Tema 7.

Actividad enzimtica
Definicin, clasificacin y nomenclatura de las enzimas

Coenzimas y cofactores

Mecanismos de la catlisis enzimtica

Centro activo y especificidad

Tipos de catlisis

Generalidades Enzimas
Catalizadores biolgicos especficos que aumentan la velocidad de las reacciones bioqumicas.
Aumentan la velocidad de reaccin hasta por un factor de 1017

Casi todas las enzimas son protenas excepto las ribozimas (formadas por RNA slo o asociado a protenas)

Generalidades Enzimas
Las enzimas son necesarias para que las reacciones bioqumicas: Se produzcan a una velocidad adecuada para la clula Se dirijan hacia rutas tiles y necesarias segn necesidades energticas y necesidad de produccin de distintas sustancias. Caractersticas Gran poder cataltico

Alto grado de especificidad

Actan en soluciones acuosas en condiciones determinadas de T y pH Su actividad puede regularse Importancia Agricultura Industria alimentaria Medicina

Generalidades Enzimas
Caractersticas catalticas

E+S

ES

E+P

Las enzimas aceleran las reacciones multiplicando su velocidad.

No se alteran en el proceso, no se modifican en su actuacin. No llevan a cabo reacciones que sean energticamente desfavorables, no modifican la constante de equilibrio de la reaccin, sino que aceleran su consecucin.

Algunos enzimas necesitan cofactores

A veces la actividad cataltica depende de componente qumico adicional Cofactor: metales o iones inorgnicos pequeos, Fe, Mg, Mn, Zn, Co

Coenzima: molculas orgnicas pequeas

Apoenzima + Cofactor = Holoenzima

Algunos enzimas necesitan cofactores

Contribuyen alineamiento enzima-sustrato Sitio adicional de enlace

(FAD) (NAD)

Vitaminas como cofactores enzimticos

Enfermedades carenciales Escorbuto

VITAMINAS C (cido ascrbico) B1 (tiamina)

FUNCIONES Coenzima de algunas peptidasas. Interviene en la sntesis de colgeno Coenzima de las descarboxilasas y de las enzima que transfieren grupos aldehdos Constituyente de los coenzimas FAD y FMN

Beriberi

B2 (riboflavina)
B3 (cido pantotinico) B5 (niacina) B6 (piridoxina) B12 (cobalamina) Biotina

Dermatitis y lesiones en las mucosas

Fatiga y trastornos del sueo Pelagra Depresin, anemia Anemia perniciosa

Constituyente de la CoA Constituyente de las coenzimas NAD y NADP Interviene en las reacciones de transferencia de grupos aminos. Coenzima en la transferencia de grupos metilo. Coenzima de las enzimas que transfieren grupos carboxilo, en metabolismo de aminocidos.

Fatiga, dermatitis...

Nomenclatura de enzimas
Cdigo numrico encabezado por las letras EC (enzyme commission)
Cuatro nmeros separados por puntos El 1 indica a cual de las seis clases pertenece la enzima El 2 se refiere a distintas subclases dentro de cada grupo El 3 y el 4 se refieren a los grupos qumicos especficos que intervienen en la reaccin. Nombre sistmico

Sustrato preferente + reaccin + asa

Etanol

Alcohol DH

Acetaldehdo
E.C. 1.1.1.1

Alcohol deshidrogenasa

Clasificacin de enzimas
1.- Oxidorreductasas: Reacciones de oxido-reduccin

2.- Transferasas: Transferencia de grupos intactos de una molcula a otra

3.- Hidrolasas: Reacciones de hidrlisis (ruptura de enlaces con participacin del agua)

4.- Liasas: Adicin de grupos a dobles enlaces (sin participacin del agua)

5.- Isomerasas: Transferencia intramolecular de grupo (cis/trans, L/D, aldehdo/cetona)

6.- Ligasas: Unin de dos sustratos a expensas de la hidrlisis del ATP

Clasificacin de enzimas

Hidrolasas

Oxidorreductasas
Deshidrogenasas Oxidasas Reductasas Peroxidasas Catalasas Oxigenasas Hidroxilasas

Transferasas
Transaldolasas y transcetolasas Acil-, metil-, glucosil- y fosforil- transferasas Quinasas Fosfomutasas

Esterasas Glucosidasas Peptidasas Fosfatasas Tiolasas Fosfolipasas Amidasas Desaminasas Ribonucleasas

Liasas
Descarboxilasas Aldolasas Hidratasas Deshidratasas Sintasas Liasas

Isomerasas
Racemasas Epimerasas Isomerasas Mutasas

Ligasas
Sintetasas Carboxilasas

Mecanismo de catlisis enzimtica

Enzimas aumentan la velocidad sin modificar la constante de equilibrio de la reaccin

Condiciones para una reaccin bioqumica

Los reactivos deben colisionar La colisin molecular tiene que ocurrir con una orientacin adecuada

Debe haber un equilibrio favorable. La DG0 debe ser negativo

E+S

ES

EP
Estado de transicin

E+P

Estado basal

Estado basal

Mecanismo de catlisis enzimtica

Estado de transicin

Estado basal

Estado basal

Energa de activacin DG0: Energa necesaria para que se alcance el estado de transicin y que se produzca la reaccin. Es la energa necesaria para:
Alinear grupos reactivos Formar cargas inestables transitorias Reordenar enlaces

Mecanismo de catlisis enzimtica

Estado de transicin

Estado basal

Estado basal

La enzima se une al de sustrato y le hace adoptar un estado intermediario semejante al de transicin pero de menor energa Energa de activacin de la reaccin catalizada es menor que la energa de activacin de la reaccin sin catalizar

Mecanismo de catlisis enzimtica

Modo de accin de los enzimas Centro activo: Regin del enzima que se une al sustrato y donde se realiza
la catlisis Es un bolsillo o hendidura tridimensional compuesto por residuos de aminocidos de diferentes partes de la molcula que producen un microambiente especfico.

Es relativamente pequeo en comparacin con el volumen total del enzima.

Los sustratos se unen mediante mltiples interacciones dbiles. Las interacciones proveen de la energa necesaria para reducir la energa de activacin.

Proporciona la especificidad al enzima.

Especificidad enzimtica: especificidad de sustrato Modelo llave cerradura (Fischer 1894)

Modelo del ajuste inducido (Koshland 1958)

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

Especificidad enzimtica: especificidad de sustrato

Sustrato
Centro activo

Modelo llave cerradura (Fischer 1894)

Complejo ES

Enzima

Sustrato
Centro activo

Modelo del ajuste inducido (Koshland 1958)

Complejo ES

Enzima

Especificidad enzimtica: especificidad de sustrato

Cambio conformacional inducido por la glucosa en la hexoquinasa

D-Glucosa

Especificidad enzimtica: estereoespecificidad

Los enzimas son estereoespecficos porque forman varias interacciones entre aminocidos del centro activo y los distintos grupos del sustrato

CH2OH CHOH CH2OH Glicerol

Glicerol Glicerol quinasa

CH2OH OH C H

2
3

ATP

CH2OPO3 L-Glicerol 3-fosfato

1 2

CH2OH C

OH

H H

Especificidad enzimtica: especificidad de funcin

Un mismo compuesto puede ser sustrato de varios enzimas, que lo modifican de distinta forma.

Glucosa 6 P

DH Fosfatasa

6P-Gluconolactona Glucosa + Pi Fructosa 6P

Isomerasa
Mutasa

Glucosa 1P

Tipos de catlisis

Catlisis cido-base
Catlisis covalente Catlisis por iones metlicos

Tipos de catlisis
Catlisis cido-base Reacciones por transformacin intermediarios cargados inestables por captacin o cesin de H+ A pH fisiolgico [H+] y [OH-] bajas Baja velocidad

Enzimas donantes o aceptores de [H+]

Aumentan velocidad

Tipos de catlisis
Catlisis cido-base
Triosa fosfato isomerasa

His 95

Glu 165
G3P se une al centro activo Intermediario enediol, se forma por transferencia de un protn de C2 al Glu 165 y un protn de His 95 al carbonilo DHAP unida al centro activo

E + G3P

E- G3P

E-enediol

E- DHAP

E + DHAP

Tipos de catlisis
Catlisis covalente Se forman enlaces covalentes transitorios E-S para facilitar la formacin de producto. Ej: Transaminaciones

A-B + X:

A-X + B

A + X: + B

X: = Ncleo nucleoflico de la enzima

GRUPOS NUCLEFILOS Y ELECTRFILOS DE IMPORTANCIA BIOLGICA

a) b)

Grupos nuclefilos en sus formas bsicas Los grupos electrfilos contienen un tomo con deficiencia de electrones (rojo)

Tipos de catlisis
Catlisis por iones metlicos
Participan de diferentes formas en la catlisis:

Fijando y orientando adecuadamente al sustrato para que reaccione Estabilizando estados de transicin de compuestos cargados
Intervienen en reacciones redox cambiando su propio estado de oxidacin

SITIO ACTIVO DE LA ANHIDRASA CARBNICA HUMANA

CO2 + H2O

HCO3- + H+