BIOQUMICA

AMINOCIDOS, PEPTDIOS E PROTENAS

Estrutura geral dos aminocidos

Estereoisomeria em aminocidos

Frmulas em perspectiva

Formao da ligao peptdica

Exemplo de um pentapeptdeo

SerGlyTyrAlaLeu

Formao da ligao dissulfeto

A ondulao permanente dos cabelos uma engenharia bioqumica

reduo

enrolamento

oxidao

Aminocidos com grupos -R apolares

grupos -R polares sem carga eltrica

grupos -R carregados positivamente

grupos -R carregados negativamente

grupos R aromticos

Espectrofotometria

Lei de Lambert-Beer Log I0/I = A (absorbncia) = Coeficiente de Extino Molar c = concentrao da espcie l = caminho ptico

Absoro no UV (280 nm)

Estrutura tridimensional de protenas

Conformao: arranjo espacial dos tomos

Protena nativa: uma protena em qualquer uma de suas conformaes funcionais

Nveis de organizao das protenas

Estrutura primria Estrutura secundria Estrutura terciria Estrutura Quaternria

Resduos de aminocidos

-hlice

Cadeia polipeptdica

Subunidades unidas

Resduo de glicina

Estrutura da enzima quimotripsina (protena globular)

Linus Pauling e Robert Corey, no final de 1930, foram os responsveis por uma srie de estudos que apresentaram os fundamentos para o entendimento da estrutura protica atual

Estrutura secundria de -hlice

Poro aminoterminal

Poro carboxiterminal

-hlice (modelo de espao cheio)

-hlice vista de cima

A sequncia de aminocidos afeta diretamente a estabilidade da -hlice: Nem todos os polipeptdios podem formar uma hlice estvel (Interaes entre cadeias laterais de aminocidos podem estabilizar ou desestabilizar essa estrutura) Exemplos: um longo bloco de resduos de Glu (carga negativa) geraria Uma repulso desfavorvel para a formao da -hlice

O volume e a forma dos resduos tambm so fatores limitantes para a estabilidade

Conformao (folha )

Conformao em zigue-zague mais estendida cadeias polipeptdicas lado a lado semelhante a uma srie de folhas

ANTIPARALELA

Conformao (folha )

PARALELA

Protenas fibrosas: adaptadas funo estrutural

Todas as protenas fibrosas so insolveis em gua, devido alta concentrao de resduos de aminocidos hidrofbicos.

-Queratinas: evoluram para a resistncia. Encontradas nos

mamferos (cabelo, l, unhas, pena, espinhos, chifres, cascos) e na maior parte da camada externa da pele. Rica em resduos hidrofbicos: Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe

Colgeno: tecido conjuntivo como os tendes, cartilagens,

matriz orgnica dos ossos e crnea do olho. Estrutura de hlice caracterstica (diferente de -hlice!). Normalmente apresenta 35% de Gly, 11% de Ala e 21% de Pro e 4-Hyp Gly-X-Y

predominantemente na conformao . Rica em resduos de Ala e Gly

Fibrona da seda: produzida por insetos e aranhas. Cadeias

Estrutura da -queratina do cabelo

-hlice da queratina Duas cadeias espiraladas

Protofilamento

Protofibrila

Seco transversal de um cabelo

Clulas Filamento intermedirio Protofibrila Protofilamento Duas cadeias espiraladas

-hlice

Estrutura do colgeno
hlice caracterstica do colgeno (orientada para a esquerda)

Estrutura do colgeno

Cabeas das molculas Estriaes cruzadas de colgeno

Seco da molcula de colgeno

Fibrona da seda

Cadeia lateral da Ala

Cadeia lateral da Gly

Correlaes clnicas: escorbuto

Causada pela falta de vitamina C (cido ascrbico ou ascorbato) que leva degenerao geral do tecido conjuntivo;

Manifestaes avanadas incluem numerosas pequenas hemorragias causadas pela fragilidade dos vasos sangneos, perda de dentes, dificuldade de cicatrizao de feridas e reabertura de feridas pr-existentes, dor e degenerao dos ossos e, eventualmente, insuficincia cardaca;

Casos leves de deficincia de vitamina C levam a fadiga, irritabilidade, e aumento da gravidade de infeces do trato respiratrio;

Os humanos, gorilas, cobaias e morcegos de frutas perderam, ao longo do processo evolutivo, a ltima enzima da via de sntese de vitamina C;

Em uma pesquisa constatou-se que, devido ao pouqussimo consumo de frutas e vegetais, cerca de 10% dos estudantes nos campi universitrios americanos apresentavam srias deficincias de vitamina C.

Reaes catalisadas pela prolil 4-hidroxilase

A 4-hidroxiprolina um aminocido incomum, essencial para o entrelaamento do colgeno e manuteno de sua estrutura.

A
resduo de Pro -cetoglutarato resduo de 4-Hyp succinato

B
-cetoglutarato cido ascrbico succinato cido desidroascrbico

Protenas globulares: Ampla variedade estrutural que reflete uma grande diversidade funcional

A mioglobina forneceu as primeiras sugestes sobre a complexidade estrutural das protenas globulares

Representao em fita

Imagem em retculas e superfcie de contorno

Modelo espao cheio

Estrutura tridimensional da mioglobina do cachalote

O grupo heme
Resduo de histidina

(protoporfirina)

citocromo c
(cadeia respiratria)

lisozima
(clara do ovo e lgrimas)

Ribonuclease
(enzima secretada pelo pncreas no intestino)

Doenas causadas pelo enovelamento incorreto e agregao de protenas: encefalopatias espongiformes (doena da vaca louca) Doena pron (proteinaceous infections only) PrPC (rica em -hlice, desprovida de folha ) PrPSc (rica em folha e muito menos solvel)

vacolos

Foto: degenerao espongiforme (vacuolar) na doena de Creuzfeldt-Jacob (crtex cerebral)

Desnaturao Trmica

Porcentagem do sinal mximo

Apomioglobina

Temperatura (oC)

Desnaturao por cloreto de guanidina

Porcentagem de desenovelamento

Chaperonas: protenas que assistem o enovelamento

de outras. Classes: Hsp70 e chaperoninas

Solues tampo: Alguns Conceitos Fundamentais O que pKa ? Qual o seu significado fsico-qumico? Qual a relao entre pKa e pH? O que pI? Qual a sua relao com pH e pKa?

carga eltrica em aminocidos

Zwitterion

Carga lquida do aminocido nula

pH aumenta

Curvas de Titulao de Aminocidos

Titulao do Glutamato

Titulao da Histidina

Utilizao da carga lquida como ferramenta para separao e anlise de protenas

Cromatografia de troca inica (p.ex. catinica)

Cromatografia em DEAE-Sephadex (soja)

6 A405 A280 6 5 5

A 405

A 280

0 0 10 20 30 40 50

Tubos

Coluna Con-A Sepharose (soja)

8 A405 A280 6 20 25

A (405 nm)

A (280 nm)

15 4 10 2 5

0 0 20 40 60 80

Tubos

Eletroforese em SDS-PAGE