Protocolo para el anlisis de la hoja de imagen -Superficie (aunque existen tambin otras medidas se podra hacer) Captura de imagen

de las hojas - una alternativaes escanear las hojas de los archivos digitales y el uso de estas imgenes para anlisis. 1. Tomar imgenes digitales de las hojas dispuestas sobre un fondo muy blanco (comocartn pluma) en muy brillante las condiciones de iluminacin. Utilice pelcula de plstico (pesado, comprar en la fuente del arte) para cubrir las hojas, o hacer una de madera marco de plstico anti-reflejo claro de los mejores. Las hojas se encuentran ms planoaunque ligeramente marchitas y se volvi abajo hacia arriba. Si la luz del sol, trate de minimizar el resplandor y las sombras de la fotografa en la luz solar indirecta, Sin embargo, esto no es tan esencial comocondiciones muy brillantes. Si est bajo techo,focos halgenos (o equivalente) ser necesario. 2. Las imgenes pueden ser JPEG, TIFF u otro formato. 3. Coloque las hojas en torno a una referencia de tamao conocido (yo us el pequeo post-it, el azul parece ser mejor con las hojas). Esto le servir comoreferencia para el clculo de rea con el rea de la referencia como la escala, dividido por su rea real. El ms pequeo Post-It es 37x51 mm, 1887 mm2 . la referencia debe estar en el medio y la superposicin de las hojas y / o referencia. 4. Si se utiliza ms de 4 hojas de cerezo (hojas grandes), que tendr que tener tambin las mismas referencias en todos los 4 esquinas para comprobar si hay distorsin. Siusted desea tener un mayor nmero de hojas,que tendr que ser ms lejos de las hojas para fotografiar (mayor longitudfocal), pero an as acercar lo ms posible a excluir la superficie extraos, etc Ejemplo de imgenes digitales tomadas con luzhalgena de 4 hojas de cerezo en torno a unpost-

rencia (no hay cobertura para la nota no est plano), agujeros en las hojas se incluirn en la estimacin de rea (se instrucciones que siguen). e 5. Desarrollar un pedido de fotografas para quelas etiquetas no tienen que ser utilizados en las fotografas. He utilizado el siguiente secuencia:

a. huerto Usn, y el tipo de hoja con el fin de, por lo que Siempre se puede identificar qu imagen va conlo que en el grupo total. rchard y puede moverse a travs de los anlisis asily, ya sea como imgenes individuales ocomo una 'pila' de anlisis. libre modo de prueba antes de compra. Digimizer es fcil de usar, pero sin mucho poder en comparacin con la imagen J. b. Rep c. tratamiento d. Tipo de muestra (hoja de rodaje, la secuenciasiguiente fue estimular la hoja) e. De 10 hojas me tiro 3 fotos-2 con 4 hojas cada uno, 1 con 2 hojas g esta secuencia, me mud a travs de las repeticiones, los tratamientos a los representantes de Adems, esto significa que el tiempo quemantener todo en este orden, usted no tiene que poner a la persona archivos de fotos en carpetas de archivos (en el ordenador), excepto por o e He comparado la imagen J software (gratisdesde el sitio web del NIH) y Digimizer, que se puede obtener en un

Imagen Digital Software de Anlisis - DescargarImageJ 1.4.1 bis (vigente a partir del 4 de mayode 2008) viene con Java 1.6.0_05 para Windows de http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html La documentacin es muy til en la misma distancia focal distancia, por lo tanto no es necesario el ajustepara el tamao del valor de referencia en cada uno. sis): ImageJ - usted puede analizar una imagen a la vez o como una 'pila' si todos estn Tak Anlisis de imagen con Image J (no por la pila de anlisis Desplegable ttulos de men aparecen subrayadas y en negrita sis): anlisis de una nica imagen con Image J(no por la pila de anlisis Desplegable ttulos de men aparecen subrayadas y en negrita 1. Archivo Abrir ... abrir el primer archivo de imagen en el grupo consecutivo en el que son detodo el huerto o conjunto que est realizando el seguimientocomo un "determinado grupo. Las instruccionesque siguen aqu son para el primer archivo, edad y arrastrando la herramienta rectangular en el extremo izquierdo de la barra de herramientas inferior, entonces entonces el resto de los archivos de hacerlo por el siguiente conjunto de instrucciones. 2. Si la imagen incluye las reas problemticas,como los bordes de las fotografas, sombras,materiales marginales no deseados, Ahora puede recortar la im vamos a Imagen Recortar 3. Tipo de imagen 8 bits (esto es en escala de grises y se puede utilizar con el anlisis de la pila tambin si se guarda como un nuevo imagen) a. Imagen Ajustar Umbral ('Red' para obtener imgenes de hoja roja, lo que maximizala imagen verde captura desde el rojo es el opuesto del verde enla escala de colores, 'Blanco y Negro "tambin se puede utilizar pero es un paso ms pulsaciones de teclas) b. Arrastre la barra de desplazamiento inferior de la espalda y hacia atrs para obtener una mnima cantidad de rojo en el fondo y -Es la imagen gris mnimo en las hojas y despus del de referencia c. 'Aplicar' y que ahora tendr una imagen de B & W

Opcional - Proceso Limpiar el ruido.Manchas no tienen que ser eliminados de los antecedentes, ni hacer agujeros en las imgenes, ya que puedenser ajustados para el anlisis de imgenes 4. Analizar desde el men, vaya a establecer medidas y comprobar Area, estndar.Desviacin, la etiqueta de la pantalla y cambiar el decimal a '1 '. Tambin puede optar por volver a dirigir a un determinado archivo, si lo desea.

5. Ir al analizar partculas y establecer el rangoadecuado para obtener 'zona' el mnimocalculado para el hojas ms pequeas y / o la referencia. Este es un paso que tendr que hacer la primera vez quetrabajo con un determinado tipo de hoja (u otro objeto), y / o referencia de tamao, por lo que se puedeexcluir a pequeos trozos de material que se acumulan en el campo de visin. He encontrado que la fijacin de este a

10.000hasta el infinito las obras de hojas de cerezo y notas post-it. 6. Compruebe Mostrar y disponen de orificios. 7. Todas las mediciones se van a presentar una"Resultados" en su propia ventana, que puede copiar y pegar en una hoja de clculo Excel externo, o esperar hasta el final de los anlisis de su imagen y lo al mismo tiempo. a. Se le pedir si desea "Guardar resultados.Puede, en cuyo caso tendr que el nombre del archivo y elija una ubicacin, o se puede decir 'no' y ver los resultados. b. Usted recibir los resultados que se ven comouna hoja de clculo (pero en realidad es un archivo *. txt o un archivo de "texto", a pesar de la eleccin *. xls como una extensin de archivo). Puede guardar este, o resalte, copia y pegar en una hoja de clculo. Usted probablemente recibir un mensaje que no es un archivo de Excel formato si se intenta abrir un archivo guardado con Excel, pero slo se abre como un "archivo de texto delimitado" y se le multa.

8. No cierre este primer archivo de imagen.Desde all seguir las instrucciones para el resto de los sucesivos archivos de imagen. 9. Archivo Abrir siguiente Tambin puede utilizar la combinacin de teclas CTRL + SHIFT +O ('O' de la carta) para abrir la el archivo siguiente. La imagen siguiente se abrir, despus de haber sido preguntar si

desea guardar la imagen con sus cambios. NO CAMBIE EL ARCHIVO DELOS PADRES!.

Usted no tendr que hacer todos los pasos anteriores ya que algunos de estos se guardan ahora. nicamente a lo siguiente para cada imagen posterior, sin cerrar la anterior, como se muestra en el # 10 en. 10. Tipo de imagen 8 bits a. Imagen Ajustar Umbral. Aqu usted puede utilizar la 'Roja' por defecto o elegir 'y Negro Blanco "en el men desplegable. b. Arrastre la barra de desplazamiento inferior de la espalda y hacia atrs para obtener una mnima cantidad de rojo (o negro para el segundo opcin anterior) en un segundo plano y gris mnimo (o blanco) en las hojas y de referencia Post-It imagen c. 'Aplicar' y que ahora tendr una imagen de B & W 11. Analizar Analizar las partculas y que ahora recibir los nuevos resultados, que se pondr de relieve, copia y pegarlo en su "Resultados" hoja de clculo desde el primer archivo de imagen. No se preocupe que los nmeros de la primera columna se repiten una y otra vez, ya que esto se solucionar cuando todos los resultados estn dados Guardar la hoja de clculo los resultados cada vez si quiere "jugar a lo seguro! 12. Ir al siguiente archivo de imagen, sin cerrar los dems que cuando uno le pregunta si desea guardar el cambios. Todos los parmetros se guardarn y se puede ir a travs de todos los archivos de esta manera consecutiva. Pasos para evaluar varias imgenes a la vez (el mtodo de pila): Usted puede hacer esto si ha tomado todas sus fotos a la misma distancia focal sin cambiar el tamao de su referencia. 1. De men desplegable Archivo, seleccione a. Importar secuencia de imgenes: La primera opcin, ms rpido, pero si hay mucha diferencia entre las fotos con el brillo, etc, esto puede no ser tan buena como otras opciones. Trabaj para fotos en interiores adoptadas en el marco focos, pero no es bueno para el aire libre con reflejos en la hoja de plstico, reflexiones, etc b. Abrir para seleccionar archivos individuales para una mayor precisin de la manipulacin.Usando esta opcin, puede seleccionar manualmente una o ms imgenes, manteniendo pulsada la tecla "Mays" clave y poner de relieve que los desee incluir. A continuacin, puede elegir un grupo (como tres imgenes que conforman un conjunto de Rep-tratamientoTipo de muestra = 10 hojas de un rbol). Esto es mejor para la variacin del

umbral de seguimiento (ver ms adelante), y la agrupacin para realizar un seguimiento de qu es qu. c. Si se utiliza la opcin Abrir, puede utilizar Open el prximo para las imgenes posteriores por lo que no tiene que realizar un seguimiento de lo que ya ha procesado, pero tendr que mantener el archivo de la imagen anterior abierto. El programa lo cerrar para que una vez que has elegido para guardar los cambios o no. Si elige la primera opcin: 2. Haga clic en el archivo que desee abrir, y luego en archivo de imagen por primera vez en la carpeta y Abrir. Espere hasta que todas las imgenes de carga (ver barra de progreso en la esquina inferior derecha de la caja y cmputo de las imgenes que se importa en la parte baja izquierda esquina). 3. Una ventana pop-up llamada opciones de la secuencia aparecer, mostrando el nmero de archivos en el seleccionado carpeta, comenzando con la imagen 1 y los incrementos de 1, escala de 100%. las casillas para convertir a escala de grises Nombres y ordenar numricamente. Compruebe Ok 4. Guardar como archivo TIFF en la carpeta con las imgenes (esperar hasta que todos se guardan en este archivo de gran tamao individual). Uso el 'Tiff' formato que puede abrir este archivo en el futuro si se desea ejecutar otros anlisis. Sin embargo, si no desea utilizar las imgenes en escala de grises en el futuro, tendr que utilizar los archivos de imgenes nativas. 5. De cada de la imagen el men desplegable, seleccione Ajustar Umbral a. En el men desplegable en la parte inferior, seleccione Blanco y Negro
b. Usted debe mover los controles arriba y abajo algunos derecha e izquierda, para ver cmo se limpia el imagen o introduce ms ruido. Que ser diferente para cada imagen, as que para mayor precisin, usted puede tener que abrir cada imagen por separado. c. Haga clic en Aplicar d. Si ha importado una secuencia de imgenes, una ventana pop-up le preguntar si desea convertir todas las imgenes en la pila a binario? haga clic en Aceptar. 6. En el men de procesos, puede optar por: a. eliminar el ruido por el quitamanchas. Tambin puede eliminar valores extremos aqu, jugando con la Pxeles y ajustes de umbral. Asegrese de utilizar Dark y vista previa. He descubierto que si se establece la parmetros superiores a 10,0 de 'pxeles' y 100 de 'Threshold' que elimina los tallos de las hojas. b. Quite los agujeros usando submen binario y eliminar los agujeros. Sin embargo,

puede saltarse esto y hacerlo con el proceso de analizar las partculas (vase ms adelante). Tambin puede optar por hacer la imagen Exponer aqu, pero he encontrado que tienden a obtener mayores std. desviacin con contornos en lugar de una imagen de color negro slido para el anlisis de partculas (vase el paso 8). 7. Analizar desde el men, vaya a establecer medidas y comprobar Area, estndar.Desviacin, la etiqueta de la pantalla y cambiar el decimal a '1 '. Tambin puede optar por volver a dirigir a un determinado archivo, si lo desea. 8. Ir al analizar partculas y a. establecer el rango adecuado para obtener "rea" de la mnima calculada por las hojas ms pequeas y / o la referencia. Este es un paso que tendr que hacer la primera vez que trabajo con un determinado tipo de hoja (u otro objeto), y / o referencia de tamao, de modo que usted puede excluir pequeos trozos de material que recoger en el campo de visin. He encontrado que la fijacin de este a 10.000 hasta el infinito las obras de hojas de cerezo y notas post-it. b. Compruebe Mostrar, disponen de orificios.Que no es necesario hacer esto para las imgenes posteriores. Puede que tenga que excluir a las sombras, bordes de las cartn pluma o separadas superpuestas / contacto objetos. Utilice el 'herramientas de dibujo para hacer esto, pero lo que usted seleccione (ya sea con la "mano alzada" o "Rectangular" de herramientas, etc, que ser la imagen que se analiza. A continuacin, tendr que volver a hacer los otros, o hacer todo y luego volver a la 1 o 2 que necesita para 'limpiar'. Puede 'cosecha' haciendo esto, pero si usted tiene ms de una imagen abierta como una secuencia, que va a hacer esto para todos los y la mayora de estos cambios no se pueden deshacer. c. el archivo y elija una ubicacin, o se puede decir 'no' y ver los resultados. Las referencias para mtodos similares (disponible en lnea):

. Koch JEN 129 (3): 173-175.