 0,880; 0,824; 0,827; 0,667 y 0,385 y, para el rebao control, 0,310; 0,397; 0; 0,052; 0,517; 0,774; 0,732; 0,679; 0,867; 0,482; 0,500 y 0,146, respectivamente. La heterocigosidad media esperada para el rebao seleccin fue mayor que el control, cuyos valores fueron 0,539 y 0,456, respectivamente. La tcnica empleada para el estudio de la transferrina permiti una diferenciacin clara entre los alelos Tf D1 y Tf D2 , cuyos productos gnicos presentaron diferencias muy pequeas en sus
Tabla I. Frecuencias allicas observadas en seis loci de protenas para las poblaciones de la raza Nelore. (Allele frequencies
observed in six protein loci for two populations Nelore). Poblaciones HbA HbB CA S CA Z Pep-B1 Pep-B2 Am-IB Am-IC AlbA AlbB AlbC Tf A1 Tf A Tf D Tf D2 Tf E Seleccin 0,7467 0,2533 0,6600 0,3400 0,9933 0,0067 0,9189 0,0811 0,1689 0,6892 0,1419 0,3986 0,0541 0,1554 0,0203 0,3716 Control 0,8103 0,1897 0,6983 0,3017 1 0 0,9741 0,0259 0,2672 0,6034 0,1293 0,2642 0,0849 0,1981 0 0,4528

movilidades en electroforesis convencionales. La metodologa adoptada revel un nuevo alelo, que se ha denominado Tf A1 . Los anlisis de segregacin en muestras familiares confirmaron la existencia de cinco alelos en codominancia para bovinos pertenecientes al grupo Bos indicus, denominados Tf A1 , Tf A , Tf D1 , Tf D2 y Tf E . La expresin fenotpica de los alelos en homocigosis fue caracterizada por la presencia de un par de bandas dobles, de la misma intensidad, conforme se observa en la figura 1. Los individuos heterocigotos presentaron hasta cuatro bandas dobles, siendo stas correspondientes al patrn de migracin de sus respectivos alelos. El alelo Tf A1 fue encontrado en la regin ms andica del gel, el alelo Tf E en una regin ms catdica y los alelos Tf A , Tf D1 y Tf D2 , en la regin intermedia entre los mismos. El alelo Tf A1 fue el ms frecuente en el rebao seleccin, y el alelo Tf E , en el rebao control (tabla I). Los alelos Tf A y Tf D2 han sido los ms frecuentes en razas europeas y, Tf D1 y Tf E , en las cebunas (Fernndez et al., 1998 y Carvalho, 2000). En la tabla II se incluyen las frecuencias allicas obtenidas para los seis microsatlites. Los marcadores UWCA46 y BM1824 fueron investigados por que estn ubicados en el cromosoma 1, prximos al locus Tf, considerado como un gen candidato al estudio de QTL para caractersticas de inters econmico. Para el marcador UWCA46, fueron detectados once alelos, con 119, 127, 129, 131, 135, 137, 139, 141, 143, 145 y 147 pb. Los alelos, 145 y 147, no fueron observados en las razas de origen Bos taurus (Sun et al., 1995), probablemente podran ser nue-

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vos marcadores de razas cebunas. El alelo 129 qued restringido al rebao seleccin y, el alelo 135, al rebao control, siendo la forma 141 la ms frecuente en ambas poblaciones. Para el marcador BM1824, siete alelos se hallaron en el rebao seleccin, y slo cinco en el rebao control. El alelo 184 fue ms comn en el rebao seleccin y, el 180, en el rebao control. De igual manera, fluctuaciones en

las frecuencias allicas para los dems microsatlites fueron observadas entre los rebaos. Para el marcador HEL1, ocho alelos con 101, 103, 105, 107, 111, 113, 115 y 117 pb fueron observados en el rebao Nelore. El alelo 117pb, reportado por MacHungh et al. (1997), parece ser exclusivo de razas taurinas africanas y cebunas (Carvalho, 2000). En el presente estudio, este alelo fue observado en las

Tabla II. Frecuencias allicas para seis microsatlites estimadas para dos poblaciones (seleccin y control) y rebao Nelore (N=137). Se subrayan los alelos diferentes y el alelo ms frecuente, aparece en negrilla. (Allele frequencies observed in six DNA microsatellite loci for
two populations (seleccin and control) y Nelore. The breed (N=137) exclusive alleles are underlined and the most frequent allele, appears in bold). UWCA46 Seleccin Control Alelos 119 127 129 131 135 137 139 141 143 145 147 0,2258 0,0242 0,0968 0,0323 0,1613 0,0161 0,3387 0,0726 0,0161 0,0161 0,0610 0,0366 0,0366 0,0122 0,3415 0,0488 0,4268 0,0122 0,0122 0,0122 BM1824 Seleccin Control Alelos 178 0,0100 180 0,1800 0,5094 182 0,2800 0,2830 184 0,3300 0,1887 192 0,0100 0,0094 194 0,1700 0,0094 196 0,0200 HEL1 Seleccin Control Alelos 101 0,1103 0,2778 103 0,0111 105 0,0588 0,1111 107 0,2721 0,3556 111 0,2353 0,0889 113 0,0074 115 0,0221 117 0,2941 0,1556

Total 0,1602 0,0291 0,0583 0,0340 0,0049 0,2330 0,0290 0,3738 0,0485 0,0146 0,0146

Total 0,049 0,3495 0,2815 0,2573 0,0097 0,0874 0,0097

Total 0,1770 0,0044 0,0796 0,3053 0,1770 0,0044 0,0133 0,2390

BM2113 Seleccin Control Alelos 133 135 137 139 141 143 145 147 0,3558 0,0096 0,0962 0,0577 0,1154 0,0192 0,1923 0,1538 0,7143 0,0179 0,0089 0,0089 0,1429 0,1071

Total 0,5417 0,0045 0,0556 0,0324 0,0556 0,0139 0,1667 0,1296

INRA006 Seleccin Control Alelos 102 0,1111 110 0,0926 0,2059 112 0,3333 0,6471 114 0,2963 0,0441 116 0,0278 124 0,1389 0,1029

BMS348 Seleccin Control Total Alelos 0,0682 172 0,2788 0,0366 0,1720 0,1364 174 0,7115 0,7805 0,7420 0,4545 176 0,0096 0,1829 0,0860 0,1989 0,0170 0,1250 Total

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poblaciones seleccin y control en frecuencias altas, corroborando la hiptesis de que sea otro marcador de razas cebunas. Esto, si es confirmado, contribuir a los futuros estudios de caracterizacin y de relacin gentica entre razas vacunas, esclareciendo la composicin gentica de las razas naturalizadas brasileas. Para el marcador BM2113, de los ocho alelos observados en el rebao seleccin, slo seis fueron observados en el rebao control, con 133, 137, 139, 143, 145 y 147 pb, cuyas frecuencias estn presentadas en la tabla II. Considerando que BM2113, BM1824 y

HEL1 son los microsatlites recomendados por la Food and Agriculture Organization (FAO) y Sociedad Internacional de Gentica Animal (ISAG), los resultados obtenidos permitirn estudios comparativos entre las diversas razas vacunas. El marcador INRA006, a pesar de no pertenecer a este grupo, revel diferencias significativas (p=10-4) entre los rebaos. El marcador BMS348 fue estudiado por estar localizado en el cromosoma 14 (Kappes et al., 1997), prximo al locus codificador de la anhidrasa carbnica, considerado muy informativo en nuestros estudios de caracterizacin de

Tabla III. Valores de heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He), contenido de informacin polimrfica (PIC), probabilidades de exclusin (PE) para cada marcador y probabilidades de exclusin combinada para todos los marcadores (PEC). (Values of
heterozygosity, contained of polymorphic information, probabilities of exclusion for each marker and probabilities of combined exclusion). Marcador Hb Pep-B Ca Alb Am-I Tf UWCA46 BM1824* HEL01* BM2113* INRA06 BMS348 Mdia H(o) 0,346 0,008 0,436 0,492 0,114 0,638 0,718 0,777 0,841 0,648 0,602 0,280 0,492 H(E) 0,351 ,008 0,439 0,514 0,108 0,686 0,775 0,728 0,784 0,658 0,719 0,415 0,515 PIC 0,288 0,007 0,342 0,456 0,101 0,625 0,742 0,674 0,746 0,622 0,678 0,371 0,471 PE(1) 0,061 0 0,096 0,131 0,006 0,259 0,398 0,304 0,391 0,260 0,313 0,085 0,9355 PE(2) 0,144 0,004 0,171 0,270 0,051 0,422 0,577 0,475 0,570 0,443 0,495 0,212 0,9940**

*Microsatlites recomendados por la FAO e ISAG para la investigacin de paternidad. **Estimaciones de probabilidades de exclusin combinada para todos los marcadores (PEC). PE (1): cuando slo un progenitor es considerado. PE (2): cuando ambos progenitores son considerados.

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razas vacunas. La prueba exacta de Fisher revel diferencias significativas (p=10-4) entre los rebaos control y seleccin en sus composiciones gnicas y genotpicas. Los niveles de diferenciacin, fueron significativos (p<0,05). Considerando que la composicin gentica del rebao seleccin viene siendo sustituida anualmente por genotipos superiores para caractersticas de crecimiento, las diferencias observadas entre los rebaos podran ser decurrentes de la seleccin que est siendo llevada a cabo. Si se confirma, esos loci podrn presentar efectos importantes en las caractersticas de crecimiento, por estar muy prximos a los loci en seleccin, aunque no se descarta la posibilidad del efecto de la deriva gentica. Como se puede observar en la tabla III, los valores de PIC estimados para los microsatlites fueron superiores a 0,5 excepto para BMS348. Estos resultados estn de acuerdo con los valores ideales sugeridos por Momments et al. (1998), siendo HEL1 y UWCA46, los loci ms informativos
BIBLIOGRAFA
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para la identificacin de los animales estudiados en el presente estudio. La probabilidad de exclusin combinada fue estimada en 99,40 p.100, indicando que el conjunto de marcadores fue eficiente pudiendo ser empleado en verificaciones de parentesco en la raza Nelore. Sin embargo, la sustitucin de loci de protenas, excepto Tf y del BMS348 por otro microsatlite podra resultar en una eficiencia mejor, disminuyendo el nmero de marcadores en la investigacin de paternidad.
AGRADECIMIENTOS

Al equipo del Centro de Pesquisa e Desenvolvimiento en Bovinos de Corte, del Instituto de Zootecnia, por las muestras de sangre investigadas en el presente estudio, y a los tcnicos Jos Aides Ribeiro y Rodolfo De Nadai, que han auxiliado en su ejecucin. Este estudio se ha desarrollado con fondos financieros del PRODETAB (Programa de Desenvolvimiento de Tecnologas Agropecuarias para o Brasil).

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CARACTERIZACIN GENTICA DE CEBUNOS CON MARCADORES MOLECULARES

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