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Son espacios terrestres o marinos que contienen sistemas naturales (ecosistemas) poco alterados por las actividades humanas y que son protegidas legalmente o con algn otro mecanismo. Estas son Herramientas de conservacin, protegen especies, ecosistemas y procesos ecolgicos de los impactos humanos. Las reas protegidas mantienen procesos ecolgicos de importancia y conservan una gran biodiversidad de especies de flora y fauna, proporcionan proteccin a manantiales que se abastecen de agua y oportunidades de recreacin al turismo. En El Salvador se han identificado cerca de 125 reas naturales,identificando:especies endmicas,reas de refugio para la fauna, monumentos, paisajes, entre otros.
Tambin dicho Proceso Institucional se ha planteado la visin 2002-2012 de Contar con un Sistema de reas Naturales Protegidas consolidado con la participacin de todos los actores involucrados a diferentes niveles de actuacin cuya gestin se basa en una Estrategia, Plan de Accin y Planes de Manejo de reas especficas. En julio de 2001 por medio de Decreto Legislativo No. 441, se da el Traspaso de funciones, presupuesto y personal del Servicio de Parques Nacionales y Vida Silvestre a la Direccin de Patrimonio Natural transfiriendo as las funciones inherentes de la administracin y manejo de las reas naturales protegidas y la vida silvestre. El actual Gobierno de El Salvador en su Plan de Nacin, Alianza por el Futuro ejecuta a travs del Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales dos programas institucionales denominados PI 135: Establecimiento del Sistema de reas Naturales Protegidas y sus zonas de Amortiguamiento y el PI 136: Proteccin, Manejo y Uso sostenible de los suelos y Biodiversidad, los cuales son congruentes con las prioridades para la Estrategia Nacional de Diversidad Biolgica y la ALIDES (MARN/ PNUD/ GEF, 2002). Es en este marco de los convenios internacionales y en el contexto nacional que el pas cuenta con la Estrategia Nacional de Diversidad Biolgica (MARN/ PNUD/ GEF, 2000), plantea que las reas naturales protegidas son muy pequeas, fragmentadas, vulnerables y desprotegidas as como sujetas a acciones de deterioro, de all que concluye que la mejor estrategia para la conservacin de las reas naturales ms pequeas es buscar una administracin local, municipal, privada y no diluir sus esfuerzos concentrndose en las reas ms importantes y representativas, es decir las ms prioritarias. La Poltica Nacional del Medio Ambiente (MARN, 2000), en sus lineamientos de poltica y objetivo estratgico del Recurso de Diversidad Biolgica, establece el Integrar el Corredor Biolgico Nacional y las zonas de amortiguamiento para apoyar la conservacin de las reas naturales y contribuir al establecimiento del Corredor Biolgico Mesoamericano.