UNIVERSIDAD TCNICA FEDERICO SANTA MARA Departamento de Qumica Curso Bioqumica - QUI-250 Profesor: Dr.

Michael Seeger Pfeiffer

Enzimas
1. Qu es una enzima? Seale algunas de sus propiedades ms relevantes. Las enzimas son protenas funciona les que se encargan de catalizar las reacciones metablicas, reduciendo la energa de activacin . Actan de manera especfica, solo catalizan reacciones que ocurren con o sin su presencia, son afectadas por la t, el pH y la concentracin de sustrato, se desnaturalizan a t superiores a los 50C y tienen un sitio activo que corresponde a la zona donde interacta con el sustrato. 2. Defina los siguientes conceptos: cofactor, coenzima, grupo prosttico, apoenzima, holoenzima. 3. Qu es el sitio activo de una enzima?
El sitio ac ti vo de una enzima, tambin llamado centro acti vo , es la zona de la en zima a al cual s e une el sus tra to, para que la reaccin se produ zca (sea ca tali zado).
E n e l s it i o ac t i vo s l o pu e de en tr ar un de t er m ina do s us tr at o

4. Cmo es afectada la ener ga de activacin de una reaccin con la presencia de una enzima? Cmo transcurre una reaccin catalizada por una enzima? Las enzimas funcionan disminuyendo la energa de activacin de una reaccin, de forma que se acelera sustancialmente la tasa de reaccin . Las enzimas no alteran el balance energtico de las reacciones en que intervienen, ni modifican el equilibrio de la reaccin, pero consiguen acelerar el proceso incluso millones de veces. Una reaccin que se pro duce bajo el control de una enzima alcanza el equilibrio mucho ms deprisa que la correspondiente reaccin no catalizada. En estas reacciones, las enzimas actan sobre un sustrato mediante el sitio activo, el cual es una regin tridimensional for mada por unos pocos aminocidos que estn orientados en la direccin apropiada para permanecer biolgicamente activos y ligarse con el sustrato . 5. Cmo vara la velocidad de una reaccin (Vo) en funcin de la concentracin de sustrato en una enzima michaeliana? Dib uje un grfico correspondiente. 6. Defina los conceptos de velocidad mxima y velocidad inicial. Vinicial= es l a v e l oc i da d q ue s e m id e a u n a d et erm in ad a c o nc en t rac i n d e
s us tr at o Vm ax = c u an d o a um en tam os l a c on c e ntr ac i n d el s us tr at o, l a en zi m a s e s at ur a de s us tr at o y a lc a n za s u v e loc i d ad m x im a ( V m a x) . S e a lc an za l a v e loc i da d e n l a qu e es c o ns ta nt e d e f or m ac i n de p ro d uc t o.

7.-Qu indica la constante de Michaelis? Cmo se obtien e su valor? En qu unidades se expresa? La constante de Michaelis c or r es p on d e a l a c o nc e ntr ac i n de s u s tra to c on la
c ua l la ve l oc id a d d e r e ac c i n e n zim tic a a lc a n za un va l or i g ua l a la m ita d d e l a v e loc i da d m x im a. Es t e m od e l o c i n t ic o es v li d o s lo c ua n do la c onc e ntr ac i n de en zim a es m uc h o m enor q ue la c onc e ntr ac i n d e l s us tr a to y c u an d o l a e n zim a no t i e ne r eg u lac i n a l os t r ic a . V a l ores baj o s i n d ic a n q ue el c om pl ej o E S es t un i d o m u y f u er t em en t e y r a r am en t e s e d is o c i a s i n qu e e l s us tr at o re ac c io n e p ara dar pro d uc t o. Se define:

Donde: S es el substrato E es la enzima ES es el complejo enzima substrato o complejo de Michaelis y Menten k1,k-1 y k2 son las constantes de velocidad de la reaccin.
Km se expresa en unidades de M

8. a) Qu es un inhibidor competitivo de una reaccin enzimtica? b) Qu parmetros de la reaccin enzimtica se modifican? c) Cmo se puede revertir la inhibicin? d) Dibuje un grfico de los dobles recprocos o Lineweaver -Burk. 9. a) Qu es un inhibidor acompetitivo de una reaccin enzimtica? Es el inhibidor que se fija a la enzima independiente que lo haga o no el sustrato, el inhibidor, por lo tanto, no impide la fijacin del sustrato a la enzima, pero s impide la accin cataltica. b) Qu parmetros de la reaccin se modifican? Un inhibidor acompetitivo es aquel que s e define cinticamente como el que afecta a Km y VMAX en un mismo grado. Vmax es mas baja c) Dibuje un grfico de los dobles recprocos o Lineweaver -Burk.

10. a) Qu es un inhibidor mixto de una reaccin enzimtica?

s e us a c ua n do el i nh i b i dor s e pu e de un ir t a nt o a l a e n zim a l i br e c o m o al c om pl ej o en zim a- s us tr at o. En la i n h ib ic i n m ix t a e l i nh i bi d or s e u n e a u n l ug ar d is t i nt o de l s it i o ac t i v o e n e l q ue s e un e e l s us tr at o .

Se llama "mixto", ya que puede ser visto como una "mezcla" conceptual de inhibicin competitiva, en la que el inhibidor slo se puede unir la enzima si el

sustrato no se ha unido ya, y la inhibicin no competitiva, en la que el inhibidor slo se puede obligar a la enzima si el sustrato ya ha atado. b) Qu parmetros de la reaccin se modifican? En inhibicin mixta, el inhibidor se une a un sitio alostrico, es decir, un sitio diferente del sitio activo, donde el sustrat o se une. Sin embargo, no todos los inhibidores que se unen a sitios alostricos son inhibidores mixtos. Inhibicin mixta puede resultar en una disminucin en la afinidad aparente de la enzima para el sustrato en los casos en que el inhibidor favorece la unin de la enzima libre, o en un aumento en la afinidad aparente cuando el inhibidor se une favorablemente al complejo enzima -sustrato. En cualquiera de los casos la inhibicin disminuye la velocidad de reaccin enzimtica aparente mxima.
Co n e s te tip o d e i n h ib i ci n K m c r ece y V m a x d ecr ece.

c) Dibuje un grfico de los dobles recprocos o Lineweaver -Burk.

11. El salicilato inhibe la accin cataltica de la glutamato deshidrogenasa. La concentracin del inhibidor es de 40mM. Determine a) el tipo de inhibicin mediante anlisis grfico. b) Km para el sustrato y c) Ki. [S] mM Control 1,5 2 3 4 8 16 0,21 0,25 0,28 0,33 0,44 0,40 Producto/minuto con Salicilato 0,08 0,10 0,12 0,13 0,16 0,18

12. Qu parmetros requiere conocer usted para realizar un ensayo con una enzima determinada?
Los ens a yo s enz im t i co s s on m t od os d e e ns a yo q um ic o p ara m ed ir ac t i v i da d es en zim t ic a s . S on v it a les p ar a e l es t u di o d e l as c i n t ic a s en zim t ic as y l a in h ib i c i n e n zim t ic a . P ar a rea l i za r u n e ns a yo s e de b en c on oc er: a) L a c o nc en tr ac i o n e s d e s a l q ue t o l era la en zim a, q u e g en er a lm en t e es e ntr e 1 a 5 00 m M e n l as c u a le s es t ac t i v a. b) E l ra n go de t em per at ur as especificas a las cuales trabajan e n e l or g an is m o a l qu e p er te n ec e n, pu es l os a um ent os d e te m perat ur a g en er a lm en te pr o v oc a n u n i nc rem en t o de la v e loc i da d d e r e ac c i n.

c ) La m a yo r a d e las en zim as s o n s ens i b les a l p H y t i en e u n ra n g o es pec f ic o e n e l qu e s e d e tec ta ac t i v i da d; t o das t i e ne n u n pH p tim o. E l pH p u ed e d et en er la ac t i v i da d e n zim tic a a l pr o voc ar la d es n at ur a li za c i n d e l a es tr uc t ura pro t eic a d) A um en ta n do la c on c en tr ac i n d e s us tr a to a um ent a l a ve l oc id a d de la r eac c i n o ac t i v i da d e n zim t ic a . S in em barg o , e l l m it e d e s at ur ac i n l im it a l a v e loc i da d . Un a e n zim a es t s at ur ad a c u a nd o l os s i t ios ac t i v os d e to d as l as m o lc u las es t n oc u p ad os l a m a yo r a d e l ti em po .

13. Qu es la especificidad de una enzima? 14. Qu son las enzimas reguladoras?

Son enzimas que limitan la velocidad de las rutas metablicas. Un enzima regula la actividad de toda la ruta; suele ser uno de los primeros que intervienen en la ruta y cataliza la reaccin ms lenta, es decir, la limitante de la velocidad.

15. Seale la importancia y las caractersticas de las enzimas alostricas.

s on en zim as qu e c am b ia n s u c o nf orm ac i n a l un irs e u n ef ec tor , l o q u e c on d uc e a un c am bi o ap ar e nt e e n l a af i n id a d d e u ni n de otr o l i ga n do en u n s it i o d is t i nt o d e l a m ol c u la .

El alosterismo juega un papel cr ucial en muchos procesos biolgicos fundamentales, incluyendo la sealizacin celular y la regulacin del metabolismo, entre otros.
l a c oo p er at i v id a d e n l os e n zim as a l os t r ic o s m ues tr a n un a de p en d enc i a s i gm oi d a l c o n r es pec t o a l a c o nc e n trac i n de s us s u s tra tos en los s is t em as pos i t i vam en t e c o op er at i v os . Es t o p erm it e qu e l os e n zim a s m s a los tr ic os var e n m uc ho s u ac t i v i da d c a ta l t i c a e n r es p u es t a a p e q ue os c am bi os e n l a c onc e nt r ac i n d e l ef ec tor . L as m olc u l as ef ec tor as , qu e p u ed e n s er e l pr op i o s us tr a t o ( ef ec t or h om otr p ic o) o a lg u na otr a m o lc u l a p eq u e a (ef ec t or h e ter ot r p ic o ) , pu e de n h ac er q ue e l en zim a s e a m s o m e nos ac t i v o a lt era n d o e l eq u i l ibr i o en tr e l os es t a dos de m a yor y m en or af in i d a d. Las pro p i ed a des c in t i c as d e l os en zim as a l os t r ic os s e h an ex p l i c ad o e n trm i nos d e u n c a m bi o d e c o nf orm ac i n en tr e u n es t a do d e b aj a a c ti v i d ad , b aj a af i n id a d, "t ens o " o T y u n es ta d o de al t a ac t i v i da d, al t a af i n id a d, "r e laj ad o " o R . L a f orm a s i gm oi d a l d e l a c ur v a s e pr od uc e por q u e l a un i n de la 1ra m ol c ul a d e s us tr at o a um en ta la af i ni d ad par a l a u n i n d e l a 2 da m ol c u l a d e s us tr at o , y as s uc es i v am en te . L as e n zim as a l os t r ic as t i e ne n gr a n im por ta nc i a en la reg u l ac i n, ya qu e s u ac t i v i da d p ue d e s er m o d if ic a d a po r e l S us tr a to . s u im por ta nc i a b io l o gi c as es q ue ( pu e de pro duc ir c am b ios r p i d os y f c ilm en t e re ve rs i b l es en la ac t i v i da d d e l as e n zim as " y, p or l o t an to , e n e l m e ta b ol is m o " s i n de p en d er d e q ue e l r e gu l a dor t e ng a u n a es tr uc t ur a s im il ar a l s us tr a t o d e l a en zim a " l o qu e p u ed e a yu d ar a c o n ec t ar v a s m eta b l ic as "

16. Defina sito alostrico.

17. Cmo influye la concentracin del sustrato en la velocidad de una reaccin catalizada por una enzima alostrica? Dibuje la curva de velocidad en funcin del sustrato. La grafica sigmoide representa los cambios en la estructura de una subunidad que se traducen en interacciones no covalentes de tipo cooperativo, es decir, producen cambios estructurales en las subunidades adyacentes. Esto explica el incremento sigmoide de la velocidad inicial al aumentar la concentracin de sustrato.

18. Explique como afecta a la velocidad de la reaccin de una enzima alostrica la presencia de un modulador alostrico positivo o negativa.
Un m odu l a dor a los tr i c o es u na dro g a q ue c um pl e u na f u nc i n d e reg u l ac i n a los tr ic a i nc r em ent a n do o d is m in u ye n do in d ir ec t a m ent e e l ef ec t o de un ag o nis t a o a go n is t a i n v er s o s obr e u n r ec e pt or c e l u lar m ed ia n te l a ac t i v ac i n de l s it i o c at a l t ic o e n l a pr ot e n a. U n m od u l a dor al os tr ic o p os it i v o i nc r em ent a l a ac t i v i da d d e l r ec ep to r , m ien tr as q ue u n m od u la d or a los t ric o n e ga ti v o l a d is m in u ye . La in t erac c i n a los t r i c a c o ns is t e en el c am b io es tr uc t ur al de u n a pro t e na , es dec ir , s us r ec e pt or es c am bi an . L as e n zim as a l os t r ic as pos e en do s s i t ios ac t i v os , e n e l pr im er o s e u nir u n s us tra t o d et erm in a do , m i en tras en el s eg u nd o o tam b i n c o n oc i d o c o m o s it i o a l os t r ic o s e un ir u n ef ec tor el c ua l pr od uc ir u n c am bi o e n l a pr o t e n a, l l e v n d on os a u n a r e gu l ac i n d e l a ac t i vi d a d d e es t a. Los ef ec t or es p ue d en s er t an t o pos i t i vos c om o n eg a ti v os , en el c as o d e l os p os i t i vos f av or ec e n l a e ntr a d a d e s us tr a to , a l c o ntr ar i o, u n ef ec t or ne g at i v o m odif ic ar l a es tr uc t ur a d e l a pr ot e na de f or m a qu e e l s u s tra to no p u e da u n irs e a l s i t io ac t i v o 1 de es t a. l os p os it i v os o t am bi n l l am ados ac t i v ad or e s a l i n ter ac t u ar c o n l a en zim a perm i tir n q ue c on c o nc e n tr ac i o nes d e s us tr at o m en or es o bt e ng a m os m a yor es v e loc i da d es d e r e ac c i n de b id o a q u e i nc r e m enta n l a ac c i n de la e n zim a , e l c en tr o a los t er ic o e n d on d e s e u ne un ef ec t o r p os it i v o s e c o n oc e c om o c e nt ro ac t i v ad or l os n e ga t i vos o in h i b i dor es s o n a q ue l l os qu e c u an d o i nt er ac t a n c on la en zim a d is m in u ye n s u ac t i vi d a d, e l c e n tro a l os ter ic o a l qu e s e u n en s e l e c on oc e c om o c en tr o i nh i b id or

19. Describa el mecanismo de regulacin de la actividad enzimtica por modificacin covalente.

20. Nombre 7 enzimas distintas . Indique la reaccin que catalizan . 1- A M IL A S A S A L I VA L o PT I AL IN A qu e s e e n c ue n tra e n la Sa l i v a y ac t a s obr e e l
A LM ID N . Pr op or c i on a M on o y d is ac r id os y s e pr o duc e e n l a b oc a ( g l n d ul as s a li v ar es ) . C a ta l i za n l a d ig es ti n 2- L a P E P SI N A, e nc ar ga d a d e des c om po n er l as c ad e nas qu e c o ns t it u ye n las m olc u las d e P r o te na s , f r a gm en t n do l as e n m olc u l as m s s im pl e s l l am ad as P ol i p p t id os . S e pr od u c e e n e l Es t m ag o. 3 .- L ac tas a : S u ac c i n es im pr es c in d ib l e e n e l proc es o d e c o n vers i n de l a l ac t os a , a z c a r do b l e ( d is ac r i do ), e n s us c om pon e nt es g l uc os a y g a l ac t os a

(tipo hidrolasa) 4.- S AC A R AS A qu e ac t a s o br e l a S ac ar os a o a z c ar c om n.

5.- L I P A S A P AN CR E T ICA : a a d es c om pon e r l as gr as as q ue c om e m os par a c on v er ti r l as e n c i dos gr as os y g l ic er o l

6.- - FO SF AT A S A, s in te t i za d a po r l as g l n d u las in tes t in a l es , ac t a s o bre los

Nuc l e t id os d e l os c i dos N uc l eic os re d uc i nd o l os en s us B as es Ni tr og e na d as P ur in as

7.- ADN polimerasa: i nt er v i en e n e n e l pr oc es o de re p l ic ac i n d el AD N 21. Seale 5 aplicaciones de enz imas comerciales.

MSP