TEMA 2

AMINOCIDOS Y PROTENAS

Antes de realizar la gua deber revisar: 1. Concepto de pH y poder amortiguador de una solucin. 2. Caractersticas qumicas de los aminocidos. Evaluacin: 1. Formule la L-serina (ser) y L-cistena (cis) e indique: a. Carbono . b. Grupo carboxilo. c. Grupo amino. d. Radical R. 2. a. Defina pH. b. Cul es la caracterstica de una solucin bffer o tampn? En el curso de FsicoQumica tratar estos temas extensamente, ahora es suficiente que maneje estos conceptos en general.

GUIA DE CLASE
1. Los aminocidos pueden clasificarse segn distintos criterios. a. Busque las frmulas de la serina, valina, leucina, asprtico y arginina y analcelas a efectos de clasificar esos aminocidos por la polaridad del R.
El primer aminocido descubierto fue la asparagina (1806) y el ltimo de los 20 la treonina (1938). Para la denominacin de los mismos, es comn el uso de nombres que derivan de donde fueron aislados, por ejemplo: asparagina (esprrago), cido glutmico (gluten de trigo), tirosina (griego tyros : queso), etc.

2. En solucin, a pH prximo a la neutralidad, el grupo carboxilo de los aminocidos se desprotoniza y el grupo amino capta el protn. Como consecuencia de esto se forma un dipolo. A partir de la forma no disociada formule el dipolo del aminocido que se representa:

3. a. Al aminocido representado abajo se le agrega en la situacin I y II un cido y una base respectivamente. Indique en qu forma inica quedar el aminocido quedar el aminocido en cada situacin. b. Cmo se llama el valor de pH en el cul el 100% de un aminocido se encuentra bajo forma dipolar?

4. Si un compuesto con carga (in) se somete a la accin de un campo elctrico, se desplazar hacia el polo de signo contrario a su carga. En este principio, se basa una tcnica: la electroforesis. a. Indique hacia dnde migrar el aminocido en las situaciones planteadas en la pregunta 3. a. 5. Observe una curva de titulacin de un aminocido neutro e indique las regiones de pH en las que exhibe mayor poder amortiguador. 6. Plantee una relacin posible dipolo/in positivo para un aminocido neutro que se encuentre a un pH superior a su pK1 (o pKa) e inferior al PI.
La mayora de los aminocidos no forman parte de las estructuras polipeptdicas o proteicas. Estos aminocidos no proteicos en las plantas pueden actuar como intermediarios de la sntesis de aminocidos proteicos o como productos finales del metabolismo celular. Muchos aminocidos no proteicos se encuentran en las semillas y generalmente son txicos para los animales. Tambin algunos aminocidos proteicos tienen otras funciones adems de formar protenas. Por ejemplo el triptofano es precursor del cido indol actico (AIA), regulador de crecimiento en vegetales, y la tirosina es precursor de la hormona tiroidea.

7. El punto isoelctrico de la valina es 5.97a qu polo migrar ese aminocido en una electroforesis que se realiza a pH 7.0?

PEPTIDOS Y PROTEINAS
Antes de realizar la gua deber revisar: 1. Enlace peptdico. 2. Funciones biolgicas de pptidos y protenas. Evaluacin: 1. Formule un dipptido a partir de los aminocidos serina (ser) y alanina (ala) e indique: a. Enlace peptdico. b. Extremo amino. c. Extremo carboxilo. d. Radicales (-R). 2. El enlace peptdico tiene propiedades similares a un doble enlace, impide la libre rotacin en torno a l, por tanto los cuatro tomos del grupo peptdico se encuentran en el mismo plano, identifquelos. 3. a. Defina estructura primaria. b. En el esquema se representa, en forma simplificada, el mecanismo de sntesis de protenas, que se ver ms adelante y se profundizar en sus distintas etapas. A partir del mismo: resuma la relacin entre la secuencia de bases del ADN y la secuencia de aminocidos de un pptido.
Hebra de DNA con la misma sequencia que el mRNA

Hebra de DNA complementaria al mRNA El mRNA se sintetiza por copia de esta hebra

Secuencia no traducida

Seal de iniciacin

Codones

RNA mensajero

9. A continuacin se esquematiza el proceso de electroforesis en gel. Lea cuidadosamente e indique en el La metionina es gel cual de las bandas que se muestran (A, B o C) presenta mayor peso molecular.
retirada durante o despus de la traduccin de la protena Extremo N- terminal de la protena

4. a. A partir del esquema que representa a una protena con estructura secundaria en alfa hlice y
hoja plegada, caracterice esta estructura en cuanto a fuerzas estabilizadoras y observe entre qu tomos se establecen. b. De ejemplos de protenas con estructura secundaria y atienda su funcin biolgica.

5. La mayora de las protenas celulares son globulares. Caracterice la estructura terciaria o globular a partir del esquema que se presenta abajo. Observe que esta estructura incluye tramos con estructura secundaria y adems presenta otras interacciones entre las cadenas laterales de diferentes aminocidos dentro de la misma molcula. Reconozca las interacciones representadas en el esquema.

6. a. Describa el esquema que aparece a continuacin. b. Caracterice la estructura cuaternaria, considere las fuerzas estabilizadoras.

7. La tripsina es una enzima proteoltica que hidroliza los enlaces peptdicos en los que el grupo carboxilo lo aporta la lisina o la arginina. Indique en el polipptido formulado a continuacin: a. Con un crculo, el grupo amino terminal y el grupo carboxilo terminal. b. Con un recuadro, los enlaces peptdicos. c. Con una flecha los enlaces peptdicos hidrolizados cuando el pptido es tratado con tripsina. d. Cuntos aminocidos forman el polipptido?

8. Los cidos, bases, metales pesados, solventes, entre otros, son agentes desnaturalizantes. a. Explique para dos de ellos qu fuerzas estabilizadoras de la protena se ven afectadas. b. Qu diferencia hay entre hidrlisis y desnaturalizacin? 9. Proponga un esquema para una protena que tenga una regin estabilizada por interacciones hidrofbicas, otra por interacciones inicas y una tercera por puentes de hidrgeno. Use los -R que aparecen a continuacin. -CH3 -CH(CH3)2 -CH2OH -CH2CH2CH2OH + -(CH2)4NH3 -CH2-

10. Plegamiento de protenas

Aunque toda la informacin que precisa una protena para plegarse reside en su propia secuencia, el interior de la clula est tan repleto de protenas que aparecen problemas de agregacin, pues los intermediarios del plegamiento pueden tener expuestas regiones hidrfobas que son "pegajosas". Para evitar estos problemas o los que surgen como consecuencia de un estrs trmico (intermediarios parcialmente desnaturalizados con el mismo problema de tendencia a agregar) la clula expresa protenas auxiliares (chaperonas) que secuestran temporalmente las conformaciones no plegadas, o desnaturalizan las mal plegadas y les dan otra oportunidad de plegarse correctamente (chaperoninas). Analice el esquema en relacin a lo anteriormente citado.

11. a. Qu entiende por recambio de protenas? b. La hidrlisis de protenas puede ocurrir en lisosomas o en el citoplasma. Las protenas que se hidrolizan en el citoplasma estn marcadas. Por qu es necesario un control estricto de la hidrlisis proteica citoplasmtica?

PRIONES COMO AGENTES DE ENFERMEDAD (extrado de Medicina Interna. Farreras Rozman, 14 edicin, 2000) Existe un grupo de enfermedades degenerativas del sistema nervioso central (SNC) humano y de algunos animales que tienen carcter transmisible y se manifiestan por diversas formas clnicas, aunque la mayora tienen un perodo de incubacin muy prolongado. En el ser humano las enfermedades ms paradigmticas de este grupo son el kuru (que significa "temblor" en el idioma de un grupo tribal canbal de Papua Nueva Guinea) y la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob, y en los animales la encefalopata espongiforme bovina (enfermedad de las vacas locas) y el scrapie (en ovejas). Estas enfermedades no estn causadas por ningn agente patgeno convencional, sino que estn producidas por una protena transmisible que se multiplica en el hospedero, denominada "prin". Un prin se define como un agente patgeno infeccioso de estructura proteica, resistente a los procedimientos que modifican o hidrolizan los cidos nucleicos. El trmino lo introdujo Prusiner en 1982 con el propsito de destacar que se trata de agentes (proteinaceous infectious particles) distintos de virus y viroides. Las clulas humanas y de otros animales producen en condiciones fisiolgicas una protena normal de elevada homologa en todas las especies estudiadas. Esta protena se ha denominado PrP (protena del prin). Se desconoce su funcin fisiolgica, pero es ms abundante en las clulas del SNC que en otros tejidos. En las preparaciones del tejido cerebral de los animales con scrapie se detect una protena con caractersticas fisicoqumicas diferentes de las protenas convencionales, ya que era resistente a las proteasas y otras sustancias con actividad proteoltica y capaz de formar agregados y depsitos fibrilares. Presentaba la misma secuencia de aminocidos que la PrP normal, pero haba sufrido un cambio conformacional (de plegamiento) y se la denomin PrP sc (sc por scrapie). En el resto de las enfermedades degenerativas transmisibles se han hallado protenas con las mismas caractersticas: priones. El mecanismo de produccin de la PrP sc y el modo preciso de ejercer su accin patgena se desconocen, aunque se sabe que, a diferencia de la forma normal, se acumula en el interior de las clulas y en el exterior se precipita como amiloide o fibrillas. Una vez que se ha producido el cambio en una o unas pocas molculas de PrP normal, la forma modificada PrP sc actuara sobre las molculas proteicas normales de la clula y catalizara su transformacin a la forma alterada. La propagacin actuara a travs de un efecto domin, por el cual una molcula infecciosa ataca a una normal, la convierte en anormal y sta ataca a otra normal, y as sucesivamente. Los priones se transmiten horizontalmente en la naturaleza mediante la ingesta de carne o vsceras, particularmente sesos, y tambin por otros mecanismos desconocidos. La epizootia descrita por primera vez el ao 1986 en el Reino Unido se habra transmitido a los bovinos a travs de piensos elaborados con harinas de carne y huesos de ovinos que padecan scrapie. Los priones transmitidos alcanzaran el SNC a travs de los axones neuronales y catalizaran la transformacin de la PrP normal. Se sabe que los priones son resistentes al calor, a la desecacin y a las radiaciones ionizantes y ultravioletas, as como tambin a diversos agentes qumicos como alcohol, acetona, ter, perxido de hidrgeno, etc., siendo los tratamientos que se recomiendan para el material contaminado el hidrxido de sodio 1N durante una hora o el autoclave a 134-138 C durante 2 h o, mejor an, la combinacin de ambos.

Protena PrP

PrP sc (infecciosa)

Centre la discusin en: a. Cambios conformacionales de la protena infecciosa respecto a la normal. b. Los cambios conformacionales podran explicar la diferencia de solubilidad y resistencia parcial a las proteasas de Pr sc? Generalice como la estructura afecta a la funcin.