As doenas auto-imunes so um tipo de desordem imunolgica caracterizada pela diminuio da tolerncia aos componentes do prprio organismo, de modo que

ocorre uma falha no mecanismo de distino entre antgenos constituintes do organismo e aqueles externos, como vrus e bactrias. Atingindo cerca de 3-5% da populao mundial, as doenas auto-imunes tm sua origem na complexa interao entre fatores ambientais e fatores intrnsecos ao organismo, tais como predisposio gentica, alteraes hormonais e mesmo uma reduo no controle imuno-regulatrio. O estudo da expresso gnica de doenas auto-imunes pode fornecer evidncias dos elementos envolvidos tanto no surgimento quanto na progresso e definio do grau de severidade dessas doenas. Alm disso, possvel aplicar o conhecimento adquirido na conduo mais efetiva do tratamento e na identificao de alvos especficos para o desenvolvimento de potenciais terapias. A tecnologia de cDNA microarrays representa uma poderosa ferramenta para tal propsito, j que possibilita o estudo do perfil de expresso de milhares de genes ao mesmo tempo. A utilizao de arranjos de cDNA em alta densidade permite a investigao do padro de expresso gnica a partir da comparao dos nveis relativos de expresso. A proposta deste trabalho utilizar a tecnologia de cDNA microarrays para comparar o perfil de expresso gnica de linfcitos provenientes de indivduos agrupados segundo trs doenas auto-imunes distintas, tomando como controle indivduos normais. Foram utilizados 12 pacientes com lpus eritematoso sistmico (LES), 6 pacientes com artrite reumatide (AR), 6 pacientes com diabetes mellitus do tipo 1 (DM1) e 11 controles. Essa tarefa foi realizada atravs de duas abordagens complementares: a primeira consistiu em determinar quais genes so diferencialmente expressos em cada uma das trs doenas, ou seja, observar os genes que se apresentam de maneira exclusiva em cada doena auto-imune; a segunda consistiu em analisar os genes comumente expressos nessas trs desordens, elaborando, dessa forma, um padro de expresso gnica da autoimunidade. Preparaes de RNA total provenientes de linfcitos do sangue perifrico dos pacientes com LES, AR e DM1 e dos indivduos normais foram marcadas com CyDye. O delineamento experimental consistiu em marcar as amostras de pacientes e controles com um mesmo fluorocromo Cy5 (vermelho) e combin-los num mesmo microarray com amostras de RNA (cDNA) de referncia marcados com Cy3 (fluorocromo verde). Os microarrays em lminas de vidro foram preparados com uma seleo de 4.500 seqncias de cDNA em duplicata. Todas as hibridaes com microarrays foram realizadas num sistema automatizado, e as imagens das hibridaes foram geradas num scanner confocal a laser. Atravs de ferramentas computacionais, as imagens das hibridaes foram submetidas aos procedimentos de quantificao, normalizao, anlise estatstica e agrupamento hierrquico. A quantificao das imagens correspondeu atribuio de valores numricos quantitativos a partir da intensidade do sinal de cada ponto, levando em considerao o sinal do background e a filtragem de valores negativos ou nulos. A normalizao de todos os dados aconteceu por meio de normalizaes intra e entre slides, utilizando mtodos como o Printtip Lowes e o re-escalonamento dos valores M pelo valor da Median Absolute Deviation. A anlise estatstica foi realizada atravs de vrios algoritmos estatstico-matemticos com o objetivo de selecionar genes significantemente expressos. Por fim, o agrupamento hierrquico foi obtido de maneira no-supervisionada a partir do

mtodo dos vizinhos mais prximos, no qual a correlao de Pearson foi utilizada como medida de similaridade. O agrupamento hierrquico mostra claramente a separao dos indivduos de acordo com a doena auto-imune, o que indica uma similaridade no perfil de expresso gnica dos pacientes com a mesma doena auto-imune, ao mesmo tempo em que demonstra uma diferena no padro de expresso desses genes em cada uma das doenas. Os pacientes com LES apresentaram 331 genes diferencialmente expressos quando comparados aos respectivos controles (p < 0.05). Os pacientes com AR, por sua vez, apresentaram 303 genes diferencialmente expressos com relao aos seus controles. A comparao entre os pacientes com DM1 e os respectivos controles no demonstrou genes significantemente expressos. Dos genes diferencialmente expressos obtidos para cada uma das doenas auto-imunes, pde-se observar que 68 genes so comuns entre LES e AR, o que tornou possvel elucidar um padro de expresso da auto-imunidade. Alm disso, foi possvel determinar os genes exclusivos de cada doena auto-imune: so 263 genes exclusivos para LES e 235 genes exclusivos para AR, os quais esto associados a processos celulares importantes para a reao auto-imune, tais como inflamao, metabolismo e comunicao celulares.