UNIVERSIDAD TECNOLGICA DE TECMAC DIVISIN DE BIOTECNOLOGA

TRABAJO DE BIOLOGA MOLECULAR.

PARTICIPANTES
GARCIA LPEZ RODRIGO PASARAN PAREDES MARLEM

MATERIA: BIOLOGA MOLECULAR

PROFESOR: BILOGO RICARDO DANIEL MONROY CONTRERAS.

02 FEB 2014

Biologa Molecular
PROFESOR: BILOGO RICARDO DANIEL MONROY CONTRERAS. ALUMNOS: GARCA LPEZ RODRIGO Y PASARAN PAREDES MARLEM

1.- Enlista cada una de las bases de datos disponibles en la NCBI as como su utilidad. (1punto).

dbGaP: es la base de datos de genotipos y fenotipos (dbGaP), fue desarrollado para archivar y distribuir los resultados de los estudios que han investigado la interaccin del genotipo y el fenotipo. BioProject: una coleccin de datos biolgicos relacionados con una sola iniciativa, procedente de una sola organizacin o de un consorcio. Un registro Bioproject proporciona a los usuarios un nico lugar para encontrar enlaces a los diversos tipos de datos generados para ese proyecto. BioSample:La base de datos de muestras biolgicas contiene descripciones de materiales de origen biolgico utilizadas en ensayos experimentales.

Clone DB: Clone DB es una base de datos que integra la informacin acerca de los clones y las bibliotecas, incluyendo los datos de secuencia, las posiciones del mapa e informacin distribuidor. Sustituye a la antigua NCBI Clone Registry. Consensus protein set: CDS

El proyecto de Consenso de CDS (CCDS) es un esfuerzo de colaboracin para identificar un conjunto bsico de las regiones codificantes de protenas humanas y de ratn que estn anotados de manera consistente y de alta calidad. El objetivo a largo plazo es apoyar la convergencia hacia un conjunto estndar de anotaciones de genes. La informacin disponible incluye:
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Noticias. Informacin general. Acceso y disponibilidad. Colaboradores. CCDS Identificadores y Seguimiento. Flujo de procesos y pruebas de calidad. Publicaciones.

CDD: La base de datos de dominio Conservadas es un recurso para la anotacin de las unidades funcionales en las protenas. Su coleccin de modelos de dominio incluye un conjunto comisariada por NCBI, que utiliza la estructura en 3D para ayudar a comprender las relaciones de secuencia / estructura / funcin.

DbSNP: Base de datos de polimorfismos de un solo nucletido (SNP) y mltiples variaciones a pequea escala que incluyen inserciones / deleciones, microsatlites, y variantes no polimrficos.

Epigenomics: Explora, ver y descargar mapas de todo el genoma de ADN y las histonas modificaciones de nuestra variada coleccin de conjuntos de datos epigenmicos. GenBank: GenBank es la base de datos del NIH secuencia gentica, una coleccin anotada de todas las secuencias de ADN pblicamente disponibles (Nucleic Acids Research, 2013 Jan; 41 (D1): D36-42). GenBank es parte de la colaboracin de bases de datos de secuencias de nucletidos Internacional, que comprende el Banco de Datos de ADN de Japn (DDBJ), el Laboratorio Europeo de Biologa Molecular (EMBL) y GenBank en NCBI. Estas tres organizaciones el intercambio de datos sobre una base diaria.

Gene: integra la informacin de una amplia gama de especies. Un registro puede incluir la nomenclatura, las secuencias de referencia (RefSeqs), mapas, rutas,
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variaciones, fenotipos, y enlaces a genoma, fenotipo, y los recursos especficos de los loci en todo el mundo. Gene Expression Omnibus: GEO es una base de datos de genmica funcional; pblica apoyando las presentaciones de datos MIAME conformes. aparca datos basados en la secuencia de matriz-y. proporcionan herramientas para ayudar a los usuarios consultar y descargar los experimentos y los perfiles de expresin gnica comisariados. GEO DataSets: Esta base de datos almacena comisariada conjuntos de datos de expresin gnica, as como los registros de la serie y la plataforma original de la Expresin Gnica Omnibus (GEO) del repositorio. Introduzca los trminos de bsqueda para localizar los experimentos de inters. Registros DataSet contienen recursos adicionales, incluyendo herramientas de racimo y las consultas de expresin diferencial. GEO Profiles: Esta base de datos almacena los perfiles de expresin de genes individuales de los conjuntos de datos curada en la Expresin Gnica Omnibus (GEO) del repositorio. Bsqueda de perfiles especficos de inters sobre la base de la anotacin de genes o caractersticas del perfil precalculados. GENOME: Este recurso organiza la informacin sobre los genomas, incluyendo secuencias, mapas, cromosomas, asambleas y anotaciones.

The Nucleotide database: es una coleccin de secuencias de varias fuentes, incluyendo GenBank, RefSeq, TPA y AP. Genoma, transcripcin de genes y la secuencia de datos proporcionan la base para la investigacin y el

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descubrimiento biomdico.

VIRAL GENOMES: Consiste en comparar secuencias genmicas de virus ya sea de cadena sencilla o de ADN o ARN de doble cadena en forma lineal o circular, y puede comprender uno o ms segmentos. Aplicaciones:
Deltavirus Retro-transcribing viruses Satellites

dsDNA viruses, no RNA stage

dsRNA viruses

ssDNA viruses

ssRNA viruses

unassigned viruses

unclassified archaeal viruses

unclassified phages

unclassified virophages

unclassified viruses

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2.- Enlista al menos 10 bases de datos que existan fuera del portal de NCBI y su utilidad. Bases de datos y sistemas de bsqueda de secuencias EMBL-Bank El banco de datos de secuencias nucleotdicas del EMBL. proporciona un registro completo de la informacin del mundo secuenciacin de nucletidos, incluyendo los datos de secuenciacin de primas, la informacin de la secuencia de montaje y anotacin funcional. El acceso a los datos de la ENA se proporciona por medio del explorador, a travs de herramientas de bsqueda, descarga de archivos a gran escala ya travs de la API. DDBJ: DNA DataBank of Japan, el banco de datos de ADN de Japn. DDBJ Center recopila datos de la secuencia de nucletidos como miembro de INSDC (secuencia de nucletidos Internacional Colaboracin de bases de datos) y ofrece libre acceso de datos de secuencias de nucletidos y el sistema supercomputador, para apoyar las actividades de investigacin en ciencias de la vida.

Swiss-Prot: Una base de datos de secuencias anotadas de protenas, mantenida en colaboracin por el EBI y el SIB. Esta base de datos se caracteriza por un alto nivel de anotacin, un nivel mnimo de redundancia y un alto nivel de integracin con otras bases de datos.

TrEMBL: Translated EMBL, una base de datos que contiene la traduccin de todas las secuencias codificantes
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incluidas en el banco de datos de secuencias nucleotdicas del EMBL, excepto para las que estn incluidas en Swiss-Prot.

PIR: The Protein Information Resource, una base de datos de secuencias de protenas naturales o no , mantenida en colaboracin por el NBRF, el MIPS y el JIPID.

UniGene, UniProt: Recursos que han surgido como intento de unificar las secuencias redundantes en las bases de datos de secuencias nucleotdicas y aminoacdicas globales. SRS: Sequence Retrieval System, el sistema de bsqueda de secuencias ms usado a nivel mundial. RDP: The Ribosomal Database Project, brinda datos relativos a ARN ribosomal, incluyendo anlisis de datos en lnea, secuencias anotadas y alineadas, y rboles filognticos derivados de ARN ribosomal. HIV-SD: The HIV Sequence Database, unifica y anota secuencias de HIV y SIV y brinda numerosas heramientas para analizar estos datos. IMGT: La base de datos ImMunoGeneTics, una base de datos especializada en secuencias de molculas del sistema inmune de todas las especies de vertebrados. REBASE: Base de datos de las secuencias de los sitios de reconocimiento de enzimas de restriccin. GPCRDb: The G-Protein Coupled Receptors Database, una base de datos de secuencias y otros datos de receptores acoplados a protena G (GPCRs).
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YPD: The Yeast Protein Database, es una base de datos de las secuencias de las protenas de S. cerevisiae.

3.- Disea un vector de expresin con alguna aplicacin biotecnolgica. Define un vector comercial del cual partiras, las enzimas de restriccin a usar, propon el mapa de restriccin del vector inicial, en donde cortaras, como insertaras, el gen de inters, que ligasa usars en el proceso de clonacin de transformacin, transfeccin, purificado, etc.
Produccin de Catalasa a partir de la transfeccin del gen CATALASA kat E a la bacterias gran positivas E.coli por medio de la transfeccin del gen en un vector plasmdico: PCRMIII-TOPO. El proceso de transfeccin se realiza por medio de un kit proveniente de Unigene, el cual ya tiene todos los requerimientos para transfectar el gen de la catalasa (Kat E), el cual estaba comnmente en la cepa de Bacilus subtilis. La catalasa es sumamente importante porque sta enzima es comnmente requerida en la degradacin de perxidos en el agua (bioconversin en aguas residuales). Normalmente, Bacilus subtilis no produce la enzima a grandes cantidades, por lo que, nuestra aplicacin biotecnolgica es, superexpresar el gen de la catalasa en bacterias como Escherechia coli DH5 pues en estudios que previamente ya se han realizado, se demuestra que con transfecciones del gen KatE sta tiene mayores rendimientos en cuanto a la produccin de catalasa, y con esta expresin se podra tratar ms rpido las aguas con perxidos.

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PROFESOR: BILOGO RICARDO DANIEL MONROY CONTRERAS. ALUMNOS: GARCA LPEZ RODRIGO Y PASARAN PAREDES MARLEM Diagrama del proceso: Inoculacin de Bacillus subtilis

Extraccin del DNA cromosmico de Basillus subtilis.

PCR para ampliar el DNA

Electroforesis SEMBRADO EN MEDIO LB PARA SU CRECIMIENTO.

PCR; Amplificacin del gen KatE

Amplificasin de Kat E usando primers CATF y CATR

Construccin del gen Kat E y del vector PCRITOPO.

Obtencin del plsmido de B. subtilis

Transformacin

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PROFESOR: BILOGO RICARDO DANIEL MONROY CONTRERAS. ALUMNOS: GARCA LPEZ RODRIGO Y PASARAN PAREDES MARLEM INOCULACIN DE Bacillus subtilis EXTRACCIN DEL DNA CROMOSMICO. de la cepa de Bacillus subtilis se inocular en tubos de agar LB a 30C por 6 horas para su mxima proliferacin Despus de las 6 horas, se sacan las cajas y se procede a la extraccin del DNA Cromosmico, el cual se har por el mtodo CTAB-DTAB, los tubos que no sean utilizado, se mantendrn en congelacin a 60C con glicerol al 20%. Se hace una Reaccin en cadena de la Polimerasa para expresar el gen completo de Basillus subtilis. Se ocupa un MPM el cual tendr una escalera mayor o igual a 2172 pb. Para detectar el gen de la hemo Catalasa Kat E, se analiza por Gen Marker, y se cortan los posos para su purificacin. Se amplifica el gen de inters KatE usando los primer CAT F y CATR. Por medio de un mezclado (mix) se junta 2.5 L de DNA con el vector PCRIII-TOPO y se mesclan con Xbal y Xmol que son las enzimas de restriccin. Se mantiene en un termociclador a 60C, el plsmido ocupado es PUC110, el cual, una vez mezclado, ya est listo para transfectar. Por medio de una electroporacin, se transfecta el plsmido a las bacterias de E- coli DH5, Las cuales debern de contener ya el plsmido adentro con KatE Y con el reportero resistente a la amoxicilina. As que, despus de la electroporacin, las bacterias se siembran en un agar Mconkey con amoxicilina, y de sta forma, las bacterias que sobrevivan, sern las bacterias que contengan a KatE que es el gen de inters.

PCR ELECTROFORESIS

PCR CONSTRUCCIN DEL VECTOR PCRITOPO

TRANSFORMACIN.

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4.-Disea una PCR para alguna aplicacin biotecnolgica, define los primers, las temperaturas de alineamiento, ser una PCR de tiempo real o de punto final, porque?, usaras sondas Taqman, syber green? O que sistema de deteccin?
1.- EXTRACCIN DEL DNA POR EL MTODO CTAB-DTAB, el cual es usado para precipitar el DNA por medio de sales. El DNA se extrajo de sangre perifrica de pacientes con Distrofia Muscular Duchenne / Becker. 2.- AJUSTE DEL DNA A 5 nm; Por medio de espectrofotometra se hacen diluciones de DNA a 5 nm/mL. el espectrofotmetro a utilizar ser un nanodrop. 3.- COMPROBACIN DE SALES POR ESPECTROFOTOMETRIA.- una vez que las diluciones estn ajustadas a 5nm se hace un gel de agarosa al 1 % para verificar que el DNA a analizar no contenga demasiadas sales que se pudieron haber quedado en el momento de la extraccin de DNA. Se saca una fotografa en el analizador y por densitometra se analizan las cantidades de sales. El agente de deteccin que se utilizar ser midory green, el cual brilla ante la obscuridad del analizador de imagen. 4.- se comienzan a elaborar con cuidado y en una campana estril con rayos UV, los mix para la PCR tiempo real, el cual consta de 2 tubos eppendorph de 25L. stos se rotulan con 1 y 2 los cuales contendrn lo siguiente: dNTPmix : 0.5L 5.-La mezcla se hace de acuerdo a lo marcado en el kit Biorad, se saca la placa que contiene 30 pozos, con cuidado, se mezclan 1.5 L de sonda taqMan, 2 L del DNA que se va a analizar y 2 L de el mix, de los cuales se eligi de los exones 8,70 y 74 que son los exones importantes en el diagnstico de la DMDD.

50 Mm MgCL: 2.5 L. Taqpol: Primer 1: Primer 2: 0.25 L. 1.25 L. 1.25 L. 16.0 L-

6.-una vez aplicado el mix en cada uno de los posillos, la placa se sella con una placa acetato adherible, se sella cuidadosamente sin dejar burbujas y se mete a una centrfuga a 3300 rpm durante 15 min. 7.- mientras se centrifuga, se configura la mquina: un QPCR ROCHE el cual ya viene configurado, pero se le modifican las temperaturas puesto que ya han sido estudiadas y previamente modificadas, las temperaturas de la qPCR que se utilizarn son:

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Se configurar con un total de 60 ciclos modificaciones. para la PCR total y seda click en aceptar

8.- cuando se halla configurado, se saca la placa de la centrfuga y se habre el porta placas del equipo, el botn brilla de color verde brillante, ste se pulsa y sale el porta placas, se coloca con cuidado y se vuelve a a pulsar el mismo botn para meter la placa, sta debe ir rotulada y dibujada en la bitcora para no perder el control de los pacientes. 9.-se da click en run y se deja que corra, mientras el equipo est trabajando, se configura en el equipo las claves que le corresponde a cada poso y se deja trabajar por 1.5 horas, hasta que se vea el efecto de la fluorescencia, si es multiplex, no solo se ver una sola honda, si no que se ver distintas hondas de diferentes colores. 10.-despus de 3 horas, el equipo, ya debera de estar terminando y se debera de ver un diagrama de amplificasin de ste tipo:

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Los cuales puedes mover y comparar con otros estudios que se hayan hecho con anterioridad, o con el paciente testigo: si se encuentra alguna anomala en alguno de las muestras, e manda a secuenciacin para su estudio y para su diagnstico completo, pues una anomala en los exones 8, 70 y 74 es un diagnstico de Distrofia Muscular de Duchenne. La aplicacin biotecnolgica es que por medio de ste PCR en tiempo real se pueden detectar cuantitativamente alteraciones en el genoma humano, slo es necesario saber en qu gen podra haber delecin, como es el caso de la DMD, por lo tanto se han podido diagnosticar enfermedades que antes no era posible diagnosticar.

5.-Enlista al menos 10 programas bioinformticos y menciona su utilidad: 1.-PCR reaction setup calculators. Fcil aplicacin, en JAVA*, para calcular los reactivos de la PCR. Diseado por Primerdigital Ejecutar PCR reaction setup calculators *Debe tener instalado Java Virtual Machines (Sun) (the Java Runtime Environment (JRE) o Java Development Kit (JDK). 2.- GeneMarker. es un software nico anlisis del genotipo , que integra las nuevas tecnologas que mejoran la velocidad , precisin y facilidad de anlisis; el software es una excelente alternativa a Applied Biosystems Genotyper y GeneScan o GeneMapper software; SAGA de LiCor , MegaBACE Profiler y Gentica Fragmento Profiler o Coffalyser del MRC Holanda. Compatible con salidas desde todos los principales sistemas de secuenciacin , es decir ABI PRISM , Beckman Coulter y MegaBACE plataformas del software Windows operacin basada (XP, Vista o 7 ) simplifica aplicaciones como Amplified Fragment Length Anlisis (AFLP ), t - RFLP , SSR ( secuencia corta de repeticin ) y anlisis de microsatlites , cualquier aplicacin de genotipado. GeneMarker incluye mdulos integrados para la MLPA , MS- MLPA , LOH , Snapshot , SNPlex , SNPWave . TILLING ( Targeted inducidas lesiones locales en los genomas ), la inestabilidad de microsatlites (MSI) , anlisis de haplotipos , trisoma , as como anlisis de Fibrosis Qustica utilizando qumicos de
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GeneProbe , MRC Holland, Abbott Diagnostics y otros, X Frgil de Asuragen y qumicas personalizados . Herramientas incorporadas incluyen anlisis de parentesco de las poblaciones silvestres ; Filogenia Clustering ; Comparacin de proyecto , as como una gestin de usuarios que proporciona una pista de auditora de anlisis y edicin.

3.-MUTATION surveyor: Una herramienta nica para el anlisis de variantes de ADN de huellas secuenciales Sanger. Es un software de anlisis de secuenciacin de ADN capaz de realizar el anlisis de variantes de archivos de secuenciacin de Sanger hasta 2000. Generada por Analizadores de Applied Biosystems genetics , MegaBACE as como sistemas de electroforesis Beckman CEQ en 15 minutos. Utilizando la tecnologa anti- correlacin patentado Mutacin Surveyor ofrece una excelente precisin , la sensibilidad, las bajas tasas de falsos positivos y negativos en el anlisis de variantes de ADN : SNPS , inserciones y deleciones (indeles ) , mutaciones somticas en la secuenciacin directa, secuenciacin mdica , secuenciacin PCR , secuenciacin mitocondrias y proyectos de resecuenciacin . El software tambin proporciona basecalling superior; correccin de N- llamados de la KB Basecaller o paquetes de software Variant Reporter ; secuencia de alineacin y montaje de referencia , en sustitucin de los programas tales como DNAStar y Sequencher o SeqPilot . El paquete incluye descarga automatizada de archivos de GenBank anotaciones incluyendo secuencia de aminocidos ; deconvolucin de indeles heterocigotos , deteccin de la metilacin del ADN , anlisis de secuencias de ADN mitocondrial y cuantificacin ; personalizable variante de ADN de codificacin y presentacin de informes. Mutacin Surveyor ha sido validado para su uso en aplicaciones clnicas por NGRL , Reino Unido y la Universidad de Pittsburgh Medical Center .

4.- NextGENe: realiza anlisis de datos de una secuenciasin a estudiar. Producida por el PGM ION , Roche Junior, Illumina MiSeq as como los sistemas de alto rendimiento como el Ion Torrent Protn, Roche FLX, Applied BioSystems SLIdAS
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y Illumina GA, y sistemas HiSeq. Software NextGENe, que se ejecuta en un sistema operativo Windows ,

5.- GENETICIST ASSISTANT. Desarrollado en colaboracin con los departamentos de Medicina de Laboratorio , Tecnologa de la Informacin y de Investigacin de Ciencias de la Salud de la Clnica Mayo, Rochester MN . es compatible con los datos procesados de todas las principales plataformas de secuenciacin de prxima generacin como las de Ion Torrent, Illumina y Roche. El programa acepta BAM estandarizados y archivos VCF , incluye informacin de prediccin de SIFT , Polyphen2 , LRT y Mutacin Catador , as como tres puntuaciones de conservacin de PhyloP , GERP + + y SiPHY . Adems , los datos de bases de datos personalizadas de propiedad e informacin de la base de datos COSMIC de mutaciones somticas son fcilmente importados a la mesa de trabajo.

6.- ChimerMarker ,Es el software de anlisis automatizado de quimerismo , integra velocidad y precisin con una interfaz amigable -bilogo . El software se puede utilizar para controlar el nivel de quimerismo en tanto las clulas madre de trasplante alognico y autlogo (SCT ), o trasplante de clulas madre hematopoyticas (TCMH ) , trasplante de mdula sea (BMT , el injerto de mdula sea despus ) , y el cable y perifrico trasplante de clulas madre de la sangre ( PBSCT ) muestras . El programa proporciona un anlisis de genotipificacin y quimerismo exacta, rpida , identifica automticamente donantes y receptores picos en muestras post- TMO , calcula ciento quimerismo y calidad mtrica para donante individual o doble casos donantes , fcilmente anexa para el seguimiento longitudinal post- TMO , y tiene mltiples capacidades de linaje para el anlisis de quimerismo de clulas T , clulas B , y otras poblaciones tipo de clula. ChimerMarker incluye funciones para la comparacin de muestras en diferentes puntos de tiempo para llevar a cabo estudios longitudinales para el seguimiento de cada individuo y un informe
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exhaustivo anlisis de quimerismo . El anlisis de quimerismo realiza clculos repetitivos ( utilizando mtodos publicados . Dr. Don Kristt ) . ChimerMarker tambin tiene un ligado contaminacin de clulas materna ( MCC ) de aplicacin . ChimerMarker es compatible con MegaBACE analizadores genticos, y los cebadores personalizados o qumicas de identificacin humana comercialmente disponibles para el genotipado STR (incluyendo Identiflier , PowerPlex 16 , PowerPlex ESI) ABI PRISM , Beckman- CEQ y . Anlisis de quimerismo est completamente ligado a la pantalla principal de anlisis , la eliminacin de la etapa de propenso a errores de transferencia de datos desde el software de genotipado de software de anlisis de quimerismo .

7.JelMarker: fue desarrollado en respuesta a una creciente demanda de software que puede analizar los archivos de imagen de fluorescencia, quimioluminiscencia y gel autorradiografa - especialmente los de 4300 DNA Analyzer de LI- COR y de imgenes de Kodak estacin 4000R . Con JelMarker puede importar hasta dos TIFF, archivos BIP , JPEG y TXT para el anlisis simultneo . JelMarker exporta archivos de SCF para facilitar la subida al software de anlisis de fragmentos : GeneMarker . JelMarker es un software simple, independiente de lectura de imgenes. Tiene muchas aplicaciones, entre las cuales destacan: Alta precisin de carril y la banda de reconocimiento Fcil de modificar las posiciones de carril y de la banda con una metodologa de apuntar y hacer clic Exportacin dos imgenes en color en formato SCF para el anlisis de fragmento.
Figura 1.

JelMarker identifica automticamente carriles y bandas utilizando un algoritmo nico de lectura de imgenes:

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Una vez que se procesa la imagen, el usuario tiene control total para manipular posicin en el carril / banda y orientacin , los marcadores de fragmentos individuales y la identificacin de serie: ver siguiente figura

Guarda la imagen editada como un proyecto o exportar los archivos de SCF para anlisis de fragmentos en GeneMarker .

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8- GeneMarker HID es una excelente opcin para todas las aplicaciones de descripcin forense. Este software de sistema experto puede ser empleado como un sustituto para GeneScan / Genotyper o como una alternativa a GeneMapper ID y GeneMapper IDX software de identificacin humana , reduciendo analistas requerido ediciones por 18-73 % por muestra. GeneMarker HID ( concordante ), compatible con ABI PRISM 310 , 3100, 3130, 3730 , 3500 Salida del CE ( . Fsa , . Escondi ) y qumicas (incluyendo GlobalFiler 6 - Tinte , Identiflier , MiniFiler , PowerPlex 16 , PowerPlex ESI) utiliza una avanzada tecnologa de Windows que es intuitivo y fcil de aprender. Adems del anlisis de STR estndar , GeneMarker HID ha sido optimizado para analizar los perfiles de YSTRs , muestras Low Copy Number LCN , Kit MiniFiler de ABI y replicar muestra consenso. GeneMarker HID incluye aplicaciones para ayudar a los expertos con el anlisis de mezclas. Pruebas de la relacin y la base de datos en busca de juego / cerca de los perfiles a juego y las capacidades de bsqueda familiares , que son esenciales para la investigacin de la escena del crimen , la falta de identificacin de las personas y de las pruebas de paternidad . GeneMarker HID ha sido validada por los laboratorios forenses en todo el mundo y tiene muchas herramientas que permiten ahorrar tiempo al reducir la acumulacin de manejo de casos y la fatiga analista.

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9.- GeneMarker MTP ofrece la potencia de anlisis de los seis programas GeneMarker, reducir los costos y aumentar la eficiencia de los anlisis de fragmentos de ADN. La importacin automtica y la asignacin de los parmetros de anlisis (plantillas) es intuitiva, lo que reduce la complejidad y el tiempo de anlisis. GeneMarker MTP maximiza la utilidad de una placa CE - incluir hasta 6 qumicas diferentes en el mismo plato. GeneMarker MTP es rpida - el procesamiento de seis placas de 96 pocillos de CE en aproximadamente 30 segundos. Aplicaciones post-genotipado enlazados incluyen: MLPA , Trisoma / aneuploida, la fibrosis qustica, Frgil X. LOH, MSI, STR haplotipo, BRAZOS , Snapshot SNPs, AFLP, T-RFLP, Anlisis Cluster dendrograma, Pruebas Relacin, bsqueda de base de datos, TILLING , el anlisis de microsatlites. GeneMarker MTP es compatible con la costumbre y las qumicas comerciales, y todas las principales plataformas de electroforesis capilar (ABI PRISM , Beckman-Coulter y MegaBACE ). Haga clic aqu para revisar la gua de inicio rpido.

10.- Vector NTI: Vector NTI es un paquete de software para ayudar a los bilogos moleculares , ingenieros genticos, estudiantes y otras personas en el estudio, la manipulacin y la creacin de molculas biolgicas. base de datos:Base de datos de Vector NTI contiene molculas de ADN / ARN , molculas de protenas , enzimas ( endonucleasas de restriccin ) , oligonucletidos (incluyendo cebadores de PCR , cebadores de secuenciacin y sondas de hibridacin ) , y marcadores de gel . Vector NTI tiene un mdulo funcional especial llamado "Explorador de base de datos" para hacer frente a todos los tipos de objetos de bases de datos . El Explorador de DB le permite crear nuevos objetos , editar y eliminar objetos antiguos , realizar bsquedas de bases de datos para los objetos interesantes , organizar objetos en grupos convenientes ( placas base ), objetos de importacin / exportacin , y crear Vector NTI "archivos" de los objetos para compartir con otros los usuarios .

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